View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16597_low_2 (Length: 670)

Name: NF16597_low_2
Description: NF16597
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16597_low_2
NF16597_low_2
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (17-653)||(35928980-35929616)
chr3 (17-377)||(35911646-35912013)
chr3 (17-587)||(35916033-35916641)
chr3 (25-648)||(35935625-35936261)
chr3 (17-366)||(35922302-35922658)
chr3 (17-341)||(35941167-35941497)
chr3 (494-632)||(35922772-35922909)
chr3 (499-587)||(35912129-35912219)
chr3 (487-576)||(35941632-35941721)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 617; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 617; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 653
Target Start/End: Original strand, 35928980 - 35929616
Alignment:
Q  17 tcaggattaacagtgacatagcctgaatattggtcaaaattcactccatatggttgaccaggcaatgtatcaatcttgtcagcttgccttagcccctctt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35928980 tcaggattaacagtgacatagcctgaatattggtcaaaattcactccatatggttgaccaggcaatgtgtcaatcttgtcagcttgccttagcccctctt 35929079  T
Q  117 gaggcgtaacataaggagcagaagaatctgttttagatgcatcttcctcttcccaagaaagagtcttaggaggattctgtgaggttctagaaagaataaa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35929080 gaggcgtaacataaggagcagaagaatctgttttagatgcatcttcctcttcccaagaaagagtcttaggaggattctgtgaggttctagaaagaataaa 35929179  T
Q  217 ctcatcaagtttatcagtttgactagctttgctatatggaaaaataaccaaaaaactcacgctgagtagtaaacaagcataaagagaaaccttctccatc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35929180 ctcatcaagtttatcagtttgactagctttgctatatggaaaaataaccaaaaaactcacgctgagtagtaaacaagcataaagagaaaccttcttcatc 35929279  T
Q  317 ttattctcaacttggtttccatatatcttagtttctatctatttatagatacaaaacagtgaaagtattttagggcttgttttgttgtggttggaggcat 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35929280 ttattctcaacttggtttccatatatcttagtttctatctatttatagatacaaaacagtgaaagtattttagggcttgttttgttgtggttggaggcat 35929379  T
Q  417 gtgaaagaaacaagagaacgatgacactagtattgaccaggcaatgatcagccggctgatttaatatagtttctccttgaatgtaatggattgtccttgt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35929380 gtgaaagaaacaagagaacgatgacattagtattgaccaggcaatgatcagccggctgatttaatatagtttctccttgaatgtaatggattgtccttgt 35929479  T
Q  517 ttccctttttctagacacatatcaagttatttaacaatttagcactttgtgattaacttttaaacttaatgataaatatattttgtcctctatcttattg 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35929480 ttccctttttctagacacatatcaagttatttaacaatttagcactttgtgattaacttttaaacttaatgataaatatattttgtcctctaacttattg 35929579  T
Q  617 ttgccgtttatgcagttgtactgtatcttcatcacag 653  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35929580 ttgccgtttatgcacttgtactgtatcttcatcacag 35929616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 17 - 377
Target Start/End: Original strand, 35911646 - 35912013
Alignment:
Q  17 tcaggattaacagtgacatagcctgaatattggtcaaaattcactccatatggttgaccaggcaatgtatcaatcttgtcagcttgccttagcccctctt 116  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35911646 tcaggatcaactgtgacatagcctgaatattggtcaaaatttaccccatagggttgaccaggcaatgtgtcaatcttgtcagcttgcattagcccctctt 35911745  T
Q  117 gaggcgtaacataaggagcagaa------gaatctgttttagatgcatcttcctcttcccaagaaagagtcttaggaggattctgtgaggttctagaaag 210  Q
    |||| | ||||| || || ||||      |||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35911746 gaggtgcaacatcagcagtagaaaacgaagaatgtgttttcaatgcatcttcctcttcccatgaaagagtcttaggaggattctgtgaggttctagacag 35911845  T
Q  211 aataaactcatcaagtttatcagtttgactagctttgctatatggaaaaataaccaaaaaactcacgctgagtagtaaacaagcataaagagaaaccttc 310  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35911846 aataaactcaacaagtttatcagcttgactagctttgcaatatggaaaaataaccaatagactcaagttgagtagtaaacaagcataaagagaaaccttc 35911945  T
Q  311 tccatcttattctcaacttggtttccatatatc-ttagtttctatctatttatagatacaaaacagtg 377  Q
    | |||||| |||||||||||| ||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  35911946 ttcatcttgttctcaacttggcttcaatatatcataagtttctaactatttatagatgaaaaacagtg 35912013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 17 - 587
Target Start/End: Original strand, 35916033 - 35916641
Alignment:
Q  17 tcaggattaacagtgacatagcctgaatattggtcaaaattcactccatatggttgaccaggcaatgtatcaatcttgtcagcttgccttagcccctctt 116  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  | |||||||| ||| | |||||| ||||||    
T  35916033 tcaggatcaactgtgacatagcctgaatattggtcaaaatttactccatagggttgaccaggcaatgtgacgatcttgtctgctagtcttagctcctctt 35916132  T
Q  117 gaggcgt---aacataaggagcagaa---gaatctgttttagatgcatcttcctcttcccaagaaagagtcttaggaggattctgtgaggttctagaaag 210  Q
    |||| |    |||||||| |||||||   |||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||    
T  35916133 gaggtggtgcaacataagcagcagaaaaagaatgtgttttcaatgcatctccctcttcccaagaaagtgtcttaggaggattctgagattttctagacag 35916232  T
Q  211 aataaactcatcaagtttatcagtttgactagctttgctatatggaaaaataaccaaaaaac---tcacgctgagtagtaaacaagcataaagagaaacc 307  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||   |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35916233 aataaactcattgagtttatcagcttgactagctttgctatatggaaaaataaccaaaagactgatcaaattgagtaataaacaagcataaagagaaacc 35916332  T
Q  308 ttctccatcttattctcaacttggtttccatatatc-ttagtttctatctatttatagatacaaaacagtgaaagtattttagggcttgtt---ttgttg 403  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||  |||||| ||| | | ||  ||| ||| ||   |||||     
T  35916333 ttcttcatcttgttctcaacttggtttcaatatatcataagtttctaactatttatagatgaaaaacattgacaattttgaaggacttatttggttgttc 35916432  T
Q  404 tggttggaggcatgtgaaagaaacaagagaacgatgaca-ctagtattga---------------ccaggcaatgatcagccggct-gatttaatatagt 486  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||  ||| ||| |||  |||||               ||| ||| |||||||||||||   |||||| ||||    
T  35916433 ttgttggagccatgtgaaagaaacaagagagagataacatctaccattgaggcattgaccaatgtccatgcattgatcagccggctatgtttaatttagt 35916532  T
Q  487 ---ttctccttgaatgtaat-----ggattgtccttgtttccctttttctagacacatatcaagttatttaacaatttagcactttgtgattaactttta 578  Q
       |||||||||||||||||     |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |    
T  35916533 ttcttctccttgaatgtaatgtaagggattgtcattgtttccctttttctagaatcatatcaagttatttaacgttttagcactttgtgattaactttga 35916632  T
Q  579 aacttaatg 587  Q
    || ||||||    
T  35916633 aagttaatg 35916641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 25 - 648
Target Start/End: Original strand, 35935625 - 35936261
Alignment:
Q  25 aacagtgacatagcctgaatattggtcaaaattcactccatatggttgaccaggcaatgtatcaatcttgtcagcttgccttagcccctcttgaggcgt- 123  Q
    |||||| ||||| || || |||||||||||||  || ||||  |||||||||||||||||  | |||||||||||| | |||||| |||||||||| |      
T  35935625 aacagtcacataaccagagtattggtcaaaatctacaccatcgggttgaccaggcaatgtgacgatcttgtcagctagtcttagctcctcttgaggtgct 35935724  T
Q  124 --aacataaggagcagaagaatc---tgttttagatgcatcttcctcttcccaagaaagagtcttaggaggattctgtgaggttctagaaagaataaact 218  Q
      |||||||| ||||||||||     ||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||| || ||    
T  35935725 gcaacataagcagcagaagaagaaagtgttttcaatgcttctccctcttcccaagaaagagtcttgggaggattctgtgattttctagacagaaaaagct 35935824  T
Q  219 catcaagtttatcagtttgactagctttgctatatggaaaaataaccaaaaaactcacgctgagtagtaaacaagcataaagagaaaccttctccatctt 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  35935825 catcaagtttatcagcttgactagctttgctataaggaaaaataaccaagagactcaagttgagtaataaacaagcataaagagaaattttcttcatctt 35935924  T
Q  319 attctcaacttgg-tttccatatatcttagtttc-tat----ctatttatagatacaaaacagtgaaagtattttagggcttgttttgttgtggttggag 412  Q
     |||| || |||| |||  ||||| || |||||| |||    ||||||||||||| |||||||||  | | ||  | | ||||||||||||| ||||||     
T  35935925 gttcttaagttggttttgtatata-ctaagtttcttatcttactatttatagataaaaaacagtggcaattttgcatgacttgttttgttgttgttgga- 35936022  T
Q  413 gcatgtgaaagaaacaagagaacgatgacactagtat-------tgaccaggcaatgatcagccggct-gatttaatatagtttctccttgaatgtaatg 504  Q
    ||||||||||||||||||||   ||| ||| || |||       |||||| |||| |||||||||||| | |||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  35936023 gcatgtgaaagaaacaagagtgtgataacattactattgactactgaccatgcaa-gatcagccggctggttttaatttagtttcttcttgaatgcaatg 35936121  T
Q  505 gattgtccttgtttccctttttctagacacatatcaagttatttaacaatttagcactttgtgattaacttttaaacttaatgataaatatattttgtcc 604  Q
    ||||||| |||||||||| ||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||    ||||| ||| |||    
T  35936122 gattgtctttgtttccctgtttgtagaatcataacaagttatttaacaatttagcactttgtcattaactttgaaagttaatg----atatactttttcc 35936217  T
Q  605 tctatcttattgttgccgtttatgcagttgtactgtatcttcat 648  Q
    |||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||    
T  35936218 tctaacttattgttgtggttgatgcagttgtactgtatcttcat 35936261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 17 - 366
Target Start/End: Original strand, 35922302 - 35922658
Alignment:
Q  17 tcaggattaacagtgacatagcctgaatattggtcaaaattcactccatatggttgaccaggcaatgtatcaatcttgtcagcttgccttagcccctctt 116  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||| | |||||| ||||||    
T  35922302 tcaggatcaactgtgacatagcctgaatattggtcaaaattcactccatagggttgaccaggcaatgtgacgatcttgtcagctagtcttagctcctctt 35922401  T
Q  117 gaggcgt---aacataaggagcagaa---gaatctgttttagatgcatcttcctcttcccaagaaagagtcttaggaggattctgtgaggttctagaaag 210  Q
    |||| |    |||||||| |||||||   |||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||    
T  35922402 gaggtggtgcaacataagcagcagaaaaagaatgtgttttcaatgcatctccctcttcccaagaaagtgtcttgggaggattctgagattttctagacag 35922501  T
Q  211 aataaactcatcaagtttatcagtttgactagctttgctatatggaaaaataaccaaaaaactcacgctgagtagtaaacaagcataaagagaaaccttc 310  Q
    |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35922502 aataaactcattgagtttatcagcttgactagctttgctatatggaaaaataaccaaaaggctcaagttgagtaataaacaagcataaagagaaaccttc 35922601  T
Q  311 tccatcttattctcaacttggtttccatatatc-ttagtttctatctatttatagat 366  Q
    | |||||| |||||||||||||||| | ||||| | |||||||| | ||||||||||    
T  35922602 ttcatcttgttctcaacttggtttcaacatatcataagtttctaacaatttatagat 35922658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 17 - 341
Target Start/End: Original strand, 35941167 - 35941497
Alignment:
Q  17 tcaggattaacagtgacatagcctgaatattggtcaaaattcactccatatggttgaccaggcaatgtatcaatcttgtcagcttgccttagcccctctt 116  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||| | |||||| ||||||    
T  35941167 tcaggatcaactgtgacatagcctgaatattggtcaaaattcactccatagggttgaccaggcaatgtgacgatcttgtcagctagtcttagctcctctt 35941266  T
Q  117 gaggcgt---aacataaggagcagaagaatc---tgttttagatgcatcttcctcttcccaagaaagagtcttaggaggattctgtgaggttctagaaag 210  Q
    |||| |    |||||||| ||| ||||||     ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||    
T  35941267 gaggtggtgcaacataagcagccgaagaaaaaagtgttttcaatgcatctccctcttcccaagaaagagtcttgggaggattctgagattttctagacag 35941366  T
Q  211 aataaactcatcaagtttatcagtttgactagctttgctatatggaaaaataaccaaaaaactcacgctgagtagtaaacaagcataaagagaaaccttc 310  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35941367 aataaactcattgagtttatcagcttgactagctttgctatatggaaaaataaccaataaactcaagttgagtattaaacaagcataaagagaaaccttc 35941466  T
Q  311 tccatcttattctcaacttggtttccatata 341  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  35941467 tccatcttgttctcaacttgatttctatata 35941497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 494 - 632
Target Start/End: Original strand, 35922772 - 35922909
Alignment:
Q  494 tgaatgtaatggattgtccttgtttccctttttctagacacat---atcaagttatttaacaatttagcactttgtgattaacttttaaacttaatgata 590  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||  |||   |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||       
T  35922772 tgaatgtaagtgattttccttgtttccctttttctagaatcatggtatcaaggtatttaataatttagaactttgtgattaactttgaaagttaatg--- 35922868  T
Q  591 aatatattttgtcctctatcttattgttgccgtttatgcagt 632  Q
     ||||||||  ||||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  35922869 -atatatttgttcctctaacttattgttgtggtttatgcagt 35922909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 499 - 587
Target Start/End: Original strand, 35912129 - 35912219
Alignment:
Q  499 gtaatggattgtccttgtttccctttttctagacacat--atcaagttatttaacaatttagcactttgtgattaacttttaaacttaatg 587  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||  |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  35912129 gtaatggattgttcttgtttccgtttttctagaatcatgtatcaagttatttaacattttagtactatgtgattaactttgaaagttaatg 35912219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 487 - 576
Target Start/End: Original strand, 35941632 - 35941721
Alignment:
Q  487 ttctccttgaatgtaatggattgtccttgtttccctttttctagacacat--atcaagttatttaacaatttagcactttgtgattaacttt 576  Q
    ||||||||||||||||| | ||   ||||||| ||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35941632 ttctccttgaatgtaattgtttt--cttgttttcctttttctagaatcatgtatcaagttatttaacaatttagcactttgtaattaacttt 35941721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University