View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16592_high_6 (Length: 657)

Name: NF16592_high_6
Description: NF16592
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16592_high_6
NF16592_high_6
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (6-639)||(44733215-44733853)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (6-639)||(32799378-32800019)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (6-639)||(45337631-45338272)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (6-636)||(48025563-48026191)
chr3 (558-636)||(48024448-48024536)
chr3 (558-631)||(48027195-48027276)
chr3 (590-636)||(48025005-48025051)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (6-636)||(13109275-13109924)
chr7 (107-574)||(11678223-11678693)
chr7 (7-98)||(11679096-11679183)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (107-382)||(8402217-8402494)
chr6 (6-54)||(8402514-8402562)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (175-256)||(24220929-24221010)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 511; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 639
Target Start/End: Original strand, 44733215 - 44733853
Alignment:
Q  6 tttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaattaatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnn 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  44733215 tttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaat----agatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagttttttt 44733310  T
Q  106 naaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttca 205  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  44733311 -aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtctttggcaatggacaacatgttaaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttgaaactctttta 44733409  T
Q  206 ggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcacttta 305  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||    
T  44733410 ggtataaaatatattttagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcagatgatggagaaaaactattctttgcacttta 44733509  T
Q  306 agaatatgaaatgcacaatttttgatctttatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatcctt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44733510 agaatatgaaatgcacaatttttgatccttatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatcctt 44733609  T
Q  406 gcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttttagctcagaaaagaggaactttggatgacaattatgctagatgcaatattgctatgttagagact 505  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44733610 gcgtgtttttccaaatagagttgattcaaattttttagctcagaaaagaggaactttggatgacaattatgctagattcaatattgctatgttagagact 44733709  T
Q  506 gcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgat----------ttgatg 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||    
T  44733710 gcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgatg 44733809  T
Q  596 cctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatac 639  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44733810 cctctgtttatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatac 44733853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 488; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 639
Target Start/End: Original strand, 32799378 - 32800019
Alignment:
Q  6 tttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaattaatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnn 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  32799378 tttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaat----agatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagttttttt 32799473  T
Q  106 naaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttca 205  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||    
T  32799474 -aaagaacttgatgaatttttttactccaaagttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtagctgttgaaactctctca 32799572  T
Q  206 ggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcacttta 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  32799573 ggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttggacaaatgatggagaaaaactattctttgcacttta 32799672  T
Q  306 agaatatgaaatgcacaatttttgatctttatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatcctt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799673 agaatatgaaatgcacaatttttgatcctgatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatcctt 32799772  T
Q  406 gcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttttagctcagaaaagaggaactttggatg---acaattatgctagatgcaatattgctatgttagag 502  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799773 gcgtgtttttccaaatagagttgatgcaaatttttcagctcagaaaagaggaactttggatgacaacaattatgctagatgcaatattgctatgttagag 32799872  T
Q  503 actgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgat----------ttg 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||          |||    
T  32799873 actgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggctgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagatcatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttg 32799972  T
Q  593 atgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatac 639  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32799973 atgcctctctttatgacttgtgtttttttcaaaatgaaagtggatac 32800019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 488; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 639
Target Start/End: Original strand, 45337631 - 45338272
Alignment:
Q  6 tttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaattaatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnn 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  45337631 tttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaat----agatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagttttttt 45337726  T
Q  106 naaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttca 205  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||    
T  45337727 -aaagaacttgatgaatttttttactccaaagttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtagctgttgaaactctctca 45337825  T
Q  206 ggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcacttta 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  45337826 ggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttggacaaatgatggagaaaaactattctttgcacttta 45337925  T
Q  306 agaatatgaaatgcacaatttttgatctttatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatcctt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45337926 agaatatgaaatgcacaatttttgatcctgatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatcctt 45338025  T
Q  406 gcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttttagctcagaaaagaggaactttggatg---acaattatgctagatgcaatattgctatgttagag 502  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45338026 gcgtgtttttccaaatagagttgatgcaaatttttcagctcagaaaagaggaactttggatgacaacaattatgctagatgcaatattgctatgttagag 45338125  T
Q  503 actgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgat----------ttg 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||          |||    
T  45338126 actgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggctgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagatcatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttg 45338225  T
Q  593 atgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatac 639  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45338226 atgcctctctttatgacttgtgtttttttcaaaatgaaagtggatac 45338272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 48026191 - 48025563
Alignment:
Q  6 tttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaattaatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnn 105  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||           
T  48026191 tttaaggctttttgctgtttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaat----agatagtggatgcaccaatcgtatgactaacaatgttagttttttt 48026096  T
Q  106 n-aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttc 204  Q
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||    
T  48026095 ttaaagaacttgatgaatcattttactccaaagttgtcattgacaatgaacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggaattgtgg-tgttgaaactctctc 48025997  T
Q  205 aggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcacttt 304  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||    
T  48025996 aggtataaaatatattttagatgttttatttgtgcctgagataaattaaagtcttttgagtgttgggcaaatgatggagaaaaaatattctttgcatttt 48025897  T
Q  305 aagaatatgaaatgcacaatttttgatctttatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatcct 404  Q
    ||| ||||||||||||| |||||| ||| || | |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  48025896 aaggatatgaaatgcactattttttatccttctagatctaaattgatgattgttgaaatgtgaggcaaaagctttccagtagagtggaagcaaacatcct 48025797  T
Q  405 tgcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttttagctcagaaaagaggaactttggatgacaattatgctagatgcaatattgctatgttagagac 504  Q
    || |||||      | || |||||| ||||||||||  ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  48025796 tgtgtgtt------agtaaagttgaagcaaatttttctgctcaaaaaaagggaactttggatggcaattatgctagatgtaatattgctatgttggagac 48025703  T
Q  505 tgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgat----------ttgat 594  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||    
T  48025702 tgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagctaccatgcataaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgat 48025603  T
Q  595 gcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtgga 636  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  48025602 gcctctgtttatgacttgtgttt--ttcaagatgaaagtgga 48025563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 558 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 48024536 - 48024448
Alignment:
Q  558 aggagaaaaagattatagaaaaggatgttgat----------ttgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtgga 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||| | |||||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  48024536 aggagaaaaagattatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgatgcctttatctatgacttgtgtgtgtttcaaaatgaaagtgga 48024448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 558 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 48027276 - 48027195
Alignment:
Q  558 aggagaaaaagattatagaaaaggatgttgat----------ttgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaa 631  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||    
T  48027276 aggagaaaaagattatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgatgcctctgtttatgacttgtgttt--ttcaaaatgaaa 48027195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 590 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 48025051 - 48025005
Alignment:
Q  590 ttgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtgga 636  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||||    
T  48025051 ttgatgcctctgtttatgacttgtgtgttttccaaaatgaaagtgga 48025005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 6 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 13109924 - 13109275
Alignment:
Q  6 tttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaattaatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnn 105  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||           
T  13109924 tttaaggtttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaatt----gatagtggatgcaccgatcatacgactaacaatgttagttttttt 13109829  T
Q  106 naaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttca 205  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||    
T  13109828 -aaagagcttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggtaacagacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtgactgttgaaactcactca 13109730  T
Q  206 ggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcacttta 305  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  13109729 ggtataaaatatatttcaaatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgagcaaatgatggagaaaaaatattctttgcatttta 13109630  T
Q  306 agaatatgaaatgcacaatttttgatctttatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatcctt 405  Q
    || ||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| | ||||||||    
T  13109629 aggatatgaaatgcactattttttatccttttggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggcaaaagctttccaatagagtggaagcaaacatcctt 13109530  T
Q  406 gcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttttagctcagaaaagaggaactttggatgacaat--------------------tatgctagatgca 485  Q
    |||||||      | |||||||||  ||||||||| |||||| ||||  | ||||||||||| ||||                    |||||||||||||    
T  13109529 gcgtgtt------agtagagttgaaacaaatttttcagctcaaaaaaaggaaactttggatggcaattatgctagatgcaatatcgctatgctagatgca 13109436  T
Q  486 atattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgt 585  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13109435 atatcgctatgttagagactgcaaggtatattgaagctgctaattttgagggttgtaaaattaccatgcatgaggagaaaaagattatagaaaaggatgt 13109336  T
Q  586 tgat----------ttgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtgga 636  Q
    | ||          ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  13109335 taattgtaatgttgttgatgcctctgtttatgacttgtgtgtttttcaaaatgaaagtgga 13109275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 107 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 11678693 - 11678223
Alignment:
Q  107 aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcag 206  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||     
T  11678693 aaagaatttgatgaatctttttactacaaagttgttataggcaatggacaacatcttaaggtcaaagacaaatgagttgtggctattgaaactctttcaa 11678594  T
Q  207 gtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaa 306  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||| |||||| |||||    
T  11678593 gtataaaatatatttctgatattttatttttgtcttagatacatcaaagtcttttgaatgttggacaaatgattgagaaaaactattctttgcaatttaa 11678494  T
Q  307 gaatatgaaatgcacaatttttgatctttatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttg 406  Q
    |||||| |||||||  | |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||    
T  11678493 gaatataaaatgcaatagtttttatccttatggatctaaattaatgatttttgaaatgagaggctaaagctttcaagtagagtggaagtaaacatccttg 11678394  T
Q  407 cgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttttagctc-agaaaagaggaactttggatgacaattatgctagatgcaa---tattgctatgttagag 502  Q
    | | ||||| ||| || ||| || | ||||||||  |||| ||||||| | |||||| ||||||| ||||| |||||||||   ||||||| |||||||     
T  11678393 cttatttttccaagtaaagtcgaagaaaatttttcggctcgagaaaag-gtaacttttgatgacatttatgttagatgcaatattattgctttgttagat 11678295  T
Q  503 actgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagattata 574  Q
    || |||||||||||| ||||| || |||||||  | | ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  11678294 accgcaaggtatactaaagctactgattttgattggtttaaagttactatgcaagaggagaaaaatattata 11678223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 11679183 - 11679096
Alignment:
Q  7 ttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaattaatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttag 98  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||| || ||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  11679183 ttaaggcttcttgttatttagtttgtagtagtaatgaaacatggctaat----agatagtggatgcaccaatcatctaactaacattgttag 11679096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 155; Significance: 6e-82; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 107 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 8402494 - 8402217
Alignment:
Q  107 aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcag 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||     
T  8402494 aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattgggaattgactacatgttgatgtcaaaggcaaaggagttatggccgttgaaactctctcaa 8402395  T
Q  207 gtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaa 306  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||    
T  8402394 gtataaaatatattacagatgttttatttgtgtttgggataaatcaaagtcttttgagtgttggacaaatgatggagaaaaactattctttgcattttaa 8402295  T
Q  307 gaatatgaaatgcacaatttttg--atctttatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttcca 382  Q
    | ||||| ||||||| ||||||   ||| || || | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  8402294 ggatatggaatgcactatttttttcatccttctgaaactaaattaatgattgttaaaatgagaggcaaaagttttcca 8402217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 6 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 8402562 - 8402514
Alignment:
Q  6 tttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaa 54  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  8402562 tttatggcttcttgctatttagtatgttgtagcaaagaaacatggctaa 8402514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 175 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 24221010 - 24220929
Alignment:
Q  175 caaaggagttgtggctgttaaaactctttcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagt 256  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  24221010 caaaggagttgtggctgctcaaactctctaagatataaaatatatttcagatgttttatttatacctgagataaattaaagt 24220929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University