View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16589_low_2 (Length: 931)
Name: NF16589_low_2
Description: NF16589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16589_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 745; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 745; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 927
Target Start/End: Complemental strand, 44143174 - 44142255
Alignment:
| Q |
19 |
ctacaacacccatagaatagtgtttgtttattttttaacattattaatatggacctgagttagccggaaaacttgctacctttacaatgctcgggcatag |
118 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
44143174 |
ctacaacacccatagaatagtgtttgtttattttt-aacattattaatatggacctgagttagccggaaaacttgctacctttacaatgctcgggcatag |
44143076 |
T |
|
| Q |
119 |
ttgggattgataaaacgtatactcaaacttcaggacatataacatgttatgatgatgatcttgggcaagtgaaataattcacttgcaagtaagttactat |
218 |
Q |
| |
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|
| T |
44143075 |
ttgggattgataagacgtatactcaaacttcaggacatataacatgttatgatgatgatcttgggcaagtgaaat---tcacttgcaagt----tactac |
44142983 |
T |
|
| Q |
219 |
tgatatacacgcacagctagctaggatggaaaattggaaacataaacaatttattcttatggtcttccactattttttatttatttggatgtctatgatt |
318 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
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|
| T |
44142982 |
tgatatacacgcacagctag----gatggaaaattggaaacataaacaatttattcttatggttttccactattttttattgatttggatgtctatgatt |
44142887 |
T |
|
| Q |
319 |
gatatcttccttcctgataatatttcccatgcaaaaatattccccttttcaattcaattatgatggtcgaaggtcgaacaaccttt--tttaatcta--- |
413 |
Q |
| |
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|
| T |
44142886 |
gatatcttccttcctgataatatttcccatgcaaaaatattccccttttcaattcaattatgatggtcgaaggtcgaacaaccttttttttaatctatta |
44142787 |
T |
|
| Q |
414 |
------------------aaaacgcatggcatgaacatatgaatgagacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatgccagtcta |
495 |
Q |
| |
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| T |
44142786 |
tttaaaaagcctaatataaaaacgcatggcatgaacatatgaatgagacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatggcagtcta |
44142687 |
T |
|
| Q |
496 |
ataaatcttacaaatatagaatccaattgaatctaataatacaccgtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagtttataatg |
595 |
Q |
| |
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| T |
44142686 |
ataaatcttacaaatatagaatccaattgaatctaataatacaccgtctttctttgacatcacgaaaaatgctatcttatataatggttagtttattatg |
44142587 |
T |
|
| Q |
596 |
taatgtataagttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgggagtcaaaattattttagaacttggatttatggttttattagggctgtaaag |
695 |
Q |
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|
| T |
44142586 |
taatgtataagttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgggagtcaaaattattttagaacttggatttatggttttattagggctataaag |
44142487 |
T |
|
| Q |
696 |
aatttacatagctccactttgttttctgggtgcaaatttcatttactctgaacatagttttattaatttattttcttactacagtttttccataccaaat |
795 |
Q |
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| T |
44142486 |
aatttacatagctccactttgttttctgggtgcaaatttcatttactctgaacatggttttattaatttattttcttactacagtttttccataccaaat |
44142387 |
T |
|
| Q |
796 |
gaaactctgagccatgcctttggctatttttgtttaattcttcacagttcattcaccagtgatccctcagggagacataattcaccccatttcctacctt |
895 |
Q |
| |
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|
| T |
44142386 |
gaaactctgagccatgcctttggctatttttgtttaattcttcacagttcactcaccactgatccctcagggagacataattcaccccatttcctacctt |
44142287 |
T |
|
| Q |
896 |
tttctccttacccttatctttgatgatgtcca |
927 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| ||||| |||| |
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| T |
44142286 |
tttctccttacccttatcttttatgatttcca |
44142255 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 407 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 44121923 - 44121691
Alignment:
| Q |
407 |
taatctaaaaacgcatggcatgaacatatgaatgagacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatgccagtctaataaatcttac |
506 |
Q |
| |
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|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
44121923 |
taatataaaaacgcatggcatgaagatatgaatgagacaggggacctgcagtcacaactttttgtttgataagaaattatggtagtctaatcaatcttac |
44121824 |
T |
|
| Q |
507 |
aaatatagaatccaattgaatctaataatacac--cgtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagtttataatgtaatgtata |
604 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| | || |||||||| | || |||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||| | || |||| |
|
|
| T |
44121823 |
aaatatagaatccaattgactatagtaatacactatggctctctttgacatca-cgaaaatgctatctaatttaatggttagttta-----tcatatata |
44121730 |
T |
|
| Q |
605 |
agttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgg |
643 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
44121729 |
agttagcatgaataagcatatgtttggttttaattttgg |
44121691 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 44122415 - 44122226
Alignment:
| Q |
19 |
ctacaacacccatagaatagtgtttgtttattttttaacattattaatatggacctgagttagccggaaaacttgcta--cctttacaatgctcggg--- |
113 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||| |
|
|
| T |
44122415 |
ctacaacactcatagaataaagtttgtttattttctaacaatattaatttggacttgagttagctggaaaatttgctattcctttacttgactcgggaat |
44122316 |
T |
|
| Q |
114 |
-catagttgggattgataaaacgtatactcaaacttcaggacatataacatgttatgatgatgatcttgggcaagtgaaataattcacttgcaagt |
208 |
Q |
| |
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|
|
| T |
44122315 |
atatagctgagattgatcagacatatactcaaacttctggacatataacatg---taatgatgatcttgggcaagtga---aattcacttgcaagt |
44122226 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 291 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 44122067 - 44121980
Alignment:
| Q |
291 |
ttttttatttatttggatgtctatgattgatatcttccttcctgataatatttcccatgcaaaaatattccccttttcaattcaattatgatg |
383 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44122067 |
ttttttattgatttggatgtctatgattgata----ccttcttgataatgttt-ccatgcacaaatattttccttttcaattcaattatgatg |
44121980 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 441 - 927
Target Start/End: Complemental strand, 50063404 - 50062907
Alignment:
| Q |
441 |
agacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatgccagtctaataaatcttacaaatatagaatccaattgaatctaataatacacc |
540 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50063404 |
agacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatggcagtctaatatatcttacaaatatagaatccaattgaatctaataatacacc |
50063305 |
T |
|
| Q |
541 |
gtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagtttataatgtaatgtataagttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattt |
640 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
50063304 |
gtctttctttgacatcaccaaaaatgttatcttatataatggttagtttataatgtaatgtataagttagtatgaataagcctatgtttggtttcaattt |
50063205 |
T |
|
| Q |
641 |
tgggagtcaaaattattttagaacttggatttatggttttattagggctgtaaagaatttacatagctccactttgttttctgggtgcaaatttcattta |
740 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
50063204 |
tgggagtcaaaattattttagaacttggatttatggttttattagggctgtaaagaatttccatagctccactttgttttctgggtgcaaatttcattta |
50063105 |
T |
|
| Q |
741 |
ctctgaacatagttttattaatttattttcttactacagtttttccataccaaatgaaactctgagccatgcctttggctatttttgtttaattcttcac |
840 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
50063104 |
ctctgaacatagttttattaatttattttcttactacagtttttccataccaaatgaaactctgagccatgcctttggctatttttgtttaattcttcat |
50063005 |
T |
|
| Q |
841 |
agttcattcaccagtgatccctcagggaga-----------cataattcaccccatttcctacctttttctccttacccttatctttgatgatgtcca |
927 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
50063004 |
agttcactcaccactgatccctcagggtgacgtccacacttcataattcaccccatttccaacctttttctccttacccttatcttttatgatttcca |
50062907 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 407 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 50024581 - 50024351
Alignment:
| Q |
407 |
taatctaaaaacgcatggcatgaacatatgaatgagacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatgccagtctaataaatcttac |
506 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
50024581 |
taatataaaaacgcatggcatgaagatatgaatgagac--gggacctgcagtcacaactttttgtttgatgagaaattatggtagtctaatcaatcttac |
50024484 |
T |
|
| Q |
507 |
aaatatagaatccaattgaatctaataatacac--cgtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagtttataatgtaatgtata |
604 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| | || |||||||| | || |||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||| | || |||| |
|
|
| T |
50024483 |
aaatatagaatccaattgactatagtaatacactatggctctctttgacatca-cgaaaatgctatctaatttaatggttagttta-----tcatttata |
50024390 |
T |
|
| Q |
605 |
agttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgg |
643 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
50024389 |
agttagcatgaataagcatatgtttggttttaattttgg |
50024351 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 407 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 50031699 - 50031469
Alignment:
| Q |
407 |
taatctaaaaacgcatggcatgaacatatgaatgagacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatgccagtctaataaatcttac |
506 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
50031699 |
taatataaaaacgcatggcatgaagatatgaatgagac--gggacctgcagtcacaactttttgtttgatgagaaattatggtagtctaatcaatcttac |
50031602 |
T |
|
| Q |
507 |
aaatatagaatccaattgaatctaataatacac--cgtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagtttataatgtaatgtata |
604 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| | || |||||||| | || |||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||| | || |||| |
|
|
| T |
50031601 |
aaatatagaatccaattgactatagtaatacactatggctctctttgacatca-cgaaaatgctatctaatttaatggttagttta-----tcatttata |
50031508 |
T |
|
| Q |
605 |
agttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgg |
643 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
50031507 |
agttagcatgaataagcatatgtttggttttaattttgg |
50031469 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 137 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 50063538 - 50063455
Alignment:
| Q |
137 |
atactcaaacttcaggacatataacatgttatgatgatgatcttgggcaagtgaaataattcacttgcaagtaagttactattgatataca |
227 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50063538 |
atactcaaacttcaggacatataacatgttatgatgatgatcttgggcaagtga---aattcacttgc----aagttactattgatataca |
50063455 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 50032182 - 50031993
Alignment:
| Q |
19 |
ctacaacacccatagaatagtgtttgtttattttttaacattattaatatggacctgagttagccggaaaacttgcta--cctttacaatgctcgggcat |
116 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||| || |
|
|
| T |
50032182 |
ctacaacactcataaaataaagtttgtttattttctaacaatattaatttggacttgagttagctggaaaatttgctattcctttacttgactcgggaat |
50032083 |
T |
|
| Q |
117 |
a----gttgggattgataaaacgtatactcaaacttcaggacatataacatgttatgatgatgatcttgggcaagtgaaataattcacttgcaagt |
208 |
Q |
| |
|
| | || ||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
50032082 |
atatagctgagattgatcagacatatactcaaacttctggacatataacatg---taatgatgatcttgggcaagtga---aattcacttgcaagt |
50031993 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 40 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 50025043 - 50024875
Alignment:
| Q |
40 |
gtttgtttattttttaacattattaatatggacctgagttagccggaaaacttgcta--cctttacaatgctcgggcata----gttgggattgataaaa |
133 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||| ||| | || ||||||| | | |
|
|
| T |
50025043 |
gtttgtttattttctaacaatattaatttggacttgagttagctggaaaatttgctattcctttacttgactcgggaatatatagctgagattgatcaga |
50024944 |
T |
|
| Q |
134 |
cgtatactcaaacttcaggacatataacatgttatgatgatgatcttgggcaagtgaaataattcacttgcaagt |
208 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
50024943 |
catatactcaaacttctggacatataacatg---taatgatgatcttgggcaagtga---aattcacttgcaagt |
50024875 |
T |
|
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