View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16588_low_3 (Length: 948)

Name: NF16588_low_3
Description: NF16588
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16588_low_3
NF16588_low_3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-931)||(44559611-44560526)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 848; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 848; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 931
Target Start/End: Original strand, 44559611 - 44560526
Alignment:
Q  17 tctcacatctacaccatcaaaatattcaccttccaattgccatctccataccgaccaaatcagagattatccattttctaatgtcatcgtgaacttgcac 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44559611 tctcacatctacaccatcaaaatattcaccttccaattgccatctccatatcgaccaaatcagagactatccattttctcatgtcatcgtgaacttgcac 44559710  T
Q  117 catgcaatcagctaaaataatgttgccacctgtcatttgtgatttgttttctccagacattaactgatcgcacatcaccgactcagaatgactaatacta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44559711 catgcaatcagctaaaataatgttgccacctgtcatttgtgatttgttttctccaaacattaactgatcgcacatcaccgactcagaatgactaatacta 44559810  T
Q  217 gtccaagtgctaaccattactttgcaaataaataatctgagggtttagcaacaatgcctctcctcaagtatccctcggctatattttcccttcaaaacac 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44559811 gtccaagtgctaaccattactttgcaaataaataatctgagggtttagcaacaatgcctctcctcaagtatccctcggctatattttcccttcaaaacac 44559910  T
Q  317 tgcaccacaagataaccttaccctcgttcatctcctaacccatcttcattaagcaagcactactcattgtatgaaggcttctaccggggccaaggaaact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44559911 tgcaccacaagataaccttaccctcgttcatctcctaacccatcttcattaagcaagcactactcattgtatgaaggcttctaccggggccaaggaaact 44560010  T
Q  417 cttagccttctaacccgaaagtttggactttactttatcaatcaaattatcgtagtcactctagcgcggagctctaccaatcaaagggacttggttttcg 516  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560011 cttagccttctaacccgaaagtttcgactttactttatcaatcaaattaccgtagtcactctagcgcggagctctaccaatcaaagggacttggttttcg 44560110  T
Q  517 aaacctatttccttcaaacacaacattatcatcatctctactctcagtaaactatctttatagaagttagtcatcgtatcctttagctccgtatcatctt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  44560111 aaacctatttccttcaaacacaacattatcatcatctctactctcagtaaactatctttatagaagttagtcaccgtatcctttagctccgtatcatctt 44560210  T
Q  617 caatataatctcccattactatttctcaacgagctggtcttttttctcctctttctgttagcagtttaacatgataggattagtatttctatccccatca 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560211 caatataatctcccattactatttctcaacgagctggtcttttttctcctctttctgttagcagtttaacatgataggattagtatttctatccccatca 44560310  T
Q  717 tatacaaccagttagcccgagacctctgatgccacatcattcctcctaatacaacactttagttaattccttatgcaaagaatgttcaagtcgagaaaga 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560311 tatacaaccagttagcccgagacctctgatgccacatcattcctcctaatacaacacttcagttaattccttatgcaaagaatgttcaagtcgagaaaga 44560410  T
Q  817 taacgagactcatgtcatgaggttgacg-cnnnnnnnnattgtctcctaaacaagccaacaattccttcttctttattacactaccaaagtaaattgtcc 915  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44560411 taacgagactcatgtcatgaggttgacgtcttttttttattgtctcctaaacaagccaacaattccttcttctttattacactaccaaagttaattgtcc 44560510  T
Q  916 tccacatcttcaattc 931  Q
    ||||||||||||||||    
T  44560511 tccacatcttcaattc 44560526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University