View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16627_low_1 (Length: 898)

Name: NF16627_low_1
Description: NF16627
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16627_low_1
NF16627_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-898)||(52512808-52513692)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 836; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 836; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 898
Target Start/End: Complemental strand, 52513692 - 52512808
Alignment:
Q  14 ataattctaacttgactttgcttcataaaaatcccactggcaagttcagaagccagctccgagaccaaagggaagaaggtataaagagaaatgctaaggc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52513692 ataattctaacttgactttgcttcataaaaatcccactggcaagttcagaagccagctccgagaccaaagggaagaaggtataaagagaaatgctaaggc 52513593  T
Q  114 ggagaccgactcgcaaaggccaaacacatctgcaaggtgctccaagaggagaagttacataaggctcggtgcaagcggttgataaacaatctgaagatat 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52513592 ggagaccgactcgcaaaggccaaacacatctgcaaggtgctccaagaggagaagttacataaggctcggtgcaagcggttgataaacaatctgaagatat 52513493  T
Q  214 tnnnnnnntaaatttaattatgatgaaaattgttcagaacattccaaaaagtacagatattgaaagctttgtccacagaataaaacctactaagcaaata 313  Q
    |       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52513492 taaaaaaataaatttaattatgatgaaaattgttcagaacattccaaaaagtacagatattgaaagctatgtccacagaataaaacctactaagcaaata 52513393  T
Q  314 atgtgctaaccttcattaggaggtggaggtggcaatgtcttaggactcttggaagaagaaccagacggagatgccttaggaggaaaagagggtatttgca 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  52513392 atgtgctaaccttcattaggaggtggaggtggcaatgtcttaggactcttggaagaagaaccagacggagatactttaggaggaaaagagggtatttgca 52513293  T
Q  414 ttgcaataacaaaaacaatgaatgattaagactagtaagttgatgataatgtaaggacaaagatttctttaataaaattcgcaaggacgtaaattctgta 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52513292 ttgcaataacaaaaacaatgaatgattaagactagtaagttgatgataatgtaaggacaaagatttctttaataaaattcgcaaggacgtaaattctgta 52513193  T
Q  514 tcctggaaaatgaatagaattcatattttcatacttttggttgggtgagagccaaatttgattgatggagaaggagcaggagcaaattggctcttgtttg 613  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52513192 tcctggcaaatgaatagaattcatattttcatacttttggttgggtgagagccaaatttgattgatggagaaggagcaggagcaaattggctcttgtttg 52513093  T
Q  614 aatgaatgggagaagaaagtggagaaactgagaaacacatgaagtaaaacaagtattcagaaatgtcatttgtttacttttcactctcatagaataaaca 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  52513092 aatgaatgggagaagaaagtggagaaactgagaaacacatgaagaaaaacaagtattcagaaaagtcatttgtttacttttcactctcatagaatagaca 52512993  T
Q  714 tcttactaagaaatttataacactaatataggtacctgacttccatggtagtggaacatgatgtctttgtccacctgtttttggtgataatgagggagga 813  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52512992 tcttactaagaaatttataacactaatataggtacctgacttccatggtagtggaacatgatgtctttgtccacctgtttttggtgataatgagggagga 52512893  T
Q  814 atcgctctatctagatcaaaaagtgtaaaacaaaaattggttatatattcagttgcagcaaagaacttcatttgtgacacaattt 898  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52512892 atcgctctatctagatcaaaaagtgtaaaacaaaaattggttatatattcagttgcagcaaagaacttcatttgtgacacaattt 52512808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University