View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16592_high_36 (Length: 395)

Name: NF16592_high_36
Description: NF16592
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16592_high_36
NF16592_high_36
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (18-386)||(20170006-20170368)
chr7 (18-334)||(20172051-20172361)
chr7 (18-375)||(20261998-20262355)
chr7 (18-373)||(20292374-20292729)
chr7 (18-375)||(20241365-20241722)
chr7 (18-361)||(20271567-20271910)
chr7 (18-314)||(20301576-20301872)
chr7 (18-375)||(20229415-20229772)
chr7 (18-351)||(20281881-20282220)
chr7 (18-328)||(20092086-20092396)
chr7 (18-268)||(20296800-20297050)
chr7 (18-314)||(20064534-20064830)
chr7 (18-156)||(20287003-20287141)
chr7 (297-373)||(20277590-20277666)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-375)||(40821111-40821469)
chr4 (18-367)||(40825786-40826138)
[»] scaffold0027 (1 HSPs)
scaffold0027 (22-286)||(135151-135418)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 18 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 20170368 - 20170006
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |    
T  20170368 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaactaaccactgaatgattctaatgggattgtcacaatatttgaagatggaaatcttg 20170269  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctc-gcttttcagactttggtaaccttgtac 216  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  20170268 tggtattgaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcagcttttcagactttggtaaccttgtcc 20170169  T
Q  217 ttttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaacaag 316  Q
    ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20170168 tt-------ttacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaacaag 20170076  T
Q  317 taagagtgtaaatctcgaagcatggaaaagcccttctgacccatctgttggcaacttctatagtagtatt 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20170075 taagagtgtaaatctcgaagcatggaaaagcccttctgacccatctgttggcaacttctatagtagtatt 20170006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 18 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 20172361 - 20172051
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |    
T  20172361 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaactaaccactgaatgattctaatgggattgtcacaatatttgaagatggaaatcttg 20172262  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctc-gcttttcagactttggtaaccttgtac 216  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  20172261 tggtattgaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcagcttttcagactttggtaaccttgtcc 20172162  T
Q  217 ttttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaacaag 316  Q
    ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20172161 tt-------ttacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaacaag 20172069  T
Q  317 taagagtgtaaatctcga 334  Q
    ||||||||||||||||||    
T  20172068 taagagtgtaaatctcga 20172051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 375
Target Start/End: Original strand, 20261998 - 20262355
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |    
T  20261998 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggttgcaaacagaaacaaactactgaatgattctaatgggattgtcacaatatctgaacatggaaatcttg 20262097  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcgcttttcagactttggtaaccttgtact 217  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||| ||    
T  20262098 tggtattaaatggacagaaacaagttgtttggtcatcaaatgtttccaacataacaacaaatacaagttctcacttttcgggtttcggtaaccttgtgct 20262197  T
Q  218 tttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaacaagt 317  Q
    | ||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| || || |  |||||  |||||||||||||||||||  ||    
T  20262198 tctggagaacacaaccggaaacattttatggcagagtattcagcagccttcagatacattccttccaaacatgaaagtttcaatcaacaaaagaacgggt 20262297  T
Q  318 aagagtgtaaatctcgaagcatggaaaagcccttctgacccatctgttggcaacttct 375  Q
    |||||| |||| |||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20262298 aagagtttaaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttct 20262355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 18 - 373
Target Start/End: Original strand, 20292374 - 20292729
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||   || ||||||||||||||||||| |    
T  20292374 tggtggaagtctcagtctacaatcatatgggtggcgaacagaaaccaaccactgaatgattctaatgggactgcggcaatatctgaagatggaaatcttg 20292473  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcgcttttcagactttggtaaccttgtact 217  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  20292474 tggtattaaacggacagaagcaagtcatttggacatcaaatgtctccaacatagcaaccaatacaagttctcagttttccgactttggtaaccttgtcct 20292573  T
Q  218 tttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaacaagt 317  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||| |||||||| ||    
T  20292574 tttggagagcacaactggaaccattttatggcagagtattcagcaaccttcagatacgttacttcctagcatgaaactatcaatcaaccaaagaacaggt 20292673  T
Q  318 aagagtgtaaatctcgaagcatggaaaagcccttctgacccatctgttggcaactt 373  Q
    |||| |||||| |||  | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  20292674 aagaatgtaaaactcatatcatggaaaagcccttcggacccatatgttggcaactt 20292729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 375
Target Start/End: Original strand, 20241365 - 20241722
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |    
T  20241365 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactgaatgactctaatgggattgtcacgatatctgaagatggaaatcttg 20241464  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcgcttttcagactttggtaaccttgtact 217  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  || ||||||||||| ||    
T  20241465 tggtattaaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacaaatacaagttcttgcttttcgggtttcggtaaccttgtgct 20241564  T
Q  218 tttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaacaagt 317  Q
    | ||||||  ||||| ||||| |  |||||||| ||||||| ||| ||| |||||||||| || ||  | |||||  |||||| ||||||||||||  ||    
T  20241565 tctggagaacacaaccggaaaaaacttatggcagagtattctgcagccttcagatacattccttccaggaatgaaaatttcaaacaacaaaagaaccggt 20241664  T
Q  318 aagagtgtaaatctcgaagcatggaaaagcccttctgacccatctgttggcaacttct 375  Q
    |||| || ||| |||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20241665 aagaatgaaaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttct 20241722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 18 - 361
Target Start/End: Original strand, 20271567 - 20271910
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  20271567 tggtggaagtctcaatctactatcatatgggtggcaaacagaaaccaaccattgaatgatactaatgggattgtcacaatatctgaagatggaaatcttg 20271666  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcgcttttcagactttggtaaccttgtact 217  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| | ||| |  |||||||||| ||| |||||||| ||    
T  20271667 tggtattgaatggacagaaacgagtctattggtcatcaaatgtttccaacatagcatccaataccacttcgcagttttcagactatggcaaccttgtcct 20271766  T
Q  218 tttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaacaagt 317  Q
    ||||||||  ||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||||| ||    
T  20271767 tttggagagcacaaccggaaacaccttatggcagagtattcagcaacctacagatacattactgcctggtatgaaactttctgtcaacaaaagaacaggt 20271866  T
Q  318 aagagtgtaaatctcgaagcatggaaaagcccttctgacccatc 361  Q
    | |||||||||  |  || |||||||||  ||||||||||||||    
T  20271867 atgagtgtaaaaatgaaatcatggaaaaatccttctgacccatc 20271910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 314
Target Start/End: Original strand, 20301576 - 20301872
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    |||||||| ||||  |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| | |    
T  20301576 tggtggaattctcgttctacagtcgtatgggtggctaacagaaaccaaccactgaatgattctaatgggattgtcacaatatccgaagatggaaatattg 20301675  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcgcttttcagactttggtaaccttgtact 217  Q
     |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||| ||    
T  20301676 aggtattaaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcagttttcagactatggcaaccttgtcct 20301775  T
Q  218 tttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaaca 314  Q
    ||||||||   ||||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  20301776 tttggagaacgcaactggaaacgtattatggcagagtattcaacaacctacagatacattactgtctggtatgaaactttctatcaacaaaagaaca 20301872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 18 - 375
Target Start/End: Original strand, 20229415 - 20229772
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  20229415 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggttgcaaacagaaacaaaccactgaatgattctaatgggattgtcacaatatctgaacatggaaatctcg 20229514  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcgcttttcagactttggtaaccttgtact 217  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| | | ||||| |  || |   | || |||| |||||||||||| ||    
T  20229515 tggtattaaatggacagaaacaagtcatttggtcatcgtatgtttccaacatagtatccaataccacctcccaaatgtctgactctggtaaccttgtgct 20229614  T
Q  218 tttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaacaagt 317  Q
    | ||||||  |||||||||||||  |||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||| || ||  | ||||| |||||| |||||||||||||  ||    
T  20229615 tctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcagtcaacaaaagaactggt 20229714  T
Q  318 aagagtgtaaatctcgaagcatggaaaagcccttctgacccatctgttggcaacttct 375  Q
    |||||| |||| |||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20229715 aagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttct 20229772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Original strand, 20281881 - 20282220
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| | ||||||||||||| |||||||| | ||||| |||| |||||||||||||| |    
T  20281881 tggtggaagtctcaatctacaatcatgtgggtggaaaacagaaaccagccactgaatgattctaatgggaatttcacaatatccgaagatggaaatcttg 20281980  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcgcttttcagactttggtaaccttgtact 217  Q
     | |||| ||||||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||    
T  20281981 cgatattaaatggacagaaacgagtcatatggtcatcgaatgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcagttttcagactttggtaaccttgtcct 20282080  T
Q  218 tttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacct-------acagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaag 310  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       ||| ||  ||||| |||||| ||||| || || |||||||||||    
T  20282081 tttggatattacaactggaaacattttatggcaaattattcagcaaccttcgatcaacaaat-tattacagcctagcatgaaactatcgatcaacaaaag 20282179  T
Q  311 aacaagtaagagtgtaaatctcgaagcatggaaaagccctt 351  Q
    |||| | ||||||||||| ||| || |||||||||| ||||    
T  20282180 aacaggcaagagtgtaaaactcaaatcatggaaaagtcctt 20282220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 20092396 - 20092086
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| |    
T  20092396 tggtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactgaatgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttg 20092297  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcgcttttcagactttggtaaccttgtact 217  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| | ||| ||  |||| ||||||||||||||||| ||    
T  20092296 tggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcatccaataccacttcccgaatttctgactttggtaaccttgtgct 20092197  T
Q  218 tttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaacaagt 317  Q
    |  |||||  |||||||||||||   ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| || ||  | ||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  20092196 tcaggagagcacaactggaaacaacatatggcagagtattcagcagccttcagatacattccttccaggcatgaaactttcaatcaacaaaagaacaggt 20092097  T
Q  318 aagagtgtaaa 328  Q
    || ||| ||||    
T  20092096 aaaagtataaa 20092086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Original strand, 20296800 - 20297050
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    |||||||||||||   ||||| || ||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  20296800 tggtggaagtctcgcactacagtcgtatgggtggctaacaaaaaccaatcactgaatgattctaatgggattgtcacaatatctgaagatggaaatcttg 20296899  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcgcttttcagactttggtaaccttgtact 217  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||    
T  20296900 tggtattaaatggatagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacaattacaagttttcaattttcagactttggtaaccttgtcct 20296999  T
Q  218 tttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctac 268  Q
    ||||||||  |||||| |||| || |||||| | |||||||||||||||||    
T  20297000 tttggagagcacaactagaaatatgttatgggagagtattcagcaacctac 20297050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 20064830 - 20064534
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    |||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||| |||||||| | ||||  ||||||||||||||||||| |    
T  20064830 tggtggaattctcgttctacagtcatatgggtggcaaacagaaaccaaccaataaatgattctaatgggactatcaccatatctgaagatggaaatcttg 20064731  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcgcttttcagactttggtaaccttgtact 217  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | ||||| | ||| |  ||||| |||  ||| |||||||| ||    
T  20064730 tggtattaaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagaatccaataccacttcccagttttcggaccatggaaaccttgtcct 20064631  T
Q  218 tttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaaca 314  Q
    |||||| |  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  20064630 tttggatagcacaacaggaaacatcttatggcagagtattcaggaaccttctgattcattactgcctggtatgaaactttctatcaacaaaagaaca 20064534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 20287003 - 20287141
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |    
T  20287003 tggtggaagtctcaatcttcaatcatatgggtggcaaacagaaacaaaccactaagtgattctaatgggattgtcacaatatctgaggatggaaatcttg 20287102  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaa 156  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  20287103 tggtattgaatggacaaaaacaagtaatttggtcatcaa 20287141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 297 - 373
Target Start/End: Original strand, 20277590 - 20277666
Alignment:
Q  297 tcaatcaacaaaagaacaagtaagagtgtaaatctcgaagcatggaaaagcccttctgacccatctgttggcaactt 373  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||    
T  20277590 tcaatcaacaaaagaacaggtaagagtgtaaaactcaaatcatggaaaagcccttttgatccatccattggcaactt 20277666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 18 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 40821469 - 40821111
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaa-cagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctc 116  Q
    ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||     
T  40821469 tggtgcaagtctcagcctacaatcatatgggtggcaaaacagaaaccaaccactgaacgattctaatgggactgtcacaatatctgaagatggaaatctt 40821370  T
Q  117 gtggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcgcttttcagactttggtaaccttgtac 216  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| |    
T  40821369 gtggtattgaatggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttctcagttttcaaactttggtaaccttgtcc 40821270  T
Q  217 ttttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaacaag 316  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||  | |||||||||||||||||| |    
T  40821269 ttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtattcagcaaccttcagatacgttactacctagcatgaaaatatcaatcaacaaaagaacagg 40821170  T
Q  317 taagagtgtaaatctcgaagcatggaaaagcccttctgacccatctgttggcaacttct 375  Q
    ||||| |||||| |||  | |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  40821169 taagaatgtaaaactcatatcatggaaaagcccttcggacccatatgtcggcaacttct 40821111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 40826138 - 40825786
Alignment:
Q  18 tggtggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcg 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  | |||||||||||| |||||||||| | ||  ||||||| ||||| ||||| |    
T  40826138 tggtggaagtctcagtctacaatcatatgggtggcaaacagaaaccgatcactgaatgattctaatgggattattactatatctgaggatggcaatcttg 40826039  T
Q  118 tggtattcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagt---tctcgcttttcagactttggtaaccttgt 214  Q
     |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | | || |||| | |  ||||||| | |    | |  |||||||| | ||||||||||||    
T  40826038 cggtattgaatggacaaaaacaagtcatttggtcatcaaatttgtctaacacaacctcaaatactattgaagcccagttttcagattatggtaaccttgt 40825939  T
Q  215 acttttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagtatgaagctttcaatcaacaaaagaaca 314  Q
     |||||||| |  ||||| |||| ||| || ||||| ||| ||||| ||||| | |||||| | |||||  | ||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  40825938 ccttttggaaagcacaacaggaagcatcttgtggcagagttttcagaaaccttcggatacacttctgccaggcatgaaacttacaagcaacaaaagaaca 40825839  T
Q  315 agtaagagtgtaaatctcgaagcatggaaaagcccttctgacccatctgttgg 367  Q
     || |||  ||| | |||  | ||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  40825838 ggtgagaaagtacaactcacatcatggaaaaacccttcagatccatctgttgg 40825786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0027 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:

Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 135418 - 135151
Alignment:
Q  22 ggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaacaaaccactgaatgattataatgggattgtcacagtatctgaagatggaaatctcgtggt 121  Q
    |||||||| | |||||||||||||| ||||  |||| |||  ||||| |  ||||||  |||| |||||||||| ||| ||||||||||||| |  ||||    
T  135418 ggaagtcttattctacaatcatatgagtggaaaacataaatcaaccatttgatgattcgaatgagattgtcacaatatttgaagatggaaatattatggt 135319  T
Q  122 attcaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttctcgcttttcagac---tttggtaaccttgtactt 218  Q
    | | | ||||||||| | |  |||| ||||||||| | |||| ||||||||| |  |||||| ||||  | ||||||||    ||| ||||| | | |||    
T  135318 aataattggacagaagcgaagcattgggtcatcaaatatttcgaacatagcatccgatacaaattcttacgtttcagaccttgttgttaaccatttcctt 135219  T
Q  219 ttggagattacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctag 286  Q
    ||||| |   ||| ||||||||| |||||||| |||||| | ||||||   |||||||||||||||||    
T  135218 ttggaaagaccaattggaaacatattatggcagagtattgaacaacctttggatacattactgcctag 135151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University