View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16630_low_3 (Length: 643)

Name: NF16630_low_3
Description: NF16630
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16630_low_3
NF16630_low_3
[»] chr1 (23 HSPs)
chr1 (14-627)||(19278730-19279343)
chr1 (111-600)||(13244177-13244669)
chr1 (154-627)||(13271603-13272082)
chr1 (149-621)||(13080562-13081034)
chr1 (196-627)||(13086124-13086555)
chr1 (374-621)||(12963797-12964044)
chr1 (30-321)||(12963489-12963780)
chr1 (230-627)||(13007217-13007611)
chr1 (230-627)||(30367889-30368283)
chr1 (380-627)||(13204476-13204723)
chr1 (236-627)||(13094416-13094804)
chr1 (183-627)||(13064947-13065388)
chr1 (243-627)||(13129845-13130226)
chr1 (380-624)||(13070104-13070348)
chr1 (243-628)||(13161537-13161919)
chr1 (380-627)||(13101017-13101264)
chr1 (147-333)||(19727461-19727647)
chr1 (146-318)||(13214142-13214314)
chr1 (189-318)||(13069916-13070045)
chr1 (147-334)||(13101307-13101494)
chr1 (247-334)||(13204766-13204853)
chr1 (14-93)||(13244107-13244186)
chr1 (28-101)||(13086656-13086732)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (230-321)||(31396456-31396548)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (401-438)||(36668331-36668368)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 562; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 562; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 627
Target Start/End: Original strand, 19278730 - 19279343
Alignment:
14 gagatgaagggcacggtagctaaagaaaatcttcacgaattcttgaacaaatgtatatcttattacaaaggcgatgaagagaaaagaatactcgaaagaa 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
19278730 gagaagaagggcacggtagctaaagaaaatcttcacgaattcttgaacaaatgtatatcttattacaaaggtgatgaagagaaaagaatactcgaaagaa 19278829  T
114 atgaagatgcggatgaatctcattattgcctggtaaaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggcgaaacgaatgagacgtatattagagacactgc 213  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
19278830 atgaagacgcggatgaatctcattattgcctggtaaaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggcgaaacgaatgagatgtatattagagacactgc 19278929  T
214 tctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattatt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
19278930 tctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattatt 19279029  T
314 caagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatat 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
19279030 caagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataatttgatcacaaattttagtgtgaaagagcttgataagctagtttatcttcatggagctatat 19279129  T
414 ttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaa 513  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
19279130 gtgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatatactacctagtggagaccatgttagtctaaatacaaa 19279229  T
514 gttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaa 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
19279230 gttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctagaatttcggcctgagagatggatatcggatagaggacaa 19279329  T
614 attatacatgtacc 627  Q
    ||||||||||||||    
19279330 attatacatgtacc 19279343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 111 - 600
Target Start/End: Original strand, 13244177 - 13244669
Alignment:
111 gaaatgaagatgcggatgaatctcattattgcctggtaaaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggcgaaacga---atgagacgtatattagaga 207  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||   |||||| |||||| |||||    
13244177 gaaatgaagatgtagatgaatctcgttattgcctgctaaaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggggaaatgatcgatgagaagtatatcagaga 13244276  T
208 cactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaa 307  Q
    ||||||  | |||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| |||    
13244277 cactgcggtaaatctcttcggtgcaggaaatggaacaattagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattggggaagcgaaa 13244376  T
308 attattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggag 407  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||| ||||| ||||||| ||||  ||||  ||||| |  ||| || || |||||||||| ||||||||||||||||    
13244377 attattcaagagatcaaagataattgtctaacacaagaggagaatttaatcaataatttaaacgtggaaaagattgataagcttgtttaccttcatggag 13244476  T
408 ctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaa 507  Q
    | |||| |||| |||| ||||| ||||| ||| |  ||||| | |||||||| ||  | || || |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||    
13244477 ccatatgtgaaaccttgaggctatatcctcctctggcatttcagcacaagtgcgctatcaaatctgatatactacctagtggagaacatgttggtccaaa 13244576  T
508 tacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatc 600  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||| || |||||||||||    
13244577 tacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatgcaacaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatc 13244669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 154 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 13272082 - 13271603
Alignment:
154 actaatgaaggaaagattgggaaagggcgaaacgaatgagac------gtatattagagacactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaatt 247  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||  ||||||||||| |       ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||    
13272082 actaatgaaggaaggcttgggaaaggaagaaacgaatgaaaatgaaaagtatattagagacactgcattcactctcttggctgcaggaaatggaacagtt 13271983  T
248 agttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagagg 347  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| | | | ||| ||||| ||||||    
13271982 agttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctaatgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagatcattgtctaacacaagagg 13271883  T
348 ataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatt 447  Q
    | |||| |||||  ||||| | |||  || |  ||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||| |||| || |||||||| ||| |||||||    
13271882 agaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagctgatttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctataccatt 13271783  T
448 tgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatg 547  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
13271782 tgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaacacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaagaatg 13271683  T
548 gaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 627  Q
    |||||  ||||||||| ||||||| |||| |||  ||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||    
13271682 gaacatgtatggggtggtgattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagataaaggacaaattatacatgtacc 13271603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 149 - 621
Target Start/End: Original strand, 13080562 - 13081034
Alignment:
149 aaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggcgaaacgaatgagacgtatattagagacactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaatta 248  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||| |||||| |||| |  ||||| |||||||||||| ||| |  |||||||||||| |||||| |||||||||||||    
13080562 aaagatctaatggaggaaggattggaaaagggggaaatggttgagaggtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaatta 13080661  T
249 gttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagagga 348  Q
    || | ||||||| |||||| |||||||| || ||||| |||||||  || || |  |||||||||||||||||||| | ||| ||||||| | | || ||    
13080662 gtacaggtctcacttggtttttttggctggtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataattgtttaaaacacgatga 13080761  T
349 taattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccattt 448  Q
     ||||  ||| | |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||  ||||| |||||    
13080762 gaattttatcgctaatttaggtgtggaagagcttgataagctagtttaccttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcattt 13080861  T
449 gaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatgg 548  Q
     | |||||||||||  | || || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
13080862 cagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatgg 13080961  T
549 aacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattataca 621  Q
    | ||||||||||| || |||||| |||| |||  ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
13080962 agcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattataca 13081034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 196 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 13086555 - 13086124
Alignment:
196 gtatattagagacactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctatt 295  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||| ||||| | |||||||| |||||| || |||||||||   ||     
13086555 gtatattagagacactgcattcaatctcttagctgcaggaagtggaacagttagttcaggtctaagttggttctcttggcttgtttcaactcatttcata 13086456  T
296 gtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagttt 395  Q
    || ||||| ||||| ||||||||||| || | ||| ||| || || | |||||||||| | |||| ||||| || ||  || ||||| |||| ||||| |    
13086455 gtggaagctaaaataattcaagagataaaagataattgtctatcacatgaggataatttggtcactaatttaagagttgaaaagcttaataaactagtgt 13086356  T
396 accttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagacca 495  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| | ||  | |||| |||||||||||||||  |    
13086355 accttcatggagctatatgtgaagcattgaggctttatcctcctgtaccatttcagcacaagtgtgcaatcaaagctgatatactacctagtggagatta 13086256  T
496 tgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatgg 595  Q
    |||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| || | ||||||  |||||||||||||    
13086255 tgttaaaccaaatactaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatgaaacaaatatggggtaaggatcgcttcgaatttaagcccgagagatgg 13086156  T
596 atatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 627  Q
    |||||  ||| |||||| ||| | ||||||||    
13086155 atatcagataaaggacatattttgcatgtacc 13086124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 374 - 621
Target Start/End: Original strand, 12963797 - 12964044
Alignment:
374 aaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccg 473  Q
    |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| || |    
12963797 aaagggcttgataagcttgtttatcttcatggagctatttgtgaagctttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcaattaaatcag 12963896  T
474 atacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcct 573  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |    
12963897 atatattacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgctt 12963996  T
574 ggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattataca 621  Q
    |||||||  ||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
12963997 ggaatttaagcctgaaagatggatatcaaatagaggagaaattataca 12964044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 30 - 321
Target Start/End: Original strand, 12963489 - 12963780
Alignment:
30 tagctaaagaaaatcttcacgaattcttgaacaaatgtatatcttattacaaaggcgatgaagagaaaagaatactcgaaagaaatgaagatgcggatga 129  Q
    ||||| |||||||| ||||  |||||||| |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| | |  |||| || ||||| | ||||||    
12963489 tagctcaagaaaatattcataaattcttgtacaattgtatatcttattacaaagacggtgaagagaaacgaacatttaaaagcaacgaagacgtggatga 12963588  T
130 atctcattattgcctggtaaaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggcgaaacgaatgagacgtatattagagacactgctctcaatctcttggct 229  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |  |||||  ||||||| | ||||  | ||||||||||| |||    
12963589 atctcattcttgcctgctaaaagatctaatgaaggaaggattgggaaagggggaaatggctgagaaatatattataaacacaacactcaatctcttagct 12963688  T
230 gcaggtaatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagat 321  Q
    ||||| | ||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||    
12963689 gcaggaagtggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaaactaaaattattcaagagat 12963780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 230 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 13007611 - 13007217
Alignment:
230 gcaggtaatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggtta 329  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| | ||    
13007611 gcaggaaatggcacaattagttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagaaatcaaagata 13007512  T
330 actgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggct 429  Q
    ||||    ||| ||||||| |||  ||   |   ||| || |     || |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||| | |||||    
13007511 actggcccacacaagaggagaatcagactcc---tttgagagatgtggatcttgataagctagtgtacctccatggagctctatgtgaagccatgaggct 13007415  T
430 ttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttg 529  Q
    |||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | |||||||||    
13007414 ttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaattccgatatactacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttg 13007315  T
530 tatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 627  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||  ||| ||||||||| | ||  | |||||||| ||||||||||||||    
13007314 tacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtacc 13007217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 230 - 627
Target Start/End: Original strand, 30367889 - 30368283
Alignment:
230 gcaggtaatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggtta 329  Q
    ||||||||||| ||| |||||||  |||||| |||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||    
30367889 gcaggtaatggcacacttagttcaagtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagagatcaaagata 30367988  T
330 actgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtg-tgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggc 428  Q
    | ||| || ||||| | || |||| ||| ||    |||| || || ||   |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| || | |||     
30367989 attgtgtatcaaaacatgagaattggataac----ttcaatggtggaaagccttgataagctagtctacctccatggagctatatgtgaatccatgaggt 30368084  T
429 tttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactcttt 528  Q
    | |||||  ||||||| ||||| |  |   ||||| | || || |||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
30368085 tgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtccaaataccaagttaatttactcttt 30368184  T
529 gtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 627  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||  ||| ||||||||| ||||  | |||||||| ||||||||||||||    
30368185 gtatgctatgggaaggatggaaaaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattatacatgtacc 30368283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 380 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 13204723 - 13204476
Alignment:
380 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 479  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||    
13204723 cttgataagctagtgtaccttcatggagctatatgtgaagccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatac 13204624  T
480 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 579  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
13204623 tacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13204524  T
580 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 627  Q
    |  ||| ||||||||| ||||  | | |||||| ||||||||||||||    
13204523 taagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgtacc 13204476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 236 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 13094804 - 13094416
Alignment:
236 aatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtt 335  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||| |||||| || |||||  | |||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||  | ||| || |    
13094804 aatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcagagataattggt 13094705  T
336 taacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatcc 435  Q
    |||||  ||||||| ||  ||| ||   ||| || |     || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
13094704 taacacgagaggattatcggattac---tttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcc 13094608  T
436 acctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgca 535  Q
     |||||||| ||||| || |  |||||| | || || |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||| |     
13094607 tcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatctgatatactacctagtggataccatgttactccaaatacaactttaatttactctttgtattct 13094508  T
536 atgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 627  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||| | ||||||||||||||    
13094507 atgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtacc 13094416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 183 - 627
Target Start/End: Original strand, 13064947 - 13065388
Alignment:
183 aaacgaatgagacgtatattagagacactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatc 282  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||||||  ||||||| |||   || || || || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||    
13064947 aaacgagtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaacggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttc 13065046  T
283 aactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagctt 382  Q
    |  ||||||| |||| ||||| || |||||||||||||| || | ||| ||| || |  | || || || | ||| ||   ||  | |||| || |||||    
13065047 atgtcatcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgattac---ttcaattgtggaaaagctt 13065143  T
383 gataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactac 482  Q
    ||||| ||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  | || || |||| |||| | ||  | |||| ||| |    
13065144 gataaactaatttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttc 13065243  T
483 ctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcg 582  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| | || |||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| || || ||| ||||||||      
13065244 ctagtggagtccatgtaagtccaaatacaaggatattatactatttgtattcaatgggaaggatggagaaaatatggggagaagactgcatggaatttaa 13065343  T
583 gcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 627  Q
    ||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
13065344 gcctgagagatggatatcaaaaagcggacaaattatacatgtacc 13065388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 243 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 13130226 - 13129845
Alignment:
243 caattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaa 342  Q
    |||||||||| | ||||| |||||| || |||||  | |||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| | ||| || |||||| |    
13130226 caattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggttaacaca 13130127  T
343 agaggataattcgatcacaaatttcag---tgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacct 439  Q
    ||||| ||||  ||| ||   ||| ||   ||||   || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||    
13130126 agagggtaatcggattac---tttgaggcatgtg---gatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcct 13130033  T
440 gtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgg 539  Q
     |||| ||||| || |  ||| || | || || |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || || |||||||||||| | ||||    
13130032 ataccttttgagcatatctgttcaatcaaatctgatatactacctagtggataccatgttagtccaaatacaactttgatttactctttgtattctatgg 13129933  T
540 gaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 627  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||| | ||||||||||||||    
13129932 gaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtacc 13129845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 380 - 624
Target Start/End: Original strand, 13070104 - 13070348
Alignment:
380 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 479  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||    
13070104 cttgataatctagtgtaccttcatggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatac 13070203  T
480 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 579  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
13070204 tacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13070303  T
580 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgt 624  Q
    |  ||| ||||||||| ||||  | | |||||| |||||||||||    
13070304 taagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgt 13070348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 243 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 13161919 - 13161537
Alignment:
243 caattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaa 342  Q
    |||||||||| | ||||| |||||| || |||||| | |||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| | ||| ||  ||||| |    
13161919 caattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacaca 13161820  T
343 agaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgta 442  Q
    ||||||||||  ||| |    ||| || |     |  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||    
13161819 agaggataatcggattat---tttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatccacctata 13161723  T
443 ccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaa 542  Q
    || ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||||  ||||| |||||| ||||| | ||||| |    
13161722 ccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagaacgtattagtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggca 13161623  T
543 ggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacct 628  Q
    ||||||||||| ||||||| || || ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||| | |||||||||||||||    
13161622 ggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtacct 13161537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 380 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 13101264 - 13101017
Alignment:
380 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 479  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |  ||| || | || ||||||| ||    
13101264 cttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatatgttcaatcaaatccgatatac 13101165  T
480 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 579  Q
    | ||||||||||| | | ||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
13101164 ttcctagtggagagcgttttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13101065  T
580 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 627  Q
    |  ||| ||||||||| | ||  | |||||||| ||||||||||||||    
13101064 taagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtacc 13101017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 147 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 19727647 - 19727461
Alignment:
147 taaaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggcgaaacgaatgagacgtatattagagacactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaat 246  Q
    |||||| ||||||||||||| |||  |||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||| |   |||| ||||||    ||||| |||||  || |    
19727647 taaaagcactaatgaaggaaggatctggaaagggggaaatgaatgagaagtatcttagagacaatttactcactctctttttagcaggaaatggcccagt 19727548  T
247 tagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactg 333  Q
    |||| | ||||||| |||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||    
19727547 tagtacaggtctcagttggtttttttggcttgtttcgactcatcctattgtcgaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactg 19727461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 146 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 13214314 - 13214142
Alignment:
146 gtaaaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggcgaaacgaatgagacgtatattagagacactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaa 245  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||| | |||||| |||| ||||||||| |||  ||| ||||||    ||||| |||||  ||     
13214314 gtaaaagcactaatgaaggaaggatttggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcgatcactctctttttagcaggaaatggcccag 13214215  T
246 ttagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaaga 318  Q
    || |||| ||||||| |||||| || ||||| || |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||    
13214214 ttcgttcaggtctcatttggtttttctggcttgtttcaactcatcttattgtggaagctaaaattattcaaga 13214142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 318
Target Start/End: Original strand, 13069916 - 13070045
Alignment:
189 atgagacgtatattagagacactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactca 288  Q
    |||||| |||| ||||||||| ||| |||  ||||||    ||||| ||||| ||| ||| ||| ||||||| |||||| || ||||| || ||||||||    
13069916 atgagaagtatcttagagacaatgcactctctctctttttagcaggaaatggcacagttacttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactca 13070015  T
289 tcctattgtcgaagcaaaaattattcaaga 318  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
13070016 tcctattgtggaagccaaaattattcaaga 13070045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 147 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 13101494 - 13101307
Alignment:
147 taaaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggcgaaacgaatgagacgtatattagagacactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaat 246  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||  |||||||| |||| | |||||| |||| ||||||||| ||   ||| ||||||    ||||| |||||  || |    
13101494 taaaagcactaacgaaggaaggatctggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgtaatcactctctttttagcaggaaatggcccagt 13101395  T
247 tagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgt 334  Q
    |||||| | ||||| |||||| || ||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| | |||||||    
13101394 tagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgt 13101307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 247 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 13204853 - 13204766
Alignment:
247 tagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgt 334  Q
    |||||| ||||| | |||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| | |||||||    
13204853 tagttcaggtctaagttggtttttttggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgt 13204766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 14 - 93
Target Start/End: Original strand, 13244107 - 13244186
Alignment:
14 gagatgaagggcacggtagctaaagaaaatcttcacgaattcttgaacaaatgtatatcttattacaaaggcgatgaaga 93  Q
    |||| |||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||| | ||||||||| || ||||||||||  |||||||    
13244107 gagaagaagggcaaggcagctagagaaaatcttcaccaattcttggagaaatgtataactgattacaaaggaaatgaaga 13244186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 13086732 - 13086656
Alignment:
28 ggtagctaaagaaaatcttcacgaattcttgaacaaatgtatatcttatta---caaaggcgatgaagagaaaagaa 101  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||   |||||| |||||||||| |||||    
13086732 ggtagctcaagaaaatcttcaccaattcttgtccaaatgtataacttattattccaaaggtgatgaagagagaagaa 13086656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 230 - 321
Target Start/End: Original strand, 31396456 - 31396548
Alignment:
230 gcaggtaatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtat-caactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagat 321  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  |||||  |||||| || ||||| || | |||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||    
31396456 gcaggaaatggcacaattagttcaagtctcggttggtttttctggcttgttttcaactcatcctaatgtggaagccaaaattattcaagagat 31396548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 401 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 36668368 - 36668331
Alignment:
401 catggagctatatttgaagccttaaggctttatccacc 438  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
36668368 catggagctttatgtgaagccttaaggctttatccacc 36668331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University