View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16577_low_3 (Length: 583)

Name: NF16577_low_3
Description: NF16577
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16577_low_3
NF16577_low_3
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (16-568)||(23750776-23751328)
chr2 (16-568)||(22618169-22618721)
chr2 (19-568)||(23851480-23852029)
chr2 (525-568)||(20573451-20573494)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 568
Target Start/End: Original strand, 23750776 - 23751328
Alignment:
Q  16 aatattttgtgggattgtgccattcagaaagttttctgacacatcaaggttttctaggctgactaattgctcaagacttctaggaatgacaccataaaaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23750776 aatattttgtgggattgtgccattcagaaagttttctgacacatcaaggttttcaaggctgactaattgctcaagactcctaggaatgacaccataaaaa 23750875  T
Q  116 tgattagaagaaataatcaaggtgtttagactgatgaattgtccaatacaattaggaagatatccggttaaattattattgttcagaatcaaatacttta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23750876 tgattagaagaaataatcaaggtgtttagactgatgaattgtccaatacaattaggaagatatccggttaaattattattgttcagaatcaaatacttta 23750975  T
Q  216 gattgacaagtgctgttatactacaaggaagacccccaaacaagtggttattagataggtccaagtgaattagatttcccagttttcctacggagtttgg 315  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23750976 gtttgacaagtgctgttatactacaaggaagacccccaaacaagtggttattagatatgtccaagtggattagatttcccagttttcctactgagtttgg 23751075  T
Q  316 aatagttccattcaagtaattgttaccaagggttaaatatttcaaatttgacaattttcccaaaatatttggaataggaccatggaaaaaactggattga 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23751076 aatagttccattcaagtaattgttaccaagggttaaatatttcaaatttgacaattttcccaaaatatttggaataggaccatggaaaaaacttgattga 23751175  T
Q  416 agtgtgaggattaccatattttcaagttgccccaaccatgtcggcagttgatcattgaaattgttgttggtcatgtcaagttcctctaaaccagatccat 515  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23751176 agtgtgaggtttaccatattttcaagttgccccaaccatgtcggcagttgattattgaaattgttgttggtcatgtcaagttcctctaaaccagatccat 23751275  T
Q  516 tgcatcctgcagattgtaaattaccgacgagtgcatctccttgaagtctgttt 568  Q
    | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  23751276 ttcatcttgcagattgtaaattaccgatgagtgcatctccttgaagtcggttt 23751328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 568
Target Start/End: Original strand, 22618169 - 22618721
Alignment:
Q  16 aatattttgtgggattgtgccattcagaaagttttctgacacatcaaggttttctaggctgactaattgctcaagacttctaggaatgacaccataaaaa 115  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22618169 aatattttggggtattgtgccattcagagagttttctgacacatcaaggttttctaggctgactaattgctcaagactcctaggaatgacaccataaaaa 22618268  T
Q  116 tgattagaagaaataatcaaggtgtttagactgatgaattgtccaatacaattaggaagatatccggttaaattattattgttcagaatcaaatacttta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22618269 tgattagaagaaataatcaaggtgtttagactgatgaattgtccaatacaattaggaagatatccggttaaattattattgttcagaatcaaatacttta 22618368  T
Q  216 gattgacaagtgctgttatactacaaggaagacccccaaacaagtggttattagataggtccaagtgaattagatttcccagttttcctacggagtttgg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22618369 gattgacaagtgctgttatactacaaggaagacccccaaacaagtggttattagatatgtccaagtggattagatttcccagttttcctactgagtttgg 22618468  T
Q  316 aatagttccattcaagtaattgttaccaagggttaaatatttcaaatttgacaattttcccaaaatatttggaataggaccatggaaaaaactggattga 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22618469 aatagttccattcaagtaattgttaccaagggttaaatatttcaaatttgacaattttcccaaaatatttggaataggaccatggaaaaaacttgattga 22618568  T
Q  416 agtgtgaggattaccatattttcaagttgccccaaccatgtcggcagttgatcattgaaattgttgttggtcatgtcaagttcctctaaaccagatccat 515  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22618569 agtgtgaggtttaccatattttcaagttgccccaaccatgtcggcagttgattattgaaattgttgttggtcatgtcaagttcctctaaaccagatccat 22618668  T
Q  516 tgcatcctgcagattgtaaattaccgacgagtgcatctccttgaagtctgttt 568  Q
    | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  22618669 ttcatcttgcagattgtaaattaccgatgagtgcatctccttgaagtcggttt 22618721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 19 - 568
Target Start/End: Original strand, 23851480 - 23852029
Alignment:
Q  19 attttgtgggattgtgccattcagaaagttttctgacacatcaaggttttctaggctgactaattgctcaagacttctaggaatgacaccataaaaatga 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||  | |||| || | ||| ||| |||||||| ||||||| ||||| |    
T  23851480 attttgtgggattgtaccattcagaaagttctctgagacatcaagggtttttagaataactagtttcccaatactcctaggaataacaccatcaaaatta 23851579  T
Q  119 ttagaagaaataatcaaggtgtttagactgatgaattgtccaatacaattaggaagatatccggttaaattattattgttcagaatcaaatactttagat 218  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| |||  |||||||||||||||| ||||||| | || || |||||||| |||||||||| |||||| |||||||    
T  23851580 ttagaagaaataatgaaggtttttagattgacaaattgtccaatacaatcaggaagagaacctgtcaaattattgttgttcagaaccaaataatttagat 23851679  T
Q  219 tgacaagtgctgttatactacaaggaagacccccaaacaagtggttattagataggtccaagtgaattagatttcccagttttcctacggagtttggaat 318  Q
    |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23851680 tgacaagttcggtcatactacaaggaagacccccaaacaagtggttatttgataggtccaactggattagatttcccagttttcctagggagtttggaat 23851779  T
Q  319 agttccattcaagtaattgttaccaagggttaaatatttcaaatttgacaattttcccaaaatatttggaataggaccatggaaaaaactggattgaagt 418  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||| |    
T  23851780 agttccattcaagtgattgttagcaaggattaaatatttcaagtttgacaattttcccaaaaaatttggaataggcccatggaaaaaacttgaatgaatt 23851879  T
Q  419 gtgaggattaccatattttcaagttgccccaaccatgtcggcagttgatcattgaaattgttgttggtcatgtcaagttcctctaaaccagatccattgc 518  Q
     | |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||  || ||||||   ||| || |||||||||    
T  23851880 ttaaggattaccagattttcaagctgccccaaccatgttggcagctgatcattgaatttgttgttggtcaaatccagttccagcaaatcaaatccattgc 23851979  T
Q  519 atcctgcagattgtaaattaccgacgagtgcatctccttgaagtctgttt 568  Q
    |||  | ||| | ||| || || || ||||| ||||||||||||| ||||    
T  23851980 atctcgtagaatttaagttgccaacaagtgcgtctccttgaagtccgttt 23852029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 525 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 20573494 - 20573451
Alignment:
Q  525 cagattgtaaattaccgacgagtgcatctccttgaagtctgttt 568  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20573494 cagattttagattaccgacgagtgcatctccttcaagtctgttt 20573451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University