View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16563_low_2 (Length: 755)

Name: NF16563_low_2
Description: NF16563
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16563_low_2
NF16563_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-748)||(4407231-4407981)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 4407981 - 4407231
Alignment:
Q  1 gtatgctactctttacaaacaagatggacttaaaggtggtcatgttatcatgcttggtgctgatcctttcagtaaagctgcttctcttgaagcattacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4407981 gtatgctactctttacaaacaagatggacttaaaggtggtcatgttatcatgcttggtgctgatcctttcagtaaagctgcttctcttgaagcattacat 4407882  T
Q  101 gcttatcctggtattatagtttcattacaccatttgttccttttctgtttcgtgtttgcttttaatttattttagaatgtgatgctaggttgaaggtgat 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4407881 gcttatcctggtattatagtttgattacaccatttgttccttttctgtttcgtgtttgcttttaatttattttagaatgtgatgctaggttgaaggtgat 4407782  T
Q  201 attcannnnnnncttggatttcaattttaacaaatggcactagaagtatatagaaaaaggattaattttgttgatctacttattctggaagtttatgata 300  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4407781 attcatttttttcttggatttcaattttaacaaatggcactagtagtatatagaaaaaggattaattttgttgatctacttattctggaagtttatgata 4407682  T
Q  301 gaacactatagcgtaatttgtcttgcactttcacttaatcatatggtgtcatgtcacatatgtattgaacaattaaaagcttttactagaagtaagaaac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4407681 gaacactatagcgtaatttgtcttgcactttcacttaatcatatggtgtcatgtcacatatgtattgaacaattaaaagcttttactagaagtaagaaac 4407582  T
Q  401 ttagtaactataattttgtaatgcgatgggtatgtcaccttttttgtctc--tggactgtaaagtgatcaatgaccatgcatcaaatttgtacttccaat 498  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4407581 ttagtgactataattttgtaatgcgatgggtatgtcaccttttttgtctctgtggactgtaaagtgatcaatgaccatgcatcaaatttgtacttccaat 4407482  T
Q  499 tttgaaaaggaagaagctacattgtataaatgatcggactaatgttaaattacatattttttgtgattgttg-ttagagcttttatccggtgttcttatg 597  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4407481 tttgaaaaggaagaagctacattgtataaatgatcggactaatgttaaattacatattttttgtgattgttgtttagagcttttatccggtgttcttatg 4407382  T
Q  598 gactagtgaccttttgttgatattggactttgtacagcagttagccttgaaaatgccttgactgacttcatgactatatttatcaatataacttgggaga 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4407381 gactagtgaccttttgttgatattggactttgtacagcagttagccttgaaaatgccttgactgacttcatgactatatttatcaatataacttgggaga 4407282  T
Q  698 atgccttaaacttatttgtctttttcattgattttcatggttgatgatgtc 748  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4407281 atgccttaaacttatttggctttttccttgattttcatggttgatgatgtc 4407231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University