View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16632_high_11 (Length: 565)

Name: NF16632_high_11
Description: NF16632
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16632_high_11
NF16632_high_11
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (4-546)||(2450853-2451395)
chr6 (5-548)||(2596208-2596754)
chr6 (4-537)||(2568660-2569196)
chr6 (4-546)||(2440128-2440673)
chr6 (4-546)||(2640866-2641411)
chr6 (4-546)||(2672026-2672571)
chr6 (4-546)||(2592074-2592619)
chr6 (4-546)||(2623618-2624163)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (4-498)||(17870110-17870610)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (286-347)||(5766109-5766170)
chr2 (286-347)||(5823502-5823563)
chr2 (286-379)||(5832005-5832098)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (296-352)||(7861784-7861840)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 546
Target Start/End: Original strand, 2450853 - 2451395
Alignment:
Q  4 cataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattgatggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcat 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2450853 cataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattgatggtagtgatataaagtcttataatctaaggtcattaaggaagcat 2450952  T
Q  104 atttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaatattgcatatggggcatatgataaggttgatgagagtgagattatag 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2450953 atttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaatattgcatatggagcatatgataaggttgatgagagtgagattatag 2451052  T
Q  204 aggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtggtca 303  Q
    | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||    
T  2451053 atgcagctaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaatatggttatgagacattgtgtggtgatagaggagttcaactttctggtggtca 2451152  T
Q  304 aaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaatta 403  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2451153 aaagcaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaagtta 2451252  T
Q  404 gttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtcttgg 503  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  2451253 gtgcaagatgctttagaaagggttatgattggaagaacaagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatatgattgttgttttgg 2451352  T
Q  504 ataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgtt 546  Q
    ||||||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2451353 ataagggtagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgtt 2451395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 2596754 - 2596208
Alignment:
Q  5 ataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattgatggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcata 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| || |||||  | ||||||||| | ||||||||||| ||||    
T  2596754 ataggactaattgagagattctatgatccatttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctacgatcattaaggaaacata 2596655  T
Q  105 tttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaatattgcatatggggcatatgat---aaggttgatgagagtgagattat 201  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||| |||||| |||||||||   || ||||||||||||||||||||    
T  2596654 ttgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttggtggtaccataaaagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatgagagtgagattat 2596555  T
Q  202 agaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtggt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2596554 agaggcatcaaaggctgcaaatgctcacgatttcatatcaagcttaaaagatggttatgatacactgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtggt 2596455  T
Q  302 caaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaat 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2596454 caaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaat 2596355  T
Q  402 tagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtctt 501  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2596354 tagtccaagatactttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggcacataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtctt 2596255  T
Q  502 ggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgttat 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2596254 ggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgttat 2596208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 2569196 - 2568660
Alignment:
Q  4 cataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattgatggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcat 103  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || |||||  | ||||||||||||||||||||| | ||     
T  2569196 cataggacttattgaaagattctatgatccacttaaagggatagtgacaattgatggtagagacataaagacatataatctaaggtcattaagggaacac 2569097  T
Q  104 atttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaatattgcatatggggcata---tgataaggttgatgagagtgagatta 200  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||   ||||||||||||||||||||| ||||    
T  2569096 attgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttacgatgataaggttgatgagagtgaaatta 2568997  T
Q  201 tagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtgg 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2568996 tagaggcatcaaaggctgcaagtgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 2568897  T
Q  301 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2568896 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatctgagaaa 2568797  T
Q  401 ttagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtct 500  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2568796 ttagtccaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggcacataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgttt 2568697  T
Q  501 tggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattc 537  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2568696 tggataagggcattgttgttgagaaaggaacacattc 2568660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 546
Target Start/End: Original strand, 2440128 - 2440673
Alignment:
Q  4 cataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattgatggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcat 103  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||  |||||||||| || |||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  2440128 cataggactaattgagagattctatgatccacttaaagggatagtgacagttgatggtagagacataaaaacttataatctacgatcattaaggaaacat 2440227  T
Q  104 atttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaatattgcatatggggcatatgat---aaggttgatgagagtgagatta 200  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||||   || |||||||||||||||||||    
T  2440228 attgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttggtggtaccataagagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatgagagtgagatta 2440327  T
Q  201 tagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtgg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2440328 tagaggcatcaaaggctgcaaatgctcacgatttcatatcaagcttaaaagatggttatgatacactgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 2440427  T
Q  301 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440428 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 2440527  T
Q  401 ttagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtct 500  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  2440528 ttagtccaagatgctttagaaaaggtcatggttggaaggacaagcgtggttgtagcacataggttgagtactattcaaaactgtgatttgattgctgttt 2440627  T
Q  501 tggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgtt 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2440628 tggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcatctttgtt 2440673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 2641411 - 2640866
Alignment:
Q  4 cataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattgatggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcat 103  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||     
T  2641411 cataggactaattgagagattctatgatccaattaaagggatagtgacaattgatggtgaagatataaagtcttataatctaaggtcgttaaggaaacac 2641312  T
Q  104 atttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaatattgcatatggggcatatgat---aaggttgatgagagtgagatta 200  Q
    ||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||   || |||||||||||||||||||    
T  2641311 attgcacttgtaagtcaagaaccaacactgtttggtggtaccataagggaaaatattgcatacggagcctatgatgataaagttgatgagagtgagatta 2641212  T
Q  201 tagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtgg 300  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2641211 ttcaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgatttcatatcaagcttacaagatggttatgatacattgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 2641112  T
Q  301 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 400  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2641111 tcaaaaacaaaggattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttacttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 2641012  T
Q  401 ttagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtct 500  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2641011 ttagtgcaagatgctttagaaagagttatggttggaaggacaagtgtagttgtcgcacataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgttt 2640912  T
Q  501 tggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgtt 546  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  2640911 tggataaggggattgttgttgaaaaaggaacacattcatctttgtt 2640866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 2672571 - 2672026
Alignment:
Q  4 cataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattgatggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcat 103  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||| ||||| ||||| || |||||  | |||||||| |||||||| ||||| ||     
T  2672571 cataggactaattgagagattctatgacccacttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctcaggtcattgaggaaacac 2672472  T
Q  104 atttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaatattgcatatggggcatatgataa---ggttgatgagagtgagatta 200  Q
    ||| | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |   ||||||||||||||||||||    
T  2672471 attgcccttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttatgatgatacggttgatgagagtgagatta 2672372  T
Q  201 tagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtgg 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  2672371 tagaggcatcaaaggcttcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggttatgatactttgtgtggtgacagaggagttcaacttagtggtgg 2672272  T
Q  301 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2672271 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatctgagaaa 2672172  T
Q  401 ttagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtct 500  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  2672171 ttagtccaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtagcacataggttgagtactatacaaaattgcgatttgattgctgttt 2672072  T
Q  501 tggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgtt 546  Q
    | || ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2672071 tagacaagggaagtgttgttgagaaaggaacacattcatctttgtt 2672026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 546
Target Start/End: Original strand, 2592074 - 2592619
Alignment:
Q  4 cataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattgatggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcat 103  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||     
T  2592074 cataggactaattgagaggttctatgatccacttaaagggatagtgacaattgatggtagggacataaaaatttataatctaaggtcactaaggaaacac 2592173  T
Q  104 atttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaatattgcatatggggcatatga---taaggttgatgagagtgagatta 200  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |  || ||||||||||||||  |||||||   |||||||||||| ||||| ||||    
T  2592174 attgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttagtggtaccatcaaagaaaatattgcatatggatcatatgatgataaggttgatgaaagtgaaatta 2592273  T
Q  201 tagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtgg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2592274 tagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgatttcatatcaagcttaaaagatggttatgatacactgtgtggtgatagaggagttcaacttagtggtgg 2592373  T
Q  301 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2592374 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccagaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 2592473  T
Q  401 ttagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtct 500  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  2592474 ttagtccaagatgctttagaaaaggtcatggttggaaggacaagcgtggttgtagcacataggttgagtactatccaaaactgtgatttgattgctgttt 2592573  T
Q  501 tggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgtt 546  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2592574 tggataagggaagtgttattgagaaaggaacacattcatctttgtt 2592619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 546
Target Start/End: Original strand, 2623618 - 2624163
Alignment:
Q  4 cataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattgatggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcat 103  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| |  ||||||||||||| |||||||| || || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||     
T  2623618 cataggactaattgagaggttctatgatccacttgaagggatagtgacaattgatggcagagacataaaaacttataatctaaggtcattaaggaaacac 2623717  T
Q  104 atttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaatattgcatatggggcatatg---ataaggttgatgagagtgagatta 200  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||  ||||||   || |||||||||||||||| ||||    
T  2623718 attgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttggtggtaccataaaagaaaatattgcatatggatcatatggtgatcaggttgatgagagtgaaatta 2623817  T
Q  201 tagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtggtgg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  2623818 tagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgatttcatatcaagcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgacagaggagttcaacttagtggtgg 2623917  T
Q  301 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagagaaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2623918 tcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattaaagaatccagatgtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatctgagaaa 2624017  T
Q  401 ttagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctgtct 500  Q
    ||||| |||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  2624018 ttagtccaagacactttagaaaaggtcatggttggaaggacaagcgtggttgtagcacataggttgagtactatccaaaactgtgatttgattgctgttt 2624117  T
Q  501 tggataagggaattgttgttgagaaaggaacacattcgtctttgtt 546  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  2624118 tggataagggaagtgttgttgagaatggaacacattcatccttgtt 2624163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 17870610 - 17870110
Alignment:
Q  4 cataggactaattgagagattttatgatccaataaaagggatagtgacgattgatggtagtgatataaaatcttataatctaaggtcattaaggaagcat 103  Q
    ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |  ||||| || |||||||   | |||||||| ||||| |||| |||| |||| || ||     
T  17870610 cataggattaatagagagattctatgatccaataaaaggaaatgtgacaatagatggtacaaacataaaatcatataacctaaagtcactaagaaaacac 17870511  T
Q  104 atttcacttgtgagtcaagagccaacattgtttggtggtaccataagggagaatattgcatatggggca------tatgataaggttgatgagagtgaga 197  Q
    ||  |||||||||| ||||| ||||||||| |   ||| |||||||| || || |||||||||||  ||      | ||| ||  | ||||| | |||||    
T  17870510 atagcacttgtgagccaagaaccaacattgataaatggaaccataagagacaacattgcatatggaacaacaacatgtgacaacatcgatgaaactgaga 17870411  T
Q  198 ttatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgattttatatcaagcttaaaagatggatatgacacattgtgtggtgataaaggagttcaacttagtgg 297  Q
    | |||||||||||||  |  || |||||||||||||| ||  |||| || |||||||| ||||| |||| |||||| || |||||||| ||||||   ||    
T  17870410 tcatagaggcatcaagagtagccaatgctcatgatttcattgcaagtttgaaagatgggtatgagacatggtgtggggacaaaggagtgcaactttcagg 17870311  T
Q  298 tggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgcacttgatagtcaatcagag 397  Q
     || ||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | | |||||     
T  17870310 ggggcaaaaacaaaggatagcaatagctagagccatgttgaagaatccaaaggtgttgcttctagatgaagcaacaagtgcacttgataataattcagaa 17870211  T
Q  398 aaattagttcaagatgctttagaaagggttatggttggaaggacaagtgtggttgtggctcataggttgagtactatacaaaattgtgatttgattgctg 497  Q
    ||  |||| |||||||| ||  | | ||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||    
T  17870210 aaggtagtgcaagatgcattgaataaggtaatggttggaaggactagtgtggttgtagcacataggttgagtaccatacacaattgtgatgttattgctg 17870111  T
Q  498 t 498  Q
    |    
T  17870110 t 17870110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 286 - 347
Target Start/End: Original strand, 5766109 - 5766170
Alignment:
Q  286 tcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaa 347  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||    
T  5766109 tcaactttctggtggacaaaagcaaagaattgcaattgctagggcaatattgaagaacccaa 5766170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 286 - 347
Target Start/End: Original strand, 5823502 - 5823563
Alignment:
Q  286 tcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaa 347  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||||||||||||| || || || ||||||||||||||||    
T  5823502 tcaactttctggtggacaaaagcaaagaattgcaattgcaagggccatattgaagaatccaa 5823563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 286 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 5832098 - 5832005
Alignment:
Q  286 tcaacttagtggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtgttgcttttggatgaagcaacaagtgca 379  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||  |  | ||| | ||||||||||||||||||    
T  5832098 tcaactttctggtggacaaaagcaaagaattgcaattgcaagggcaatattgaagaacccaaaaatccttcttcttgatgaagcaacaagtgca 5832005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 296 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 7861840 - 7861784
Alignment:
Q  296 ggtggtcaaaaacaaagaattgcaatagctagagctatattgaagaatccaaaggtg 352  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||  ||||||||    
T  7861840 ggtggacaaaaacaaagaattgctatagcaagggcaatattgaagaaatcaaaggtg 7861784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University