View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16638_low_15 (Length: 543)

Name: NF16638_low_15
Description: NF16638
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16638_low_15
NF16638_low_15
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (13-521)||(22831317-22831843)
chr7 (95-517)||(22805599-22806027)
chr7 (185-502)||(22858724-22859041)
chr7 (94-504)||(22840355-22840772)
chr7 (128-517)||(22815317-22815715)
chr7 (201-500)||(22809951-22810252)
chr7 (161-517)||(22876206-22876567)
chr7 (236-514)||(22898556-22898836)
chr7 (142-445)||(22842526-22842843)
chr7 (158-514)||(22894237-22894606)
chr7 (230-517)||(22889582-22889868)
chr7 (95-314)||(22885988-22886210)
chr7 (201-516)||(22880855-22881158)
chr7 (158-364)||(22873589-22873794)
chr7 (158-269)||(22841175-22841286)
chr7 (16-92)||(22810396-22810470)
chr7 (351-443)||(22914032-22914124)
chr7 (16-62)||(22859131-22859177)
chr7 (365-397)||(22885937-22885969)
chr7 (108-159)||(22810292-22810343)
chr7 (21-62)||(22842942-22842983)
chr7 (463-500)||(22885897-22885934)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (107-503)||(21150029-21150410)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 22831843 - 22831317
Alignment:
Q  13 aatattcccccactactacagatggaaagaaaatttgtgcttcgaatgtgctcatttattcaaatgtgtaacacattcatgt------------------ 94  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |                      
T  22831843 aatattcccccacaactacagatggaaagaaaaattgtggttcaaatgtgctcatttattcaaatgtgtaacacattaattttcactaaactaaatatct 22831744  T
Q  95 cagatgataaggcaatttaagaaaccttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagctaggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattag 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22831743 cagatgataaggcaatttaagaaactttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagctaggttccaggacatttcttagtaggtcccaaattag 22831644  T
Q  195 gcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttcc 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831643 gcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacacaagcattattcattcacaaactataatcatgttcc 22831544  T
Q  295 acaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttga 394  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22831543 tcaagcttgtgtttatgttgttttttcttgttacatttgtagcaagtgaagacagcagtttcatctataatggtttccaatcatcacatttatatcttga 22831444  T
Q  395 tggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaa 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831443 tggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaa 22831344  T
Q  495 aacacttccaatgcaagtgtgtcatct 521  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  22831343 aacacttcgaatgcaagtgtgtcatct 22831317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 95 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 22806027 - 22805599
Alignment:
Q  95 cagatgataa-ggcaatttaagaaaccttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagc-----taggttccaggatatttcttagtaggtccca 188  Q
    |||||||||| |||||||| || |||| ||||| ||||||||||||| || ||| |||||||||     || ||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  22806027 cagatgataaaggcaattttagtaaccatgtcatgtgatgtttcttttagaaatgattcgtagctaagttatgttccaggacatttcttactaggaccca 22805928  T
Q  189 aattaggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatca 288  Q
    |||||| | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22805927 aattagacttgcaattttttcttcacttaggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacacaagcattattcattctcaaactataatca 22805828  T
Q  289 tgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttata 388  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805827 tgttcctcaaacttgtgtttatgttgttttttcatgttacattagtagcaagtgaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttata 22805728  T
Q  389 tcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtt 488  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |  | ||  | ||   ||||||||||||||||||  ||||||    
T  22805727 tcttgatggttttgctgagttaacctcagatggcatactaagactcaccaatgatacagaacaagtaataggtcatgctttctatccaaatccaatagtt 22805628  T
Q  489 tttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtc 517  Q
    || ||||||||||||| || |||||||||    
T  22805627 ttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtc 22805599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 185 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 22859041 - 22858724
Alignment:
Q  185 cccaaattaggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactata 284  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |    
T  22859041 cccaaattagacatgcaatttttccttcacttagcacaaaatcttataaataacaaacaccgaacagaactacacaagcattgttcattcacaaactaaa 22858942  T
Q  285 atcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatt 384  Q
    |||||||||| |||  |||| |||||||| | ||| |||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22858941 atcatgttcctcaagtttgtctttatgttatgtttgcttgttacattggtagcaagtgaagacaacggtttcatctataaaggattccaatcatcacatt 22858842  T
Q  385 tatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatat 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  22858841 tatatcttgatggtattgctgagttaacttcaactggcttactaagactcaccaatgatatcgggcaagatacagcacatgctttctatccaaatcctat 22858742  T
Q  485 agtttttaaaaacacttc 502  Q
    |||||| |||||||||||    
T  22858741 agttttcaaaaacacttc 22858724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 94 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 22840772 - 22840355
Alignment:
Q  94 tcagatgataa-ggcaatttaagaaaccttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagctaggttccaggatatttcttagtaggtcccaaatt 192  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| |||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  22840772 tcagatgataaaggcaaatttagtaacctggtcatgaaatgtttctttcagaaataattcgtagctaggttccaggacatttcttagtaggacccaaatt 22840673  T
Q  193 aggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgtt 292  Q
    || |||| |||||||  |||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  22840672 agacatgaaatttttctttcacttaccacaaaatcttataaataataaacaccaaacagaactacagaagcatcatttattcacaaactataatcatgtt 22840573  T
Q  293 ccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatct------ataatggattccaatcatcacattta 386  Q
    |  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||      |||||||||||||||||||| |||||    
T  22840572 catcaaacttgtgttcatgttgttttttcatgttacattggtagcaagtatagacaacagtttcatctataaatataatggattccaatcatcaaattta 22840473  T
Q  387 tatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatag 486  Q
    |||||||||||||  ||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||    | ||| | || | | |||||||||||||||| |||||    
T  22840472 tatcttgatggtaccgctgagttagcctcaactggcttactaagactcaccaatgatacaaaacaagaaaaaggacaagctttctatccaaatcctatag 22840373  T
Q  487 tttttaaaaacacttcca 504  Q
    |||| |||||||||||||    
T  22840372 ttttcaaaaacacttcca 22840355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 128 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 22815715 - 22815317
Alignment:
Q  128 gtgatgtttctttcagtaataat---tcgtagctaggttccaggatatttcttagta----ggtcccaaattaggcatgcaatttttacttcactttgga 220  Q
    ||||||||||||| |||||||||   || |||||| ||||||||| |||||||||||    || |||||||||| |||||||||||| |||||||| | |    
T  22815715 gtgatgtttcttttagtaataataattcctagctaagttccaggacatttcttagtacctaggacccaaattagacatgcaatttttccttcacttagca 22815616  T
Q  221 caaaatcttataaataataaa-caccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaacta-taatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgtttt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  22815615 caaaatcttataaataacaaaacatcaaacagaactacagaagcattgttcattcacaaactaataatcatgttcctcaaacatgtgttcatgttgtttt 22815516  T
Q  319 ttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcaga 418  Q
    |||| ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  22815515 ttctcgttacattggtagcaagtgtagacaacagtttcatatataatggattccaatcatcacatttaaatcttgatggtattgctgagttaacctcaaa 22815416  T
Q  419 tggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtc 517  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |    ||  | || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  22815415 tggcttactaaaactcaccaatgatacagaaagagccaaaggatatgctttctatccaaatcctatagttttcaaaaacacttccaatgaaagtgtgtc 22815317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 201 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 22810252 - 22809951
Alignment:
Q  201 aatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacag---aactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccaca 297  Q
    ||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22810252 aattttttcttcacttagaa-aaaatcttataaataataaacattgaacagcagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttcctca 22810154  T
Q  298 aacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatgg 397  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22810153 agcttgtgtttatgttgttttttcttgttacattagtagcaagtaaagataacagtttcatctataatggtttccaatcatcacatttatatcttgatgg 22810054  T
Q  398 tattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaac 497  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |  || | || | |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  22810053 tattgctgagttaaccccagatggcttactaagactcaccaatgatacagaacatgaaaaaggacatgctttctatccaaatcctgtagttttcaaaaac 22809954  T
Q  498 act 500  Q
    |||    
T  22809953 act 22809951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 161 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 22876567 - 22876206
Alignment:
Q  161 gttccaggatatttcttagtaggtcccaaattaggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatctt------ataaataataaacaccgaacagaac 254  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||||||| |       ||||||||||||||   ||||||||    
T  22876567 gttccaggacatttcttagtaggatccaaattagacttgcaattttttcttcacttaggacaaaatatataaataataaataataaacaatcaacagaac 22876468  T
Q  255 tacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtt 354  Q
    | || |||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||    
T  22876467 tgcataagcattatt-atccacaaactataatcatgttcttcaggcttgtgttcatgttgttttatcttgttacattggtagcaagtgaagaaaacagtt 22876369  T
Q  355 tcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccaga 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |     ||    
T  22876368 tcatctataatggattccaatcatcaaatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaatgatacagaatatga 22876269  T
Q  455 tacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtc 517  Q
     | || | ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  22876268 aaaaggacatggtttctatccaaatcctatagttttcaaaaacacttccaatggaagtgtgtc 22876206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 236 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 22898836 - 22898556
Alignment:
Q  236 aataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaacta---taatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattg 332  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  22898836 aataaacactaaacagaactacagaatcattatt-attcacaaactactataatcatgttcctcaagcttgcgttcatgttgttttttcatgttacattg 22898738  T
Q  333 gtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagac 432  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||  |||||||||| ||||    
T  22898737 gtagcaagtaaagataacagtttcatctataatggtttccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctaatttaacctccaatggcttacttagac 22898638  T
Q  433 tcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgt 514  Q
    ||||||||||||||  || ||| | |||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||| ||||||    
T  22898637 tcaccaatgataccaagcaagaaaaagcacatgctttctatccaaatcctatagttttcaagaacacttctaatggaagtgt 22898556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 142 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 22842843 - 22842526
Alignment:
Q  142 agtaataattcgtagct-----aggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattaggcatgcaattttta-cttcactttggacaaaatcttataaat 235  Q
    |||||||||||||||||     ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||   ||  ||||| | |||||||| | ||||||||||||||||    
T  22842843 agtaataattcgtagctgagttaggttccaggacatttcttagtaggacccaaattagat-tggtattttcatcttcacttggcacaaaatcttataaat 22842745  T
Q  236 aataaacaccgaacag---aactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattg 332  Q
    ||||||||  ||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22842744 aataaacattgaacagcagaactacagaagcattgttcattcacaaacaataatcatgttcctcaagcttgtgtttatgttgttttttcttgttacattg 22842645  T
Q  333 gtggcaagtaaagataacagtttcatctataat------ggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttac 426  Q
    || |||||| |||| ||||||||||||||||||      |||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  22842644 gtagcaagtgaagacaacagtttcatctataataatagaggattccaatcatttcatttgtatcttgatggtattgctgagttaacctcaggtggcttac 22842545  T
Q  427 taagactcaccaatgatac 445  Q
     ||||||||||||||||||    
T  22842544 caagactcaccaatgatac 22842526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 158 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 22894606 - 22894237
Alignment:
Q  158 taggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattaggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttata--------------aataataaaca 243  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||| | |||||||||||||||              |||||||||||    
T  22894606 taggttccaagacatttcttagtaggacccaaattagacttgcaattttttcttcacctaggacaaaatcttatacataataaataataaataataaaca 22894507  T
Q  244 ccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaa 343  Q
    | ||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  22894506 ctgaacagaactgtataagcattatt-attcacaaactataatcatgttcctcaggcttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtaccaagtga 22894408  T
Q  344 agataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgat 443  Q
    ||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||     
T  22894407 agacaaaagtttcatctataatgatttccaatcatctcatttgtatcttgatggtattgctaatttaacctccaatggcttactaagactcaccaatgac 22894308  T
Q  444 accgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgt 514  Q
    |||   | ||| | |||| |||||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||| ||||||    
T  22894307 accaaacaagaaaaagcacatgctttctatccaaaccctatagttttgaagaacacttccaatggaagtgt 22894237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 230 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 22889868 - 22889582
Alignment:
Q  230 ataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttaca 329  Q
    |||||||| |||||  |||| |||||  | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || || |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  22889868 ataaataagaaacaatgaaccgaactgtataagcattatt-attcacaacctataatcatgttcctcagacatgtgttcatgttgttttttcatgttaca 22889770  T
Q  330 ttggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaa 429  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  22889769 ttggttgcaagtgaagacaacagtttcatatataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaactacaaatggcttactaa 22889670  T
Q  430 gactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtc 517  Q
     ||||||||||||||| |    ||| | || | ||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| || ||| |||||    
T  22889669 aactcaccaatgatacagaaagagacaaaggacatggtttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttccagtgaaagcgtgtc 22889582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 95 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 22886210 - 22885988
Alignment:
Q  95 cagatgataaggcaatttaagaaaccttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagctaggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattag 194  Q
    |||||||||||||||||| || |||     || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  22886210 cagatgataaggcaattttagtaac-----catgtgatgtttcttttagtaataattcgtagctaggttctaggaaatttcttagtaggacccgaattag 22886116  T
Q  195 gcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacac--------cgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataat 286  Q
     |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  22886115 acatgcaatttttccttcacttagcacaaaatcttataaataataaacaccgaacactcgaacagaactacagaagcatgattcattctcaaactataat 22886016  T
Q  287 catgttccacaaacttgtgtttatgttg 314  Q
    |||||||| || ||||||||| ||||||    
T  22886015 catgttcctcagacttgtgttcatgttg 22885988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 201 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 22881158 - 22880855
Alignment:
Q  201 aatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaac 300  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  | |||| |    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    |||            
T  22881158 aattttttcttcacttaggacaaaatcttataaatt-tgaacatc----agaactacagaagtattattcattcacaaactataa----gtt-------- 22881076  T
Q  301 ttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataa------tggattccaatcatcacatttatatcttga 394  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||      ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22881075 -tgtgtttatgttgttttttcttgttacattgatagcaagtgaagaaaacagtttcatctataaatacaatggattccattcatcacatttatatcttga 22880977  T
Q  395 tggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaa 494  Q
    |||||||||| || |||  ||| ||||||||||||||||||||||||| || |    ||  | || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  22880976 tggtattgctaaggtaaactcaaatggcttactaagactcaccaatgacacagaaagagccaaaggatatgctttctatccaaatcctatagttttcaaa 22880877  T
Q  495 aacacttccaatgcaagtgtgt 516  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  22880876 aacacttccaatgaaagtgtgt 22880855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 158 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 22873794 - 22873589
Alignment:
Q  158 taggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattaggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactac 257  Q
    |||||||| |||||||||| || |||  ||||||  | | ||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |    
T  22873794 taggttccgggatatttctaagcaggaaccaaatgtgacctgcaaatttttcttcacttaggacaaaatcatataaataataaacactgaatagaactgc 22873695  T
Q  258 agaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttca 357  Q
    | |||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||  |||||| | |||||||||| |||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||    
T  22873694 ataagcattatt-attcacaatccataatcatgttcctcaggcttgtgctcatgttgttttatcttgttacattagtagcaagtgaagacaacagtttca 22873596  T
Q  358 tctataa 364  Q
    |||||||    
T  22873595 tctataa 22873589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 158 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 22841286 - 22841175
Alignment:
Q  158 taggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattaggcatgcaatttttacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactac 257  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |    
T  22841286 taggttccaggacatttcttagtaggacccaaataagacttgcaattttttcttcactttggacaaaatcttataaataataaacactgaacataactgc 22841187  T
Q  258 agaagcattatt 269  Q
    | ||| ||||||    
T  22841186 ataagaattatt 22841175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 16 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 22810470 - 22810396
Alignment:
Q  16 attcccccactactacagatggaaagaaaatttgtgcttcgaatgtgctcatttattcaaatgtgtaacacattcat 92  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22810470 attcccccgctactacagatggaaagaaaat--gtggttcaaatgtgcacatttattcaaatgtgtaacacattcat 22810396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 351 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 22914124 - 22914032
Alignment:
Q  351 agtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgat 443  Q
    |||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||| | |||||||||    
T  22914124 agtttcacatataatggtttcaaatcatcacatttatatcttgatggtgttgctgaattaacctcaaatggtttactaagattaaccaatgat 22914032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 22859177 - 22859131
Alignment:
Q  16 attcccccactactacagatggaaagaaaatttgtgcttcgaatgtg 62  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  22859177 attcccccactactacagatggaaagaaaatttgtggttcaaatgtg 22859131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 365 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 22885969 - 22885937
Alignment:
Q  365 tggattccaatcatcacatttatatcttgatgg 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22885969 tggattccaatcatcacatttatatcttgatgg 22885937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 108 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 22810343 - 22810292
Alignment:
Q  108 aatttaagaaaccttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagcta 159  Q
    ||||| || |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22810343 aattttagtaaccatgtcatgtgatgtttctttaagtaataattcgtagcta 22810292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 22842983 - 22842942
Alignment:
Q  21 cccactactacagatggaaagaaaatttgtgcttcgaatgtg 62  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  22842983 cccactactacagttggaaagaaaatttgtggttcaaatgtg 22842942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 463 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 22885934 - 22885897
Alignment:
Q  463 atgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacact 500  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  22885934 atgctttctatccaaatcctatagttttcaaaaacact 22885897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 107 - 503
Target Start/End: Original strand, 21150029 - 21150410
Alignment:
Q  107 caatttaagaaaccttgtcaagtgatgtttctttcagtaataattcgtagctaggttccaggatatttcttagtaggtcccaaattaggcatgcaatttt 206  Q
    |||||| || |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||                |||||||||||    
T  21150029 caattttagtaaccatgtcatgtgatgtttcttttagtaataattcgtagctaggttcccggacatttcttaga---------------catgcaatttt 21150113  T
Q  207 tacttcactttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgt 306  Q
    | |||||||| | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  21150114 tccttcacttagcacaaaatcttataaataataaacatcaaacagaactacagaagcattgttcattcacaaactataatcatgttcctcaagcttgtgt 21150213  T
Q  307 ttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctga 406  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150214 ttatgttgtttaatcttgttacattggtagcaagtgaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctga 21150313  T
Q  407 gttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttcc 503  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||| |  |  || | ||   |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  21150314 gttaacctcaaatggcttactaagactcactagtgatacagatcatgaaatagggcatgctttctatccaaatcctatagttttcgaaaacacttcc 21150410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University