View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16561_low_13 (Length: 604)

Name: NF16561_low_13
Description: NF16561
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16561_low_13
NF16561_low_13
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (10-577)||(12748540-12749107)
chr1 (10-363)||(24683429-24683782)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (10-577)||(39489930-39490497)
chr7 (303-352)||(7505396-7505445)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (10-386)||(27971296-27971672)
chr3 (10-386)||(6885501-6885877)
chr3 (10-386)||(33984909-33985285)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-386)||(3410773-3411149)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (10-372)||(4971288-4971650)
chr5 (10-375)||(4696708-4697065)
chr5 (329-364)||(6453254-6453289)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (10-386)||(20142383-20142759)
chr6 (10-386)||(22190080-22190456)
chr6 (303-352)||(27966651-27966700)
[»] scaffold0564 (1 HSPs)
scaffold0564 (385-577)||(10720-10912)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (10-363)||(8097207-8097560)
chr8 (10-363)||(12827707-12828065)
chr8 (329-364)||(45451601-45451636)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 577
Target Start/End: Original strand, 12748540 - 12749107
Alignment:
Q  10 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtct 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12748540 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatctcaagaatttgatgtct 12748639  T
Q  110 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12748640 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 12748739  T
Q  210 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12748740 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 12748839  T
Q  310 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatagaactgactgaagtggttttaaggtactgaaccat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12748840 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatagaactggctgaagtggttttaaggtactgaaccat 12748939  T
Q  410 taatatggttcaaatcagttcagtttatttagcatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgcttgagaccaaacaattacagagatt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12748940 taatatggttcaaatcagttcagtttatttaccatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgcttgagaccaaacaattacagagatt 12749039  T
Q  510 aaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatgacatagttcctgaattgaagcatattaactgtta 577  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12749040 aaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatggcatagttcctgaattgaagcatattaactgtta 12749107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 10 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 24683782 - 24683429
Alignment:
Q  10 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtct 109  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |  ||||||||||||||    
T  24683782 gaagaatatgaaagccaatcgagtaacaacaccgaaaaatctgaacttgatacttatttagatgtgttgcggatgcctcaatctgcagaatttgatgtct 24683683  T
Q  110 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 209  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |    
T  24683682 tggctttttggaaggaaagaagtcgtataagtccaaatcctgcaaggatggcttgcaatatattgagtatttccataacaacggtggcatcagaatctac 24683583  T
Q  210 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 309  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24683582 atttagtattggcgcccgagttgtgaataagtatagaaattcaatgaaagatgattttgttcaggctctcaagtgcgcacgtagctggttacatggtttt 24683483  T
Q  310 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatat 363  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24683482 gaaggtatgatttttaaagttctatcatttttacaatggttttatagtttatat 24683429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 544; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 544; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 39490497 - 39489930
Alignment:
Q  10 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtct 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39490497 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacagcaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatctcaagaatttgatgtct 39490398  T
Q  110 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39490397 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 39490298  T
Q  210 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39490297 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 39490198  T
Q  310 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatagaactgactgaagtggttttaaggtactgaaccat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39490197 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatagaactggctgaagtggttttaaggtactgaaccat 39490098  T
Q  410 taatatggttcaaatcagttcagtttatttagcatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgcttgagaccaaacaattacagagatt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39490097 taatatggttcaaatcagttcagtttatttaccatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgcttgagaccaaacaattacagagatt 39489998  T
Q  510 aaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatgacatagttcctgaattgaagcatattaactgtta 577  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39489997 aaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatggcatagttcctgaattgaagcatattaactgtta 39489930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 303 - 352
Target Start/End: Original strand, 7505396 - 7505445
Alignment:
Q  303 tggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgtttt 352  Q
    |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||    
T  7505396 tggttttgaaggcatggcttttaaagttctatcatttttataattttttt 7505445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 386
Target Start/End: Original strand, 27971296 - 27971672
Alignment:
Q  10 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtct 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27971296 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatctcaagaatttgatgtct 27971395  T
Q  110 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27971396 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 27971495  T
Q  210 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27971496 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 27971595  T
Q  310 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatagaactgactgaa 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27971596 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatagaactgactgaa 27971672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 6885877 - 6885501
Alignment:
Q  10 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtct 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  6885877 gaagagtatgaaagccaatcaagtagcaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatctgcagaatttgatgtct 6885778  T
Q  110 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6885777 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 6885678  T
Q  210 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6885677 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttgcatggtttt 6885578  T
Q  310 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatagaactgactgaa 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6885577 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatagaactgactgaa 6885501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 386
Target Start/End: Original strand, 33984909 - 33985285
Alignment:
Q  10 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtct 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  33984909 gaagaatatgaaagccaatcaagtaataacatcggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatcttcagaatttgatgtct 33985008  T
Q  110 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33985009 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggtttgcgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 33985108  T
Q  210 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33985109 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatataagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtaactggttacatggtttt 33985208  T
Q  310 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatagaactgactgaa 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33985209 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcgatagaactgactgaa 33985285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 3411149 - 3410773
Alignment:
Q  10 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtct 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3411149 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgtggatgcctctatctcaagaatttgatgtct 3411050  T
Q  110 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3411049 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgt 3410950  T
Q  210 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3410949 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttaaatgaaagatgattatgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 3410850  T
Q  310 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatagaactgactgaa 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3410849 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatagaactgattgaa 3410773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 4971650 - 4971288
Alignment:
Q  10 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtct 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  4971650 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatctccagaatttgatgtct 4971551  T
Q  110 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4971550 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 4971451  T
Q  210 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4971450 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataagtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctagttacatggtttt 4971351  T
Q  310 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaa 372  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4971350 gaaggtatgatttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattgttgtcaa 4971288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 4697065 - 4696708
Alignment:
Q  10 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtct 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4697065 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatctcaagaatttgatgtct 4696966  T
Q  110 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4696965 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 4696866  T
Q  210 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4696865 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 4696766  T
Q  310 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatag 375  Q
    ||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4696765 gaaggtat--------tagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatag 4696708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 329 - 364
Target Start/End: Original strand, 6453254 - 6453289
Alignment:
Q  329 ttctatcatttttacaattgttttatagtttatatt 364  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6453254 ttctatcatttttacaattattttatagtttatatt 6453289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 386
Target Start/End: Original strand, 20142383 - 20142759
Alignment:
Q  10 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtct 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  20142383 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatctccggaatttgatgtct 20142482  T
Q  110 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |    
T  20142483 tagctttttggaaggaaagaagtcgcagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgagtattccaataacaacagtggcattagaatctac 20142582  T
Q  210 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 309  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20142583 gtttagtattggcgcccaagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacatagctggttacatggtttt 20142682  T
Q  310 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatagaactgactgaa 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20142683 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaagagaactgactgaa 20142759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 22190456 - 22190080
Alignment:
Q  10 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtct 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  22190456 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatctcttgaatttgatgtct 22190357  T
Q  110 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |    
T  22190356 tagctttttggaaggaaagaagtcgcagaagtccaaatcttgcaaggatggcttgcgatatattgagtattccaataacaacagtggcattagaatctac 22190257  T
Q  210 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 309  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22190256 gtttagtattggcgcccaagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacatagctggttacatggtttt 22190157  T
Q  310 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaatagaactgactgaa 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22190156 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatattattgtcaagagaactgactgaa 22190080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 303 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 27966700 - 27966651
Alignment:
Q  303 tggttttgaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgtttt 352  Q
    |||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  27966700 tggttttgaaggcatgacttttaaagttctatcatttttacaattttttt 27966651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0564 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: scaffold0564
Description:

Target: scaffold0564; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 385 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 10912 - 10720
Alignment:
Q  385 aagtggttttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttagcatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgc 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10912 aagtggttttaaggtactgaaccattaatatggttcaaatcagttcagtttatttaccatgtattgatgtacacccctatcaagtgactcaacatgttgc 10813  T
Q  485 ttgagaccaaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatgacatagttcctgaattgaagcatattaactgtta 577  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10812 ttgagaccaaacaattacagagattaaaagcaacatgtcttttagcaggggagttcatggcatagttcctgaattgaagcatattaactgtta 10720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 142; Significance: 3e-74; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 8097560 - 8097207
Alignment:
Q  10 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaatttgatgtct 109  Q
    ||||||| | ||||||||  ||||| |||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||    ||||||||| |||    
T  8097560 gaagaatttaaaagccaagtaagtaccaacacccaaaaatatcaacttgatacttatttagatgagttgtagatgcctccattggtggaatttgatatct 8097461  T
Q  110 tagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatctgc 209  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  8097460 ttgcttattggaaggaaagaagtcgtagaagtcctaatcttacaaggatgacttgcgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaatatgg 8097361  T
Q  210 gtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatggtttt 309  Q
     |||||||||||| | |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| |  ||||   || |||| ||| ||||||| | |||||||||||||    
T  8097360 ttttagtattggctctcgagttctgaataagtatagtagttcaatgaaagatgaattggttccatctgtcttttgcacacgtagttagttacatggtttt 8097261  T
Q  310 gaaggtatggtttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatat 363  Q
     ||||||   ||||||  ||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||    
T  8097260 aaaggtaccatttttaatgttctatcattttttaaatggttatatagtttatat 8097207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 10 - 363
Target Start/End: Original strand, 12827707 - 12828065
Alignment:
Q  10 gaagaatatgaaagccaatcaagtaacaacaccggaaaatcagaacttgatacttatttagatgagttgcggatgcctctatttcaagaa-tttgatgt- 107  Q
    ||||||| ||| || ||| |||||| |||||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |  | ||| |||||| |     
T  12827707 gaagaatttgagagtcaaccaagtaccaacactgaaaaatttgaacttgatacttatttagatgagttgcaaatgcctc-agtcgacgaaatttgatata 12827805  T
Q  108 ---cttagctttttggaaggaaagaagtcgtagaagtccaaatcttgcaaggatggcttacgatatattgagtattccaataacaacggtggcatcagaa 204  Q
       ||| |||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||    
T  12827806 tatcttggcttattggaacgaaagaagtcgttgaagtcctaatcttgtaaggatggcttgcgatatattgagtatttcaataaaaacagtggcataagaa 12827905  T
Q  205 tctgcgtttagtattggcgcccgagttgtgaataggtatagaagttcaatgaaagatgattctgttcaggctctcttgtgcgcacgtagctggttacatg 304  Q
    || |  |||| ||||||| | ||||||  ||||| ||||  |||||| ||||||||| | || |||||  ||||| ||||| ||||||| | ||||||||    
T  12827906 tcggtttttaatattggctctcgagttcggaataagtatgtaagttccatgaaagataaatcagttcaaactctcatgtgcacacgtagttagttacatg 12828005  T
Q  305 gttttgaaggtatggt-ttttatagttctatcatttttacaattgttttatagtttatat 363  Q
     || |||||||||  | ||||   ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  12828006 attgtgaaggtattttgttttgacgttctatcatttttaaaatggttttatagtttatat 12828065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 329 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 45451636 - 45451601
Alignment:
Q  329 ttctatcatttttacaattgttttatagtttatatt 364  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45451636 ttctatcatttttacaattattttatagtttatatt 45451601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University