View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16600_low_19 (Length: 396)

Name: NF16600_low_19
Description: NF16600
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16600_low_19
NF16600_low_19
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (20-386)||(40542576-40542943)
chr5 (73-207)||(32550723-32550857)
chr5 (337-386)||(32551028-32551077)
chr5 (50-257)||(22122184-22122391)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (20-331)||(6659745-6660056)
chr2 (34-257)||(44326004-44326230)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-331)||(23450116-23450427)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (20-297)||(7781602-7781879)
chr4 (50-257)||(5598357-5598564)
chr4 (50-201)||(10998003-10998154)
chr4 (50-257)||(7626329-7626536)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (64-259)||(6052493-6052688)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (22-257)||(7430392-7430630)
chr1 (34-257)||(14606475-14606701)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (34-257)||(22015896-22016122)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 40542943 - 40542576
Alignment:
Q  20 ccggtaacttggttgctaactgccggaagggtgttgcagcaactctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaacccc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  40542943 ccggtaacttggttgctaactgccggaagggtgttgcagcaactctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactgacctc 40542844  T
Q  120 tgagatgtgtgaccttattcaaagattgactcaagagcagctcacacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgcttagccaacaacga 219  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  40542843 tgaaatgtgtgaccttattcaaagattgactcaagagcagctcacacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgcttagccgacaacga 40542744  T
Q  220 aaatatgaggagcaactgactcagtttaggcaagcacatgaggttgggagttcaagtcagcaacgaccaattccggatgtcaatgtagacccttttccaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40542743 aaatatgaggagcaactgactcagtttaggcaagcacgtgaggttgggagttcaagtcagcaaccaccaatttcggatgtcaatgtagacccttttccaa 40542644  T
Q  320 tttat-ggcgaagacgacgaggaggtggagagcgacgatgaagattgaagttggacccttgatgatgt 386  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40542643 tttatgggcgaagacgacgaggaggtggagagcgacgatgaagattgaagttggacccttgatgatgt 40542576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 207
Target Start/End: Original strand, 32550723 - 32550857
Alignment:
Q  73 acccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaacccctgagatgtgtgaccttattcaaagattgactcaagagcagctcacacaacaaa 172  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||  || |||||||   | |||| ||| ||| | || || ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  32550723 accctgaatcatggtgagggatcctcacaccagcctgagatgacccatgaaatgcgcgagctgattcaaaaattgacacaagagcagctcatacaacaaa 32550822  T
Q  173 tggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgctt 207  Q
    |||||||||| |||||| || ||||| | ||||||    
T  32550823 tggcgagtcaggaggcccttatgcaaaaattgctt 32550857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 337 - 386
Target Start/End: Original strand, 32551028 - 32551077
Alignment:
Q  337 gaggaggtggagagcgacgatgaagattgaagttggacccttgatgatgt 386  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || ||||||    
T  32551028 gaggaggtggagagcgacgatgaggattgaagatggacccctgttgatgt 32551077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 50 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 22122391 - 22122184
Alignment:
Q  50 gtgttgcagcaactctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaacccctgagatgtgtgaccttattcaaagattgac 149  Q
    |||||||| |||| |||| | |||| || |||||||||||||||||||  |  |||||||  || || || |||||| | || |||||||| |||||| |    
T  22122391 gtgttgcatcaacgctcacatttacgctcaatcatggtgaaggatcctctcggcagcctgagctgacgccagagatgcgggagcttattcatagattggc 22122292  T
Q  150 tcaagagcagctcacacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgcttagccaacaacgaaaatatgaggagcaactgactcagtttagg 249  Q
     ||||||||  || | ||  | ||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||| | ||  ||| ||   ||||||||||| ||  |||| ||||||    
T  22122291 acaagagcaattcgcgcagtagatggcgactcaagcggctgttgtgcaagatttgctcaaccgccaaagatcttatgaggagcagctcgctcaatttagg 22122192  T
Q  250 caagcaca 257  Q
    ||||||||    
T  22122191 caagcaca 22122184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 20 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 6660056 - 6659745
Alignment:
Q  20 ccggtaacttggttgctaactgccggaagggtgttgcagcaactctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaacccc 119  Q
    ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  6660056 ccggtaacttggccgctaactaccggaagggtgttgcaacaaccctcagatttacccttaatcatggcgaaggatcctcccagcagcctgcactgacccc 6659957  T
Q  120 tgagatgtgtgaccttattcaaagattgactcaagagcagctcacacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgcttagccaacaacga 219  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||    
T  6659956 tgagatgcgtgaccttattcaaagattgactcaagagcagctcacccagcaaatggcgagacatgaggccgttgtacaagatttgcttagccgccaacga 6659857  T
Q  220 aaatatgaggagcaactgactcagtttaggcaagcacatgaggttgggagttcaagtcagcaacgaccaattccggatgtcaatgtagacccttttccaa 319  Q
    | ||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    || |||| |||  ||||||||| ||||||||||    
T  6659856 acatatgaggagcaattggctcaatttcggcaagcacatgaggatgggagttcaagtcagcaagcgtcagttccagatcccaatgtagagccttttccaa 6659757  T
Q  320 tttatggcgaag 331  Q
    ||||||||||||    
T  6659756 tttatggcgaag 6659745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 34 - 257
Target Start/End: Original strand, 44326004 - 44326230
Alignment:
Q  34 gctaactgccggaaggg---tgttgcagcaactctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaacccctgagatgtgtg 130  Q
    ||||||| |||||||||   ||||||| |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||| ||| |||||||  || || || |||||| | |    
T  44326004 gctaactaccggaagggcagtgttgcatcaaccctcagactaaccctcaatcagggtgaaggaacctcccagcagcctgagctgacgccagagatgcggg 44326103  T
Q  131 accttattcaaagattgactcaagagcagctcacacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgcttagccaacaacgaaaatatgagga 230  Q
    | |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| || ||||  ||||| |   || |||||||||||||| ||| ||| ||| ||  ||| |||||    
T  44326104 agcttattcatagattgacacaagagcagttcacacagcagatggaaagtcaagcatcccttgtgcaagatttgattaaccaccaaagattatacgagga 44326203  T
Q  231 gcaactgactcagtttaggcaagcaca 257  Q
    ||| ||| ||| | ||| |||||||||    
T  44326204 gcagctggctcggcttacgcaagcaca 44326230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 172; Significance: 3e-92; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 20 - 331
Target Start/End: Original strand, 23450116 - 23450427
Alignment:
Q  20 ccggtaacttggttgctaactgccggaagggtgttgcagcaactctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaacccc 119  Q
    |||||||||||   ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  23450116 ccggtaacttgaccgctaactaccggaagggtgttgcaacaaccctcagatttacccttaatcatggcgaaggatcctcccagcagcctgcactgacccc 23450215  T
Q  120 tgagatgtgtgaccttattcaaagattgactcaagagcagctcacacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgcttagccaacaacga 219  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||    
T  23450216 tgagatgcatgaccttattcaaagattgactcaagagcagctcacccagcaaatggcgagacatgaggccgttgtacaagatttgcttagccgccaacga 23450315  T
Q  220 aaatatgaggagcaactgactcagtttaggcaagcacatgaggttgggagttcaagtcagcaacgaccaattccggatgtcaatgtagacccttttccaa 319  Q
    | |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    || |||| |||  ||||||||| ||||||||||    
T  23450316 acatatgaggagcaactggctcaatttcggcaagcacatgaggatgggaattcaagtcagcaagcgtcagttccagatcccaatgtagagccttttccaa 23450415  T
Q  320 tttatggcgaag 331  Q
    ||||||||||||    
T  23450416 tttatggcgaag 23450427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 20 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 7781879 - 7781602
Alignment:
Q  20 ccggtaacttggttgctaactgccggaagggtgttgcagcaactctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaacccc 119  Q
    ||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||    
T  7781879 ccggtaacttggccgctaactacctgaagggtgttgcaacaaccctcagatttacccttaatcatggtgaaggatcctcccagcagcctgcgctgacccc 7781780  T
Q  120 tgagatgtgtgaccttattcaaagattgactcaagagcagctcacacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgcttagccaacaacga 219  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||    
T  7781779 tgagatgcgtgaccttattcaaagattgactcaagagcagctcacccagcaaatggcgagacacgaggccgttgtacaagattttcttagccgccaacga 7781680  T
Q  220 aaatatgaggagcaactgactcagtttaggcaagcacatgaggttgggagttcaagtcagcaacgaccaattccggat 297  Q
    | ||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||||    
T  7781679 acatatgaggagcaattggctcggtttaggaaagcacatgaggatgggagttcaagtcagcaagcaccagttccggat 7781602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 5598564 - 5598357
Alignment:
Q  50 gtgttgcagcaactctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaacccctgagatgtgtgaccttattcaaagattgac 149  Q
    |||||||| |||| |||| | |||| || ||||||||||||||||||| ||  |||||||  ||||| || |||||| | || |||||||| |||||| |    
T  5598564 gtgttgcatcaacactcacatttacgctcaatcatggtgaaggatcctcccggcagcctgagctaacgccagagatgcgggagcttattcatagattggc 5598465  T
Q  150 tcaagagcagctcacacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgcttagccaacaacgaaaatatgaggagcaactgactcagtttagg 249  Q
     ||||||||  || | || || ||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||| | ||  ||| ||   ||||||||||| ||  |||| ||||||    
T  5598464 acaagagcaattcgcgcagcagatggcgactcaagcggctgttgtgcaagatttgctcaaccgccaaagatcttatgaggagcagctcgctcaatttagg 5598365  T
Q  250 caagcaca 257  Q
    ||||||||    
T  5598364 caagcaca 5598357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 201
Target Start/End: Original strand, 10998003 - 10998154
Alignment:
Q  50 gtgttgcagcaactctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaacccctgagatgtgtgaccttattcaaagattgac 149  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||| ||| |||||||  || || || |||||| | || ||| |||| ||||||||    
T  10998003 gtgttgcatcaaccctcagactaaccctcaatcagggtgaaggaacctcccagcagcctgagctgacgccagagatgcgggagctttttcatagattgac 10998102  T
Q  150 tcaagagcagctcacacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagat 201  Q
     ||||||||| |||| || || ||||| ||||| |  ||| |||||||||||    
T  10998103 acaagagcagttcacgcagcagatggcaagtcaagcagcccttgtgcaagat 10998154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 50 - 257
Target Start/End: Original strand, 7626329 - 7626536
Alignment:
Q  50 gtgttgcagcaactctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaacccctgagatgtgtgaccttattcaaagattgac 149  Q
    |||||| | |||| |||| | |||| || ||||||||||||||||||| || ||||||||  || || || |||||| | || |||||  | |||||| |    
T  7626329 gtgttgaatcaacgctcacatttacgctcaatcatggtgaaggatcctcccgacagcctgagctgacgccagagatgcgggagcttataaatagattggc 7626428  T
Q  150 tcaagagcagctcacacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgcttagccaacaacgaaaatatgaggagcaactgactcagtttagg 249  Q
     ||||||||  || | || || ||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||| | ||  ||| ||   ||||||||||| ||  |||| ||||||    
T  7626429 acaagagcaattcgcgcagcagatggcgactcaagcggctgttgtgcaagatttgctcaaccgccaaagatcttatgaggagcagctcgctcaatttagg 7626528  T
Q  250 caagcaca 257  Q
    ||||||||    
T  7626529 caagcaca 7626536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 64 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 6052688 - 6052493
Alignment:
Q  64 ctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaacccctgagatgtgtgaccttattcaaagattgactcaagagcagctca 163  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||  || ||||| |||||| | || |||||||| |||||||| |||||||||  |     
T  6052688 ctcagacttaccctcaatcatggtgaaggattctcccagcagcctgagctgaccccagagatgcgggagcttattcatagattgacacaagagcagtccg 6052589  T
Q  164 cacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgcttagccaacaacgaaaatatgaggagcaactgactcagtttaggcaagcacatg 259  Q
    | || |||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||  ||| ||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  6052588 cgcagcaaatggcgagtcaagcggccgttgagcaagatttgcttaaccgccaaagatcatatgaggagcagctggctcagtttaggcaagcacatg 6052493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 22 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 7430630 - 7430392
Alignment:
Q  22 ggtaacttggttgctaactgccggaagg---gtgttgcagcaactctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaaccc 118  Q
    |||||||| | |||||||| ||||| ||   |||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||| |||||||  || || |    
T  7430630 ggtaacttagctgctaactaccggacggatagtgttgcatcaaccctcagactaaccctcaatcatggtgaaggaacctcccagcagcctgagctgacgc 7430531  T
Q  119 ctgagatgtgtgaccttattcaaagattgactcaagagcagctcacacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgcttagccaacaacg 218  Q
    | |||||| | || |||||||| |||||||| ||||||||| |||| || || ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| ||| ||  ||| |    
T  7430530 cagagatgcgggagcttattcatagattgacacaagagcagttcacgcagcagatggcgagtcaagcggcccttgtgcaatatttgattaaccgccaaag 7430431  T
Q  219 aaaatatgaggagcaactgactcagtttaggcaagcaca 257  Q
    |  ||| |||||||| ||| ||| | ||| |||||||||    
T  7430430 attatacgaggagcagctggctcggcttacgcaagcaca 7430392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 34 - 257
Target Start/End: Original strand, 14606475 - 14606701
Alignment:
Q  34 gctaactgccggaagg---gtgttgcagcaactctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaacccctgagatgtgtg 130  Q
    ||||||| ||||||||   |||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||  || || || |||||| | |    
T  14606475 gctaactaccggaaggatagtgttgcatcaaccctcagactaaccctcaatcatggtgaaggatcctcccagcagcatgagctgacaccagagatgcggg 14606574  T
Q  131 accttattcaaagattgactcaagagcagctcacacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgcttagccaacaacgaaaatatgagga 230  Q
    | |||||||| |||||||| ||||||||| |||| || || ||||| ||||| | | || |||||  ||||||||||| ||  ||| ||  ||| |||||    
T  14606575 agcttattcatagattgacacaagagcagttcacgcagcagatggcaagtcaagcgacccttgtggcagatttgcttaacctccaaagatcatacgagga 14606674  T
Q  231 gcaactgactcagtttaggcaagcaca 257  Q
    ||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  14606675 gcagctggctcagcttaggcaagcaca 14606701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 34 - 257
Target Start/End: Original strand, 22015896 - 22016122
Alignment:
Q  34 gctaactgccggaaggg---tgttgcagcaactctcagacttacccttaatcatggtgaaggatccttccaacagcctgcactaacccctgagatgtgtg 130  Q
    ||||||| |||||||||   ||||||| |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||| ||| |||||||  || || || |||||| | |    
T  22015896 gctaactaccggaagggcagtgttgcatcaaccctcagactaaccctcaatcagggtgaaggaacctcccagcagcctgagctgacgccagagatgcggg 22015995  T
Q  131 accttattcaaagattgactcaagagcagctcacacaacaaatggcgagtcacgaggccgttgtgcaagatttgcttagccaacaacgaaaatatgagga 230  Q
    | |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| || ||||  ||||| |   || |||||||||||||| ||| ||| ||| ||  ||| |||||    
T  22015996 agcttattcatagattgacacaagagcagttcacacagcagatggaaagtcaagcatcccttgtgcaagatttgattaaccaccaaagattatacgagga 22016095  T
Q  231 gcaactgactcagtttaggcaagcaca 257  Q
    ||| ||| ||| | ||| |||||||||    
T  22016096 gcagctggctcggcttacgcaagcaca 22016122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University