View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16647_low_6 (Length: 490)

Name: NF16647_low_6
Description: NF16647
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16647_low_6
NF16647_low_6
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (18-490)||(2064172-2064643)
chr4 (29-474)||(55734337-55734783)
chr4 (180-474)||(18442557-18442851)
chr4 (19-410)||(49950641-49951033)
chr4 (18-488)||(51259929-51260399)
chr4 (27-488)||(28538184-28538644)
chr4 (18-453)||(28425512-28425948)
chr4 (19-488)||(32577445-32577900)
chr4 (201-488)||(37246255-37246543)
chr4 (202-488)||(29656064-29656350)
chr4 (167-339)||(56063469-56063641)
chr4 (297-472)||(51735387-51735562)
chr4 (356-488)||(56065285-56065417)
chr4 (172-344)||(26422772-26422944)
chr4 (378-453)||(49119821-49119896)
chr4 (19-102)||(26422947-26423030)
chr4 (31-102)||(40360794-40360865)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (17-490)||(29368433-29368906)
chr6 (19-476)||(15606412-15606870)
chr6 (20-488)||(11732049-11732513)
chr6 (119-490)||(30802367-30802738)
chr6 (19-490)||(19364342-19364805)
chr6 (325-453)||(14679783-14679911)
chr6 (119-376)||(30803056-30803314)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (27-488)||(53496383-53496832)
chr3 (167-488)||(55198987-55199308)
chr3 (356-485)||(1070668-1070797)
chr3 (398-475)||(36310908-36310985)
chr3 (409-490)||(42340673-42340754)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (19-490)||(87877-88349)
chr2 (19-488)||(39826254-39826724)
chr2 (178-488)||(34696301-34696611)
chr2 (178-488)||(34718713-34719023)
chr2 (141-474)||(18345887-18346218)
chr2 (272-474)||(12131051-12131253)
chr2 (29-253)||(12131613-12131839)
chr2 (178-367)||(20514999-20515188)
chr2 (52-102)||(20514872-20514922)
chr2 (19-68)||(87675-87724)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (19-488)||(20204279-20204743)
chr5 (19-469)||(25730159-25730610)
chr5 (19-453)||(22767691-22768126)
chr5 (167-488)||(12659811-12660132)
chr5 (27-453)||(30223233-30223660)
chr5 (19-472)||(8387399-8387858)
chr5 (205-474)||(27291948-27292220)
chr5 (19-360)||(26295676-26296018)
chr5 (220-488)||(27533306-27533573)
chr5 (338-473)||(15989163-15989298)
chr5 (356-453)||(34654025-34654122)
chr5 (308-451)||(41941171-41941313)
chr5 (19-199)||(27284856-27285035)
chr5 (418-488)||(4267829-4267899)
chr5 (416-485)||(16074453-16074521)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (19-488)||(7126541-7127011)
chr8 (177-473)||(40589129-40589425)
chr8 (19-472)||(43318443-43318896)
chr8 (167-372)||(21371553-21371758)
chr8 (18-473)||(478470-478924)
chr8 (219-453)||(8451557-8451781)
chr8 (19-101)||(21371824-21371906)
chr8 (403-449)||(23853650-23853696)
chr8 (406-473)||(42898916-42898983)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (119-473)||(5608756-5609112)
chr1 (179-453)||(36733172-36733446)
chr1 (117-488)||(51112730-51113103)
chr1 (398-488)||(44526963-44527053)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (141-473)||(16097924-16098256)
chr7 (166-466)||(1581081-1581381)
chr7 (163-488)||(17876877-17877205)
chr7 (19-488)||(9329000-9329470)
chr7 (167-488)||(22288708-22289029)
chr7 (220-474)||(16731466-16731707)
chr7 (220-474)||(17709600-17709841)
chr7 (318-453)||(29201385-29201520)
chr7 (30-102)||(16096668-16096740)
chr7 (38-102)||(1580946-1581010)
chr7 (383-473)||(11746055-11746145)
chr7 (19-102)||(29201648-29201731)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 490
Target Start/End: Original strand, 2064172 - 2064643
Alignment:
Q  18 attataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctc 117  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||       ||||    
T  2064172 attataaactggctatgatggaatagctacatactgatcgattccatgttgatggagagtgatatagaatctggaaggtgaattctcctcaaaaa-gctc 2064270  T
Q  118 gtaatttgttatggaagatttgcagagtgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaa 217  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2064271 gttatttgttatggatgatttgcagagtgtgttccgactcgattccggttacaatcacagcatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtaatacaa 2064370  T
Q  218 ctgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaac 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2064371 ctgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggaattgggcagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaac 2064470  T
Q  318 tgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctaca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2064471 tgtgagcagtttggcagattttgctttagatatatctcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctgca 2064570  T
Q  418 cgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatgac 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2064571 cgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatacttcaatgagcattgggaggacatctttagatgcatgac 2064643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 29 - 474
Target Start/End: Original strand, 55734337 - 55734783
Alignment:
Q  29 gctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcgtaatttgtta 128  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||| ||||| |||||||||||||||        |||||||||||||||    
T  55734337 gctatgatggagttgctacatactgatcgattccatgttgaaggagagtggcataaaatctggaaggtgaattctcc-ccataaagctcgtaatttgtta 55734435  T
Q  129 tggaagatttgcagagtgtgt--tctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgagg 226  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||  |  |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||    
T  55734436 tggaagatttgcagagtgtgtgttccgacgtgtctccgattacaatcacgatatgtacaatgtgagatgatctgcccctggggtgatacggctgttgagg 55734535  T
Q  227 atgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcag 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||| | |||||||    
T  55734536 atgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattgcgcagggcttttgactgtgctgcaaccacgaattggaattatgagcag 55734635  T
Q  327 tttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgat 426  Q
     ||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||| | ||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  55734636 cttggcagattttgtttttgatatatgtcgctcagaaagacgagatattgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgat 55734735  T
Q  427 gtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggaca 474  Q
     |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  55734736 atcatttagaatgacgctcatcatacttcaatgagcattgggaggaca 55734783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 180 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 18442851 - 18442557
Alignment:
Q  180 tgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattgg 279  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18442851 tgtacaatgtgagatgttctgcccctggtgtgatacgactattgaggatgattgacatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattgg 18442752  T
Q  280 acagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatg 379  Q
    ||| ||||||| |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||  ||| |||||||| | ||| |||| ||    
T  18442751 acatggcttttgactgtgctgcaactgcgaattagaactatgagcagtttggcagattttgtatttgatatatgtcgctcagaaagccgagatattgctg 18442652  T
Q  380 gtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggaca 474  Q
    ||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  18442651 gtcaggtggctttacttctttggaaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactttaatgagcattgggaggaca 18442557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 410
Target Start/End: Original strand, 49950641 - 49951033
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||       |||||    
T  49950641 ttataaattggctatgatagagttgctacatactgatcgattccatgttgaaggagagtgacagagaatctggaaggtgaattcccctcataaa-gctcg 49950739  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||  ||||||| ||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||| ||| |||||| ||| |    
T  49950740 taatttgttatggagaatttgcagagagtgtgttccgacgcgtctccggttacaatcacgacatgtacaatgcgagagaatctgcccttggtgtaataaa 49950839  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| | |||||||| |||||| |||||| || || |||||    
T  49950840 gacgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgcgagagttagtattgggcggggcttttgactgtgctgcaaccgcaagctggaa 49950939  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttg 410  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||| | |||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  49950940 ctgtgagcaatttggcagattttgtttttgatatatgtcgctcagaaagccgagacattgctggtcgggcggctttacttctttggcaaatttg 49951033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 51260399 - 51259929
Alignment:
Q  18 attataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctc 117  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||||  || |||||||  ||||| ||  ||||||||| ||||||||| || |||       || |    
T  51260399 attataaactggctatgatggagttgttacataccgatcagtttcatgttgaaggagaatgtcatagaatctggaaggtgaactcccctcataaa-gcac 51260301  T
Q  118 gtaatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatac 215  Q
     |||||||||||||| ||| ||||| |  ||||||||||  ||  ||||  ||||||||| |||||||| ||||||| || | | ||| |||||||||||    
T  51260300 ataatttgttatggaggatctgcagggggtgtgttctgatgcgtctccgactacaatcacgacatgtactatgtgaggtgctatgcccttggtgtgatac 51260201  T
Q  216 aactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttgga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||   ||||||||     
T  51260200 aactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggtgcgtgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgctgcaatcacgagttggc 51260101  T
Q  316 actgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggcta 415  Q
    ||||  || |||||||||||||||||||| || |||  | |||| |||| || ||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  51260100 actgcaagtagtttggcagattttgtttttgacatatgttgttc-gaaaatcgagacactgttggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctg 51260002  T
Q  416 cacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  51260001 cacgtaaagatgtcatttggaatgacgctcatcacacttcaacaagcattgggaggacaacactagatgcatg 51259929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 27 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 28538644 - 28538184
Alignment:
Q  27 tggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcgtaatttgt 126  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||  | ||  ||| ||||||||| |||||||||||| |||       || | ||||||||    
T  28538644 tggctatgatggagttgctacatactgattggttccatgttgaagcag--tgacatagaatctggaaggtgaattcccctcataaa-gcacataatttgt 28538548  T
Q  127 tatggaagatttgcagagtgtgt--tctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttga 224  Q
    |||||| ||| || || ||||||  || ||| |   | || |||||||||  ||||||||||||||||||| | |  ||||||||| | || ||||||||    
T  28538547 tatggaggatatgtagggtgtgtgttccgacgcaccttcgattacaatcaagacatgtacaatgtgagatggtatgtccctggtgtaaaacgactgttga 28538448  T
Q  225 ggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagc 324  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |  ||||||||||| |||  |||||||   |||| | |||||| |||||||||||||||||||    
T  28538447 ggatgattgacaagcttttgtgggttgtacggtggcacaagagagttggtactgggtagggcttgcgactgcgctgcaaccgcgagttggaactgtgagc 28538348  T
Q  325 agtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatg 424  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||| | ||| |||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  28538347 agtttggcagactttgtttttgatatatgtcgttcagaaagccgagatattgctggtcgggtggctgtacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatg 28538248  T
Q  425 atgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || |||||| |  ||||||||||    
T  28538247 atgtcatttggaatgacgctcatcatacttcaacgagcatgggaaggacaacactagatgcatg 28538184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 453
Target Start/End: Original strand, 28425512 - 28425948
Alignment:
Q  18 attataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctc 117  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | |||| || ||||| ||||||||||  | ||||||  |||||||||||||||||||||| |||       || |    
T  28425512 attataaactggctatgatggagttgttacacacggatcggttccatgttgaggaagagtggcatagaatctagaaggtgaattcccctcataaa-gcac 28425610  T
Q  118 gtaatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatac 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |  |||||||  |||||  ||||  | | ||||  |||||||||||||||| || | | |||||| ||||||||    
T  28425611 gtaatttgttatggaggatttgcagggggtgtgttcctactcgtctccgacttcgatcaagacatgtacaatgtgagttggtttgcccctgttgtgatac 28425710  T
Q  216 aactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttgga 315  Q
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||| ||||  |||||| |||||  ||| ||||||    
T  28425711 ggctgttgaggatgattggcatgcttttgtaggttgtacggttgcgcgtgaaagttggtattgggcaggactttcgactgtgctgcaaacgcgtgttgga 28425810  T
Q  316 actgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggcta 415  Q
    |||| |||| | ||||||||||||||||| ||  ||  | |||||||||| | | ||| || |||||| |||| ||| ||| |||||||||||| ||||     
T  28425811 actgagagccgcttggcagattttgtttttgacgtatgttgttcagaaagccgaaacactgttggtcgagtggctttccttctttggcaaatttaggctg 28425910  T
Q  416 cacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatact 453  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28425911 ctcgtaatgatgtcatttggaatgacgttcatcatact 28425948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 32577900 - 32577445
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | || | |||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||        | ||    
T  32577900 ttataaactggctatgatggagttgttatacactgatcggttccatgttgagggagagtgacatagaatctcgaaggtgaattcccctcataaaa-cacg 32577802  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    |||||||||||||| |||||| || |  |||||||  |||||  ||||  | | ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  32577801 taatttgttatggaggatttgtagggggtgtgttcctactcgtctccgacttcgatcacgacatgtacaatgtgaggtgatctgcccctggtgtgataca 32577702  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||| | |||| ||||  |||||| |||||  |||||||||||    
T  32577701 gctgttgaggatgattggcatgctttcgtgggttgtacggttgcgcgtgaaagttggtattaggcaggactttcgactgtgctgcaaacgcgagttggaa 32577602  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctac 416  Q
     || |||||| ||||||||||||||||| || |||  | |||||||||               |||| |||  ||||||| ||||| |||||| |||| |    
T  32577601 ttgagagcagcttggcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaa---------------gtcgagtgactttacttctttggaaaatttaggctgc 32577517  T
Q  417 acgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||   ||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  32577516 tcgtaatgatgtcatttggaatgacgcttatcatacttcaaaaggcattggaaggacaacattagatgcatg 32577445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 201 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 37246543 - 37246255
Alignment:
Q  201 cccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttg 300  Q
    |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  37246543 cccctggtgtgatacggatgttgaggatgattggcatgcttttgtgggctgtacggtggcgagtgaaagttggtattggacaggactttcgactgtgttg 37246444  T
Q  301 caactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttactttttt 400  Q
    |||  |||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||| || |||  | |||||||||| | |||||||| |||||| |||| ||||||| |||    
T  37246443 caaacgcgagttggaactgagagtagtttgacaaattttgtttttgacatatgttgttcagaaagccgagacattgctggtcgtgtggctttacttcttt 37246344  T
Q  401 ggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcata-ctccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||  |||||||| |||||| || | ||||||||    
T  37246343 ggaaaatttgggctgcatgtaatgatgtcatttggaaggacgctcattataccttcaacaagcattggaaggacagctctggatgcatg 37246255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 202 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 29656350 - 29656064
Alignment:
Q  202 ccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgc 301  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||| || | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||| || |||    
T  29656350 ccctggtgcgatacgaatgttgaggatgactgacttgcttttgtgggttgtacggtggcgcatgagagttggtattgggcaggactttcaactatgatgc 29656251  T
Q  302 aactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttg 401  Q
    ||   |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||  ||||||  | |||||||||| | |||||||| || ||| |||| |||| || ||||    
T  29656250 aaagacgagttggaactgaaagcagtttgacagattttgtttatgatatatgttgttcagaaagccgagacattgttgctcgcgtggctttatttatttg 29656151  T
Q  402 gcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    ||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||||  |||||||||| |||  |||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  29656150 gcaaatttgggcagcacataatgatgtcgtttggaatgacagtcatcatacttcaaaaagcattggaaggacaacactagatgcatg 29656064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 167 - 339
Target Start/End: Original strand, 56063469 - 56063641
Alignment:
Q  167 tacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtga 266  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || | |  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||    
T  56063469 tacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtctatggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtaggttgtaccgtggcgcatga 56063568  T
Q  267 gagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagatttt 339  Q
    ||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||   |||||||| ||||  || |||||||||||||||    
T  56063569 gagttggtattgggcagggctttcgactgtgctgcaatcacgagttggcactgcaagtagtttggcagatttt 56063641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 297 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 51735562 - 51735387
Alignment:
Q  297 gttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttactt 396  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| || |||  | ||||||||||   |||||||| |||| |||||| |||||||    
T  51735562 gttgcaagtgcgagttggaactgagagcaatttgacagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctcagacattgctggttgggtggctttactt 51735463  T
Q  397 ttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggagga 472  Q
     |||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  |||||||| ||||    
T  51735462 ctttgacaaatttgagctgcacataatgatgtcatttggaatgatgctcatcatacttcaacaagcattggaagga 51735387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 356 - 488
Target Start/End: Original strand, 56065285 - 56065417
Alignment:
Q  356 gttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactcc 455  Q
    ||||||||| || ||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  56065285 gttcagaaaatcgagacactgttggtcgggtgtttttacttctttggcaaatttgggctgcccgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcacacttc 56065384  T
Q  456 aatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    ||  ||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  56065385 aacaagcattgggaggacaacactagatgcatg 56065417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 172 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 26422944 - 26422772
Alignment:
Q  172 tcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagtt 271  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||| ||||    
T  26422944 tcacgacatgtacaatgtgaggtgatctgcccttagtgtgatacggctgttgaggaagattggcatgctttcgtgggttgtacggttgcgtgtgaaagtt 26422845  T
Q  272 ggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgtttt 344  Q
    |||||| | |||| ||||  |||||| | |||  |||||||||||||| |||    |||||||||||||||||    
T  26422844 ggtattaggcaggactttcgactgtgctacaaacgcgagttggaactgagagtcacttggcagattttgtttt 26422772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 378 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 49119896 - 49119821
Alignment:
Q  378 tggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatact 453  Q
    |||||| |||| ||| ||| |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49119896 tggtcgagtggctttccttctttggcaaatttaggctgctcgtaatgatgtcatttggaatgacgttcatcatact 49119821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 26423030 - 26422947
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattc 102  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| ||| || || ||||||||||||    
T  26423030 ttataaactggatatgatggagttgttacacactgatcggttccatgttgagggagagtgacataaaaactggaaggtgaattc 26422947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 102
Target Start/End: Original strand, 40360794 - 40360865
Alignment:
Q  31 tatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattc 102  Q
    ||||||||||| | |||| | |||||| ||||||||||  ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  40360794 tatgatggagttgttacacattgatcggttccatgttgaaggagagtgacataaaatctggaaggtgaattc 40360865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 17 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 29368906 - 29368433
Alignment:
Q  17 aattataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngct 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||| ||| | |||||||||||| |||       |||    
T  29368906 aattataaattggctatgatggagttgctacatactgatcgattccatgttgaaggagagtggcataaaatatggaaggtgaattcccctcataaa-gct 29368808  T
Q  117 cgtaatttgttatggaagatttgca--gagtgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgata 214  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||| ||| ||  | || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||    
T  29368807 cgtaatttattatggaggatttgcaaagagtgtgttccgacacgtcttcgattacaatcacgacatgtacaatgtgagatgatatgtccctgatgtgata 29368708  T
Q  215 caactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttgg 314  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||| ||||  |||  |||||| |||||| ||||||||     
T  29368707 cgactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacagtggcacatgagagttggtattggccagga-tttcgactgtgctgcaaccgcgagttga 29368609  T
Q  315 aactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggct 414  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  29368608 aactatgagcagtttgacagattttgtttttgatgtatgtcgttcagaaagtcgagacattgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggct 29368509  T
Q  415 acacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatgac 490  Q
      |||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||   ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  29368508 ggacgtaatgatgtcacttgaaatgatgttcatcatacctgaatgagcattgggaggacaacactagatgcatgac 29368433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 19 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 15606870 - 15606412
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||| | |||||| ||||| |||       ||  |    
T  15606870 ttataaattggctatgatggagttgttacatactgatcgattccatgttgaaggagagtggcatagaatatggaaggtaaattcccctcataaa-gcatg 15606772  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |  |||||||  || ||  ||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |    
T  15606771 taatttgttatggaggatttgcagggggtgtgttccaacgcgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgatctttccctggtgtgataga 15606672  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
     |||||||||||||||  |||  ||||||||||| || | |||||| |||| ||||||||||| |||||||||  || ||| |||||  ||||||||| |    
T  15606671 gctgttgaggatgattaacatatttttgtgggttatatggtggcgcatgagtgttggtattgggcagggctttcgaccgtgctgcaagcgcgagttggca 15606572  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctac 416  Q
    || |||||||||||||| ||||||| || || |||  | |||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  15606571 ctttgagcagtttggcaaattttgtctttgacatatgttgttctgaaagtcgagacattgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgc 15606472  T
Q  417 acgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatc 476  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||  || ||||| ||||||||    
T  15606471 acgtaatgatgttatttggaatgacgatcatcatacttcaacaagtattggtaggacatc 15606412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 11732513 - 11732049
Alignment:
Q  20 tataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcgt 119  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||  ||       ||| ||    
T  11732513 tataaattggctatgatgaagttgctacatactagtcgattccaagttgaaggagagtgacataaaatctggaaggtgaattccactcataaa-gcttgt 11732415  T
Q  120 aatttgttatggaagatttgca--gagtgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaa 217  Q
    ||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||| |   |  |||| |||||| ||| ||||||||||  |||||||| ||| ||| |||||||||| |    
T  11732414 aatttgttatggaggatttacaaagagtgtgttcttatgtgtctccgattacaagcacgacatgtacaaattgagatgaccttaccccggtgtgatacga 11732315  T
Q  218 ctgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaac 317  Q
     |||| | ||||||||||||| |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| | || ||||||  | |||||||||||  ||||||||||     
T  11732314 ttgttcaagatgattggcatgattttgtggattgtgcggtggcgcgtgagagttggtattaggcaaggctttcgaatgtgttgcaaccacgagttggaat 11732215  T
Q  318 tgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctaca 417  Q
    ||||||||||||   |  ||||||||     |||  |||||||||||| | |||||||| |||||| |||| ||||||| ||| | ||||||| ||| ||    
T  11732214 tgtgagcagtttaataagttttgttt-----atatgtcgttcagaaagccgagacattgttggtcgagtggctttacttctttcgaaaatttgtgctgca 11732120  T
Q  418 cgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  11732119 cgtaatgatgtcattgggaatgacgttcaacatacttcaatgagcattgggaggacaacaatagatgcatg 11732049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 119 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 30802738 - 30802367
Alignment:
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagagtgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaac 218  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||  || |  ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||| ||    
T  30802738 taattttttatggaaaatttgcagagtgtgttccgacacgtctctgactacaatcacgacatgtacaacgtgaggtgatctgtccctggtgtgatacgac 30802639  T
Q  219 tgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaact 318  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |  ||| ||||  |||||  |||||   |||||||||| |    
T  30802638 tgttgaagattattggcatgttttagtgggttgtaaggtggcgcgtgagagttggcattaggaaggactttcgactgtactgcaaacacgagttggaatt 30802539  T
Q  319 gtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacac 418  Q
    | ||| ||||||| ||||||||||||  | |||  | ||||| |||||| |||||||| |||| |||||  ||||||| ||||||||||||||| | |||    
T  30802538 gagagaagtttggaagattttgtttttaacatatgttgttcaaaaagtcgagacattgttggtagggtgactttacttctttggcaaatttgggttgcac 30802439  T
Q  419 gtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatgac 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  || ||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  30802438 gtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatacttcaacaagtattggaaggacaacactagatgcatgac 30802367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 19364805 - 19364342
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||| |||||| ||||||||  |||||||||| | ||||||||||||  ||||||||  ||||||||| |||||||||  ||| |       |||||    
T  19364805 ttataaactggctaagatggagttactacatactggttgattccatgttgaaggagagtggcatagaatctggaaggtgaac-ctcataaa----gctcg 19364711  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    ||||||||||| || |||||| |||   ||| ||||||| ||  |||  |||||| ||| |||| | |||||||||||||  |  ||||  ||||||||     
T  19364710 taatttgttattgaggatttgaagatattgtattctgacacgtctccaattacaagcacgacatatgcaatgtgagatgacttgtccctaatgtgatacg 19364611  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
       ||  |||||||||| |||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| | |||||||  |  |||||||||| | |||||||||    
T  19364610 ---gt--aggatgattgtcatgcttttgtgggttgtattgtggcgtgtgagagttggtattgggctgggctttcgatagtgttgcaaccgtgagttggaa 19364516  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctac 416  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||  |||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| |||| || ||| ||||||||||||| |    
T  19364515 ctgtgagcagtttgacaaattttatttttcatatatgtcgttcagaaagccaagacattggtggtcggatggctttatttctttagcaaatttgggctgc 19364416  T
Q  417 acgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatgac 490  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  19364415 acgtaatgatgtcattttgaacgacgttcatcatacttcaacgagcattgggaggacaacactagatgcatgac 19364342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 325 - 453
Target Start/End: Original strand, 14679783 - 14679911
Alignment:
Q  325 agtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatg 424  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||| | |||||| | ||||||||||| ||||||| |||  ||||||||| || |||||||||    
T  14679783 agtttggcagattttgtttttgatatatgtcgctcagaaagccgagacatagctggtcgggtggctttacttcttttacaaatttggcctgcacgtaatg 14679882  T
Q  425 atgtcatttggaatgacgctcatcatact 453  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  14679883 atgtcatttggaatgatgatcatcatact 14679911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 119 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 30803314 - 30803056
Alignment:
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |  |||||| ||||  |  ||||  ||||||||| ||||||| |||||||| |||| |   | | |||||||||     
T  30803314 taatttgttatggaggatttgcagggggtgtgttatgacgtgtctccgactacaatcacgacatgtataatgtgaggtgatatgtacatagtgtgatacg 30803215  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
    |||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  || ||| ||||  |||||| |||||  ||||||||||     
T  30803214 actgttgaagatgattgacatgtttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggcatatga-aggactttcgactgtgctgcaaacgcgagttggat 30803116  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattg 376  Q
    |||  || ||||||| ||||||||| || || |||  | ||||| |||||| ||||||||    
T  30803115 ctgaaagaagtttggaagattttgtgttggacatatgttgttcaaaaagtcgagacattg 30803056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 27 - 488
Target Start/End: Original strand, 53496383 - 53496832
Alignment:
Q  27 tggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcgtaatttgt 126  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||| ||||| |||||||||| | |||       || |||||||| |    
T  53496383 tggctatgatggagttgctacatactgatcgattccatgttgaaggagagtggcataaaatctggaaggtgaatgcccctcataaa-gcgcgtaatttat 53496481  T
Q  127 tatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttga 224  Q
    |||||| |||||||||||  ||||||| ||| ||  |||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||| | ||||||    
T  53496482 tatggaggatttgcagagagtgtgttccgacgcgtctccgattacaatcacgacatgtacaatgtgagctgatctgtccgtggtgtgatacgaatgttga 53496581  T
Q  225 ggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||             ||||     
T  53496582 ggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtagcgcatgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgctgcaactg-------------tgaga 53496668  T
Q  325 agtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatg 424  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  53496669 agtttggctgattttgtttttgatatatgtcgttcagaaagtcgagacattgctggtcgggtagctttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatg 53496768  T
Q  425 atgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  53496769 atgtcatttggaatgatgctcatcacacttcaacgagcattgggaggacaacactagatgcatg 53496832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 167 - 488
Target Start/End: Original strand, 55198987 - 55199308
Alignment:
Q  167 tacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtga 266  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| | |   | ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| |||||    
T  55198987 tacaatcacgacatgtacaatgtgagatgctatgttcgtggtgtgatacagttgttgaggatgattgacatgcttttgtgggttgtatggtggcacgtga 55199086  T
Q  267 gagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagt 366  Q
    |||||||||| ||  ||||||||  |||||| |||||   |||||||| ||||  || |||||||||||||||||||| || |||  | |||| || | |    
T  55199087 gagttggtatcgggtagggctttcgactgtgctgcaatcacgagttggcactgcaagtagtttggcagattttgtttttgacatatgttgttccgataat 55199186  T
Q  367 caagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattg 466  Q
    | ||||| || ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||  ||||| |    
T  55199187 cgagacactgctggtcgggtggctttacttctttgacaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttggaatgacactcatcacacttcaacaagcatcg 55199286  T
Q  467 ggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    |||||||| |  ||||||||||    
T  55199287 ggaggacaacactagatgcatg 55199308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 356 - 485
Target Start/End: Original strand, 1070668 - 1070797
Alignment:
Q  356 gttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactcc 455  Q
    |||||||||  | |||||||| |||| |||||  |||| || |||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  1070668 gttcagaaaaccgagacattgctggttgggtgactttaattctttggccaatttgggttgcacgtaatgatatcatttggaatgacgctcatcatacttc 1070767  T
Q  456 aatgagcattgggaggacatctatagatgc 485  Q
    ||  | |||||| ||||||||  |||||||    
T  1070768 aacaatcattggaaggacatcactagatgc 1070797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 398 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 36310985 - 36310908
Alignment:
Q  398 tttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacat 475  Q
    |||| |||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||  ||||| || |||||||    
T  36310985 tttgacaaatttgggttgtacgtaatgatgttatttggaatgacactcatcatacttcaacaagcatcggaaggacat 36310908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 409 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 42340754 - 42340673
Alignment:
Q  409 tgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatgac 490  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||  ||  |||||||| |||||| | || ||||||||||    
T  42340754 tgggctgcacgcaatgatgtcatttggaatgatgcccatcatacttgaacaagcattggaaggacaacaatggatgcatgac 42340673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 19 - 490
Target Start/End: Original strand, 87877 - 88349
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||  | ||||| | |||||||||||||| |       |||||    
T  87877 ttataaaatagctatgatggagttgctacatactgatcggttccatgttgaagaagagtggaaaagaatttggaaggtgaattctcatcataaa-gctcg 87975  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |  ||||||| ||| ||  |||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||     
T  87976 taatttgttatggaggatttgcaggggatgtgttccgacgcgtctccgattacaatcacggcatgtacaatgtgaggtgatctgcccctcgtgtgatacg 88075  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||| ||||  | ||||  ||||  |||||||||||    
T  88076 gttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcatgtgagagttggtattgggcaggactttcgattgtgcggcaatcgcgagttggaa 88175  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctac 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| | |||||| | |||||||| ||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||| |    
T  88176 ctgtgagcagtttggcagattttgtttttgatatatgtcgcttagaaagccgagacattgctggtcgggtggcttcacttctttggaaaatttgggctgc 88275  T
Q  417 acgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatgac 490  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||  |  ||||||||||||    
T  88276 acgtaatgataccatttggaatgacgctcatcatagatcaacgagcattgggaggacgacactagatgcatgac 88349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 39826724 - 39826254
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||| | ||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||       || ||    
T  39826724 ttataaactggctatgatggagttgttacacactgattggttccatgttgagggagagtggcatagaatctagaaggtgaattcccctcataaa-gcacg 39826626  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgca--gagtgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    |||||||||||| | ||||||||  | ||||||||  |||||  ||||  | | ||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||     
T  39826625 taatttgttatgcaggatttgcaaggggtgtgttcctactcgtctccgacttcgatcacgatatgtacaatgtgaggtgatctgcccctggtgtgatacg 39826526  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||||| | |||  |||||||||||    
T  39826525 gctgttgaggatgattggcatgctttcgtgggttgtacgattgcgcgtgaaagttggtattgggcaggactttcaactgtgctacaaacgcgagttggaa 39826426  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctac 416  Q
    ||| |||| | |||  |||||||||||| || |||  | |||||||||| | ||||| || |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  39826425 ctgagagccgcttgttagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagccgagacactgctggtcgagtggctttacttctttggcaaatttgggctgc 39826326  T
Q  417 acgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  39826325 tcgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatacttcaaaaggcattggaaggacaacattagatgcatg 39826254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 178 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 34696611 - 34696301
Alignment:
Q  178 catgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtatt 277  Q
    ||||||||||||||| |  |||  |||||||| ||||| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34696611 catgtacaatgtgaggtattctgtccctggtgcgatacgagtatttaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtatt 34696512  T
Q  278 ggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattga 377  Q
    || ||||||||| ||||||| || ||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||  | |||||||||| | ||||||||     
T  34696511 gggcagggctttcaactgtgctgaaaacgcgagttggaactgagagcagtttggcagattttgcttttgatatatgttgttcagaaagccgagacattgc 34696412  T
Q  378 tggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatct 477  Q
    | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||| |||||| |     
T  34696411 tagtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcaagtaatgatgtcatttggaatgacgttcatcatacttcaacaagcattggaaggacaaca 34696312  T
Q  478 atagatgcatg 488  Q
     ||||||||||    
T  34696311 ctagatgcatg 34696301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 178 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 34719023 - 34718713
Alignment:
Q  178 catgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtatt 277  Q
    ||||||||||||||| |  |||  |||||||| ||||| | | || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34719023 catgtacaatgtgaggtattctgtccctggtgcgatacgagtatttaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtatt 34718924  T
Q  278 ggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattga 377  Q
    || ||||||||| ||||||| || ||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||  | |||||||||| | ||||||||     
T  34718923 gggcagggctttcaactgtgctgaaaacgcgagttggaactgagagcagtttggcagattttgcttttgatatatgttgttcagaaagccgagacattgc 34718824  T
Q  378 tggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatct 477  Q
    | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||| |||||| |     
T  34718823 tagtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcaagtaatgatgtcatttggaatgacgttcatcatacttcaacaagcattggaaggacaaca 34718724  T
Q  478 atagatgcatg 488  Q
     ||||||||||    
T  34718723 ctagatgcatg 34718713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 141 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 18346218 - 18345887
Alignment:
Q  141 agagtgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgct 240  Q
    ||||| ||||||||| ||  |||| |||||||||| | || |||||||||| ||||| |  | ||||||||||||   ||||||||| |||||| |||||    
T  18346218 agagtttgttctgacgcgtctccgattacaatcacgatatatacaatgtgacatgatttgtctctggtgtgatacggttgttgaggacgattggtatgct 18346119  T
Q  241 tttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttg 340  Q
    || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  18346118 tt-gtgggttgtacggtagcgcgtgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgctgcaaccgtgagttggaactgtgagcagtttgatagattttg 18346020  T
Q  341 ttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatga 440  Q
    |||| ||||||  ||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18346019 tttttgatatatgtcgtttagaaagccgagacattgctggtc-ggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttggaatga 18345921  T
Q  441 cgctcatcatactccaatgagcattgggaggaca 474  Q
     | |||||| ||| ||| |||||||| |||||||    
T  18345920 tgttcatcacacttcaacgagcattgcgaggaca 18345887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 272 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 12131253 - 12131051
Alignment:
Q  272 ggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaaga 371  Q
    |||||||| ||||||||||   |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||    
T  12131253 ggtattgggcagggcttttgtgtgtgctgcaaccgcgtgttggaactgtgagcagtttgacagattttatttttgatatatgtcgttcagaaagtcaaga 12131154  T
Q  372 cattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggagg 471  Q
     |||| ||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||    
T  12131153 tattgttggtcggatgactttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttgaaatgacgcacatcatacttcaatgagcattgtgagg 12131054  T
Q  472 aca 474  Q
    |||    
T  12131053 aca 12131051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 29 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 12131839 - 12131613
Alignment:
Q  29 gctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcgtaatttgtta 128  Q
    ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||  ||||| |||||| ||        |||||||||| ||||    
T  12131839 gctatgatgaagttgctgcatactgatcgattccatgttgaaggagagtgacatagaatccggaaggagaattc-ccatcataaggctcgtaattagtta 12131741  T
Q  129 tggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccct-ggtgtgatacaactgttgag 225  Q
    |||| |||||||||||  ||||||||||| ||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||   |||||||| | |||||||    
T  12131740 tggaggatttgcagagagtgtgttctgacgcgtcttcggttacaatcacgacatgtacaatgtgagattatctgcccctaaatgtgatacgaatgttgag 12131641  T
Q  226 gatgattggcatgcttttgtgggttgta 253  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  12131640 gatgattgacatgtttttgtgggttgta 12131613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 178 - 367
Target Start/End: Original strand, 20514999 - 20515188
Alignment:
Q  178 catgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtatt 277  Q
    ||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||    
T  20514999 catgtacaatgtgaggtgatctgtccttggtgtgatacggttgttgaggatgattggtatgcttttgtgggttgttccgtggcgcgggagagttggtatt 20515098  T
Q  278 ggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtc 367  Q
     | |||| |||| ||||||| |||||  |||||||||||||  ||  |||||||||||||||||||| || |||  | ||||||||||||    
T  20515099 tggcaggactttcaactgtgctgcaaacgcgagttggaactaagactagtttggcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagtc 20515188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 52 - 102
Target Start/End: Original strand, 20514872 - 20514922
Alignment:
Q  52 tgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattc 102  Q
    |||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  20514872 tgatcggttccatgttgaaggagagtgacatagaatctggaaggtgaattc 20514922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 68
Target Start/End: Original strand, 87675 - 87724
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttg 68  Q
    ||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||    
T  87675 ttataaactagctatgatggagttgctacatattgatcggttccatgttg 87724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 488
Target Start/End: Original strand, 20204279 - 20204743
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||  ||||| |||  |||||||| |||||||||||| |||       |||||    
T  20204279 ttataaactggctatgatggagttgttacatactgatcgatttcatgttgaaggagaatgacgtagaatctggaaggtgaattcccctcataaa-gctcg 20204377  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||  |||||||  || ||  |||||||||||||||     ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||     
T  20204378 taatttgttatggaggatttgtagagagtgtgttccaacacggctccggttacaatcac-----gtacaatgttagatgatatgcccctggtgtgatacg 20204472  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||    ||||||  |||||||||||||  ||| ||||||    
T  20204473 gttgttgaggatgattgacatgcttttgtgggctacacggtggcgcgtgagagttggtattgggtcaggctttcgactgtgttgcaaccacgaattggaa 20204572  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctac 416  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||| |||| | |||||||| | |    
T  20204573 ctgtgagcagtttggtagattttgtttttgatatatgtcgttcagaaagtcgagacattgctggtcaggtggctttacttctttgacgaatttgggttgc 20204672  T
Q  417 acgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  20204673 acgtaatgatgtca-ttggtatgacgctcatcatacttcaacgagcattgggaggacagcactagatgcatg 20204743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 469
Target Start/End: Original strand, 25730159 - 25730610
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||| | |||||||| |||| | ||||||| ||||| ||||||||||  |||| |||  | ||||||| |||||||||||| |||       |||||    
T  25730159 ttataaactagctatgattgagttgttacataccgatcggttccatgttgaaggagcgtggcaaagaatctggaaggtgaattcccctcataaa-gctcg 25730257  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |  ||||||| ||| |  || || |||||||||| |||||| ||||||||| || |||  || |||||||||||     
T  25730258 taatttgttatggaggatttacaggggatgtgttccgacgcattttcgattacaatcacgacatgtgcaatgtgaggtggtctgtccttggtgtgatacg 25730357  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | ||||  |||||| |||||| |||||||||||    
T  25730358 actattgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgggagttggtattgggcaagactttcgactgtggtgcaaccgcgagttggaa 25730457  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctac 416  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||| |||| ||| ||||||  ||| ||||||| ||||||||||||| ||| |    
T  25730458 ctgtgaatagtttggcagattttgtttttgatatatgttgttcagaaagtcgagactttgctggtcgaatggctttacttctttggcaaatttgagctgc 25730557  T
Q  417 acgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattggga 469  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||||    
T  25730558 acgtaatgataccatttggaatgatgctcatcatacatcaacgagcattggga 25730610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 22768126 - 22767691
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| | || | | |||||| ||||||||||  ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||       || ||    
T  22768126 ttataaactggctataatggagttgttagacattgatcggttccatgttgagggagagtggcatagaatctggaaggtgaattcccctcataaa-gcacg 22768028  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgca--gagtgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||  | ||||||||  |||||  || |  | | ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||     
T  22768027 taatttgttatggaggatttgcatggggtgtgttcctactcgtctctgacttcgatcacgacatgtacaatgtgaggtgatctgcccctagtgtgatacg 22767928  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||| |||||||||||| |||  ||||  |||||| |||||  |||||||||||    
T  22767927 gctgttgaggatgattggcatgctttcgtgggttgtacggttgcacgtgaaagttggtattgggcagaactttcgactgtgctgcaaacgcgagttggaa 22767828  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctac 416  Q
    ||  |||| | ||||||||||||||||| || |||  | |||||||||| | ||||| || |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  22767827 ctaagagccggttggcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagccgagacactgttggtcgagtggctttacttctttggcaaatttgggctgc 22767728  T
Q  417 acgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatact 453  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22767727 tcgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatact 22767691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 167 - 488
Target Start/End: Original strand, 12659811 - 12660132
Alignment:
Q  167 tacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtga 266  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||    
T  12659811 tacaatcacggcatgtacaatgtgagatgatatgtccctggtgtgatacgcctgttgaggatgattggcatgcttttctaggttgtacggtggcgtgtga 12659910  T
Q  267 gagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagt 366  Q
    ||||||||||||| |||| ||||  |||||| |||||   |||||||||  || ||||||||||||||||||| |||| || |||  | |||||||||||    
T  12659911 gagttggtattgggcaggactttcgactgtgctgcaaagacgagttggatttgagagcagtttggcagattttatttttgacatatgttgttcagaaagt 12660010  T
Q  367 caagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattg 466  Q
    | |||||||| ||||||||||| ||| | | ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  |||||||    
T  12660011 cgagacattgctggtcgggtggctttccatatttggtaaatttgggttgcacgtaatgatgtcatttggaatgaagctcatcatacttcaagaagcattg 12660110  T
Q  467 ggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    |||||||| || ||||| ||||    
T  12660111 ggaggacaactctagatacatg 12660132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 27 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 30223660 - 30223233
Alignment:
Q  27 tggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcgtaatttgt 126  Q
    ||||||||||||||| | |||| |||||| | ||||||||||  |||||||| | ||| |||| |||||||||| | |||        ||||||||||||    
T  30223660 tggctatgatggagttgttacacactgattggttccatgttgacggagagtggtgtaggatctggaaggtgaatccccctcataaaa-ctcgtaatttgt 30223562  T
Q  127 tatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttga 224  Q
    |||| | ||||| |||||  |||||||  || ||  || |  ||||||||| ||||||||||||| || |||| |   ||||||||||||| | |||| |    
T  30223561 tatgaaggatttacagagggtgtgttccaacccgcctctgactacaatcacgacatgtacaatgtaaggtgatatgttcctggtgtgatacgattgttaa 30223462  T
Q  225 ggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagc 324  Q
    || |||||| ||||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30223461 gggtgattgacatgcttttatgggttatatggtggcgcgtgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgttgcaaccgcgagttggaactgtgagc 30223362  T
Q  325 agtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatg 424  Q
    |||||| || |||||||||| || |||  | ||||||||||   |||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||   |||||||||    
T  30223361 agtttgacatattttgtttttgacatatgttgttcagaaagctgagacattgctggtcgggtggctttgcttctttggcaaatttgggaagcacgtaatg 30223262  T
Q  425 atgtcatttggaatgacgctcatcatact 453  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||    
T  30223261 aagtcatttagaatgacgctcatcatact 30223233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 19 - 472
Target Start/End: Original strand, 8387399 - 8387858
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| ||||||||| || |||       ||  |    
T  8387399 ttataaactggctatgatggagttgttacataccgatcggtttcatgttgaaggagaatgacatagaatctggaaggtgaactcccctcataaa-gcatg 8387497  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |  |||||||||||  |  ||||  ||||||||| |||||||||||||||| || | |  || ||||||||||||    
T  8387498 taatttgttatggaggatatgcagggggtgtgttctgacgtgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtccgtggtgtgataca 8387597  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| |||||| || | ||||  |||||| |||||   |||||||| |    
T  8387598 gttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggagcatgagagttgttattgggcaagactttcgactgtgctgcaatcacgagttggca 8387697  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgtttta-----gatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgg 411  Q
    |||  || |||||||||||||||||||||     || |||  | |||  |||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  8387698 ctgcaagtagtttggcagattttgttttaattttgacatatgttgtttcgaaaattgagacattgctggtcgggtggctttacttctttggaaaatttgg 8387797  T
Q  412 gctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggagga 472  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||  |||||||||||||    
T  8387798 gctgcacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcaccacacttcaacaagcattgggagga 8387858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 205 - 474
Target Start/End: Original strand, 27291948 - 27292220
Alignment:
Q  205 tggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaac 304  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||| |||||||||  | |||| ||||||    
T  27291948 tggtgtgatacaaatgttgatgatgattgacatgcttttgtgggttgtacgatggcgcatgagagttgtttatgggcagggctttcgattgtgctgcaac 27292047  T
Q  305 tgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggtttt---acttttttg 401  Q
     |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||   |||| ||||    
T  27292048 cgcgagttggaactgtgagaagtttgacagattttgtttttgatatatgtcgttcagaaagtcgaaacattgctggtcgggtggctttataacttctttg 27292147  T
Q  402 gcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggaca 474  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||||| |||| ||| | |||||| ||| |||||||||| |||||||||    
T  27292148 gcaaatttgagcagcacgtaatgatgtcatctggagtgatgatcatcacacttcaatgagcatcgggaggaca 27292220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 360
Target Start/End: Original strand, 26295676 - 26296018
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||  ||| ||||| |||||||||| | |||       || ||    
T  26295676 ttataaactggctatgatgaagttgctacatactgatcgattccatgttgaaggatagtggcataaaatctggaaggtgaatgcccctcataaa-gcgcg 26295774  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||  ||||||| ||| ||  |||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||  |  ||| |||||||     
T  26295775 taatttattatggaggatttgcagagagtgtgttccgacgcgtctccgattacaatcacgacatgtacaatgtgagctgatctgtctgtggcgtgatacg 26295874  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  ||||||||||||||| |||||||||  ||| || | |||| |||||||||||    
T  26295875 aatgttgaggatgattggcatgcttttttgggttgtacggtagcgcaagagagttggtattgggcagggctttcgactatgctacaaccgcgagttggaa 26295974  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttca 360  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||  |||||||    
T  26295975 ctgtgagaaatttggcagattttgtttttgatatatgtcgttca 26296018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 220 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 27533573 - 27533306
Alignment:
Q  220 gttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactg 319  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||  |||||||||||||     
T  27533573 gttgatgatgatttgcatgcttt-gtgagttgtacggtggcgcatgagagttggtattgggcagggctttcgactgtgctgcaatcgcgagttggaacta 27533475  T
Q  320 tgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacg 419  Q
    || | |||||  ||||||||||||| ||||||  |||||||||||| | ||| |||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| || |    
T  27533474 tgggtagtttaacagattttgtttttgatatatgtcgttcagaaagccgagatattgctggtcgggtgactttacttctttggcaaatttgggctgcatg 27533375  T
Q  420 taatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    |||| |||| ||||||||||||| |||||||||| |||  |||||||| | |||| |  ||||||||||    
T  27533374 taattatgttatttggaatgacgttcatcatacttcaacaagcattggaaagacaacactagatgcatg 27533306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 338 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 15989298 - 15989163
Alignment:
Q  338 ttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaa 437  Q
    ||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||| | |||||||||||| |||||  ||    
T  15989298 ttgtttttgatatatttcgttcagaaagccaagacattgctggtcgggtggctttacttctttagaaaatttgggatgcacgtaatgatgccatttaaaa 15989199  T
Q  438 tgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggac 473  Q
    |||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  15989198 tgacactcatcatacatcaacgagcattgggaggac 15989163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 356 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 34654122 - 34654025
Alignment:
Q  356 gttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatact 453  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34654122 gttcagaaagctaagacattgttggtagggtggctttacttctttgacaaattttggctacacgcaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatact 34654025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 308 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 41941313 - 41941171
Alignment:
Q  308 gagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaat 407  Q
    |||||||||||| |||||||  | ||||||||||||| || |||     |||| |||||| |||||||| || |||||||  ||||||| |||| || ||    
T  41941313 gagttggaactgagagcagtc-gacagattttgtttttgacatatgctattcaaaaagtcgagacattgctgatcgggtgaatttacttctttgacatat 41941215  T
Q  408 ttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcata 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41941214 ttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgtcgctcatcata 41941171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 199
Target Start/End: Original strand, 27284856 - 27285035
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |||||||| |||| ||||| |||||||||| | |||       || ||    
T  27284856 ttataaactggctaagatggagttgctacatactgatcgattccatattgaaggagagtggtataaaatctggaaggtgaatgcccct-cataaagcgcg 27284954  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagagtgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatct 199  Q
    ||||||   ||||| ||||   ||||||||||  ||| ||  |||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  27284955 taatttagcatggaggattgatagagtgtgtttcgacgcgtctccgattacaatcacgacatgtacaatgtgagctgatct 27285035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 418 - 488
Target Start/End: Original strand, 4267829 - 4267899
Alignment:
Q  418 cgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| || ||||||||||||| |  ||||||||||    
T  4267829 cgtaatgatgtcatttggaatgatgctcatcacacttcaacgaacattgggaggacagcactagatgcatg 4267899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 416 - 485
Target Start/End: Original strand, 16074453 - 16074521
Alignment:
Q  416 cacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgc 485  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  |||||| |||||||| || |||||||    
T  16074453 cacgtaatgatgtcatttggaatgacgttcatcatacttcaagaagcatt-ggaggacagctctagatgc 16074521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 163; Significance: 7e-87; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 488
Target Start/End: Original strand, 7126541 - 7127011
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||| | ||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||  ||| ||||  ||| ||||| |||||||||||| |||       || ||    
T  7126541 ttataaactagctatgatggagttgttacacactgatcggttccatgttgagggatagtggcataaaatcttgaaggtgaattcccctcataaa-gcacg 7126639  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |  |||||||  |||||  ||||  | | ||||| |||||||||||||| | |||||| || ||| |||| |||     
T  7126640 taatttgttatggaggatttgcagggggtgtgttcctactcgtctccgacttcgatcacgacatgtacaatgtggggtgatctgcctctgatgtgttacg 7126739  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
      |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||  |||||||||||    
T  7126740 gatgttgatgatgattggcatgcatttgtgggttgtacggtggcacgtgaaagttggtattggacaggactttcgactgtgttgcaaacgcgagttggaa 7126839  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctac 416  Q
    ||  ||| ||||||||| |||||||||| || |||  | | |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  7126840 cttagagtagtttggcatattttgtttttgacatatgttgctcagaaggccgagacattgatggtcgggtggttttacttctttggcaaatttgggctgc 7126939  T
Q  417 acgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||| |||||| || | ||||||||    
T  7126940 acgtaatgatgtcatttggaatgacactcatcatacttcaacaagcattggaaggacagctctggatgcatg 7127011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 177 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 40589425 - 40589129
Alignment:
Q  177 acatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtat 276  Q
    |||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  40589425 acatgtacaatgtgaggtgatttgtccctggtgtgatacatttgttgaggatgattgacatgcttttgtgggttgtacggtggcgcatgagagttggtat 40589326  T
Q  277 tggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattg 376  Q
    |||  ||| ||||  ||||||  ||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||| |||| |||    
T  40589325 tgggtaggactttcgactgtgcggcaatcacgagttggaactgtgagtagttttgcagattttatttttgatatatgtcgttcagaaagtcgagacgttg 40589226  T
Q  377 atggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggac 473  Q
     ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  40589225 ctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggttgcacgtaatgatgtcatttggaatgatgctcatcatacttcaacaagcattgggaggac 40589129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 43318896 - 43318443
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||  ||||| ||| ||||||||| |||||||||||| |||       || |     
T  43318896 ttataaactggctatgatggagttgttacacactgatcggttccatgttgaaggagaatgacatagaatctggaaggtgaattcccctcataaa-gcaca 43318798  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag-tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaa 217  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| | ||||||  ||| |   ||||  ||| |||||  ||||||||||||||| |||| |   | |||||||||||      
T  43318797 taatttattatggaggatttgcaggggtgtgtttcgacgcatctccgactacgatcacgtcatgtacaatgtgaggtgatttgttcttggtgtgatacgg 43318698  T
Q  218 ctgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaac 317  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||   ||||| ||||   |||||||||||     
T  43318697 ttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtgaaagttggtattgggcaggactttcgtctgtgctgcatacgcgagttggaaa 43318598  T
Q  318 tgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctaca 417  Q
    || |||||||||||||||||||||||| || |||  | |||||||||| | |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||    
T  43318597 tgagagcagtttggcagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagccgagacatttctggtcgggtggttttacttctttggcaaatttgtgctgca 43318498  T
Q  418 cgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggagga 472  Q
     |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| |||  |||||||| ||||    
T  43318497 agtaatgatatcatttgaaatgatgctcatcatacttcaagaagcattggaagga 43318443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 167 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 21371758 - 21371553
Alignment:
Q  167 tacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtga 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  21371758 tacaatcacaacatgtacaatgtgaggtgatctgtccctggtgtaatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtaggttgtacagtggcgcgtga 21371659  T
Q  267 gagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagt 366  Q
    ||||||||||||| |||| ||||  |||||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||  | |||||||||||    
T  21371658 gagttggtattgggcaggactttcgactgtgctgcaaacgcgagttggaactgagagcagtttggcagattttatttttgacataagttgttcagaaagt 21371559  T
Q  367 caagac 372  Q
    | ||||    
T  21371558 cgagac 21371553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 478924 - 478470
Alignment:
Q  18 attataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctc 117  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||| || ||| |||  ||||| ||| |||| |||| |||||||||||| |||       || |    
T  478924 attataaactggctatgatggagttgttacacactgatcggtttcat-ttgaaggagaatgacataggatctggaaggtgaattcccctcataaa-gcac 478827  T
Q  118 gtaatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatac 215  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||| |  ||||||| ||| ||  ||    ||| |||||  ||||||||||||||| |||| |  || |||||||||||    
T  478826 gtaatttattatggaggatttacagggggtgtgttccgacgcgtctcttactacgatcacgtcatgtacaatgtgaggtgatttgtccttggtgtgatac 478727  T
Q  216 aactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttgga 315  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||| |||||||||||| ||   || |   | ||| ||||   || |||||||    
T  478726 ggctgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtatggtggtacgtgaaagttggtattgggcataactctcgtccgtgctgcatacgcaagttgga 478627  T
Q  316 actgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggcta 415  Q
    |  | ||| |||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||| | |||||||  ||||||||||| |||||||   ||| ||||||||| |     
T  478626 aa-gagagtagtttggcagattttgtttttgatatatgttgttcagaaagccgagacatttctggtcgggtggctttacttcactggaaaatttgggttg 478528  T
Q  416 cacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggac 473  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| |||||    
T  478527 cacgtaatgatatcatttggaatgacgctcatcatacttcaacaagcattggaaggac 478470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 219 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 8451781 - 8451557
Alignment:
Q  219 tgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaact 318  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| | |||||||||  | |||| || |||||                
T  8451781 tgttgaggatgattggcatgtttttgtgggttgtactgtggcacgtgagagttggtattaggcagggctttcgattgtgctgaaactg------------ 8451694  T
Q  319 gtgagcagtttggcagattttgtttta---gatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggcta 415  Q
     | | |||||| ||||||||| ||||    ||||||  | |||||||||| | |||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  8451693 -taaccagtttagcagatttttttttttttgatatatgttgttcagaaagccgagacgttgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctg 8451595  T
Q  416 cacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatact 453  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  8451594 cacgtaatgatgttatttggaatgatgttcatcatact 8451557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 21371906 - 21371824
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaatt 101  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| | |||| |||||||| ||||||| ||  ||||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  21371906 ttataaactggctatgatgaagttggtacacactgatcggttccatgatgaaggagagtggcatagaatctggaaggtgaatt 21371824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 403 - 449
Target Start/End: Original strand, 23853650 - 23853696
Alignment:
Q  403 caaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatca 449  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  23853650 caaatttgggctgcacgtaataatgtcatttggaatgatgctcatca 23853696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 406 - 473
Target Start/End: Original strand, 42898916 - 42898983
Alignment:
Q  406 atttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggac 473  Q
    |||||| ||||||||||| |||  |||| |||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  42898916 atttggactacacgtaattatgcgatttcgaatgacgttcatcatacatcaacgagcattgggaggac 42898983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 162; Significance: 3e-86; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 119 - 473
Target Start/End: Original strand, 5608756 - 5609112
Alignment:
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    ||||||||| |||| |||||| || |  ||||||||||| ||  |||| |||||||||  |||||||||||||||| |||| |  || ||||||||||||    
T  5608756 taatttgttgtggaggatttgtaggggatgtgttctgacgcgtctccgattacaatcatgacatgtacaatgtgaggtgatttgtccttggtgtgataca 5608855  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||  ||||| |||||||||||    
T  5608856 attgttgaggatgattggaatgcttttgtgggttgtactgtggcgcgtgagagttggtattgggcaggactttcgactgtgcggcaaccgcgagttggaa 5608955  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctac 416  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  5608956 ctgtgagtagtttggcagattttatttttgatatatgtcgttcagaaagtcgagacattgttggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgc 5609055  T
Q  417 acgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggac 473  Q
    | | ||||||   ||||||||| | |||||||||||  || ||||||||||||||||    
T  5609056 atgcaatgatactatttggaattatgctcatcatacatcattgagcattgggaggac 5609112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 179 - 453
Target Start/End: Original strand, 36733172 - 36733446
Alignment:
Q  179 atgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattg 278  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||| | |||||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  36733172 atgtacaatgtgaggtgatctgcccctggtgtgatacagttgttgaggacgattgacatgcttttgagagttgtacggtggcgtgtgaaagttggtattg 36733271  T
Q  279 gacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgat 378  Q
    | |||  ||||  |||||| |||||  |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| || |||  | |||||||||||  |||||||| |    
T  36733272 ggcagaactttcgactgtgctgcaaacgcgaattggaactgagagcagtttgacagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagttgagacattgct 36733371  T
Q  379 ggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatact 453  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36733372 ggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttggaatgacgttcatcatact 36733446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 117 - 488
Target Start/End: Original strand, 51112730 - 51113103
Alignment:
Q  117 cgtaatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgata 214  Q
    |||||||||||||||| ||| || || |  ||||||| ||| ||  ||||  ||||||||| |||||||||||||||| || | |  |  |||| |||||    
T  51112730 cgtaatttgttatggaggatctgtagggggtgtgttccgacgcgtctccgactacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtctgtggtatgata 51112829  T
Q  215 caactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttgg 314  Q
    ||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  | |||| |||||   ||||||||    
T  51112830 cagttgttgagaatgattggcatgtttttgtgggttgtacggtggcgcgtgagagttggtattgggcagggctttcgattgtgctgcaatcacgagttgg 51112929  T
Q  315 aactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggct 414  Q
     ||||  || |||||||||||||||||||| || |||  | |||| |||| || ||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |    
T  51112930 cactgcaagtagtttggcagattttgtttttgacatatgttgttccgaaaatcgagacactgctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttgggtt 51113029  T
Q  415 acacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||  ||||| ||||||||| |  ||||||||||    
T  51113030 gcacgtaatgatgtcatttgaaatgacgttcatcacacttcaacaagcatcgggaggacagcactagatgcatg 51113103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 398 - 488
Target Start/End: Original strand, 44526963 - 44527053
Alignment:
Q  398 tttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  44526963 tttggcaaatttggactgcacgtaatgatgtcatttggaatgatgctcatcacacttcaacgagcattgggaggacaacactagatgcatg 44527053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 141 - 473
Target Start/End: Original strand, 16097924 - 16098256
Alignment:
Q  141 agagtgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgct 240  Q
    ||||||||||| ||| |   |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||    
T  16097924 agagtgtgttccgacgcatctccgattacaatcacgacatgtacaatgtgagatgatctgtccctggtgtgatacgactgttgaggacgatttgcatgct 16098023  T
Q  241 tttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttg 340  Q
    ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||| |||  |||||  |||| |||||  |||||||| ||||||  ||| |||||||||    
T  16098024 tttatgggttgtacggtggcgcatgagagttggtattgggtagggatttcgactgttctgcatctgcgtattggaactatgagcatgttgacagattttg 16098123  T
Q  341 ttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatga 440  Q
    |||| ||||||  ||||| |||||| | |||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16098124 tttttgatatatgtcgttaagaaagccgagacattgctggtcgggtgactttacttctttggcaaatttgggctgcacgtaatgatgtcatttggaatga 16098223  T
Q  441 cgctcatcatactccaatgagcattgggaggac 473  Q
     |||  ||| ||| |||||| ||||||||||||    
T  16098224 tgcttgtcacacttcaatgaacattgggaggac 16098256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 166 - 466
Target Start/End: Original strand, 1581081 - 1581381
Alignment:
Q  166 ttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtg 265  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |  || | || ||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1581081 ttacaatcacgacatgtacaatgtgagatgatatgtcctttgtctgaaacagttgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacggtggcgcgtg 1581180  T
Q  266 agagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaag 365  Q
    |||||| ||||||| ||||||||   ||| |||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||| || ||||||  ||||||| ||||    
T  1581181 agagtttgtattgggcagggcttgcgactatgttccaaccgcgagtttgaactgtgagaagtttggtagactttgtctttgatatatgtcgttcaaaaag 1581280  T
Q  366 tcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcatt 465  Q
     | |||||||| ||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  1581281 ccgagacattgttggtcaggtggctttatttctttggcaaatttgggctgcacgaaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatacttcaacgagcatt 1581380  T
Q  466 g 466  Q
    |    
T  1581381 g 1581381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 163 - 488
Target Start/End: Original strand, 17876877 - 17877205
Alignment:
Q  163 cggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgc 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |  ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |     
T  17876877 cggttacaatcacaacatgtacaatgtgcaatgatatgtccctggtgtgatacggcagttgaggatgattggcatgcttttgtgg-ttgtacggtggtgt 17876975  T
Q  263 gtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcaga 362  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||  ||| |||||    
T  17876976 gtgagagttggtattgggaaggtcttttaactttgctgcaaccgcaagttggaactgtgagcagtttgacaaattttatttttgatatatgtcggtcaga 17877075  T
Q  363 aagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatg----atgtcatttggaatgacgctcatcatactccaat 458  Q
    ||| |  ||||||| ||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||     
T  17877076 aagccgcgacattgctggtcgggtgactttacttctttgacaaatttgggctacacgtaatgatatatgtcatttagaatgacactcatcatacttcaac 17877175  T
Q  459 gagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  17877176 gagcattgggaggacagcactagatgcatg 17877205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 9329470 - 9329000
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattctcctnnnnnnngctcg 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||| ||| ||||||  ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||        | ||    
T  9329470 ttataaactggctatgatggagttgttacacactgatcggttctatgttgagggagagtggcatagaatctcgaaggtgaattcccctcataaaa-cacg 9329372  T
Q  119 taatttgttatggaagatttgcagag--tgtgttctgactcgattccggttacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgataca 216  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |  |||||||  ||| |  ||||  | | ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  9329371 taatttgttatggaggattttcagggggtgtgttcctacttgtctccgacttcgatcacgacatgtacaatgtgaggtgatctgcccctggtgtggtaca 9329272  T
Q  217 actgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaa 316  Q
      |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||  | | ||||  ||||||||||||  | |||||||||    
T  9329271 gttgttgaggatgattggcatgttttcgtgggttgtacggttccgcgtgaaagttggtattgggtaagactttcgactgtgttgcaaacgtgagttggaa 9329172  T
Q  317 ctgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctac 416  Q
    ||| |||| | ||| ||||||||||||| || |||  | |||||||||| | ||||| || ||||||  ||  ||||||| ||| ||||||||||||| |    
T  9329171 ctgagagccgcttgacagattttgtttttgacatatgttgttcagaaagccgagacactgctggtcgaatgactttacttctttagcaaatttgggctgc 9329072  T
Q  417 acgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggacatctatagatgcatg 488  Q
     | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||   ||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  9329071 tcataatgatgtcatttggagtgacgctcatcatacttcaaaaggcattggaaggacaacattagatgcatg 9329000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 167 - 488
Target Start/End: Original strand, 22288708 - 22289029
Alignment:
Q  167 tacaatcacaacatgtacaatgtgagatgatcttcccctggtgtgatacaactgttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtga 266  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || | |  || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||    
T  22288708 tacaatcacgacatgtacaatgtgaggtgctatgtccgtggtgtgatacgactgttgaggatgattggcatgcgtttgtgggttgtacggtggcgcatga 22288807  T
Q  267 gagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagt 366  Q
    ||||||||||||| |||  ||||  | |||| |||||   |||||||| ||||  ||  |||||| |||||||||||| || |||  | |||| |||| |    
T  22288808 gagttggtattgggcagaactttcgaatgtgctgcaatcacgagttggcactgcaagtggtttggtagattttgtttttgacatatgttgttccgaaaat 22288907  T
Q  367 caagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattg 466  Q
    | |||||  | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||  |||||||    
T  22288908 cgagacacagctggtcgggtggctttacttctttggcaaatttggactgcacgtaacgatgtcatttggaattacgctcatcacacttcaacaagcattg 22289007  T
Q  467 ggaggacatctatagatgcatg 488  Q
    |||||||| |  ||||||||||    
T  22289008 ggaggacaacactagatgcatg 22289029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 220 - 474
Target Start/End: Original strand, 16731466 - 16731707
Alignment:
Q  220 gttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactg 319  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||             ||||||    
T  16731466 gttgaggatgattgacatgcttttgtgggttataaggtggcgcgtgagagttggtattgggcggggcttttgactgtgctg-------------gaactg 16731552  T
Q  320 tgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacg 419  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| || ||||    
T  16731553 tgagtagtttggcagattttgtttttgatatatattgctcagaaagccgagacattgttggtcgggtggctttacttcttttgcaaatttggactgcacg 16731652  T
Q  420 taatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggaca 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  16731653 taatgatgtcatttggaatgacgctcatcgtacttcaacgagcattgggaggaca 16731707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 220 - 474
Target Start/End: Original strand, 17709600 - 17709841
Alignment:
Q  220 gttgaggatgattggcatgcttttgtgggttgtacgatggcgcgtgagagttggtattggacagggcttttaactgtgttgcaactgcgagttggaactg 319  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||             ||||||    
T  17709600 gttgaggatgattgacatgcttttgtgggttataaggtggcgcgtgagagttggtattgggcggggcttttgactgtgctg-------------gaactg 17709686  T
Q  320 tgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacg 419  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| || ||||    
T  17709687 tgagtagtttggcagattttgtttttgatatatattgctcagaaagccgagacattgttggtcgggtggctttacttcttttgcaaatttggactgcacg 17709786  T
Q  420 taatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggaca 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  17709787 taatgatgtcatttggaatgacgctcatcgtacttcaacgagcattgggaggaca 17709841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 318 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 29201520 - 29201385
Alignment:
Q  318 tgtgagcagtttggcagattttgttttagatatacatcgttcagaaagtcaagacattgatggtcgggtggttttacttttttggcaaatttgggctaca 417  Q
    |||||| |||||| || |||||||||| || |||  | ||||| |||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||    
T  29201520 tgtgagtagtttgacatattttgtttttgacatatgttgttcaaaaagtcgagacatggctggtcgggtggttttacttctttggcaaatttggattgca 29201421  T
Q  418 cgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatact 453  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29201420 cgtaatgatgtcatttggaatgacactcatcatact 29201385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 30 - 102
Target Start/End: Original strand, 16096668 - 16096740
Alignment:
Q  30 ctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattc 102  Q
    |||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  16096668 ctatgatgaagttgctacataccgatcaattccatgttgaaggagagtgacatagaatctggaaggtgaattc 16096740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 102
Target Start/End: Original strand, 1580946 - 1581010
Alignment:
Q  38 gagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattc 102  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  1580946 gagttgctacatactgatcgattccatgttgaaggagaatgacataaaatctggaaggtgaattc 1581010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 383 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 11746145 - 11746055
Alignment:
Q  383 gggtggttttacttttttggcaaatttgggctacacgtaatgatgtcatttggaatgacgctcatcatactccaatgagcattgggaggac 473  Q
    |||||| ||||||| ||| | ||||||||| | |||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  | ||||||||||||    
T  11746145 gggtggctttacttctttcgtaaatttgggttgcacgtaacaatgtcatttggcatgacactcatcatacttcaacaaccattgggaggac 11746055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 29201731 - 29201648
Alignment:
Q  19 ttataaattggctatgatggagtagctacatactgatcgattccatgttgctggagagtgatatagaatctagaaggtgaattc 102  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| | |||  ||||||||| | |||||||   |||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  29201731 ttataaactggctatcatggagttgttacccactgatcgacttcatgttgaatgagagtgacatagaatctggaaggtgaattc 29201648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University