View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16578_low_2 (Length: 515)

Name: NF16578_low_2
Description: NF16578
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16578_low_2
NF16578_low_2
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-504)||(48912107-48912610)
chr4 (27-493)||(48958084-48958550)
chr4 (20-504)||(48965262-48965743)
chr4 (63-361)||(48961267-48961567)
chr4 (31-178)||(48974062-48974209)
chr4 (29-132)||(48951185-48951288)
chr4 (255-382)||(48951399-48951526)
chr4 (76-168)||(33396687-33396779)
[»] scaffold0536 (3 HSPs)
scaffold0536 (1-490)||(6287-6776)
scaffold0536 (29-504)||(10257-10730)
scaffold0536 (29-178)||(1541-1690)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (27-493)||(12589942-12590411)
chr6 (27-493)||(12483237-12483706)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (60-402)||(13448336-13448675)
chr2 (20-440)||(13440133-13440550)
chr2 (72-343)||(13454819-13455087)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-462)||(3417334-3417773)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (27-394)||(12641353-12641720)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-445)||(12540599-12541040)
chr5 (239-440)||(28385483-28385684)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 492; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 48912610 - 48912107
Alignment:
Q  1 ccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48912610 ccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaactgttctccatgcat 48912511  T
Q  101 cggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912510 cggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatc 48912411  T
Q  201 ataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912410 ataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcat 48912311  T
Q  301 tgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaa 400  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912310 tgtcattctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaa 48912211  T
Q  401 atgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcct 500  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912210 atgacattggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcct 48912111  T
Q  501 ctct 504  Q
    ||||    
T  48912110 ctct 48912107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 27 - 493
Target Start/End: Original strand, 48958084 - 48958550
Alignment:
Q  27 gttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctg 126  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||  |||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  48958084 gttgcaccaacctccaccccaattcctcgcacattagttatcaacttctcattgtagaattgttctccatgcaccggccacgtgatcattggaacccccg 48958183  T
Q  127 cactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaat 226  Q
    | ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||| ||||    
T  48958184 cgctaacagcctccacagtggagttccacccgcaatgtgtcataaatgcacccacggcaatgtggctcagaatcaaaacttgtggggcccaccccctaat 48958283  T
Q  227 aatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttca 326  Q
     |||| | | ||||||||||| ||  |||||||||| || || || |||||||| ||| |||||||||||||| | || |  ||  ||| |||||| |||    
T  48958284 gatcaaacctttcttctttccaatgtttctctcttcgaatcctttcggcaaccactttcctttctcctcttcactctcgtcttctttccctttcttctca 48958383  T
Q  327 ggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgt 426  Q
    |||||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||  |||||||||||||||||    
T  48958384 ggaacaacccatacaaattcgtgacctgatgcttctatcccacacgcaatctcataaagttgtttatcagataaataacatatgcttccaaagcatatgt 48958483  T
Q  427 acaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctc 493  Q
    ||| ||| ||||||| |   ||| |||| |||||||||| |||  | |||||||| |||||| ||||    
T  48958484 acaacactgagttatgtctcttcaagttgagccaactcagacaaccatgcacactaacaacattctc 48958550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 504
Target Start/End: Original strand, 48965262 - 48965743
Alignment:
Q  20 ccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattgga 119  Q
    |||||| |||||||| || ||||| ||||||||  |||| | ||||||||  || || ||||| ||||||||||||||    ||||| || ||||| |||    
T  48965262 ccattctgttgcaccaacttccactccaatccctcgcacttctgttatcagtttttcgttgtagaattgttctccatgtgaaggccatgtaatcatcgga 48965361  T
Q  120 acccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaac 219  Q
    ||||| |||| ||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || | |||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  48965362 acccccgcaccaacagcctccactgtggagttccaaccacaatgagtcataaaggcacccacagcggggtggctcagaatcagaacctgcggagcccaac 48965461  T
Q  220 ccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgttt 319  Q
    || ||||||||| | |   ||||||||| ||  |||||||||| || |||||||| ||||| ||||  |||||||||||| | |||| |||  |||  ||    
T  48965462 ccctaataatcaaacc---cttctttccaatgtttctctcttcgaatccctttggtaaccacttttgcttctcctcttcactctcatcctctttcccgtt 48965558  T
Q  320 cttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaag 419  Q
     ||    |||| ||||||||| || || |||| ||||||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||||||  | || ||||  |||||||||||    
T  48965559 attaaggggaataacccatataaaatcatgacccgatgcttctattgcacacgcaatctcataaagctgtttatcctgataacgacagaggcttccaaag 48965658  T
Q  420 catatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctct 504  Q
    | |||||||| ||| ||||||| | | || || || ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||| ||| ||||    
T  48965659 cttatgtacaacactgagttatgtcgcttggaattgagccaactcaaacactcttgcacgctcactgcactctcttgtcccctct 48965743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 63 - 361
Target Start/End: Original strand, 48961267 - 48961567
Alignment:
Q  63 gttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaa--ttccacccaca 160  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |  ||||| || |||||||| | |||||||||| | |||||||  |||||   |||||||| ||    
T  48961267 gttatcaacttctcgttgtagaattgttctccatgtacgggccatgttatcattgggatccctgcactaccagcctcaatggtggagagttccacccgca 48961366  T
Q  161 atgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctct 260  Q
    ||| ||||||||  ||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| | ||||||||||| | ||  ||||||||    
T  48961367 atgcgtcataaacacacccaccgctgtgtggcccaggatcataacttgtggggcccaccccttaatgatcaaacccttcttcttttcaatgtttctctct 48961466  T
Q  261 tcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgctt 360  Q
    ||||| || || |||||||| || ||||||||||||||  | |||| | |  ||| ||| || ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  48961467 tcaaatcctttcggcaaccacttgtctttctcctcttcgctctcatccactttcccttttttctcaggaacaacccatacaaattcgtgacccgatgctt 48961566  T
Q  361 c 361  Q
    |    
T  48961567 c 48961567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 31 - 178
Target Start/End: Original strand, 48974062 - 48974209
Alignment:
Q  31 caccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcact 130  Q
    |||| |||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48974062 caccaacctccacaccaataccccgcacctgagttatcaacttctcgttgtagaattgttcgtcatgcactggccacgtgatcattggaacccctgcact 48974161  T
Q  131 aactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacc 178  Q
    ||| || || || ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  48974162 aacggcttccacggtggagttccacccgcaatgtgtcaagaatgcacc 48974209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 29 - 132
Target Start/End: Original strand, 48951185 - 48951288
Alignment:
Q  29 tgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgca 128  Q
    |||||| || ||||| || |||||| |||| || ||||| | |||||||||||| || || || | ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  48951185 tgcacctacttccactcctatcccacgcacatgagttatgagcttctcattgtagaactgatcactatgcaccggccacgtgatcatcggaacccctaca 48951284  T
Q  129 ctaa 132  Q
    ||||    
T  48951285 ctaa 48951288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 255 - 382
Target Start/End: Original strand, 48951399 - 48951526
Alignment:
Q  255 ctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcg 354  Q
    |||||||||||| || | || ||||||||||| |||||||| ||| | || | |||| |||  |||||||| || ||||||||||||||||| | ||  |    
T  48951399 ctctcttcaaactccctgggtaaccatttttccttctcctcatcactctcgttctccttccccttcttttctgggacaacccatatgaattcataacctg 48951498  T
Q  355 atgcttcaatcccgcacgcaatctcata 382  Q
    || |||| ||| |||  |||||||||||    
T  48951499 attcttctatcgcgcttgcaatctcata 48951526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 76 - 168
Target Start/End: Original strand, 33396687 - 33396779
Alignment:
Q  76 cattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtca 168  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| ||||| || | |||||| | ||||||||| ||| | || |  || |||||||| |||||||||||||    
T  33396687 cattgtaaaattgttcaccatacattggccatgtcaccattggtaaccctgcactcactccttccaatgttgaattccatccacaatgtgtca 33396779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 3)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 6776 - 6287
Alignment:
Q  1 ccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcat 100  Q
    |||||||||||||||  ||||| || | ||| || ||| |||||||||| |   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  6776 ccccaataccagttgaactccactcagctgcccccaccaccaccccaattcgtcgcacctgtgttatcaacttttcattgtaaaattgttctccatgcac 6677  T
Q  101 cggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||| ||||||||| ||||    
T  6676 cggccacgtgatcatcggaacccctgcactaacagcctcaacagtggaattccacccacaatgcgtcataaacgcacccagagctttgtggctcaaaatc 6577  T
Q  201 ataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcat 300  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  6576 ataacttgtggagcccaacccctaataatcaaacccttcttctttccgatatttctctcttcgaatccctttggcaaccattttcctttctcctcttcac 6477  T
Q  301 tgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaa 400  Q
    | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||  ||    
T  6476 tctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatttgtgacccgatgcttctatcccacatgcaatctcgtaaagttgtttatccgggaa 6377  T
Q  401 atgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacact 490  Q
    | | |||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  6376 aaggcataagcttccaaagcatatgtacaacactgagttatctggcttcgagtctagccaactcagacactcatgcacactcacaacact 6287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 29 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 10730 - 10257
Alignment:
Q  29 tgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgca 128  Q
    |||||| || ||| ||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10730 tgcacccacttcccccccaatcccccgcacttgcgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcattggccacgtgatcattggaacccctgca 10631  T
Q  129 ctaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataa 228  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  10630 ctaaccgcctccacggtggaattccacccacaatgtgtcataaacgcacccacaacagtgtggcttagaatcataacctgaggggcccaacccttaataa 10531  T
Q  229 tcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcagg 328  Q
    ||| | ||||||||||| | |||| ||| |||||||| || || || | |||||||||||||||||||| | | |||| |||  ||| |||||| |||||    
T  10530 tcaaacccttcttctttgcaataactctttcttcaaatcctttcggtagccatttttctttctcctcttgactctcattctctttccctttcttctcagg 10431  T
Q  329 aacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtac 428  Q
    |||||| ||||  ||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  10430 aacaactcatacaaattcgtaacccgatgcttctaccctgcacgcaatctcataaagttgtttatctgaaaaataacataggcttccaaagcaaatgtac 10331  T
Q  429 accaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctctct 504  Q
    | ||| ||  ||||| | ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10330 aacactga--tatctcgcttcaagttaagccaactcagacactcatgcacactcacaacactctgttctcctctct 10257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 1690 - 1541
Alignment:
Q  29 tgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgca 128  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | || || || ||||| || | ||| |  ||||| |||||||||||||  ||||||    
T  1690 tgcaccgacttccactccaatcccatgcacctgagttatcaacgtttcgttatagaattgatcactatgtactggccatgtgatcattggaattcctgca 1591  T
Q  129 ctaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacc 178  Q
    ||||| |||||     | || ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1590 ctaacagcctcggttatagagttccacccacaatgtgtcaaaaatgcacc 1541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 27 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 12590411 - 12589942
Alignment:
Q  27 gttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctg 126  Q
    |||||||| || ||||| ||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||  ||||| |||||||| ||||  || |    
T  12590411 gttgcaccaacttccactccaattccatgcacatcagttatcaacttctcattgtaaaaatgttcaccattcaatggccatgtgatcatcggaattccag 12590312  T
Q  127 cactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaat 226  Q
    ||||||| ||||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  ||||||||| |||||| || ||||| ||||||||| ||||    
T  12590311 cactaaccgcctccacgacggaattccatccacaatgtgtcataaacgcgcccactgcattgtggctcataatcattacttgtggggcccaacccctaat 12590212  T
Q  227 aatcatagccttcttctttc---cgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttt 323  Q
     |||| | ||||||||||||   | ||  ||||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||| ||||| ||| | ||||  ||| ||| ||| ||     
T  12590211 gatcaaacccttcttctttctcccaatgtttctctcttcaaatccactaggcaaccatttttgtttatcctcatcactctcatcttccttcccttttttc 12590112  T
Q  324 tcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcata 423  Q
    || |||| |||||||| ||||||||| |  |||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||| || ||||  |||  ||| ||||||||||    
T  12590111 tcgggaataacccatacgaattcgtggcctgatgcttctatgccacacgaaatctcataaagttgtttatctgagaaatagcatatgctcccaaagcata 12590012  T
Q  424 tgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctc 493  Q
    |||||| ||| ||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||| |||||  |||||||||||||    
T  12590011 tgtacaacacagagttatctcgcttcgagtttagccaactcagacactcttgcacgttcacaacactctc 12589942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 27 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 12483706 - 12483237
Alignment:
Q  27 gttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctg 126  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||  |||| |  ||||| |  |||||||||||||| ||||| || || | |||||||||||||||||||| |||||    
T  12483706 gttgcaccgacttccacaccaatccctcgcacattagttatgagtttctcattgtaaaaatgttcaccgtgaaccggccacgtgatcattggaatccctg 12483607  T
Q  127 cactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaat 226  Q
    ||||||| || || |||   |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || | |||||||| |||||  |||||||| ||||| ||| | ||    
T  12483606 cactaaccgcttccacaacagaattccatccacagtgagtcataaatgcacccactgcagggtggctcaaaatcagtacctgtggtgcccaccccctgat 12483507  T
Q  227 aatcatagccttcttctttccgataat---tctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttt 323  Q
     || | | || |||| || |   ||||   |||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  | ||||  ||| ||| ||| ||     
T  12483506 gattaaacccatcttattccttctaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcctcatcgctctcatcttccttcccttttttc 12483407  T
Q  324 tcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcata 423  Q
    ||||||||||||||||||||||  | || ||||||||| || ||||| | ||| || ||||| |||||||| || ||||  ||| |||| ||||||||||    
T  12483406 tcaggaacaacccatatgaattttttacccgatgcttctattccgcatgaaatttcgtaaagctgtttatcagagaaattgcataggctcccaaagcata 12483307  T
Q  424 tgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctc 493  Q
    |||||| ||| || || ||||| || ||||| ||||||||   |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  12483306 tgtacaacactgaattttcttgctttgagtttagccaactttgacactcatgcacgctcacaacactctc 12483237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 101; Significance: 8e-50; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 60 - 402
Target Start/End: Original strand, 13448336 - 13448675
Alignment:
Q  60 tgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccac 159  Q
    ||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||| ||| |    
T  13448336 tgtgttatcagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccacgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgc 13448435  T
Q  160 aatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctc 259  Q
    |||| ||||||||| | ||||| || | ||||||||  ||| |||||||||| ||||||||| |||| |||| | ||||||||   |||||| |||||||    
T  13448436 aatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacctgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttc---ccgatatttctctc 13448532  T
Q  260 ttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgct 359  Q
    |||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||  | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||  ||||||    
T  13448533 ttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctcttcttcgctctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgaccggatgct 13448632  T
Q  360 tcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaat 402  Q
    || ||| | || || ||||| || ||||||||||| |||||||    
T  13448633 tctatcgcacatgccatctcgtatagttgtttatcagaaaaat 13448675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 20 - 440
Target Start/End: Original strand, 13440133 - 13440550
Alignment:
Q  20 ccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattgga 119  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  | |  ||||||| ||  ||||| ||||| ||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  13440133 ccattccgttgcaccgacttccactccaattcctcgaaattgtgttaccagtttctcgttgtagaattgatctccatgaaccggccacgttatcattgga 13440232  T
Q  120 acccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaac 219  Q
    || || |||||||| | ||| ||| | || |||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| || | ||||||||  ||| |||| ||||| |||||||    
T  13440233 actcccgcactaacagactctacaattgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaac 13440332  T
Q  220 ccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgttt 319  Q
    ||||||| |||| | || || || |    ||  |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || ||| | ||||  ||  ||| |||    
T  13440333 ccttaatgatcaaacccatcctccta---atgtttctctcttcgaatccctttggcaaccacttttctttctcttcctcactctcatcttctttcccttt 13440429  T
Q  320 cttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaag 419  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||  ||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||       |||||||||     
T  13440430 cttctcaggaacaacccatatgaatgggtgactagatgcttctattgcgcacgccatctcatatagttgtttatcagagaaatagttgatgcttccaaaa 13440529  T
Q  420 catatgtacaccaccgagtta 440  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  13440530 catatgtacaacaccgagtta 13440550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 343
Target Start/End: Original strand, 13454819 - 13455087
Alignment:
Q  72 ttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataa 171  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||    ||||| ||||| ||  | || |||| ||| ||||| |||||||    
T  13454819 ttctcgttgtagaattgatctccatggactggccacgttatcattggaactcccatgctaacagcctctacgattgagttccccccgcaatgcgtcataa 13454918  T
Q  172 atgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctt 271  Q
    || | ||||| || | ||| ||||  ||| |||| ||||| ||||||||| |||| |||| | |||| ||||   ||||  || |||||||||| |||||    
T  13454919 atccccccactgcagggtgactcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaaccctttttct---cgatgtttttctcttcaaatccctt 13455015  T
Q  272 tggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaa 343  Q
     |||||||| |||| ||||||||||||  | ||||  ||  ||| |||||| || |||||||||||||||||    
T  13455016 cggcaaccacttttgtttctcctcttcgctctcatcttctttccctttcttctccggaacaacccatatgaa 13455087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 3417773 - 3417334
Alignment:
Q  20 ccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattgga 119  Q
    |||||| |||||||| || ||||| ||||| ||  | || |||||||| |  ||||||||| | ||||| ||||||||   ||||||||| |||||||||    
T  3417773 ccattctgttgcacctacttccactccaattcctcggacttgtgttattagtttctcattgaacaattgatctccatgacccggccacgttatcattgga 3417674  T
Q  120 acccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaac 219  Q
    || ||||||| ||| |||||||||   || |||| ||||||||||||||||||| | || || || | ||||||||  |||  ||||||||| |||||||    
T  3417673 actcctgcaccaacagcctcaacaaatgagttccccccacaatgtgtcataaatccccctaccgcagggtggctcaatatctgaacctgtggggcccaac 3417574  T
Q  220 ccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgttt 319  Q
    || |||  |||| | |   ||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||  ||  | | |||    
T  3417573 ccctaacgatcaaacc---cttctttccaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcttcttcgttctcatcttcttttccttt 3417477  T
Q  320 cttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaag 419  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||  || | ||||||||||| ||||||||||| || ||||    |  |||||||||     
T  3417476 cttctcaagaacaacccatatgaatgggtgacccgatgcttctattgcgtatgcaatctcatatagttgtttatcagagaaatagtttaagcttccaaaa 3417377  T
Q  420 catatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaac 462  Q
    |||||||||| ||| |||||| ||||||  ||||| |||||||    
T  3417376 catatgtacaacactgagttaacttgttgtgagttgagccaac 3417334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 27 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 12641720 - 12641353
Alignment:
Q  27 gttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctg 126  Q
    |||||||| ||||||||||||||||   ||||    ||||||| ||||||||| || || |||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  12641720 gttgcacccacctccaccccaatccttcgcacaacagttatcagcttctcattatagaactgttctccttgcactggccacgtgatcattggaatccctg 12641621  T
Q  127 cactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaat 226  Q
    ||||||| ||||| ||   ||| ||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| || | |||||| | |||||| || ||||| |||||  || ||||    
T  12641620 cactaacagcctctaccaaggagttcgacccgcaatgcgtcatgaatgcacccacagcagcgtggcttaaaatcattacttgtggggcccactccctaat 12641521  T
Q  227 aatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttca 326  Q
     || | | | ||||| ||| | | | |||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||| | ||||  |   ||| |||||| |||    
T  12641520 gataaaacctttcttattttcaacatttctctcttcgaatcctttaggcaaccacttttctttctcctcttcactctcatcttttttccctttcttctca 12641421  T
Q  327 ggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatc 394  Q
    |||||||||||||  ||||||||||  ||   ||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  12641420 ggaacaacccatacaaattcgtgacctgaattttctattccgctcgcaatctcgtaaagttgtttatc 12641353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Original strand, 12540599 - 12541040
Alignment:
Q  1 ccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgttatcaacttctcattgtaaaattgttctccatgcat 100  Q
    ||||| ||||| |||| | |||||| |||||||| || || || ||||| ||  | ||||||||||| |  ||||| ||| | || || ||||||||       
T  12540599 ccccattaccatttgtacaccattctgttgcacctacttctactccaattcctcggacctgtgttattagtttctcgttgaataagtgatctccatgaca 12540698  T
Q  101 cggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatc 200  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||| ||| ||||| ||| | || || | ||||||||||||||||||| | ||||| || | ||||||||  |||    
T  12540699 cggccacgttatcattggaactcccgcaccaacagcctctacaattgagtttcccccacaatgtgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatc 12540798  T
Q  201 ataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcat 300  Q
     |||||||||| ||||||||| |||| |||| | |   ||| ||||| ||  ||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||     
T  12540799 ttaacctgtggggcccaacccctaatgatcaaacc---cttttttccaatgtttctctcctcaaatcccttcggcatccacttttctttctcttcttcag 12540895  T
Q  301 tgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaa 400  Q
    | ||||  ||  ||| | |||| |||||||||||||||||||||  ||||| |  | |||| |   | || ||||||||||| |||||||| ||  | ||    
T  12540896 tctcatcttctttccctctcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgacccattccttctactgcacatgcaatctcatatagttgtttgtcaaagaa 12540995  T
Q  401 atgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttg 445  Q
    ||||  |  ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  12540996 atgatttatgcttccaaaacatatgtacaccactgagttaacttg 12541040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 239 - 440
Target Start/End: Original strand, 28385483 - 28385684
Alignment:
Q  239 cttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccat 338  Q
    ||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||  | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||    
T  28385483 cttctttccaatgtttctctcctcaaatccctttggcagccacttttctttctcttcttcgatctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccat 28385582  T
Q  339 atgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagt 438  Q
    ||||||  |||||  |||||||| |   |||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||   |  ||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  28385583 atgaatgggtgacctgatgcttctactgcgcatgcaatctcatatagttgtttatcagagaaatggtttatgcttccaaaacatatgtacacaactgagt 28385682  T
Q  439 ta 440  Q
    ||    
T  28385683 ta 28385684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University