View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16566_low_14 (Length: 475)

Name: NF16566_low_14
Description: NF16566
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16566_low_14
NF16566_low_14
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (14-475)||(46524339-46524800)
chr7 (18-472)||(46531896-46532350)
chr7 (15-475)||(46322759-46323219)
chr7 (13-475)||(46326464-46326926)
chr7 (33-475)||(46520292-46520734)
chr7 (120-475)||(46490151-46490506)
chr7 (135-475)||(46478964-46479304)
chr7 (119-475)||(46516737-46517093)
chr7 (123-475)||(46494452-46494804)
chr7 (129-226)||(46464833-46464928)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-385)||(7475308-7475678)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (119-202)||(88323-88406)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (119-202)||(37151824-37151907)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 475
Target Start/End: Original strand, 46524339 - 46524800
Alignment:
Q  14 gtaataaagaaatagaagaacctgaaatctacatatgtaataatcatctccataagcagcatgcatggcatcaacggtcctgattttggggtttctacgg 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46524339 gtaataaagaaatagaagaacctgaaatctacatatgtaataatcatctccataagcagcatgcatggcatcaacggtcctgattttggggtttctacgg 46524438  T
Q  114 agtagtggaacactgagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46524439 agtagtggaacactgagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaa 46524538  T
Q  214 acacttgatcaacacccagaaaatctataagtgcaacaaggtcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcacc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46524539 acacttgatcaacacccagaaaatctataagtgcaacaagatcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcacc 46524638  T
Q  314 atagccacggagatcgggagcaacagcacggtagccgagggagctgagagctacattctggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaagg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46524639 atagccacggagatcgggagcaacagcacggtagccgagggagctgagagctacaatctggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaagg 46524738  T
Q  414 aacaagacaactggtccttcttttcctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttc 475  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46524739 aacaagacaacaggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttc 46524800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 472
Target Start/End: Original strand, 46531896 - 46532350
Alignment:
Q  18 taaagaaatagaagaacctgaaatctacatatgtaataatcatctccataagcagcatgcatggcatcaacggtcctgattttggggtttctacggagta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46531896 taaagaaatagaagaacctgaaatctagagatataataatcatctccataagcagcacgcatggcatcaacggtcttgattttggggtttctacggagta 46531995  T
Q  118 gtggaacactgagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaaacac 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46531996 gtggaacactgagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaagaaacac 46532095  T
Q  218 ttgatcaacacccagaaaatctataagtgcaacaaggtcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcaccatag 317  Q
    ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || | |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  46532096 ttggtcaacaccaagcaaatctataagtgcaacaaggtcacctacaatgtgaaaaccagtgtagctgcttattgaagatggagcctcggtgtcaccatag 46532195  T
Q  318 ccacggagatcgggagcaacagcacggtagccgagggagctgagagctacattctggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaaca 417  Q
    ||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46532196 ccacgcagatctggagcaacggcgcggtaaccgagggagccaagagctacaatttggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaaca 46532295  T
Q  418 agacaactggtccttcttttcctttctcagcaatatgcattttgattccattcac 472  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46532296 agacaacaggtccttcttttcctttttcagcaatatgcattttgattccattcac 46532350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 15 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 46323219 - 46322759
Alignment:
Q  15 taataaagaaatagaagaacctgaaatctacatatgtaataatcatctccataagcagcatgcatggcatcaacggtcctgattttggggtttctacgga 114  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||      
T  46323219 taatacagaaaaggaagaacctgaaatctagagatataataatcatctccataagcagcacgcatgccatcaacagttctgattttagggtttctacgcg 46323120  T
Q  115 gtagtggaacactgagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaaa 214  Q
      | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  46323119 taaatggaacactgagacaaacataggctttgattctttcagggcgaaacatgcaaaggtaccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaa 46323020  T
Q  215 cacttgatcaacacccagaaaatctataagtgcaacaaggtcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcacca 314  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||| ||||| || |||||||||    
T  46323019 cacttgatcaacgccaagcaaatctataagtgcaaccagatcacctacaatgtgaaaacctgtgtagctgcttattgaagatggagcctcagtgtcacca 46322920  T
Q  315 tagccacggagatcgggagcaacagcacggtagccgagggagctgagagctacattctggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaagga 414  Q
    |||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||| |||| ||||||  || ||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||    
T  46322919 tagccacgtagatccggagctacggcgcggtagccgagagagccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagttcaggaaagccgtgaagga 46322820  T
Q  415 acaagacaactggtccttcttttcctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttc 475  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46322819 acaaaacaacaggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttc 46322759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 13 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 46326926 - 46326464
Alignment:
Q  13 agtaataaagaaatagaagaacctgaaatctacatatgtaataatcatctccataagcagcatgcatggcatcaacggtcctgattttggggtttctacg 112  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||| | |    
T  46326926 agtagtaaagaaatggaagaacctgaaatctacagatataataatcatctccataaaccgcacgcatgccatcaacggttctgattttagggtttcgatg 46326827  T
Q  113 gagtagtggaacactgagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaaga 212  Q
    ||| | |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||     
T  46326826 gagaaatggaacactgaggcacacataggctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatggcacccatatcatgaccaacaagg 46326727  T
Q  213 aacacttgatcaacacccagaaaatctataagtgcaacaaggtcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcac 312  Q
    || ||||| || ||||| || || || || || | ||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||  ||||||||| |||| |||||||    
T  46326726 aaaacttgttccacaccaagcaagtcgatgagagaaacaatgtcaccaactacgtgaaaacatgtgtagctgctaatggaagacggaacatctgtgtcac 46326627  T
Q  313 catagccacggagatcgggagcaacagcacggtagccgagggagctgagagctacattctggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaag 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||  || ||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||    
T  46326626 catagccacggagatcgggagcaacagcacggtaaccgagggatccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagttcaggaaagccgtgaag 46326527  T
Q  413 gaacaagacaactggtccttcttttcctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttc 475  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46326526 gaacaaaacaacaggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttc 46326464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 33 - 475
Target Start/End: Original strand, 46520292 - 46520734
Alignment:
Q  33 acctgaaatctacatatgtaataatcatctccataagcagcatgcatggcatcaacggtcctgattttggggtttctacggagtagtggaacactgagac 132  Q
    ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||| || |  ||||||  | | | | | ||||||||||| ||   | ||||||||| ||||    
T  46520292 acctgaaatctgcagatataataatcgtctccataagcagcacgcctaccatcaataggcttcactgtggggtttctatggttaaatggaacactaagac 46520391  T
Q  133 agacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaaacacttgatcaacacccag 232  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||    
T  46520392 aaacataggctttgattctttcagggcgaaacatgcaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccgag 46520491  T
Q  233 aaaatctataagtgcaacaaggtcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcaccatagccacggagatcggga 332  Q
      | || || || ||||| |  ||||| || | ||| ||   ||||||||| || | |||||  |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||    
T  46520492 tgagtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctgga 46520591  T
Q  333 gcaacagcacggtagccgagggagctgagagctacattctggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaacaagacaactggtcctt 432  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  |||||  || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||    
T  46520592 gcaacagcacggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggacctt 46520691  T
Q  433 cttttcctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttc 475  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46520692 cttttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttc 46520734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 120 - 475
Target Start/End: Original strand, 46490151 - 46490506
Alignment:
Q  120 ggaacactgagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaaacactt 219  Q
    |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  46490151 ggaacactcagacacacgtaggctttgattctttcagggcgaaacaaacaaagataccaaccaatgatggcaccccaatcatgagctacaagaaacactc 46490250  T
Q  220 gatcaacacccagaaaatctataagtgcaacaaggtcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcaccatagcc 319  Q
    | ||||| || ||  | || || || ||||| | |||||| || |  || ||   ||||||||||||||  || | ||||||||||||||| ||||| ||    
T  46490251 ggtcaacgccaagtgagtcgatgagagcaacgatgtcaccaaccaaatggaagattgtgtagctactaatggaggccggagcatcggtgtcgccataacc 46490350  T
Q  320 acggagatcgggagcaacagcacggtagccgagggagctgagagctacattctggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaacaag 419  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||   | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  46490351 acggagatctggagcaacagcgcggtaaccgagggagccaagagcagaaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccatgaaggaacagg 46490450  T
Q  420 acaactggtccttcttttcctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttc 475  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46490451 acaacgggtccttctttacctttctcagcaatatgcattttgatgccattcacttc 46490506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 135 - 475
Target Start/End: Original strand, 46478964 - 46479304
Alignment:
Q  135 acataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaaacacttgatcaacacccagaa 234  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || ||      
T  46478964 acataagctttgattttttcagggcgaaataaacaaagataccaaccaatcatggcaccccaatcatgagctacaaggaacacttggtcaacgccgagtg 46479063  T
Q  235 aatctataagtgcaacaaggtcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcaccatagccacggagatcgggagc 334  Q
    | || || || ||||| |  ||||| || | ||| ||   ||||||||| || | |||||  |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||    
T  46479064 agtcgatgagagcaacgatatcacccaccaagtggaagattgtgtagctgcttattgaagcgggagcatcggtgtcgccgtagccacgaagatctggagc 46479163  T
Q  335 aacagcacggtagccgagggagctgagagctacattctggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaacaagacaactggtccttct 434  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||||  || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  46479164 aacagcacggtaaccgagggagccaagagcagcaatctggtggcgccatgaataccagagttcagggaagccgtgaaggaacaaaacaactggaccttct 46479263  T
Q  435 tttcctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttc 475  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46479264 tttcctttctctgcaatatgcattttgatgccattcacttc 46479304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 119 - 475
Target Start/End: Original strand, 46516737 - 46517093
Alignment:
Q  119 tggaacactgagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaaacact 218  Q
    |||||||||||| || |||||||| |||| | | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  46516737 tggaacactgaggcaaacataagccttgactttctcaggacgaaacaaacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagccacaaggaaaact 46516836  T
Q  219 tgatcaacacccagaaaatctataagtgcaacaaggtcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcaccatagc 318  Q
    || || ||||||||  | || || || ||||| |  ||||| || |  || |||  ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||    
T  46516837 tggtccacacccagtgagtcaattagagcaacgatatcaccaaccaaatgtaaaattgtgtagctactaactgaagtgggagcatcagtgtcaccgtagc 46516936  T
Q  319 cacggagatcgggagcaacagcacggtagccgagggagctgagagctacattctggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaacaa 418  Q
    ||| |||||| ||||| || |  |||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||| || || ||||||||||||||    
T  46516937 cacagagatctggagccacggtgcggtagccaagggagctgagagcaacaatctggtggcgccatgagtaccagatttcaggaaaaccatgaaggaacaa 46517036  T
Q  419 gacaactggtccttcttttcctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttc 475  Q
     || | ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||    
T  46517037 tactattggtccttcttttcctttctctgcgacatgcattttgattccattcacttc 46517093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 123 - 475
Target Start/End: Original strand, 46494452 - 46494804
Alignment:
Q  123 acactgagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaaacacttgat 222  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||    
T  46494452 acactgagacacacataggctttaactctctcagggcgaaacaagcaaagataccaaccaacgatggcaccccaatcatgagccacaaggaagacttgat 46494551  T
Q  223 caacacccagaaaatctataagtgcaacaaggtcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtcaccatagccacg 322  Q
    |||| || ||  | || || || ||||||| |||||| || | ||| ||   ||| || ||  | || |||   ||  |||| || || ||||| |||||    
T  46494552 caaccccaagcgagtcgatgagcgcaacaatgtcaccaaccaagtggaagattgtataactgtttaccgaactggggacatcagtatcgccataaccacg 46494651  T
Q  323 gagatcgggagcaacagcacggtagccgagggagctgagagctacattctggtggcgccatgaataccagagttctgggaagccatgaaggaacaagaca 422  Q
     ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||||||  || ||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||    
T  46494652 aagatcgggagccacagcccggtaaccgagagagccgagagccgcaatctggtggcgccaagagtaccagagttcagggaatccgtgaaggaacaggaca 46494751  T
Q  423 actggtccttcttttcctttctcagcaatatgcattttgattccattcacttc 475  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46494752 acaggtccttcttttcctttttcagcaatatgcattttgattccattcacttc 46494804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 129 - 226
Target Start/End: Original strand, 46464833 - 46464928
Alignment:
Q  129 agacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaagaaacacttgatcaac 226  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||  ||||||||||| | |  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  46464833 agacaaacataggctttgactctttcaggacgaaacaaaca--gataccaaccagttaaggcaccccaatcatgagcaacaaaaaagacttgatcaac 46464928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 11 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 7475678 - 7475308
Alignment:
Q  11 ttagtaataaagaaatagaagaacctgaaatctacatatgtaataatcatctccataagcagcatgcatggcatcaacggtcctgattttggggtttcta 110  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | | ||| ||||||||     
T  7475678 ttagtagtatagaaatagaagaacctgaaatctacata----ataatcatctccataagcagcatgcatgccatcaactgtcttcagtttagggtttctt 7475583  T
Q  111 cggagtagtggaacactgagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatgagcaacaa 210  Q
    ||| | |  |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  7475582 cggtgcaagggaacactgagacaaacataggctttgattctttcagggcgaaacgtgcaaaggtaccaaccaatgatggcaccccaatcatgagccacaa 7475483  T
Q  211 gaaacacttgatcaacacccagaaaatctataagtgcaacaaggtcacctactatgtgaaaacctgtgtagctactaactgaagacggagcatcggtgtc 310  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| || | |||||| |||| |||||||||    
T  7475482 gaaacacttgatcaacaccaagaaaatctataagtgcaacaaggtcaccaaccatatgaaaccctgtgtagctgcttattgaagatggagaatcggtgtc 7475383  T
Q  311 accatagccacggagatcgggagcaacagcacggtagccgagggagctgagagctacattctggtggcgccatga 385  Q
    |||||||||||||||||| | ||| ||  || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  7475382 accatagccacggagatcagtagccacgacatggtagccgagggagctgagagctataatctggtggcgccatga 7475308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 119 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 88406 - 88323
Alignment:
Q  119 tggaacactgagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatg 202  Q
    ||||||||| ||||| ||||| || |||| |||||| || || ||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  88406 tggaacactaagacaaacataggccttgactctttctggtcggaacatgcaaacataccaaccgatgattgcaccccaatcatg 88323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 119 - 202
Target Start/End: Original strand, 37151824 - 37151907
Alignment:
Q  119 tggaacactgagacagacataagctttgattctttcagggcgaaacatacaaagataccaaccaatgatagcaccccaatcatg 202  Q
    ||||||||| ||||| ||||| || |||| |||||| || || ||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  37151824 tggaacactaagacaaacataggccttgactctttctggtcggaacatgcaaacataccaaccgatgattgcaccccaatcatg 37151907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University