View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16579_low_2 (Length: 868)
Name: NF16579_low_2
Description: NF16579
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16579_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 580; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 580; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 198 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 14813238 - 14812581
Alignment:
| Q |
198 |
atttaggtgattcagtttatgagacattatttgagattcctttcattgaagtttcggctgagttttatagaggtgagttccaaaagttaagtgaatattg |
297 |
Q |
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| T |
14813238 |
atttaggtgattcagtttatgagacattatttgagattcctttcatcgaagtttcggctgagttttatagaggtgagttccaaaagttaagtgaatattg |
14813139 |
T |
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| Q |
298 |
tgattgtggcgattatctatggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactacttggattccgtaagtcaaaagaagatttat |
397 |
Q |
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| T |
14813138 |
tgattgtggcgattatctacggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactacttggattccataagtcaaaagaagatttat |
14813039 |
T |
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| Q |
398 |
aatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccacataggaaattcttggttagtaattctctttcttgacaatagatatgaag |
497 |
Q |
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| T |
14813038 |
aatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataatagatatgaag |
14812939 |
T |
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| Q |
498 |
atttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactccttacaatacagaaagtagtgaatctctatgttagaaacacaggtgaaaagtt |
597 |
Q |
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| T |
14812938 |
atttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctc--tgttagaaacacaggtgaaaagtt |
14812841 |
T |
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| Q |
598 |
tgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataagtatgatatagtatattaaacttggcattta |
697 |
Q |
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| T |
14812840 |
tgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatatg--atagtatattaaacttggcattta |
14812743 |
T |
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| Q |
698 |
atcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttcttggatgt |
797 |
Q |
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| T |
14812742 |
atcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttcttggatgt |
14812643 |
T |
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| Q |
798 |
caaattaaggaaaggtttcgaacgaagtagtgtggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
859 |
Q |
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| T |
14812642 |
caaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
14812581 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 580; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 198 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 15260233 - 15259576
Alignment:
| Q |
198 |
atttaggtgattcagtttatgagacattatttgagattcctttcattgaagtttcggctgagttttatagaggtgagttccaaaagttaagtgaatattg |
297 |
Q |
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| T |
15260233 |
atttaggtgattcagtttatgagacattatttgagattcctttcatcgaagtttcggctgagttttatagaggtgagttccaaaagttaagtgaatattg |
15260134 |
T |
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| Q |
298 |
tgattgtggcgattatctatggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactacttggattccgtaagtcaaaagaagatttat |
397 |
Q |
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| T |
15260133 |
tgattgtggcgattatctacggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactacttggattccataagtcaaaagaagatttat |
15260034 |
T |
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| Q |
398 |
aatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccacataggaaattcttggttagtaattctctttcttgacaatagatatgaag |
497 |
Q |
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| T |
15260033 |
aatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataatagatatgaag |
15259934 |
T |
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| Q |
498 |
atttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactccttacaatacagaaagtagtgaatctctatgttagaaacacaggtgaaaagtt |
597 |
Q |
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| T |
15259933 |
atttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctc--tgttagaaacacaggtgaaaagtt |
15259836 |
T |
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| Q |
598 |
tgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataagtatgatatagtatattaaacttggcattta |
697 |
Q |
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| T |
15259835 |
tgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatatg--atagtatattaaacttggcattta |
15259738 |
T |
|
| Q |
698 |
atcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttcttggatgt |
797 |
Q |
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| T |
15259737 |
atcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttcttggatgt |
15259638 |
T |
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| Q |
798 |
caaattaaggaaaggtttcgaacgaagtagtgtggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
859 |
Q |
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| T |
15259637 |
caaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
15259576 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 14813443 - 14813266
Alignment:
| Q |
17 |
tatatggatagggtttatgttatacataacaataagactagaattcatgatcttggaatgaacttgcggagagataatgttgttaactccacccagataa |
116 |
Q |
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|
| T |
14813443 |
tatatggatagggtttatgttatacataacaataagactagaattcatgatcttggaatgaacttgtggagagataatgttgttaactccacccagatag |
14813344 |
T |
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| Q |
117 |
ttcaatctcaactgaagaagactctcgttgaattagttcatggagaatgcatcagtgaagttattaatagagacttga |
194 |
Q |
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| T |
14813343 |
ttcaatctcaactgaagaagactctcgttaaattagttcatcgagaatgcatcggtgaagttattaatagagacttga |
14813266 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 15260438 - 15260261
Alignment:
| Q |
17 |
tatatggatagggtttatgttatacataacaataagactagaattcatgatcttggaatgaacttgcggagagataatgttgttaactccacccagataa |
116 |
Q |
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| T |
15260438 |
tatatggatagggtttatgttatacataacaataagactagaattcatgatcttggaatgaacttgtggagagataatgttgttaactccacccagatag |
15260339 |
T |
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| Q |
117 |
ttcaatctcaactgaagaagactctcgttgaattagttcatggagaatgcatcagtgaagttattaatagagacttga |
194 |
Q |
| |
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| T |
15260338 |
ttcaatctcaactgaagaagactctcgttaaattagttcatcgagaatgcatcggtgaagttattaatagagacttga |
15260261 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 410 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 14749996 - 14749959
Alignment:
| Q |
410 |
aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatcca |
447 |
Q |
| |
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||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |
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| T |
14749996 |
aaggagactattgaaaatcacatgcttagattaatcca |
14749959 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 410 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 14757915 - 14757878
Alignment:
| Q |
410 |
aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatcca |
447 |
Q |
| |
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| T |
14757915 |
aaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatcca |
14757878 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 580; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 580; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 198 - 859
Target Start/End: Original strand, 17520942 - 17521599
Alignment:
| Q |
198 |
atttaggtgattcagtttatgagacattatttgagattcctttcattgaagtttcggctgagttttatagaggtgagttccaaaagttaagtgaatattg |
297 |
Q |
| |
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| T |
17520942 |
atttaggtgattcagtttatgagacattatttgagattcctttcatcgaagtttcggctgagttttatagaggtgagttccaaaagttaagtgaatattg |
17521041 |
T |
|
| Q |
298 |
tgattgtggcgattatctatggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactacttggattccgtaagtcaaaagaagatttat |
397 |
Q |
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| T |
17521042 |
tgattgtggcgattatctatggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactacttggattccataagtcaaaagaagatttat |
17521141 |
T |
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| Q |
398 |
aatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccacataggaaattcttggttagtaattctctttcttgacaatagatatgaag |
497 |
Q |
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| T |
17521142 |
aatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaactctctttcttaataatagatatgaag |
17521241 |
T |
|
| Q |
498 |
atttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactccttacaatacagaaagtagtgaatctctatgttagaaacacaggtgaaaagtt |
597 |
Q |
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| T |
17521242 |
atttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatctc--tgttagaaacacaggtgaaaagtt |
17521339 |
T |
|
| Q |
598 |
tgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataagtatgatatagtatattaaacttggcattta |
697 |
Q |
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| T |
17521340 |
tgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatatg--atagtatattaaacttggcattta |
17521437 |
T |
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| Q |
698 |
atcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttcttggatgt |
797 |
Q |
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| T |
17521438 |
atcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgccagagtttctttcgtcgttcttggatgt |
17521537 |
T |
|
| Q |
798 |
caaattaaggaaaggtttcgaacgaagtagtgtggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
859 |
Q |
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|
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| T |
17521538 |
caaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtggtgatgt |
17521599 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Original strand, 17520737 - 17520914
Alignment:
| Q |
17 |
tatatggatagggtttatgttatacataacaataagactagaattcatgatcttggaatgaacttgcggagagataatgttgttaactccacccagataa |
116 |
Q |
| |
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|
|
| T |
17520737 |
tatatggatagggtttatgttatacataacaataagactagaattcatgatcttggaatgaacttgtggagagataatgttgttaactccacccagatag |
17520836 |
T |
|
| Q |
117 |
ttcaatctcaactgaagaagactctcgttgaattagttcatggagaatgcatcagtgaagttattaatagagacttga |
194 |
Q |
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|
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| T |
17520837 |
ttcaatctcaactgaagaagactctcgttaaattagttcatcgagaatgcatcggtgaagttattaatagagacttga |
17520914 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 410 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 17621964 - 17621904
Alignment:
| Q |
410 |
aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccacataggaaattcttggttagtaa |
470 |
Q |
| |
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|
|
| T |
17621964 |
aaggagattattgaaaatgacatgcttagattaatccatatggaaaattctgggttagtaa |
17621904 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 410 - 447
Target Start/End: Original strand, 17570620 - 17570657
Alignment:
| Q |
410 |
aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatcca |
447 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17570620 |
aaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatcca |
17570657 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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