View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16561_low_17 (Length: 545)
Name: NF16561_low_17
Description: NF16561
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16561_low_17 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 477; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 33051091 - 33050579
Alignment:
| Q |
17 |
catagggttgttaagaagaaattagaatacaccataatgaccgacggttggaccaatacttgaagaactatgctgaactttttggtgaatactctcgagc |
116 |
Q |
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| T |
33051091 |
catagggttgttaagaagaaattagaatacaccataatgaccgacggttggaccaatacttaaagaactatactgaactttttggtgaatactctcaagc |
33050992 |
T |
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| Q |
117 |
gagccatttttaagaaatctattgacgcgtctaacataagcaaaaactgccgacaatgtttttaagatgatattgttgtaaaggttgttgaagaacttgt |
216 |
Q |
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| T |
33050991 |
gagccatttttaagaaatctattgatgcgtctatcataagcaaaaactgccgacaatgtttttaagatgatattgttgttaaggttgttgaagaacttgt |
33050892 |
T |
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| Q |
217 |
cccaatttttatggacaatgcagcaaattacaaagttgatgggtaattgttgatgcaaaagtgggagaagttgtattggacaccatgtgcagctcattga |
316 |
Q |
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| T |
33050891 |
cccaatttttatggacaatgcagcaaattacaaagttgatgggtaattgttgatgcaaaagtgggagaagttgtattggacaccatgtgcagctcattga |
33050792 |
T |
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| Q |
317 |
atcgacctaatgttggaaaattttgagaagatttctttccacaagatatgattgctagcgataaaaaatatcacaatattcatttacagaagatcatatt |
416 |
Q |
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| T |
33050791 |
atcgacctaatgttggaaaattttgagaagatttctttccacaagatatgattgctagcgataaaaaatatcacaatattcatttacagaagatcatatt |
33050692 |
T |
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| Q |
417 |
cttttattgcacaaatttactgtagacactatttgatttaacctgcgatgactcgttttgcagcatcttacttgacattagagtgtttgcattacaatta |
516 |
Q |
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| T |
33050691 |
cttttattgcacaaatttactgtagacactatttgatttaacctgcaatgactcgttttgcagcatcttacttgaaattagagtgtttgcataacaatta |
33050592 |
T |
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| Q |
517 |
tagagcacttatt |
529 |
Q |
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| T |
33050591 |
tagagcacttatt |
33050579 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 458; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 42807854 - 42807352
Alignment:
| Q |
17 |
catagggttgttaagaagaaattagaatacaccataatgaccgacggttggaccaatacttgaagaactatgctgaactttttggtgaatactctcgagc |
116 |
Q |
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| T |
42807854 |
catagggtcgttaagaagaaattagaatacaccataatgaccgacggttggaccaatacttgaagaactatactgaactttttggtgaatactctcaagc |
42807755 |
T |
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| Q |
117 |
gagccatttttaagaaatctattgacgcgtctaacataagcaaaaactgccgacaatgtttttaagatgatattgttgtaaaggttgttgaagaacttgt |
216 |
Q |
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| T |
42807754 |
gagccatttttaagaaatctattgacgcgtctaacataagcaaaaactgccgacaatgtttttaagatgatattgttgtaaaggttgttgaagaacttgt |
42807655 |
T |
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| Q |
217 |
cccaatttttatggacaatgcagcaaattacaaagttgatgggtaattgttgatgcaaaagtgggagaagttgtattggacaccatgtgcagctcattga |
316 |
Q |
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| T |
42807654 |
cccaatttttatggacaatgcagcaaattacaaagttgatgggtaattgttgatgcaaaagtgggagaagttgtattggacaccatgtgcagctcattga |
42807555 |
T |
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| Q |
317 |
atcgacctaatgttggaaaattttgagaagatttctttccacaagatatgattgctagcgataaaaaatatcacaatattcatttacagaagatcatatt |
416 |
Q |
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| T |
42807554 |
atcgacctaatgttggaaaattttgagaagatttctttccacaagatatgattgctagcgataa----------aatattcatttacagaagatcatatt |
42807465 |
T |
|
| Q |
417 |
cttttattgcacaaatttactgtagacactatttgatttaacctgcgatgactcgttttgcagcatcttacttgacattagagtgtttgcattacaatta |
516 |
Q |
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| T |
42807464 |
cttttattgcacaaatttactgtagacactatttgatttaacctgcaatgactcgttttgcagcatcttacttgatattagagtgtttgcattacaatta |
42807365 |
T |
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| Q |
517 |
tagagcacttatt |
529 |
Q |
| |
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| T |
42807364 |
tagagcacttatt |
42807352 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 42765494 - 42764993
Alignment:
| Q |
17 |
catagggttgttaagaagaaattagaatacaccataatgaccgacggttggaccaatacttg-aagaactatgctgaactttttggtgaatactctcgag |
115 |
Q |
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| T |
42765494 |
catagggttgttaagaagaaattaaaatacaccataatgaccgacggttggaccaatacttggaagaactatactgaactttttggtgaatactctcaag |
42765395 |
T |
|
| Q |
116 |
cgagccatttttaagaaatctattgacgcgtctaacataagcaaaaactgccgacaatgtttttaagatgatattgttgtaaaggttgttgaagaacttg |
215 |
Q |
| |
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|
| T |
42765394 |
cgagccatttttaggaaatctattgacgcatctaacataagcaaaaactgccgacaatgtttttaagatgatattgttgtaaaggttgttgaagaacttg |
42765295 |
T |
|
| Q |
216 |
tcccaatttttatggacaatgcagcaaat--tacaaagttgatgggtaattgttgatgcaaaagtgggagaagttgtattggacaccatgtgcagctcat |
313 |
Q |
| |
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| T |
42765294 |
tcccaatttttatggacaatgcagaaaattatacaaagttgatgggtaattgttgatgcaaaagtgggagaagttgtattggacaccatgtgcagctcat |
42765195 |
T |
|
| Q |
314 |
tgaatcgacctaatgttggaaaattttgagaagatttctttccac-aagatatgattgctagcgataaaaaatatcacaatattcatttacagaagatca |
412 |
Q |
| |
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| T |
42765194 |
tgaatcgacctaatgttgaaattttttgagaagatttctttccacaaagatatgatttatagtgataaaaaatatcacaacattcatttacacaagatca |
42765095 |
T |
|
| Q |
413 |
tattcttttattgcacaaatttactgtagacactatttgatttaacctgcgatgactcgttttgcagcatcttacttgacattagagtgtttgcattaca |
512 |
Q |
| |
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| T |
42765094 |
tattcttttattgcacaaatttactgtagacactatttgatttaacctgcaacga---------------cttacttgacattagagtgtttgcatgaca |
42765010 |
T |
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| Q |
513 |
attatagagcacttatt |
529 |
Q |
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| T |
42765009 |
attacagagcacttatt |
42764993 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 287 - 347
Target Start/End: Original strand, 15658821 - 15658881
Alignment:
| Q |
287 |
ttgtattggacaccatgtgcagctcattgaatcgacctaatgttggaaaattttgagaaga |
347 |
Q |
| |
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| T |
15658821 |
ttgtattggacaccatgtgctgctcattgtattgacttgatgttggaggattttgagaaga |
15658881 |
T |
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