View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16593_low_2 (Length: 797)

Name: NF16593_low_2
Description: NF16593
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16593_low_2
NF16593_low_2
[»] chr6 (23 HSPs)
chr6 (16-585)||(7993889-7994458)
chr6 (150-581)||(6589164-6589595)
chr6 (104-560)||(6594401-6594857)
chr6 (159-487)||(6415887-6416215)
chr6 (650-778)||(7994536-7994664)
chr6 (222-581)||(6394691-6395050)
chr6 (220-560)||(6402705-6403048)
chr6 (222-585)||(6423040-6423403)
chr6 (221-549)||(14820552-14820880)
chr6 (159-500)||(6432069-6432410)
chr6 (178-481)||(7119084-7119387)
chr6 (178-481)||(7131562-7131865)
chr6 (158-556)||(6426363-6426761)
chr6 (254-579)||(19632268-19632593)
chr6 (220-489)||(6585148-6585417)
chr6 (222-421)||(6409993-6410192)
chr6 (309-539)||(14818252-14818481)
chr6 (178-499)||(10579605-10579927)
chr6 (311-489)||(6603204-6603382)
chr6 (225-406)||(6596844-6597025)
chr6 (158-328)||(8913834-8914003)
chr6 (339-413)||(14802331-14802405)
chr6 (311-420)||(6586112-6586221)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (158-481)||(13470581-13470904)
chr3 (158-481)||(51764289-51764612)
chr3 (158-503)||(51113630-51113975)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (167-494)||(10614507-10614834)
chr7 (222-581)||(15092064-15092423)
chr7 (418-512)||(15106456-15106550)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (150-489)||(19468340-19468679)
chr1 (114-187)||(29658767-29658840)
chr1 (114-207)||(29691282-29691375)
chr1 (114-207)||(29718794-29718887)
chr1 (101-207)||(33160708-33160814)
chr1 (386-502)||(7554394-7554510)
chr1 (109-207)||(30827311-30827409)
chr1 (332-415)||(9586632-9586715)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (209-487)||(53761672-53761947)
chr4 (155-487)||(55908571-55908906)
chr4 (232-481)||(546840-547089)
chr4 (243-496)||(7225817-7226070)
chr4 (310-492)||(8184031-8184213)
chr4 (159-353)||(21834228-21834422)
chr4 (309-496)||(1537767-1537954)
chr4 (223-480)||(640843-641100)
chr4 (228-365)||(1600462-1600599)
chr4 (451-560)||(21834448-21834557)
chr4 (292-360)||(532237-532305)
chr4 (18-121)||(547203-547306)
chr4 (244-402)||(659717-659873)
chr4 (310-394)||(1519143-1519227)
chr4 (271-415)||(55505070-55505214)
chr4 (387-478)||(1517574-1517665)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (155-487)||(1037507-1037842)
chr2 (309-496)||(45245085-45245272)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (213-494)||(20477986-20478267)
chr5 (336-485)||(41901562-41901711)
chr5 (244-487)||(32267396-32267636)
chr5 (243-472)||(41889488-41889717)
chr5 (408-480)||(17205527-17205599)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (305-489)||(27922427-27922611)
chr8 (229-457)||(34936083-34936311)
chr8 (292-494)||(18315256-18315458)
chr8 (386-481)||(17628091-17628186)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (228-487)||(543-802)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (233-403)||(1388-1561)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (451-507)||(39085-39141)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 546; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 546; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 585
Target Start/End: Original strand, 7993889 - 7994458
Alignment:
Q  16 catcacttcgtgaaatcaaaatggaacgcacaaatgttgggatagggagtgtagagaatttcaatttcttgatggattttcctccaagccctcaattgaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7993889 catcacttcgtgaaatcaaaatggaacgcacaaatgttgggatagggagtgtagagaatttcaatttcttgacggattttcctccaagccctcaattgaa 7993988  T
Q  116 gtctctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7993989 gtctctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttcccaaatttgcagatgctcgatttgaattcttgc 7994088  T
Q  216 aatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7994089 aatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatga 7994188  T
Q  316 actttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgca 415  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7994189 actttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgca 7994288  T
Q  416 actattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttaggggattttcat 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7994289 actattacttgaactttgtaatgatgttaccgaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttaggggattttcat 7994388  T
Q  516 ataagtgacaaaaatagggaactcttctcgcgtcacggatgccttatctgttagtattctgaaatttcta 585  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7994389 ataagtgacaaaaatagggaactcttctcgcgtcacggatgccttatctgttagtattctgaaatttcta 7994458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 581
Target Start/End: Original strand, 6589164 - 6589595
Alignment:
Q  150 gatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaa 249  Q
    |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||  || |||| ||||| |||||||| |||   |||||| ||||||||||| | || || |    
T  6589164 gatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttcaattcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattga 6589263  T
Q  250 ggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacat 349  Q
    | | |||||||||||| |||||||||||| |||||   ||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |    
T  6589264 gaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaactt 6589363  T
Q  350 gtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggag 449  Q
    |||||||||||  |||||||   |||||||||||  ||||||||| ||||||   || ||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  6589364 gtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgtatagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggag 6589463  T
Q  450 gagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttaggggattttcatataagtgacaaaaatagggaactcttctcgcgtc 549  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| | ||    
T  6589464 gagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacgacttcaagagatttatctgggggatattcatttaagtgacaaaactagggaaatcttctcccatc 6589563  T
Q  550 acggatgccttatctgttagtattctgaaatt 581  Q
    | ||||||| | | |  |||||||||||||||    
T  6589564 atggatgccatctttactagtattctgaaatt 6589595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 104 - 560
Target Start/End: Original strand, 6594401 - 6594857
Alignment:
Q  104 ccctcaattgaagtctctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgat 203  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||| | || |||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| || |||| |||    
T  6594401 ccctcaattgaagtctctttgtttggctcgctgtgagcacttgaaagatgaaaacatcatattgtttgcttctattttccccactttggagctgcttgat 6594500  T
Q  204 ttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagc 303  Q
    ||||  | || | ||   |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||| |  |||||| || || |||  ||| ||||||||||||    
T  6594501 ttgaggttttccgatcaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagc 6594600  T
Q  304 tactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttc 403  Q
    |||  ||||| |||||| ||||||| |  || ||||||||| || |||||||||||  |||| |||  || ||||||  || |||||||||||||||||     
T  6594601 tacatggaataaactttttagttcccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttg 6594700  T
Q  404 tggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttattta 503  Q
    ||| ||||| ||||||  ||| |||  |||| || || | || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| || |||||     
T  6594701 tgggcttttacaactaaaactagaaaattgtgatcatctcacagaggagggagccaaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagaaatgtatttg 6594800  T
Q  504 ggggattttcatataagtgacaaaaatagggaactcttctcgcgtcacggatgcctt 560  Q
     ||| || |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  6594801 aggggttgtcatttaagtgacgaaattagggaactcttctcgcgtcggggatgcctt 6594857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 159 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 6416215 - 6415887
Alignment:
Q  159 atcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgtt 258  Q
    |||||| ||||| || |||  ||||||||||||||| |||| |||||||||  ||| |||    ||||||||||||||||| | ||||||| || |||||    
T  6416215 atcataatgttttcttccaacttccccaatttgcagctgcttgatttgaatcgttgtaatctcttatctgaaggtatttgtcaagttttaaagatatgtt 6416116  T
Q  259 gtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatac 358  Q
    |||||||  ||||||||||| |||||  ||||| || |||||||||||  |||||| ||||||||||||| |  || |||||||||||| ||||||||||    
T  6416115 gtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttcccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatac 6416016  T
Q  359 aagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtg 458  Q
    || ||||||||   |||| || |||| ||||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||| ||||| || |||| || || | |||||||    
T  6416015 aaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgcaactattacttgaattttgtgataatgtcacagaagtgggagtg 6415916  T
Q  459 aaacatgtggtagaaaactgcacgcaact 487  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  6415915 aaacatgtggtagagaactgcacacaact 6415887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 650 - 778
Target Start/End: Original strand, 7994536 - 7994664
Alignment:
Q  650 attcattcattcttaccataaaaacaattcaaggtccagtatgcggttttgtggcaattatctattttcaatcattgttgaacaccgacacatgtcgtac 749  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7994536 attcattcattcttaccataaaaacaattcaaagtccagtatgtggttttgtggcaattatctattttcaatcattgttgaacactgacacatgtcgtac 7994635  T
Q  750 actcaaacacgcgtccgaatgaaagtgtc 778  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  7994636 actcaaacatgcgttcgaatgaaagtgtc 7994664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 222 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 6395050 - 6394691
Alignment:
Q  222 atatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttg 321  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| | |  ||||||||| ||||    ||| ||| |||||| ||||  |||||||||||||    
T  6395050 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttg 6394951  T
Q  322 tagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactatt 421  Q
     ||||||   ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||  ||||| || | || ||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||      
T  6394950 cagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaattaca 6394851  T
Q  422 acttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttaggggattttcatataagt 521  Q
    ||||||   ||||||  |||| || ||  |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||| |||||| || || |||||    
T  6394850 acttgataattgtaaaaatgtcacagaaaagggtgtggaacatgtggtagaaaactgcacacaattgagagagattaatttgggggatattgatgtaagt 6394751  T
Q  522 gacaaaaatagggaactcttctcgcgtcacggatgccttatctgttagtattctgaaatt 581  Q
    ||| |||||||||||||  | | |||||  ||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  6394750 gacgaaaatagggaacttctattgcgtcgtggatgccgtatttgctagtattctgaaatt 6394691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 220 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 6403048 - 6402705
Alignment:
Q  220 gtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactt 319  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| || |||||||||||| || | |  ||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  6403048 gtatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactt 6402949  T
Q  320 tgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaacta 419  Q
    || ||||||    ||||| ||||||||| ||||| |||| | |||| |||  |||||||| |||| ||||||||||||||||  ||| |||||| |||||    
T  6402948 tgcagttccccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttgaaacta 6402849  T
Q  420 ttacttga-actttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttagggg---attttcat 515  Q
    ||| |||| |  |||| || |||| || ||  |||||| |||||||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||||  |||    |||||||    
T  6402848 tta-ttgagagattgttataatgtcacagaaaagggagcgaaacatgtgatagaaaactgtacacaactgagagagatttatttgagggtttgttttcat 6402750  T
Q  516 ataagtgacaaaaatagggaactcttctcgcgtcacggatgcctt 560  Q
     ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  6402749 ttaactgacaaaactagggaactcttcacgcgtcgtggatgcctt 6402705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 222 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 6423403 - 6423040
Alignment:
Q  222 atatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttg 321  Q
    |||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||| || || | |  ||||||||| ||||| |||||  |  |||||||||||  | ||||||||||     
T  6423403 atatttgatggtatttgtcatgttttacggaaatgtcgtgagcttaaacatttgaacttagcctattgtgaacaagtgaagctacgtgcaatgaactttt 6423304  T
Q  322 tagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactatt 421  Q
     |||||| | ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||  |   ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||  |||||||||||||    
T  6423303 aagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaagagttgttgtgggattttgcaactatt 6423204  T
Q  422 acttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttaggggattttcatataagt 521  Q
    |||||||  |||| || |||| ||  |  | ||| |||||| |||||||  ||||||||| ||| ||| |||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  6423203 acttgaagattgtgattatgtaacaaacaaaggactgaaacgtgtggtattaaactgcacacaattgagagagatttatttgggagattttcatgtaagt 6423104  T
Q  522 gacaaaaatagggaactcttctcgcgtcacggatgccttatctgttagtattctgaaatttcta 585  Q
    |||||||||| | ||||| ||| |  ||  ||||||||| | || |||||||||||||||||||    
T  6423103 gacaaaaataagaaactcatcttggatcgtggatgccttctttgctagtattctgaaatttcta 6423040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 221 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 14820880 - 14820552
Alignment:
Q  221 tatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaacttt 320  Q
    ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| | |  ||||||||| |||    |||| || ||||||| ||||  ||||| ||||||    
T  14820880 tatatctgaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaacttt 14820781  T
Q  321 gtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactat 420  Q
    | |||||| | | |||||||||||||| | |||||||||| |||| ||   |||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| ||||||| | |||    
T  14820780 gcagttcccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgcgattat 14820681  T
Q  421 tacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttaggggattttcatataag 520  Q
    ||||||||   ||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||| ||||||| |||| | ||  |||||| ||||    
T  14820680 tacttgaaaaatgtaatgatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtggtaaaaaactgcacacagctgagagagattaatttggcggggtttcatttaag 14820581  T
Q  521 tgacaaaaatagggaactcttctcgcgtc 549  Q
    |  ||||| |||| ||||| | |||||||    
T  14820580 tctcaaaattaggaaactcatatcgcgtc 14820552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 159 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 6432410 - 6432069
Alignment:
Q  159 atcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgtt 258  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||    || ||||||  ||  ||  || |||||  ||||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  6432410 atcataatgtttgcttccattttccccaatttgcaacatcttgatttgcgttggtgtcatcgtataaatgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgtt 6432311  T
Q  259 gtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatac 358  Q
    ||||  | |  ||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||  ||||||||||||| |||||| | |||  ||||||||||| ||||||||||    
T  6432310 gtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatac 6432211  T
Q  359 aagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtg 458  Q
    ||| ||| |||  |||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||  |   |||| || |||| ||  || ||||||||    
T  6432210 aagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggcttctgcaactattcctgtacaattgtgataatgtcacacagaagggagtg 6432111  T
Q  459 aaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttat 500  Q
    |||| |||||||||||| ||||| ||| ||| | ||||||||    
T  6432110 aaacttgtggtagaaaaatgcacacaattgagaaagatttat 6432069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 178 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 7119387 - 7119084
Alignment:
Q  178 ttttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaa 277  Q
    ||||||||||||| ||  | || ||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||| |  ||||||||    
T  7119387 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaa 7119288  T
Q  278 catagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaaca 377  Q
    | ||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    ||| |||||||||||| ||||| |||| | |||| |||  ||||||    
T  7119287 cttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaaca 7119188  T
Q  378 ctatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaact 477  Q
    ||  ||| |||||| ||||||||||  || |||||| ||||||||||  ||  |||| || |||| ||  |  | | |||||||||||||| ||||||||    
T  7119187 ctccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgttattatgtcacaaaaaaagaagtgaaacatgtggaagaaaact 7119088  T
Q  478 gcac 481  Q
    ||||    
T  7119087 gcac 7119084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 178 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 7131865 - 7131562
Alignment:
Q  178 ttttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaa 277  Q
    ||||||||||||| ||  | || ||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||| |  ||||||||    
T  7131865 ttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttgaa 7131766  T
Q  278 catagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaaca 377  Q
    | ||||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    ||| |||||||||||| ||||| |||| | |||| |||  ||||||    
T  7131765 cttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaaca 7131666  T
Q  378 ctatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaact 477  Q
    ||  ||| |||||| ||||||||||  || |||||| ||||||||||  ||  |||| || |||| ||  |  | | |||||||||||||| ||||||||    
T  7131665 ctccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgttattatgtcacaaacaaagcagtgaaacatgtggaagaaaact 7131566  T
Q  478 gcac 481  Q
    ||||    
T  7131565 gcac 7131562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 158 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 6426761 - 6426363
Alignment:
Q  158 catcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgt 257  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||| | || ||||||||   ||||  ||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  6426761 catcataatgtatgcttccattttccccaatttacagctacttgatttgaaggtttgccgtgaaatatctgaaggtatttgtgaagttttaaggaaatgt 6426662  T
Q  258 tgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaata 357  Q
    |||||| | |  ||||||||| ||||    ||| |||  ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||   ||| |||||||||||  ||||||| |    
T  6426661 tgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcaaaca 6426562  T
Q  358 caagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagt 457  Q
    ||||  || |||  |||||  | |||||||||||||||||||||| | |  |||||||| |||||||||||  |||||| | ||| ||   | |||| ||    
T  6426561 caagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaattgttgtcggattttgcaattattacttgaaaattgtaaaggtgtcacaatgaagggtgt 6426462  T
Q  458 gaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttaggggattttcatataagtgacaaaaatagggaactcttctcgcgtcacggatg 556  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | ||||  | |||||    |||| | |||||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||    
T  6426461 gaaacaagtggtagaaaactgcacacaactaagaaagatcaaattaggaaggtttcgtttaagtgacgaaaataggaaactcttatcgcgtcatggatg 6426363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 254 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 19632593 - 19632268
Alignment:
Q  254 atgttgtaagatcaggcatttgaacatagc-cgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtc 352  Q
    |||||||||||| | |||||||||| || | |||| || ||| ||| || ||||| ||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||| || ||||    
T  19632593 atgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgat-gttcaatagttaacctacttggaataaactttctagttcccaagctagaggtgttggacttgtc 19632495  T
Q  353 aaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggag 452  Q
      |||||| |||| |||  ||   ||| | || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||  ||  ||||  | || | || ||| ||    
T  19632494 gtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactcttactgaaaaattgtgctaatatcacagagaag 19632395  T
Q  453 ggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttaggggattttcatataagtgacaaaaatagggaactcttctcgcgtcacg 552  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||| |||||  ||||||||||| |||| |||||| || |||||| |    
T  19632394 ggagtgaaacacgtggtagaaaactgcaaacaactgaaggagatttatttgggggatattcattcaagtgacaaaactaggaaactctgcttgcgtcatg 19632295  T
Q  553 gatgccttatctgttagtattctgaaa 579  Q
    |||||||| | || |||||||| ||||    
T  19632294 gatgccttctttgctagtattccgaaa 19632268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 220 - 489
Target Start/End: Original strand, 6585148 - 6585417
Alignment:
Q  220 gtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactt 319  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |  | |  ||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  6585148 gtatatctgaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactt 6585247  T
Q  320 tgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaacta 419  Q
    | ||||| |   | | ||||| |||||| ||||| |||||| |||| |||  |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||  |||||| |||||    
T  6585248 tttagttacccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaacta 6585347  T
Q  420 ttacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactga 489  Q
    |||||  ||  |||| |  |||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||||    
T  6585348 ttactgaaaggttgtgaaaatgtcacagagaagggactgaaacatgtggtagaaatttgcacacaactga 6585417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 222 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 6410192 - 6409993
Alignment:
Q  222 atatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttg 321  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||| | | ||||||| || ||||| |||| | || |||||||||||  |||||||||||||    
T  6410192 atatctgaaggtatttgtcaagttttacagaaatgttgtaagcttaagcatttggacttagcctattgcaaaaaagtgaagctacatggaatgaactttg 6410093  T
Q  322 tagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactatt 421  Q
     |||||| | |||  |||||||||||  |||||||||||| ||| |||  ||||| || |||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  6410092 aagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctcaaagaattgttgtcggcttttgcaactatt 6409993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 309 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 14818481 - 14818252
Alignment:
Q  309 ggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggac 408  Q
    ||||| ||||||| |||||  | | |||||||||||||| | |||||||||| |||| ||   |||||||| |||  |||||| |||||||||||||| |    
T  14818481 ggaattaactttgcagttctcaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctgggc 14818382  T
Q  409 ttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttagggga 508  Q
    |||||| | |||||||||||  ||||||| |||| || ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||| ||| |||| | ||     
T  14818381 ttttgcgattattacttgaaaattgtaataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacacagctgagaga-attaatttggcggg 14818283  T
Q  509 ttttcatataagtgacaaaaatagggaactc 539  Q
     ||||||  ||||||||||| |||| |||||    
T  14818282 gtttcattcaagtgacaaaattaggaaactc 14818252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 178 - 499
Target Start/End: Original strand, 10579605 - 10579927
Alignment:
Q  178 ttttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaa 277  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |    |||||||||||||||| | | |||| | | | |||| ||||||| | |||||||||    
T  10579605 ttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggtaagattaagcatttgaa 10579704  T
Q  278 catagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaaca 377  Q
    | ||||| | ||| |||||||||||| |||  |||| ||  ||||| ||||   ||| |||||||||||| ||||| ||||||  ||| |||   |||||    
T  10579705 cttagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaaca 10579804  T
Q  378 ctatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaacta-ttacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaac 476  Q
    || ||| |||||||||||||||||| | | |||||| ||||| |||||  ||   |||||    || ||  || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  10579805 ctctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttggaactatttactgaaaaactgtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaac 10579904  T
Q  477 tgcacgcaactgaaagagattta 499  Q
    ||||| ||||| | |||||||||    
T  10579905 tgcacacaacttagagagattta 10579927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 311 - 489
Target Start/End: Original strand, 6603204 - 6603382
Alignment:
Q  311 aatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggactt 410  Q
    ||||||||||||| |||| | |||| |||||||| || || || ||||| | ||| |||  |||||| | |||||||||||||||| |||| |||| |||    
T  6603204 aatgaactttgtacttcccaagctacaggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggctt 6603303  T
Q  411 ttgcaactattacttgaact-ttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactga 489  Q
    ||| |||||||| ||||| | |||| || |||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  6603304 ttggaactatta-ttgaaatattgttattatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcaaacaactga 6603382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 225 - 406
Target Start/End: Original strand, 6596844 - 6597025
Alignment:
Q  225 tctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtag 324  Q
    ||||||||||||||| | ||||| |||| ||||  |||||| | ||||||||||  |||||| ||| |||| ||||||| ||| | ||| ||||||| |     
T  6596844 tctgaaggtatttgtcaagttttcaggagatgtgataagattaagcatttgaactgagccgaatgttcaagtgtgaagcgacttgaaataaactttgaaa 6596943  T
Q  325 ttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctgg 406  Q
    ||||   ||| |||||||||||| |||||| |||||  ||| |||  |||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  6596944 ttccccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaagaattgttctgg 6597025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 158 - 328
Target Start/End: Original strand, 8913834 - 8914003
Alignment:
Q  158 catcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgt 257  Q
    ||||||| |||||||| |||||||  |||||||||| ||||| ||||| |||| |||  ||  ||||||| ||||||||||| | |||||||| | ||||    
T  8913834 catcataatgtttgcttccattttttccaatttgcatatgcttgattt-aattattgagattatatatctaaaggtatttgtcaagttttaagaagatgt 8913932  T
Q  258 tgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttcc 328  Q
    |||||||| |  ||||||||| | |  |  ||  |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||    
T  8913933 tgtaagattaaacatttgaacttcgttggatgatcaagagtgaagctacttgcaataaactttgtagttcc 8914003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 339 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 14802405 - 14802331
Alignment:
Q  339 gtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttg 413  Q
    ||||||||  |||||||||||| |||| |||  |||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  14802405 gtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgtggtcttttg 14802331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 311 - 420
Target Start/End: Original strand, 6586112 - 6586221
Alignment:
Q  311 aatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggactt 410  Q
    ||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |  ||||||| |||   ||| |||  |||||||| | |||||||||||||| |||| || | |||    
T  6586112 aatgaactttgtacttcccaagctagaggtgttggatttgtcaaaaacagatgttcatgatgaaacactctgtgcgatctcaaagatttgtcctaggctt 6586211  T
Q  411 ttgcaactat 420  Q
    ||| ||||||    
T  6586212 ttggaactat 6586221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 156; Significance: 2e-82; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 158 - 481
Target Start/End: Original strand, 13470581 - 13470904
Alignment:
Q  158 catcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgt 257  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||    ||||  ||||||||||| | |||||||||| ||||    
T  13470581 catcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcagctgcttgatttgaattgttgcaatctcttatcaaaaggtatttgtcaagttttaaggatatgt 13470680  T
Q  258 tgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaata 357  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  || |||||||||||| |||||||||    
T  13470681 tgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaata 13470780  T
Q  358 caagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagt 457  Q
    ||| ||||||||   ||||||| |||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||| || || ||||||||    
T  13470781 caaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgtcataatgtcacagaagagggagt 13470880  T
Q  458 gaaacatgtggtagaaaactgcac 481  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  13470881 gaaacatgtggtagagaactgcac 13470904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 158 - 481
Target Start/End: Original strand, 51764289 - 51764612
Alignment:
Q  158 catcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgt 257  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| | |||||| ||||| | ||| | |||||||||| ||||    
T  51764289 catcataatgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaaaggtgtctgtgaagttttaaggagatgt 51764388  T
Q  258 tgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaata 357  Q
    | |||||| |||||||||||| || |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||  || |||||  ||    
T  51764389 tctaagattaggcatttgaacctatccgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtcattta 51764488  T
Q  358 caagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagt 457  Q
    |||  ||| |||   ||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||| |||| || |||| | |||| |||||||    
T  51764489 caaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgtcaaggagaagggagt 51764588  T
Q  458 gaaacatgtggtagaaaactgcac 481  Q
    |||||||||||| |||||||||||    
T  51764589 gaaacatgtggttgaaaactgcac 51764612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 158 - 503
Target Start/End: Original strand, 51113630 - 51113975
Alignment:
Q  158 catcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgt 257  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| | || ||||| | |  |||| |||  ||||| |||||||||||| | ||||||| || ||||    
T  51113630 catcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgt 51113729  T
Q  258 tgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaata 357  Q
    ||||| || |||||||||||  ||||  | ||| ||| | |||||||||| ||||||||||||| || ||| |  || ||||||||  || |||||||||    
T  51113730 tgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctcccaaactggaggtgttagacttgtcaaata 51113829  T
Q  358 caagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagt 457  Q
    ||| |||| |||  |||||||| |||| |||||| |||| ||||| ||| ||||||||||| |||||  ||  |||| |  |||| || ||| |||||||    
T  51113830 caatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgttaccatgtcacagagaagggagt 51113929  T
Q  458 gaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttattta 503  Q
    ||| |||||||||||||| |||||  |||| | ||||||| |||||    
T  51113930 gaagcatgtggtagaaaaatgcacaaaactaagagagattaattta 51113975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 128; Significance: 9e-66; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 167 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 10614834 - 10614507
Alignment:
Q  167 gtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatc 266  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||  |||| |||||||||  |||||||    ||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||     
T  10614834 gtttgcttccaatttccccaatttgcaactgcttgatttgaatcgttgcaatctcttatatgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagatt 10614735  T
Q  267 aggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggtta 366  Q
    |||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |  || |||||||||||| |||||||||| | |||||    
T  10614734 aggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggtta 10614635  T
Q  367 atggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgt 466  Q
    |||   ||||||| |||| |||||| ||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||| | || |||| || || || ||||||||||||||    
T  10614634 atgataaaacactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgcaactattacttgaactttctcataatgtcacagaagaaggagtgaaacatgt 10614535  T
Q  467 ggtagaaaactgcacgcaactgaaagag 494  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  10614534 ggtagaaaactgcatgcaattgagagag 10614507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 222 - 581
Target Start/End: Original strand, 15092064 - 15092423
Alignment:
Q  222 atatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttg 321  Q
    |||||| ||||||||| | | |||||||||||||||| |||| | |  ||||||||| || | |  |||  ||| ||||| ||||  |||||||||||||    
T  15092064 atatctcaaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaaactacatggaatgaactttg 15092163  T
Q  322 tagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactatt 421  Q
     ||||||   ||| |||||||||||  ||||| | |||| ||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  15092164 cagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactatt 15092263  T
Q  422 acttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttaggggattttcatataagt 521  Q
    ||||||| ||||| || |||| || || | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||  || || | ||| |||||    
T  15092264 acttgaattttgttataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacacaattgagagagattaatttgcggtatatccatgtaagt 15092363  T
Q  522 gacaaaaatagggaactcttctcgcgtcacggatgccttatctgttagtattctgaaatt 581  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||  ||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  15092364 gacaaaactaggaaactattctcgcgtcgtggatgccatatttgctagtattctgaaatt 15092423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 418 - 512
Target Start/End: Original strand, 15106456 - 15106550
Alignment:
Q  418 tattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttaggggatttt 512  Q
    |||||||||||  |||||| ||||| ||  ||||||||||||||  || ||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| ||| |||||    
T  15106456 tattacttgaaaattgtaacgatgtcacaaaggagggagtgaaatgtgcggtagaaaactgcatacaactgagagagatttgtttggggtatttt 15106550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 5e-49; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 150 - 489
Target Start/End: Original strand, 19468340 - 19468679
Alignment:
Q  150 gatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaa 249  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||| || |||||    ||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  19468340 gatgaaaacatcataatgtttgcttccatttttcccaatttgcagctgcttgatttgaactcatgcaaccacatatcggaaggcatttgtcaagttttaa 19468439  T
Q  250 ggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacat 349  Q
    |||  |||| ||| || |||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| | ||| |||||||||||  |    
T  19468440 ggaggtgttctaatattaggcatttaaacttagcccactgttcaagagtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagtt 19468539  T
Q  350 gtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggag 449  Q
    |||| |||||| |||| |||  |||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||| || ||||  | ||   |||||||||||| || |||    
T  19468540 gtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaagaactgttgtggacttttggaattatttgtggacggttgtaatgatgtcacagag 19468639  T
Q  450 gagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactga 489  Q
     | |||||||||||||||  |||||| ||| | |||||||    
T  19468640 aaaggagtgaaacatgtgaaagaaaattgctcacaactga 19468679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 187
Target Start/End: Original strand, 29658767 - 29658840
Alignment:
Q  114 aagtctctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaa 187  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29658767 aagtctctttgtttggctcgctgtcaatacttgagagatcaaaacatcatattgtttgcttccattttccccaa 29658840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 207
Target Start/End: Original strand, 29691282 - 29691375
Alignment:
Q  114 aagtctctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttga 207  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||| |||||||    
T  29691282 aagtctctttgtttggctcgctgtcaatacttgagagatcaaaacattatattgtttgcttccattttccccaacttggaggtgcttgatttga 29691375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 207
Target Start/End: Original strand, 29718794 - 29718887
Alignment:
Q  114 aagtctctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttga 207  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||| |||||||    
T  29718794 aagtctctttgtttggctcgctgtcaatacttgagagatcaaaacattatattgtttgcttccattttccccaacttggaggtgcttgatttga 29718887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 101 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 33160814 - 33160708
Alignment:
Q  101 aagccctcaattgaagtctctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctc 200  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| ||   |||||| || |||||||||| ||||||| |||||||| ||  ||| |||||||||||| || ||||     
T  33160814 aagccctcaattaaagtctctttctttggcggactgtcagcacttgagagatgaaaacatcgtattgtttcctttcatgttccccaatttggaggtgctt 33160715  T
Q  201 gatttga 207  Q
    |||||||    
T  33160714 gatttga 33160708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 386 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 7554510 - 7554394
Alignment:
Q  386 gatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaa 485  Q
    ||||||||||| ||||  ||||||||| ||||| |||||  ||   ||| || |||| || ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  7554510 gatctcaaagagttgtggtggacttttacaactgttactgaaaggatgtgataatgtcacagaaaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgcacgcta 7554411  T
Q  486 ctgaaagagatttattt 502  Q
    || ||||||||| ||||    
T  7554410 ctcaaagagattaattt 7554394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 30827409 - 30827311
Alignment:
Q  109 aattgaagtctctttgtttagctctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttga 207  Q
    |||| |||||||||| ||| |||  |||| || | |||||||||| ||||||| |||||||| || | ||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  30827409 aattaaagtctctttctttggctggctgttaatacttgagagatgaaaacatcctattgtttacttctattttccccaatttggaggtgcttgatttga 30827311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 332 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 9586715 - 9586632
Alignment:
Q  332 gctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgca 415  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||   |||||||  |||||||| |||| || ||||| |||||||  ||||||||||||    
T  9586715 gctagaggtgttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtggacttttgca 9586632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 88; Significance: 7e-42; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 209 - 487
Target Start/End: Original strand, 53761672 - 53761947
Alignment:
Q  209 ttcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctacta 308  Q
    ||||||| || | |||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |     
T  53761672 ttcttgcgatcgaatatctaaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaatt 53761771  T
Q  309 ggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggac 408  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||  ||| |  ||||| |   ||||||  | || |||||| |||||||||  ||| |    
T  53761772 ggaatgaactttgtagttcccaagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacac--tctgtgatctcgaagaattgtcgtgggc 53761869  T
Q  409 ttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaact 487  Q
    |||||||| |||||||  ||| |||| || |||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  53761870 ttttgcaa-tattactgaaacattgtgataatgtcacggacaagggagtgaaacatgtggaagaaaactgcacacaact 53761947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 155 - 487
Target Start/End: Original strand, 55908571 - 55908906
Alignment:
Q  155 aaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaag---gtatttgttacgttttaagg 251  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | || |||||||  || ||| ||   ||||||||||   |||||||| | ||| |||||    
T  55908571 aaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaagg 55908670  T
Q  252 aaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgt 351  Q
    | |||||||||| | || ||||||||  ||||| | ||| |||||||||| |||||  |||| ||||||  ||||||     |||||||||| ||| |||    
T  55908671 agatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgt 55908770  T
Q  352 caaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggagga 451  Q
    || ||||| | ||| |||  |||||||| |||  ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| || || |||  |||| |||| || || ||| |    
T  55908771 cacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaa 55908870  T
Q  452 gggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaact 487  Q
     || ||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  55908871 tggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 55908906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 232 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 547089 - 546840
Alignment:
Q  232 gtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgag 331  Q
    |||||||| | |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| || || |||||  |  |||||| ||| | ||||||||||||| |||||| |     
T  547089 gtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaa 546990  T
Q  332 gctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactt 431  Q
      | |||||| ||||| |||||  |||||  || ||||  |||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| || | ||||| |||       
T  546989 attggaggtggtgaacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaa 546890  T
Q  432 tgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 481  Q
    |||  | |||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  546889 tgttttcatgtcacagagaagggagtgaaacatgtgctagaaaactgcac 546840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 243 - 496
Target Start/End: Original strand, 7225817 - 7226070
Alignment:
Q  243 gttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttc-cgaggctagaggtg 341  Q
    |||||| ||| |||||||||||| || ||||||||| || || | ||| |||||||||||||||     |||||||||| ||||| |||   | |||||     
T  7225817 gttttacggagatgttgtaagattagacatttgaacttatcctactgtccaagagtgaagctacgcaacatgaactttgaagttctcgaat-tggaggtc 7225915  T
Q  342 ttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatg 441  Q
    |||||| ||||| ||||||| ||| ||| | ||  |||   || ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||  ||| |    
T  7225916 ttgaacttgtcacatacaagagttgatgacaaaggacttcgtgtgatatcaaagagttgttgtggacttttgcaactattactggaaagttgttttgagg 7226015  T
Q  442 ttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagat 496  Q
    | || ||| ||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  7226016 tcaccgagaagggattgaagcacgtggtagaaaactgcaagcaactgagagagat 7226070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 310 - 492
Target Start/End: Original strand, 8184031 - 8184213
Alignment:
Q  310 gaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggact 409  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||    | |||| ||||| |||||||||| ||||| ||| ||    
T  8184031 gaatgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggct 8184130  T
Q  410 tttgcaactattacttgaactttgt--aatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaag 492  Q
    |||| |||| ||||| |||  ||||  |||||  | || || ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  8184131 tttggaactgttactggaaaattgtgaaatga--tcacagatgagggagtgaagcatgtgctagaaaattgcacacaactgaaag 8184213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 159 - 353
Target Start/End: Original strand, 21834228 - 21834422
Alignment:
Q  159 atcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgtt 258  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||| ||     ||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  21834228 atcataatgtttgcttcaattttccccaatttacagctgcttgatttgacttcttccacacagatatcagaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgtt 21834327  T
Q  259 gtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtca 353  Q
    ||||||| | |||||||||| || | | ||||   | |||||||||||   | || |||||||||||||| | ||| ||||||||| || |||||    
T  21834328 gtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttataaagtgaagctacatagtatcaactttgtagttcccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 309 - 496
Target Start/End: Original strand, 1537767 - 1537954
Alignment:
Q  309 ggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggac 408  Q
    ||||||||||||| |||||| |  ||||| ||||||||| ||||| ||||||  ||||||| | ||||||| | ||  |||||||||  ||||  ||| |    
T  1537767 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggc 1537866  T
Q  409 ttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagat 496  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| ||  ||| ||  || ||||||||||  ||||| ||||||| ||||| ||||| | ||||||    
T  1537867 ttttgcaacttttactggaactttgttatcttgtcacacagaagggagtgaagtatgtgctagaaaaatgcactcaactaagagagat 1537954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 641100 - 640843
Alignment:
Q  223 tatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgt 322  Q
    |||||||||| |||| | | |||||||||| |||||||||  | || ||||||||| |||||| ||||    |||| || ||||| |||||||| ||||     
T  641100 tatctgaaggaatttttcaagttttaaggatatgttgtaatgttagacatttgaacttagccggttgtgatggagtaaacctacttggaatgaaatttga 641001  T
Q  323 agttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactatta 422  Q
    | | || |   | |||||||||||| ||||| ||||||  ||| |||  |||||||| || | || ||||||||||||   ||| |||||||| || |||    
T  641000 actaccaatattggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgccgtggtcttttgcatctgtta 640901  T
Q  423 cttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgca 480  Q
    || |||  |||| || |||| ||  || |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  640900 ctggaagattgtcattatgtaacaaagaagggagtgaatcatgtggtagaaaactgca 640843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 228 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 1600599 - 1600462
Alignment:
Q  228 gaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttc 327  Q
    |||||||||||| | |||||||||| || || ||| || || ||||||||| ||||| | ||| ||| | ||||||| | |||||||||||||| |||||    
T  1600599 gaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaacttagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttc 1600500  T
Q  328 cgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggtt 365  Q
      |  || |||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  1600499 ttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggtt 1600462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 451 - 560
Target Start/End: Original strand, 21834448 - 21834557
Alignment:
Q  451 agggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttaggggattttcatataagtgacaaaaatagggaactcttctcgcgtca 550  Q
    ||||| |||||||| |||||||||  || || ||||||| ||| ||| |||| |||||||| ||| |||||||| |||| ||| || ||||||||||||     
T  21834448 agggaatgaaacatatggtagaaagatgtacacaactgagagaaattaatttgggggatttgcatttaagtgacgaaaagaggaaattcttctcgcgtcg 21834547  T
Q  551 cggatgcctt 560  Q
     |||||||||    
T  21834548 tggatgcctt 21834557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 292 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 532305 - 532237
Alignment:
Q  292 caagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaa 360  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| || | |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  532305 caagagtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaa 532237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 547306 - 547203
Alignment:
Q  18 tcacttcgtgaaatcaaaatggaacgcacaaatgttgggatagggagtgtagagaatttcaatttcttgatggattttcctccaagccctcaattgaagt 117  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||| | ||||||||||||||  ||||  || | |||||||  |  |||||||||||||||||    
T  547306 tcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagt 547207  T
Q  118 ctct 121  Q
    ||||    
T  547206 ctct 547203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 244 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 659873 - 659717
Alignment:
Q  244 ttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgtt 343  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||  |||| ||| |||||   ||| |||||| |||||||| || ||| || |||| |||||| |  |||||||||||    
T  659873 ttttaaggagatgttgtaacattagatatttaaacttagcctgctgttcaagagggaagctacgagtaataaattttgaagttcccaaactagaggtgtt 659774  T
Q  344 gaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgtt 402  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||||   |||||||  |||| |||||||| ||||||||    
T  659773 gaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaacac--tatgtgatctcaaggaattgtt 659717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 310 - 394
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519227
Alignment:
Q  310 gaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaa 394  Q
    |||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||   || |||| |||| |||||||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctcaaa 1519227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 271 - 415
Target Start/End: Original strand, 55505070 - 55505214
Alignment:
Q  271 atttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgg 370  Q
    |||||||| ||||| | ||| ||| |||||| ||| | ||||||||||||  ||| ||    ||||||||||||||| ||||| |||||| |||| | |     
T  55505070 atttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacga 55505169  T
Q  371 cgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgca 415  Q
     | |||||| |||| || |||||||||||||  ||||||||||||    
T  55505170 tggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgca 55505214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 387 - 478
Target Start/End: Original strand, 1517574 - 1517665
Alignment:
Q  387 atctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactg 478  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||| |||  |||| ||||||| || ||| ||||||| |  ||||||||||| |||||    
T  1517574 atctcaaagaattgtcgtggaattttgaaactattactggaaaattgtcatgatgtcacagagaagggagttaggcatgtggtagagaactg 1517665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 66; Significance: 9e-29; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 155 - 487
Target Start/End: Original strand, 1037507 - 1037842
Alignment:
Q  155 aaacatcatattgtttgctaccattttccccaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaag---gtatttgttacgttttaagg 251  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | || |||||||  || ||| ||   ||||||||||   |||||||| | |||||||||    
T  1037507 aaacatcatattgtttgcttccattttccccaatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttttaagg 1037606  T
Q  252 aaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgt 351  Q
    | |||||||||| | || ||||||||  ||||| | | | |||||||||| |||||  |||| ||||||  ||||||     |||||||||| ||| |||    
T  1037607 agatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgt 1037706  T
Q  352 caaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggagga 451  Q
    || ||||| | ||| |||  |||||||| |||  ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| || || |||  |||| |||| || || ||| |    
T  1037707 cacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaa 1037806  T
Q  452 gggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaact 487  Q
     || ||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  1037807 tggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 1037842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 309 - 496
Target Start/End: Original strand, 45245085 - 45245272
Alignment:
Q  309 ggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggac 408  Q
    ||||| ||||||| |||||| |  || |||||||||||  ||||| | |||| |||| |||  ||||||||  ||| ||||||||||| ||||  ||| |    
T  45245085 ggaataaactttgaagttccaaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggc 45245184  T
Q  409 ttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagat 496  Q
    |||||||||||||| |  ||   ||| || |||| || ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||    
T  45245185 ttttgcaactattattgaaaaaatgttatcatgtcacagataagggagtgaaacatgtggtagaaaattgcacacaacttacagagat 45245272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 58; Significance: 6e-24; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 213 - 494
Target Start/End: Original strand, 20477986 - 20478267
Alignment:
Q  213 tgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaa 312  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| |  | |||| || |||||||||| | |||||||||||| |||| |  |||  ||||| ||||||||| ||||    
T  20477986 tgcaatcgtatatctgaagatatttgtcaattcttaacgagatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaa 20478085  T
Q  313 tgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggactttt 412  Q
    | ||| ||||| ||||   ||| |||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||| ||||||| ||| || |||||||| |||||||| ||| |||||    
T  20478086 taaacgttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggctttt 20478185  T
Q  413 gcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagag 494  Q
    |||| || ||||  ||  |||  || |||| ||   | | |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  20478186 gcaaatactactgaaaaattgcgataatgtcacaatgaaaggagcgaaacatgtcgtagaaaactgcacacaactgagagag 20478267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 336 - 485
Target Start/End: Original strand, 41901562 - 41901711
Alignment:
Q  336 gaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgta 435  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||  ||| |||  ||| |||| |||  ||||||||||| ||||| |||||||||| || | | |||| ||  |||||    
T  41901562 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttgaaattgtcacttcaagattgta 41901661  T
Q  436 atgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaa 485  Q
    ||||||| ||  || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  41901662 atgatgtcacaaagaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgtacgcaa 41901711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 244 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 32267636 - 32267396
Alignment:
Q  244 ttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgtt 343  Q
    ||||||||| ||||||||| || || ||||||||| || || | ||| ||| ||||||   ||||| ||||||||||| |||||| |   | ||||| ||    
T  32267636 ttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaacttatcccagtgttcaacagtgaa---actagaaatgaactttgaagttcccaaattggaggtatt 32267540  T
Q  344 gaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgtt 443  Q
    |||| ||||| | ||||  ||| |||  ||| |||| |||  ||||||||||| ||||| ||| |||||| || | | |||| ||  |||||||||| |     
T  32267539 gaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttaaaaattgtaatgatatc 32267440  T
Q  444 acggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaact 487  Q
    ||  || |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  32267439 acaaagaagggagtgaagcatgtagtagaaaactgcacgcaact 32267396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 243 - 472
Target Start/End: Original strand, 41889488 - 41889717
Alignment:
Q  243 gttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgt 342  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||  |||||||| || |||  ||| ||| |||||||||||| | ||||||||||  |||||| |   | |||||||    
T  41889488 gttttaaggatatgttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgt 41889587  T
Q  343 tgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgt 442  Q
    ||||| | ||| ||||||  ||| |||  |||||||| |||  ||||||||||| |||||  || |||| | || | |||||| ||  |||| |||||||    
T  41889588 tgaacttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttcgaaattgttacttaaaaattgttatgatgt 41889687  T
Q  443 tacggaggagggagtgaaacatgtggtaga 472  Q
     ||  || |||||||||| |||||||||||    
T  41889688 cacaaagaagggagtgaatcatgtggtaga 41889717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 408 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 17205599 - 17205527
Alignment:
Q  408 cttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgca 480  Q
    |||||||| ||| |||| |||| |||||||||||| || ||  | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17205599 cttttgcatctaatactggaacattgtaatgatgtcacagaaaaaggattgaaacatgtggtagaaaactgca 17205527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 305 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 27922611 - 27922427
Alignment:
Q  305 actaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttct 404  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |   | |||||||||||| ||||| ||||||  ||| |||  ||| |||| |||  ||||||||||| ||||| |    
T  27922611 actagaaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgt 27922512  T
Q  405 ggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactga 489  Q
    || |||||| || | | |||||||  |||||||||| | ||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  27922511 gggcttttgaaattgtcacttgaaaattgtaatgatttcacaaagaagggagtgaaccatgtggtagaaaactgcactcaactga 27922427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 229 - 457
Target Start/End: Original strand, 34936083 - 34936311
Alignment:
Q  229 aaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttcc 328  Q
    ||||||||| | | |||||||||| ||||||| | || || |||||| || | ||||||||| ||| |||||| || |   |||||| |||||  |||||    
T  34936083 aaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtacttggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttcc 34936182  T
Q  329 gaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaa 428  Q
     |  |||||||||||| || ||||| ||||||| ||| |||   ||||||| ||||| ||| |||||| ||||  ||| |||||||||||||||||| ||    
T  34936183 aaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacactctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattacttcaa 34936282  T
Q  429 ctttgtaatgatgttacggaggagggagt 457  Q
      ||||  |||||| |||||| |||||||    
T  34936283 aattgttgtgatgtcacggagaagggagt 34936311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 292 - 494
Target Start/End: Original strand, 18315256 - 18315458
Alignment:
Q  292 caagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctc 391  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||||||  |||||| |  || |||||||||||| ||||| ||||||  ||| |||  ||| |||| |||| ||||||    
T  18315256 caagaatgaagctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctc 18315355  T
Q  392 aaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaa 491  Q
    ||||| ||||  | | ||||||||||| ||| | ||||  |||  |||||| || ||| | ||||  ||  ||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  18315356 aaagagttgtcgtaggcttttgcaactgttattggaacgctgttgtgatgtcacagagaaaggagaaaagtatgtggtagaaaactgcacacaactgata 18315455  T
Q  492 gag 494  Q
    |||    
T  18315456 gag 18315458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 386 - 481
Target Start/End: Original strand, 17628091 - 17628186
Alignment:
Q  386 gatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 481  Q
    ||||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||| ||| ||||||| | ||| || ||  |||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  17628091 gatctcaaagaattgttttgggctcttgaaactattactagaattttgtaaaggtgtcacagacaagggagtgaagcatgtgttgaaaaactgcac 17628186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 228 - 487
Target Start/End: Original strand, 543 - 802
Alignment:
Q  228 gaaggtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttc 327  Q
    |||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||   || ||||||||  ||||| | ||| |||||||||| |||||  |||| ||||||  |||||    
T  543 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 642  T
Q  328 cgaggctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttga 427  Q
    |     |||||||||| ||| ||||| ||||||| ||  |||  |||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| || || ||||| ||||| ||    
T  643 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggctattacaactgttactgga 742  T
Q  428 actttgtaatgatgttacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaact 487  Q
    |  |||| |||| || |  ||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  743 aaattgtgatgaagtcatagagaatggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacacaact 802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 233 - 403
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1561
Alignment:
Q  233 tatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgagg 332  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||| |||||| || ||||||||| |||||   ||| ||   ||| | ||| | | |||||||||||||||||| | |    
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  333 ctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggt---taatggcgaaacactatatgcgatctcaaagaattgttc 403  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||  ||   | |||  |||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgttc 1561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 451 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 39141 - 39085
Alignment:
Q  451 agggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaactgaaagagatttatttagggg 507  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  39141 agggagtgaaacatgtggtaaacaactgcacgcaactgagagagattaattgagggg 39085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University