View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16585_low_4 (Length: 574)

Name: NF16585_low_4
Description: NF16585
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16585_low_4
NF16585_low_4
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-562)||(39472002-39472563)
chr5 (59-466)||(39475530-39475943)
chr5 (57-423)||(39454661-39455027)
chr5 (57-476)||(39451022-39451447)
chr5 (55-476)||(39486479-39486912)
chr5 (55-423)||(39458075-39458443)
chr5 (60-423)||(39470538-39470901)
chr5 (60-418)||(39460275-39460636)
chr5 (37-287)||(39464451-39464701)
chr5 (180-458)||(39483405-39483686)
chr5 (324-544)||(39464215-39464435)
chr5 (324-423)||(43312315-43312414)
chr5 (57-103)||(39480395-39480441)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 494; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Original strand, 39472002 - 39472563
Alignment:
Q  1 aagtggtggttgtctcttttccggcggataggcatatagtttcggctctcgagattgcgaagcttctaataaaccgtgataaccgtctccgaatgactgt 100  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| ||  | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39472002 aagtggtgtttgtcccttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtctccgaataactgt 39472101  T
Q  101 tttagttatcaaattcccacacatcacagataccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39472102 tttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttct 39472201  T
Q  201 cttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtatctaacctcattaccagatcag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39472202 cttgccccaaacacagatcaaggtccctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagtagtatctaacctcattaccagatcag 39472301  T
Q  301 aaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttctctgtccctacgcttgtcttcttcacttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39472302 aaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttctctgtccctacgcttgtcttcttcacttc 39472401  T
Q  401 cggtgttgcgttccttggattgagttttcatctttacactcttcgtcaacgagacaatgtctattcaactaagttgttacaactcactgacttggctgtc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39472402 cggtgttgcgttccttggattgagttttcatctttacactcttcgtcaacgagacaatgtctattcaactaagttgttacaactcactgacttggctgtc 39472501  T
Q  501 ccgagtttcactaacttggttccaacaacagcgttgcccagtgcggtgctaagcaaagaatg 562  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39472502 ccgagtttcgctaacttggttccaacaaaagcattgcccagtgctgtgctaagcaaagaatg 39472563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 59 - 466
Target Start/End: Original strand, 39475530 - 39475943
Alignment:
Q  59 gaagcttctaataaaccgtgataaccgtctccgaatgactgttttagttatcaaattcccacacatcacagataccgatgtctacactaaatcccttcct 158  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||| |||||||||||||||||    
T  39475530 gaagcttctaatcaatcgtgataaccgtctccgagtaactgttttagttatcaaattcccacacataacagaaaatgatgtcaacactaaatcccttcct 39475629  T
Q  159 atctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctct---atgactgcgctcctcgaagctcaga 255  Q
    ||||| || || ||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||   ||||| || ||||||||||||||||    
T  39475630 atctcagaatctctcaacatcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacaccgatccaggtttctcttccatgacagctctcctcgaagctcaga 39475729  T
Q  256 aaccaaacgtcaaacaagttgtatctaacctcattaccagatcag---aaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgat 352  Q
    |||||||||| ||||||| ||| || ||||||| ||| |||  ||   || |||||  ||| ||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||    
T  39475730 aaccaaacgtaaaacaagctgtctccaacctcactactagagaaggacaacatggacacctcgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgat 39475829  T
Q  353 tgatgttgccaaagagttctctgtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcgttccttggattgagttttcatctttacactcttcgtcaacga 452  Q
      |||||||||| ||||||  |||||||||||| || ||||||||||| |||||||| | |||||| |||| | || | ||||||||||||||| |||||    
T  39475830 caatgttgccaatgagttcaatgtccctacgctcgttttcttcacttctggtgttgcttcccttggtttgaatctttacctttacactcttcgtgaacga 39475929  T
Q  453 gacaatgtctattc 466  Q
    ||||||||| ||||    
T  39475930 gacaatgtcgattc 39475943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 57 - 423
Target Start/End: Original strand, 39454661 - 39455027
Alignment:
Q  57 gcgaagcttctaataaaccgtgataaccgtctccgaatgactgttttagttatcaaattcccacacatcacagataccgatgtctacactaaatcccttc 156  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||  ||| || || ||||| |||| |||||| ||||    
T  39454661 gcgaaacttctaatcaaccgtgataaccgtctccgaataactgttttagtcctcaaatttccacacgccactgaaactgatgtatacagtaaatctcttc 39454760  T
Q  157 ctatctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaa 256  Q
    | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  ||| || |||||| ||| | || | ||| |||||||||||    
T  39454761 caatctccgattcaatccgcatcatcaaccttccagaatgctctcttcccccaaacactaatccagtttcctccatgtccgctcaccttgaagctcagaa 39454860  T
Q  257 accaaacgtcaaacaagttgtatctaacctcattaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgat 356  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |   || || ||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  39454861 accaaacgtcaaacaagccgtatctaacctcattactggtgaagcaagtggagtcctcgcagctttcgttgttgacatgtcctgcacagccatgattgat 39454960  T
Q  357 gttgccaaagagttctctgtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcgttccttggattga 423  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||    
T  39454961 gttgccaaagagttctccatccctacactcgtcttcttcacttccagtgtagctttccttggtttga 39455027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 57 - 476
Target Start/End: Original strand, 39451022 - 39451447
Alignment:
Q  57 gcgaagcttctaataaaccgtgataaccgtctccgaatgactgttttagttatcaaattcccacacatcacagataccgatgtctacactaaatcccttc 156  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |  |||||| |||||||||||||||    
T  39451022 gcgaagcttctaatcaatcgtgataaccgtctccgagtaactgttttagttatcaaattcccacatatatcagaaaatgatgtcaacactaaatcccttc 39451121  T
Q  157 ctatctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggtt---cctctatgactgcgctcctcgaagctca 253  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||  ||| |||||   | || ||| |||| ||||||||||||||    
T  39451122 ctatctcagattctctcaacatcatcaaccttccagaagtttctcttcctccaaacaccaatccaggtttcgcttccatgcctgctctcctcgaagctca 39451221  T
Q  254 gaaaccaaacgtcaaacaagttgtatctaacctcattac---cagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatg 350  Q
    ||||||||| ||||||||||  || |||||||||| |||     ||  ||||||||||||||| ||| |  | |||||||||||||||||||| | ||||    
T  39451222 gaaaccaaatgtcaaacaagccgtttctaacctcactactggaggaggagaaaatggagtcctcgccaccatcgttgttgacatgttctgcaccaccatg 39451321  T
Q  351 attgatgttgccaaagagttctctgtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcgttccttggattgagttttcatctttacactcttcgtcaac 450  Q
    |||||| |||||||||| || || || |||| ||| |||||||||||||| || ||||| | |||||| |||| | ||||| || | || || ||| |||    
T  39451322 attgatattgccaaagaattttcagttcctatgctcgtcttcttcacttctggcgttgcttcccttggtttgaatcttcatattcataccctccgtgaac 39451421  T
Q  451 gagacaatgtctattcaactaagttg 476  Q
    ||||||| ||  |||||||| |||||    
T  39451422 gagacaacgttgattcaactcagttg 39451447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 55 - 476
Target Start/End: Original strand, 39486479 - 39486912
Alignment:
Q  55 ttgcgaagcttctaataaaccgtgataaccgtctccgaatgactgttttagttatcaaattcccacacatcacagat-ac-----cgatgtctacactaa 148  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  | || || |||||||||||||||| ||||||| ||     |||||||||||| ||    
T  39486479 ttgcaaagcttctaatcaaccgtgataaccgtctccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaa 39486578  T
Q  149 atcccttcctatctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaa 248  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | | |||     ||||  || ||||| |||    
T  39486579 atcccttcccatttccgattctctccaggtcatcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgtcatgaacgctctccttgaa 39486678  T
Q  249 gctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtatctaacctcattaccagatcagaaaa------tggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||  || | |      ||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  39486679 gctcagaaaccaaacgtcaaacaagctgtatccaacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgca 39486778  T
Q  343 caaacatgattgatgttgccaaagagttctctgtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcgttccttggattgagttttcatctttacactct 442  Q
    | | |||||||||| |||||||||| || ||  ||||| ||||  |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||   | |||||| |||||||    
T  39486779 ccaccatgattgatattgccaaagaattttccatccctgcgctcatcttcttcacttccggtgttgcttttcttggtttgatgctccatcttcacactct 39486878  T
Q  443 tcgtcaacgagacaatgtctattcaactaagttg 476  Q
       | ||||||||||  || |||||||| |||||    
T  39486879 gtttgaacgagacaacatcgattcaactcagttg 39486912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 55 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 39458443 - 39458075
Alignment:
Q  55 ttgcgaagcttctaataaaccgtgataaccgtctccgaatgactgttttagttatcaaattcccacacatcacagataccgatgtctacactaaatccct 154  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | || || || ||||| |||||||  ||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  39458443 ttgcaaagcttctaatcaaccgtgataaccgtctccgaataactatcttggtcatgaaatttccacacacaacagaaatagatgtctacactaaatccct 39458344  T
Q  155 tcctatctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcag 254  Q
    | | |||  |||||| ||  ||||  || |||||||||||||||||||| |||||||| |  ||  |  ||||   |||   |  |||||| ||||||||    
T  39458343 tgccatcgacgattctcttaacattgtcgaccttccagaatgttctcttcccccaaactccaatataacttccggcatggtggatctcctcaaagctcag 39458244  T
Q  255 aaaccaaacgtcaaacaagttgtatctaacctcattaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattg 354  Q
    ||||||||||||||| |||  || || ||||||| ||    | |||||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  39458243 aaaccaaacgtcaaaaaagccgtctccaacctcactaaagcaccagaaaatggagtcctagctgcattcattgttgacatgttctgcaccaccatgattg 39458144  T
Q  355 atgttgccaaagagttctctgtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcgttccttggattga 423  Q
    ||||||  ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  39458143 atgttgtaaaagaattttctgtccctacgctcgtcttcttcacttccggtgttgctttccttggtttga 39458075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 60 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 39470901 - 39470538
Alignment:
Q  60 aagcttctaataaaccgtgataaccgtctccgaatgactgttttagttatcaaattcccacacatcacagataccgatgtctacactaaatcccttccta 159  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||| ||||| ||||| || |||||||||||||   ||||  | ||||||||| |||||||| |||| |    
T  39470901 aagcttctaatcaaccatgataaccgcctctgaataactgtcttagtcatgaaattcccacacactgcagaatctgatgtctacgctaaatccattccca 39470802  T
Q  160 tctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaacc 259  Q
    |||| ||||| |||||  |||||||||||||||||  |||| ||  ||||| | | |||| ||||||   |||||  || |||||||||||||| ||| |    
T  39470801 tctctgattctctccatgtcatcaaccttccagaagtttctgttctcccaacctctgatccaggttcggatatgaacgctctcctcgaagctcataaagc 39470702  T
Q  260 aaacgtcaaacaagttgtatctaacctcattaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgtt 359  Q
    |||||||||||||| | | || ||||||| |||  ||  | || |||||  ||| |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39470701 aaacgtcaaacaagctatctccaacctcactactggagaacaacatggacccctcgccgctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgtt 39470602  T
Q  360 gccaaagagttctctgtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcgttccttggattga 423  Q
    |||||||| || ||  ||||| || |||| || |||||||||||  |||| |||||||| ||||    
T  39470601 gccaaagaattttccctccctgcgtttgtgttgttcacttccggcattgctttccttggtttga 39470538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 60 - 418
Target Start/End: Original strand, 39460275 - 39460636
Alignment:
Q  60 aagcttctaataaaccgtgataaccgtctccgaatgactgttttagttatcaaattcccacacatcacagataccgatgtctacactaaatcccttccta 159  Q
    ||||||||||  ||||||||||| || |||||||| |||||  |||| || ||| ||||| |||   ||||  |||||||  |||||||||| ||||| |    
T  39460275 aagcttctaaccaaccgtgataagcgcctccgaattactgtcctagtcatgaaactcccatacacatcagaatccgatgttaacactaaatcacttccca 39460374  T
Q  160 tctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaacc 259  Q
      || ||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||  || | |  ||||   ||||  ||  ||||||||||||||||| |    
T  39460375 cttctgattctctcgacatcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacatcgaaccaacttccagaatgatggctttcctcgaagctcagaaatc 39460474  T
Q  260 aaacgtcaaacaagttgtatctaacctcattaccagatcagaaaa---tggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgat 356  Q
    ||||||||||||||  |||||||| |||| ||| |    ||||||   ||||  |||  | || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  39460475 aaacgtcaaacaagccgtatctaatctcactactactagagaaaaacatggaaccctcacagcctttgttgttgacatgttctgcactaaaatgattgat 39460574  T
Q  357 gttgccaaagagttctctgtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcgttccttgg 418  Q
     |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  39460575 attgccaaagaattttcagtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcttcccttgg 39460636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 37 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 39464701 - 39464451
Alignment:
Q  37 tagtttcggctctcgagattgcgaagcttctaataaaccgtgataaccgtctccgaatgactgttttagttatcaaattcccacacatcacagataccga 136  Q
    ||||||| || || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| |||||| ||||||| | | ||||  ||||    
T  39464701 tagtttctgcccttgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtctccgaataaccatcttagtcatcaaactcccacaaaccgcagaatccga 39464602  T
Q  137 tgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgact 236  Q
    |||||||||||||||| |||| || || ||||| ||  |  |||||||||||||||||  ||||||| ||| || | | |||| ||||||| ||||||      
T  39464601 tgtctacactaaatccattcccatatctgattctcttaatgtcatcaaccttccagaagtttctcttccccaaacctctgatccaggttccgctatgaac 39464502  T
Q  237 gcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtatctaacctc 287  Q
    || ||||| || ||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||    
T  39464501 gctctccttgatgctcacaaaccaaacgtcaaacaagccgtctctaacctc 39464451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 180 - 458
Target Start/End: Original strand, 39483405 - 39483686
Alignment:
Q  180 atcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtat 279  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||   |||| || |||  | || |  || ||||| |||||||||||||||||| | | ||||| ||| |    
T  39483405 atcaaccttccagaatgttatcttcccccaaacttcgatctagtttctgccatcaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacataatacaagctgtct 39483504  T
Q  280 ctaacctcattaccagatcag---aaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttctctgt 376  Q
    | ||||||| ||| |||  ||   || |||||  |||  |||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||  |||    
T  39483505 ccaacctcactactagagaaggacaacatggacacctctccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatgttgccaatgagttcaatgt 39483604  T
Q  377 ccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcgttccttggattgagttttcatctttacactcttcgtcaacgagacaat 458  Q
    ||||||||| || |||| ||||| | ||||||| | |||||| |||| | || ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  39483605 ccctacgctcgttttctacactttcagtgttgcttcccttggtttgaatctttatcttcacactcttcgtgaacgagacaat 39483686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 324 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 39464435 - 39464215
Alignment:
Q  324 gttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttctctgtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcgttccttggattga 423  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || || |||||| || |||| |||||||||||  ||||||| |||||||| ||||    
T  39464435 gttgttgacatgttctgcaccaacatgattgatgttgccaaggaattttccgtccctgcgtttgtgttcttcacttcgagtgttgctttccttggtttga 39464336  T
Q  424 gttttcatctttacactcttcgtcaacgagacaatgtctattcaactaagttgttacaactcactgacttggctgtcccgagtttcactaacttggttcc 523  Q
     | ||||| || ||||| |   | |||||||||| ||| |||||||| || ||   ||||| ||||| ||| |  ||||||||||| ||||||  |||||    
T  39464335 atcttcatattcacactttgtttgaacgagacaacgtcgattcaactcagctggagcaactgactgaattgtccctcccgagtttcgctaactccgttcc 39464236  T
Q  524 aacaacagcgttgcccagtgc 544  Q
     |||| | |||||||||||||    
T  39464235 tacaaaatcgttgcccagtgc 39464215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 324 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 43312414 - 43312315
Alignment:
Q  324 gttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttctctgtccctacgcttgtcttcttcacttccggtgttgcgttccttggattga 423  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||| || || || ||   ||||||| | || |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  43312414 gttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatgtagctaatgactttggtgtcccttccctcgtctacttcacttccggtgttgctttccttggtttga 43312315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 57 - 103
Target Start/End: Original strand, 39480395 - 39480441
Alignment:
Q  57 gcgaagcttctaataaaccgtgataaccgtctccgaatgactgtttt 103  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39480395 gcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtctccgaataactgtttt 39480441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University