View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16563_low_3 (Length: 505)

Name: NF16563_low_3
Description: NF16563
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16563_low_3
NF16563_low_3
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (2-487)||(37399936-37400414)
chr5 (2-487)||(37533658-37534136)
chr5 (2-487)||(37697345-37697823)
chr5 (2-487)||(37824453-37824931)
chr5 (2-487)||(37640430-37640908)
chr5 (2-487)||(37594882-37595360)
chr5 (2-487)||(37436265-37436743)
chr5 (2-487)||(37703226-37703704)
chr5 (2-487)||(37712182-37712660)
chr5 (88-463)||(37392109-37392474)
chr5 (39-487)||(37381459-37381900)
chr5 (189-441)||(37429486-37429731)
chr5 (271-367)||(37412513-37412609)
chr5 (119-226)||(37412654-37412761)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (2-487)||(16842000-16842478)
chr4 (318-487)||(24216864-24217026)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (166-487)||(14553760-14554074)
chr3 (2-64)||(14553668-14553730)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 2 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 37400414 - 37399936
Alignment:
Q  2 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaaggtataaatattccaatttgattaaatttcgataaatatttgggattagaccactaaagttattata 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||   || ||||||||||||| |    
T  37400414 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaacaattgggatgctactactaaagttattaaa 37400315  T
Q  102 tccaaggccactatgaatgaggtgtgcaaggtttgaaagtaatggtgagatctcacctctaagtttattttgcgaaagatccaaatatgttagttgggtg 201  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||    
T  37400314 tccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaatatgttagttgggtg 37400215  T
Q  202 aggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaattgcaccgtgaaagacctaatctagtaagatatttcaattgacctatggaacagggaattttac 301  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| ||    
T  37400214 aggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaccgtgaaaaatctaatcgagtaagatacttcaattggcctatggaatagggaatttcac 37400115  T
Q  302 cagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattggagagttcatggca 401  Q
    | || ||||||     ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |       || |  ||| ||    
T  37400114 ctgaaaaagcagaggaagagaggaccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggtttt-------gattaaatgaca 37400022  T
Q  402 aatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttgctagacgaagagaaacc 487  Q
    |||| | | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||| ||||||||||    
T  37400021 aatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagtttctgatagactaagagaaacc 37399936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 2 - 487
Target Start/End: Original strand, 37533658 - 37534136
Alignment:
Q  2 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaaggtataaatattccaatttgattaaatttcgataaatatttgggattagaccactaaagttattata 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||   | |||||||||||||  |    
T  37533658 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgataaatattccaatttgattaaatttccataaacatttgggatgctagcactaaagttattcaa 37533757  T
Q  102 tccaaggccactatgaatgaggtgtgcaaggtttgaaagtaatggtgagatctcacctctaagtttattttgcgaaagatccaaatatgttagttgggtg 201  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  37533758 tccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattatgtgaaagatccaaatatgttagttgggtg 37533857  T
Q  202 aggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaattgcaccgtgaaagacctaatctagtaagatatttcaattgacctatggaacagggaattttac 301  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||   ||||||  |||||  ||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||| ||    
T  37533858 aggttccacaaagatagaggaaccattccatcaaaattgcagaatgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcac 37533957  T
Q  302 cagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattggagagttcatggca 401  Q
    | || ||||||     ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |       ||| ||    
T  37533958 ctgaaaaagcagagaaagagaggaccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattag-------atgaca 37534050  T
Q  402 aatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttgctagacgaagagaaacc 487  Q
    |||| | | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||| ||||||||||    
T  37534051 aatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagtttctgatagactaagagaaacc 37534136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 2 - 487
Target Start/End: Original strand, 37697345 - 37697823
Alignment:
Q  2 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaaggtataaatattccaatttgattaaatttcgataaatatttgggattagaccactaaagttattata 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||   ||| |||||||||||||     
T  37697345 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaacaattgggatgctaccgctaaagttattatt 37697444  T
Q  102 tccaaggccactatgaatgaggtgtgcaaggtttgaaagtaatggtgagatctcacctctaagtttattttgcgaaagatccaaatatgttagttgggtg 201  Q
    | ||||   || || ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||    
T  37697445 tgcaagattacaatcaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattatttgaaagatccaaatatgttagttgagtg 37697544  T
Q  202 aggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaattgcaccgtgaaagacctaatctagtaagatatttcaattgacctatggaacagggaattttac 301  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||    
T  37697545 aggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaccatgaaaaatctaatcgagtaagatacttcaattgacctatggaataaggaatttcac 37697644  T
Q  302 cagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattggagagttcatggca 401  Q
    | ||||||||| | | ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |       || |  ||| ||    
T  37697645 ctgagaaagcagtgtaagagaggtctaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggtttt-------gattaaatgaca 37697737  T
Q  402 aatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttgctagacgaagagaaacc 487  Q
    |||| | | |||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||    
T  37697738 aatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttcgtagactaagagaaacc 37697823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 2 - 487
Target Start/End: Original strand, 37824453 - 37824931
Alignment:
Q  2 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaaggtataaatattccaatttgattaaatttcgataaatatttgggattagaccactaaagttattata 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||   ||| ||||||||||| |     
T  37824453 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaacatttgggatgctaccgctaaagttattctc 37824552  T
Q  102 tccaaggccactatgaatgaggtgtgcaaggtttgaaagtaatggtgagatctcacctctaagtttattttgcgaaagatccaaatatgttagttgggtg 201  Q
    | ||||  ||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  37824553 tgcaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagcttattttgtgaaaggtccaaatatgttagttgggtg 37824652  T
Q  202 aggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaattgcaccgtgaaagacctaatctagtaagatatttcaattgacctatggaacagggaattttac 301  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||   ||||||  |||||  ||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||| ||    
T  37824653 aggttccacaaagatagaggaacaatcccatcaaaattgcaatatgaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcac 37824752  T
Q  302 cagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattggagagttcatggca 401  Q
    | || ||||||     |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||       || |  ||| ||    
T  37824753 ctgaaaaagcagaggaagagaggtccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttat-------gattaaatgaca 37824845  T
Q  402 aatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttgctagacgaagagaaacc 487  Q
    |||| | | |||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||    
T  37824846 aatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttcgtagactaagagaaacc 37824931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 2 - 487
Target Start/End: Original strand, 37640430 - 37640908
Alignment:
Q  2 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaaggtataaatattccaatttgattaaatttcgataaatatttgggattagaccactaaagttattata 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||   ||| |||||||||||| |    
T  37640430 atggaacttggcctgttaggttgttaaagtaaagtgataaatattccaatttgattaaatttccataaacaattgggatgctaccgctaaagttattaaa 37640529  T
Q  102 tccaaggccactatgaatgaggtgtgcaaggtttgaaagtaatggtgagatctcacctctaagtttattttgcgaaagatccaaatatgttagttgggtg 201  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||    
T  37640530 tccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccattaagtttattaaatgaaaggtccaaatatgttagttgggtg 37640629  T
Q  202 aggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaattgcaccgtgaaagacctaatctagtaagatatttcaattgacctatggaacagggaattttac 301  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||   ||||||  |||||  ||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||| ||    
T  37640630 aggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatctgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcac 37640729  T
Q  302 cagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattggagagttcatggca 401  Q
    | |||||||||  |  |  ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |       || |  ||| ||    
T  37640730 ctgagaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggtttt-------gattaaatgaca 37640822  T
Q  402 aatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttgctagacgaagagaaacc 487  Q
    |||| | | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||||| ||||||||||    
T  37640823 aatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagtttttcgtagactaagagaaacc 37640908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 2 - 487
Target Start/End: Original strand, 37594882 - 37595360
Alignment:
Q  2 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaaggtataaatattccaatttgattaaatttcgataaatatttgggattagaccactaaagttattata 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||   ||| |||||||||||||     
T  37594882 atggaacttggcctgttaggttgttaaaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaacaattgggatgctaccgctaaagttattatc 37594981  T
Q  102 tccaaggccactatgaatgaggtgtgcaaggtttgaaagtaatggtgagatctcacctctaagtttattttgcgaaagatccaaatatgttagttgggtg 201  Q
    |  |||  ||  |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |  ||||||  |||||||||||||||||||    
T  37594982 tgtaagatcataatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgtcaagcttattatatgaaagactcaaatatgttagttgggtg 37595081  T
Q  202 aggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaattgcaccgtgaaagacctaatctagtaagatatttcaattgacctatggaacagggaattttac 301  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||    
T  37595082 aggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaatggcaccatgaaaaatctaatcgagtaagatacttcaattgacctatggaataaggaatttcac 37595181  T
Q  302 cagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattggagagttcatggca 401  Q
    | || ||||||  |  |  ||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||       |  ||| ||    
T  37595182 ctgaaaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtgctcaagttggactttggaagttgaccactaaggttatcat-------taaatgaca 37595274  T
Q  402 aatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttgctagacgaagagaaacc 487  Q
    |||| | | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  37595275 aatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttcgtagaagaagagaaacc 37595360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 2 - 487
Target Start/End: Original strand, 37436265 - 37436743
Alignment:
Q  2 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaaggtataaatattccaatttgattaaatttcgataaatatttgggattagaccactaaagttattata 101  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| ||   ||| ||||||||||||||    
T  37436265 atggaacttggcctgttaggctgttggaggaaagtgataaatattccaatttggttaaattttgataaacatttggaatgctaccgctaaagttattata 37436364  T
Q  102 tccaaggccactatgaatgaggtgtgcaaggtttgaaagtaatggtgagatctcacctctaagtttattttgcgaaagatccaaatatgttagttgggtg 201  Q
    ||||||| ||| || |||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| |||    
T  37436365 tccaaggtcacaataaatgaggtgtgaggggtttgaaagtaatggtgaaatctcactgttaagtttatttcttgaaaggtccaaatatgttagttgagtg 37436464  T
Q  202 aggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaattgcaccgtgaaagacctaatctagtaagatatttcaattgacctatggaacagggaattttac 301  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| | | ||||  |||||  ||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||| ||    
T  37436465 aggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaacctaaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcac 37436564  T
Q  302 cagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattggagagttcatggca 401  Q
    | |||||||||  |  |  ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |       || |  ||| ||    
T  37436565 ctgagaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggtttt-------gattaaatgaca 37436657  T
Q  402 aatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttgctagacgaagagaaacc 487  Q
    |||| | | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||| ||||||||||    
T  37436658 aatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactgagtggatgctagactaagagaaacc 37436743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 2 - 487
Target Start/End: Original strand, 37703226 - 37703704
Alignment:
Q  2 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaaggtataaatattccaatttgattaaatttcgataaatatttgggattagaccactaaagttattata 101  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||    || ||||||||||||||    
T  37703226 atggaacttggcctgttagcttgttagaggaaagtgataaatattccaatttgtttaaatttccataaacaattgggatgcctccgctaaagttattata 37703325  T
Q  102 tccaaggccactatgaatgaggtgtgcaaggtttgaaagtaatggtgagatctcacctctaagtttattttgcgaaagatccaaatatgttagttgggtg 201  Q
    | ||||   || |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||    
T  37703326 tgcaagattacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaatatgttagttgggtg 37703425  T
Q  202 aggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaattgcaccgtgaaagacctaatctagtaagatatttcaattgacctatggaacagggaattttac 301  Q
    || ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||  |||||  ||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||| ||    
T  37703426 agattccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatgtgaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcac 37703525  T
Q  302 cagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattggagagttcatggca 401  Q
    | || ||||||     |||||||| |||||| || | ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||        ||| ||    
T  37703526 ctgaaaaagcagaggaagagaggttcaagtatcttagaggagagctccagttggattttggaagttgaccactaaggttataattg-------aatgaca 37703618  T
Q  402 aatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttgctagacgaagagaaacc 487  Q
    |||| | | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||| ||||||||||    
T  37703619 aatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagtttctgatagactaagagaaacc 37703704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 487
Target Start/End: Original strand, 37712182 - 37712660
Alignment:
Q  2 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaaggtataaatattccaatttgattaaatttcgataaatatttgggattagaccactaaagttattata 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||   ||| ||||||||||||||    
T  37712182 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgctaaatatttcaatttgattaaatttccataaacatttgggatgctaccgctaaagttattata 37712281  T
Q  102 tccaaggccactatgaatgaggtgtgcaaggtttgaaagtaatggtgagatctcacctctaagtttattttgcgaaagatccaaatatgttagttgggtg 201  Q
    | ||||   || |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    ||||| ||||||| |||||||||||||    
T  37712282 tgcaagataacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattcaatgaaaggtccaaatgtgttagttgggtg 37712381  T
Q  202 aggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaattgcaccgtgaaagacctaatctagtaagatatttcaattgacctatggaacagggaattttac 301  Q
    || ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||  |||||  ||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||| ||    
T  37712382 agattccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcac 37712481  T
Q  302 cagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattggagagttcatggca 401  Q
    | || ||||||     ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |       || |  ||| ||    
T  37712482 ctgaaaaagcagaggaagagaggaccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggtttt-------gattaaatgaca 37712574  T
Q  402 aatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttgctagacgaagagaaacc 487  Q
    |||| | | |||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| |  ||||| ||||||||||    
T  37712575 aatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtctcgtagactaagagaaacc 37712660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 88 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 37392474 - 37392109
Alignment:
Q  88 ctaaagttattatatccaaggccactatgaatgaggtgtgcaaggtttgaaagtaatggtgagatctcacctctaagtttattttgcgaaagatccaaat 187  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||   |||||  ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||    
T  37392474 ctaaagtaattatatccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggttcaaaaataatggtgagatctcaccgttaagtttattttgtgaaaggtccaaat 37392375  T
Q  188 atgttagttgggtgaggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaattgcaccgtgaaagacctaatctagtaagatatttcaattgacctatgga 287  Q
     ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||   ||||||  |||||  ||||||||| ||||| || ||||| ||    
T  37392374 gtgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatatgaaaggactaattgagtaagatacttcaaatggcctataga 37392275  T
Q  288 acagggaattttaccagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattg 387  Q
       |||||||| ||| |||||||  ||   ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||| |||| |||     
T  37392274 tttgggaatttcacctgagaaagtgatgccagataggtccaagtaccttagaggagtgctccagtttgattttggaagtttaccgctaagttcattatt- 37392176  T
Q  388 gagagttcatggcaaatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaaccca 463  Q
             || |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37392175 ---------tgacaaatctagtctttgaagattaggtaaagagaggatggcacttgacaaatttccttgcaaccca 37392109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 39 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 37381900 - 37381459
Alignment:
Q  39 taaatattccaatttgattaaatttcgataaatatttgggattagaccactaaagttattatatccaaggccactatgaatgaggtgtgcaaggtttgaa 138  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  | ||| |||||||||   ||| ||||||||||||||   |||  ||   | | ||||||||| ||| ||||||    
T  37381900 taaatattctaatttgattaaattttcaaaaacatttgggatgctaccgctaaagttattatactgaagatcaaagtaagtgaggtgtgtaagttttgaa 37381801  T
Q  139 agtaatggtgagatctcacctctaagtttattt-tgcgaaagatccaaatatgttagttgggtgaggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaa 237  Q
    ||| ||| || |||||||||| |||| || ||  |  |||||| | ||  |||| ||||| ||||||||||  |||||| ||||||||| ||| || |||    
T  37381800 agtgatgatgggatctcacctttaagattgttgctttgaaagaac-aaggatgtgagttgagtgaggttccccaaagatggaggaatcaacccgtcaaaa 37381702  T
Q  238 ttgcaccgtgaaagacctaatctagtaagatatttcaattgacctatggaacagggaattttaccagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctca 337  Q
    ||||||  |  |||  |||||  ||| ||| | ||||| || ||||||||| | ||||||| ||| |||||||   |   ||||||||||||||||||||    
T  37381701 ttgcacatttcaaggtctaattgagttagagacttcaactggcctatggaataaggaatttcacctgagaaaggggtgcgagagaggtccaagtacctca 37381602  T
Q  338 aaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattggagagttcatggcaaatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgt 437  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||| ||  || || |  | ||| ||       ||  ||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||    
T  37381601 aaggagtgctccagttggatttcggaagttgactgctcagatatttattaga-------tgataaatctagtgtttggagattaggtaaagagaggatgt 37381509  T
Q  438 cacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttgctagacgaagagaaacc 487  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||    
T  37381508 cacttgacaaatttccttgcaacccagtttctcctagaccaagagaaacc 37381459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 189 - 441
Target Start/End: Original strand, 37429486 - 37429731
Alignment:
Q  189 tgttagttgggtgaggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaattgcaccgtgaaagacctaatctagtaagatatttcaattgacctatggaa 288  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |   ||| |||||| ||   |||||| |||||    |||||||| ||||| |  |||||||||    
T  37429486 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaagaacagcatagaaattacagtttgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaa 37429585  T
Q  289 cagggaattttaccagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattgg 388  Q
     ||||||||| | | ||||| ||  | |  ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||| | ||       
T  37429586 tagggaatttcatccgagaaggcggtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcat--- 37429682  T
Q  389 agagttcatggcaaatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgtcact 441  Q
        |  | | ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37429683 ----taaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcact 37429731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 271 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 37412609 - 37412513
Alignment:
Q  271 ttcaattgacctatggaacagggaattttaccagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagtt 367  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||| ||| ||||||  | ||  |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| || |||||||||    
T  37412609 ttcaactgacctatggaataaggaatttcacctgagaaaaaagttaaagagagatccaagtaccttagaggagtgctccagttgaacattggaagtt 37412513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 119 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 37412761 - 37412654
Alignment:
Q  119 tgaggtgtgcaaggtttgaaagtaatggtgagatctcacctctaagtttattttgcgaaagatccaaatatgttagttgggtgaggttccaaaaagatag 218  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||| || ||| |||||  ||||||| ||    ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| |    
T  37412761 tgagatgtgcgagatttgaaagtaatgatgggatttcaccgttaagtttgttaaatgaaaggtccaaatgtgttagttgagtgaggttccataaagattg 37412662  T
Q  219 aggaatca 226  Q
    ||||||||    
T  37412661 aggaatca 37412654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 180; Significance: 5e-97; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 16842478 - 16842000
Alignment:
Q  2 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaaggtataaatattccaatttgattaaatttcgataaatatttgggattagaccactaaagttattata 101  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||| |||||| |||||| ||||||||| ||||| | |||||||   ||| |||||||||||| |    
T  16842478 atggaacttggcctgttagactgttagaggaaagtgatagatattctaatttgcttaaatttccataaacaattgggatgctaccgctaaagttattaaa 16842379  T
Q  102 tccaaggccactatgaatgaggtgtgcaaggtttgaaagtaatggtgagatctcacctctaagtttattttgcgaaagatccaaatatgttagttgggtg 201  Q
    | ||||  ||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||    
T  16842378 tacaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattatttgaaagatccaaatatgttagttgagtg 16842279  T
Q  202 aggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaattgcaccgtgaaagacctaatctagtaagatatttcaattgacctatggaacagggaattttac 301  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||   ||||||  ||||   ||||||| | || ||||||||||||||| |||  ||||  |    
T  16842278 aggttccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaaaatgaaaggactaaatgagtaagagactttaattgacctatggaataggagatttctc 16842179  T
Q  302 cagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattggagagttcatggca 401  Q
    | ||||||||| | | |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |       || |   || ||    
T  16842178 ctgagaaagcagtatgagagaggtacaagtaccttagaggagtgctccagttggattttggaagttgaccactaaggtctt-------gattatgtgaca 16842086  T
Q  402 aatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttgctagacgaagagaaacc 487  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  16842085 aatctagtctttgaagatttgacaaagagagtatgtcacttaacaaatttccttgcaaaccagtgtttgctagatgaagagaaacc 16842000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 318 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 24217026 - 24216864
Alignment:
Q  318 agagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaagttcaccactaaggtcataattggagagttcatggcaaatctagtttttgaag 417  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||| | ||| ||       || ||||||||||||||||||    
T  24217026 agagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttggaaatttaccacgaaggtcttgattcga-------tgacaaatctagtttttgaag 24216934  T
Q  418 atttggtaaacagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttgctagacgaagagaaacc 487  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||    
T  24216933 atttggtaaagagaggatgtcacttgacatatttccttgcaatccagtggatgctagactaagagaaacc 24216864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 116; Significance: 9e-59; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 166 - 487
Target Start/End: Original strand, 14553760 - 14554074
Alignment:
Q  166 ttattttgcgaaagatccaaatatgttagttgggtgaggttccaaaaagatagaggaatcatcccatcgaaattgcaccgtgaaagacctaatctagtaa 265  Q
    |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||   ||||||  ||||   |||||    
T  14553760 ttattttgtgaaaggtccaaatgtgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaa 14553859  T
Q  266 gatatttcaattgacctatggaacagggaattttaccagagaaagcaattttagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggactttggaag 365  Q
    || | |||||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||   | |  ||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  14553860 gagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagagtaatggaggtacaagtaccttagaggagtactccagttggattttggaag 14553959  T
Q  366 ttcaccactaaggtcataattggagagttcatggcaaatctagtttttgaagatttggtaaacagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagt 465  Q
    || |||||||||  ||| |||        | |  |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  14553960 ttgaccactaagaccatcatta-------cctaccaaatctagtttttgaagatttggcaaagagagtatgtcacttgacaaatttccttgcaacccggt 14554052  T
Q  466 gtttgctagacgaagagaaacc 487  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  14554053 gtttgctagactaagagaaacc 14554074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 2 - 64
Target Start/End: Original strand, 14553668 - 14553730
Alignment:
Q  2 atggaacttggcctgttaggttgttagaggaaaggtataaatattccaatttgattaaatttc 64  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14553668 atggaacttggcctgctaggttgttagagaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttc 14553730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University