View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16624_low_4 (Length: 509)

Name: NF16624_low_4
Description: NF16624
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16624_low_4
NF16624_low_4
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (14-494)||(42002274-42002754)
chr2 (16-494)||(91239-91722)
chr2 (16-494)||(36212-36695)
chr2 (107-468)||(29908675-29909038)
chr2 (297-470)||(41707590-41707764)
chr2 (22-163)||(25620193-25620332)
chr2 (110-347)||(40098575-40098813)
chr2 (195-347)||(4415780-4415932)
chr2 (111-347)||(14000795-14001032)
chr2 (190-283)||(39282215-39282308)
chr2 (313-384)||(39282132-39282203)
chr2 (190-283)||(15806742-15806835)
chr2 (190-371)||(40151284-40151465)
chr2 (195-236)||(62525-62566)
chr2 (195-238)||(4046827-4046870)
chr2 (313-384)||(15806847-15806918)
chr2 (190-262)||(860612-860685)
chr2 (190-246)||(32607810-32607866)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (22-494)||(44557417-44557888)
chr4 (16-494)||(27625527-27626004)
chr4 (16-494)||(10767010-10767490)
chr4 (16-494)||(10371606-10372089)
chr4 (16-491)||(2349495-2349974)
chr4 (16-426)||(35996702-35997115)
chr4 (106-347)||(9590778-9591023)
chr4 (152-344)||(50132406-50132599)
chr4 (199-347)||(27383053-27383201)
chr4 (371-470)||(44793726-44793826)
chr4 (16-98)||(39294301-39294383)
chr4 (190-283)||(37478524-37478617)
chr4 (22-115)||(51041551-51041644)
chr4 (132-347)||(44973401-44973617)
chr4 (313-384)||(37478629-37478700)
chr4 (22-95)||(44973670-44973743)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (16-494)||(1846286-1846765)
chr3 (16-494)||(31886336-31886816)
chr3 (16-494)||(45256303-45256787)
chr3 (16-470)||(33851762-33852219)
chr3 (14-288)||(2976727-2977006)
chr3 (16-238)||(18429558-18429781)
chr3 (62-373)||(7589703-7590024)
chr3 (111-398)||(5126693-5126978)
chr3 (111-398)||(5133948-5134233)
chr3 (106-347)||(54093493-54093729)
chr3 (111-388)||(41624615-41624893)
chr3 (151-276)||(17260316-17260446)
chr3 (195-256)||(22219655-22219716)
chr3 (441-494)||(18429785-18429838)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (16-494)||(32823099-32823576)
chr8 (16-470)||(33749274-33749733)
chr8 (19-494)||(31822161-31822641)
chr8 (16-494)||(1321103-1321590)
chr8 (16-262)||(38882207-38882456)
chr8 (122-451)||(10268699-10269033)
chr8 (122-451)||(11032001-11032335)
chr8 (26-142)||(33159484-33159599)
chr8 (16-129)||(461995-462108)
chr8 (62-182)||(38884382-38884503)
chr8 (19-141)||(24527630-24527753)
chr8 (193-345)||(15143582-15143734)
chr8 (195-287)||(17808037-17808129)
chr8 (213-347)||(37802962-37803096)
chr8 (201-246)||(41042134-41042179)
chr8 (45-140)||(9186052-9186148)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (14-494)||(6575903-6576383)
chr1 (34-494)||(35478898-35479358)
chr1 (118-494)||(33682311-33682687)
chr1 (16-494)||(47264676-47265156)
chr1 (16-470)||(46637696-46638155)
chr1 (17-470)||(31802407-31802865)
chr1 (16-470)||(42135066-42135522)
chr1 (22-238)||(45379896-45380113)
chr1 (16-121)||(33680054-33680159)
chr1 (16-170)||(44158412-44158568)
chr1 (106-347)||(23172468-23172710)
chr1 (111-398)||(43869560-43869845)
chr1 (371-470)||(27951699-27951799)
chr1 (212-384)||(51545594-51545766)
chr1 (111-246)||(42559354-42559489)
chr1 (441-494)||(45380117-45380170)
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (16-494)||(46811517-46811995)
chr7 (16-494)||(36755685-36756158)
chr7 (16-494)||(36761482-36761955)
chr7 (16-494)||(46995593-46996077)
chr7 (16-470)||(3690964-3691423)
chr7 (22-494)||(47340778-47341255)
chr7 (297-470)||(8422173-8422347)
chr7 (297-470)||(35343182-35343356)
chr7 (75-422)||(48456768-48457121)
chr7 (111-398)||(6057723-6058008)
chr7 (22-148)||(33038308-33038433)
chr7 (111-347)||(25972236-25972473)
chr7 (152-338)||(17199920-17200105)
chr7 (16-102)||(2167890-2167976)
chr7 (190-388)||(23965357-23965555)
chr7 (22-102)||(38613881-38613961)
chr7 (111-256)||(13035205-13035352)
chr7 (111-238)||(7402414-7402543)
chr7 (194-388)||(31914341-31914535)
chr7 (22-85)||(23954432-23954495)
chr7 (16-102)||(11683271-11683357)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (16-494)||(30640282-30640745)
chr6 (16-494)||(4645264-4645750)
chr6 (16-494)||(29113831-29114314)
chr6 (297-470)||(2969177-2969349)
chr6 (45-161)||(31209851-31209968)
chr6 (190-468)||(31209564-31209842)
chr6 (190-283)||(11164715-11164808)
chr6 (195-388)||(25170874-25171066)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (16-470)||(18727494-18727952)
chr5 (17-494)||(32088610-32089093)
chr5 (29-468)||(35399432-35399866)
chr5 (111-460)||(15457884-15458237)
chr5 (77-256)||(24497338-24497523)
chr5 (111-238)||(27076334-27076463)
chr5 (190-238)||(19997660-19997709)
[»] scaffold0092 (2 HSPs)
scaffold0092 (190-256)||(35223-35289)
scaffold0092 (313-347)||(35328-35362)
[»] scaffold0204 (1 HSPs)
scaffold0204 (190-262)||(28943-29016)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 42002754 - 42002274
Alignment:
Q  14 aatcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  42002754 aatcataggtcataagtcataaatatgagacattacatatgcaaaagaaaccgaactgtggggcattaacaagtcacgagtcttaaaaaaagataagcaa 42002655  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42002654 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagtttcacttctttgaaaatccg 42002555  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttg 313  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42002554 ggggttggtataaacttcatgaattgaggttgattcgaaccgggtggaccataggttggatatggaactctaattatggaaggaggagttggatgagttg 42002455  T
Q  314 gtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaatt 413  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42002454 gtgcaggatccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaactggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccctgaaattgcaaatt 42002355  T
Q  414 caatcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42002354 caatcaaattagtccttagactatgacataatcaattatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 42002274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Original strand, 91239 - 91722
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||    ||  |||||||    
T  91239 tcataggtcataagtcataagtctgagatattacataggcaaagcaaccc-aactatgaggcattaacaagtcataagtcttaaacggcaatttaagcaa 91337  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||  | ||||| ||||||||||| |||||||    
T  91338 aaagaaacccaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaactctaggaagcatcacttctttggaaatccg 91436  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgag 310  Q
        ||||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||    ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || |||||||| |||||    
T  91437 ataattggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaactaaatggaccataggttggatatggaaccctaattatgccagcaggagttggatgag 91536  T
Q  311 ttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaa 410  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||  | | |||||||||||    
T  91537 ctggtgcaggacccctcattggtgtttgcctaggcctatcaactgaaagaattggtcctctagggccatacctccttggtgcagaaacctgaaattgcaa 91636  T
Q  411 attcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat-taaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    |||||||||||||||| | |||| | || |||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||| |||| ||||||||    
T  91637 attcaatcaaattagtccctaaaatcataacataatcaatcatatgagtccttcaattaatattactaattgccaaaacgatcctt 91722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Original strand, 36212 - 36695
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||    ||  |||||||    
T  36212 tcataggtcataagtcataagtctgagatattacataggcaaagcaaccc-aactatgaggcattaacaagtcataagtcttaaacggcaatttaagcaa 36310  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||  | |||||  |||||||||||||||| |    
T  36311 aaagaaacccaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaactctaggaagcaccacttctttgaaaatctg 36409  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgag 310  Q
        ||||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||  | ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || |||||||| |||||    
T  36410 ataattggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaactagatggaccataggttggatatggaaccctaattatgccagcaggagttggatgag 36509  T
Q  311 ttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaa 410  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||| | |||| |||||||||||||  | | |||||||||||    
T  36510 ctggtgcaggacccctcattggtgtttgcctaggcctatcaactgaaagaattggtcctctagggccatgcctccttggtgcagaaacctgaaattgcaa 36609  T
Q  411 attcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat-taaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    |||||||||||||||| | |||| | || |||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||| |||| ||||||||    
T  36610 attcaatcaaattagtccctaaaatcataacataatcaatcatatgagtccttcaattaatattactaattgccaaaacgatcctt 36695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 107 - 468
Target Start/End: Original strand, 29908675 - 29909038
Alignment:
Q  107 taagcaaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttga 206  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||| |||||||||||     
T  29908675 taagcaaaaaaaaacccaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaactccatgaagcatcacttctttgg 29908773  T
Q  207 aaatccgggggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagtt 303  Q
    |||| ||   |||||||||||||||| ||||| ||   ||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || | |||||    
T  29908774 aaattcgaaagttggtataaactccacgaatttagtaggttgaatcgaaccggatggaccataggttggatatggaaccctaattatgccagcatgagtt 29908873  T
Q  304 gaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaa 403  Q
    | ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||  |   ||||    
T  29908874 ggatgagctggtgcaggaaccctcattggtgtttgcttaagcctatcagct-aaagaactggtcctgtaaagccatacctccttggtgcagaaaactgaa 29908972  T
Q  404 attgcaaattcaatcaaattagt-tcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaatta 468  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||  || |||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  29908973 attgcaaattcaatcaaattagtctcaaaaatcataacataatcaatcatatcagtcattcaatta 29909038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 297 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 41707764 - 41707590
Alignment:
Q  297 aggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaaca 396  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41707764 aggagttggatgagctggtgcaggacccctcattggtgtattcttaggcttatcagctgaaggaatcggtcctctaaggccatacctccttggtgcaaca 41707665  T
Q  397 ccttgaaattgcaaattcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat 470  Q
    |  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | |||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  41707664 ctctgaaatttcaaattcaatcaaattagtccataaaatcatgacagaatcaatcttatcagtcattcaattaat 41707590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 22 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 25620332 - 25620193
Alignment:
Q  22 gtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaaggaaac 121  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25620332 gtcataagtcataagttttagaaattacataggcaaaa-aaacccaactatggggcattaacaagtcacaagtcttaaataaagataagcaaaaagaaac 25620234  T
Q  122 ccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaa 163  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25620233 ccaactatg-ggcataattcaaataagcctacatattacaaa 25620193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 110 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 40098813 - 40098575
Alignment:
Q  110 gcaaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaactt-catgaagcttcacttctttgaaa 208  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||| ||| ||| ||||||||||||  |||||||||| | ||||||| | ||| || | ||||||||||| ||    
T  40098813 gcaaaaagaaacccaactagggggcataatttaaacaagtctaaatattacatttccaaaagcacaatttaaacatacatcaaacatcacttctttggaa 40098714  T
Q  209 atccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatg 308  Q
    ||| | |||| || ||||||||||||| || | |||||||| |||||| ||||| ||| |||| |||||  |||| ||| |||  ||||| ||||| | |    
T  40098713 atctgagggtcgggataaactccatgagtttatgttgattcaaaccggatggaccataagttggatatgacactcaaataatgtcaggagcagttggaag 40098614  T
Q  309 agttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 347  Q
     | ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  40098613 tgctggtgcaagacccctcactggtgtttacttaggcct 40098575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 195 - 347
Target Start/End: Original strand, 4415780 - 4415932
Alignment:
Q  195 tcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaa 294  Q
    ||||||||||| ||||| |  |||||| |||| ||||||||| | || |||  | ||||| | ||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||  |    
T  4415780 tcacttctttggaaatctgaaggttgggataatctccatgaacttagattgggttgaacctgatggaccataagttgaatatggaacactaataatgcca 4415879  T
Q  295 ggaggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 347  Q
     ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||    
T  4415880 agagcagttggatgagttggtgcaggacccctcactagtgttttcttaggcct 4415932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 14001032 - 14000795
Alignment:
Q  111 caaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaa-cttcatgaagcttcacttctttgaaaa 209  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||| ||| ||| | ||||||||||  |||||||||||| ||||||  | ||| |||  |||||||||||   |    
T  14001032 caaaaagaaacccaactagggggcataatttaaacaagtcgaaatattacagttccaaaagcataatttaaatatgcatcaagtatcacttctttgggga 14000933  T
Q  210 tccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatga 309  Q
     || || ||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||| ||| ||||| |||  ||| |||||| |||||||| | |  | ||| ||||   ||     
T  14000932 gccaggagttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaatcggatggaccataatttggatatggtactctaataacgccatgagcagttaggtgt 14000833  T
Q  310 gttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 347  Q
    | | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14000832 gctagtgcaagacccctcattggtgtttgtttaggcct 14000795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 39282308 - 39282215
Alignment:
Q  190 aagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactc 283  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| ||||| |||  ||| |||||| ||||    
T  39282308 aagcttcacttctttggaaagccgggggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactc 39282215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 313 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 39282203 - 39282132
Alignment:
Q  313 ggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctc 384  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||| ||| || ||||||| ||||||||||    
T  39282203 ggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaataccatacctc 39282132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 283
Target Start/End: Original strand, 15806742 - 15806835
Alignment:
Q  190 aagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactc 283  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||   ||||||| | ||||||| ||||| |||  ||| |||||| ||||    
T  15806742 aagcttcacttctttggaaagccgggggttgggataaactccatgaacataggttgacttgaaccggatggaccataacttggatatggcactc 15806835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 371
Target Start/End: Original strand, 40151284 - 40151465
Alignment:
Q  190 aagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaatta 289  Q
    |||| ||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||   ||| | |||    | |||||  |||||||| |    
T  40151284 aagcatcacttctttggaaatcctggtgttgggataaactccatgaattgaggttgagtagaaccatatggcccataaccaggatatgatactctaataa 40151383  T
Q  290 tggaaggaggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctct 371  Q
        ||||| ||||| ||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||| | | ||||||||    
T  40151384 gtccaggagcagttggatgtgctggagcaggacccctcattagtgtttgcttagacctctcagttgaaatatcaggtcctct 40151465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 195 - 236
Target Start/End: Original strand, 62525 - 62566
Alignment:
Q  195 tcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaa 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  62525 tcacttctttgaaaatccgggggttgtgataaactccatgaa 62566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 195 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4046870 - 4046827
Alignment:
Q  195 tcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaatt 238  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  4046870 tcacttctttggaaatcctggggttgggataaactccatgaatt 4046827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 313 - 384
Target Start/End: Original strand, 15806847 - 15806918
Alignment:
Q  313 ggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctc 384  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||  ||||| ||| || |||||||  |||||||||    
T  15806847 ggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggtctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacctc 15806918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 190 - 262
Target Start/End: Original strand, 860612 - 860685
Alignment:
Q  190 aagcttcacttctttgaaaatccggggg-ttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggac 262  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||| |||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| |||||    
T  860612 aagcttcacttctttggaaagtcgggggattgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggac 860685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 190 - 246
Target Start/End: Original strand, 32607810 - 32607866
Alignment:
Q  190 aagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttga 246  Q
    |||||||||||||||| ||| | || |||||| |||||||||||||| | |||||||    
T  32607810 aagcttcacttctttggaaagctggaggttgggataaactccatgaacttaggttga 32607866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 494
Target Start/End: Original strand, 44557417 - 44557888
Alignment:
Q  22 gtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaaggaaac 121  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||     
T  44557417 gtcataggtcataagtctgagacattacatatgcaaaagaaacccaactatgagacattaacaagtcatgagtcttaaataaaaataagtaaaaggaaat 44557516  T
Q  122 ccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccgggggttgg 221  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  44557517 ccaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaatcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttggaaatccgggggttg- 44557615  T
Q  222 tataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggtgcagga 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||  | ||||| ||    
T  44557616 tataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggaccataggttggatatggaactctaattatgccaggaggagttggatgacctagtgcatga 44557715  T
Q  322 cccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattcaatcaaa 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44557716 cccctcattggtgtttgcttaggcctatcagttgaaaaaatcggtcttctaaggccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattcaatcaaa 44557815  T
Q  422 ttagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44557816 ttagtccctagactatgacataatcaatcatataaatccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 44557888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 27626004 - 27625527
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaa 115  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27626004 tcataggtcgtaagtcatacgtttgagacattacatatgcaaaagaaacccaattatgagacattaacaagtcatgagtcttaaataaaaataagcaaaa 27625905  T
Q  116 ggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccggg 215  Q
    ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  27625904 ggaaatctaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaatcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttggaaatccgga 27625805  T
Q  216 ggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggt 315  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||  ||||    
T  27625804 ggttg-tataaactccatgaattgaggttgattcgaatcggg-ggaccataggttgaatatggaactctaattatgccaggaggagttggatgacctggt 27625707  T
Q  316 gcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaac-cggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattc 414  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |  || |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27625706 acaggacccctcattggtgtttgcttaggcctattagctgaaaaaaatcattcttctaaggccatacctccttggtgcaacaccctgaaattgcaaattc 27625607  T
Q  415 aatcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27625606 aatcaaattagtccttagactatgacataatcaatcatataagtctttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 27625527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 10767490 - 10767010
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaa 113  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||  |||| || | || |||||||||||||||| || |||||||   ||| |||||||    
T  10767490 tcataggtaataagtcataattctgagaaattacataagcaaaagcaacccaattttggggcattaacaagtcataagacttaaatggcaagttaagcaa 10767391  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||    
T  10767390 aaaaaaacccaactatggggcataattcaaataagcctacatattacaaatccaaaa-catctattaaacttcaggaagcatcacttcttgggaaatccg 10767292  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttg 313  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||  || |||||||| ||||| ||    
T  10767291 ggagttggtataaactccatgaattgaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatgccagcaggagttggatgagctg 10767192  T
Q  314 gtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaatt 413  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||    
T  10767191 gtgcaggacccctcattggtgtattctttggcctattagctgaaggaaccggtcctctaaggccatacctccttggtgcaagactctgaaatttcaattt 10767092  T
Q  414 caatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||||||| | |||| | || ||| |||||||||||| |||||||||||||||  | |||||| |||| ||||||||    
T  10767091 caatcaaattagtccctaaaatcataacagaatcaatcatatcagtccttcaattaatatactaattgccaaaacgatcctt 10767010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Original strand, 10371606 - 10372089
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaa 113  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||  |||| || | || |||||||||||||||| || |||||||   ||| |||||||    
T  10371606 tcataggtaataagtcataattctgagaaattacataagcaaaagcaacccaattttggggcattaacaagtcataagacttaaatggcaagttaagcaa 10371705  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||| |||||| || | |||||||    
T  10371706 aaagaaacccaactatggggcataatttaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaacttcaggaagcatcacttgttgggaaatccg 10371804  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattga---ggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgag 310  Q
    || |||||||||||||||||||||| |   |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||  || |||||||| |||||    
T  10371805 ggagttggtataaactccatgaatttaataggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatgccagcaggagttggatgag 10371904  T
Q  311 ttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaa 410  Q
     |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||    
T  10371905 ctggtgcaggacccctcattggtgtattcttaggcctatcagctgaaggaaccggtcctctaaggccatatctccttggtgcaacactctgaaatttcaa 10372004  T
Q  411 attcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
     ||||||||||||||| | |||| | || ||| |||||||||||| ||||||| |||||||  | |||||| |||| ||||||||    
T  10372005 tttcaatcaaattagtccctaaaatcataacagaatcaatcatatcagtcctttaattaatatactaattgccaaaacgatcctt 10372089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 16 - 491
Target Start/End: Original strand, 2349495 - 2349974
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataa--agataagcaa 113  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| || | |  ||||||||||||| || |||||||||  |  || |||| ||    
T  2349495 tcataggtaataagtcataagtctgagaaattacataagcaaaagcaacccaattttagggcattaacaagtaataagtcttaaacgacaagttaagaaa 2349594  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||    
T  2349595 aaagaaacccaactatgaggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaacttcaggaagtatcacttctttggaaatccg 2349693  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgag 310  Q
     | |||||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||  || |||||||| |||||    
T  2349694 agagttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatgccagcaggagttggatgag 2349793  T
Q  311 ttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaa 410  Q
     |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  2349794 ctggtgcaggaccgctcattggtgtattcttaggcctatcagctgaaggaaccggtcct-taaggccatacctcctcggtgcaacactctgaaattgcaa 2349892  T
Q  411 attcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatc 491  Q
    |||||||||||||||| | |||| | || |||||||||||||||| |||| ||||||||||  | |||||| |||| |||||    
T  2349893 attcaatcaaattagtccctaaaatcataacataatcaatcatatcagtctttcaattaatatactaattgccaaaacgatc 2349974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 16 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 35997115 - 35996702
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataa--agataagcaa 113  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||| |||||||| ||||||  |||| || | || |||||||||||||||| |||||||||  |  || |||||||    
T  35997115 tcataggtaataagtcataagtcagagaaattacataagcaaaagcaacccaatt-tggggcattaacaagtcataagtcttaaacgacaagttaagcaa 35997017  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||| || ||| | ||||||||||| |||||||    
T  35997016 aaagaaacccaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaattcaaaa-catctattaaactccaagaaacatcacttctttggaaatccg 35996918  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgag 310  Q
    || ||||||||||||||||| |||| ||   ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||  |  ||| |||| |||||    
T  35996917 ggagttggtataaactccataaatttagtaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatgccaacaggtgttggatgag 35996818  T
Q  311 ttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaa 410  Q
     ||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||    
T  35996817 ctggtgtaggagccctcgttggtgtatgcttaggcctatcagctgaaggaaccgatcctctaaagccatacctccttggtgcaacactctgaaattgaaa 35996718  T
Q  411 attcaatcaaattagt 426  Q
    ||||||||||||||||    
T  35996717 attcaatcaaattagt 35996702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 106 - 347
Target Start/End: Original strand, 9590778 - 9591023
Alignment:
Q  106 ataagcaaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaac-----ttcatgaagcttcactt 200  Q
    ||||||||||| || ||||||||||  || ||||||||| ||| || |||||||||  | |||||||||||||||||      ||||| |||| ||||||    
T  9590778 ataagcaaaagcaa-cccaactatgaagcctaattcaaacaagtctgaatattacattttcaaaagcatattttaaatacgttttcatcaagcatcactt 9590876  T
Q  201 ctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggagga 300  Q
    ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||| |||  ||| |||||| ||| ||||   |  ||||| |    
T  9590877 ctttggaaatctgggggttgggataaactccatgaatttagattgagtcgaaccggatggaccataacttggatatggtactttaatagcgtcaggagca 9590976  T
Q  301 gttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 347  Q
    |||| ||| | |||| || |||||||||||| |||||||||||||||    
T  9590977 gttggatgtgctggtacaagacccctcattgatgtttgcttaggcct 9591023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 152 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 50132599 - 50132406
Alignment:
Q  152 aaatattacaaatccaaaagcatattttaaactt-catgaagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcg 250  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||  ||||||||||| ||| || |||||| | |||||||||||||| | ||||||| | |    
T  50132599 aaatattacaaatccaaaagcataatttaaacatgcatcaagtatcacttctttggaaagccaggggttaggataaactccatgaacttaggttgagttg 50132500  T
Q  251 aaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttagg 344  Q
    |||||| ||||| |||  ||| |||||| |||||||| | |  ||||| ||||| ||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  50132499 aaccggatggaccataatttggatatggtactctaataacgtcaggagcagttggatgtgctggtgcaggatccctcattgatgtttgcttagg 50132406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 199 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 27383201 - 27383053
Alignment:
Q  199 ttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggag 298  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| || || |||  ||| ||||||||||||||| | |  |||||    
T  27383201 ttctttgaaaatccgggggttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaaccggatgaaccataatttggatatggaactctaataacgtcaggag 27383102  T
Q  299 gagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 347  Q
     ||||| ||| | ||||||||||||||||| | |||||||  |||||||    
T  27383101 cagttggatgtgctggtgcaggacccctcactagtgtttgactaggcct 27383053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 371 - 470
Target Start/End: Original strand, 44793726 - 44793826
Alignment:
Q  371 taagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattcaatcaaattagttcat-aaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaa 469  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  44793726 taaggccatatctccttggtgcaacactctgaaatttcaaattcaatcaaattagtgcataaaaccataacataatcaatcttatcagtccttcaattaa 44793825  T
Q  470 t 470  Q
    |    
T  44793826 t 44793826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 39294383 - 39294301
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtctta 98  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||| | |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  39294383 tcataagtcataagtcttaagtctgaaatattacataggcaaaaacaacccaactatggggcattaacaagtcataagtctta 39294301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 283
Target Start/End: Original strand, 37478524 - 37478617
Alignment:
Q  190 aagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactc 283  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| ||||| |||  ||| |||||| ||||    
T  37478524 aagcttcacttctttggaaagtcgggggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactc 37478617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 115
Target Start/End: Original strand, 51041551 - 51041644
Alignment:
Q  22 gtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaa 115  Q
    |||||| ||||||||| | ||| |||||||| | ||||  |||| |||||||   |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  51041551 gtcatatgtcataagtctaagaaattacataggaaaaaacaacccaactatggaacattaacaagtcacaagtcttaaataaagataagcaaaa 51041644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 132 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 44973617 - 44973401
Alignment:
Q  132 ggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaactt-catgaagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactc 230  Q
    ||||||||| ||| ||| | ||||||||||  ||||||| |||| ||||||| | ||| |||  ||||||||||| ||| |||||  |||| ||||||||    
T  44973617 ggcataatttaaacaagtcgaaatattacagttccaaaaacataatttaaacatgcataaagtatcacttctttggaaagccgggatttgggataaactc 44973518  T
Q  231 catgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggtgcaggacccctcatt 330  Q
    |||||| | ||||||| |  |||||| ||||| |||  ||| |||||| ||| |||| |    ||||| ||||| ||| | ||||| ||| |  ||||||    
T  44973517 catgaacttaggttgagttaaaccggatggaccataatttggatatggtactttaataactccaggagcagttggatgtgctggtgtagggcttctcatt 44973418  T
Q  331 ggtgtttgcttaggcct 347  Q
    |||||||| ||||||||    
T  44973417 ggtgtttgtttaggcct 44973401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 313 - 384
Target Start/End: Original strand, 37478629 - 37478700
Alignment:
Q  313 ggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctc 384  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||| ||| || |||||||  |||||||||    
T  37478629 ggtgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacctc 37478700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 44973743 - 44973670
Alignment:
Q  22 gtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtc 95  Q
    |||||||||| ||||| ||| | |||||||| ||||||| |||| ||||  | |||||||||||||||| ||||    
T  44973743 gtcataagtcttaagtttgaaatattacataggcaaaatcaaccaaactccgcggcattaacaagtcataagtc 44973670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 1846765 - 1846286
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  1846765 tcataggtcataagtcataagtctaagacattacatatgcaaaagaaacccaattatggggcattaacaagtcatgagtcttaagtaaagataagcgaaa 1846666  T
Q  116 ggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccggg 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||    
T  1846665 ggaaacccaactatgaggcataattcaaataagcctaaatattacaaatcaaaaagtatattttaaacttcatgaaggttcacttttttggaaattcggg 1846566  T
Q  216 gg-ttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttgg 314  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||| | |    
T  1846565 ggattggtataaactccatgaattgaggttgatttgaaccgggtgaaccataggttggatatgaaactctaattatgccaggaggagttggatgagcttg 1846466  T
Q  315 tgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattc 414  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1846465 tgcaggacccctcattggtgtttgtttaggcctattagctgaaagaaccagtcctttaaggccatacctcattggtgcaacaccctgaaattgcaaattc 1846366  T
Q  415 aatcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846365 aatcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 1846286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Original strand, 31886336 - 31886816
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaa 115  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||  || || ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31886336 tcatgggtcataagtcataagtctgagaaattacataggtaaagcaa-ccaaactatggggcattaacaagtcataagtcttaaataaagataagcaaaa 31886434  T
Q  116 ggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccggg 215  Q
     ||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||     
T  31886435 agaaactcaactatgaggcataattctaattagcctaaatattacaaattcaaaa-caacttttaaactccacgaagcatcacttctttggaaatccgga 31886533  T
Q  216 ggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagtt 312  Q
     |||||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || || ||||| ||||| |    
T  31886534 agttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaattatgccagcagaagttggatgagct 31886633  T
Q  313 ggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaat 412  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||    
T  31886634 ggtgcaggacctctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaacggacctctaaggtcatacatccttggtgcaacaacctgaaattgaaaat 31886733  T
Q  413 tcaatcaaattagttcat-aaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    |||||||||||||| | | ||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||    
T  31886734 tcaatcaaattagtccctaaaattataacatactcaatcatatcagtccttcaattaataaactaattgccaaatcgatcctt 31886816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Original strand, 45256303 - 45256787
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaa---gtcatgagtcttaaata--aagataag 110  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||  |||||||||||||||||||   ||||| |||||||||    ||| ||||    
T  45256303 tcataggttataagtcataagtctgagaaattacataggcaaaagcaacttaactatgaggcattaacaacaagtcataagtcttaaacggcaagttaag 45256402  T
Q  111 caaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaat 210  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| ||  || | ||||||||||| ||||    
T  45256403 caaaaagaaacccaactacggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaactccagtaatcatcacttctttggaaat 45256501  T
Q  211 ccgggggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaat 307  Q
     |||| |||||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||  || | |||||| ||    
T  45256502 tcgggagttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatgccagcatgagttggat 45256601  T
Q  308 gagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattg 407  Q
     || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||  | ||||||    
T  45256602 aagctggtgcagaacccctcattggtgtctgcttaggcctatcagctaaaggaatcggtcgtctaaggtcatacctccttggtgcaacactctcaaattg 45256701  T
Q  408 caaattcaatcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||||||||||| | | ||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||| |||| ||||||||    
T  45256702 caaattcaatcaaattattccctaatc-ataacataatcaatcatatcagtccttcaattaatatactaattgccaaaacgatcctt 45256787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 16 - 470
Target Start/End: Original strand, 33851762 - 33852219
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||    ||| |||||||    
T  33851762 tcataggtcataagtcataagtctgagaaattacataagcaaaagcaacctaactatggggcattaacaagtcataagtcttaaacggtaagttaagcaa 33851861  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || |||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | |  ||||| ||||||||||| |||| ||    
T  33851862 aaagaaaccaaactaaggggaataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaa-tccgggaagcatcacttctttggaaattcg 33851959  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgag 310  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||   ||||| |||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||| |||  || |||| ||| || ||    
T  33851960 ggagttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccgggtg-accataggttggatatggaaccttaatcatgcgagcaggaattggataag 33852058  T
Q  311 ttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaa 410  Q
     |||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  33852059 ctggtgcagaatccctcattggtgtctgcttaggcctatcagctaaaggaaccggtcctctaaggtcatacctccttggtgcaacactctgaaattgcaa 33852158  T
Q  411 attcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat 470  Q
    |||||||||||||| | | |||| | || |||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  33852159 attcaatcaaattattccctaaaatcataacataatcaatcatatcagtcattcaattaat 33852219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 14 - 288
Target Start/End: Original strand, 2976727 - 2977006
Alignment:
Q  14 aatcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaa 113  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||  |||||  |||| ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  2976727 aatcataggtcttaagtcataagtctgagaaattacatagacaaaagcaacccaactatggggcattaacaagtcataagttttaaatgaagataagcaa 2976826  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatcc--aaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatc 211  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  2976827 aaagaaacccaactatgaggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccataaaagcatattttaaactccatgaagcataacttctttggaaatc 2976926  T
Q  212 cgggggttggtataaactccatgaatt---gaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaatt 288  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||    ||||| | ||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  2976927 cgggagttggtataaactccctgaatttagtaggtttagtcgaaccgaatggaccataggttggatatggaactctaatt 2977006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 16 - 238
Target Start/End: Original strand, 18429558 - 18429781
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaa--taaagataagcaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    ||| |||||||    
T  18429558 tcataggtcataagtcataagtttgagaaattacataggcaaaagcaacctaactatgaggcattaacaagtcataagtcttaaacgacaagttaagcaa 18429657  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||    
T  18429658 aaagaaacccaactacgaggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaacttcaggaagcatcacttctttgaaaattcg 18429756  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaatt 238  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  18429757 ggagttggtataaactccatgaatt 18429781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 62 - 373
Target Start/End: Original strand, 7589703 - 7590024
Alignment:
Q  62 aaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataa-agataagcaaaaggaaacccaactatgt----ggcataattcaaataagcctaaata 156  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||  | ||| | |||| |||| |||||||| |    ||||||||||||| ||| |||||||    
T  7589703 aacccaactatggagcattaacaagtcataagtcttaaatattacataggtaaaaagaaatccaactatatatggggcataattcaaacaagtctaaata 7589802  T
Q  157 ttacaaatccaaaagcatattttaaactt-----catgaagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcga 251  Q
    |||||  |||||||||||||||||||  |     ||| |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||    
T  7589803 ttacatttccaaaagcatattttaaatatgtttccatcaagcatcacttctttgaaaattcgggggttgggataaacttcatgaatttaggttgagtcga 7589902  T
Q  252 accgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatca 351  Q
    ||||  |  || |||  ||| |||||| |||||||| | |  ||||| ||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||    
T  7589903 accgaataaaccataacttggatatggtactctaataacgccaggagtagttggatatgctggtgcaggacccctcattggtgtttgtttatgcctctca 7590002  T
Q  352 gctgaaagaaccggtcctctaa 373  Q
      ||||| ||  ||||||||||    
T  7590003 tttgaaacaattggtcctctaa 7590024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 111 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 5126978 - 5126693
Alignment:
Q  111 caaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaactt-catgaagcttcacttctttgaaaa 209  Q
    ||||| ||||| |||||| | ||||||||| ||| ||| | ||||||||||  |||||||||||| ||||||| | ||| |||  ||||||||||| |||    
T  5126978 caaaaagaaactcaactagggggcataatttaaacaagtcgaaatattacagttccaaaagcataatttaaacatgcatcaagtatcacttctttggaaa 5126879  T
Q  210 tccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatga 309  Q
     ||| | ||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| ||||| |||  ||| |||||  |||||||| | |  | ||| |||||   |     
T  5126878 gccgagagttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaaccggatggaccataatttggatatgatactctaataacgccaagagcagttg--ggt 5126781  T
Q  310 gttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacacc 398  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||  ||||| ||  || |||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  5126780 gttggtgcagga-ccctcattggtgtttgtttaggcctctcatttgaaataattggccctctaatgccatacctccttggtggaacacc 5126693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 111 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 5134233 - 5133948
Alignment:
Q  111 caaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaactt-catgaagcttcacttctttgaaaa 209  Q
    ||||| ||||| |||||| | ||||||||| ||| ||| | ||||||||||  |||||||||||| ||||||| | ||| |||  ||||||||||| |||    
T  5134233 caaaaagaaactcaactagggggcataatttaaacaagtcgaaatattacagttccaaaagcataatttaaacatgcatcaagtatcacttctttggaaa 5134134  T
Q  210 tccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatga 309  Q
     ||| | ||||| |||||||||||||| | ||||||| | |||| || ||||| |||  ||| |||||| |||||||| | |  ||||| |||||   |     
T  5134133 gccgagagttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaactggatggaccataatttggatatggtactctaataacgccaggagcagttg--ggt 5134036  T
Q  310 gttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacacc 398  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||  ||||| ||  || |||||||  ||||||||||||| || ||||||    
T  5134035 gttggtgcagga-ccctcattggtgtttgtttaggcctctcatttgaaataattggccctctaatgccatacctccttgctggaacacc 5133948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 106 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 54093729 - 54093493
Alignment:
Q  106 ataagcaaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaactt-catgaagcttcacttcttt 204  Q
    |||| ||||| |||||||||||| | ||||||||| ||| ||| | |||||||      ||||||||||| | ||||| | ||| |||  ||||||||||    
T  54093729 ataaccaaaaagaaacccaactagggggcataatttaaacaagtcaaaatatt------ccaaaagcataatctaaacatgcatcaagtatcacttcttt 54093636  T
Q  205 gaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttg 304  Q
    | ||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||| | ||||||| || || |||  ||| |||||||| |||||| | |  ||||| |||||    
T  54093635 ggaaatctgggggttgggataaactccatgaacttagattgagttgaaccggatgaaccataatttggatatggaattctaataacgctaggagcagttg 54093536  T
Q  305 aatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 347  Q
     ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  54093535 gatgtgttggtgcaggacccctcactgatgtttgcttaggcct 54093493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 111 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 41624893 - 41624615
Alignment:
Q  111 caaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaactt-catgaagcttcacttctttgaaaa 209  Q
    ||||| |||||| ||||| | ||||||||| ||| ||| | ||||||||||  |||||||| ||| ||||||| | ||| |||  ||||||||||| |||    
T  41624893 caaaaagaaacctaactagggggcataatttaaacaagtcgaaatattacagttccaaaagtataatttaaacatgcatcaagtatcacttctttggaaa 41624794  T
Q  210 tccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatga 309  Q
     ||||  ||||| |||||||||||||| | ||||||| | |||| || ||||| |||  ||| |||||| |||||||| | |  ||||| ||| | |||     
T  41624793 gccggcagttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaactggatggaccataatttggatatggtactctaataacgccaggagcagtaggatgt 41624694  T
Q  310 gttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttg 388  Q
    | |||||||||| | |||||||||||||| |||| ||| |||  ||||| ||  || ||||||| | ||||||||||||    
T  41624693 gctggtgcaggatctctcattggtgtttgtttagacctctcatttgaaataattggccctctaatatcatacctccttg 41624615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 151 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 17260446 - 17260316
Alignment:
Q  151 taaatattacaaatccaaaagcatattttaaactt-----catgaagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttg 245  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||  |     ||| |||  |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  17260446 taaatattacatttccaaaagcatattttaaatatgtttccatcaagaatcacttatttgaaaatccggaggttgggataaactccatgaatttaggttg 17260347  T
Q  246 attcgaaccgggtggacaataggttgaatat 276  Q
    | ||||||| | ||||| ||| |||| ||||    
T  17260346 agtcgaaccagatggaccataagttggatat 17260316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 195 - 256
Target Start/End: Original strand, 22219655 - 22219716
Alignment:
Q  195 tcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgg 256  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||  |||||| | |||||||    
T  22219655 tcacttctttgaaaatcccggggttgagataaactccatgaattagggttgagtagaaccgg 22219716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 441 - 494
Target Start/End: Original strand, 18429785 - 18429838
Alignment:
Q  441 ataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||| |||| ||||||||    
T  18429785 ataatcaatcatatcagtccttcaattaatatactaattgccaaaacgatcctt 18429838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 32823576 - 32823099
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaa 115  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32823576 tcatagttcataagtcataagtctgagacattacatatgcaaaagaaacccaactctgagacattaagaagtcatgaatcttaaataaagataagcaaaa 32823477  T
Q  116 ggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccggg 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32823476 ggaaacccaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatacaaaatcatattttaaactttatgaagcttcacttctttggaaatccggg 32823377  T
Q  216 ggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggt 315  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||  ||||    
T  32823376 ggtt-gtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggaccataggttgaatatggaactctaattatgccaggaggagttggatgacctggt 32823278  T
Q  316 gcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaa-ccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattc 414  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || || ||| |||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  32823277 gcaggacccctcattggtgtttacttaggcctatcatctgaaaaaatccagtcttctaaggccatatctcc-tggtgcaacaccctgaaattgcaaattc 32823179  T
Q  415 aatcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32823178 aatcaaattagtccctagactatgacataatcaatcataaaagttcttcaattaattaaataattgttaaatcgatcctt 32823099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 16 - 470
Target Start/End: Original strand, 33749274 - 33749733
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaa 113  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||    ||  |||||||    
T  33749274 tcataagtcataagtcataagtctgagatatgacataggcaaaagcaacccaactatggggcattaacaagtcataagtcttaaacggcaatttaagcaa 33749373  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  33749374 aaagaaacccaactatggagcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaacttcaggaagcatcacttctttggaaatccg 33749472  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgag 310  Q
    |  |||||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || |||||||| |||||    
T  33749473 gtagttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccggatggaccataggttggatatggaaccctaattatgccagcaggagttggatgag 33749572  T
Q  311 ttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaa 410  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||  | | |||||||||||    
T  33749573 ctggtgcaggacccctcattggtgtttgccaaggcctatcaactgaaagaattggtcctctaaggccatacctccttggtgcagaaacctgaaattgcaa 33749672  T
Q  411 attcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat 470  Q
    ||||||||||||| || | |||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33749673 attcaatcaaattcgtccctaaaatcataacataatcaatcatatgagtccttcaattaat 33749733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 31822641 - 31822161
Alignment:
Q  19 taggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagat--aagcaaaag 116  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||| | |||||||||  |  ||  ||||||||     
T  31822641 taggttataagtcataagtctgagaaattacataggcaaaagcaacccaactatggggcattaacaagtcgtaagtcttaaacgacaatttaagcaaaaa 31822542  T
Q  117 gaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccgggg 216  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||||| |||||||||||  ||||| |      
T  31822541 gaaacccaactgtggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatcaaaaa-catctattaaactccaggaagcgtcacttctttgggaatccagca 31822443  T
Q  217 gttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttg 313  Q
    |||||||||||||||||||||| ||   ||||  ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || |||||||  ||||| ||    
T  31822442 gttggtataaactccatgaatttagtaggttgggtcgaaccggatggaccataggttggatatggaaccctaattatgccagcaggagttagatgagctg 31822343  T
Q  314 gtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaatt 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||    
T  31822342 gtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcaactgaaagaactggtcctctaaggccatacctccttggtgcagaaacctgaaattgcaaatt 31822243  T
Q  414 caatcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaat-taaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||||||| | ||||  || |||||||||||||||  ||| ||||||||||| | | |||||| |||| ||||||||    
T  31822242 caatcaaattagtccctaaatcataacataatcaatcatacgagtacttcaattaatattattaattgccaaaacgatcctt 31822161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 1321590 - 1321103
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    ||| |||||||    
T  1321590 tcataggtcataagtcataagtctgagaaattacataggcaaaagcaacctaactatggggcattaacaagtcataagttttaaacggcaagttaagcaa 1321491  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| || ||||| ||||||||||| |||| ||    
T  1321490 aaagaaacccaactacggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaactccaggaagcatcacttctttggaaattcg 1321392  T
Q  214 gggg----ttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaa 306  Q
    || |    ||||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||  || | |||||| |    
T  1321391 ggcgggagttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatgccagcatgagttgga 1321292  T
Q  307 tgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaatt 406  Q
    | || |||||||  ||||||||||||||| || ||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||    
T  1321291 taagctggtgcaaaacccctcattggtgtctgtttaggcctatcagctaaaggaatcggtcctctaaggccatacctccttggtgcaacgctctgaaatt 1321192  T
Q  407 gcaaattcaatcaaattagttcat-aaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    |||||||||||||||||| | | | ||| ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||  | |||||| |||| ||||||||    
T  1321191 gcaaattcaatcaaattattccctaaaattataacataatcaatcataacagtccttcaattaatatactaattgccaaaacgatcctt 1321103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 262
Target Start/End: Original strand, 38882207 - 38882456
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||  |||| || |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38882207 tcataggtcataagtcataagtctgaaaaattacataggcaaaagcaacccaaatatggggcattaacaagtcataagtcttaaataaagataagcaaaa 38882306  T
Q  116 ggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccggg 215  Q
     |||||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  38882307 agaaacctagttatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaaacatattttaaacttcatgaagcatcacttctttgaaaatccgga 38882406  T
Q  216 ggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggac 262  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||   ||||| |||||||||||||||    
T  38882407 ggtttgtataaactccatgaatttagtatgttgagtcgaaccgggtggac 38882456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 122 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 10269033 - 10268699
Alignment:
Q  122 ccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaac-----ttcatgaagcttcacttctttgaaaatccgggg 216  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||      | ||| ||   ||||||||||| ||||||| ||    
T  10269033 ccaactatggggcataattgaaacaagtctaaatattacatttccaaaagcatattttaaatacgtttccatcaaaaatcacttctttggaaatccgagg 10268934  T
Q  217 gttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggtg 316  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||| |||  ||| |||||| |||||||| | || || || ||||| ||| | |||||    
T  10268933 gttgggataaactccatgaatttaggttgagtcgaaccagatggaccataacttggatatggtactctaataacggcagaagcagttggatgtgctggtg 10268834  T
Q  317 caggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattcaa 416  Q
    || ||||||||| |||||||| |||||| || |||  | ||| ||  ||||||||||   ||||||||||||  | |||||| || |||| ||  |||||    
T  10268833 catgacccctcactggtgttttcttaggtctctcatttaaaataataggtcctctaatgtcatacctccttgtagtaacaccctgcaattacattttcaa 10268734  T
Q  417 tcaaattagttcataaactatgacataatcaatca 451  Q
    |||||| ||| | |||| ||| ||||| |||||||    
T  10268733 tcaaatcagtccctaaattataacatattcaatca 10268699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 122 - 451
Target Start/End: Original strand, 11032001 - 11032335
Alignment:
Q  122 ccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaac-----ttcatgaagcttcacttctttgaaaatccgggg 216  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||      | ||  || | ||||||||||| ||||||| ||    
T  11032001 ccaactatggggcataattgaaacaagtctaaatattacatttccaaaagcatattctaaatacgtttccaacaaacatcacttctttggaaatccgagg 11032100  T
Q  217 gttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggtg 316  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||| | |||  ||| |||||| |||||||| | || || || ||||| ||| | |||||    
T  11032101 gttggaataaactccatgaatttaggttgagtcggaccagatggtccataacttggatatggtactctaataacggcagaagcagttggatgtgctggtg 11032200  T
Q  317 caggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattcaa 416  Q
     ||||||||| | ||||||||| |||||||| |||  ||||| ||  ||||||||||   ||||||||||||  | ||||||||| |||| ||  |||||    
T  11032201 taggacccctaactggtgtttgtttaggcctctcatttgaaataataggtcctctaatgtcatacctccttgtagtaacaccttgcaattacattttcaa 11032300  T
Q  417 tcaaattagttcataaactatgacataatcaatca 451  Q
    |||||| ||| | |||| ||| ||||| |||||||    
T  11032301 tcaaatcagtccctaaattataacatattcaatca 11032335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 26 - 142
Target Start/End: Original strand, 33159484 - 33159599
Alignment:
Q  26 taagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaaggaaacccaa 125  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| || |||  |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33159484 taagtcataagtctgagaaattacataggcgaaaacaacccaactatggggcattaccaagtcataagtcttaaataaagataagcaaaaagaaacccaa 33159583  T
Q  126 ctatgtggcataattca 142  Q
    ||||| |||||||||||    
T  33159584 ctatg-ggcataattca 33159599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 129
Target Start/End: Original strand, 461995 - 462108
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaa 115  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||| || |||  |||| || |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  461995 tcatatgtcataagtcataaatctgagaaattacataggctaaaacaacctaattatggggcattaacaagtcacaagtcttaaataaagataagcaaaa 462094  T
Q  116 ggaaacccaactat 129  Q
     |||||||||||||    
T  462095 agaaacccaactat 462108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 62 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 38884503 - 38884382
Alignment:
Q  62 aaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaag-ataagcaaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattac 160  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  | ||| |||||| |||||||||| ||| | ||||||||||| |||  ||||||||||    
T  38884503 aacccaactatggggcattaacaagtcataagtcttaaatattgcataggcaaaaagaaacccaaccatgagacataattcaaacaagtttaaatattac 38884404  T
Q  161 aaatccaaaagcatattttaaa 182  Q
    |  |||||||||||||||||||    
T  38884403 atttccaaaagcatattttaaa 38884382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Original strand, 24527630 - 24527753
Alignment:
Q  19 taggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaa--taaagataagcaaaag 116  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| || || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||    ||| |||||||||     
T  24527630 taggtcataagtcgtaagtctgagaaattacataggcaaaacaa-cctaactatggggcattaacaagtcataagtcttaaacgacaagttaagcaaaaa 24527728  T
Q  117 gaaacccaactatgtggcataattc 141  Q
    |||||||||||| | ||||||||||    
T  24527729 gaaacccaactacggggcataattc 24527753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 193 - 345
Target Start/End: Original strand, 15143582 - 15143734
Alignment:
Q  193 cttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatgg 292  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||| | ||||||| ||||| |||   || |||||| |||| ||| | |     
T  15143582 cttcacttctttggaaagccgggggttgggataaactctatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatctggatatggcactcgaataacgc 15143681  T
Q  293 aaggaggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggc 345  Q
     ||||| ||||| ||| | ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  15143682 caggagcagttggatgtgatggtgcaggaccccttaatggtgtttgattaggc 15143734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 195 - 287
Target Start/End: Original strand, 17808037 - 17808129
Alignment:
Q  195 tcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaat 287  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||  |||||| | ||||||| ||| | |||  |||||||||| | ||||||    
T  17808037 tcacttctttggaaatcctggggttgggataaactccatgaattagggttgagtagaaccggatggtccataacttgaatatggcattctaat 17808129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 213 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 37803096 - 37802962
Alignment:
Q  213 gggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagtt 312  Q
    ||||||||  |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| ||||| |||  ||| |||||| |||| ||  | |  ||||| | ||| ||| | |    
T  37803096 gggggttgagataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcaattggatgtgat 37802997  T
Q  313 ggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 347  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37802996 gatgcaggacccctcactggtgtttgcttaggcct 37802962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 246
Target Start/End: Original strand, 41042134 - 41042179
Alignment:
Q  201 ctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttga 246  Q
    |||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  41042134 ctttgaaaatcctggagttgggataaactccatgtattgaggttga 41042179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 45 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 9186148 - 9186052
Alignment:
Q  45 attacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataa-agataagcaaaaggaaacccaactatgtggcataatt 140  Q
    |||||||  ||||||  |||| ||||||| || ||||||||||||   ||||||||||  | ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  9186148 attacattggcaaaagcaacccaactatggggtattaacaagtcacatgtcttaaatattacataggcaaaaagaaacccaactatggggcataatt 9186052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 6576383 - 6575903
Alignment:
Q  14 aatcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaa 113  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  || || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  6576383 aatcataggtcataagttataagtctgagacattacatatgcaaacgaaccccaactatgagacattaacaagtcatgagtcttaaataaaaataagtaa 6576284  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6576283 aaggaaacccaactatggggcataattcaaataagcctaagtattacaaattcaaaatcatattttaaacttcatgaagtttcacttctttgaaaatccg 6576184  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttg 313  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||  ||    
T  6576183 ggggtt-gtataaactccatgaattgaggttgatttgaaccgggtggaccataggttggatatggaactctaattatgccatgaggagttggatgacctg 6576085  T
Q  314 gtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagacca--tacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaa 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||  |||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6576084 gtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctattagctgaaa-aatcggtattctaaggccatgtacctccttggtgcaacaccctgaaattgcaaa 6575986  T
Q  412 ttcaatcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6575985 ttcaatcaaattagtccctagactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaatcattgtcaaatcgatcctt 6575903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 34 - 494
Target Start/End: Original strand, 35478898 - 35479358
Alignment:
Q  34 aagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaaggaaacccaactatgtgg 133  Q
    |||| ||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35478898 aagtctgaaacattacacatgcaaaagaaacccaactatgagacattaagaaatcatgagtcttaaataaagataagcaaaaggaaacccaactatgggg 35478997  T
Q  134 cataattcaaataa-gcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactcca 232  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
T  35478998 cgtaattcaaataaagcctaaatattacaaattcaaaatcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttggaaatctgggggttg-tataaactcca 35479096  T
Q  233 tgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattgg 332  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  35479097 tgaattgaggttgatttgaaccgggtggaccataggttggatatggaactctaattatgccaggaggagttggatgacctggtgcaggacccctcattgg 35479196  T
Q  333 tgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattcaatcaaattagttcataa 432  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||     
T  35479197 tgtttgcttaggcctatcatctgaaaaaatcggtcttctaaggtcatacctccttggtgcaacaccctgaaattgcaaattcaatcaaattagtccctag 35479296  T
Q  433 actatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  35479297 actatgacataatcagtcatataagtccttcaattaattaaataactgttaaatcgatcctt 35479358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 118 - 494
Target Start/End: Original strand, 33682311 - 33682687
Alignment:
Q  118 aaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccggggg 217  Q
    |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33682311 aaacacaactatgaggcgtaattcaaataagcctaaatattacaaaccctaaagcatattttaaacttcatgaagctttacttctttgaaaatccggggg 33682410  T
Q  218 ttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggtgc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||     
T  33682411 ttggtataaactccatgaattgaggttgattctaaccgggtggaccataggttggatatggaactctaattatggcaggaggagttggattagttggtgt 33682510  T
Q  318 aggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattcaat 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33682511 aggacccctcattggtgtttgcttaggcctattagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccctgaaattgcaaattcaat 33682610  T
Q  418 caaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33682611 caaattagtccctagactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 33682687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Original strand, 47264676 - 47265156
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaa 113  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||  |||| || | || |||||||||||||||| || |||||||   ||| |||||||    
T  47264676 tcataggtaataagtcataattctgagaaattacataagcaaaagcaacccaattttggggcattaacaagtcataagacttaaatggcaagttaagcaa 47264775  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    ||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||    
T  47264776 aaaaaaacccaactatggggcataattcaaataagcctacatattacaaatccaaaa-catctattaaacttcaggaagcatcacttcttgggaaatccg 47264874  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttg 313  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||  || |||||||| ||||| ||    
T  47264875 ggagttggtataaactccatgaattgaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatgccagcaggagttggatgagctg 47264974  T
Q  314 gtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaatt 413  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||    
T  47264975 gtgcaggacccctcattggtgtattctttggcctattagctgaaggaaccggtcctctaaggccatacctccttggtgcaagactctgaaatttcaattt 47265074  T
Q  414 caatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||||||| | |||| | || ||| |||||||||||| |||||||||||||||  | |||||| |||| ||||||||    
T  47265075 caatcaaattagtccctaaaatcataacagaatcaatcatatcagtccttcaattaatatactaattgccaaaacgatcctt 47265156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 16 - 470
Target Start/End: Original strand, 46637696 - 46638155
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagat--aagcaa 113  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||  |  ||  ||||||    
T  46637696 tcatatgtcataagtcataagtttgagatattacataggcaaaagcaacccaactatggggcattaacaagtcataagtcttaaacgacaatttaagcaa 46637795  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||    
T  46637796 aaagaaacccaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaactccaggaagcatcacttctttggaaatccg 46637894  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgag 310  Q
    |  |||||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || |||||||| |||||    
T  46637895 gtagttggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccggatggaccataggttggatatggaaccctaattatgccagcaggagttggatgag 46637994  T
Q  311 ttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaa 410  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||  | | |||||||||||    
T  46637995 ctggtgcaggacccctcattgatgtttgcctaggcctatcaactgaaagaattggtcctctaaggtcatacctccttggtgcagaaacctgaaattgcaa 46638094  T
Q  411 attcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat 470  Q
    |||||||||||||||| | |||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46638095 attcaatcaaattagtccctaaaatcataacataatcaatcatatgagtccttcaattaat 46638155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 17 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 31802865 - 31802407
Alignment:
Q  17 cataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagat--aagcaaa 114  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||| |||||||| | ||||  |||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||  |  ||  |||||||    
T  31802865 cataagtcataggtcataagtctgagatattacatagggaaaagcaacccaactatggggcattaataagtcataagtcttaaacgacaatttaagcaaa 31802766  T
Q  115 aggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccgg 214  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||  | ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  31802765 aagaaacccaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaattcaaaa-catctattaaactctaggaagcatcacttctttggaaatccgg 31802667  T
Q  215 gggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagt 311  Q
      |||| ||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || | |||||| |||||     
T  31802666 tagttgatataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccggatggaccataggttggatatggaaccctaattatgccagcacgagttggatgagc 31802567  T
Q  312 tggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaa 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  31802566 tggtgcaggacccctcattggtgtttgcctaggcctatcaactgaaagaattggtcctctaaggccatacctccttggtgcagaaacttgaaattgcaaa 31802467  T
Q  412 ttcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat 470  Q
    ||||||||||||||| | |||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31802466 ttcaatcaaattagtccctaaaatcataacataatcaatcatatgagtccttcaattaat 31802407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 16 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 42135522 - 42135066
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaat--aaagataagcaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||   |||| |||||||    
T  42135522 tcataggtcataagtcataagtctgagaaattacataggcaaaaacaacctaactatgaggtattaacaagtcataagtcttaaacggaaagttaagcaa 42135423  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || |||||||||||| | ||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||| || ||| | ||||||||||| |||| ||    
T  42135422 aaagaaacccaactacggggcata---caaataagcctaaatattacaaattcaaaa-catctattaaactccaggaatcatcacttctttggaaattcg 42135327  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgag 310  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||  || || ||||| || ||    
T  42135326 ggagttggtataaactccatgaatttagtatgttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatgccagcagaagttggataag 42135227  T
Q  311 ttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaa 410  Q
     | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  42135226 ctagtgcagaacccctcattggtgtctgcttaggcctatcagctaaaggaaccggtcctttaaggccatacctccttggtgcaacactctgaaattgcaa 42135127  T
Q  411 attcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat 470  Q
    |||||||||||||| | | |||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42135126 attcaatcaaattattccctaaaatcataacataatcaatcatatcagtccttcaattaat 42135066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 22 - 238
Target Start/End: Original strand, 45379896 - 45380113
Alignment:
Q  22 gtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataa--agataagcaaaaggaa 119  Q
    |||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||  |  || ||||||||| |||    
T  45379896 gtcataggtcataagtctgagaaattacataggcaaaaacaacctaactatggggcattaacaagtcataagtcttaaacgacaagttaagcaaaaagaa 45379995  T
Q  120 acccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccgggggtt 219  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||| |||    
T  45379996 acccaactacgaggcataattcaaataaacctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaacttcaagaagcatcacttctttggaaattcgggagtt 45380094  T
Q  220 ggtataaactccatgaatt 238  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  45380095 ggtatagactccatgaatt 45380113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 121
Target Start/End: Original strand, 33680054 - 33680159
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaa 115  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33680054 tcataggttataagtcataagtctgagacattacatatgcaaaagaaaccgaactatggggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaa 33680153  T
Q  116 ggaaac 121  Q
    ||||||    
T  33680154 ggaaac 33680159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 44158568 - 44158412
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaa--taaagataagcaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    ||| ||| |||    
T  44158568 tcataggtcataagtcataagtctgagaaattacataggcaaaagcaacctaactatgaggcattaacaagtcataagtcttaaacggcaagttaatcaa 44158469  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa 170  Q
    || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44158468 aaagaaacccaactacggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa 44158412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 106 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 23172710 - 23172468
Alignment:
Q  106 ataagcaaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaactt-catgaagcttcacttcttt 204  Q
    |||| ||||| |||||||||||| | ||||||||| ||| ||| | ||||||||||  ||||||| |||| ||||||| | ||| |||  ||||||||||    
T  23172710 ataaccaaaaagaaacccaactagggggcataatttaaacaagtcgaaatattacatttccaaaatcataatttaaacatgcatcaagtatcacttcttt 23172611  T
Q  205 gaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttg 304  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||| ||| | ||||||| ||| ||||| ||||  |||  ||| |||||| |||||||| | |   |||| |||||    
T  23172610 gaaaattcgggggttgggataaactccacgaacttaggttgagtcggaccggatggatcataatttggatatggtactctaataacgcctggagcagttg 23172511  T
Q  305 aatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 347  Q
     ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  23172510 gatgtgttggtgcaggacccctcactggtttttgcgtaggcct 23172468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 111 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 43869845 - 43869560
Alignment:
Q  111 caaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaac-ttcatgaagcttcacttctttgaaaa 209  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||| ||| ||| | ||||||||||  |||||||||||| ||||||| | ||| |||  ||||||||||| |||    
T  43869845 caaaaagaaacccaactagggggcataatttaaacaagtcgaaatattacagttccaaaagcataatttaaacatgcatcaagtatcacttctttggaaa 43869746  T
Q  210 tccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatga 309  Q
     ||| | ||||| |||||||||||||| | ||||||| | |||| |  ||||| |||  ||| |||||| |||||||| | |  ||||| |||||   |     
T  43869745 gccgagagttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaacagaatggaccataatttggatatggtactctaataacgccaggagcagttg--ggt 43869648  T
Q  310 gttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacacc 398  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||  ||||| ||  |  |||||||  ||||||||||||| || ||||||    
T  43869647 gttggtgcagga-ccctcattggtgtttgtttaggcctctcatttgaaataattgaccctctaatgccatacctccttgctggaacacc 43869560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 371 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 27951799 - 27951699
Alignment:
Q  371 taagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattcaatcaaattagttcat-aaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaa 469  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  27951799 taaggccatatctccttggtgcaacactctgaaatttcaaattcaatcaaattagtgcataaaaccataacataatcaatcttatcagtccttcaattaa 27951700  T
Q  470 t 470  Q
    |    
T  27951699 t 27951699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 212 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 51545766 - 51545594
Alignment:
Q  212 cgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagt 311  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||| | ||||| |||  ||| |||||| |||| ||  | |  ||||| | ||| ||| |     
T  51545766 cgggggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccagatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgtcaggagcaattggatgtga 51545667  T
Q  312 tggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctc 384  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||  ||||| ||| || |||||||  |||||||||    
T  51545666 tggtgcaggacccctcaccggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataactggacctctaatgccatacctc 51545594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 246
Target Start/End: Original strand, 42559354 - 42559489
Alignment:
Q  111 caaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaactt-catgaagcttcacttctttgaaaa 209  Q
    ||||| |||||||||||| |  |||||||| ||| ||| ||||||||||||  || ||||||||| |||||||   ||| || | | |||||||||||||    
T  42559354 caaaaagaaacccaactagggagcataatttaaacaagtctaaatattacatttc-aaaagcataatttaaacaaacatcaaacattacttctttgaaaa 42559452  T
Q  210 tccgggggttggtataaactccatgaattgaggttga 246  Q
    ||  |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  42559453 tcatggggttgggataaactacatgaattggggttga 42559489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 441 - 494
Target Start/End: Original strand, 45380117 - 45380170
Alignment:
Q  441 ataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||| |||| ||||||||    
T  45380117 ataatcaatcatatcagtccttcaattaatatactaattgccaaaacgatcctt 45380170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Original strand, 46811517 - 46811995
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaa 115  Q
    ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  46811517 tcataggtcatgagtcataagtctgggacattacatatgcaaaagaaatccaactatgagacattaacaagtcatgagtcttaaataaagataaacaaaa 46811616  T
Q  116 ggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccggg 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  46811617 ggaaacccaactatggggcataattcaaataagccaaaatattacaaatccaaaatcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttggaaattcggg 46811716  T
Q  216 ggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggt 315  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||  ||||| ||||| ||||  ||||    
T  46811717 ggttggtataaacttcataaattgaggttgattcgaaccaggtggaccataggttggatatagaactctaattatgccaggagaagttggatgacctggt 46811816  T
Q  316 gcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattca 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  46811817 gcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagttgaaaaaaccggttttctaaggccatacctccttggtgcaacaccctgaaattgaaaattca 46811916  T
Q  416 atcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||| | | || ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46811917 atcaaattattccctagactatgacataattaattatacaagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 46811995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 36756158 - 36755685
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  36756158 tcataggtcataagtcataagtctcagacattacatatgcaaaagaaacccaactatgagacattaataagtcatgagtcttaaataaaaataagtaaaa 36756059  T
Q  116 ggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccggg 215  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  36756058 ggaaactcaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaatcatattttaaacttcatgaagcttcactcctttcgaaatccggg 36755959  T
Q  216 ggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggt 315  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||  ||||    
T  36755958 ggtt-gtataaactcgttgaattgaggttgattcgaaccaggtggaccataggttggatatggaactctaattatgtcaggaggagttggatgacctggt 36755860  T
Q  316 gcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattca 415  Q
    | ||||||||    ||||||||| ||||||||||||||||||| |  | ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36755859 gtaggacccc----tggtgtttgattaggcctatcagctgaaaaagtcagtcttctaaggccatacctccttggtgcaacaccctgaaattgcaaattca 36755764  T
Q  416 atcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36755763 atcaaattagtccctagactatgacataatcaatcatataagtccttcaattatttaaataattgtcaaatcgatcctt 36755685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 36761955 - 36761482
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  36761955 tcataggtcataagtcataagtctcagacattacatatgcaaaagaaacccaactatgagacattaataagtcatgagtcttaaataaaaataagtaaaa 36761856  T
Q  116 ggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccggg 215  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  36761855 ggaaactcaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaatcatattttaaacttcatgaagcttcactcctttcgaaatccggg 36761756  T
Q  216 ggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggt 315  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||  ||||    
T  36761755 ggtt-gtataaactcgttgaattgaggttgattcgaaccaggtggaccataggttggatatggaactctaattatgtcaggaggagttggatgacctggt 36761657  T
Q  316 gcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattca 415  Q
    | ||||||||    ||||||||| ||||||||||||||||||| |  | ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36761656 gtaggacccc----tggtgtttgattaggcctatcagctgaaaaagtcagtcttctaaggccatacctccttggtgcaacaccctgaaattgcaaattca 36761561  T
Q  416 atcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36761560 atcaaattagtccctagactatgacataatcaatcatataagtccttcaattatttaaataattgtcaaatcgatcctt 36761482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Original strand, 46995593 - 46996077
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaa 113  Q
    |||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||    ||  |||||||    
T  46995593 tcatagatcataagtcgtaagtctgagatattacataggcaaaaacaacccaactatggggcattaacaagtcataagtcttaaacggtaatttaagcaa 46995692  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||    
T  46995693 aaagaaacccaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaactccaggaagcatcacttctttggaaatccg 46995791  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgag 310  Q
    |  |||||||||||||||||| ||| ||   ||||| |||||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || |||||||  |||||    
T  46995792 gtagttggtataaactccatgcatttagtaggttgagtcgaactggatggaccataggttggatatggaaccctaattatgccagcaggagttagatgag 46995891  T
Q  311 ttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaa 410  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||  | | |||||||||||    
T  46995892 ctggtgcaggacccctcattggtgtttgcctagacctatcaactgaaagaattggtcctctaaggccatacctccttggtgcagaaacctgaaattgcaa 46995991  T
Q  411 attcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat-taaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||||||| || | |||| | || |||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||| |||| ||||||||    
T  46995992 attcaatcaaattcgtccctaaaatcataacataatcaatcatatgagtccttcaattaatattactaattgccaaaacgatcctt 46996077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 470
Target Start/End: Original strand, 3690964 - 3691423
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||    ||| |||||||    
T  3690964 tcataggtcataagtcataagtctgagaaattacataggcaaaagcaacctaactatggggcattaacaagtcataagtcttaaacggcaagttaagcaa 3691063  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || |||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||| || ||||| ||||||||||| |||| ||    
T  3691064 aaagaaacccaactacggggcatacttcaaataagcttaaatattacaaatccaaaa-catctattaaactccaggaagcatcacttctttggaaattcg 3691162  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgag 310  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||| |||  || |||||||| || ||    
T  3691163 ggaattggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccataatcatgtcagcaggagttggataag 3691262  T
Q  311 ttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaa 410  Q
     |||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  3691263 ctggtgcagaatccctcattggtgtctgcttaggcctatcagctaaaggaatcggtcctctaaggccatacctccttggtgcaacactctgaaattgcaa 3691362  T
Q  411 attcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat 470  Q
    |||||||||||| | | | |||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3691363 attcaatcaaatcattccctaaaatcataacataatcaatcatatcagtccttcaattaat 3691423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 22 - 494
Target Start/End: Original strand, 47340778 - 47341255
Alignment:
Q  22 gtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaaaaggaa 119  Q
    |||||| ||||||||| ||| | |||||||| | ||||  |||| ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||    ||| ||||||||| |||    
T  47340778 gtcataggtcataagtctgataaattacataggtaaaagcaacctaactatggggcattaacaaatcataagtcttaaacggtaagttaagcaaaaagaa 47340877  T
Q  120 acccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccgggggtt 219  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| | ||||| ||||||||||| |||| |||| |||    
T  47340878 acccaactacggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaactttaggaagcatcacttctttggaaattcgggagtt 47340976  T
Q  220 ggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggtg 316  Q
    ||||||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||  || |||||||| || || |||||    
T  47340977 ggtataaactccatgaatttagtaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatgccagcaggagttggataagctggtg 47341076  T
Q  317 caggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattcaa 416  Q
     || | ||||||||||||| ||||||||||||| |||  || ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  47341077 aagaatccctcattggtgtctgcttaggcctattagcgaaaggaaccggtcctcttaggccatacctccttggtgcaacactctgaaattgcaaattcaa 47341176  T
Q  417 tcaaattagt-tcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    |||||||| | ||  |||  || ||||||||||||||||  ||  ||||||||||  | |||||| |||| ||||||||    
T  47341177 tcaaattattctctaaaatcataacataatcaatcatatctgtttttcaattaatagattaattgccaaaacgatcctt 47341255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 297 - 470
Target Start/End: Original strand, 8422173 - 8422347
Alignment:
Q  297 aggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaaca 396  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8422173 aggagttggatgagctggtgcaggacccctcattggtgtattcttaggcctatcagctgaaggaatcggtcctctaaggccatacctccttggtgcaaca 8422272  T
Q  397 ccttgaaattgcaaattcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat 470  Q
    |  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | || ||| |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  8422273 ctctgaaatttcaaattcaatcaaattagtccataaaatcataacagaatcaatcctatcagtccttcaattaat 8422347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 297 - 470
Target Start/End: Original strand, 35343182 - 35343356
Alignment:
Q  297 aggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaaca 396  Q
    |||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35343182 aggagttggatgagctgctgtaggacccctcattgatgtattcttaggcctatcagctgaaggaatcggtcctctaaggccatacctccttggtgcaaca 35343281  T
Q  397 ccttgaaattgcaaattcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat 470  Q
    |  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | || ||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  35343282 ctctgaaatttcaaattcaatcaaattagtccataaaatcataacagattcaatcatatcagtccttcaattaat 35343356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 75 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 48457121 - 48456768
Alignment:
Q  75 ggcattaacaagtcatgagtcttaaataa-agataagcaaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagca 173  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  | ||| | |||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||| ||    
T  48457121 ggcattaacaagtcataagtcttaaatattacataggtaaaaagaaacccaactatgggacataattcaaacaagtctaaatattacatttccaaaaaca 48457022  T
Q  174 tattttaaac-----ttcatgaagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaatagg 268  Q
    |||||||||      | ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||      
T  48457021 tattttaaatacgtttccatcaagcatcacttctttggaaatctgggggttgggataaactccgtgaatttaggttgactcgaaccggatggaccataac 48456922  T
Q  269 ttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcc 368  Q
    |||||||||  |||||||| |||  | ||| ||||  ||| | ||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||| |||  ||||| ||  ||| |    
T  48456921 ttgaatatgatactctaataatgccatgagcagtttgatgtgctggtgtatgacccttcattagtgtttgcttaggcctctcatatgaaataattggttc 48456822  T
Q  369 tctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattcaatcaaat 422  Q
    |||||   ||||||| |||| || |||||| || |||| || ||||| ||||||    
T  48456821 tctaatgtcataccttcttgttgtaacaccctgcaattacatattcagtcaaat 48456768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 111 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 6058008 - 6057723
Alignment:
Q  111 caaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttc-atgaagcttcacttctttgaaaa 209  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||| | ||||||||||  |||||||||||| ||||||| |  || |||  ||||||||||| |||    
T  6058008 caaaaagaaacccaactatggggcataatttaaacaagtcgaaatattacagttccaaaagcataatttaaacatgtatcaagtatcacttctttggaaa 6057909  T
Q  210 tccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatga 309  Q
     ||| ||||||| ||||||||||| || | ||||||| | ||||||||||||| |||  ||| |||||| |||||||| | |  |||||||||||   |     
T  6057908 gccgagggttgggataaactccataaacttaggttgagttgaaccgggtggaccataatttggatatggtactctaataacgccaggaggagttg--ggt 6057811  T
Q  310 gttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacacc 398  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||  ||||| ||  || |||||||  ||||||||||||| || ||||||    
T  6057810 gttggtgcagga-ccctcattggtgtttgtttaggcctctcatttgaaataattggccctctaatgccatacctccttgctggaacacc 6057723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 22 - 148
Target Start/End: Original strand, 33038308 - 33038433
Alignment:
Q  22 gtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaaggaaac 121  Q
    |||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| || ||    
T  33038308 gtcatatgtcataagtctgagaaattacataggcaaaaccaacccaactatggggcattaacaagtcacaagtcttaaataaagataagtaaaaagagac 33038407  T
Q  122 ccaactatgtggcataattcaaataag 148  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  33038408 ccaactatg-ggcataattcaaataag 33038433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 111 - 347
Target Start/End: Original strand, 25972236 - 25972473
Alignment:
Q  111 caaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaac-ttcatgaagcttcacttctttgaaaa 209  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||| ||| ||| | | ||||||||  |||||||||||| ||||||| | ||| |||  ||||||||||| |||    
T  25972236 caaaaagaaacccaactagggggcataatttaaacaagtcgagatattacagttccaaaagcataatttaaacatgcatcaagtatcacttctttggaaa 25972335  T
Q  210 tccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatga 309  Q
      |||||||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||| | || || |||  ||| |||||| |||||||| | |  ||||| ||||| |||     
T  25972336 gtcgggggttgggataaactccatgaacttaggttgagttgaaccagatgaaccataatttggatatggtactctaataacgccaggagcagttggatgt 25972435  T
Q  310 gttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 347  Q
      |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25972436 cctggtgtgggacccctcattggtgtttgtttaggcct 25972473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 152 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 17200105 - 17199920
Alignment:
Q  152 aaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcga 251  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |||||| | ||| |||  ||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||    
T  17200105 aaatattacagttccaaaagcataatttaaaatgcatcaagtatcacttctttggaaagtcgggggttgggataaactccatgaacttaggttgagttga 17200006  T
Q  252 accgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttg 338  Q
    ||  | ||||| |||  ||| |||||| ||||||| ||  | ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17200005 actagatggaccataatttggatatggtactctaa-taacgcaggagcagttggatgtgttggtgtaggacccctcattggtgtttg 17199920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 2167976 - 2167890
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata 102  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| || |||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  2167976 tcataggtcataagtcataagtctgagaaattacataggcaaaagcaacccaattatggggcattaacaagtcataagtcttaaata 2167890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 190 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 23965555 - 23965357
Alignment:
Q  190 aagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaatta 289  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||| |||||| | ||||||| | |||  || ||||| |||   || |||||| |||| ||| |    
T  23965555 aagcttcacttctttggaaagtcgggggttgggataaacttcatgaacttaggttgacttgaattggatggaccataatctggatatggcactcgaataa 23965456  T
Q  290 tggaaggaggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttg 388  Q
     |  ||||| ||||| ||| | ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||| ||  || |||||||  |||||||||||||    
T  23965455 cgccaggagcagttggatgtgatggtgcaagacccctcaatggtgtttgcttaggcctctcatttgaaataataggccctctaatgccatacctccttg 23965357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 22 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 38613961 - 38613881
Alignment:
Q  22 gtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata 102  Q
    |||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  38613961 gtcatatgtcataagtctgagaaattacataggcaaaagcaacccaactatggggcattaacaagtcataagtcttaaata 38613881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 111 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 13035352 - 13035205
Alignment:
Q  111 caaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-gcatattttaaactt-catgaagcttcacttctttgaaa 208  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||| |  | ||||| ||||| ||||| |   ||| ||||  |||||||||| ||    
T  13035352 caaaaagaaaccgaactatggggcataatttaaacaagtctaaatattatattttcaaaaagcataatttaagcagacatcaagcgccacttctttggaa 13035253  T
Q  209 atccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgg 256  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  13035252 atcctggggttgggataaactccatgaattatggttgattagaaccgg 13035205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 111 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 7402543 - 7402414
Alignment:
Q  111 caaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaat-ccaaaagcatattttaaacttc-atgaagcttcacttctttgaaa 208  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||| | | ||| ||||||||||||  | ||||||||||| ||||| |    ||||||| ||||||||||||||    
T  7402543 caaaaagaaacccaactacggggcataatttatacaagtctaaatattacattttccaaaagcataatttaatcaggtatgaagcatcacttctttgaaa 7402444  T
Q  209 atccgggggttggtataaactccatgaatt 238  Q
    || | |||||||| ||||| ||||||||||    
T  7402443 attctggggttgggataaattccatgaatt 7402414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 194 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 31914535 - 31914341
Alignment:
Q  194 ttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatgga 293  Q
    ||||||||||||  || |||| |||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| ||||| |||  ||| |||||| |||| ||  | |      
T  31914535 ttcacttctttggcaagccggtggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactcgaacaacgcc 31914436  T
Q  294 aggaggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttg 388  Q
    | ||| ||||| ||| | ||||||| ||| | | | || ||||||||||||||| |||  ||||| ||  ||||||||||  |||||||||||||    
T  31914435 aagagcagttggatgcgatggtgcatgactcgttactgatgtttgcttaggcctctcatttgaaataattggtcctctaatgccatacctccttg 31914341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 23954495 - 23954432
Alignment:
Q  22 gtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaa 85  Q
    |||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||    
T  23954495 gtcataggtcataagtctgagaaattacataggcaaaagcaacccaactatggggcattaacaa 23954432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 11683357 - 11683271
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata 102  Q
    ||||| || ||||||| ||||| ||| | |||||| | ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||    
T  11683357 tcataagttataagtcttaagtctgaaatattacacaagcaaaaacaacccaactatggggcattaacaagtcataaatcttaaata 11683271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Original strand, 30640282 - 30640745
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagcaaaa 115  Q
    ||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  30640282 tcataggtcataagttaaaagtccgagacattacatatgcaaaagaaacctaactatgggacattaacaagtcatgagtcttaaataaagataagtagaa 30640381  T
Q  116 ggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccggg 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||               ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  30640382 ggaaacccaactatggggcataattcaaataagcc---------------caaaatcatattttgaacttcatgaagcttcacttcattggaaatccggg 30640466  T
Q  216 ggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggt 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||  ||||    
T  30640467 ggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccggatggaccataggttggatatgaaactctaattatgccaggaggagttggatgacctggt 30640566  T
Q  316 gcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattca 415  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30640567 gcaggacccctcatttgtgtttgcttaggcctatcagctgaaaaaactggtcttctaaggccatacctctttggtgcaacaccctgaaattgcaaattca 30640666  T
Q  416 atcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30640667 atctaattagtccatagactatgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 30640745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 4645750 - 4645264
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaa 113  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| || | || |||||||||||||||| || |||||||   ||| |||||||    
T  4645750 tcataggtaataagtcataagtctgagaaattacataagcaaaaacaacccaattttggggcattaacaagtcataagacttaaatggcaagttaagcaa 4645651  T
Q  114 aaggaaac---ccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaat 210  Q
    ||  |||    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  4645650 aaaaaaaaaaaccaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaacttcaggaagcatcacttctttggaaat 4645552  T
Q  211 ccgggggttggtataaactccatgaattga---ggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaat 307  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |   |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||  || |||||||| ||    
T  4645551 ccgggagttggtataaactccatgaatttaataggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatgccagcaggagttggat 4645452  T
Q  308 gagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattg 407  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||     
T  4645451 gagctggtgcaggacccctcattggtgtattcttaggcctttcagctgaaggaaccggtcctctaaggccatacctccttggtgcaacactctgaaattt 4645352  T
Q  408 caaattcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| | || | | |||||||||||| |||||||||||||||  | |||||| |||| ||||||||    
T  4645351 caaattcaatcaaattagtccctaaaatcataatagaatcaatcatatcagtccttcaattaatatactaattgccaaaacgatcctt 4645264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 29114314 - 29113831
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaa 113  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||  |||| || | || |||||||||||||||| || |||||||   ||| |||||||    
T  29114314 tcataggtaataagtcataattctgagaaattacataagcaaaagcaacccaattttggggcattaacaagtcataagacttaaatggcaagttaagcaa 29114215  T
Q  114 aaggaaac---ccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaat 210  Q
    ||  |||    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| | |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  29114214 aaaaaaaaaaaccaactatggggcataattcaaataagcctacatattacaaattcaaaa-catctattaaacttcaggaagcatcacttcttggaaaat 29114116  T
Q  211 ccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgag 310  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||  || |||||||| |||||    
T  29114115 ccgggagttggtataaactccatgaattgaggttgagtcgaaccgggtggaccataggttggatatggaaccctaatcatgccagcaggagttggatgag 29114016  T
Q  311 ttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaa 410  Q
     |||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||    
T  29114015 ctggtgcaggacccctcgttggtgtattctttggcctattagctgaaggaactggtcctctaaggccatacctccttggtgcaagactctgaaatttcaa 29113916  T
Q  411 attcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaattaaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
     ||||||||||||||| | |||| | || ||| |||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||    
T  29113915 tttcaatcaaattagtccctaaaatcataacagaatcaatcatatcagtccttcaattaatatactaattgtcaaaacgatcctt 29113831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 297 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 2969349 - 2969177
Alignment:
Q  297 aggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctcctt--ggtgcaa 394  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||   |||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  2969349 aggagttggatgagctggtgcaggtccc-tcattggtgtattcttaggcctgtcagctgaaggaa---gtcctctaaggccatacctccttttggtgcaa 2969254  T
Q  395 caccttgaaattgcaaattcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat 470  Q
    |||  ||||||| ||||||||||||||||||| | |||| | || ||| |||||||||||| |||| ||||||||||    
T  2969253 cactctgaaatttcaaattcaatcaaattagtccctaaaatcataacagaatcaatcatatcagtctttcaattaat 2969177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 45 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 31209968 - 31209851
Alignment:
Q  45 attacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata-aagataagcaaaaggaaacccaactatgtggcataattcaa 143  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  | ||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  31209968 attacataggcaaaatcaacccaactatgaggcattaacaagtcataagtcttcaatattacataggcaaaaagaaacccagctatggggcataattcaa 31209869  T
Q  144 ataagcctaaatattaca 161  Q
    | ||| ||||||||||||    
T  31209868 acaagtctaaatattaca 31209851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 190 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 31209842 - 31209564
Alignment:
Q  190 aagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaatta 289  Q
    |||| ||||||||||| ||||   |||||||| |||||||||| ||||| | ||||| ||||||||  | ||| |||  ||| |||||| |||||||| |    
T  31209842 aagcatcacttctttggaaatttaggggttgggataaactccacgaatttatgttgagtcgaaccgaatagaccataacttggatatggtactctaataa 31209743  T
Q  290 tggaaggaggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttgg 389  Q
     |  ||||| ||||| ||| ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||  | ||| ||  ||||||||||   ||||  |||||      
T  31209742 cgccaggagcagttggatgtgtttgtgcatgacccctcactggtgttttcttaggcctctcatttaaaataattggtcctctaatgtcatatatccttat 31209643  T
Q  390 tgcaacaccttgaaattgcaaattcaatcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtccttcaatta 468  Q
     | |||||| || |||| || |||||||||||| | ||| |||| ||| ||||| ||||||| || ||||||| |||||    
T  31209642 agtaacaccctgcaattacatattcaatcaaatcaattcctaaattataacatattcaatcaaatcagtccttaaatta 31209564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 11164808 - 11164715
Alignment:
Q  190 aagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactc 283  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| ||||| |||  ||| |||||| ||||    
T  11164808 aagcttcacttctttggaaagtcgggggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggaccataatttggatatggcactc 11164715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 195 - 388
Target Start/End: Original strand, 25170874 - 25171066
Alignment:
Q  195 tcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaa 294  Q
    ||||||||||  |||| || ||||||| |||||||| ||||| | ||||||| | ||||||| ||||| |||  ||  ||||||||||||||| | |  |    
T  25170874 tcacttctttagaaattcgtgggttgggataaactcaatgaacttaggttgagttgaaccggatggaccataatttcgatatggaactctaataacgcta 25170973  T
Q  295 ggaggagttgaatgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttg 388  Q
    |||| ||||| ||| | | ||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||  ||||| ||  || |||||||   ||||||||||||    
T  25170974 ggagcagttggatgtgctagtgcatga-ccctcactggtgtttgcttaggcctctcatttgaaacaattggccctctaatttcatacctccttg 25171066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 16 - 470
Target Start/End: Original strand, 18727494 - 18727952
Alignment:
Q  16 tcataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaat--aaagataagcaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |   |||  |||||||    
T  18727494 tcataggtcataagtcataagtttgagaaattacataggcaaaagcaacccaactatggggcattaacaagtcataagtcttatacggaaatttaagcaa 18727593  T
Q  114 aaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccg 213  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||    
T  18727594 aaagaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaattcaaaa-catctattaaactccaggaagcatcacttctttggaaatccg 18727692  T
Q  214 ggggttggtataaactccatgaatt---gaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgag 310  Q
    |  ||||||||||||||||||||||    ||||||| ||||||||  ||||  |||||||| ||||||||| |||||||||  || |||||||| |||||    
T  18727693 gtagttggtataaactccatgaattcagtaggttgagtcgaaccgaatggaacataggttggatatggaaccctaattatgccagaaggagttggatgag 18727792  T
Q  311 ttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaa 410  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |  | | |||||||| ||    
T  18727793 ctggtgcagga-ccctcattggtgtttgcttaggcttatcaactgaaagaactggtcctctaaggctatacctccttggtgaagaaacctgaaattgaaa 18727891  T
Q  411 attcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat 470  Q
    |||||||||||||| | | |||| | || | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18727892 attcaatcaaattactccctaaaatcataatataatcaatcatatgagtccttcaattaat 18727952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 17 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 32089093 - 32088610
Alignment:
Q  17 cataggtcataagtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaataaagat--aagcaaa 114  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||  |  ||  |||||||    
T  32089093 cataagtcataggtcataagtctgagaaattacataggcaaaagcaacccaactatggggcattaataagtcataagtcttaaacgacaatttaagcaaa 32088994  T
Q  115 aggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccgg 214  Q
    | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||  || ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  32088993 aagaaactcaactatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaaccccaggaagcatcacttctttggaaatccgg 32088895  T
Q  215 gggttggtataaactccatgaattgag---gttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagt 311  Q
      |||||| ||||||||||||||| ||   ||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  || |||||||| |||||     
T  32088894 tagttggtctaaactccatgaattcagtaggttgagtcgaaccggatggaccataggttggatatggaaccctaattatgctagcaggagttggatgagc 32088795  T
Q  312 tggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaa 411  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||  | | |||||||| |||    
T  32088794 aggtgcaggacccttcattggtgtttgcttaggcctatcaactgaaagaactggtcctctaaggtcatacctccttggtgcagaaacctgaaattgaaaa 32088695  T
Q  412 ttcaatcaaattagttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaattaat-taaataattgtcaaatcgatcctt 494  Q
    ||||||||||||||| | |||| | || |||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||||  |||||||    
T  32088694 ttcaatcaaattagtccctaaaatcataacataatcaatcatatgagtccttcaattaatattactaattgtcaaaatgatcctt 32088610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 29 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 35399866 - 35399432
Alignment:
Q  29 gtcataagtatgagacattacatatgcaaaataaaccgaactatgaggcattaacaagtcatgagtcttaaata--aagataagcaaaaggaaacccaac 126  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| ||||||  |||| ||||||| | |||||||||||||| ||| |||||    ||| ||||||||| ||||||||||    
T  35399866 gtcataagtctgagaaattacataggcaaaagcaacccaactatgggacattaacaagtcataagttttaaacggcaagttaagcaaaaagaaacccaac 35399767  T
Q  127 tatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaacttcatgaagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataa 226  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  35399766 tatggggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaa-catctattaaactccaggaagcatcacttctttgaaaatccgggagttagtataa 35399668  T
Q  227 actccatgaatt---gaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttgaatgagttggtgcaggacc 323  Q
    |||||| |||||    ||||||| ||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||  |         | ||||||||||||||||||    
T  35399667 actccacgaatttagtaggttgagtcgaaacggatggaccataggttggatatggaaccctaattatgcca---------gcatgagttggtgcaggacc 35399577  T
Q  324 cctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaattgcaaattcaatcaaatt 423  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||  | | |||||||| |||||||||||||||    
T  35399576 tctcattggtgtttgcttaggcctatcagatgtaagaactagtcctctaaggccatacctccttggtgcagaaac-tgaaattgaaaattcaatcaaatt 35399478  T
Q  424 agttcataaact-atgacataatcaatcatataagtccttcaatta 468  Q
    ||| | |||| | || |||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  35399477 agtccctaaaatcataacataatcaatcatatcagtcgttcaatta 35399432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 111 - 460
Target Start/End: Original strand, 15457884 - 15458237
Alignment:
Q  111 caaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcatattttaaactt-----catgaagcttcacttctttg 205  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||  | |||||||||||||||||  |     ||| |||| |||||| ||||    
T  15457884 caaaaagaaacccaactatgagacataattcaaacaagtctaaatattacattttcaaaagcatattttaaatatgtttccattaagcatcacttttttg 15457983  T
Q  206 aaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggacaataggttgaatatggaactctaattatggaaggaggagttga 305  Q
     |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||  ||| |||||| |||||||| | |  ||||| |||||     
T  15457984 gaaatccggaggttgggataaactccatgaatttaggttgagtcgaaccggatggactataacttggatatggtactctaataacgtcaggagcagttgg 15458083  T
Q  306 atgagttggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcctatcagctgaaagaaccggtcctctaagaccatacctccttggtgcaacaccttgaaat 405  Q
    ||| | || |||||||||||||| ||||| ||||||||| || |||  ||||| ||  ||||||||||   | ||||||||||  | |||||| || |||    
T  15458084 atgtgctgatgcaggacccctcactggtgcttgcttagg-ctctcatttgaaataattggtcctctaatgtcgtacctccttgtagtaacaccctgcaat 15458182  T
Q  406 tgcaaattcaatcaaattagttcataaactatgacataatcaatcatataagtcc 460  Q
    | ||  ||||||||||| ||| | |||| ||| ||||| ||||||| || |||||    
T  15458183 tacattttcaatcaaatcagtccctaaattataacatattcaatcaaatcagtcc 15458237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 77 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 24497523 - 24497338
Alignment:
Q  77 cattaacaagtcatgagtcttaaataa-agataagcaaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaatccaaaagcata 175  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||  | ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  24497523 cattagcaagtcataagtcataaatattacataggcaaaaagaaacccaactatggggcataattcaaacaagtctaaatattacatttccaaaagcata 24497424  T
Q  176 ttttaaa-----cttcatgaagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgg 256  Q
    |||||||      | ||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||||  ||||| ||||||| |||||||||    
T  24497423 ttttaaatacgtttccatcaagcatcacttctttgaaaatccggaagttgggataagctccgcgaatttaggttgagtcgaaccgg 24497338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 27076463 - 27076334
Alignment:
Q  111 caaaaggaaacccaactatgtggcataattcaaataagcctaaatattacaaat-ccaaaagcatattttaaactt-catgaagcttcacttctttgaaa 208  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||| ||| ||| ||||||||||||  | ||||||||||| ||||| |   ||| || | ||||||||||||||    
T  27076463 caaaaagaaacccaactagggggcataatttaaacaagtctaaatattacattttccaaaagcataatttaatcaggcatcaaacatcacttctttgaaa 27076364  T
Q  209 atccgggggttggtataaactccatgaatt 238  Q
    |||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  27076363 atcttggggttgggataaactccatgaatt 27076334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 190 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 19997709 - 19997660
Alignment:
Q  190 aagcttcacttctttgaaaat-ccgggggttggtataaactccatgaatt 238  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19997709 aagcatcacttctttgaaaattccgggggttggaataaactccatgaatt 19997660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0092 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000008; HSPs: 2)
Name: scaffold0092
Description:

Target: scaffold0092; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 190 - 256
Target Start/End: Original strand, 35223 - 35289
Alignment:
Q  190 aagcttcacttctttgaaaatccgggggttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgg 256  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| | |||||||    
T  35223 aagcttcacttctttggaaagccgggggttgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccgg 35289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0092; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 313 - 347
Target Start/End: Original strand, 35328 - 35362
Alignment:
Q  313 ggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 347  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35328 ggtgcaggacccctcattggtgtttgcttaggcct 35362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0204 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0204
Description:

Target: scaffold0204; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 190 - 262
Target Start/End: Original strand, 28943 - 29016
Alignment:
Q  190 aagcttcacttctttgaaaatccggggg-ttggtataaactccatgaattgaggttgattcgaaccgggtggac 262  Q
    ||||||||||||||| |||| || |||| |||| |||||||||||||| | ||||||| | ||||||| |||||    
T  28943 aagcttcacttctttaaaaagccaggggattgggataaactccatgaacttaggttgacttgaaccggatggac 29016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University