View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16591_high_1 (Length: 800)
Name: NF16591_high_1
Description: NF16591
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16591_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 44143047 - 44142255
Alignment:
| Q |
16 |
ttcaggacatataacatgttatgatgatgatcttgggcaagtgaaataattcacttgcaagtaagttactattgatatacacgcacagctagctaggatg |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
44143047 |
ttcaggacatataacatgttatgatgatgatcttgggcaagtgaaat---tcacttgcaagt----tactactgatatacacgcacagctag----gatg |
44142959 |
T |
|
| Q |
116 |
gaaaattggaaacataaacaatttattcttatggtcttccactattttttatttatttggatgtctatgattgatatcttccttcctgataatatttccc |
215 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44142958 |
gaaaattggaaacataaacaatttattcttatggttttccactattttttattgatttggatgtctatgattgatatcttccttcctgataatatttccc |
44142859 |
T |
|
| Q |
216 |
atgcaaaaatattccccttttcaattcaattatgatggtcgaaggtcgaacaaccttt--tttaatcta---------------------aaaacgcatg |
292 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
44142858 |
atgcaaaaatattccccttttcaattcaattatgatggtcgaaggtcgaacaaccttttttttaatctattatttaaaaagcctaatataaaaacgcatg |
44142759 |
T |
|
| Q |
293 |
gcatgaacatatgaatgagacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatgccagtctaataaatcttacaaatatagaatccaatt |
392 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44142758 |
gcatgaacatatgaatgagacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatggcagtctaataaatcttacaaatatagaatccaatt |
44142659 |
T |
|
| Q |
393 |
gaatctaataatacaccgtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagtttataatgtaatgtataagttagtatgaataaacat |
492 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44142658 |
gaatctaataatacaccgtctttctttgacatcacgaaaaatgctatcttatataatggttagtttattatgtaatgtataagttagtatgaataaacat |
44142559 |
T |
|
| Q |
493 |
atgtttggtttcaattttgggagtcaaaattattttagaacttggatttatggttttattagggctgtaaagaatttacatagctccactttgttttctg |
592 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44142558 |
atgtttggtttcaattttgggagtcaaaattattttagaacttggatttatggttttattagggctataaagaatttacatagctccactttgttttctg |
44142459 |
T |
|
| Q |
593 |
ggtgcaaatttcatttactctgaacatagttttattaatttattttcttactacagtttttccataccaaatgaaactctgagccatgcctttggctatt |
692 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44142458 |
ggtgcaaatttcatttactctgaacatggttttattaatttattttcttactacagtttttccataccaaatgaaactctgagccatgcctttggctatt |
44142359 |
T |
|
| Q |
693 |
tttgtttaattcttcacagttcattcaccagtgatccctcagggagacataattcaccccatttcctacctttttctccttacccttatctttgatgatg |
792 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
44142358 |
tttgtttaattcttcacagttcactcaccactgatccctcagggagacataattcaccccatttcctacctttttctccttacccttatcttttatgatt |
44142259 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 276 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 44121923 - 44121691
Alignment:
| Q |
276 |
taatctaaaaacgcatggcatgaacatatgaatgagacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatgccagtctaataaatcttac |
375 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
44121923 |
taatataaaaacgcatggcatgaagatatgaatgagacaggggacctgcagtcacaactttttgtttgataagaaattatggtagtctaatcaatcttac |
44121824 |
T |
|
| Q |
376 |
aaatatagaatccaattgaatctaataatacac--cgtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagtttataatgtaatgtata |
473 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| | || |||||||| | || |||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||| | || |||| |
|
|
| T |
44121823 |
aaatatagaatccaattgactatagtaatacactatggctctctttgacatca-cgaaaatgctatctaatttaatggttagttta-----tcatatata |
44121730 |
T |
|
| Q |
474 |
agttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgg |
512 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
44121729 |
agttagcatgaataagcatatgtttggttttaattttgg |
44121691 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 44122067 - 44121980
Alignment:
| Q |
160 |
ttttttatttatttggatgtctatgattgatatcttccttcctgataatatttcccatgcaaaaatattccccttttcaattcaattatgatg |
252 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44122067 |
ttttttattgatttggatgtctatgattgata----ccttcttgataatgttt-ccatgcacaaatattttccttttcaattcaattatgatg |
44121980 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 310 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 50063404 - 50062907
Alignment:
| Q |
310 |
agacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatgccagtctaataaatcttacaaatatagaatccaattgaatctaataatacacc |
409 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50063404 |
agacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatggcagtctaatatatcttacaaatatagaatccaattgaatctaataatacacc |
50063305 |
T |
|
| Q |
410 |
gtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagtttataatgtaatgtataagttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattt |
509 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50063304 |
gtctttctttgacatcaccaaaaatgttatcttatataatggttagtttataatgtaatgtataagttagtatgaataagcctatgtttggtttcaattt |
50063205 |
T |
|
| Q |
510 |
tgggagtcaaaattattttagaacttggatttatggttttattagggctgtaaagaatttacatagctccactttgttttctgggtgcaaatttcattta |
609 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50063204 |
tgggagtcaaaattattttagaacttggatttatggttttattagggctgtaaagaatttccatagctccactttgttttctgggtgcaaatttcattta |
50063105 |
T |
|
| Q |
610 |
ctctgaacatagttttattaatttattttcttactacagtttttccataccaaatgaaactctgagccatgcctttggctatttttgtttaattcttcac |
709 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50063104 |
ctctgaacatagttttattaatttattttcttactacagtttttccataccaaatgaaactctgagccatgcctttggctatttttgtttaattcttcat |
50063005 |
T |
|
| Q |
710 |
agttcattcaccagtgatccctcagggaga-----------cataattcaccccatttcctacctttttctccttacccttatctttgatgatgtcca |
796 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
50063004 |
agttcactcaccactgatccctcagggtgacgtccacacttcataattcaccccatttccaacctttttctccttacccttatcttttatgatttcca |
50062907 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 276 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 50024581 - 50024351
Alignment:
| Q |
276 |
taatctaaaaacgcatggcatgaacatatgaatgagacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatgccagtctaataaatcttac |
375 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
50024581 |
taatataaaaacgcatggcatgaagatatgaatgagac--gggacctgcagtcacaactttttgtttgatgagaaattatggtagtctaatcaatcttac |
50024484 |
T |
|
| Q |
376 |
aaatatagaatccaattgaatctaataatacac--cgtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagtttataatgtaatgtata |
473 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| | || |||||||| | || |||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||| | || |||| |
|
|
| T |
50024483 |
aaatatagaatccaattgactatagtaatacactatggctctctttgacatca-cgaaaatgctatctaatttaatggttagttta-----tcatttata |
50024390 |
T |
|
| Q |
474 |
agttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgg |
512 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
50024389 |
agttagcatgaataagcatatgtttggttttaattttgg |
50024351 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 276 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 50031699 - 50031469
Alignment:
| Q |
276 |
taatctaaaaacgcatggcatgaacatatgaatgagacaggggacctgcagtcacagctttttgtttgatgagaagttatgccagtctaataaatcttac |
375 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
50031699 |
taatataaaaacgcatggcatgaagatatgaatgagac--gggacctgcagtcacaactttttgtttgatgagaaattatggtagtctaatcaatcttac |
50031602 |
T |
|
| Q |
376 |
aaatatagaatccaattgaatctaataatacac--cgtctttctttgacatcaccaaaaatgctatcttatataatggttagtttataatgtaatgtata |
473 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| | || |||||||| | || |||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||| | || |||| |
|
|
| T |
50031601 |
aaatatagaatccaattgactatagtaatacactatggctctctttgacatca-cgaaaatgctatctaatttaatggttagttta-----tcatttata |
50031508 |
T |
|
| Q |
474 |
agttagtatgaataaacatatgtttggtttcaattttgg |
512 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
50031507 |
agttagcatgaataagcatatgtttggttttaattttgg |
50031469 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 16 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 50063528 - 50063455
Alignment:
| Q |
16 |
ttcaggacatataacatgttatgatgatgatcttgggcaagtgaaataattcacttgcaagtaagttactattgatataca |
96 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50063528 |
ttcaggacatataacatgttatgatgatgatcttgggcaagtga---aattcacttgc----aagttactattgatataca |
50063455 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University