View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16611_low_3 (Length: 758)

Name: NF16611_low_3
Description: NF16611
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16611_low_3
NF16611_low_3
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (15-742)||(712513-713240)
chr6 (83-742)||(702266-702925)
chr6 (83-648)||(717568-718133)
chr6 (60-663)||(710512-711114)
chr6 (81-600)||(716513-717029)
chr6 (218-610)||(722384-722779)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (100-546)||(35313394-35313843)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (209-345)||(20353897-20354033)
chr5 (196-333)||(20357809-20357946)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (196-324)||(5278442-5278570)
chr4 (196-324)||(5286423-5286551)
chr4 (209-345)||(5282505-5282641)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (179-345)||(6235378-6235544)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 632; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 632; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 713240 - 712513
Alignment:
Q  15 catagggtaaaataaagaacaaatttaacaataaatttagtgattcaagcacatatcacagcctgcaattctagttgttgtccacccagaattgtttttg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  713240 catagggtaaaataaagaacaaatttaacaataaatttagtgattcaagcacatatcacagcctgcaattctagttgttgtccacccagaattgtttttg 713141  T
Q  115 aagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggattagatccaaatacagcattagcaattgtgatt 214  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  713140 aagattatccactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagaaatttttggattagatccaaatacagcattagcaattgtgatt 713041  T
Q  215 acacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacat 314  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  713040 acaccaggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatacccaacattcaattgaaagtgaatgaggccaattggaaacacaaacacat 712941  T
Q  315 ctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagtgtaccctctaacactataagaatctcagtggc 414  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  712940 ctcctttgttcagtacttttgtaatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatagagagtaccctccaacactataagaatctcagtggc 712841  T
Q  415 tctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagatacctaaagtgtttagtcctagtatatcattaaccgta 514  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  712840 tctagggtgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagatacctaaagtgtttagtcctagtatatcattaactgta 712741  T
Q  515 accggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttctttcactgagaaaaagaaatcatttggtgtagcaagctttggatccttgcagactt 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  712740 accggtgtcacttttgaacccagtggatttgatatgtttccttctttcactgagaaaaaaaaatcatttggtgtagcaagctttggatccttgcaaaatt 712641  T
Q  615 tgccattcacaaaaactgcaaaacaaaatcattagataattaaataatatgttgtacttatatatgtatatatcattgttgtcaaacatgagatcgaacc 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||    
T  712640 tgccattcacaaaaactgcaaaacaaaatcattagataattaaataatatgttctacttatatatgtatatatcaaagttgtcatacatgagatcaaacc 712541  T
Q  715 cgtgaaacttttgtatcatagtttaatt 742  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  712540 cgtgaaacttttgtatcatagtttaatt 712513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 83 - 742
Target Start/End: Original strand, 702266 - 702925
Alignment:
Q  83 ttctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggat 182  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702266 ttctagtagttgtccacccagaattgtttttgaagattgtccactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggat 702365  T
Q  183 tagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaa 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702366 tagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaa 702465  T
Q  283 gtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagt 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702466 gtgaatgagaccaattggaaacacaaacacatctcctttgttcagtacttttgtaatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagt 702565  T
Q  383 gtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagataccta 482  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702566 gtaccctctaacactataagtatctcagtggctctagggtgagtatgtggaggatttagtccccttgatgcgaagtcaatgcgagcaagagagataccta 702665  T
Q  483 aagtgtttagtcctagtatatcattaaccgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttctttcactgagaaaaagaaatcatt 582  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  702666 aagtgtttagtcctagtatatcattaactgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttcttttactgagaaaaagaaatcatt 702765  T
Q  583 tggtgtagcaagctttggatccttgcagactttgccattcacaaaaactgcaaaacaaaatcattagataattaaataatatgttgtacttatatatgta 682  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  702766 tggtgtagcaagctttggatccttgcaaaatttgccattcacaaaaactgcaaaacaaaatcattagataattagataatatgttctgcttatatatgta 702865  T
Q  683 tatatcattgttgtcaaacatgagatcgaacccgtgaaacttttgtatcatagtttaatt 742  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702866 tatatcaatgttgtcaaacatgagatcgaacccgtgaaacttttgtatcatagtttaatt 702925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 83 - 648
Target Start/End: Original strand, 717568 - 718133
Alignment:
Q  83 ttctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggat 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717568 ttctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtccactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggat 717667  T
Q  183 tagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaa 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717668 tagatccaaatacagcattagcaattgtgattacaccaggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaa 717767  T
Q  283 gtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagt 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717768 gtgaatgagaccaattggaaacacaaacacatctcctttgtttagtacttttgttatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagt 717867  T
Q  383 gtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagataccta 482  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717868 gtaccctctaacactataagtatctcagtggctctagggtgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagataccta 717967  T
Q  483 aagtgtttagtcctagtatatcattaaccgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttctttcactgagaaaaagaaatcatt 582  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  717968 aagtgtttagtcctagtatatcattaactgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttcttttactgagaaaaagaaatcatt 718067  T
Q  583 tggtgtagcaagctttggatccttgcagactttgccattcacaaaaactgcaaaacaaaatcatta 648  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  718068 tggtgtagcaagctttggatccttgcagactttgccattcacaaaaactgcaaaacaaattcatta 718133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 516; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 663
Target Start/End: Original strand, 710512 - 711114
Alignment:
Q  60 caagcacatatcacagcctgcaattctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgag 159  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710512 caagtacatatcacgacctgcaattctagttgttgtccacccaaaattgtttttgaagattgtccactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgag 710611  T
Q  160 aacttctgaagagatttttggattagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcattt 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710612 aacttctgaagagatttttggattagatccaaatacagcattagcaattgtgattacaccaggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcattt 710711  T
Q  260 ccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattag 359  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710712 ccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaacacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattag 710811  T
Q  360 aagtaacaaacccgacatatagtgtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtc 459  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  710812 aagtaacaaacccgacatagagagtaccctccaacactataagaatctcagtggctctagggtgagtatgtgggggatttagtccccttgatgcgaagtc 710911  T
Q  460 aatgcgagcaagagagatacctaaagtgtttagtcctagtatatcattaaccgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttct 559  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710912 aatgcgagcaagagagatacctaaagtgtttagtcctagtatatcattaaccgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttct 711011  T
Q  560 ttcactgagaaaaagaaatcatttggtgtagcaagctttggatccttgcagactttgccattcacaaaaactgcaaaacaaaatcattagataattaaat 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||    
T  711012 ttcactgagaaaaagaaatcatttggtgtagcaagctttggattcttacagaatttgccgttcacaaacactgcaaaa-aaaatcatcatataattaaat 711110  T
Q  660 aata 663  Q
    ||||    
T  711111 aata 711114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 81 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 717029 - 716513
Alignment:
Q  81 aattctagttgttgtccacccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttgg 180  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||   |    
T  717029 aattctaattgttgtccaaccagaattgtttctgaagattgtcaactatgttattgtccacttgaagagccttggtgagaagttctgaagaaattt---g 716933  T
Q  181 attagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattgg 280  Q
    |||||| ||||||||  | |||  ||| ||||| || | || ||| |||||| ||||||||| |||  |||| ||||||||||  |||| |||   ||||    
T  716932 attagacccaaatacctccttaataatagtgataactcttgaattatggctgttaagtccagaaatgacaaccgcatttccatcccccatattatgttgg 716833  T
Q  281 aagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacggttttctggattagaagtaacaaacccgacatata 380  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  |    
T  716832 aagtgaataagaccaattggaaacacaaagacatctcctttgttaagaacttttgtaatgagacggttttctgggttagaagtaacaaaaccgacattga 716733  T
Q  381 gtgtaccctctaacactataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagatacc 480  Q
    | |||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||| ||| | | ||| || ||||| ||||||| |||||||||    
T  716732 gagtaccctccaacactataagtatctcagctgctctagggtgagcatgtggaggatttagaccctttggtgcaaaatcaatacgagcaaaagagatacc 716633  T
Q  481 taaagtgtttagtcctagtatatcattaaccgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttctttcactgagaaaaagaaatca 580  Q
     | ||| |||| ||||| ||| ||| |||| ||     |||||||||  ||||| ||| || ||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  716632 aagagtatttaatcctaatatctcactaactgtgggtagtgtcacttgcgaaccaagttgacttgatatgttttcttcttttattgagaaaaagaaatca 716533  T
Q  581 tttggtgtagcaagctttgg 600  Q
    | ||||||| |||| |||||    
T  716532 tctggtgtaacaagttttgg 716513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 218 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 722779 - 722384
Alignment:
Q  218 cctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctc 317  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||| |||   |||    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  722779 cctggattttgactgctaaatccagaaattgcaaccgcatttccatctcctgtattatgctcgaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctc 722680  T
Q  318 ctttgttcagtacttttgtgatgaga---cggttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagtgtaccctctaacactataagaatctcagtggc 414  Q
    ||||||| ||  ||||||| ||| ||   |   ||||| |||||||||||  ||| || ||||  || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  722679 ctttgttgagatcttttgtaatgggagtactactttcttgattagaagtataaaagccaacattgagagtaccatctaacaccataagtatctcagtggc 722580  T
Q  415 tctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagatacctaaagtgtttagtcctagtatatcattaaccgta 514  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||  ||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||| | |||||||| ||||| ||| |||||||| ||     
T  722579 tctagggtgagtgtgtggaggatttatacccttaggtgcaaagtcaatacgagcaagagagacaccaagagtgtttaatcctaatatctcattaactgtg 722480  T
Q  515 accggtgtcacttttgaacccagtggatttgatgtgtttccttctttcactgagaaaaagaaatcatttggtgtagcaagctttggatccttgcag 610  Q
    ||   ||||||||  | ||| | |||| | |||     ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||| |||| |||||||| ||||||    
T  722479 actaatgtcacttgagtaccaactggactcgatacaactccttcttttactgagaaaaagaaatcatctgctgtaacaagttttggatctttgcag 722384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 5e-49; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 100 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 35313843 - 35313394
Alignment:
Q  100 ccagaattgtttttgaagattgtcaactatattattgtcaacttgaaaagctttggtgagaacttctgaagagatttttggattagatccaaatacagca 199  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| | || ||| || || |||||||| |||||||||||||||||  |||| |||  ||| ||||||||||| ||||||    
T  35313843 ccagaattgcttttgaagatagtcgattacatttttatccacttgaaaggctttggtgagaacttccaaagaaattggtggtttagatccaaacacagca 35313744  T
Q  200 ttagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattg 299  Q
    || ||||| || || || || || |||||||| ||||| |||||||| ||||  || |  ||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35313743 tttgcaatggtaatcactccagggttttggctactaagaccagcaatggcaatagcctccccataaccaacgttcaattggaagtgaatgagaccgattg 35313644  T
Q  300 gaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacgg---ttttctggattagaagtaacaaacccgacatatagtgtaccctctaacac 396  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||   || ||| |||| || | |||||| || || || ||||| || || || ||    
T  35313643 gaaacacaaatacatcacctttgttcaatactttggtgaagagacggttattgtcttgatttgaggaaacaaatccaacgtaaagtgtgccttccaaaac 35313544  T
Q  397 tataagaatctcagtggctctaggatgagtatgtggaggatttagtcccctagatgcgaagtcaatgcgagcaagagagatacctaaagtgtttagtcct 496  Q
    || ||||||||| ||| |||| || || || || ||||||||||| ||  | | ||| || || | |||||| | ||| ||||| |  ||||| ||||||    
T  35313543 tacaagaatctcggtgcctcttgggtgggtgtgaggaggatttagaccttttggtgcaaaatcgacgcgagccaaagatataccaagtgtgttgagtcct 35313444  T
Q  497 agtatatcattaaccgtaaccggtgtcacttttgaacccagtggatttga 546  Q
    | ||| ||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||    
T  35313443 aatatttcattaaccgtcactggagtcacttttgatccgagtggatttga 35313394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 209 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 20354033 - 20353897
Alignment:
Q  209 gtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaa 308  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||| |||||||    
T  20354033 gtgattactcctggattttgactgctaagtccagcaatagcaacagcgttgccatatcccacattcagttgaaaatgaataagaccaattgggaacacaa 20353934  T
Q  309 aaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacg 345  Q
    | ||||| || ||||| || ||||| |||| ||||||    
T  20353933 acacatcacccttgttgagcactttggtgaagagacg 20353897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 196 - 333
Target Start/End: Original strand, 20357809 - 20357946
Alignment:
Q  196 agcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagacca 295  Q
    |||||| ||||  ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||    
T  20357809 agcatttgcaacggtgataactcctggattttgactgctaagtccagcaatagcaacggcattgccatatcccacattcagttgaaaatgaataagacca 20357908  T
Q  296 attggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttt 333  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||| || |||||    
T  20357909 attgggaacacaaacacatcacccttgttgagcacttt 20357946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 61; Significance: 9e-26; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 196 - 324
Target Start/End: Original strand, 5278442 - 5278570
Alignment:
Q  196 agcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagacca 295  Q
    |||||| ||||  ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||    
T  5278442 agcatttgcaacagtgataactcctggattttgactgctaagtccagcaatagcaacagcgttgccatatcccacattcagttgaaaatgaataagacca 5278541  T
Q  296 attggaaacacaaaaacatctcctttgtt 324  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||||    
T  5278542 attgggaacacaaacacatcacccttgtt 5278570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 196 - 324
Target Start/End: Original strand, 5286423 - 5286551
Alignment:
Q  196 agcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagacca 295  Q
    |||||| ||||  ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||    
T  5286423 agcatttgcaacagtgataactcctggattttgactgctaagtccagcaatagcaacggcgttgccatatcccacattcagttgaaaatgaataagacca 5286522  T
Q  296 attggaaacacaaaaacatctcctttgtt 324  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||||    
T  5286523 attgggaacacaaacacatcacccttgtt 5286551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 209 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 5282641 - 5282505
Alignment:
Q  209 gtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaattggaagtgaatgagaccaattggaaacacaa 308  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||  || || ||||| |||||||| || |||||||    
T  5282641 gtgataactcctgggttttgactgctaagtccagcaatagcaacagcgttgccatatcccacattcagctgaaaatgaataagaccaatcgggaacacaa 5282542  T
Q  309 aaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacg 345  Q
    | ||||| || ||||| || ||||| |||| ||||||    
T  5282541 acacatcacccttgttgagcactttggtgaagagacg 5282505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 179 - 345
Target Start/End: Original strand, 6235378 - 6235544
Alignment:
Q  179 ggattagatccaaatacagcattagcaattgtgattacacctggattttggctgctaagtccagcaatagcaactgcatttccatatcccacattcaatt 278  Q
    |||||||||  ||| | |||||| ||||  ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| | ||    
T  6235378 ggattagatttaaacaaagcatttgcaacggtgataactcctgggttttgactgctaagtccagcaatagcaacagcgttgccatatcccacatttagtt 6235477  T
Q  279 ggaagtgaatgagaccaattggaaacacaaaaacatctcctttgttcagtacttttgtgatgagacg 345  Q
    | || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||| ||||||    
T  6235478 gaaaatgaataagaccaattgggaacacaaacacatcacccttgtttagcactttggtgaagagacg 6235544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University