View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16558_high_2 (Length: 571)

Name: NF16558_high_2
Description: NF16558
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16558_high_2
NF16558_high_2
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (9-556)||(13860464-13861032)
chr6 (9-556)||(13943029-13943594)
chr6 (9-533)||(14112534-14113070)
chr6 (9-340)||(14027126-14027457)
chr6 (9-329)||(13890702-13891019)
chr6 (9-296)||(14017138-14017425)
chr6 (320-556)||(14017423-14017656)
chr6 (9-231)||(14086650-14086875)
chr6 (9-329)||(13470618-13470938)
chr6 (336-532)||(13470394-13470587)
chr6 (336-533)||(13890477-13890671)
chr6 (339-555)||(14087025-14087238)
chr6 (10-533)||(13872621-13873153)
chr6 (327-556)||(14049258-14049484)
chr6 (339-556)||(14027483-14027697)
chr6 (448-532)||(14000425-14000509)
chr6 (9-87)||(14027054-14027132)
chr6 (9-87)||(13471004-13471082)
chr6 (9-76)||(13873159-13873226)
chr6 (9-87)||(14017063-14017144)
chr6 (12-87)||(14112465-14112540)
chr6 (9-76)||(13873231-13873298)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 9 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 13861032 - 13860464
Alignment:
Q  9 aagttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagatctccaatttgatgtggaatcaaaccatataga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  13861032 aagttgagatggaatgcttccttccaaaaaattgtagctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagttgatgaggaatcaaaccatctaga 13860933  T
Q  109 tgattgaatgaaagactcaagtatttcaaatgtgagagagactcaaattgaatagtaatttgtccgccaaaattgcaataagaaagatcaaggtatctta 208  Q
    |||||  | |||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  13860932 tgattccacgaaagattcaagtatttcaaatgcgaaagagactcaaattgaatatgaatttgtcctccaaaatgacaattagaaagatcaaggtatctta 13860833  T
Q  209 ggtttcttaaagatccaaagaaatctgggagaatgctctctctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaattgttgcaactccatcaatgactt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13860832 ggtttcttaaagatccaaagaaacctggtagaatactctttctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaattgttgcaactccaccaatgactt 13860733  T
Q  309 atggatgtcacctctga---------tatagtaactattataatcaccat------------gaaggttgagcttaagtacatgacctgtgacgttgctg 387  Q
     ||||| ||||| ||||         |||| | |  |||||||| |||||            |||||| |||| ||| ||||||||| || |||||||||    
T  13860732 gtggatatcacccctgataatataattataatcatcattataattaccataataattaccatgaaggtcgagcataattacatgaccagttacgttgctg 13860633  T
Q  388 caaccaactcccttccattggcagcaatcttctgtcctccaagatgacaacatgttgtcatattcatcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcct 487  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||    
T  13860632 caaccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcgtccaagatgacagcatgttgtcatacacatcagtaaggccagccttgaattgtagaagcgcct 13860533  T
Q  488 gcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaacaccaaac 556  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||    
T  13860532 gcctctcactttgtatgcacctaacaaactcttttgaacaaacaagctggtcagcttgcaacaccaaac 13860464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 9 - 556
Target Start/End: Original strand, 13943029 - 13943594
Alignment:
Q  9 aagttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagatctccaatttgatgtggaatcaaaccatataga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||    
T  13943029 aagttgagatggaatgcttccttccaaataattgttgctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagtcgatgaggaatcaaaccatctaga 13943128  T
Q  109 tgattgaatgaaagactcaagtatttcaaatgtgagagagactcaaattgaatagtaatttgtccgccaaaattgcaataagaaagatcaaggtatctta 208  Q
     ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  13943129 agattgtaggaaagattcaagtatttcaaatgtgaaagagactccaattgaataggaatttgtcctcgaaaataacaatatgaaagatcaaggtatctta 13943228  T
Q  209 ggtttcttaaagatccaaagaaatctgggagaatgctctctctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaattgttgcaactccatcaatgactt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| | |    |  ||  |||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  13943229 ggtttcttaaagatccaaagaaacctggtatagaattgccttcaaaattatttctactgaagttcaaatattgtaactgttgcaactccatcagtgactt 13943328  T
Q  309 atggatgtcacctctgatatagtaactattat------------------aatcaccatgaaggttgagcttaagtacatgacctgtgacgttgctgcaa 390  Q
     ||||| ||||| ||||||| |||| ||| ||                  ||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  13943329 gtggatatcaccgctgatatggtaattataatcataattataatgatcataattaccatgaaggtcgagcataattacatgaccagtgacgttgctgcaa 13943428  T
Q  391 ccaactcccttccattggcagcaatcttctgtcctccaagatgacaacatgttgtcatattcatcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcctgcc 490  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||    
T  13943429 ccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcgtccaagatgacagcatgttgtcatattcatcaataaggccagctttgaattgtagaagtgcttgcc 13943528  T
Q  491 tctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaacaccaaac 556  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13943529 tctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaacaacaaac 13943594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 9 - 533
Target Start/End: Original strand, 14112534 - 14113070
Alignment:
Q  9 aagttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagatctccaatttgatgtggaatcaaaccatataga 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||| ||||| ||||    
T  14112534 aagttgagatggaatgcttccttccaaaccattattgttgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagtcgattaggaatcacaccatctaga 14112633  T
Q  109 tgattgaatgaaagactcaagtatttcaaatgtgagagagactcaaattgaatagtaatttgtccgccaaaattgcaataagaaagatcaaggtatctta 208  Q
     |||||   |||||| | | ||||||||||||||| |||||| | ||| |||||| |||| ||||||||||||  ||||  ||||||||||||| |||||    
T  14112634 cgattgttggaaagatttatgtatttcaaatgtgaaagagaccccaatggaataggaattcgtccgccaaaataacaatttgaaagatcaaggtttctta 14112733  T
Q  209 ggtttcttaaagatccaaagaaatctgggagaatgctctctctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaattgttgcaactccatcaatgactt 308  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||| |    |  ||  |||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||| |||| ||||||    
T  14112734 ggtttcttagagatccaaagaaacttgggatatctttgccttcaaaattatttccactgaggttcaaatactttaattgctgcaactctatcagtgactt 14112833  T
Q  309 atggatgtcacctctgatata----gtaact--------attataatcaccatgaaggttgagcttaagtacatgacctgtgacgttgctgcaaccaact 396  Q
     ||||| ||||| ||||||||    ||| |         |||||| | ||||||||||| |||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |    
T  14112834 gtggatatcaccactgatataaaatgtatcggcaccatcattatagttaccatgaaggtcgagcataattacatgacaagtgacgttgctgcaaccaatt 14112933  T
Q  397 cccttccattggcagcaatcttctgtcctccaagatgacaacatgttgtcatattcatcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcctgcctctcac 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14112934 cccttccattggcagcaatcttctgtcctccaagatgacagcatgttgtcatacacatcagtaaggccagccttgaattgtagaagtgcctgcctctcac 14113033  T
Q  497 tttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaag 533  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  14113034 tttgtatgcacctaacagcctcttttgaacaaacaag 14113070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 9 - 340
Target Start/End: Original strand, 14027126 - 14027457
Alignment:
Q  9 aagttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagatctccaatttgatgtggaatcaaaccatataga 108  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  14027126 aagttgacatggaatgcttccttccaaataattgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagacctccaagttgatgaggaatcaaaccatctaga 14027225  T
Q  109 tgattgaatgaaagactcaagtatttcaaatgtgagagagactcaaattgaatagtaatttgtccgccaaaattgcaataagaaagatcaaggtatctta 208  Q
     |||||   |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  14027226 agattgttggaaagattcaagtatttcaaatgtgaaagagactccaattgaataggaatttgtcctccaaaatgacaatatgaaagatcaaggtatctta 14027325  T
Q  209 ggtttcttaaagatccaaagaaatctgggagaatgctctctctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaattgttgcaactccatcaatgactt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | | |    |  ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14027326 ggtttcttaaagatccaaagaaacctagtatagaattgccttcaaaattatttctactgaggttcaaatattgtaattgttgcaactccatcaatgactt 14027425  T
Q  309 atggatgtcacctctgatatagtaactattat 340  Q
     ||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  14027426 gtggatatcaccactgatatagtaattattat 14027457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 9 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 13891019 - 13890702
Alignment:
Q  9 aagttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagatctccaatttgatgtggaatcaaaccatataga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||   |||||||||||||  |||    
T  13891019 aagttgagatggaatgcttccttccaaaagattgcggctaagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttga---ggaatcaaaccatccaga 13890923  T
Q  109 tgattgaatgaaagactcaagtatttcaaatgtgagagagactcaaattgaatagtaatttgtccgccaaaattgcaataagaaagatcaaggtatctta 208  Q
    | ||||   ||||   ||||||||||||||||  | || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  13890922 tcattgccggaaattttcaagtatttcaaatggtaaagtgactcaaattgaataggaatttgtcctccaaaaccgcaataagaaagatcaaggtatctta 13890823  T
Q  209 ggtttcttaaagatccaaagaaatctgggagaatgctctctctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaattgttgcaactccatcaatgactt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |   ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13890822 ggtttcttaaagatccaaagaaacctgggacatgactccctctaaaattatttctgttgaggttcaaatattgtaactgttgcaactccatcaatgactt 13890723  T
Q  309 atggatgtcacctctgatata 329  Q
     ||||| |||||  |||||||    
T  13890722 gtggatatcacccatgatata 13890702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 296
Target Start/End: Original strand, 14017138 - 14017425
Alignment:
Q  9 aagttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagatctccaatttgatgtggaatcaaaccatataga 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||| ||||    
T  14017138 aagttgagatggaatgcttccatccaaatcattggtgttgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagtcgatgaggaatcacaccatctaga 14017237  T
Q  109 tgattgaatgaaagactcaagtatttcaaatgtgagagagactcaaattgaatagtaatttgtccgccaaaattgcaataagaaagatcaaggtatctta 208  Q
    ||||||   ||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| |||| |||||||   |||||||||||||||||||    
T  14017238 tgattgttggaaagatccaagtatttcaaatgtgaaagagactccaattgaataggaatttgtcctccaagattgcaaattgaaagatcaaggtatctta 14017337  T
Q  209 ggtttcttaaagatccaaagaaatctgggagaatgctctctctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaattgttgcaactc 296  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| | |    |  ||  ||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14017338 ggtttcttaaagatccaaagaaacctggtatagaattgccttcaaaattaattctactgaagttcaaatattgtaattgttgcaactc 14017425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 320 - 556
Target Start/End: Original strand, 14017423 - 14017656
Alignment:
Q  320 ctctgatatagtaactattataatcaccatgaaggttgagcttaagtacatgacctgtgacgttgctgcaaccaactcccttccattggcagcaatcttc 419  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||    
T  14017423 ctctgatatagtaattattataatcaccatgaaggttgagcataagtacatgaccagtgaggttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatcttc 14017522  T
Q  420 tgtcctccaagatgacaacatgttgtcatattcatcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctct 519  Q
    |||  |||||||||||||||||    || | ||||||| |||| ||  |||||| || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14017523 tgttgtccaagatgacaacatgc---caaactcatcaacaaggccatacttgaactgtagaagtgccttcctctcactttgaatacatctaacaacctct 14017619  T
Q  520 tttgaacaaacaagttggtatgcttgaaacaccaaac 556  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  14017620 tttgaacaaataagttggtctgcttgaaacaccaaac 14017656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 9 - 231
Target Start/End: Original strand, 14086650 - 14086875
Alignment:
Q  9 aagttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagatctccaatttgatgtggaatcaaaccatataga 108  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  14086650 aagttgatatggaatacttccttccaagtcattgttgctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagttgatgaggaatcaaaccatctaga 14086749  T
Q  109 tgattgaatgaaagactcaagtatttcaaatgtgagagagactcaaattgaatagtaatttg---tccgccaaaattgcaataagaaagatcaaggtatc 205  Q
    | |||  |||||||| ||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||| ||||||   |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14086750 taattccatgaaagattcaagtatttcaaatgcaaaagagactccaattgaataggaatttgatctccttcaaaattgcaatatgaaagatcaaggtatc 14086849  T
Q  206 ttaggtttcttaaagatccaaagaaa 231  Q
    |||||||||| | |||||||||||||    
T  14086850 ttaggtttctcagagatccaaagaaa 14086875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 9 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 13470938 - 13470618
Alignment:
Q  9 aagttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagatctccaatttgatgtggaatcaaaccatataga 108  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  |||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| | ||||| ||||    
T  13470938 aagttgagttggaatgcttccttccaaacgattgttcctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagtcgatgaggaataacaccatctaga 13470839  T
Q  109 tgattgaatgaaagactcaagtatttcaaatgtgagagagactcaaattgaatagtaatttgtccgccaaaattgcaataagaaagatcaaggtatctta 208  Q
     | |||  ||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||| |||| |||||||   |||||||||||||||||||    
T  13470838 cggttgtttgaaagattcaagtatttcaaatgagaaagagactcgaattgaataggaatttgtcctccaagattgcaacctgaaagatcaaggtatctta 13470739  T
Q  209 ggtttcttaaagatccaaagaaatctgggagaatgctctctctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaattgttgcaactccatcaatgactt 308  Q
    ||||||||| ||||||||||| |  | ||| |    |  ||  |||||||||||| |  ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||    
T  13470738 ggtttcttagagatccaaagatacttaggatataattgccttcaaaattatttccaccaaggttcaaatactttaattgctgcaactccatcaatgactt 13470639  T
Q  309 atggatgtcacctctgatata 329  Q
     ||||| ||||| || |||||    
T  13470638 gtggatatcaccactcatata 13470618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 336 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 13470587 - 13470394
Alignment:
Q  336 attataatcaccatgaaggttgagcttaagtacatgacctgtgacgttgctgcaaccaactcccttccattggcagcaatcttctgtcctccaagatgac 435  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||||| | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13470587 attaaaatctccatgaaggttgagcataattacatgatcagtgaggttgctgcaaccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcgtccaagatgac 13470488  T
Q  436 aacatgttgtcatattcatcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaa 532  Q
    ||||   || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||||||||||    
T  13470487 aaca---tgccatagtcatcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcctgcctctcactttgtatgcacctgacaactttttttgaacaaacaa 13470394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 336 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 13890671 - 13890477
Alignment:
Q  336 attataatcaccatgaaggttgagcttaagtacatgacctgtgacgttgctgcaaccaactcccttccattggcagcaatcttctgtcctccaagatgac 435  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||| | ||| |||||||||||    
T  13890671 attatagtcaccatgaaggtcgagcttaagtacatgaccagtgaggttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatctgccgtcgtccaagatgac 13890572  T
Q  436 aacatgttgtcatattcatcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaag 533  Q
    ||||||    ||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13890571 aacatgc---catattcatcggtaagaccagccttgaattgaagaagtgcatgcctctcactttgaatgcatttaacaacctcttttgaacaaacaag 13890477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 339 - 555
Target Start/End: Original strand, 14087025 - 14087238
Alignment:
Q  339 ataatcaccatgaaggttgagcttaagtacatgacctgtgacgttgctgcaaccaactcccttccattggcagcaatcttctgtcctccaagatgacaac 438  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||| || |||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  14087025 ataattaccatgaaggttgagcataagtacatggccagtgaggttgttgcaaccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcgtccaagatgacagc 14087124  T
Q  439 atgttgtcatattcatcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggt 538  Q
    |   || |||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14087125 a---tgccatatggatcagtaagggcagccttaaattgaagaagtgctgtcctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaagctggt 14087221  T
Q  539 atgcttgaaacaccaaa 555  Q
     | |||| |||||||||    
T  14087222 ctacttgcaacaccaaa 14087238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 10 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 13873153 - 13872621
Alignment:
Q  10 agttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagatctccaatttgatgtggaatcaaaccatatagat 109  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||| || |||| |||| | |  |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||  ||||    
T  13873153 agtttagatggaatgcttccttctaaatgattgttgcttagatcaataaatcgaacattggagagatttccaagttgatgaggaatcaaaccatcgagat 13873054  T
Q  110 gattgaatgaaagactcaagtatttcaaatgtgagagagactcaaattgaatagtaatttgtccgccaaaattgcaataagaaagatcaaggtatcttag 209  Q
     |||  | ||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||    |||   ||||| |||||||||||||     
T  13873053 cattcgaggaaagactcaaatatttcaaatgcggaagagactcaaattgaattgaaatttttccaccaaagcgacaacgtgaaaggtcaaggtatcttat 13872954  T
Q  210 gtttcttaaagatccaaagaaatctgggagaatgctctctctaaaattatttccgctgaggttcaaatattgtaattgttgcaactccatcaatgactta 309  Q
    |||||||| ||| ||||| ||| ||     | | ||  || |||||| ||| || |||| ||||||||| | |||||| | ||||||||||| ||||||     
T  13872953 gtttcttagagaaccaaaaaaacctaaactattactgcctttaaaataattcccactgaagttcaaatactttaattgcttcaactccatcactgacttg 13872854  T
Q  310 tggatgtcacctctgatatagtaactat------------tataatcaccatgaaggttgagcttaagtacatgacctgtgacgttgctgcaaccaactc 397  Q
    | ||  ||||||| ||||||  |   ||            |||||||||||||||| | |||| |||||||||| || |||| ||||||||||| || ||    
T  13872853 tcgacatcacctccgatataaaattgatcttcattcttgttataatcaccatgaagatcgagcataagtacatggccagtgaggttgctgcaacgaattc 13872754  T
Q  398 ccttccattggcagcaatcttctgtcctccaagatgacaacatgttgtcatattcatcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcctgcctctcact 497  Q
    | | |||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||||    |||   ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  13872753 cataccattggcagcaatctgccgttgtccaagatgacaacatgc---cattcacatcaataaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtctctcact 13872657  T
Q  498 ttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaag 533  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13872656 ttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaag 13872621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 327 - 556
Target Start/End: Original strand, 14049258 - 14049484
Alignment:
Q  327 atagtaactattataatcaccatgaaggttgagcttaagtacatgacctgtgacgttgctgcaaccaactcccttccattggcagcaatcttctgtcctc 426  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| | |||| |||||||||| || ||||  ||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||  ||    
T  14049258 atagtaataattataatcaccatgaagatcgagcataagtacatggccagtgatattgctgcaaccaattccataccattggcagcaatcttcagttgtc 14049357  T
Q  427 caagatgacaacatgttgtcatattcatcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaac 526  Q
    ||| ||||||||||||   || |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |    
T  14049358 caaaatgacaacatgt---caaattcatcaataaggccagacttgaattgcagaagtgcctgtctctcactttgtatgcacctgacaacctcttttgagc 14049454  T
Q  527 aaacaagttggtatgcttgaaacaccaaac 556  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  14049455 aaacaagctggtctgcttgcaacaccaaac 14049484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 339 - 556
Target Start/End: Original strand, 14027483 - 14027697
Alignment:
Q  339 ataatcaccatgaaggttgagcttaagtacatgacctgtgacgttgctgcaaccaactcccttccattggcagcaatcttctgtcctccaagatgacaac 438  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||  ||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  14027483 ataatcaccatgaaggtcgagcataagtacatggccagtgatattgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatcttctgttgtccaagatgacaac 14027582  T
Q  439 atgttgtcatattcatcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggt 538  Q
    |||    || |||  |||| |||| ||  ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  14027583 atgc---caaatttgtcaacaaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaaactggt 14027679  T
Q  539 atgcttgaaacaccaaac 556  Q
     |||||| ||||||||||    
T  14027680 ctgcttgcaacaccaaac 14027697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 448 - 532
Target Start/End: Original strand, 14000425 - 14000509
Alignment:
Q  448 tattcatcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaa 532  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  14000425 tattcatcaataaggccagccttgaattgaagaagtgctttcctctcactttgtatgcatctaacaacctcctttgaataaacaa 14000509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 9 - 87
Target Start/End: Original strand, 14027054 - 14027132
Alignment:
Q  9 aagttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagatctccaatttga 87  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  14027054 aagttgagatggaatgcttccttccaaataattgatgctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttga 14027132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 9 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 13471082 - 13471004
Alignment:
Q  9 aagttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagatctccaatttga 87  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  13471082 aagttgagatggaatatttccttccaaattattatagctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttga 13471004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 9 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 13873226 - 13873159
Alignment:
Q  9 aagttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagat 76  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13873226 aagttgggatggtatgcttccttccaaacgattgtagctgagatcaagaaattgcaagttggagagat 13873159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 9 - 87
Target Start/End: Original strand, 14017063 - 14017144
Alignment:
Q  9 aagttgagatggaatgcttccttccaaatca---ttgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagatctccaatttga 87  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||   |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  14017063 aagttgagatggaattcttccttccaaaccaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttga 14017144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 12 - 87
Target Start/End: Original strand, 14112465 - 14112540
Alignment:
Q  12 ttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagatctccaatttga 87  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  14112465 ttgagatggaatgcttccttcaaaaccattgatgctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttga 14112540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 9 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 13873298 - 13873231
Alignment:
Q  9 aagttgagatggaatgcttccttccaaatcattgtagctgaggtcaagaaattgcaagttggagagat 76  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||   |||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  13873298 aagttgggatggaatccttccttccaaatcattgtttttgagatgaagaaatttcaagttggagagat 13873231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University