View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16629_low_6 (Length: 625)

Name: NF16629_low_6
Description: NF16629
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16629_low_6
NF16629_low_6
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (12-607)||(44312137-44312720)
chr8 (126-607)||(43896006-43896487)
chr8 (63-607)||(44301285-44301835)
chr8 (126-607)||(44306459-44306941)
chr8 (137-317)||(43895493-43895668)
chr8 (137-317)||(44305917-44306092)
chr8 (64-108)||(43895902-43895946)
chr8 (64-108)||(44306353-44306397)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (63-607)||(4084057-4084605)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (137-607)||(18701618-18702095)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (189-607)||(8158869-8159311)
chr6 (386-451)||(409886-409951)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (162-607)||(35856615-35857052)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (273-313)||(15040308-15040348)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (426-482)||(10541388-10541444)
chr2 (426-482)||(10846409-10846465)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 607
Target Start/End: Original strand, 44312137 - 44312720
Alignment:
Q  12 agcagagataggatcaactgttaaaaatgcagaacacaacnnnnnnnnngagagtaactactaactaatcagagatcaataattaagcaacaaattcacc 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||         |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312137 agcagagataggatcaactgttaaa--tgcagaacacaacaaaaaaaatgag--taactactaactaatcagagatcaataattaagcaacaaattcacc 44312232  T
Q  112 atnnnnnnntaagttataaataagcaacaaaccaaagcaaagttaacaagccaaaccaactggcgaagtaggatcaattctcttgaatgaatccattcac 211  Q
    ||       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312233 ataaaaaaataagttataaataagcaacaaaccaaagcatagttaacaagccaaaccaactggcgaagtaggatcaattctcttgaatgaatccattcac 44312332  T
Q  212 accatttgaaaatttctctccagaaacttttgagaccgattaagcaggaacatcggcagaggtcattatatatctaacagacccatcagtaaaagtatct 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||        ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312333 accatttgaaaatttctctccagaaacttttgagacgga--------gaacatcggcagaagtcattatatatctaacagacccatcagtaaaagtatct 44312424  T
Q  312 ccagatctaagaatagcaccaaatacaaaaacaatttctccagcatgagcttcatcaacttccttaatcatatcataatgtctcttacccaaacaaggaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  44312425 ccagatctaagaatagcaccaaacacaaaaacaatttctccagcatgagcttcatcaacttccttaatcttaccataatgtctcttacccaaacaaggaa 44312524  T
Q  412 tcttaatcttctcaccagtgttaacatttgtaataaaatcacccttcttaataacaccctgatagattcttagataagttaataagtacctaatcctata 511  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312525 tcttaatcttcttaccagtgttaacgtttgtaataaaatcacccttcttaataacaccctgatagattcttagataagttaataagtacctaatcctata 44312624  T
Q  512 catatttgtgaaaacctttgctacaaatggctcatcaacacttccagacaattcaacattctcaccattcttattttgatcaagagcataattact 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44312625 catatttgtgaaaacctttgctacaaatggctcatcaacacttccagacaattcaactttctcaccattcttattttgatcaagagcataattact 44312720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 126 - 607
Target Start/End: Original strand, 43896006 - 43896487
Alignment:
Q  126 tataaataagcaacaaaccaaagcaaagttaacaagccaaaccaactggcgaagtaggatcaattctcttgaatgaatccattcacaccatttgaaaatt 225  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||| || |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43896006 tataaataagcaacaaaccatagcaaagctaacaagccaaagcaactgggtaagtaggatcacttccctagaatgaatccatccacaccatttgaaaatt 43896105  T
Q  226 tctctccagaaacttttgagaccgattaagcaggaacatcggcagaggtcattatatatctaacagacccatcagtaaaagtatctccagatctaagaat 325  Q
    ||||||||||| ||| |||||  || ||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  43896106 tctctccagaatcttatgagatagaataatcaggaacatcggcagaagtcattgtatatctaacagacccatcagtgaaagtatctccagatttaagaat 43896205  T
Q  326 agcaccaaatacaaaaacaatttctccagcatgagcttcatcaacttccttaatcatatcataatgtctcttacccaaacaaggaatcttaatcttctca 425  Q
    |||| | || |||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||  ||||| |||||||| |||||||| |    
T  43896206 agcatctaacacaataataatctctccagcatgagcttcatcaacttcctcaatcttatcatcatgtctcttaaacaaacgaggaatctgaatcttctta 43896305  T
Q  426 ccagtgttaacatttgtaataaaatcacccttcttaataacaccctgatagattcttagataagttaataagtacct-aatcctatacatatttgtgaaa 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | | | |||||  || ||||||||||    
T  43896306 ccagtgttaacatttgtaataaaatcacccttcttaataacaccctgatagattcttagataagttactaa-tccatcattcctaatcacatttgtgaaa 43896404  T
Q  525 acctttgctacaaatggctcatcaacacttccagacaattcaacattctcaccattcttattttgatcaagagcataattact 607  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43896405 acctttgcaacaaatggcgcatcaatgcttccagacaattcaactttctcaccattcctattttgatcaagagcataattact 43896487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 63 - 607
Target Start/End: Original strand, 44301285 - 44301835
Alignment:
Q  63 gagtaactactaactaatcagagatcaataattaagcaacaaattcaccatnnnnnnntaagttataaataagcaacaaaccaaagcaaagttaacaagc 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||       |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||    
T  44301285 gagtaactactaactaatcagagatcaataattaagcagcagatttaccataaaaaa-taagttataaataagcaacaaaacatagcaaagctaacaagc 44301383  T
Q  163 caaaccaactggcgaagtaggatcaattctc-----ttgaatgaatccattcacaccatttgaaaatttctctccagaaacttttgagaccgattaagca 257  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||| ||| |     | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |    
T  44301384 caaacaaactgggtaagtaggatcatttcactggaatggaatgaatcaattcacaccatttgaaaatttctctccagaatcttttgacaccgaataagta 44301483  T
Q  258 ggaacatcggcagaggtcattatatatctaacagacccatcagtaaaagtatctccagatctaagaatagcaccaaatacaaaaacaatttctccagcat 357  Q
    |||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  | | || |||| |||||||||||| ||||    
T  44301484 ggaacatcggcagaagacattgtatatctaacagacccatcagtaaaagtatctccagatttaagaacaatagctaacacaataacaatttctccggcat 44301583  T
Q  358 gagcttcatcaacttccttaatcatatcataatgtctcttacccaaacaaggaatcttaatcttctcaccagtgttaacatttgtaataaaatcaccctt 457  Q
    |||||||||||||   || ||||| ||||| ||||||||||  ||| | |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44301584 gagcttcatcaacaaactcaatcacatcatcatgtctcttagacaagctataaatctgaatcttctcaccagtgttaacatttgtaataaaatcaccctt 44301683  T
Q  458 cttaataacaccctgatagattcttagataagttaata-agtacct-aatcctatacatatttgtgaaaacctttgctacaaatggctcatcaacacttc 555  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| | | | | | | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44301684 cttgataacaccctgatagattcttagacaagttaaaagaatccatcactccaatacaaatttgtgaaaacctttgctacaaatggcgcatcaacacttc 44301783  T
Q  556 cagacaattcaacattctcaccattcttattttgatcaagagcataattact 607  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44301784 cagacaattcaactttctcaccattcttattttgatcaagagcataattact 44301835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 126 - 607
Target Start/End: Original strand, 44306459 - 44306941
Alignment:
Q  126 tataaataagcaacaaaccaaagcaaagttaacaagccaaaccaactggcgaagtaggatcaattctcttgaatgaatccattcacaccatttgaaaatt 225  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||      
T  44306459 tataaataagcaacaaaccatagcaaagctaacaagccaaagcaactgggtaagtaggatcatttccctagaatgaatccattcacaccatttgaaaaaa 44306558  T
Q  226 -tctctccagaaacttttgagaccgattaagcaggaacatcggcagaggtcattatatatctaacagacccatcagtaaaagtatctccagatctaagaa 324  Q
     ||||||||||| ||| |||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44306559 ctctctccagaatcttatgagacagaataagtaggaacatcggcagaagtcattgtatatctaacagacccatcagtaaaagtatctccagatttaagaa 44306658  T
Q  325 tagcaccaaatacaaaaacaatttctccagcatgagcttcatcaacttccttaatcatatcataatgtctcttacccaaacaaggaatcttaatcttctc 424  Q
     |||| | || |  | |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||  ||||| ||||||||||| |||   | |||||| |||||||||    
T  44306659 gagcatcgaacaacataacaatttctccagcatgagcttcatcaacatactcaatctcatcatcatgtctcttacacaaggtaagaatctgaatcttctc 44306758  T
Q  425 accagtgttaacatttgtaataaaatcacccttcttaataacaccctgatagattcttagataagttaataagtacctaatcctatacatatttgtgaaa 524  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  |  ||    |||||||||||    
T  44306759 accagtgttaacatttgtaataaaatcatccttcttaataacaccctgatagattcttagataagttaataagtcactcctgttaagattatttgtgaaa 44306858  T
Q  525 acctttgctacaaatggctcatcaacacttccagacaattcaacattctcaccattcttattttgatcaagagcataattact 607  Q
     ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44306859 gcctttgcaacaaatggcgcatcaatacttccagacaattcaattttctcaccattcttatttagatcaagagcataattact 44306941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 137 - 317
Target Start/End: Original strand, 43895493 - 43895668
Alignment:
Q  137 aacaaaccaaagcaaagttaacaagccaaaccaactggcgaagtaggatcaattctcttgaatgaatccattcacaccatttgaaaatttctctccagaa 236  Q
    ||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||  |||| |||||   | ||||||| | || ||||||||| | ||||||||    
T  43895493 aacaatccaaag-aaagctaataagccaaaccaactgggaaagtaggatcctttct-ttgaa---aaccattcaaagcagttgaaaattgccctccagaa 43895587  T
Q  237 acttttgagaccgattaagcaggaacatcggcagaggtcattatatatctaacagacccatcagtaaaagtatctccagat 317  Q
     |||||||||||||  ||| | ||| || | |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43895588 tcttttgagaccgaacaagtaagaatattgacagaggtcattgaatatctaacagacccatcagcaaaagtatctccagat 43895668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 137 - 317
Target Start/End: Original strand, 44305917 - 44306092
Alignment:
Q  137 aacaaaccaaagcaaagttaacaagccaaaccaactggcgaagtaggatcaattctcttgaatgaatccattcacaccatttgaaaatttctctccagaa 236  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||  |||| |||||   | ||||||| | || ||||||||| | ||||||||    
T  44305917 aacaatccaaag-aaagctaacaagccaaaccaactgggaaagtaggatcctttct-ttgaa---aaccattcaaagcacttgaaaattgccctccagaa 44306011  T
Q  237 acttttgagaccgattaagcaggaacatcggcagaggtcattatatatctaacagacccatcagtaaaagtatctccagat 317  Q
     |||||||||||||  ||| | ||| || | |||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  44306012 tcttttgagaccgaacaagtaagaatattgacagaggtcattgaatatctaacggacccatcagcaaaagtatctccagat 44306092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 64 - 108
Target Start/End: Original strand, 43895902 - 43895946
Alignment:
Q  64 agtaactactaactaatcagagatcaataattaagcaacaaattc 108  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43895902 agtaactactaaataatcagagatcaataattaagcaacaaattc 43895946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 64 - 108
Target Start/End: Original strand, 44306353 - 44306397
Alignment:
Q  64 agtaactactaactaatcagagatcaataattaagcaacaaattc 108  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44306353 agtaactactaaataatcagagatcaataattaagcaacaaattc 44306397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 63 - 607
Target Start/End: Original strand, 4084057 - 4084605
Alignment:
Q  63 gagtaactactaactaatcagagatcaataattaagcaacaaattcaccatnnnnnnntaagttataaataagcaacaaaccaaagcaaagttaacaagc 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||    
T  4084057 gagtaactactaactaatcagagatcaataattaagcaacaaattcaccataaaaaa-taagttataaataagcaacaaaccatagtaaagctaacaagc 4084155  T
Q  163 caaaccaactggcgaagtaggatcaattctcttgaatgaatccattcacaccatttgaaaatttctctccagaaacttttgagaccgattaagcaggaac 262  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  4084156 caaaccaactggt-aagtaggatcatttctctggaatgaatccattcacaccatttgaaaatttctctcctgaatcctttgagaccgaataagcaggaac 4084254  T
Q  263 atcggcagaggtcattatatatctaacagacccatcagtaaaagtatctccagatctaagaatagcacca------aatacaaaaacaatttctccagca 356  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||      || |||| ||||| ||||||||||    
T  4084255 atcggcagaagtcattgtatatctaatagacccgtcagtaaaagtatctccagatttaagaatagcatcaaactttaacacaataacaagttctccagca 4084354  T
Q  357 tgagcttcatcaacttccttaatcatatcataatgtctcttacccaaacaaggaatcttaatcttctcaccagtgttaacatttgtaataaaatcaccct 456  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4084355 tgagcttcatcaactgccttaatcgtattatcatgtctcttaaacaaacgaggaatcttaatcttcttaccggtgttaacatttgtaataaaatcaccct 4084454  T
Q  457 tcttaataacaccctgatagattcttagataagttaataagtacctaatcctatacatatttgtgaaaacctttgctacaaatggctcatcaacacttcc 556  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    |      ||||| |  || ||||||| ||||| | ||||||||  |||||| ||||||    
T  4084455 tcttgataacaccctgatagattcttagataagttaattttaaaaacggcctatgccaatatgtgaaagcctttccaacaaatggtgcatcaatacttcc 4084554  T
Q  557 agacaattcaacattctcaccattcttattttgatcaagagcataattact 607  Q
    | |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  4084555 aaacaattcaactttctcaccattcctattttgatcatgagcataattact 4084605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 137 - 607
Target Start/End: Original strand, 18701618 - 18702095
Alignment:
Q  137 aacaaaccaaagcaaagttaacaagccaaaccaactggcgaagtaggatcaat---tctcttgaatgaatccattcacaccatttgaaaatttctctcca 233  Q
    |||||||||  |||||| ||| || |||||||||| ||  ||||||||||| |   ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | |  ||     
T  18701618 aacaaaccattgcaaagctaataaaccaaaccaacagggtaagtaggatcattatttctctagaatgaatcaattcacaccatttgaaaatgtatgcccg 18701717  T
Q  234 gaaacttttgagaccgattaagcaggaacatcggcagaggtcattatatatctaacagacccat---cagtaaaagtatctccagatctaagaatagcac 330  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||  ||||  ||||     
T  18701718 gaatcttttgagaccgaataagcaggaacatcagcagaagtcattgtatatctaacagacccattggcggtaaaagtatctccagattcaagatgagcat 18701817  T
Q  331 caaatacaaaaacaatttctccagcatgagcttcatcaacttccttaatcatatcataat-gtctcttacccaaacaaggaatcttaatcttctcaccag 429  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||| |   | ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  18701818 caaaaacaaaaacaatttctccagcatgagcttcatcaacttcctcgattttattaacttcgtctcttgcccaaacgaggaatctgaatcttcttaccag 18701917  T
Q  430 tgttaacatttgtaataaaatcacccttcttaataacaccctgatagattcttagataagttaat---aagtacctaatcctatacatatttgtgaaaac 526  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || ||||   ||  || |  |||||  ||| |    
T  18701918 tgttaacatttgtaataaaatcacccttcttaataacaccctgatagattcttagataagttaatttgaaatacc---tctcatgccaatttgcaaaagc 18702014  T
Q  527 ctttgctacaaatggctcatcaacacttccagacaattcaacattctcaccattcttattttgatcaagagcataattact 607  Q
    |||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18702015 ctttgcaacaaatggtgcatcaatacttccagacaattcaactttctcaccattcttatttagatcaagagcataattact 18702095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 175; Significance: 7e-94; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 189 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 8159311 - 8158869
Alignment:
Q  189 ttctcttgaatgaatccattcacaccatttgaaaatttctctccagaaacttttgagaccgattaagcaggaacatcggcag---aggtcattatatatc 285  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| ||||   | |||||||||||||    
T  8159311 ttctctagaatgaatcaattcacaccatttgaaaatttctctccacaatcttttgagaccgaataagcaggaacatcagcagcagaagtcattatatatc 8159212  T
Q  286 taacagacccatcagtaaaagtatctccagatctaagaatagcaccaaatacaaaaacaatttctccagcatgagcttc------------------atc 367  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||                  |||    
T  8159211 taacagacccatcggtaaaagtatctccagattcaagatgagcatcaaacacaaaaacaatttctccagcatgagcttcatcaacttccttgattttatc 8159112  T
Q  368 aacttccttaatcatatcataat---gtctcttacccaaacaaggaatcttaatcttctcaccagtgttaacatttgtaataaaatcacccttcttaata 464  Q
    |||||||| | ||  |||||  |   ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8159111 aacttcctcactctcatcatgttcacgtctcttacccaaacgaggaatctcaatcttcttaccagtgttaacatttgtaataaaatcacccttcttaata 8159012  T
Q  465 acaccctgatagattcttagataagttaa---taagtacctaatcctatacatatttgtgaaaacctttgctacaaatggctcatcaacacttccagaca 561  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||   ||| |||   |||||||||  | ||  |||| ||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||    
T  8159011 acaccctgataaattcttaggtaagttaattttaaatac---atcctataccaagttacgaaagcctttgcaacaaatggagcatcaatacttccagaca 8158915  T
Q  562 attcaacattctcaccattcttattttgatcaagagcataattact 607  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8158914 attcaactttctcgccattcctattttgatcaagagcataattact 8158869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 386 - 451
Target Start/End: Original strand, 409886 - 409951
Alignment:
Q  386 ataatgtctcttacccaaacaaggaatcttaatcttctcaccagtgttaacatttgtaataaaatc 451  Q
    |||| ||||||||  || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  409886 ataacgtctcttaaacatacgaggaaccttaatcttcttaccagtgttaacattagtaataaaatc 409951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 162 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 35857052 - 35856615
Alignment:
Q  162 ccaaaccaactggcgaagtaggatcaattctcttgaatgaatccattcacaccatttgaaaatttctctccagaaacttttgagaccgattaagcaggaa 261  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| ||||||  |||    ||||||||| |||||||| ||| ||| | |||| ||||||||||||| ||| || |||    
T  35857052 ccaaaccaactgggtaagtaggatcatttctctgtaat----ccattcacaacatttgaagattgctcgctagaatcttttgagaccgaataatcaagaa 35856957  T
Q  262 catcggcagaggtcattatatatctaacagacccatcagtaaaagtatctccagatctaagaatagcaccaaatacaaaaacaatttctccagcatgagc 361  Q
    ||| |||||| |||||     |||||||||||||||||||||| || ||||| | |  |  |  | || || |||||| |||||||| ||||||||||||    
T  35856956 cattggcagaagtcatagcccatctaacagacccatcagtaaatgtttctcctggtgcacaatcaacatcacatacaacaacaatttgtccagcatgagc 35856857  T
Q  362 ttcatcaacttccttaatcatatcataatgtctcttacccaaacaaggaatcttaatcttctcaccagtgttaacatttgtaataaaatcacccttctta 461  Q
     |||| |||||| | |||   |||| ||  |||||||  ||||  |  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  ||    
T  35856856 ctcattaacttcatcaataccatcacaacttctcttaaacaaatgattaaccttaatcttctcaccagtgttaacattagtaataaaatccccttttcta 35856757  T
Q  462 ataacaccctgatagattcttagataagttaataagtacctaatcctatacatatttgtgaaaacctttgctacaaatggctcatcaacacttccagaca 561  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    |    ||||||| |    | |||||| ||  ||| ||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  35856756 ataacgccctgatagattcttagatatgttaatttacaaagcatcctatgc----tcgtgaaagccaatgcgacaaacggcccatcaatacttccagaca 35856661  T
Q  562 attcaacattctcaccattcttattttgatcaagagcataattact 607  Q
    |||| || ||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||    
T  35856660 attctactttctctccattcctagcttgatcaagagcataattact 35856615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 273 - 313
Target Start/End: Original strand, 15040308 - 15040348
Alignment:
Q  273 gtcattatatatctaacagacccatcagtaaaagtatctcc 313  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15040308 gtcattgtatatttaacagacccatcagtaaaagtatctcc 15040348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 426 - 482
Target Start/End: Original strand, 10541388 - 10541444
Alignment:
Q  426 ccagtgttaacatttgtaataaaatcacccttcttaataacaccctgatagattctt 482  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||| ||||||||||    
T  10541388 ccagtgttatcatttgtaataaaatctcccttccgaatgacaccctcatagattctt 10541444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 426 - 482
Target Start/End: Original strand, 10846409 - 10846465
Alignment:
Q  426 ccagtgttaacatttgtaataaaatcacccttcttaataacaccctgatagattctt 482  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||| ||||||| ||| ||||||    
T  10846409 ccagtgttaacgtttgtaataaaatcccccttccgaatgacaccctcatatattctt 10846465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University