View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16600_low_26 (Length: 357)

Name: NF16600_low_26
Description: NF16600
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16600_low_26
NF16600_low_26
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (114-351)||(30248495-30248732)
[»] scaffold0430 (1 HSPs)
scaffold0430 (23-351)||(9947-10273)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (23-351)||(16217265-16217592)
chr2 (24-319)||(30613527-30613822)
chr2 (49-99)||(22795401-22795451)
chr2 (23-72)||(41374981-41375031)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (23-287)||(11262245-11262508)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (228-351)||(17365451-17365573)
chr1 (28-151)||(17365289-17365412)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (23-286)||(22814137-22814397)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (180-246)||(3414128-3414194)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 114 - 351
Target Start/End: Original strand, 30248495 - 30248732
Alignment:
Q  114 gttgattatatatctcacactacgtgttgcgggttggatgtctacgcccttgtggtgcagacttgtaggttgatgacgcatatttgccgtgagtttttca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30248495 gttgattatatatctcacactacgtgttgcgggttgaatgtccacgcccttgtggtgcatacttgcaggttgatgacgcatatttgccgtgagtttttca 30248594  T
Q  214 aggatggatatggtgcctactcgtcttttaccacttactttttgagtcttgtttagtggtgttgtgattaggacggtttgggatttttatgttattattg 313  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  30248595 aggatggatttggtgcctactcgtattttaccgcttacttttggagtcttgtttagtggtgctgtgattaagacggtgtggggtttttatgttattattg 30248694  T
Q  314 gattattggtggaacctttgcgttcattttgatgatgt 351  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30248695 ttttattggtggaacctttgcgttcattttgatgatgt 30248732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0430 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0430
Description:

Target: scaffold0430; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 351
Target Start/End: Original strand, 9947 - 10273
Alignment:
Q  23 atacatgtgaaaattgtatgcttaagatgaatatgtttatatgatgttgttatttatcctgaatctatacatgtgttcatattttctctatgttgattat 122  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||    
T  9947 atacatgtgaatattttatgcttaagatgaatatgtttacatgatatttttgtttatcctgaatctatacatgcattcatattttctctatgttaattat 10046  T
Q  123 atatctcacactacgtgttgcgggttggatgtctacgcccttgtggtgcagacttgtaggttgatgacgcatatttgccgtgagtttttcaaggatggat 222  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  10047 atatctcatcctacatgttgcgggttggatgcttacgcccttgtggtgtagtcttgcaggttgaggacgcatatttgccgtgag-ttttcgaggatggct 10145  T
Q  223 atggtgcctactcgtcttttaccacttactttttgagtcttgtttagtggtgttgtgattaggacggtttgggatttttatgttattattggattattgg 322  Q
     ||| ||||||||  |||||||| ||||||||| ||||| |||  | ||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||  ||| |||     
T  10146 ttggagcctactcaccttttaccgcttacttttggagtcgtgtacaatggtgttctgattaggacagtttgaggtttttatgttattattatattgttga 10245  T
Q  323 tggaacctttgcgttcattttgatgatgt 351  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  10246 tggaacc-ttgtgttcattttgatgatgt 10273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 23 - 351
Target Start/End: Original strand, 16217265 - 16217592
Alignment:
Q  23 atacatgtgaaaattgtatgcttaagatgaatatgtttatatgatgttgttatttatcctgaatctatacatgtgttcatattttctctatgttgattat 122  Q
    ||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  16217265 atacatgtgaataatgtaggtttaagatgaatatgtttatattatgttgttgtttatcctgaagttatacatgtgttcgcattttctctatgttgattat 16217364  T
Q  123 atatctcacactacgtgttgcgggttggatgtctacgcccttgtggtgcagacttgtaggttgatgacgcatatttgccgtgagtttttcaaggatggat 222  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||| || || ||||||||||   ||||| |    
T  16217365 atatctcaccctacgtgttgcgggttggacgcctacgcccttgtggtgtagacttgcaggttgaggatgcatagtttccatgagtttttcgcagatggct 16217464  T
Q  223 atggtgcctactcgtcttttaccacttactttttgagtcttgtttagtggtgttgtgattaggacggttt-gggatttttatgttattattggattattg 321  Q
     ||  |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||| | | |||||||  |||| ||| ||||||||||||||| | ||| |||    
T  16217465 -tgaagcctactcgtcttttaccgcttacttatggagtcttgtctagtggtgctctaattaggatagtttggggttttttatgttattatcgtattgttg 16217563  T
Q  322 gtggaacctttgcgttcattttgatgatgt 351  Q
     ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  16217564 atgg-acctttgtgttcattttgatgatgt 16217592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 24 - 319
Target Start/End: Original strand, 30613527 - 30613822
Alignment:
Q  24 tacatgtgaaaattgtatgcttaagatgaatatgtttatatgatgttgttatttatcctgaatctatacatgtgttcatattttctctatgttgattata 123  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||   ||  ||||| |||||| |||||||||    
T  30613527 tacatgtgaatattgtatgcttaagatgaatatgtttatatgattttgttgtttatcctaactctatacatacatttgtatttcctctatattgattata 30613626  T
Q  124 tatctcacactacgtgttgcgggttggatgtctacgcccttgtggtgcagacttgtaggttgatgacgcatatttgccgtgagtttttcaaggatggata 223  Q
    ||||| || ||||||||||| |  |||| | |||||||||||||||| ||||||  ||| ||| |||   |  |||||||||||||||| |||||||  |    
T  30613627 tatcttaccctacgtgttgc-gaatggacgcctacgcccttgtggtgtagactttcaggatgaggacatttgattgccgtgagtttttcgaggatggcca 30613725  T
Q  224 tggtgcctactcgtcttttaccacttactttttgagtcttgtttagtggtgttgtgattaggacggttt-gggatttttatgttattattggattat 319  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| | |||||||  | ||| |||||  |||| |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  30613726 tggagcctactcgtgttttaccactttccttttgagtcttatctagtggttctctgactaggatagtttggggattgttatgttcttattggattat 30613822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 22795451 - 22795401
Alignment:
Q  49 atgaatatgtttatatgatgttgttatttatcctgaatctatacatgtgtt 99  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||    
T  22795451 atgaatatgtatatatgatgttgttgtttatactgaaggtatacatgtgtt 22795401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 41375031 - 41374981
Alignment:
Q  23 atacatgtgaaaattgtat-gcttaagatgaatatgtttatatgatgttgt 72  Q
    ||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41375031 atacatgtgaatatggtattgcttaagatgaatatgtgtatatgatgttgt 41374981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 23 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 11262508 - 11262245
Alignment:
Q  23 atacatgtgaaaattgtatgcttaagatgaatatgtttatatgatgttgttatttatcctgaatctatacatgtgttcatattttctctatgttgattat 122  Q
    ||||||||||| |||  || |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||    
T  11262508 atacatgtgaatattacatacttaagatgaatatgtatatataatgttgttgtttatcctgaagctatacatgcgttcgtatttcgtctatgttgattat 11262409  T
Q  123 atatctcacactacgtgttgcgggttggatgtctacgcccttgtggtgcagacttgtaggttgatgacgcatatttgccgtgagtttttcaaggatggat 222  Q
    ||||||||| |  ||  | |||||||||| | ||| |  |||  | || ||||||| ||||| | || ||||| ||| |||||||||||  ||||||  |    
T  11262408 atatctcacccgccg-atggcgggttggacgcctatgttcttaagatgtagacttgaaggttaaggatgcataattgtcgtgagttttttgaggatgact 11262310  T
Q  223 atggtgcctactcgtcttttaccacttactttttgagtcttgtttagtggtgttgtgattaggac 287  Q
     ||| ||||| |||||||||| | ||| ||||| |||| |||| |||||||| | ||||| ||||    
T  11262309 ttggagcctaatcgtcttttatcgctttcttttggagtattgtatagtggtgctctgattgggac 11262245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 64; Significance: 6e-28; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 228 - 351
Target Start/End: Original strand, 17365451 - 17365573
Alignment:
Q  228 gcctactcgtcttttaccacttactttttgagtcttgtttagtggtgttgtgattaggacggtttgggatttttatgttattattggattattggtggaa 327  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||  | |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  17365451 gcctactcgccttttaccgcttacctttggagtcttgtttagtggttctctgattaggatagtttggggtttttatgttattattggattgttgatggaa 17365550  T
Q  328 cctttgcgttcattttgatgatgt 351  Q
    || ||| |||||||||||||||||    
T  17365551 cc-ttgtgttcattttgatgatgt 17365573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 28 - 151
Target Start/End: Original strand, 17365289 - 17365412
Alignment:
Q  28 tgtgaaaattgtatgcttaagatgaatatgtttatatgatgttgttatttatcctgaatctatacatgtgttcatattttctctatgttgattatatatc 127  Q
    |||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||  |||||| |||| ||| |  || |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  17365289 tgtgaatattgtattcttaagaagaatatgtgtatatgtcgttgttgtttaccctaatactttacatgcgttcctatttcctctatgttgattatatatc 17365388  T
Q  128 tcacactacgtgttgcgggttgga 151  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  17365389 tgacactacgtgttgcgggttgga 17365412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 23 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 22814397 - 22814137
Alignment:
Q  23 atacatgtgaaaattgtatgcttaagatgaatatgtttatatgatgttgttatttatcctgaatctatacatgtgttcatattttctctatgttgattat 122  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |   | ||||| | |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||||  | ||||||  ||    
T  22814397 atacatgtgaatattgtatgcttatgtaaagtatgtatgtatgttgttgttgtttatcctgaagctatacatacattcatattttcatt-tgttga--at 22814301  T
Q  123 atatctcacactacgtgttgcgggttggatgtctacgcccttgtggtgcagacttgtaggttgatgacgcatatttgccgtgagtttttcaaggatggat 222  Q
    || |||||| |||| |||||| |||||||   |||| ||||||||||| ||||||| |||||||  ||  ||| || | ||||||||||| | ||||| |    
T  22814300 atttctcaccctacttgttgcaggttggacacctacacccttgtggtgtagacttgcaggttgagaacatatagttactgtgagtttttcgatgatggtt 22814201  T
Q  223 atggtgcctactcgtcttttaccacttactttttgagtcttgtttagtggtgttgtgattagga 286  Q
     | | |||||||| |  |||||| ||| ||||| ||||||||| || ||||  | |||||||||    
T  22814200 ttagagcctactcattgtttaccgctttcttttggagtcttgtctaatggtactctgattagga 22814137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 180 - 246
Target Start/End: Original strand, 3414128 - 3414194
Alignment:
Q  180 aggttgatgacgcatatttgccgtgagtttttcaaggatggatatggtgcctactcgtcttttacca 246  Q
    ||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||| | |||  ||||||| ||||||||||    
T  3414128 aggttgatgacgcttaattgcagtgagttttccaaggatggctttggatcctactcctcttttacca 3414194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University