View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16569_low_80 (Length: 276)

Name: NF16569_low_80
Description: NF16569
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16569_low_80
NF16569_low_80
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-257)||(16232438-16232694)
chr2 (1-257)||(34691095-34691345)
chr2 (1-257)||(34713507-34713757)
chr2 (1-136)||(33861221-33861359)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-189)||(4620026-4620210)
chr8 (1-189)||(1846728-1846912)
chr8 (1-134)||(4787275-4787408)
chr8 (4-143)||(4297851-4297990)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (4-257)||(38137628-38137877)
chr1 (1-189)||(7890809-7890993)
chr1 (1-209)||(45993257-45993461)
chr1 (1-208)||(45983477-45983680)
chr1 (3-189)||(7888546-7888728)
chr1 (1-257)||(43045262-43045514)
chr1 (1-257)||(43045715-43045967)
chr1 (1-257)||(43066440-43066692)
chr1 (1-257)||(43084143-43084395)
chr1 (1-207)||(3301048-3301250)
chr1 (1-256)||(51291885-51292135)
chr1 (1-189)||(40034465-40034647)
chr1 (5-189)||(43076558-43076737)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-189)||(4231803-4231987)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (4-189)||(16349475-16349656)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-128)||(7528855-7528982)
chr6 (4-186)||(7519487-7519665)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 16232694 - 16232438
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232694 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 16232595  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232594 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcatcgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 16232495  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatg 257  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232494 ccactactctcggtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatg 16232438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 34691345 - 34691095
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||    
T  34691345 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttc--tatgcaagtttgagacaaccaagtact 34691248  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
    | | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||    
T  34691247 gcttcactctcattgatgctcccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgatt 34691152  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatg 257  Q
    | ||||||    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34691151 cgactactagaggtttgcgagctggttggtctaagaatggtcagacctgggaacatg 34691095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 34713757 - 34713507
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||    
T  34713757 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttc--tatgcaagtttgagacaaccaagtact 34713660  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
    | | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||    
T  34713659 gcttcactctcattgatgctcccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgatt 34713564  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatg 257  Q
    | ||||||    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34713563 cgactactagaggtttgcgagctggttggtctaagaatggtcagacctgggaacatg 34713507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 33861359 - 33861221
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgct---tgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagt 97  Q
    |||||||||||||||   ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||| | || |||||||||| | |||    
T  33861359 tcattcaagtatgctaattgggttcttgacaagctcgaggctgagcgtgaaagaggtatctccattgacgtttctatgcgtaattttgagacaaaccagt 33861260  T
Q  98 actgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatt 136  Q
    || | | |||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  33861259 accggtacactgtcattgatgcccctggacacagggatt 33861221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 124; Significance: 8e-64; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 4620210 - 4620026
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||    
T  4620210 tcattcaaatatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaatcgacatttctctgtccaagtttgagacaaccaagtact 4620111  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  4620110 actgcactctcattgatgcccccggacacagagatttca----ttaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgactgtgctgttct 4620026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 1846912 - 1846728
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| | |     
T  1846912 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatggaagtttgagacaaccaacttcc 1846813  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||    
T  1846812 tctgcactctcattgatgcccccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccggagcatccgaagctgactgtgccgttct 1846728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 4787275 - 4787408
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||     
T  4787275 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcaagggtgagcgtgaaagaggtgccacaattgacatttctatgtccaagtttgagacaaacaagtaca 4787374  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacaggga 134  Q
      |||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  4787375 actgcactgtcattgatgctcccggacacaggga 4787408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 4 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 4297990 - 4297851
Alignment:
Q  4 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgtt 103  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| | ||||||||||  |||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||   |    
T  4297990 ttcaagtatgcttgggtacttgacaaactcaaagctgaccatgaaagaggtgccacaattgacatttctctgtccaagtttgagacaaacaagtacaact 4297891  T
Q  104 gcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaa 143  Q
    |||   ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  4297890 gcattgtcattgatgcccccggacatagggaatgcattaa 4297851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 257
Target Start/End: Original strand, 38137628 - 38137877
Alignment:
Q  4 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgtt 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||  ||||||||||| ||||||||||  |    
T  38137628 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 38137727  T
Q  104 gcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaattcca 203  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||||    
T  38137728 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttc----attaagaacatgattaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattcca 38137823  T
Q  204 ctactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatg 257  Q
    | |||   |||||  |||||||||  ||| |||| ||||||||||  |||||||    
T  38137824 caactggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatg 38137877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Original strand, 7890809 - 7890993
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| | |     
T  7890809 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctgtggaagtttgagacaaccaacttcc 7890908  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
    | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    ||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||    
T  7890909 gctgcactctcattgatgcccctggacacagggatttc----attaagaacatgatcactggagcgtccgaagctgactgtgctgttct 7890993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Original strand, 45993257 - 45993461
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||  ||||||||||||| |||||||     
T  45993257 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaagactgagcgtgaaagaggtatcacaattgacagttctttgtcgaagtttgagacaaacaagtaca 45993356  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
    | |||||  ||||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||  ||||  |||    
T  45993357 gctgcactgtcattgatgcctccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgattgtgctgttctcatcattgatt 45993452  T
Q  201 ccactactc 209  Q
    |||||||||    
T  45993453 ccactactc 45993461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 45983477 - 45983680
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| || |||  ||||||||||||| |||||||     
T  45983477 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtgttacaattgacattaccctgtcgaagtttgagacaaacaagtaca 45983576  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||  |||    
T  45983577 actgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccggaacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgatt 45983672  T
Q  201 ccactact 208  Q
    ||||||||    
T  45983673 ccactact 45983680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 189
Target Start/End: Original strand, 7888546 - 7888728
Alignment:
Q  3 attcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgt 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || |||||| |||||||||  |||||     
T  7888546 attcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctttggaagtttcagacaaccagctactgc 7888645  T
Q  103 tgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    || |||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||    
T  7888646 tgcactctcattgatgcccccggacacagggatttc----atcaagaacatgatcaccggggcgtctgaagctgattgtgctgttct 7888728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 43045514 - 43045262
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | || ||||||||||||||||||||||    
T  43045514 tcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtact 43045415  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
      |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||  ||||  |||    
T  43045414 actgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcatcattgatt 43045319  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatg 257  Q
    ||||||||    ||||  |||| |||   |||||||||||||||||| | |||||||    
T  43045318 ccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatg 43045262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 43045967 - 43045715
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | || ||||||||||||||||||||||    
T  43045967 tcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtact 43045868  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
      |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||  ||||  |||    
T  43045867 actgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcatcattgatt 43045772  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatg 257  Q
    ||||||||    ||||  |||| |||   |||||||||||||||||| | |||||||    
T  43045771 ccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatg 43045715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Original strand, 43066440 - 43066692
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | || ||||||||||||||||||||||    
T  43066440 tcattcaagtatgcctgggttcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtact 43066539  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
      |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||  ||||  |||    
T  43066540 actgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcatcattgatt 43066635  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatg 257  Q
    ||||||||    ||||  |||| |||   |||||||||||||||||| | |||||||    
T  43066636 ccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatg 43066692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 43084395 - 43084143
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | || ||||||||||||||||||||||    
T  43084395 tcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtact 43084296  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
      |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||  ||||  |||    
T  43084295 actgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcatcattgatt 43084200  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatg 257  Q
    ||||||||    ||||  |||| |||   |||||||||||||||||| | |||||||    
T  43084199 ccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatg 43084143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 3301250 - 3301048
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||| || |||||||    
T  3301250 tcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaatgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagactactaagtact 3301151  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
      |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| || || || ||| ||||||| |||||||||||  ||||  |||    
T  3301150 actgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgttctgatcattgatt 3301055  T
Q  201 ccactac 207  Q
    |||||||    
T  3301054 ccactac 3301048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 51292135 - 51291885
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||| |||| ||||||||    
T  51292135 tcattcacgtatgcttgggtgcttgacaagttcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatccaagtttga-acaatcaagtact 51292037  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||  || |||||    ||||||||||||||| ||||| | | | |||||||||||| | ||||  || |  |||    
T  51292036 attgcactctcattgatgcccccggacatgggaatttc----attaagaacatgatcgccgggccgttccaagctgactgtgttattctcatccttgatt 51291941  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacat 256  Q
    |||| |||  | | ||  |||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||    
T  51291940 ccacaactggcgggtttgaagctggttattctaaggatggtcagaccggtgaacat 51291885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Original strand, 40034465 - 40034647
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||     
T  40034465 tcattcaagtatgcttgggtacttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtgttacaattgatatttccatgtccaagtttgagacaaccaaatacc 40034564  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
      ||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||    || ||||||||| | ||||| || |||  ||||||||||||||||||    
T  40034565 actgcactctcattgacgcccccggacaca--gatttc----atcaagaacatgttaaccggcacgtccctagctgactgtgctgttct 40034647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 5 - 189
Target Start/End: Original strand, 43076558 - 43076737
Alignment:
Q  5 tcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgttg 104  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||| |||||  | || |||||||||||||| ||| |||| ||    
T  43076558 tcaagtatgcctggatccttgacaagctcagggctgaacgtgaaagaggtat-accattgagatttctctctggaagtttgagacaacaaagaactgctg 43076656  T
Q  105 caccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
    |    ||||||||| ||| ||||||| | |||||    ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||| ||||    
T  43076657 cgttgtcattgatgtcccgggacacaagaatttc----attaagaacatgatcactgggacgtcccaagctgattgtgctcttct 43076737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 4231987 - 4231803
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||| || |||||||    
T  4231987 tcatttaagtatgcttgggttcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagaccactaagtact 4231888  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
      |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||    ||||||||||||| || || || ||| ||||||| |||||||||||    
T  4231887 actgcactgtcattgatgcccctggacacagggatttca----ttaagaacatgattactggtacatcccaagctgattgtgctgttct 4231803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 16349656 - 16349475
Alignment:
Q  4 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgtt 103  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||  || |||||||||||||||||| | |    
T  16349656 ttcaagtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgct 16349557  T
Q  104 gcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| || ||||| ||| ||||||| |||||| ||||    
T  16349556 gcactatcattgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgctcttct 16349475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 52; Significance: 7e-21; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 128
Target Start/End: Original strand, 7528855 - 7528982
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || || || || ||| || |||| || |||||||| ||||||||||    
T  7528855 tcattcaagtatgcatgggttcttgacaaacttaaggctgagcgtgaaagaggaattaccatcgatattgccttgtggaaatttgagaccaccaagtact 7528954  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggaca 128  Q
      |||||  |||||||||| ||||||||    
T  7528955 actgcacagtcattgatgctcccggaca 7528982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 4 - 186
Target Start/End: Original strand, 7519487 - 7519665
Alignment:
Q  4 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgtt 103  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| ||| |  |||| || |||||||| ||||||||||  |    
T  7519487 ttcaagtacgcatgggttcttgacaagcttaaggctgagcgtgaaagaggaattaccattgatattgctttgtggaaatttgagaccaccaagtactact 7519586  T
Q  104 gcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgt 186  Q
    ||||  |||||||||| ||||||||  | ||||||    || ||||||||||| || || |||||| | ||||| ||||||||    
T  7519587 gcacagtcattgatgctcccggacatcgtgatttc----atcaagaacatgattactggaacctcccaggctgattgtgctgt 7519665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University