View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16588_high_15 (Length: 340)

Name: NF16588_high_15
Description: NF16588
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16588_high_15
NF16588_high_15
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-326)||(41336390-41336697)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (19-321)||(20903237-20903539)
chr6 (19-326)||(20921838-20922139)
chr6 (26-326)||(21005948-21006248)
chr6 (189-289)||(21005841-21005944)
[»] scaffold0557 (3 HSPs)
scaffold0557 (75-326)||(5724-5981)
scaffold0557 (74-327)||(5070-5329)
scaffold0557 (154-301)||(5899-6043)
[»] scaffold0115 (2 HSPs)
scaffold0115 (74-326)||(46924-47182)
scaffold0115 (75-269)||(47836-48039)
[»] scaffold0442 (3 HSPs)
scaffold0442 (110-321)||(9153-9370)
scaffold0442 (74-327)||(8435-8694)
scaffold0442 (154-292)||(9293-9428)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (26-202)||(2589450-2589623)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 19 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 41336697 - 41336390
Alignment:
19 tgttgcgcatagaaattttgatccatttgatgctgcatgttttggttaaatacgggagttgcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
41336697 tgttgcgcatagaaattttgatccatttgatgctgcatgttttggttaaatacgggagttgcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattg 41336598  T
119 aggtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacttgaggatgcaagttttgattaacaccaggagttggaaccatagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
41336597 aggtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacttgaggatgcaagttttgattaacaccaggagttggaaccatagt 41336498  T
219 actcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttgacgatgcatgctttgattgacaccgtgatttggaatcatagtactcatgttg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
41336497 actcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttgacgatgcatgctttgattgacaccgtgatttggaatcatagtactcatgttg 41336398  T
319 ttcatctc 326  Q
    ||| ||||    
41336397 ttcttctc 41336390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 19 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 20903539 - 20903237
Alignment:
19 tgttgcgcatagaaattttgatccatttgatgctgcatgttttggttaaatacgggagttgcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
20903539 tgttgcgcatagaaattttgatccatttgatgctgcatgttttggttaaatcctggagttgcaaccatgttcataactggcattggagtactcatcattg 20903440  T
119 aggtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacttgaggatgcaagttttgattaacaccaggagttggaaccatagt 218  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20903439 tagtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacttgaggatgcaagttttgattaacaccaggagttggaaccatagt 20903340  T
219 actcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttgacgatgcatgctttgattgacaccgtgatttggaatcatagtactcatgttg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
20903339 actcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccggtgtagatttgatgttgcatgctttgattaacaccctgatttggaatcatagtactcatgttg 20903240  T
319 ttc 321  Q
    |||    
20903239 ttc 20903237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 19 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 20922139 - 20921838
Alignment:
19 tgttgcgcatagaaattttgatccatttgatgctgcatgttttggttaaatacgggagttgcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20922139 tgttgcgcatagaaattttgatccatttgatgctgcatgttttggttaaatccgggagtggcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattg 20922040  T
119 aggtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacttgaggatgcaagttttgattaacaccaggagttggaaccatagt 218  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||      |||| ||||||||||||||||||    
20922039 aggtattcatcatggtgtttctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacctgaggatgcaagttt------acactaggagttggaaccatagt 20921946  T
219 actcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttgacgatgcatgctttgattgacaccgtgatttggaatcatagtactcatgttg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
20921945 actcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttgacgatgcatgctttgattgataccgtgatttggaatcatagtactcatgttg 20921846  T
319 ttcatctc 326  Q
    ||| ||||    
20921845 ttcttctc 20921838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 26 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 21006248 - 21005948
Alignment:
26 catagaaattttgatccatttgatgctgcatgttttggttaaatacgggagttgcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattgaggtatt 125  Q
    |||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||    
21006248 cataaaaactttggtccatttgaggctgcatgttttggttaaatctgggagacgcaaccatgttcataactggtattgaagtactcatcaatgaagtatt 21006149  T
126 catcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacttgaggatgcaagttttgattaacaccaggagttggaaccatagtactcatg 225  Q
    ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
21006148 catcatgttgttgctcctctgttcttgatgaacacttgaagtgtaaacttgaggttgcatgttagaattaacactaggagttggaaccatagtactcatg 21006049  T
226 atggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttgacgatgcatgctttgattgacaccgtgatttggaatcatagtactcatgttgttcatct 325  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
21006048 atggtgttcttgttttgttgaacactttcaggatagatttgacgctgcatgttttgattgacattgtgatttggaatcatagtactcatgttgttcttct 21005949  T
326 c 326  Q
    |    
21005948 c 21005948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 189 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 21005944 - 21005841
Alignment:
189 ttgattaacaccaggagttggaaccatagtactcatgatggtgtt---cttgttctgttgaacacttccagtgtagatttgacgatgcatgctttgattg 285  Q
    ||||| ||||||||||  ||||| ||| |||||| ||| ||||||   |||||| |||||||||||| ||  |||||||||| | |||||| |||||||     
21005944 ttgatcaacaccaggatgtggaatcatcgtactcttgagggtgttgttcttgttttgttgaacacttgcatggtagatttgaggctgcatgttttgattc 21005845  T
286 acac 289  Q
    ||||    
21005844 acac 21005841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0557 (Bit Score: 170; Significance: 3e-91; HSPs: 3)
Name: scaffold0557
Description:

Target: scaffold0557; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 75 - 326
Target Start/End: Original strand, 5724 - 5981
Alignment:
75 agttgcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattgaggtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagact 174  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
5724 agttgcaaccatgttcataacttgcattaaagtactcatcgttgaagtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgattaacacttgaagtgtagact 5823  T
175 tgag---ga---tgcaagttttgattaacaccaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttgac 268  Q
    |||    ||   |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
5824 tgaaactgaatgtgcatgttttgattaacactaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacacttccagggtagatttgac 5923  T
269 gatgcatgctttgattgacaccgtgatttggaatcatagtactcatgttgttcatctc 326  Q
    | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
5924 gttgcatgctttgattaacaccgtaatttggaatcatagtactcatgttgttcttctc 5981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0557; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 74 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 5329 - 5070
Alignment:
74 gagttgcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattgaggtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagac 173  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
5329 gagttgcaaccatgttcgtaactggcattaaagcactcatcattgaagtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgattaacacttgaagtgtagac 5230  T
174 ttgagga------tgcaagttttgattaacaccaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttga 267  Q
    |||||        |||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||    
5229 ttgagacagcacgtgcatgttttcattaacacttggagttggaaccatagtactcacgatggtgttcttgttttgttgaacacttctagggtagatttga 5130  T
268 cgatgcatgctttgattgacaccgtgatttggaatcatagtactcatgttgttcatctca 327  Q
    || | |||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
5129 cgctacatgctttaattaacactgtgatttagaatcatagtattcatgttgttcttctca 5070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0557; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 154 - 301
Target Start/End: Original strand, 5899 - 6043
Alignment:
154 tgaacacttgaagtgtagacttgaggatgcaagttttgattaacaccaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttc 253  Q
    |||||||||  || ||||| |||| | |||| | |||||||||||||   | |||||| ||||||||||||| ||   ||||| | |||||||||||||     
5899 tgaacacttccagggtagatttgacgttgcatgctttgattaacaccgtaatttggaatcatagtactcatgttg---ttcttctcctgttgaacacttg 5995  T
254 cagtgtagatttgacgatgcatgctttgattgacaccgtgatttggaa 301  Q
    ||  |||||||||| | |||||| ||||||| ||||| ||| ||||||    
5996 catggtagatttgatggtgcatgttttgattaacaccatgagttggaa 6043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0115 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 2)
Name: scaffold0115
Description:

Target: scaffold0115; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 74 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 47182 - 46924
Alignment:
74 gagttgcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattgaggtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagac 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| || |||||||||||||||    
47182 gagttgcaaccatgttcataactggcattaaagtactcatcgttgaagtattcatcatggtgttactgttctgttgttgattaaaacttgaagtgtagac 47083  T
174 ttgaggatgcaagt------tttgattaacaccaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttga 267  Q
    |||||  |||| ||      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
47082 ttgagactgcatgtgcatgttttgattaacactaggagttggaaccatagtactcacgatgatgttcttgtattgttgaacacttccagggtagatttga 46983  T
268 cgatgcatgctttgattgacaccgtgatttggaatcatagtactcatgttgttcatctc 326  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
46982 cgttgcatgctttgattaacaccgtgatttggaatcatggtactcatgttgttcttctc 46924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0115; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 75 - 269
Target Start/End: Original strand, 47836 - 48039
Alignment:
75 agttgcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattgaggtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagact 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
47836 agttgcaaccatgttcataactggcattaaagtaatcatcgttgaagtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgattaacacttgaagcgtagact 47935  T
175 tgag---------gatgcaagttttgattaacaccaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagattt 265  Q
    ||||           |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||   |||||||    
47936 tgagactgctgcatgtgcatgttttgattaacactaggagttggaaccataatactcacgatggtgttcttgttttgttgaacacttacaagctagattt 48035  T
266 gacg 269  Q
    ||||    
48036 gacg 48039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0442 (Bit Score: 138; Significance: 4e-72; HSPs: 3)
Name: scaffold0442
Description:

Target: scaffold0442; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 110 - 321
Target Start/End: Original strand, 9153 - 9370
Alignment:
110 tcatcattgaggtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacttga----ggatg--caagttttgattaacaccagg 203  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    | |||  || |||||||||||||| |||    
9153 tcatcgttgaagtattcatcatggtgttgctcttctgttcttgattaacacttgaagtgtagacttgaaactgcatgtgcatgttttgattaacactagg 9252  T
204 agttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttgacgatgcatgctttgattgacaccgtgatttggaatc 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
9253 agttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttttgttgaacacttccagggtagatttgaagttgcatgctttgattaacaccgtaatttggaatc 9352  T
304 atagtactcatgttgttc 321  Q
    ||||||||||||||||||    
9353 atagtactcatgttgttc 9370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0442; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 74 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 8694 - 8435
Alignment:
74 gagttgcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattgaggtattcatcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagac 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||    
8694 gagttgcaaccatgttcataactggcattaatacactcatcgttgaagtattcatcatggttttgctcttttgttgttgattaacacttgaggtgtagac 8595  T
174 ttgaggatgcaagt------tttgattaacaccaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttccagtgtagatttga 267  Q
    |||||  |||| ||      ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| || || |||||||    
8594 ttgagactgcatgtgcatgttttgatttacactaggagtttgaaccatagtactcacaatggtgttcttgttttgttgaacacttctagggttgatttga 8495  T
268 cgatgcatgctttgattgacaccgtgatttggaatcatagtactcatgttgttcatctca 327  Q
    || |||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
8494 cgttgcatgctttaattaacaccgtgatttagaatcatagtattcatgttgttcttctca 8435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0442; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 292
Target Start/End: Original strand, 9293 - 9428
Alignment:
154 tgaacacttgaagtgtagacttgaggatgcaagttttgattaacaccaggagttggaaccatagtactcatgatggtgttcttgttctgttgaacacttc 253  Q
    |||||||||  || ||||| |||| | |||| | |||||||||||||   | |||||| ||||||||||||| ||   ||||| | |||||||||||||     
9293 tgaacacttccagggtagatttgaagttgcatgctttgattaacaccgtaatttggaatcatagtactcatgttg---ttcttctactgttgaacacttg 9389  T
254 cagtgtagatttgacgatgcatgctttgattgacaccgt 292  Q
    ||  |||||||||| | |||||| ||||||| |||||||    
9390 catggtagatttgatggtgcatgttttgattaacaccgt 9428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 2589623 - 2589450
Alignment:
26 catagaaattttgatccatttgatgctgcatgttttggttaaatacgggagttgcaaccatgttcataactggcattgaattactcatcattgaggtatt 125  Q
    |||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||| | || ||||||  |||||||||  ||| |||| ||||| || |||||    
2589623 catagaaattctgctccatttgaggttgcatgttttggttaaatccaggagtaggaatcatgttgctaactggcaaagaagtacttatcatggaagtatt 2589524  T
126 catcatggtgttgctcttctgttgttgatgaacacttgaagtgtagacttgaggatgcaagttttgattaacaccag 202  Q
    |||||||||| |||||||||  |||   || ||| |||||||||||| |||||| || || ||||| ||| ||||||    
2589523 catcatggtgctgctcttcttctgt---tgtacagttgaagtgtagatttgaggctgaaaattttggttatcaccag 2589450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University