View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16629_low_59 (Length: 248)

Name: NF16629_low_59
Description: NF16629
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16629_low_59
NF16629_low_59
[»] scaffold0004 (2 HSPs)
scaffold0004 (77-237)||(350991-351148)
scaffold0004 (77-237)||(345670-345827)
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (77-237)||(22430351-22430508)
chr2 (77-237)||(22435945-22436102)
chr2 (77-237)||(43776994-43777151)
chr2 (77-237)||(630734-630891)
chr2 (77-237)||(636285-636442)
chr2 (77-237)||(7909962-7910119)
chr2 (77-237)||(7917417-7917574)
chr2 (77-237)||(22424981-22425138)
chr2 (77-237)||(14893229-14893390)
chr2 (77-221)||(14898799-14898943)
chr2 (77-237)||(43771468-43771623)
chr2 (77-237)||(26694156-26694313)
chr2 (77-222)||(1519157-1519306)
chr2 (102-222)||(1525657-1525783)
chr2 (77-165)||(26702321-26702409)
chr2 (140-214)||(19052428-19052502)
chr2 (85-145)||(14188410-14188470)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (77-237)||(12756161-12756318)
chr8 (77-220)||(24052033-24052176)
chr8 (85-237)||(41043482-41043631)
chr8 (77-237)||(41048862-41049012)
chr8 (81-145)||(13242857-13242922)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (77-237)||(16648426-16648583)
chr7 (77-237)||(17622787-17622944)
chr7 (77-237)||(32148480-32148637)
chr7 (77-237)||(42208896-42209059)
chr7 (77-222)||(557871-558016)
chr7 (77-222)||(42167620-42167765)
chr7 (77-237)||(44655602-44655759)
chr7 (77-222)||(576054-576199)
chr7 (80-161)||(25499152-25499233)
chr7 (80-161)||(25493915-25493996)
chr7 (104-222)||(26456872-26456991)
chr7 (103-222)||(38011710-38011829)
chr7 (140-222)||(25493832-25493914)
chr7 (150-222)||(25499069-25499141)
chr7 (78-149)||(11726483-11726553)
chr7 (121-174)||(30027344-30027397)
chr7 (104-148)||(11726398-11726442)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (77-237)||(28375720-28375877)
chr5 (77-237)||(28366980-28367137)
chr5 (77-222)||(1536554-1536699)
chr5 (77-222)||(30963173-30963316)
chr5 (77-187)||(30927382-30927490)
chr5 (77-237)||(34647933-34648086)
chr5 (183-237)||(30957702-30957753)
chr5 (78-143)||(54437-54502)
chr5 (85-145)||(23775275-23775335)
chr5 (85-145)||(23862229-23862289)
chr5 (192-222)||(14664069-14664099)
chr5 (121-149)||(14664036-14664064)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (77-237)||(3110508-3110665)
chr3 (77-237)||(13985263-13985420)
chr3 (77-237)||(13990835-13990992)
chr3 (77-237)||(23344379-23344536)
chr3 (77-237)||(40800637-40800794)
chr3 (77-237)||(2168650-2168807)
chr3 (77-237)||(2174217-2174374)
chr3 (77-237)||(23338832-23338989)
chr3 (77-237)||(3112125-3112282)
chr3 (77-237)||(9730312-9730469)
chr3 (77-237)||(40802561-40802718)
chr3 (77-237)||(48216335-48216492)
chr3 (77-222)||(13980655-13980800)
chr3 (124-223)||(9724670-9724768)
chr3 (78-222)||(13991988-13992132)
chr3 (77-182)||(34578816-34578921)
chr3 (140-222)||(20454633-20454715)
chr3 (77-119)||(9721562-9721604)
chr3 (77-143)||(17033242-17033307)
chr3 (80-145)||(19307722-19307787)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (77-237)||(15716627-15716784)
chr1 (77-237)||(26711476-26711633)
chr1 (77-237)||(27178969-27179126)
chr1 (77-237)||(27194970-27195127)
chr1 (77-237)||(15711046-15711203)
chr1 (77-237)||(33498418-33498575)
chr1 (109-237)||(33492968-33493093)
chr1 (77-153)||(17721823-17721899)
chr1 (140-222)||(16498808-16498889)
chr1 (77-203)||(3343872-3344002)
chr1 (82-150)||(16498728-16498796)
chr1 (150-222)||(17721733-17721805)
chr1 (77-113)||(33491523-33491559)
chr1 (98-153)||(9088672-9088727)
chr1 (77-145)||(22575864-22575932)
chr1 (77-145)||(29644986-29645054)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (77-237)||(14855940-14856097)
chr6 (77-237)||(14847082-14847239)
chr6 (77-237)||(26680574-26680730)
chr6 (151-222)||(6933055-6933126)
chr6 (77-149)||(10345722-10345793)
chr6 (185-222)||(6924865-6924902)
chr6 (77-145)||(31023400-31023468)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (77-237)||(20192591-20192748)
chr4 (77-220)||(20197955-20198098)
chr4 (77-237)||(6156554-6156711)
chr4 (77-237)||(6162251-6162408)
chr4 (77-237)||(53982098-53982254)
chr4 (176-218)||(7156308-7156350)
chr4 (82-142)||(12733922-12733982)
chr4 (82-149)||(7739742-7739808)
chr4 (77-145)||(26868220-26868288)
[»] scaffold0211 (1 HSPs)
scaffold0211 (77-237)||(26907-27064)
[»] scaffold0169 (2 HSPs)
scaffold0169 (103-222)||(8711-8830)
scaffold0169 (77-211)||(10984-11118)
[»] scaffold0121 (2 HSPs)
scaffold0121 (77-161)||(11425-11509)
scaffold0121 (159-222)||(11529-11592)
[»] scaffold0124 (2 HSPs)
scaffold0124 (77-161)||(39540-39624)
scaffold0124 (140-222)||(39457-39539)


Alignment Details
Target: scaffold0004 (Bit Score: 139; Significance: 8e-73; HSPs: 2)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 350991 - 351148
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  350991 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggaccaataa 351090  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  351091 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 351148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 345670 - 345827
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  345670 gattatattattttcttatgatgtataattaggttacatgtgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagtaagcacaatatggcccaataa 345769  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  345770 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 345827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 139; Significance: 8e-73; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 22430508 - 22430351
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22430508 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 22430409  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  22430408 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 22430351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 22436102 - 22435945
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22436102 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 22436003  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  22436002 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 22435945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 43777151 - 43776994
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43777151 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 43777052  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  43777051 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 43776994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 630891 - 630734
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  630891 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 630792  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||    
T  630791 gctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatcc---acttgtaatattcat 630734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 636442 - 636285
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  636442 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 636343  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||    
T  636342 gctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatcc---acttgtaatattcat 636285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 7909962 - 7910119
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7909962 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 7910061  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||    
T  7910062 gctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatcc---acttgtaatattcat 7910119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 7917417 - 7917574
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7917417 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 7917516  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||    
T  7917517 gctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatcc---acttgtaatattcat 7917574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 22425138 - 22424981
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22425138 gattatattattctcttgtgatgtataattgggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 22425039  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  22425038 gctaacaatatgatccaataacccatttgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 22424981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 14893390 - 14893229
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac----aatatggccca 172  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||    
T  14893390 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaataaatatggccca 14893291  T
Q  173 ataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  14893290 ataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 14893229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 77 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 14898943 - 14898799
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||    
T  14898943 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgatttagggagcaagcacaatatggtccaataa 14898844  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccac 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14898843 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccac 14898799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 43771623 - 43771468
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43771623 gattatattattctcttgtgatgtataattaggtta--tatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 43771526  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  43771525 gctaacaatatgatctaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 43771468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 26694313 - 26694156
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||    
T  26694313 gattatgttattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaataaggttcaataa 26694214  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  26694213 actaacagtatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 26694156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 77 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 1519306 - 1519157
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatga----cttggggagcaagcacaatatggccca 172  Q
    |||||||||||||||||   || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||||    
T  1519306 gattatattattctcttggtatctctaattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgaatgacttggggagcaagcacaatatgaccca 1519207  T
Q  173 ataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  1519206 ataagctaacaatataatccaataatccaattgctatatggatatccact 1519157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 102 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 1525783 - 1525657
Alignment:
Q  102 taattaggttacatatgaactctatttata------gagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaat 195  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||    
T  1525783 taattaggttacatatgagctctatttatatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatgacctaataagctaacagtatgatccaat 1525684  T
Q  196 aacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  1525683 aacccaatttctatatggacatccact 1525657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 77 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 26702409 - 26702321
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaata 165  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26702409 gattatgttattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaata 26702321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 140 - 214
Target Start/End: Original strand, 19052428 - 19052502
Alignment:
Q  140 caatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatgga 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| | |||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  19052428 caatgacttggggagcaagcacaatatcgtccaataagctaatagtatgactcaataactcaattgctatatgga 19052502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 14188470 - 14188410
Alignment:
Q  85 tattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatga 145  Q
    ||||||||| || |||| ||||| ||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  14188470 tattctcttgtggtgtacaattatgttacatgtggtctctatttatagagaagtacaatga 14188410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 12756161 - 12756318
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12756161 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 12756260  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||    
T  12756261 gctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatcc---acttgtaatattcat 12756318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 77 - 220
Target Start/End: Original strand, 24052033 - 24052176
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24052033 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 24052132  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcca 220  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  24052133 actaacaatatgatccaataactcaattgttatatggacatcca 24052176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 85 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 41043631 - 41043482
Alignment:
Q  85 tattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaa 184  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  41043631 tattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagtaagcacaataaagcccaataagctaacaa 41043532  T
Q  185 tatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||    
T  41043531 tatgatccaataacccaattgctatatagacatcc---acttgtaatattcat 41043482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 41049012 - 41048862
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||    
T  41049012 gattatgttattatcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttataaataaatacaatgacttggggagcaaacataataagacccaataa 41048913  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||       ||| |||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  41048912 gctaa-------atcaaataactcaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 41048862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 81 - 145
Target Start/End: Original strand, 13242857 - 13242922
Alignment:
Q  81 atattattctcttatgatgtataattaggtt-acatatgaactctatttatagagaaatacaatga 145  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||  || |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  13242857 atattattttcttatgatgtaaaattatatttacatgtgatctctatttatagagaagtacaatga 13242922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 16648583 - 16648426
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16648583 gattatatttttctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 16648484  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  16648483 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 16648426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 17622944 - 17622787
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17622944 gattatatttttctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 17622845  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  17622844 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 17622787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 32148637 - 32148480
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32148637 gattatattattttcttgtgatgtataattaggttacatataagctctatttatagagaaatacaatgactttgggagcaagcacaatatggcccaataa 32148538  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||    
T  32148537 actaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatcc---acttgtaatattcat 32148480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 42209059 - 42208896
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataatta------ggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcc 170  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42209059 gattatattattctcttgtgatgtataattataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggtc 42208960  T
Q  171 caataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  42208959 caataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 42208896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 77 - 222
Target Start/End: Original strand, 557871 - 558016
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  557871 gattatattattctcttgtgatgtacaattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttgggaagcaagcacaatatggcccaataa 557970  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    ||||| | ||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  557971 gctaatagtatgacccaataaccgaattgttatatagacatccact 558016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 77 - 222
Target Start/End: Original strand, 42167620 - 42167765
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42167620 gattatgttattttcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaataaggcccaataa 42167719  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
     |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42167720 actaacagtatgatcaaataactcaattgctatatggacatccact 42167765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 44655759 - 44655602
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | | ||||||||    
T  44655759 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagcttaatttatagagaaatacaaagacttgggtagcaagcacaacaagacccaataa 44655660  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  44655659 gctaacagtatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 44655602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 77 - 222
Target Start/End: Original strand, 576054 - 576199
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  576054 gattatattattctcttgtgatgtacaattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttgggaagcaatcacaatatggcccaataa 576153  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    ||||| | ||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||    
T  576154 gctaatagtatgacccaataaccgaattgttatatagacatccact 576199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 80 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 25499233 - 25499152
Alignment:
Q  80 tatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 161  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25499233 tatattattctcttgtgatgtatcattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 25499152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 80 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 25493996 - 25493915
Alignment:
Q  80 tatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 161  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25493996 tatattattctcttgtgatgtatcattatgttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 25493915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 104 - 222
Target Start/End: Original strand, 26456872 - 26456991
Alignment:
Q  104 attaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaat 203  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| || ||||||||||| | ||| | ||||||| |||||    
T  26456872 attaagttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgatttggagagcaagcgcaatatagcacaataagctaatagtataacccaataatccaat 26456971  T
Q  204 tg-ctatatggacatccact 222  Q
    || |||||||||||||||||    
T  26456972 tgcctatatggacatccact 26456991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 103 - 222
Target Start/End: Original strand, 38011710 - 38011829
Alignment:
Q  103 aattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaa 202  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||| | || | ||||  ||||||||| |||| | ||||| | ||||||||||    
T  38011710 aattaggttacatatgagctctatagatagagtaatacaatgacttggggatccagtataataaagcccaataaactaagagtatgacctaataacccaa 38011809  T
Q  203 ttgctatatggacatccact 222  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  38011810 ttgttatatggacatccact 38011829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 140 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 25493914 - 25493832
Alignment:
Q  140 caatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25493914 caatgacttagggagcaagcacaatatggtccaataagctaatagtatgacccattaacctaattgctatatggacatccact 25493832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 150 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 25499141 - 25499069
Alignment:
Q  150 gggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25499141 gggagcaagcacaatatggtccaataagctaatagtatgacccaataacctaattgctatatggacatccact 25499069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 78 - 149
Target Start/End: Original strand, 11726483 - 11726553
Alignment:
Q  78 attatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttg 149  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11726483 attatattattctcttatgttgtc-aataaggttacatgtgagctctatttatagagaaatacaataacttg 11726553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 121 - 174
Target Start/End: Original strand, 30027344 - 30027397
Alignment:
Q  121 ctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaat 174  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||| |||||||||| |||||    
T  30027344 ctctatttatagaaaaatacagtgactttaggagcaaacacaatatggtccaat 30027397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 104 - 148
Target Start/End: Original strand, 11726398 - 11726442
Alignment:
Q  104 attaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgactt 148  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  11726398 attaggttacatgtgacctctatttataaagaaacacaatgactt 11726442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 28375720 - 28375877
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28375720 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 28375819  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  28375820 gctaacaatatgatccaataactcaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 28375877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 28366980 - 28367137
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28366980 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 28367079  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||   |||||||||||||||    
T  28367080 gctaacaatatgatccaataactcaattgctatattgacatcc---acttgtaatattcat 28367137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 77 - 222
Target Start/End: Original strand, 1536554 - 1536699
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    |||||||||||||||||   || | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1536554 gattatattattctcttggtatctctaattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 1536653  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1536654 gctaacagtatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 1536699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 77 - 222
Target Start/End: Original strand, 30963173 - 30963316
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30963173 gattatattattctcttgtgatgtataattaagtta--tatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggtccaataa 30963270  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30963271 gctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatccact 30963316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 77 - 187
Target Start/End: Original strand, 30927382 - 30927490
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30927382 gattatattattcttttgtgatgtataattaagtta--tatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggtccaataa 30927479  T
Q  177 gctaacaatat 187  Q
    |||||||||||    
T  30927480 gctaacaatat 30927490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 34647933 - 34648086
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||           
T  34647933 gattctattattctcttgtgatgtacaattaggttacatatgagctcaatttatacagaaatacaatgatttggggagcaagcacaatatagc------- 34648025  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcca-ctacttgtaatattcat 237  Q
     |||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||    
T  34648026 -ctaatagtataacccaataacccaattgctatatggacatccatccacttataatattcat 34648086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 237
Target Start/End: Original strand, 30957702 - 30957753
Alignment:
Q  183 aatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  30957702 aatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 30957753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 143
Target Start/End: Original strand, 54437 - 54502
Alignment:
Q  78 attatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaat 143  Q
    |||||||||||| ||| || |||| ||||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  54437 attatattattcacttgtgttgtacaattgtgttacatgtgaactctatttatatagaaatacaat 54502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 23775335 - 23775275
Alignment:
Q  85 tattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatga 145  Q
    ||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  23775335 tattctcttctgatgtacaattatcttacatgtgatctctatttatagagaagtacaatga 23775275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 85 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 23862289 - 23862229
Alignment:
Q  85 tattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatga 145  Q
    ||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  23862289 tattctcttctgatgtacaattatcttacatgtgatctctatttatagagaagtacaatga 23862229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 192 - 222
Target Start/End: Original strand, 14664069 - 14664099
Alignment:
Q  192 caataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14664069 caataacccaattgctatatggacatccact 14664099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 121 - 149
Target Start/End: Original strand, 14664036 - 14664064
Alignment:
Q  121 ctctatttatagagaaatacaatgacttg 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14664036 ctctatttatagagaaatacaatgacttg 14664064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 3110508 - 3110665
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3110508 gattatattattctcttgtgatgtataattaagttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 3110607  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  3110608 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 3110665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 13985420 - 13985263
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13985420 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgatctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaacacaatatggcccaataa 13985321  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  13985320 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 13985263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 13990992 - 13990835
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13990992 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaacacaatatggcccaataa 13990893  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  13990892 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 13990835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 23344536 - 23344379
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23344536 gattatattattctcttgtgatctataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 23344437  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  23344436 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 23344379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 40800637 - 40800794
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40800637 gattatattattctcttgttatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 40800736  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  40800737 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 40800794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 2168650 - 2168807
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2168650 gattatattattctcttgtgatgtataattaggctacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaacacaatatggcccaataa 2168749  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  2168750 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 2168807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 2174217 - 2174374
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2174217 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaacacaatatggcccaataa 2174316  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||    
T  2174317 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatac---acttgtaatattcat 2174374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 23338989 - 23338832
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23338989 gattatattattctcttgtgatctataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 23338890  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  23338889 gctaacaatatgatccaataatccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 23338832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 3112125 - 3112282
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3112125 gattatattattctcttgtgatgtataattaagttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 3112224  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  3112225 gctaacaatatgatcttataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 3112282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 9730312 - 9730469
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9730312 gattatattattctcttgtcatgtataattagattacatatgagctctatttatagagaaatacaatgatttggggagcaagcacaatatggcccaataa 9730411  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  9730412 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 9730469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 40802561 - 40802718
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  40802561 gattatattattctcttgtgatgtataattaagttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttgggaagcaagcacaatatcgcccaataa 40802660  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  40802661 gctaacaatatgatccaataactcaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 40802718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 48216335 - 48216492
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  48216335 gattatattattctcttgtgatatataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaaccaaaatatggcccaataa 48216434  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  48216435 gctgacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 48216492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 77 - 222
Target Start/End: Original strand, 13980655 - 13980800
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    |||||||||||||||||   ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13980655 gattatattattctcttggtatgtacaattagattacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 13980754  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    ||||| | ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  13980755 gctaatagtatgacccaataacccaattcctatatagacatccact 13980800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 124 - 223
Target Start/End: Original strand, 9724670 - 9724768
Alignment:
Q  124 tatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacta 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9724670 tatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggccaaa-aagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccacta 9724768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 78 - 222
Target Start/End: Original strand, 13991988 - 13992132
Alignment:
Q  78 attatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataag 177  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  13991988 attatattattctcttgatatgtataattaggttgcatatgagctctatttatacataaacacaatgacttgaagagcaagcacaatatgacccaataag 13992087  T
Q  178 ctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    |||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13992088 ctaatagtatgacccaataacccaattgctatatagacatccact 13992132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 77 - 182
Target Start/End: Original strand, 34578816 - 34578921
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||||  ||   |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||  |||||||    
T  34578816 gattatattattctcttagtatcactaattaggttacatataagctctatttatagagaaatacaatgacttggggaataagtacaatatgatccaataa 34578915  T
Q  177 gctaac 182  Q
    ||||||    
T  34578916 gctaac 34578921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 140 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 20454715 - 20454633
Alignment:
Q  140 caatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||  | ||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20454715 caataacttggagatcaagcacaatataacacaataaattaatagtatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 20454633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 119
Target Start/End: Original strand, 9721562 - 9721604
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatga 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  9721562 gattatattattctcttgtgatgtataattagagtacatatga 9721604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 17033307 - 17033242
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaat 143  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||    
T  17033307 gattatattattctcttataatgtacaa-tatgttacatgtggtctctatttatagagaagtacaat 17033242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 80 - 145
Target Start/End: Original strand, 19307722 - 19307787
Alignment:
Q  80 tatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatga 145  Q
    |||||||||||| |  |||||  | ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19307722 tatattattctccttggatgtcaagttatgttacatgtgatctctatttatagagaaatacaatga 19307787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15716784 - 15716627
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15716784 gattatattattctcttgtgatgtataattacgttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 15716685  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  15716684 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 15716627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 26711476 - 26711633
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26711476 gattatattattctcttgtgatgtctaattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 26711575  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  26711576 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 26711633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 27178969 - 27179126
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27178969 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 27179068  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||    
T  27179069 gctaacaatatgatccaataacccaattgttatatggacatcc---acttgtaatattcat 27179126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 27194970 - 27195127
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27194970 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 27195069  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||   |||||||||||||||    
T  27195070 gctaacaatatgatccaataacccaattgttatatagacatcc---acttgtaatattcat 27195127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15711203 - 15711046
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15711203 gattatattattctcttgtgatgtataattacgttacatatgagctctatttataaagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggtccaataa 15711104  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  15711103 actaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 15711046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 33498418 - 33498575
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33498418 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatataagctccatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatagcccaataa 33498517  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  33498518 gctaaaaatatgatccaacaacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 33498575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 109 - 237
Target Start/End: Original strand, 33492968 - 33493093
Alignment:
Q  109 gttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgcta 208  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  33492968 gttacatataagctctatttatagagaaatacaatgacttagggagcaagcacaatatagcccaataagctaacaatatgatccaacaactcaattgcta 33493067  T
Q  209 tatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||   |||||||||||||||    
T  33493068 tatggacatcc---acttgtaatattcat 33493093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 77 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 17721899 - 17721823
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttgggga 153  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17721899 gattatattattctcttgtgatgtacaattaggttacatacgagctctatttatagagaaatataatgacttgggga 17721823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 140 - 222
Target Start/End: Original strand, 16498808 - 16498889
Alignment:
Q  140 caatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16498808 caatgacttggg-agcaagcacaatatggcccaataagctaatagtataacctaataacccaattgctatatggacatccact 16498889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 77 - 203
Target Start/End: Original strand, 3343872 - 3344002
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttg----gggagcaagcacaatatggccca 172  Q
    |||| ||||||| |||| | || |||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||    || ||||||||||||||| ||||    
T  3343872 gattctattattttcttgttatatataattaggttacatataagttctatttatatagaaatacaatgacttgggaaggaagcaagcacaatatgaccca 3343971  T
Q  173 ataagctaacaatatgatccaataacccaat 203  Q
    ||||||||| | ||| | |||||||||||||    
T  3343972 ataagctaatagtataacccaataacccaat 3344002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 82 - 150
Target Start/End: Original strand, 16498728 - 16498796
Alignment:
Q  82 tattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttgg 150  Q
    |||||||||||| || | |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16498728 tattattctcttgtggtatgcaattaggttacatatgagctctatttatagagagatacaatgacttgg 16498796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 150 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 17721805 - 17721733
Alignment:
Q  150 gggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||  | ||||| ||||||||| ||||  || |||||||||||||    
T  17721805 gggagcaaacacaatatagcccaataagctagtagtatgacccaataaccaaattcttacatggacatccact 17721733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 77 - 113
Target Start/End: Original strand, 33491523 - 33491559
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttac 113  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33491523 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttac 33491559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 98 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 9088727 - 9088672
Alignment:
Q  98 tgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttgggga 153  Q
    |||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  9088727 tgtacaattagattacatataagctctatttatagagaaatataatgatttgggga 9088672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 77 - 145
Target Start/End: Original strand, 22575864 - 22575932
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatga 145  Q
    ||||||||||||||||| |  |||  ||||| ||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  22575864 gattatattattctcttgtagtgttcaattatgttacatgtggtctctatttatagagaagtacaatga 22575932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 77 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 29645054 - 29644986
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatga 145  Q
    |||||||||||  | || ||||||||||||| ||||||| |||  | ||||||||||||| ||||||||    
T  29645054 gattatattatcgttttgtgatgtataattatgttacatgtgatttttatttatagagaagtacaatga 29644986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 14856097 - 14855940
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  14856097 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacgtggggagcaagcacaatatggcccaatat 14855998  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  14855997 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 14855940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 14847239 - 14847082
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14847239 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagttctatttatagagaaatacaatgacgtggggagcaatcacaatatggcccaataa 14847140  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||    
T  14847139 gctaacaatatgatcaaataacccaattgctatatggatatcc---acttgtaatattcat 14847082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 26680730 - 26680574
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  26680730 gattatgttattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgactt-gggagcaagcacaataaggcccaataa 26680632  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
     |||||| ||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||    
T  26680631 actaacagtatgatcaaaaaactcaattgctacatggacatcc---acttgtaatattcat 26680574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 151 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 6933126 - 6933055
Alignment:
Q  151 ggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6933126 ggagcaaacacaatatagtccaataagctaacagtatgacccaataacccaattgctatatggacatccact 6933055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 77 - 149
Target Start/End: Original strand, 10345722 - 10345793
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttg 149  Q
    ||||||||||||||||| || |||  ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  10345722 gattatattattctcttgtgttgtc-aattaagttacatgtgaactctatttatatagaaatagaatgacttg 10345793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 185 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 6924902 - 6924865
Alignment:
Q  185 tatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6924902 tatgatccaataacccaattgctatatcgacatccact 6924865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 77 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 31023468 - 31023400
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatga 145  Q
    |||||||||||| || | |||| || ||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||    
T  31023468 gattatattattttcatgtgatatacaattatgttacatgtgatctctatttatatagaactacaatga 31023400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Original strand, 20192591 - 20192748
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20192591 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatataagctctatttatagagaaatacaatgactttgggagcaagcacaatatggcccaataa 20192690  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  20192691 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 20192748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 77 - 220
Target Start/End: Original strand, 20197955 - 20198098
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20197955 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatataagctctatttatagagaaatacaatgactttgggagcaagcacaatatggcccaataa 20198054  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcca 220  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20198055 actaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcca 20198098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 6156711 - 6156554
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6156711 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 6156612  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |   |||||||||||||||    
T  6156611 actaacaatatgatccaataacccaatttctatatgaacattc---acttgtaatattcat 6156554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 6162408 - 6162251
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6162408 gattatattattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatgacccaataa 6162309  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||   |||||||||||||||    
T  6162308 actaacaatatgatccaataacccaatttctatatggatatcc---acttgtaatattcat 6162251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 53982254 - 53982098
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  53982254 gattatgttattctcttgtgatgtataattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgactt-gggagcaagcacaataaggcccaataa 53982156  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  53982155 gctaacagtatgatcaaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 53982098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 176 - 218
Target Start/End: Original strand, 7156308 - 7156350
Alignment:
Q  176 agctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatc 218  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7156308 agctaataatatgatccaataacccaattgctatatgaacatc 7156350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 142
Target Start/End: Original strand, 12733922 - 12733982
Alignment:
Q  82 tattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaa 142  Q
    |||||||||||| ||||    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  12733922 tattattctcttgtgataaccaattaggttacatgtgagctctatttatagagaaatacaa 12733982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 82 - 149
Target Start/End: Original strand, 7739742 - 7739808
Alignment:
Q  82 tattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttg 149  Q
    ||||||||||||||  |||  ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  7739742 tattattctcttatattgtc-aattaggttacatgtgaactatgtttatagagaaatataatgacttg 7739808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 77 - 145
Target Start/End: Original strand, 26868220 - 26868288
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatga 145  Q
    |||| ||||||||||||| ||| | | |||| |||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  26868220 gattctattattctcttaagatatgtgattatgttatatgtgatctctatttgtagagaaatacaatga 26868288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0211 (Bit Score: 119; Significance: 7e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0211
Description:

Target: scaffold0211; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 77 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 27064 - 26907
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    ||||||||||||||||| | |||| | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27064 gattatattattctctttttatgttttattatgttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatgacccaataa 26965  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccactacttgtaatattcat 237  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  26964 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatcc---acttgtaatattcat 26907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0169 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0169
Description:

Target: scaffold0169; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 103 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8830 - 8711
Alignment:
Q  103 aattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaa 202  Q
    |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  8830 aattagattacatataatctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatgacccaataagctaatagtatgacccaataacccaa 8731  T
Q  203 ttgctatatggacatccact 222  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  8730 ttgctatatagacatccact 8711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0169; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 77 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 11118 - 10984
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataa 176  Q
    |||||||||||||||||   || |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11118 gattatattattctcttggtatatccaattaggttatatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcacaatatgacccaataa 11019  T
Q  177 gctaacaatatgatccaataacccaattgctatat 211  Q
    ||||| | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  11018 gctaatagtatgacccaataacccaattgctatat 10984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0121 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 2)
Name: scaffold0121
Description:

Target: scaffold0121; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 77 - 161
Target Start/End: Original strand, 11425 - 11509
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 161  Q
    ||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11425 gattatattattctcttagtatgtaccattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 11509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0121; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 159 - 222
Target Start/End: Original strand, 11529 - 11592
Alignment:
Q  159 cacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    |||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  11529 cacaatatggtccaataagctaatagtatgacccaataacctaattgctatgtggacatccact 11592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 77 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 39624 - 39540
Alignment:
Q  77 gattatattattctcttatgatgtataattaggttacatatgaactctatttatagagaaatacaatgacttggggagcaagcac 161  Q
    ||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39624 gattatattattctcttagtatgtaccattaggttacatatgagctctatttatagagaaatacaatgacttgaggagcaagcac 39540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 140 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 39539 - 39457
Alignment:
Q  140 caatgacttggggagcaagcacaatatggcccaataagctaacaatatgatccaataacccaattgctatatggacatccact 222  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | || || ||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  39539 caatgacttagggagcaagcacaatatggtccaataagctaatagtacgacccaataacctaattgttatatggacatccact 39457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University