View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16575_high_22 (Length: 306)

Name: NF16575_high_22
Description: NF16575
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16575_high_22
NF16575_high_22
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (18-289)||(15016750-15017021)
chr1 (18-288)||(15024753-15025023)
chr1 (18-288)||(15032094-15032364)
chr1 (18-289)||(15001742-15002013)
chr1 (18-288)||(15010636-15010906)
chr1 (20-288)||(15036656-15036924)
chr1 (18-261)||(14503645-14503888)
chr1 (77-289)||(14467438-14467650)
chr1 (18-268)||(14522830-14523080)
chr1 (18-289)||(14532951-14533222)
chr1 (18-105)||(15040578-15040665)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (18-289)||(12414-12685)
scaffold0400 (56-218)||(6197-6359)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (18-289)||(13057-13328)
scaffold0365 (56-218)||(6841-7003)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (186-250)||(16024755-16024819)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 18 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 15017021 - 15016750
Alignment:
18 tttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattc 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
15017021 tttggctcaaatttaacttcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgctgcaagctccaatgcagttaattc 15016922  T
118 gtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 217  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15016921 gtgcaatgattcaatttgttcaggaacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 15016822  T
218 ttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15016821 ttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 15016750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 15025023 - 15024753
Alignment:
18 tttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
15025023 tttggctcaaatttaactgcaataacctagataacctaccaagtcttttagggatgaagccactcaaattatttgttgcaagctccaatgcagttagctc 15024924  T
118 gtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 217  Q
    |||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15024923 gtgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaaggtgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 15024824  T
218 ttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtat 288  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
15024823 tttcccgttagatggtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgcgctgcctagctctggtggtat 15024753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 15032364 - 15032094
Alignment:
18 tttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
15032364 tttggctcaaatttaactgcaataacctagataacctaccaagtcttttagggatgaagccactcaaattatttgttgcaagctccaatgcagttagctc 15032265  T
118 gtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 217  Q
    |||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15032264 gtgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaaggtgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 15032165  T
218 ttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtat 288  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
15032164 tttcccgttagatggtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgcgctgcctagctctggtggtat 15032094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 18 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 15002013 - 15001742
Alignment:
18 tttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
15002013 tttggctcaaatttaactgcaataacatagacaacataccaagtttttcagggatgaatccactcaaattatttgttgcaagctccaatgcagttagttg 15001914  T
118 gtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 217  Q
     ||||||||| |||||||  | || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
15001913 atgcaatgatgcaatttgtactggaacttctccataaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctaactcctttggaatt 15001814  T
218 ttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 289  Q
    || | | | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15001813 tttcgcattagatggtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 15001742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 15010906 - 15010636
Alignment:
18 tttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||     
15010906 tttggctcaaatttaactgcaataacatagacaacataccaagttttttagggatgaagccactcaaattatttattgcaagctccaatgcagttagttg 15010807  T
118 gtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 217  Q
     ||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
15010806 atgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgttacttaaggagagtttgaacaacaaagataagtattctaactcctttggaatt 15010707  T
218 ttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtat 288  Q
    || ||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||    
15010706 tttcccattagatggtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgcacttcctagttctggtggtat 15010636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 20 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 15036924 - 15036656
Alignment:
20 tggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgt 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||  |    
15036924 tggctcaaattcaactgcaataacctagacaacataccaagtttttccaggatgaagccacttaagttatttgttgcaagctccaatgcagttagttgat 15036825  T
120 gcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatttt 219  Q
    |||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||||    
15036824 gcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgaacaacaaagataaatattttagctcctttggaatttt 15036725  T
220 ccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtat 288  Q
     ||| | |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15036724 tcccattagatcgtttgaagacaagttaagctcctgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtat 15036656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 14503888 - 14503645
Alignment:
18 tttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattc 117  Q
    ||||||||||||| || || | ||||  ||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| | |    
14503888 tttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattatttgttgcaagctccaaggtagttagtgc 14503789  T
118 gtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 217  Q
     ||||||||| |||||||   ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||    
14503788 ttgcaatgatgcaatttgtataggaacctctccagaaagatgattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagacaagtttcctagatcctttggaatt 14503689  T
218 ttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatt 261  Q
    || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
14503688 tttccagtaagatggtttgatgacaagttaagttcatgtaaatt 14503645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 77 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 14467650 - 14467438
Alignment:
77 ccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgaga 176  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||| | |  || ||  ||||||||| ||| |||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
14467650 ccacttaaattatttgttgaaagctccaaggtatctagtttttgcaatgatgcaacttgtgcaggaacttctcctgaaagatgattgttacttaccgaga 14467551  T
177 gtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctag 276  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
14467550 gttggatcaacaaagataagctttctagctcctttggaatttttcccgtaagatggtttgaagacaggtttagttcatgtaaatttgttgctcggcctag 14467451  T
277 ttctggtggtatg 289  Q
    |||||| ||||||    
14467450 ttctggcggtatg 14467438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Original strand, 14522830 - 14523080
Alignment:
18 tttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattc 117  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||    
14522830 tttggctcaaattcaactgcaataacctagacaaccttccaagtttttcagggataaaaccacttaaattatttgttgcaagatccaatgtagttagttc 14522929  T
118 gtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 217  Q
     ||||||||| |||| |||  ||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||    |||||||||| |||| ||||||||||||    
14522930 atgcaatgatgcaatctgcataggaacttctcccgaaagatgattattacttatcgagagttggatcagtgcagataagtttcctagatcctttggaatt 14523029  T
218 ttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgct 268  Q
    || ||  |||| || ||||| ||||||| ||||  ||||||||| ||||||    
14523030 tttcctataagttgatttgaggacaagtcaagtatatgtaaattggttgct 14523080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 289
Target Start/End: Original strand, 14532951 - 14533222
Alignment:
18 tttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattc 117  Q
    ||||||||||||| || || | ||||  ||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||| | |    
14532951 tttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattatttttttcaagctccaaggcagttagtgc 14533050  T
118 gtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 217  Q
     |||| |||| |||||||  |||| ||||||||  |||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
14533051 ctgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaagataagtttcctagctcctctggaatt 14533150  T
218 ttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 289  Q
    || || |||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||  ||||||||| | ||||||    
14533151 tttccagtaagatggtttgaagacagattaagttcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgaggtatg 14533222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 15040665 - 15040578
Alignment:
18 tttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaa 105  Q
    ||||||||| |||||| || |||||| |||| ||  | ||||||| ||  |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
15040665 tttggctcatatttaagtgtaataacatagataatcttccaagttgttttgggacgaagccacttaaattatttgttgccagctccaa 15040578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 12685 - 12414
Alignment:
18 tttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattc 117  Q
    ||||||||||||| || || | ||||  ||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||| | |    
12685 tttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattatttttttcaagctccaaggcagttagtgc 12586  T
118 gtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 217  Q
     |||| |||| |||||||  |||| ||||||||  |||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
12585 ctgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaagataagtttcctagctcctttggaatt 12486  T
218 ttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 289  Q
    || || |||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||  ||||||||| | ||||||    
12485 tttccagtaagatggtttgaagacagattaagttcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgcggtatg 12414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 56 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 6359 - 6197
Alignment:
56 ccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaa 155  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||  |||||| || ||||||| ||||| ||||||||   ||    
6359 ccaagttgttctgggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaagatagttattttatgcaataatgcaatttgttcaggaacttctcctacaa 6260  T
156 gatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattt 218  Q
    |||||||| |||||| | |||| | ||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||    
6259 gatgattgctacttatcaagagctggatcaatgaggataagtttcctagctcctttggaattt 6197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 13328 - 13057
Alignment:
18 tttggctcaaatttaactgcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattc 117  Q
    ||||||||||||| || || | ||||  ||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||| | |    
13328 tttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattatttttttcaagctccaaggcagttagtgc 13229  T
118 gtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaatt 217  Q
     |||| |||| |||||||  |||| ||||||||  |||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
13228 ctgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaagataagtttcctagctcctttggaatt 13129  T
218 ttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagttcatgtaaatttgttgctctgcctagttctggtggtatg 289  Q
    || || |||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||  ||||||||| | ||||||    
13128 tttccagtaagatggtttgaagacagattaagttcttgtaattgtgttgctccacctagttcttgcggtatg 13057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 56 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 7003 - 6841
Alignment:
56 ccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgctcagggacttctccagaaa 155  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||  |||||| || ||||||| ||||| ||||||||   ||    
7003 ccaagttgttctgggatgaagccactgaaattatttgttgcaagctccaagatagttattttatgcaataatgcaatttgttcaggaacttctcctacaa 6904  T
156 gatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataagttttctagctcctttggaattt 218  Q
    |||||||| |||||| | |||| | ||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||    
6903 gatgattgctacttatcaagagctggatcaatgaggataagtttcctagctcctttggaattt 6841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 186 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 16024819 - 16024755
Alignment:
186 acaaagataagttttctagctcctttggaattttccccgtaagatggtttgaagacaagttaagt 250  Q
    |||||||||||||   || |||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||| ||||    
16024819 acaaagataagttgcttaactcctttggaatttcccctgtgagatggtttgaagataagtcaagt 16024755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University