View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16560_low_3 (Length: 559)

Name: NF16560_low_3
Description: NF16560
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16560_low_3
NF16560_low_3
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (18-545)||(32158628-32159155)
chr2 (18-548)||(32111216-32111752)
chr2 (18-545)||(32182926-32183456)
chr2 (18-544)||(32205405-32205937)
chr2 (18-544)||(32211126-32211658)
chr2 (18-276)||(32119238-32119496)
chr2 (18-276)||(32157210-32157468)
chr2 (18-276)||(32174887-32175145)
chr2 (301-545)||(32119548-32119792)
chr2 (295-545)||(32175188-32175435)
chr2 (451-545)||(32178470-32178565)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (83-156)||(8043829-8043902)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (86-163)||(32641166-32641243)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 520; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 545
Target Start/End: Original strand, 32158628 - 32159155
Alignment:
Q  18 gcttcaagcgcttattatcttgtacattagtgagatctaaatcatagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaaactagactttccagt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32158628 gcttcaagcgcttattatcttgtacattagtgagatctaaatcatagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaaactagactttccagt 32158727  T
Q  118 accaggagggccatacaacaagtaaccgcgtttccaagctttcccagttcttctataaaactctctagacctcacaaatttgtccaaatcattcttaata 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32158728 accaggagggccatacaacaagtaaccgcgtttccaagctttccctgttcttctataaaactctctagacctcacaaatttgtccaaatcattcttaata 32158827  T
Q  218 tccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgtcgaaactcattggatgattaaacttgacatcaccagaccagctatattcatttgagtaaatcttga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32158828 tccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgtcgaaactcattggatgattaaacttgacatcaccagaccagctatattcatttgagtaaatcttga 32158927  T
Q  318 ttgccatgtctccttgtttaatctgtttagctatctccatcacataaggcaaatatgaatcgaagatcttgttcttgtgcttcttgtgaaaagttagctc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32158928 ttgccatgtctccttgtttaatctgtttagctatctccatcacataaggcaaatatgaatcgaagatcttgttcttgtgcttcttgtgaaaagttagctc 32159027  T
Q  418 ataggatcttatttctgacacgggtgaggagtcattatcgtaatgtctaattcttgatgagtcgacttgtatacatattagtttccactttacactaaca 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32159028 ataggatcttatttctgacacgggtgaggagtcattatcgtaatgtctaattcttgatgagtcgacttgtatacatattagtttccactttacactaaca 32159127  T
Q  518 ccttcaaagacatcactcacttcttcat 545  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||    
T  32159128 ccttcaaaaacatcactcacttcttcat 32159155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 548
Target Start/End: Original strand, 32111216 - 32111752
Alignment:
Q  18 gcttcaagcgcttattatcttgtacattagtgagatctaaatcatagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaaactagactttccagt 117  Q
    ||||||||| |||||||||   ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32111216 gcttcaagctcttattatcccctacattagtgagatccaagtcatagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaagctagactttccagt 32111315  T
Q  118 accaggagggccatacaacaagtaaccgcgtttccaagctttcccagttcttctataaaactctctagacctcacaaatttgtccaaatcattcttaata 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32111316 accaggagggccatacaacaagtaaccgcgtttccaagctttccctgttcttctataaaattctttagccctcacaaatttgtccaaatcattcttaatt 32111415  T
Q  218 tccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgtcgaaactcattggatgattaaacttga---catcaccagaccagc---tatattcatttgagtaaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||| |    ||||  | |||| |   ||||||||||||||| ||    
T  32111416 tccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtggtgaaactcattggatggttgaacttaataggatcatgacaccaacgattatattcatttgagtgaa 32111515  T
Q  312 tcttgattgccatgtctccttgtttaatctgtttagctatctccatcacataaggcaaatatgaatcgaagatcttgttcttgtgcttcttgtgaaaagt 411  Q
    |||| | || ||    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  32111516 tcttaagtgtcacaattccttgtttaatttgtttagctatctccatcacataaggcaaatatgaatcaatgatcttgtttttgtgtttcttgtgaaaagt 32111615  T
Q  412 tagctcataggatcttatttctgacacgggtgaggagtcattatcgtaatgtctaattcttgatgagtcgacttgtatacatattagtttccactttaca 511  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |  ||||  |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32111616 tagctcatatgatcttatttctgacacaggcgaggagcccctatcaaaatgtcgaactcttgatgagtcgacttgtatgcatattagtttccactttaca 32111715  T
Q  512 ctaacaccttcaaagacatcactcacttcttcatctc 548  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32111716 ctaacaccttcaaaaacatcactcacttcttcatctc 32111752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 545
Target Start/End: Original strand, 32182926 - 32183456
Alignment:
Q  18 gcttcaagcgcttattatcttgtacattagtgagatctaaatcatagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaaactagactttccagt 117  Q
    ||||||||  |||||||||   |||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32182926 gcttcaaggtcttattatcccctacatcggtgagatccaagtcatagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaagctagactttccagt 32183025  T
Q  118 accaggagggccatacaacaagtaaccgcgtttccaagctttcccagttcttctataaaactctctagacctcacaaatttgtccaaatcattcttaata 217  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  32183026 accaggtggaccatacaacaagtaaccgcgtttccaagctttccctgttcttctataaaactctctagccctcacaaatttgtccaaatcattcacaata 32183125  T
Q  218 tccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgtcgaaactcattggatgattaaacttgacatcaccagaccagct---atattcatttgagtaaatct 314  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  |  ||||||   |||||||||||||| |||||    
T  32183126 tccctttgaagttcttcatcaattgcaagagtgttgaaactcattggatgattgaacttgacatcatgacgccagctaccatattcatttgagtgaatct 32183225  T
Q  315 tgattgccatgtctccttgtttaatctgtttagctatctccatcacataaggcaaatatgaatcgaagatcttgttcttgtgcttcttgtgaaaagttag 414  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||| ||    
T  32183226 tgtttgccatgtctccttgtttaatttgtttagctatctccatcacataaggcaaatatgaatcaatgatcttgtctttgtgcttcttgtgaaaagtcag 32183325  T
Q  415 ctcataggatcttatttctgacacgggtgaggagtcattatcgtaatgtctaattcttgatgagtcgacttgtatacatattagtttccactttacacta 514  Q
    |||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||||  || ||| |  || ||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||    
T  32183326 ctcataggatcttatttctgacacagccgaggagtcatcatcgtaacttcgaatccgcgaagagtccacttctatgcaaattagtttccactttacacta 32183425  T
Q  515 acaccttcaaagacatcactcacttcttcat 545  Q
    | |||||| || |||||||||||||||||||    
T  32183426 ataccttcgaaaacatcactcacttcttcat 32183456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 18 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 32205937 - 32205405
Alignment:
Q  18 gcttcaagcgcttattatcttgtacattagtgagatctaaatcatagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaaactagactttccagt 117  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32205937 gcttcaagatcttattatcttgtacgtcagtgagatccaagtcatagatgtcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaagctagactttccagt 32205838  T
Q  118 accaggagggccatacaacaagtaaccgcgtttccaagctttcccagttcttctataaaactctctagacctcacaaatttgtccaaatcattcttaata 217  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| | | | ||||||| ||||||||||||||| ||||     
T  32205837 accaggaggaccgtacaacaagtaaccgcgttgccaagctttccctgttcttctataaaactctttggccttcacaaaattgtccaaatcattcataatt 32205738  T
Q  218 tccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgtcgaaactcattggatgattaaacttgaca---tcaccagaccag---ctatattcatttgagtaaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||   |||  |  ||||   | ||| |||||||||| ||    
T  32205737 tccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgttgaaactcattggatggttgaacttgacaggttcatgactccagcaaccatagtcatttgagtgaa 32205638  T
Q  312 tcttgattgccatgtctccttgtttaatctgtttagctatctccatcacataaggcaaatatgaatcgaagatcttgttcttgtgcttcttgtgaaaagt 411  Q
    ||||||| ||||||| | ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32205637 tcttgatagccatgtttgcttctttaatttgtttagccatctccatcacataaggcaaatatgaatcgatgatcttgttcttgtgtttcttgtgaaaagt 32205538  T
Q  412 tagctcataggatcttatttctgacacgggtgaggagtcattatcgtaatgtctaattcttgatgagtcgacttgtatacatattagtttccactttaca 511  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||| || ||||| ||   |||| | ||||| ||||| ||||   ||  ||||||| ||||||| ||||||||||||     
T  32205537 tagttcataggatctaatttctgacatggatgaggcgtacatatcattatgtcgaattcgtgatccatcttcttgtatgcatattaatttccactttact 32205438  T
Q  512 ctaacaccttcaaagacatcactcacttcttca 544  Q
    |||| |||||||||  |||||||||||||||||    
T  32205437 ctaataccttcaaaatcatcactcacttcttca 32205405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 18 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 32211658 - 32211126
Alignment:
Q  18 gcttcaagcgcttattatcttgtacattagtgagatctaaatcatagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaaactagactttccagt 117  Q
    ||||||||| |||||||||   ||||| ||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32211658 gcttcaagctcttattatcccctacatcagtgagatccaagtcaaagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaagctagactttccagt 32211559  T
Q  118 accaggagggccatacaacaagtaaccgcgtttccaagctttcccagttcttctataaaactctctagacctcacaaatttgtccaaatcattcttaata 217  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| | |   | ||||| ||||||||||||||| ||||     
T  32211558 accaggtggaccatacaacaagtaaccgcgttgccaagcttttcctgttcttctataaaactctttggctttgacaaaattgtccaaatcattcataatt 32211459  T
Q  218 tccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgtcgaaactcattggatgattaaacttgaca---tca-----ccagaccagctatattcatttgagta 309  Q
    |||||| |||| |||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||   |||     ||||  || | || |||| |||||      
T  32211458 tcccttcgaagttctatatcaattgcaagagtgttgaaactcattggatggttgaacttgacaggttcatggctccag--catccatgttcagttgagag 32211361  T
Q  310 aatcttgattgccatgtctccttgtttaatctgtttagctatctccatcacataaggcaaatatgaatcgaagatcttgttcttgtgcttcttgtgaaaa 409  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  32211360 aatcttgatagccatgtttccttgtttaatttgtttagctatctccatcacataagggaaatatgaatcgaagatcgtgttcttgtgtttcttgtgaaaa 32211261  T
Q  410 gttagctcataggatcttatttctgacacgggtgaggagtcattatcgtaatgtctaattcttgatgagtcgacttgtatacatattagtttccacttta 509  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||   |||| | ||||| ||||| ||||   ||  ||||||| ||||||| |||||||||||    
T  32211260 gttagttcataggatctaatttctgacacggatgaggtgtacatatcattatgtcgaattcgtgatccatcttcttgtatgcatattaatttccacttta 32211161  T
Q  510 cactaacaccttcaaagacatcactcacttcttca 544  Q
    |  ||| |||||||||  |||||||||||||||||    
T  32211160 ctgtaataccttcaaaatcatcactcacttcttca 32211126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 276
Target Start/End: Original strand, 32119238 - 32119496
Alignment:
Q  18 gcttcaagcgcttattatcttgtacattagtgagatctaaatcatagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaaactagactttccagt 117  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32119238 gcttcaagctcttattatcctctacattagtgagatccaagtcatagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaagctagactttccagt 32119337  T
Q  118 accaggagggccatacaacaagtaaccgcgtttccaagctttcccagttcttctataaaactctctagacctcacaaatttgtccaaatcattcttaata 217  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32119338 accaggaggaccgtacaacaagtaaccgcgtttccaagctttgccggttcttctataaaactctctagcactcacaaatttgtccaaatcattcataata 32119437  T
Q  218 tccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgtcgaaactcattggatgattaaactt 276  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  32119438 tccctttgaagcccttcatcaattgcaagagtgttgaaactcattggatggttgaactt 32119496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 276
Target Start/End: Original strand, 32157210 - 32157468
Alignment:
Q  18 gcttcaagcgcttattatcttgtacattagtgagatctaaatcatagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaaactagactttccagt 117  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32157210 gcttcaagctcttattatcctctacatctgtgagatccaagtcatagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaagctagactttccagt 32157309  T
Q  118 accaggagggccatacaacaagtaaccgcgtttccaagctttcccagttcttctataaaactctctagacctcacaaatttgtccaaatcattcttaata 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32157310 accaggagggccatacaacaagtaaccgcgtttccaagctttcccggttcttctataaaattcattatccctcacaaatttgtccaaatcattcttaatt 32157409  T
Q  218 tccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgtcgaaactcattggatgattaaactt 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||    
T  32157410 tccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgttgaaagtcattggatggttgaactt 32157468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 18 - 276
Target Start/End: Original strand, 32174887 - 32175145
Alignment:
Q  18 gcttcaagcgcttattatcttgtacattagtgagatctaaatcatagatatcatagttgagatagttagccatggctgcaatcaaactagactttccagt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  32174887 gcttcaagcgcttattatcttgtacatcagtgagatccaagtcatagatatcatacttgagatagttagccatggcagcaatcaagctagactttccagt 32174986  T
Q  118 accaggagggccatacaacaagtaaccgcgtttccaagctttcccagttcttctataaaactctctagacctcacaaatttgtccaaatcattcttaata 217  Q
    || ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  32174987 acaaggtggaccaaacaacaagtaaccgcgtttccaagctttccctgttcttctagaaaactctccagccctcacaaatttgtccaaatcgttcataatt 32175086  T
Q  218 tccctttgaagctcttcatcaattgcaagagtgtcgaaactcattggatgattaaactt 276  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  32175087 tccctttgaagatcttcatcaatcgcaagagtgttgaaactcattggatggttgaactt 32175145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 301 - 545
Target Start/End: Original strand, 32119548 - 32119792
Alignment:
Q  301 atttgagtaaatcttgattgccatgtctccttgtttaatctgtttagctatctccatcacataaggcaaatatgaatcgaagatcttgttcttgtgcttc 400  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  32119548 atttgagcgaatcttgattgccatgtttccttgtttcatttgattagctatctcaatcacataaggcaaatatgaatcgaaaatcttgttcttgtgtttc 32119647  T
Q  401 ttgtgaaaagttagctcataggatcttatttctgacacgggtgaggagtcattatcgtaatgtctaattcttgatgagtcgacttgtatacatattagtt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||  || ||| |  ||   ||| || ||||| || |||||||    
T  32119648 ttgtgaaaagttagctcataggatcttatttctgacacggctgaggagtcatcactgtaacttcgaatccgcgacttgtctacctgtatgcaaattagtt 32119747  T
Q  501 tccactttacactaacaccttcaaagacatcactcacttcttcat 545  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32119748 tccactttacactaataccttcaaaaacatcactcacttcttcat 32119792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 295 - 545
Target Start/End: Original strand, 32175188 - 32175435
Alignment:
Q  295 atattcatttgagtaaatcttgattgccatgtctccttgtttaatctgtttagctatctccatcacataaggcaaatatgaatcgaagatcttgttcttg 394  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||    
T  32175188 atattcaattgagtgaatcttgattgccgtgtttccttgtttaatttgtttagctatctccatcacataaggaaaatatgaatcaatgatcttgtttttg 32175287  T
Q  395 tgcttcttgtgaaaagttagctcataggatcttatttctgacacgggtgaggagtcattatcgtaatgtctaattcttgatgagtcgacttgtatacata 494  Q
    || || ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||   |||||||| |||  || ||| |  || ||||| |||||||| || |    
T  32175288 tgtttattgtgaaaacttagctcatatgatcttaattctgactcggctgag---tcattatcataacttcgaatccgcgaagagtccacttgtatgcaaa 32175384  T
Q  495 ttagtttccactttacactaacaccttcaaagacatcactcacttcttcat 545  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  32175385 ttagtttccactttacactaacacctccaaaaacatcactcacttcttcat 32175435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 451 - 545
Target Start/End: Original strand, 32178470 - 32178565
Alignment:
Q  451 attatcgtaatgtctaattcttgatgagtcgacttgtatacatattagtttccactttacactaacaccttc-aaagacatcactcacttcttcat 545  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  32178470 attatcgtaatgtctaattcttgatgagtcgacttgtatacatattagtttccactttacactaacaccttcaaaaaacatcactcacttcttcat 32178565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 83 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 8043902 - 8043829
Alignment:
Q  83 ttagccatggctgcaatcaaactagactttccagtaccaggagggccatacaacaagtaaccgcgtttccaagc 156  Q
    |||||||| || |||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  8043902 ttagccatagcagcaatcaaactagatttcccagttcctggaggaccatacaacaaataaccacgtttccaagc 8043829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 86 - 163
Target Start/End: Original strand, 32641166 - 32641243
Alignment:
Q  86 gccatggctgcaatcaaactagactttccagtaccaggagggccatacaacaagtaaccgcgtttccaagctttccca 163  Q
    ||||| || |||| |||||||  ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  32641166 gccatagcagcaaccaaactactcttcccagttccaggtggaccatacaacaagtaacctctcttccaagctttccca 32641243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University