View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16571_low_5 (Length: 577)

Name: NF16571_low_5
Description: NF16571
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16571_low_5
NF16571_low_5
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (54-555)||(12257855-12258359)
chr2 (316-555)||(12235079-12235317)
chr2 (345-555)||(11999784-11999994)
chr2 (342-547)||(7542624-7542829)
chr2 (345-555)||(12244974-12245184)
chr2 (54-250)||(7543242-7543438)
chr2 (39-246)||(14705432-14705639)
chr2 (345-551)||(16657085-16657291)
chr2 (346-555)||(14703798-14704007)
chr2 (51-247)||(12244341-12244537)
chr2 (87-248)||(12000300-12000461)
chr2 (351-516)||(16661566-16661731)
chr2 (50-250)||(12235763-12235963)
chr2 (345-537)||(43625821-43626010)
chr2 (117-246)||(16656604-16656733)
chr2 (112-243)||(16661065-16661196)
chr2 (46-247)||(43626288-43626489)
chr2 (36-91)||(12000786-12000841)
chr2 (345-388)||(39373417-39373460)
[»] chr7 (49 HSPs)
chr7 (345-553)||(13333024-13333232)
chr7 (352-555)||(10493949-10494152)
chr7 (344-553)||(8667811-8668020)
chr7 (345-528)||(8585274-8585457)
chr7 (352-552)||(8654843-8655043)
chr7 (344-547)||(6789910-6790113)
chr7 (345-553)||(1301856-1302064)
chr7 (351-553)||(8659755-8659957)
chr7 (352-534)||(3147683-3147865)
chr7 (351-516)||(8628961-8629126)
chr7 (364-553)||(8671217-8671406)
chr7 (24-246)||(27829256-27829478)
chr7 (54-248)||(17261359-17261553)
chr7 (351-553)||(17268331-17268533)
chr7 (112-247)||(3148339-3148474)
chr7 (30-247)||(6790378-6790595)
chr7 (345-537)||(8647285-8647474)
chr7 (123-211)||(7876844-7876932)
chr7 (54-214)||(8582664-8582824)
chr7 (32-211)||(8660248-8660427)
chr7 (112-247)||(8668433-8668568)
chr7 (54-214)||(8572591-8572751)
chr7 (352-555)||(27830450-27830653)
chr7 (112-246)||(13332149-13332283)
chr7 (351-553)||(17260633-17260835)
chr7 (116-205)||(8635502-8635591)
chr7 (23-211)||(1302315-1302503)
chr7 (345-551)||(8546026-8546232)
chr7 (120-211)||(8546679-8546770)
chr7 (112-247)||(8647669-8647804)
chr7 (117-251)||(8591362-8591496)
chr7 (112-246)||(8630197-8630331)
chr7 (54-248)||(17269067-17269261)
chr7 (149-214)||(8568839-8568904)
chr7 (112-246)||(8584535-8584669)
chr7 (112-246)||(10493000-10493134)
chr7 (54-214)||(8538805-8538965)
chr7 (392-537)||(8640164-8640306)
chr7 (341-551)||(8582094-8582304)
chr7 (112-247)||(8655317-8655452)
chr7 (464-546)||(8591037-8591119)
chr7 (117-211)||(8602738-8602832)
chr7 (126-214)||(8577290-8577378)
chr7 (341-388)||(8570868-8570915)
chr7 (341-543)||(8559735-8559937)
chr7 (116-214)||(8610665-8610763)
chr7 (114-211)||(8104069-8104166)
chr7 (496-549)||(8576722-8576775)
chr7 (444-553)||(8636010-8636119)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (344-555)||(35132838-35133047)
chr4 (344-555)||(9335458-9335669)
chr4 (54-255)||(35133414-35133615)
chr4 (112-247)||(9323063-9323198)
chr4 (112-247)||(9377542-9377677)
chr4 (345-486)||(30775711-30775852)
chr4 (112-247)||(9335035-9335169)
chr4 (136-247)||(30776085-30776196)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (345-549)||(28220347-28220551)
chr5 (112-246)||(42554186-42554320)
chr5 (40-247)||(28220915-28221122)
chr5 (363-551)||(42555530-42555718)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (23-250)||(34465158-34465385)
chr1 (346-555)||(34466362-34466571)
chr1 (344-537)||(15595447-15595638)
chr1 (32-247)||(4677459-4677674)
chr1 (345-543)||(4678126-4678324)
chr1 (112-214)||(15596060-15596162)
chr1 (355-440)||(52549098-52549183)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (351-543)||(43745249-43745441)
chr8 (24-214)||(12529869-12530059)
chr8 (51-246)||(43745793-43745985)
chr8 (346-453)||(12528996-12529103)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (351-487)||(28911040-28911176)
chr6 (177-211)||(28911318-28911352)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 54 - 555
Target Start/End: Original strand, 12257855 - 12258359
Alignment:
Q  54 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 153  Q
    ||||| ||||| |||||||| || || || || || || |||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| || ||||| |||| || ||| |    
T  12257855 ggaattgaccttggcacaacgtattcatgcgttgctgtttggcaggaacaatattgtcgagctgagatcattcacaacgatcaaggaaacagaacaacgc 12257954  T
Q  154 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaatttaaa 253  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||  |     
T  12257955 cttcttgtgttgcttttactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgctgccaaccctcaacacactgtctttggtatttctat 12258054  T
Q  254 t-ttttcacttccttttatatacttaatat---tgttttgatatgattaat---gctgaagtgctgaataattgaatgttgagaattacaaatgttaatt 346  Q
    | |||| ||||||||| ||||||||  |||   ||||||  ||||||||||   |||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |    
T  12258055 tctttttacttccttt-atatacttgttataattgttttactatgattaataatgctgaagtactgaataatttaat--tgagaattacaaatgttaaat 12258151  T
Q  347 tttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatg 446  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  12258152 ttc-cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagtagttcaagatgatataatgttgtggccatttaaagtcactgctggtgtcaatg 12258250  T
Q  447 acaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctga 546  Q
     |||||| |||||||| || |||||||||  ||| |||||||| |||||||| || |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||    
T  12258251 gcaaacccatgattacggtaaagtacaagaatcaagagaagcagctttgtgccgaggaagtatcatctgtggtattgacaaagatgcgagaaattgctga 12258350  T
Q  547 ggcatattt 555  Q
    |||||||||    
T  12258351 ggcatattt 12258359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 316 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 12235317 - 12235079
Alignment:
Q  316 aattgaatgttgagaattacaaatgttaatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttg 415  Q
    ||||||||| ||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  12235317 aattgaatgatgaaagttactaatgttaattttt-cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatgtgatgttg 12235219  T
Q  416 tggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatcta 515  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||  |||||||| || ||| | ||||||||||||||||    
T  12235218 tggccattcaaggtcgctgctggtgtcaatgacaaacccatgattattgtcaagtacaagggtcgagagaagcagctatgtcccgaagaagtatcatcta 12235119  T
Q  516 tgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatattt 555  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12235118 tggtactcacaaagatgcgagaaatcgctgaggcatattt 12235079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 345 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 11999994 - 11999784
Alignment:
Q  345 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 444  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11999994 ttttttcagatgctaagaggttaattggttggaagtttagtgatcttgttgttcaagatgatggattgttatggccattcaaggtcactgctgatgtcaa 11999895  T
Q  445 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 544  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  11999894 tgacaaaccaataattactgttaagtacaaaggccaggagaagcagctatgtgctgaagaagtatcatctatggtactaacgaagatgcgagaaattgct 11999795  T
Q  545 gaggcatattt 555  Q
    |||||||||||    
T  11999794 gaggcatattt 11999784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 342 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 7542829 - 7542624
Alignment:
Q  342 taatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgt 441  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||     
T  7542829 taatttttgtagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcctgttgttcaagatgatatactgttatggccattcaaggtgactgcgggtga 7542730  T
Q  442 caatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaatt 541  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||   ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7542729 caatgacagacccatgattaccgttaagtacaaggatcaggagaaacaactccatgctgaagaggtatcatctatggtactcacaaagatgcgagaaatt 7542630  T
Q  542 gctgag 547  Q
    ||||||    
T  7542629 gctgag 7542624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 345 - 555
Target Start/End: Original strand, 12244974 - 12245184
Alignment:
Q  345 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 444  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||  ||||||  | | || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12244974 ttttttcagatgctaagagattaattggtaggaagtttagtgatcctattgttctggatgatgcattattatggccgttcaaggtcactgctggtgtcaa 12245073  T
Q  445 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 544  Q
    ||||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  12245074 tgacaaaccaataattactgttaactacaaaggccaggagaagcagctatgtgctgaagaagtatcatctatggtactaacaaagatgcgagaaattgct 12245173  T
Q  545 gaggcatattt 555  Q
    |||||||||||    
T  12245174 gaggcatattt 12245184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 54 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 7543438 - 7543242
Alignment:
Q  54 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 153  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||    
T  7543438 ggaatagaccttggcacaacgtactcttgtgttgcagtatggcaggatcaacactatcgagttgaaatcattcacaacgaccaaggcaacagaacaacac 7543339  T
Q  154 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaattt 250  Q
    |||||| ||||||||||||  || |||| |||||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7543338 cttcttttgttgctttcaccgaaaatcagaggttgatcggtgataatgctaagaatcaagctgcttccaaccctcaaaacactgtctttggtaattt 7543242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 39 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 14705639 - 14705432
Alignment:
Q  39 gaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaag 138  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||| || ||||    
T  14705639 gaaggatgtgctgtgggaatagaccttggtacaacgtactcatgtgttgcagtatggcaggaacaacattatcgagttgaaatcattcacaacgatcaag 14705540  T
Q  139 gcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgt 238  Q
    |||| | || ||| ||||||| ||||||||||||  || ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  14705539 gcaatagaacaactccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagcggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgctgccaaccctcgaaacactgt 14705440  T
Q  239 ctttggta 246  Q
    ||||||||    
T  14705439 ctttggta 14705432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 345 - 551
Target Start/End: Original strand, 16657085 - 16657291
Alignment:
Q  345 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 444  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| ||| || || ||    
T  16657085 ttttttcagatgctaaaaggttaatcggtaggaagtttagtgatcctgttgttcaaaatgatatcatcttgtggccattcaaggtcattgccggagtgaa 16657184  T
Q  445 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 544  Q
    ||||||||| ||||||||  || |||| |||||||| ||||  ||  |||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||    
T  16657185 tgacaaaccaatgattactcttcagtataagggtcaagagagccaattttgtgctgaggaaatatcatctatgatccttacaaagatgcgagaagttgct 16657284  T
Q  545 gaggcat 551  Q
    |||||||    
T  16657285 gaggcat 16657291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 346 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 14704007 - 14703798
Alignment:
Q  346 ttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaat 445  Q
    |||| ||||||||||||||||  | || ||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||| ||| ||    
T  14704007 tttttcagatgctaagaggttgttgggaaggaagtttagcgatcctattgttcaagatgatatacttttatggccatttaaggtcactgctggagtcgat 14703908  T
Q  446 gacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctg 545  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| | || | ||| |||||||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||    
T  14703907 gacaaacccatgattacggttaagtacaaggatcaggagaagaagctctatgccgaagaagtatcatctatggtactggtgaagatgcgagaaattgctg 14703808  T
Q  546 aggcatattt 555  Q
    || |||||||    
T  14703807 agacatattt 14703798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 51 - 247
Target Start/End: Original strand, 12244341 - 12244537
Alignment:
Q  51 gtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataa 150  Q
    |||||||||||||| || ||||| || || ||||| ||||| |||||||| ||||| |  || ||||| ||||||||||| || || ||||||| || ||    
T  12244341 gtgggaatagaccttggtacaacgtattcatgtgttgcagtatggcaggaacaacactctcgtgttgaaatcattcacaacgatcagggcaacagaacaa 12244440  T
Q  151 caccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  12244441 caccttcttgtgttgctttcactgaagatcaaaggtttattggtgatgctgctaaaaatcaagctgctgctaactctcaaaacactgtctttggtaa 12244537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 87 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 12000461 - 12000300
Alignment:
Q  87 gcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggt 186  Q
    |||||||||| ||| ||||| |  |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  12000461 gcagtgtggctggaacaacactctcgagttgaaatcattcacaacgatcaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactgaaaatcaaaggt 12000362  T
Q  187 tgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaat 248  Q
    |  ||||||||||||| || || ||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||    
T  12000361 ttgttggtgatgctgctaaaaaccaagccgctgccaactctcaaaacactgtttttggtaat 12000300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 351 - 516
Target Start/End: Original strand, 16661566 - 16661731
Alignment:
Q  351 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||| | |||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  16661566 cagatgctaagaggttaattggtaggaaatttagtgaccccgttgttcaaaaagatatactgttgtggccgttcaaggttattgctggtgttaatgacaa 16661665  T
Q  451 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctat 516  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||| | ||||||||    
T  16661666 acctacgattagtgttaagtacaagggtcaggagaagctcctttgtgccgaggaaatctcatctat 16661731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 50 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 12235963 - 12235763
Alignment:
Q  50 tgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaata 149  Q
    |||||| |||||||| || |||||||| || ||||| ||||| |||||||| || || |  |||||||||||||||||||| || |||||||| | || |    
T  12235963 tgtggggatagaccttggtacaacatattcatgtgttgcagtatggcaggaacagcactctcgagttgagatcattcacaacgatcaaggcaatagaaca 12235864  T
Q  150 acaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaatt 249  Q
    || ||||||| ||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||| |||||||| |||||||||||||    
T  12235863 accccttcttttgttgctttcaccgaaaatcagaggttgattggtgatgctgctaagaatcaagctgcttccaacccgcaaaacaccgtctttggtaatt 12235764  T
Q  250 t 250  Q
    |    
T  12235763 t 12235763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 345 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 43626010 - 43625821
Alignment:
Q  345 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 444  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||    ||| ||  |    
T  43626010 tttttccagatgctaagaggttaatcggtaggaagtttagtgattctgttgttcaaaatgatatcatgttgtggccattcagggtca---ttggggtgga 43625914  T
Q  445 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgaga 537  Q
    ||||||||| |||||||  || || ||||||||||| ||||||| | ||||| |||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  43625913 tgacaaaccaatgattattgtaaaatacaagggtcaagagaagcgtttttgtcctgaggaaatatcgtctatgatcctcacaaagatgcgaga 43625821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 117 - 246
Target Start/End: Original strand, 16656604 - 16656733
Alignment:
Q  117 gagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcag 216  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||| || ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |    
T  16656604 gagatcatacacaatgaccagggaaacagaacaacaccttcttttgttgctttcactcatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaagttg 16656703  T
Q  217 ctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 246  Q
    | |  ||||| ||||||||  |||||||||    
T  16656704 ccgctaacccacaaaacaccatctttggta 16656733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 112 - 243
Target Start/End: Original strand, 16661065 - 16661196
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||| || ||||| ||  ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| | | |||||||||| | |||| |||||| ||| ||||    
T  16661065 gagttgagattatccacaacgatgaaggcaacaaaattacaccttcttttgttgcttttactgatgctcaaaggttggtcggtggtgctgctaaggatca 16661164  T
Q  212 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttg 243  Q
    ||| ||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  16661165 agctgctatcaacccacaaaacaccgtctttg 16661196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 46 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 43626489 - 43626288
Alignment:
Q  46 gtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaa 145  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| || |||||| | || |||||||  ||  || |  |  |||| ||||| || |||||||||||||| ||||     
T  43626489 gtgttgtgggaatagaccttggaacaacgtattcttgtattgctgtgtggcttgatgaaaacagaagagtagagattatccacaatgaccaaggaaacag 43626390  T
Q  146 aataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggt 245  Q
    ||  |||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||  |   | ||||  |||||||||||||||||    
T  43626389 aactacaccttcttttgtttctttcactaaggaccaaaggttgattggtgatgctgctaagggtcaagctacctccgaccccgaaaacactgtctttggt 43626290  T
Q  246 aa 247  Q
    ||    
T  43626289 aa 43626288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 36 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 12000841 - 12000786
Alignment:
Q  36 tatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagt 91  Q
    |||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12000841 tatgaaggacttgctgtgggagtagacctcggcacaacatactcttgtgttgcagt 12000786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 345 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 39373460 - 39373417
Alignment:
Q  345 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgat 388  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39373460 ttttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttaatgat 39373417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 49)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 345 - 553
Target Start/End: Original strand, 13333024 - 13333232
Alignment:
Q  345 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 444  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  13333024 ttttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatccggttgttcaaaatgatataatgttgtggccattcaaggttacttctggtgtcaa 13333123  T
Q  445 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 544  Q
     ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| | || ||||||||||||||  ||||     
T  13333124 cgacaagcctatgattaccgctaagtgcaagggtcaagagaagcacttttgtgccgaggaaatatcatctatggtccttacaaagatgcgagaggttgca 13333223  T
Q  545 gaggcatat 553  Q
    |||||||||    
T  13333224 gaggcatat 13333232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 352 - 555
Target Start/End: Original strand, 10493949 - 10494152
Alignment:
Q  352 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 451  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  10493949 agatgctaagaggttaattggcaggaagtttagtgatccggttgttcaaaacgatataatgttgtggccattcaaggttacttcaggtgtcaatgacaaa 10494048  T
Q  452 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 551  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| | || | ||||||||||||  |||| |||||||    
T  10494049 cctatgattaccgctaagtacaagggtcaagagaagcacttttgtgccgaggaaatatcatctatggtccttataaagatgcgagaggttgcagaggcat 10494148  T
Q  552 attt 555  Q
    ||||    
T  10494149 attt 10494152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 344 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 8668020 - 8667811
Alignment:
Q  344 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtca 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||| |    
T  8668020 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgaccccgttgttcaaagagatatattgttgtggccattcaaggttatttctggtgtta 8667921  T
Q  444 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 543  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||||||||  ||||    
T  8667920 atgacaaacctatgattactgttaagtacaagggtcaagagaagcacttttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgc 8667821  T
Q  544 tgaggcatat 553  Q
     |||||||||    
T  8667820 ggaggcatat 8667811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 345 - 528
Target Start/End: Original strand, 8585274 - 8585457
Alignment:
Q  345 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 444  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||| ||    
T  8585274 ttttttcagatgccaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcccgttgttcaaaatgatataatgttgtggccattcaaggttatctctggtgttaa 8585373  T
Q  445 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaa 528  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| | || |||||||| ||| |||||||||| || ||||||||    
T  8585374 tgacaaacctatgattactgttaagtacaagggtcaagaaaagaacctatgtgctgaggaaatatcatctatcatcctcacaaa 8585457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 352 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 8655043 - 8654843
Alignment:
Q  352 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||    
T  8655043 agatgctaagaggttaattggtaggaagtatagtgatcctattgttcaaaaggatatcatgttgtggccattcatggttacttctggtgttaatgacaaa 8654944  T
Q  452 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 551  Q
    || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||| ||||||||  | | || |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  8654943 cccatgattactgttaagtacaaaggtcaagagaagcaattttgtgctgaggaaatatcatctgcggttcttacaaagatgcgagagattgcagaggcat 8654844  T
Q  552 a 552  Q
    |    
T  8654843 a 8654843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 344 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 6790113 - 6789910
Alignment:
Q  344 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtca 443  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  6790113 attttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgattctgttgttcaaaatgatatgatgttttggccattcaaggtcattgctggcgtca 6790014  T
Q  444 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 543  Q
    ||||||| || ||||||   ||| |||| |||||| |||||||||| || |||| ||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  6790013 atgacaagcccatgattgttgttgagtataagggtgaggagaagcaactatgtgttgaggaagtttcgtctatgatcctcaccaagatgcgggagattgc 6789914  T
Q  544 tgag 547  Q
    ||||    
T  6789913 tgag 6789910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 345 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 1302064 - 1301856
Alignment:
Q  345 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 444  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | || || ||||||||||||||||||||||  || ||||| ||    
T  1302064 ttttttcagatgctaagagattaattggtaggaagtttagtgattcagttgttcaaaaagacatgatgttgtggccattcaaggtcatcgccggtgtgaa 1301965  T
Q  445 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 544  Q
    |||||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||  |||| |  || ||| ||||||||||| | || || |||||||||||||||||     
T  1301964 tgacaaacccgtgattgttgttaagtacaagggtcaggagaagcacttttgcgtggaggaaatatcatctatggtccttacgaagatgcgagaaattgca 1301865  T
Q  545 gaggcatat 553  Q
    ||| |||||    
T  1301864 gagacatat 1301856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 351 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 8659957 - 8659755
Alignment:
Q  351 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 450  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| || |||||    
T  8659957 cagatgcaaagagattaattggtaggaagtttagtgattcagttgttcaaaaagacatgatgttgtggccattcaaggttatcgctggtgtgaacgacaa 8659858  T
Q  451 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 550  Q
    ||  |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||| ||| ||    
T  8659857 actcatgattaatgttcagtacaagggtcaggagaagcacttttgtgcggaggaaatatcatctatggtacttacaaaaatgcgagaagttgcagagaca 8659758  T
Q  551 tat 553  Q
    |||    
T  8659757 tat 8659755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 352 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 3147865 - 3147683
Alignment:
Q  352 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 451  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |   || || |||||||||    
T  3147865 agatgcaaagaggttaattggtaggaagtttggtgattctgttgttcaaaatgatatgatgttgtggccattcaaggtcatttgcggagtgaatgacaaa 3147766  T
Q  452 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcg 534  Q
    || |||||| | ||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||| | || |||||||||||    
T  3147765 cccatgatttcggttaagtgcaagggacaggagaagcacctatgtgctgaagaaatctcatctatggttctaacaaagatgcg 3147683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 351 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 8629126 - 8628961
Alignment:
Q  351 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 450  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||| | | ||||| | ||||||||    
T  8629126 cagatgccaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcctgttgttcaaaaggatatcatgttctggccattcaaggttatttctggtcttaatgacaa 8629027  T
Q  451 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctat 516  Q
     ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| | || |||||||| ||| ||||||||||    
T  8629026 gcctatgattgctgttaagtacaagggtcaagagaagaacctatgtgctgaggaaatatcatctat 8628961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 364 - 553
Target Start/End: Original strand, 8671217 - 8671406
Alignment:
Q  364 gttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattacc 463  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||     
T  8671217 gttaattggtaggaagtttagtgatccggttgttcaaagagatatattgttgtggccattcaaggttatttctggtgttaatgacaaacctatgattact 8671316  T
Q  464 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcatat 553  Q
    || |||||| | ||||  ||||||||  |||||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  8671317 gtcaagtacgaaggtctagagaagcaattttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgcggaggcatat 8671406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 24 - 246
Target Start/End: Original strand, 27829256 - 27829478
Alignment:
Q  24 atggctaaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatca 123  Q
    ||||| ||||||||||||||   |  ||||||||| ||||| || ||||| ||||| || || |||| ||||||||| |||||   | |||| ||||| |    
T  27829256 atggcgaaaaagtatgaagggctttctgtgggaattgacctaggtacaacgtactcgtgcgttgcagcgtggcaggatcaacacaacagagtggagatta 27829355  T
Q  124 ttcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaa 223  Q
    |||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  |  | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||  |||    
T  27829356 ttcacaatgaacaaggcaacaagacaacaccttcttgtgttgctttcacggacaaacagaggttgattggtgatgctgctaagaaccaagctgcttccaa 27829455  T
Q  224 ccctcaaaacactgtctttggta 246  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  27829456 ccctcaaaacactatctttggta 27829478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 54 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 17261553 - 17261359
Alignment:
Q  54 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 153  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||| || || ||||| ||  ||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |    
T  17261553 ggaatagaccttgggacgacatactcttgtgttgccgtatggcatgaagaacatggtagagttgagatcattcacaatgatcaaggaaacaaaattactc 17261454  T
Q  154 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaat 248  Q
    |||||| |||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||  | |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  17261453 cttcttttgttgcttttgctaaagatgaaaggttgatcggtgatgccgctaagaatcaagctgccataaacccagaaaacaccgtctttggtaat 17261359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 351 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 17268533 - 17268331
Alignment:
Q  351 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 450  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  || || ||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||| | | | ||||||||    
T  17268533 cagatgctaagagactaattggtaggaagtttagtgatcctgtggtccaaaaagatataatgtcgtggccattcaaggtcattgcggatatgaatgacaa 17268434  T
Q  451 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 550  Q
    ||| |||||| || | ||||||||||| | |||||| ||  ||||||| || ||| | || |||||| |||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  17268433 accaatgatttccctcaagtacaagggacgggagaaacacttttgtgcagaggaaatttcgtctatggtactcacaaagatgcgggagattgctgaggaa 17268334  T
Q  551 tat 553  Q
    |||    
T  17268333 tat 17268331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 112 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 3148474 - 3148339
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  3148474 gagttgagattattcacaatgaccaaggcaacaaaaccacaccttcttttgttgctttcactgatgatcaaaggttggttggtgatgctgctaagaatca 3148375  T
Q  212 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 247  Q
    |||  |    |||||| |||||||||| ||||||||    
T  3148374 agctcccacaaaccctgaaaacactgtttttggtaa 3148339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 30 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 6790595 - 6790378
Alignment:
Q  30 aaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcaca 129  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |  |||||||  ||  ||||     |||||||||| |||||||    
T  6790595 aaaaaatacgaaggatgtgctgtgggaatagacctgggaacaacatattcttgtgttggtgtgtggcttgatgaacacaatagagttgagattattcaca 6790496  T
Q  130 atgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctca 229  Q
    |||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||   |||||| ||    
T  6790495 atgaccaaggtaacaaaaccacaccttcttttgttgctttcaccgatgaccaaaggttgatcggtgatgctgctaagtatcaagctgccaccaacccgca 6790396  T
Q  230 aaacactgtctttggtaa 247  Q
    ||||||| |||| |||||    
T  6790395 aaacactatcttcggtaa 6790378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 345 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 8647474 - 8647285
Alignment:
Q  345 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 444  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||   ||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||| ||   | || ||    
T  8647474 tttttccagatgctaagaggttaatcggtaggaagttttttgattctgttgttcagaatgataagaagttgtggccattcaaggtcattg---gggtgaa 8647378  T
Q  445 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgaga 537  Q
    ||||||||| |||||||  ||||| ||||||||| | ||||||| |  ||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  8647377 tgacaaacccatgattattgttaaatacaagggtgaagagaagcgttattgtgctgaggaaatatcatcgatgatcctcacaaagatgcgaga 8647285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 123 - 211
Target Start/End: Original strand, 7876844 - 7876932
Alignment:
Q  123 attcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7876844 attcacaatgaacaaggcaacagaacaacaccttcttttgttgctttcacgaatgatcaaaggttgattggtgatgctgccaaaaatca 7876932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 54 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 8582824 - 8582664
Alignment:
Q  54 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 153  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||| |    || || || ||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||    
T  8582824 ggaattgaccttggtacaacctactcatgtgttggagtgtggcaggagcaaaacgatcgtgtggaaatcatacacaatgatcaaggaaacaaaacaacac 8582725  T
Q  154 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 214  Q
    |||||||||||||||| |||||   |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8582724 cttcttgtgttgcttttactaattctcaaagattgattggtgatgctgccaaaaatcaagc 8582664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 32 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 8660427 - 8660248
Alignment:
Q  32 aaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaat 131  Q
    |||||| |||||| ||| | | ||||||||||| || ||||| || || ||||| || ||||||| |||| | ||    ||||| ||||||||  ||||     
T  8660427 aaagtacgaaggacgtgctattggaatagaccttggaacaacctattcgtgtgttgctgtgtggctggagaatcacaatcgagtcgagatcatctacaac 8660328  T
Q  132 gaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8660327 gaccaaggaaacaaaacaacaccttcatttgttgctttcactgacgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 8660248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 112 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 8668568 - 8668433
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||  || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  8668568 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaataacaccttcttttgttgctttcaacaatgaacaaaggttgattggcgatgctgctaagaatca 8668469  T
Q  212 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 247  Q
    | | |||   |||||| |||||||| ||||||||||    
T  8668468 atctgctactaaccctgaaaacactatctttggtaa 8668433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 54 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 8572751 - 8572591
Alignment:
Q  54 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 153  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||| ||   || ||||| ||||| |||||||||||||| |||| || ||| |    
T  8572751 ggaattgaccttggcacgacttactcatgtgttggagtgtggcaggagcaaaatgatcgtgttgaaatcatacacaatgaccaaggaaacagaacaactc 8572652  T
Q  154 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 214  Q
    | |||||||||||||| |||||   |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  8572651 cctcttgtgttgcttttactaattctcaaagattgatcggtgatgctgccaaaaatcaagc 8572591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 352 - 555
Target Start/End: Original strand, 27830450 - 27830653
Alignment:
Q  352 agatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaa 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||| | |||||||  ||||||| |||||| |||| | ||| ||| ||  |||||    
T  27830450 agatgctaagaggttaattggtaggaagttcagcgatgatgttgttcaaaaagatataaacttgtggctattcaaagtcattactgatgtaaacaacaaa 27830549  T
Q  452 cctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 551  Q
    || ||| ||   |||||||||||| |||||||||| ||  | ||||| || ||| | ||||| ||| | || |||||||||||||| || || |||||||    
T  27830550 cccatgtttgttgttaagtacaagagtcaggagaaacacttatgtgcggaggaaatttcatcaatggtccttacaaagatgcgagagatcgcggaggcat 27830649  T
Q  552 attt 555  Q
    ||||    
T  27830650 attt 27830653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 112 - 246
Target Start/End: Original strand, 13332149 - 13332283
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| || | ||  |||||||||| |||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13332149 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaagattgattggtgatgctgccaagaatca 13332248  T
Q  212 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 246  Q
    | | ||    |||||| |||||||| |||||||||    
T  13332249 atctgccactaaccctgaaaacactatctttggta 13332283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 351 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 17260835 - 17260633
Alignment:
Q  351 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 450  Q
    |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||  || || ||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||| | | | ||||||||    
T  17260835 cagatgctaagagactagttggtaggaagtttagtgatcctgtggtccaaaaagatataatgtcgtggccattcaaggtcattgcggatatgaatgacaa 17260736  T
Q  451 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggca 550  Q
    ||| |||||| || | ||||||||||| | |||||| ||  ||||||| || ||| | || |||||| ||||    |||||||| || |||||||||| |    
T  17260735 accaatgatttccctcaagtacaagggacgggagaaacacttttgtgcagaggaaatctcgtctatggtacttgtgaagatgcgggagattgctgaggta 17260636  T
Q  551 tat 553  Q
    |||    
T  17260635 tat 17260633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 116 - 205
Target Start/End: Original strand, 8635502 - 8635591
Alignment:
Q  116 tgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaa 205  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  8635502 tgagatcatccacaatgagcaagggaacagaatcacaccttcttgtgttgctttcactgacgcacaaaggttgattggtgatgctgccaa 8635591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 1302503 - 1302315
Alignment:
Q  23 catggctaaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatc 122  Q
    |||||| | |||||| |||||| ||| ||| ||||||||||| || || || || || ||||| || ||||||| |||| | ||     |||| ||||||    
T  1302503 catggcgataaagtacgaaggacgtgctgttggaatagaccttggaactacttattcgtgtgttgctgtgtggctggagaatcacaatagagtagagatc 1302404  T
Q  123 attcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    ||  |||| |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  1302403 atctacaacgaccaaggcaacaaaacaacaccgtcttttgttgctttcaccgatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatca 1302315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 345 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 8546232 - 8546026
Alignment:
Q  345 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 444  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||    |||||||  ||||| || |||||||||| || ||||||| | | ||||| ||    
T  8546232 tttttgcagatgcaaagaggttaattggaaggaaatatagtgattcctttgttcagaatgatctactgttgtggccctttaaggtcatttccggtgttaa 8546133  T
Q  445 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttg-tgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 543  Q
    ||||||||| |  |||   || || ||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||| |||| ||| || |||||||||| |||||    
T  8546132 tgacaaaccgacaattcttgtgaactacaagggtgaggaaaagca-ctttgttgctgaagaaatatcatctgtgatcctctcacagatgcgagagattgc 8546034  T
Q  544 tgaggcat 551  Q
     |||||||    
T  8546033 agaggcat 8546026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 120 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 8546770 - 8546679
Alignment:
Q  120 atcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    |||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  8546770 atcattcacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgctttcacaaattcccaaaggctgattggtgatgctgccaaaaatca 8546679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 112 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 8647804 - 8647669
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||  |||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || || |||||    
T  8647804 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaacagaactacaccttcttttgttgctttcaccgatgatcaaaggttgattggtgatgccgctaaaaatca 8647705  T
Q  212 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 247  Q
     || |||   ||||||   |||||||||||||||||    
T  8647704 ggctgcttctaaccctaccaacactgtctttggtaa 8647669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 117 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 8591496 - 8591362
Alignment:
Q  117 gagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcag 216  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| || | ||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || || || |    
T  8591496 gagattattcacaatgatcaaggaaatagaattacaccttcttttgttgcttttactaatgatcaaaggttgattggtgatgctgcaaaaaaccaggctg 8591397  T
Q  217 ctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaattta 251  Q
    ||   |||||   |||||||||||| |||||||||    
T  8591396 cttctaacccagcaaacactgtcttcggtaattta 8591362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 112 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 8630331 - 8630197
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||| |||||||| |  |||||||| ||  | |||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||    
T  8630331 gagttgagattattcacaatgatgaaggcaataaaatcacaccttccttcgttgcttttaccgatgatcaaaggttggttggtggtgctgctaaggatca 8630232  T
Q  212 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 246  Q
     || ||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  8630231 ggctgccatcaacccacaaaacactgtctttggta 8630197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 54 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 17269261 - 17269067
Alignment:
Q  54 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 153  Q
    ||||||||||| || || |||||||| ||||| || |||||||| ||  ||||  |  |||||||||| || |||||||| |||||||||||||  || |    
T  17269261 ggaatagaccttgggacgacatactcatgtgttgctgtgtggcatgaagaacacggtagagttgagattatacacaatgatcaaggcaacaaaactactc 17269162  T
Q  154 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaat 248  Q
    | |||| |||||||||  |||||||| ||||||| || |||||| | || ||||||||||| ||  | |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  17269161 cgtcttttgttgcttttgctaaagatgaaaggtttatcggtgattccgctaagaatcaagctgccatgaacccagaaaacaccgtctttggtaat 17269067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #34
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 149 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 8568904 - 8568839
Alignment:
Q  149 aacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8568904 aacaccttcttgtgttgctttcactaaatctcaaagattgattggtgatgctgccaaaaatcaagc 8568839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #35
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 112 - 246
Target Start/End: Original strand, 8584535 - 8584669
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||| |||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||  | |||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||    
T  8584535 gagttgagattattcacaacgatgaaggcaataaaatcacaccttcctttgttgcttttaccgatgatcaaaggttggttggtggtgctgctaaggatca 8584634  T
Q  212 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 246  Q
     || ||| |||||||  | ||||||||||||||||    
T  8584635 ggctgctatcaacccagagaacactgtctttggta 8584669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #36
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 112 - 246
Target Start/End: Original strand, 10493000 - 10493134
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||||| || | ||  |||||||||| |||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  10493000 gagttgaaattattcacaatgatcaaggaaatagaactacaccttcttttgttgctttcaacaatgatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatca 10493099  T
Q  212 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 246  Q
    | | ||    |||||| ||||||| ||||||||||    
T  10493100 atctgccactaaccctgaaaacaccgtctttggta 10493134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #37
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 54 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 8538965 - 8538805
Alignment:
Q  54 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 153  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||| |    || || |||||||| ||||| || ||||| |||||||  ||||    
T  8538965 ggaattgaccttggcacgacctactcatgtgttggagtgtggcaggagcaaaacgatcgtgtggagatcatacacaacgatcaaggaaacaaaaccacac 8538866  T
Q  154 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 214  Q
    |||||||||||| ||| | |||   |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8538865 cttcttgtgttggttttagtaattctcaacgattgattggtgatgctgccaaaaatcaagc 8538805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #38
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 392 - 537
Target Start/End: Original strand, 8640164 - 8640306
Alignment:
Q  392 gttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatc 491  Q
    ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| ||   | || ||||||||||| | |||||  ||||| ||||||||| | ||||||| |     
T  8640164 gttgttcaaaatgatatgaagttgtggccattcaaggtcattg---gggtgaatgacaaacccacgattattgttaaatacaagggtgaagagaagcgtt 8640260  T
Q  492 tttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgaga 537  Q
    ||||||| || ||| ||||||||||||| ||  | |||||||||||    
T  8640261 tttgtgccgaggaaatatcatctatgatcctttcgaagatgcgaga 8640306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #39
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 341 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 8582304 - 8582094
Alignment:
Q  341 ttaatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtg 440  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||    |||||||| | ||||| | ||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  8582304 ttaattttttcagatgcaaagaggttaattggaaggaaatatagtgattccattgttcaaaaggatatcaagttgtggcccttcaaggtcaccgcaggtg 8582205  T
Q  441 tcaatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaat 540  Q
      ||||||||||| |  ||    || || ||||||||| |||| || ||  ||  |||||||||| |||||||| | || || ||| |||||||||| ||    
T  8582204 ctaatgacaaaccgacaatcgttgtgaactacaagggtaaggaaaaacactttcttgctgaagaaatatcatctgttattctgacacagatgcgagagat 8582105  T
Q  541 tgctgaggcat 551  Q
    ||| |||||||    
T  8582104 tgcagaggcat 8582094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #40
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 8655452 - 8655317
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||  |||||||||  ||||||||||||| |  ||||||||||||||||  |||  ||  |||||||    
T  8655452 gagttgagattattcacaatgatcaaggcaatagaactacaccttctgttgttgctttcactgattatcaaaggttgattggcaatggagctgagaatca 8655353  T
Q  212 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 247  Q
    | | |||  ||||||  |||||||||| ||||||||    
T  8655352 atctgctaccaaccccgaaaacactgtatttggtaa 8655317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #41
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 464 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 8591119 - 8591037
Alignment:
Q  464 gttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctga 546  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| || ||| | ||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  8591119 gttaagtacaagggtgaggaaaagcgtctttgtgcggaggaaatctcatccatggttctcacaaagatgcgagagattgctga 8591037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #42
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 117 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 8602832 - 8602738
Alignment:
Q  117 gagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||| ||  || ||||||| ||||||||| ||| | ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  8602832 gagattattcacaatgatcaaggaaacagaactactccttcttttgttgcttttactgatgataaaaggttgatcggtgatgctgccaaaaatca 8602738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #43
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 8577378 - 8577290
Alignment:
Q  126 cacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 214  Q
    |||||||| ||||| |||| ||  || ||||||||||||||||| || ||   |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8577378 cacaatgatcaaggaaacagaaccactccttcttgtgttgcttttaccaattctcaaagattgattggcgatgctgccaaaaatcaagc 8577290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #44
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 341 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 8570915 - 8570868
Alignment:
Q  341 ttaatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgat 388  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  8570915 ttaatttttgcagatgtaaagaggttaattggaaggaagtatagtgat 8570868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #45
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 341 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 8559937 - 8559735
Alignment:
Q  341 ttaatttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtg 440  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  ||||||    | || |||  |||| || |||||||||| || |||||||  ||||| |    
T  8559937 ttaatttttgcagatgcaaagaggttaattggaaggaaatacagtgattccatagtccaaagtgatgtactgttgtggccctttaaggtcatcgctggcg 8559838  T
Q  441 tcaatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaat 540  Q
      ||||||||||| | | |    || || |||| |||  |||| |||||||||  ||| |||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||    
T  8559837 ataatgacaaaccaacggtccttgtgaaatacaggggcaaggaaaagcatcttgttgccgaagaaatatcagctatgattctcacacagatgcgagagat 8559738  T
Q  541 tgc 543  Q
    |||    
T  8559737 tgc 8559735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #46
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 116 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 8610763 - 8610665
Alignment:
Q  116 tgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 214  Q
    |||||| || || ||||| ||||| |||| ||  || ||||||| |||||||||| ||   |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  8610763 tgagataatccataatgagcaaggaaacagaaccactccttcttttgttgctttctctggtgatcaaaggttgataggtgatgctgctaaaaatcaagc 8610665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #47
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 114 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 8104166 - 8104069
Alignment:
Q  114 gttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    ||||||||||||   ||||| ||||| |||| ||  ||||| |||| ||||||||||||| |   | |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8104166 gttgagatcattgctaatgatcaagggaacagaacgacaccgtcttatgttgctttcactgatagtgaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatca 8104069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #48
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 496 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 8576775 - 8576722
Alignment:
Q  496 tgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggc 549  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  8576775 tgctgaagaaatatcatctgtgattctctcaaagatgcgagagattgcagaggc 8576722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #49
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 444 - 553
Target Start/End: Original strand, 8636010 - 8636119
Alignment:
Q  444 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 543  Q
    |||||||||| ||||||   || || ||||||||| |  | ||||| |||| | |||| ||| |||| |||||| | || |||||||||||||| |||||    
T  8636010 atgacaaacccatgattgttgtgaaatacaagggtgaacaaaagcaactttttcctgaggaaatatcgtctatggtcctgacaaagatgcgagagattgc 8636109  T
Q  544 tgaggcatat 553  Q
    ||||||||||    
T  8636110 tgaggcatat 8636119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 344 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 35133047 - 35132838
Alignment:
Q  344 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtca 443  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  35133047 attttttcagatgctaaaaggttaattggtaggaagtttagtgatcctattgttcaagatgatatactgctatggccattcaaggtcactgccggtgtaa 35132948  T
Q  444 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 543  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||| ||||| || | ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35132947 atgacaaacccatgattacggttaagtacaaggatgaggaaaagcaactctatgcggaagaagtatcatccatggtactcacaaagatgcgagaaattgc 35132848  T
Q  544 tgaggcatattt 555  Q
      ||||||||||    
T  35132847 --aggcatattt 35132838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 344 - 555
Target Start/End: Original strand, 9335458 - 9335669
Alignment:
Q  344 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtca 443  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||| |    
T  9335458 atttttgcagatgctaagagattaactggtaggaagtttagtgatctggttgttcaaagagatatattgttgtggccattcaaggttatttctggtgtta 9335557  T
Q  444 atgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 543  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||| |||||| | || ||||||||| ||||  ||||    
T  9335558 atgacaaacctatgattactgttaactacaagggtcaagagaagcacttttgtgctgaggaaatatcttctatgttgcttacaaagatgagagaggttgc 9335657  T
Q  544 tgaggcatattt 555  Q
     |||||||||||    
T  9335658 ggaggcatattt 9335669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 54 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 35133615 - 35133414
Alignment:
Q  54 ggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacac 153  Q
    |||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| || ||||| |  ||||| || ||||||||||| || ||| ||||||||| |||||    
T  35133615 ggaatagacctcggaacaacgtattcatgtgttgcagtatggcaagaacaacactatcgagtcgaaatcattcacaacgatcaaagcaacaaaacaacac 35133516  T
Q  154 cttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaatttaaa 253  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||   | |||||||||| ||||||||||| ||    
T  35133515 cttcttgtattgctttcactaaggatcaaaggttgatcggtgatgctgctaagaatcaagctgctgccaattttgaaaacactgtatttggtaatttcaa 35133416  T
Q  254 tt 255  Q
    ||    
T  35133415 tt 35133414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 112 - 247
Target Start/End: Original strand, 9323063 - 9323198
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||| |||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9323063 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 9323162  T
Q  212 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 247  Q
    | | |||   |||||| |||||||| ||||||||||    
T  9323163 atctgctactaaccctgaaaacactatctttggtaa 9323198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 112 - 247
Target Start/End: Original strand, 9377542 - 9377677
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||| |||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9377542 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 9377641  T
Q  212 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 247  Q
    | | |||   |||||| |||||||| ||||||||||    
T  9377642 atctgctactaaccctgaaaacactatctttggtaa 9377677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 345 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 30775852 - 30775711
Alignment:
Q  345 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 444  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |  ||||||||| | |||||  |||||||||||||||||||   | ||||||| ||    
T  30775852 ttttttcagatgctaaaaggttaattggtaggaaatttagcgaccctgttgttcaaaaagatattttgttgtggccattcaaggttgtttctggtgttaa 30775753  T
Q  445 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaa 486  Q
    ||||||||| |||||| || |||||| |||||| ||||||||    
T  30775752 tgacaaacccatgatttcccttaagttcaagggccaggagaa 30775711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 112 - 247
Target Start/End: Original strand, 9335035 - 9335169
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||| |||||||||||  || || |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  9335035 gagttgagattattcacaatgatcaaggaaaccgaacaacaccttcttttgttgctttcaacaatgagcaaaggttga-tggtgatgctgctaagaatca 9335133  T
Q  212 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggtaa 247  Q
    | | |||   |||||| |||||||| ||||||||||    
T  9335134 atctgctactaaccctgaaaacactatctttggtaa 9335169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 136 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 30776196 - 30776085
Alignment:
Q  136 aaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacac 235  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||| | |||| |||||| ||| | || || ||| ||||||||||||||||    
T  30776196 aaggcagcaaaatcacaccttcttttgttgctttcactgatggtcaaaggttggtcggtgctgctgctaaggaccaggctgctatcaaccctcaaaacac 30776097  T
Q  236 tgtctttggtaa 247  Q
    ||||||||||||    
T  30776096 tgtctttggtaa 30776085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 345 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 28220551 - 28220347
Alignment:
Q  345 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 444  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||    ||    
T  28220551 ttttttcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgactctgttgttcaagatgatataaagttgtggccattcaaggtcatttccggaacgaa 28220452  T
Q  445 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgct 544  Q
     |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||| | || ||||||||||| || |||||     
T  28220451 cgacaaacccatgatttctgttaagtacaagggacaggagaagcacctatgtgccgaagaaatctcatctatggttctaacaaagatgcgtgagattgca 28220352  T
Q  545 gaggc 549  Q
    |||||    
T  28220351 gaggc 28220347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 112 - 246
Target Start/End: Original strand, 42554186 - 42554320
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |  || |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  42554186 gagttgagattattcacaatgatcaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactcatcatgaaaggttgattggtgatgctgctaaggatca 42554285  T
Q  212 agcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 246  Q
    | | ||   |||||| |||||||||||||||||||    
T  42554286 aaccgccaccaacccccaaaacactgtctttggta 42554320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 40 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 28221122 - 28220915
Alignment:
Q  40 aaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaagg 139  Q
    ||||||||| |||||||||||| || || ||||| || || ||||| || |||||||| ||  ||||     | |||||||| ||||||||||| |||||    
T  28221122 aaggatgtgctgtgggaatagatcttggaacaacgtattcatgtgttgctgtgtggcaagatgaacacaatagggttgagattattcacaatgatcaagg 28221023  T
Q  140 caacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtc 239  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||  | ||| ||||||||||||| |||||||| || |||||| | ||   |||||| ||||| || |||    
T  28221022 caacaaaacaactccttcttttgttgctttcaccgatgatgaaaggttgattggcgatgctgctaaaaatcaaacggccaacaacccccaaaataccgtc 28220923  T
Q  240 tttggtaa 247  Q
    ||||||||    
T  28220922 tttggtaa 28220915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 363 - 551
Target Start/End: Original strand, 42555530 - 42555718
Alignment:
Q  363 ggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaaacctatgattac 462  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||| || | |||||||||||||||||||| | | ||  | |||| ||| || ||||||      
T  42555530 ggttaattggtaggaagtttaatgattatgttgttcaaaatgacatgaagttgtggccattcaaggtcatttccggaataaatggcaagcccatgattta 42555629  T
Q  463 cgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctgaggcat 551  Q
     || | |||| |||| |||||||| || || || || |||||| | ||||||||||| || |||||||||||  | ||||| |||||||    
T  42555630 tgtaacgtacgagggacaggagaaacacctatgcgccgaagaaatctcatctatgattctaacaaagatgcgcaagattgcagaggcat 42555718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 23 - 250
Target Start/End: Original strand, 34465158 - 34465385
Alignment:
Q  23 catggctaaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatc 122  Q
    |||||| ||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||  |  |||| |||||     
T  34465158 catggcgaaaaaatgtgaaggacgtgctgtgggaatagaccttggcacaacctactcatgtgttgcagtatggcaggaacaacacagtagagtagagatt 34465257  T
Q  123 attcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtca 222  Q
    ||| ||||||||||||| |||| ||  |||||||||| ||||||||| ||| | |||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||| | |||  ||    
T  34465258 attgacaatgaccaaggtaacacaaccacaccttcttttgttgcttttactcatgatcaaagattgatcggtaatgctgctaagaatcaaactgctacca 34465357  T
Q  223 accctcaaaacactgtctttggtaattt 250  Q
    |||| || |||||||| |||||||||||    
T  34465358 acccacagaacactgtttttggtaattt 34465385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 346 - 555
Target Start/End: Original strand, 34466362 - 34466571
Alignment:
Q  346 ttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaat 445  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||  | |||||||   ||||| ||||| ||||||||||| || | ||||||||| |||    
T  34466362 tttttcagatgctaagaggttaattggcagaaaatttagtgatcctgatgttcaaacagatatgatgttatggccattcaaagttattgctggtgttaat 34466461  T
Q  446 gacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgctg 545  Q
    ||||| || |||||| || ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||| | ||||||||||| ||  |||||||||| || | ||| |    
T  34466462 gacaagccaatgatttcccttaagtataagggtcaggagaagcacctatgtgctgaggaaatctcatctatgatcctttcaaagatgcgggatactgcag 34466561  T
Q  546 aggcatattt 555  Q
    ||| ||||||    
T  34466562 aggaatattt 34466571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 344 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 15595638 - 15595447
Alignment:
Q  344 atttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagtt-gttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtc 442  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||   ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||   ||||     
T  15595638 attttttcagatgctaagagattaatcagtaggaagtttagtgattctgtttgttcaaaatgatataaagttgtggccattcaaggtcattg---gtgtg 15595542  T
Q  443 aatgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgaga 537  Q
    ||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| || ||||   |||||||||| ||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  15595541 aatgacaaacccatgattattgttaaatacaagggtcaagaaaagcgcttttgtgctgaggaaatatcgtctatgattctcaaaaagatgcgaga 15595447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 32 - 247
Target Start/End: Original strand, 4677459 - 4677674
Alignment:
Q  32 aaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaat 131  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| || || || || || || ||||| || ||||||| |||| | ||   | |||| ||||| ||| |||||    
T  4677459 aaagtatgaaggacgtgctgtgggaatagatcttggaactacttattcatgtgttgctgtgtggctggagaatcacaacagagtggagattatttacaat 4677558  T
Q  132 gaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaa 231  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||   |||| || |||    
T  4677559 gaacaaggcaacaaaacaacaccttcttttgttgcttttactgatgatcaaaggttgattggtaatgctgctaagaatcaatctgccaccaactctgaaa 4677658  T
Q  232 acactgtctttggtaa 247  Q
    ||||||||||||||||    
T  4677659 acactgtctttggtaa 4677674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 345 - 543
Target Start/End: Original strand, 4678126 - 4678324
Alignment:
Q  345 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 444  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||   ||||||||| | || || |||||||||||||| | |||||   ||||||  ||    
T  4678126 tttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaggtatagtgattctgttgttcaaaaagacatcatgttgtggccatttagggtcatcactggtgagaa 4678225  T
Q  445 tgacaaacctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 543  Q
    ||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||  || ||| ||| ||| ||||||| ||||| || ||||||||| ||||| ||||    
T  4678226 tgataaaccgatgattagtgttaagtacaagggtcaagagaagcaagttagtgttgaggaaatatcatcgatgatccttacaaagatgagagaagttgc 4678324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 112 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 15596162 - 15596060
Alignment:
Q  112 gagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  15596162 gagtcgagattatccacaatgaccaaggaaacagaattacaccttcttttgtttctttcactaatgatcaaaggttgattggtgatgctgctaagagtca 15596063  T
Q  212 agc 214  Q
    |||    
T  15596062 agc 15596060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 355 - 440
Target Start/End: Original strand, 52549098 - 52549183
Alignment:
Q  355 tgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtg 440  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  52549098 tgctaagaggttaattggtaagaagtttagtgatcctgttgttcaagatgatatattgttatggtcattcaaggtcactgccggtg 52549183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 351 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 43745441 - 43745249
Alignment:
Q  351 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   | ||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||| | | ||  | ||||||||    
T  43745441 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttaatgattctgatgttcaaaatgatatgaagttgtggccgttcaaggtcatttccggattgaatgacaa 43745342  T
Q  451 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaagcatctttgtgctgaagaagtatcatctatgatactcacaaagatgcgagaaattgc 543  Q
    |||  ||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||||| || ||||||||||| || |||||    
T  43745341 acccgtgatttctgttaagtacaagggacaggagaagcacctatgtgccgaagaaatctcatctatgattctaacaaagatgcgtgagattgc 43745249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 24 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 12530059 - 12529869
Alignment:
Q  24 atggctaaaaagtatgaaggatgtgttgtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatca 123  Q
    ||||| |||||||||||||||  || | | ||||| || || |||||||| ||||| ||||| | ||| ||||| ||||||  |   || || || || |    
T  12530059 atggcaaaaaagtatgaaggagttgctataggaattgatcttggcacaacttactcatgtgttggagtatggcaagagcaaactgatcgtgtggaaataa 12529960  T
Q  124 ttcacaatgaccaaggcaacaaaataacaccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagc 214  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||   ||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  12529959 ttcacaatgatcaaggaaacaaaacaacaccttcttgtgttgcttttactaattctcagagattgattggtcatgctgccaaaaatcaagc 12529869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 51 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 43745985 - 43745793
Alignment:
Q  51 gtgggaatagacctcggcacaacatactcttgtgtcgcagtgtggcaggagcaacattgccgagttgagatcattcacaatgaccaaggcaacaaaataa 150  Q
    |||||||||||||| || ||||| || || ||||| || |||||||| ||  ||||     |||||||||| ||||||||||| |||||||||||   ||    
T  43745985 gtgggaatagaccttggaacaacgtattcgtgtgttgctgtgtggcaagatgaacaaaatagagttgagattattcacaatgatcaaggcaacaa---aa 43745889  T
Q  151 caccttcttgtgttgctttcactaaagatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatcaagcagctgtcaaccctcaaaacactgtctttggta 246  Q
    || |||||| ||||||||| ||| |  || |||||||||| ||||| ||||| ||||||||| | ||   |||||||||||||||  |||||||||    
T  43745888 caacttcttttgttgcttttactgatcatgaaaggttgataggtgacgctgctaagaatcaaaccgccaccaaccctcaaaacaccatctttggta 43745793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 346 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 12529103 - 12528996
Alignment:
Q  346 ttttgcagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtga-tcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaa 444  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||| || | | |||||  | |||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||    
T  12529103 ttttgcagatgcaaagaggttaattggaagaaagtatagtgactcca-tagttcagaaggatcaactgttgtggccatttaaggtcactgctggtgctaa 12529005  T
Q  445 tgacaaacc 453  Q
    |||||||||    
T  12529004 tgacaaacc 12528996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 61; Significance: 6e-26; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 351 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 28911176 - 28911040
Alignment:
Q  351 cagatgctaagaggttaattggtaggaagtttagtgatcaagttgttcaagatgatataatgttgtggccattcaaggtcactgctggtgtcaatgacaa 450  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||||| | |||  |||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  28911176 cagatgctaagaggataattgataggaagtttagtgatcccgttgttcaaaacgattcaatgttgtcgccgttcaaggtcattgccggtgtcaatgacaa 28911077  T
Q  451 acctatgattaccgttaagtacaagggtcaggagaag 487  Q
     || |||||  | || |||||||||| ||||||||||    
T  28911076 ccccatgatatctgtcaagtacaaggatcaggagaag 28911040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 177 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 28911352 - 28911318
Alignment:
Q  177 gatcaaaggttgattggtgatgctgccaagaatca 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28911352 gatcaaaggttgattggtgatgctgctaagaatca 28911318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University