View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16622_low_19 (Length: 273)

Name: NF16622_low_19
Description: NF16622
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16622_low_19
NF16622_low_19
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (17-273)||(8590129-8590385)
chr3 (17-273)||(8455054-8455310)
chr3 (21-273)||(6736394-6736646)
chr3 (21-273)||(6553811-6554063)
chr3 (17-273)||(6947669-6947925)
chr3 (17-273)||(6479355-6479611)
chr3 (17-273)||(6519535-6519791)
chr3 (17-246)||(5250569-5250798)
chr3 (31-235)||(5299145-5299349)
chr3 (17-142)||(6448286-6448411)
chr3 (17-157)||(4388426-4388566)
chr3 (17-84)||(7750427-7750494)
chr3 (17-235)||(8568359-8568577)
chr3 (17-118)||(5281084-5281185)
[»] scaffold0425 (1 HSPs)
scaffold0425 (21-273)||(6850-7102)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (88-144)||(6572800-6572856)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 201; Significance: 1e-110; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 17 - 273
Target Start/End: Original strand, 8590129 - 8590385
Alignment:
17 atcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatc 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
8590129 atcaaaagattcagaaacatagacccatgctttaagctcaaaatgctcttctatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatc 8590228  T
117 cctcctaaaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccat 216  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||    
8590229 cctcctaaaccgactatgctgattattggaacgcggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaacttgattagttttttcttatcaacatctctaccat 8590328  T
217 atatgctcgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaac 273  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
8590329 atatgctcgactcatccacaagagctgtagatgacaacctttttgaaggtttccaac 8590385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 17 - 273
Target Start/End: Original strand, 8455054 - 8455310
Alignment:
17 atcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatc 116  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||    
8455054 atcaaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgctcctttatcttgttgtcattgtacacaagcttagcaagggtggttttacccatc 8455153  T
117 cctcctaaaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccat 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||    
8455154 cctcctaaaccgactatgctgattattggaacctggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaacttgattaatttttccttatcaacatctcgaccat 8455253  T
217 atatgctcgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaac 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
8455254 atatgctcgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttttgaaggtttccaac 8455310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 273
Target Start/End: Original strand, 6736394 - 6736646
Alignment:
21 aaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctc 120  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
6736394 aaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctc 6736493  T
121 ctaaaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatat 220  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
6736494 ctaaacccactatgctaattattggaacctggttgccactgtcattgcctgtaagtaaaaacttgattagtttttccttatcatcatctctaccatatat 6736593  T
221 gctcgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaac 273  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
6736594 gcttgactcatccaggagagctgtagatgacaacctttttgaaggtttccaac 6736646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 21 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 6554063 - 6553811
Alignment:
21 aaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctc 120  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
6554063 aaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctc 6553964  T
121 ctaaaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatat 220  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
6553963 ctaaacccactatgctgattattggaacccggttgccaccgtcattgccttcaagtaaaaacttgattaatttttccttatcaacatccctaccatatat 6553864  T
221 gctcgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaac 273  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
6553863 gcttgactcatccacgagagctgtagacgacaacctttttgaaggtttccaac 6553811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 273
Target Start/End: Original strand, 6947669 - 6947925
Alignment:
17 atcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatc 116  Q
    ||||||||||||  |||| |||||||||| |||||| |||||||| || | |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
6947669 atcaaaagattctgaaacgtagacccatgttttaaggtcaaaatgctcctctatcttgttgtcattgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatc 6947768  T
117 cctcctaaaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccat 216  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  || || |||||| ||||||||||||    
6947769 cctcctaaacccactatgctgattattggaacctggttgccactgtcattgcctgcaagtaaaaacttgattaacttgtccttatcatcatctctaccat 6947868  T
217 atatgctcgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaac 273  Q
    ||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
6947869 atatggttgactcatccatgagagctgtagatgacaatctttttgaaggtttccaac 6947925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 6479611 - 6479355
Alignment:
17 atcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatc 116  Q
    |||| |||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
6479611 atcataagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgttcctctatcttgttgttgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatc 6479512  T
117 cctcctaaaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccat 216  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||| || || |||| ||| || ||||||||||| ||||    
6479511 cctcctaaaccaactatgctgattatcggaacctgggttccactgtcattgcctgcaagtaaaaatttgataagttcttccttgtcaacatctctgccat 6479412  T
217 atatgctcgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaac 273  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||    
6479411 atatgctggactcatccacgagagccgtagatgacaatctttttgaaggtttccaac 6479355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 6519791 - 6519535
Alignment:
17 atcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatc 116  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||| || ||||||| ||||   || | | ||||||||||||||| |||||     
6519791 atcaaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttgtcatgttgtcattgtagacatgttgagcaagggtggttttacccatt 6519692  T
117 cctcctaaaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccat 216  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||   |||| ||||||||||||  || | ||||||||| |||| |||||||||||||     
6519691 cctcctaaacccactatgctgattattggaacctggttaccactggtattgtctgcaagtaaaagtttcactagtttttccttatgaacatctctaccac 6519592  T
217 atatgctcgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaac 273  Q
    ||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | || ||||||||||||||    
6519591 ataagcttgactcatccacaagagatgtagatgacaatcgttttgaaggtttccaac 6519535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 246
Target Start/End: Original strand, 5250569 - 5250798
Alignment:
17 atcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatc 116  Q
    |||||||| |||  ||||||||||||| |||||||| |||||||| || |  ||| ||| |||||||| |||||||| |||||| ||||| || |||||     
5250569 atcaaaagtttctgaaacatagacccaagctttaagttcaaaatgctcctgcatcctgtggtcgttgtacgcaagctgagcaagagtggtcttacccatt 5250668  T
117 cctcctaaaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccat 216  Q
    || || | ||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||| |   || | |  |||||||| |  ||||  |  || || ||| ||||||||||||    
5250669 ccaccgagacccactatgctgattattggtacatgattgccactgtttatgtcagacagtaaaaaatcaattaactcctccttgtcaccatctctaccat 5250768  T
217 atatgctcgactcatccacgagagctgtag 246  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||||||    
5250769 atatgctcgattcatccaccaaagctgtag 5250798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 235
Target Start/End: Original strand, 5299145 - 5299349
Alignment:
31 aaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaaccgac 130  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||| || |  | |||| ||||||  |||| | |||| | ||||||||||||||| ||||| || |||| ||| ||    
5299145 aaacatagacccaggcttttagttcaaactgtttctgtatcatgttgttattgtacacaagttgagcaagggtggtttttcccattccacctagacccac 5299244  T
131 tacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatatgctcgactca 230  Q
    || |||||||||||| ||| ||| ||||  |||  || | | ||||||||| ||  ||| ||  ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||    
5299245 tatgctgattattggtacacggtcgccagcatctatgtcggaaagtaaaaatttggttacttcctctttgtcaccatctctgccatatatgctcgattca 5299344  T
231 tccac 235  Q
    |||||    
5299345 tccac 5299349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 6448411 - 6448286
Alignment:
17 atcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatc 116  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||| | |||||| |||||||| || |||||| ||||||  |||| | ||||||||||||  ||||| || ||||||    
6448411 atcaaaatattctgaaacatagacccaagatttaagttcaaaatgctcctttatcatgttgtgattgtacacaagcttagcaaaagtggtcttacccatc 6448312  T
117 cctcctaaaccgactacgctgattat 142  Q
    || || | ||| |||| |||||||||    
6448311 ccacccagacccactatgctgattat 6448286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 4388566 - 4388426
Alignment:
17 atcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatc 116  Q
    |||||||| |||  |||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| ||  ||| |||| | |||||| |||||| ||||| || |||||     
4388566 atcaaaagtttctgaaacgtagacccaagctttaagttcaaaatgctctttcatcctgcggtcattgtacacaagctgagcaagagtggtcttacccatt 4388467  T
117 cctcctaaaccgactacgctgattattggaacatggttgcc 157  Q
    || || | ||| |||| |||||||||||| || ||||||||    
4388466 ccaccgagacccactatgctgattattggtacttggttgcc 4388426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 84
Target Start/End: Original strand, 7750427 - 7750494
Alignment:
17 atcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgt 84  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||| || || | |||||||| ||||||||    
7750427 atcaaaagattctgaaacatagacccaagctttaagttcaaattgctcatgtatcttgtggtcgttgt 7750494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 8568577 - 8568359
Alignment:
17 atcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatc 116  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||| |||||||| ||||| || |  | |||||||| ||| ||||   ||||   |||||||||||| || ||||||    
8568577 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctatcttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagggtggtcttacccatc 8568478  T
117 cctcctaaaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccat 216  Q
    || |||| ||| || |  || ||||     ||||||||||||| ||||||| ||  ||| ||| | || |||| ||| | ||||||| ||||||||||||    
8568477 ccacctagacccacaatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttatttttatcatcatctctaccat 8568378  T
217 atatgctcgactcatccac 235  Q
    ||||||  || ||||||||    
8568377 atatgcaagattcatccac 8568359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 17 - 118
Target Start/End: Original strand, 5281084 - 5281185
Alignment:
17 atcaaaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatc 116  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||| |||||| | |||||||| ||||| ||  | | |||||| | | |||||| |||||||||||| || ||||||    
5281084 atcaaaaaattctgaaacatagacccaagctttatgttcaaaatgctctttaattctatcgtcgttatacacaagctcagcaagggtggtcttacccatc 5281183  T
117 cc 118  Q
    ||    
5281184 cc 5281185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 1)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 21 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 7102 - 6850
Alignment:
21 aaagattcaaaaacatagacccatgctttaagatcaaaatgatcttttatcttgttgtcgttgtgcgcaagcttagcaagggtggttttccccatccctc 120  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
7102 aaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtctttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctc 7003  T
121 ctaaaccgactacgctgattattggaacatggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaactttattagtttttctttatcaacatctctaccatatat 220  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
7002 ctaaacccactatgctgattattggaacctggttgccactgtcattgccttcaagtaaaaacttgattattttttccttatcaacatccctaccatatat 6903  T
221 gctcgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttgtgaaggtttccaac 273  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
6902 gcttgactcatccacgagagctgtagatgacaacctttttgaaggtttccaac 6850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 6572856 - 6572800
Alignment:
88 caagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaaccgactacgctgattattg 144  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||    
6572856 caagctgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattattg 6572800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University