View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16649_low_2 (Length: 455)

Name: NF16649_low_2
Description: NF16649
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16649_low_2
NF16649_low_2
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (17-271)||(27196154-27196409)
chr2 (17-271)||(27498857-27499111)
chr2 (17-271)||(4697161-4697415)
chr2 (17-270)||(29445689-29445942)
chr2 (23-272)||(6277425-6277675)
chr2 (23-272)||(35079771-35080021)
chr2 (23-272)||(35076513-35076763)
chr2 (189-270)||(16880931-16881012)
chr2 (189-270)||(17038621-17038702)
chr2 (17-97)||(29434137-29434217)
chr2 (270-322)||(5696128-5696180)
chr2 (350-423)||(28167176-28167251)
chr2 (347-413)||(5696218-5696284)
chr2 (268-322)||(30546000-30546053)
chr2 (192-264)||(3252092-3252164)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (17-271)||(9421213-9421467)
chr5 (17-271)||(7289633-7289887)
chr5 (23-272)||(43104160-43104410)
chr5 (23-272)||(22035458-22035708)
chr5 (23-272)||(22038684-22038934)
chr5 (23-265)||(36700063-36700306)
chr5 (347-433)||(33489746-33489834)
chr5 (190-262)||(20473869-20473941)
chr5 (129-264)||(31375328-31375463)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (19-271)||(33578535-33578787)
chr8 (23-272)||(33382959-33383209)
chr8 (23-272)||(5951725-5951975)
chr8 (23-272)||(2848086-2848336)
chr8 (23-265)||(15928927-15929170)
chr8 (26-120)||(8856362-8856456)
chr8 (26-120)||(8857835-8857929)
chr8 (189-265)||(29354046-29354122)
chr8 (192-264)||(27805876-27805948)
chr8 (270-322)||(7274410-7274462)
chr8 (25-120)||(9069504-9069599)
chr8 (204-259)||(19490360-19490415)
chr8 (347-433)||(7274500-7274586)
chr8 (203-260)||(8856229-8856286)
chr8 (203-260)||(8857702-8857759)
chr8 (190-263)||(12104762-12104835)
chr8 (71-135)||(29353950-29354014)
chr8 (65-138)||(19490484-19490557)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (17-265)||(53189363-53189611)
chr3 (19-271)||(6765525-6765777)
chr3 (19-271)||(6731467-6731719)
chr3 (23-272)||(10558307-10558557)
chr3 (268-430)||(26538718-26538880)
chr3 (23-271)||(9237183-9237435)
chr3 (24-265)||(28717034-28717276)
chr3 (21-259)||(3165114-3165353)
chr3 (23-265)||(19193339-19193584)
chr3 (270-322)||(13645236-13645288)
chr3 (209-264)||(23048764-23048819)
chr3 (347-433)||(3149386-3149474)
chr3 (270-322)||(1677231-1677283)
chr3 (348-423)||(13645329-13645405)
chr3 (347-423)||(55196710-55196786)
chr3 (347-433)||(1677107-1677193)
chr3 (209-271)||(17545074-17545136)
chr3 (347-414)||(13644995-13645063)
chr3 (270-314)||(13645109-13645153)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (17-271)||(45532851-45533106)
chr1 (17-268)||(17761478-17761707)
chr1 (23-272)||(14159562-14159812)
chr1 (23-272)||(28142360-28142610)
chr1 (23-272)||(28139109-28139359)
chr1 (23-272)||(25663352-25663602)
chr1 (56-272)||(1941373-1941589)
chr1 (270-322)||(43882302-43882354)
chr1 (347-423)||(13223051-13223129)
chr1 (129-248)||(21914206-21914325)
chr1 (24-139)||(26639926-26640041)
chr1 (349-397)||(40767785-40767835)
chr1 (205-264)||(8434936-8434996)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (17-271)||(12194057-12194311)
chr4 (23-271)||(14616999-14617246)
chr4 (23-272)||(48961969-48962219)
chr4 (17-271)||(22755232-22755489)
chr4 (26-265)||(54899406-54899646)
chr4 (26-272)||(22884573-22884820)
chr4 (26-272)||(22936237-22936484)
chr4 (23-260)||(12705584-12705822)
chr4 (347-433)||(11148474-11148562)
chr4 (347-433)||(20945985-20946071)
chr4 (270-322)||(20946109-20946161)
chr4 (190-263)||(21614584-21614657)
chr4 (349-423)||(34539647-34539723)
chr4 (270-322)||(2671790-2671842)
chr4 (349-397)||(34538290-34538340)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (17-271)||(11756048-11756301)
chr7 (23-272)||(5189960-5190210)
chr7 (23-272)||(44673292-44673542)
chr7 (23-272)||(1633952-1634202)
chr7 (23-272)||(1637197-1637447)
chr7 (23-265)||(20436357-20436600)
chr7 (23-265)||(21659311-21659554)
chr7 (349-401)||(5975505-5975557)
chr7 (190-264)||(18970861-18970935)
chr7 (347-433)||(38758164-38758252)
chr7 (230-264)||(7570152-7570186)
chr7 (230-264)||(7576567-7576601)
chr7 (79-138)||(22721866-22721925)
chr7 (272-322)||(5975415-5975465)
chr7 (347-433)||(30045912-30045998)
chr7 (76-120)||(23611528-23611572)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (23-271)||(200131-200378)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (17-271)||(15394419-15394672)
chr6 (23-272)||(964358-964608)
chr6 (23-272)||(20110285-20110535)
chr6 (17-271)||(12489357-12489610)
chr6 (23-272)||(27315478-27315728)
chr6 (23-81)||(16567266-16567324)
chr6 (190-264)||(11184335-11184409)
[»] scaffold0146 (2 HSPs)
scaffold0146 (23-265)||(35435-35683)
scaffold0146 (23-83)||(29427-29487)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (23-272)||(156698-156947)
[»] scaffold1206 (1 HSPs)
scaffold1206 (23-211)||(1766-1955)
[»] scaffold2047 (1 HSPs)
scaffold2047 (189-272)||(890-973)
[»] scaffold0050 (1 HSPs)
scaffold0050 (27-160)||(41500-41632)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 27196409 - 27196154
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27196409 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 27196310  T
Q  117 ctaagtcattt-gtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattca 215  Q
    ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27196309 ctaagtccttttgtgcttaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattca 27196210  T
Q  216 gtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27196209 gtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 27196154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Original strand, 27498857 - 27499111
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27498857 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaacttatagccggttatcaatctcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 27498956  T
Q  117 ctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 216  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27498957 ctaagtctgttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 27499056  T
Q  217 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27499057 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 27499111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 4697415 - 4697161
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4697415 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccagttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgttttagccatgagtag 4697316  T
Q  117 ctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 216  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697315 ctaagtcctttgtgattaggtcaagagatgattatgtaatagctcatgtggttgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 4697216  T
Q  217 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697215 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 4697161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 29445942 - 29445689
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29445942 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaattttatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 29445843  T
Q  117 ctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 216  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29445842 ctaaatcctttgtgattaggtcaagagatgattttgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 29445743  T
Q  217 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaaga 270  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29445742 tatattttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaaga 29445689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 6277675 - 6277425
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |    
T  6277675 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttatgttttagccatgagtatctagat 6277576  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||  ||||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  6277575 cttttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctataactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattcagtataa 6277476  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6277475 attcttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaagagt 6277425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Original strand, 35079771 - 35080021
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  35079771 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 35079870  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  |||||||||| || ||||||||||||||||||     
T  35079871 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattcagtataa 35079970  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35079971 attgttcttaaagcttttatgattctgacccaatataattgattttagagt 35080021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Original strand, 35076513 - 35076763
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  35076513 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 35076612  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  |||||||||| || ||||||||||||||||||     
T  35076613 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattcagtataa 35076712  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35076713 attgttcttaaaacttttatgattctgacccaatataattgattttagagt 35076763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 189 - 270
Target Start/End: Original strand, 16880931 - 16881012
Alignment:
Q  189 tttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaaga 270  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16880931 tttatgaatgtcattctagtttattcagtataaatcgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaaga 16881012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 189 - 270
Target Start/End: Original strand, 17038621 - 17038702
Alignment:
Q  189 tttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaaga 270  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17038621 tttatgaatgtcattctagtttattcagtataaatcgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaaga 17038702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 17 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 29434217 - 29434137
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttattt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  29434217 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaacttataaccggttatcaatttcatgtaatgaattcttcttttttattatttattt 29434137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 322
Target Start/End: Original strand, 5696128 - 5696180
Alignment:
Q  270 agtgaggaagaaggtggaaaaaataggttttaaatttcaaatttttatgatta 322  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  5696128 agtgaggaagaaggtggaaataatatgttttaaaattcaaattttgatgatta 5696180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 350 - 423
Target Start/End: Original strand, 28167176 - 28167251
Alignment:
Q  350 ttttagtccctctactaa--ccagttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgtttt 423  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||  ||  |||| |||||||||||||||    
T  28167176 ttttagtccctctactaagaccagttgccaactcatcatgtgccacatatgcgtctgttatccagcaatgcgtttt 28167251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 347 - 413
Target Start/End: Original strand, 5696218 - 5696284
Alignment:
Q  347 tggttttagtccctctactaaccagttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagc 413  Q
    ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  ||||||||||| ||  ||||||||||    
T  5696218 tggttttagtccctctaataatcaattgccaactcatcatatgccacgtattagtccgttagccagc 5696284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 30546053 - 30546000
Alignment:
Q  268 agagtgaggaagaaggtggaaaaaataggttttaaatttcaaatttttatgatta 322  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  30546053 agagtgaggaagaaggtggaaataat-ggttttaaatttcaaaatttgatgatta 30546000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 192 - 264
Target Start/End: Original strand, 3252092 - 3252164
Alignment:
Q  192 atgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgat 264  Q
    |||||||| | || || ||||| ||||||  |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3252092 atgaatgttattccaggttattaagtataaattgtgcgtaatgcttttatgattctgatccaatataattgat 3252164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 9421467 - 9421213
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9421467 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaattcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 9421368  T
Q  117 ctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 216  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9421367 ctaagtcctttgcgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 9421268  T
Q  217 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9421267 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgaccaaatataattgatttaagag 9421213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Original strand, 7289633 - 7289887
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7289633 gagcaaaaggtgggaaaccatcaaaactcatagcctgttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 7289732  T
Q  117 ctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 216  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7289733 ctaagtcctttgtgattaggtcaagagatgattttgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactcttacatttatgaatgtcaatctagtttattcag 7289832  T
Q  217 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7289833 tatatcttggtcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 7289887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 43104410 - 43104160
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  43104410 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttgccaatttcatgtaatgaatccttctttcatattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 43104311  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  43104310 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattcagtataa 43104211  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  43104210 attgttcttaatgcttttatgattttgacccaatataattgattttagagt 43104160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Original strand, 22035458 - 22035708
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  22035458 aaggtgtgagaccatcgaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 22035557  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  |||||||||| || ||||||||||||||||||     
T  22035558 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattcagtataa 22035657  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22035658 attgttcttaaagcttttatgattctgacccaatataattgattttagagt 22035708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Original strand, 22038684 - 22038934
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  22038684 aaggtgtgagaccatcgaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 22038783  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  |||||||||| || ||||||||||||||||||     
T  22038784 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattcagtataa 22038883  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22038884 attgttcttaaagcttttatgattctgacccaatataattgattttagagt 22038934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 23 - 265
Target Start/End: Original strand, 36700063 - 36700306
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  36700063 aaggttggagaccatcaaaactcatatctgattaacaatttcatgtaatgaatccttcttttatattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 36700162  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    |  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  36700163 ccattgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgtaactcttaatatttatgaatgtcattctagtttattcagtataa 36700262  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatt 265  Q
     | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  36700263 atcgttcttaatgcttttataattctgacccaatataatcgatt 36700306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 347 - 433
Target Start/End: Original strand, 33489746 - 33489834
Alignment:
Q  347 tggttttagtccctctactaa--ccagttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgttttgtttacggaa 433  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||  ||  |||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  33489746 tggtattagtccctctactaagaccagttgccaactcatcaagtgccacatatgcgtccgttagccagcaatgtgttttcttgacggaa 33489834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 20473941 - 20473869
Alignment:
Q  190 ttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattg 262  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||||||  ||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20473941 ttatgaaagttattctagtttattcagtataaattgtgtgtaatgcttttatgattctgactcaatataattg 20473869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 129 - 264
Target Start/End: Original strand, 31375328 - 31375463
Alignment:
Q  129 tgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgt-ttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgtt 227  Q
    |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||   |||||| ||| | |||| |  | ||||||| || | ||||| ||||| ||||||  ||||     
T  31375328 tgattaggtcat-agatgattctgttctagctcatgaccatgtaatctgtagctctgaattattatgaaagttattctaggttatttagtataaattgtg 31375426  T
Q  228 cttaatgcttttatgattctgacccaatataattgat 264  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31375427 cgtaatgcttttatgattctgacccattataattgat 31375463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 33578787 - 33578535
Alignment:
Q  19 gcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagct 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33578787 gcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttaccattagttatttatgctttagccatgagtagct 33578688  T
Q  119 aagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagta 218  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33578687 aagtcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttattaatgtcaatctagtttattcagta 33578588  T
Q  219 tatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33578587 tatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaagag 33578535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Original strand, 33382959 - 33383209
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  33382959 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 33383058  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||  ||||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  33383059 cttttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctataactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattcagtataa 33383158  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33383159 attgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaagagt 33383209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Original strand, 5951725 - 5951975
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  5951725 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 5951824  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||  ||||| | |  ||||||||||| | ||||||||||||||||||     
T  5951825 cttttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctttaactcttaatctttatgaatgttattctagtttattcagtataa 5951924  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5951925 attgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaagagt 5951975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 2848336 - 2848086
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  2848336 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatataatgaatccttcttctacattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 2848237  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactct-cacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||  |||||||||  ||||||  |  ||||||||||  | ||||||||||||||||||     
T  2848236 cttttgtgattaggtcaagagataattttgttctagctcatgtttatgtaacctataactctaaatctttatgaatgaaattctagtttattcagtataa 2848137  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2848136 attgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaagagt 2848086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 23 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 15929170 - 15928927
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||  |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |    
T  15929170 aaggtgagagactatcaaaactcatagccggttatcaattacatgtagtgaatccttcttttacattagttatttgtgccttatccatgagtagctaaat 15929071  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||   | |||||||||| ||||| | |  |||||||||| || ||||||||||||| ||||     
T  15929070 cctttgtgattaggtcaagatatgattttgttctagctcaatagaatgtaacctgtaactcttaaactttatgaatgccattctagtttattcattataa 15928971  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatt 265  Q
     || |  |||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||    
T  15928970 attatctttaaagcttttatgattctgagctaatataaatgatt 15928927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 26 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 8856456 - 8856362
Alignment:
Q  26 gtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||    
T  8856456 gtgggagaccatcaaaactcatagccaatcatcaatttcatgtaatgaatccttctttgttattagttgtttatgatttagccatgagtaactaa 8856362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 26 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 8857929 - 8857835
Alignment:
Q  26 gtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||    
T  8857929 gtgggagaccatcaaaactcatagccaatcatcaatttcatgtaatgaatccttctttgttattagttgtttatgatttagccatgagtaactaa 8857835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 189 - 265
Target Start/End: Original strand, 29354046 - 29354122
Alignment:
Q  189 tttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatt 265  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  29354046 tttatgaatgtcattctagtttattcagtataaattgttgttaatgcttttatgattctgacccgatgtaactgatt 29354122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 27805948 - 27805876
Alignment:
Q  192 atgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgat 264  Q
    |||||||| | ||||| ||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27805948 atgaatgttattctaggttattcagtataaattgtgcgtaatgcttttatgattctgatccaatataattgat 27805876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 322
Target Start/End: Original strand, 7274410 - 7274462
Alignment:
Q  270 agtgaggaagaaggtggaaaaaataggttttaaatttcaaatttttatgatta 322  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  7274410 agtgaggaagaaggtggaaataataagttttaaaattcaaattttgatgatta 7274462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 9069599 - 9069504
Alignment:
Q  25 ggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaa 120  Q
    |||||||  ||||||||||||||||    ||||||| || ||||||| ||| |||||||   ||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  9069599 ggtgggaagccatcaaaactcatagttaattatcaaattaatgtaataaatccttcttttgtattagttgtttatgctttagccatgagttgctaa 9069504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 204 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 19490415 - 19490360
Alignment:
Q  204 ctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataa 259  Q
    ||||||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19490415 ctagtttattcagtacaaattattcttaatgcttttatgattctgaccaaatataa 19490360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 347 - 433
Target Start/End: Original strand, 7274500 - 7274586
Alignment:
Q  347 tggttttagtccctctactaaccagttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgttttgtttacggaa 433  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||  |||||| |||| ||  |||||||||| | ||||||| || ||||||    
T  7274500 tggttttagtctctctaataaccaattgccaactcatcatatgccacatattagtccgttagccagcgaagcgtttttttgacggaa 7274586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 203 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 8856286 - 8856229
Alignment:
Q  203 tctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataat 260  Q
    ||||||||||||||||||   ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8856286 tctagtttattcagtataaactgtgcataatgcttttatgattatgacccaatataat 8856229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 203 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 8857759 - 8857702
Alignment:
Q  203 tctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataat 260  Q
    ||||||||||||||||||   ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8857759 tctagtttattcagtataaactgtgcataatgcttttatgattatgacccaatataat 8857702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 190 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 12104835 - 12104762
Alignment:
Q  190 ttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattga 263  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||| ||||  |||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12104835 ttatgattgttattctagtttattcaatataaattgtgcgtaatccttttataattctgacccaatataattga 12104762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 135
Target Start/End: Original strand, 29353950 - 29354014
Alignment:
Q  71 tgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagtcatttgtgattag 135  Q
    ||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||  || |||||||||||    
T  29353950 tgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagttacatcctttgtgattag 29354014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 19490557 - 19490484
Alignment:
Q  65 atgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagtcatttgtgattaggtc 138  Q
    |||||||||||  |  ||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  19490557 atgtaatgaatcatattttgtcattagttgtttatgttgtagccatgagtagctaattctattgtgattaggtc 19490484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 265
Target Start/End: Original strand, 53189363 - 53189611
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53189363 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 53189462  T
Q  117 ctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 216  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53189463 ctaagtcttttgcgattaggtcaagagatgattctgtattaactcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 53189562  T
Q  217 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatt 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53189563 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatt 53189611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 6765777 - 6765525
Alignment:
Q  19 gcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  6765777 gcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatctcatgtaatgaattcttctttatcattagtggtttatgctttagccatgagtagct 6765678  T
Q  119 aagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagta 218  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6765677 aagtctgttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagta 6765578  T
Q  219 tatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6765577 tatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataactgatttaagag 6765525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Original strand, 6731467 - 6731719
Alignment:
Q  19 gcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  6731467 gcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatctcatgtaatgaattcttctttatcattagtggtttatgctttagccatgagtagct 6731566  T
Q  119 aagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagta 218  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6731567 aagtctgttgtgattaggtcaagagatgattttgtactaactcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagta 6731666  T
Q  219 tatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6731667 tatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataactgatttaagag 6731719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 10558557 - 10558307
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  10558557 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 10558458  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  |||||||||| || ||||||||||||||||||     
T  10558457 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattcagtataa 10558358  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  10558357 attgttcttaaagcttttatgattatgacccaatataattgattttagagt 10558307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 268 - 430
Target Start/End: Original strand, 26538718 - 26538880
Alignment:
Q  268 agagtgaggaagaaggtggaaaaaataggttttaaatttcaaatttttatgattaagnnnnnnnaatttcatccctatgtggttttagtccctctactaa 367  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26538718 agagtgaggaagaaggtggaaaaaataggttttaaatttcaaatttttatgattaagtttttttaatttcgtccctatgtggttttagtccctctactaa 26538817  T
Q  368 ccagttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgttttgtttacg 430  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26538818 ccagttgccaactcatcaagtgctacctattggtcagttagccagcaatgcgttttttttacg 26538880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 23 - 271
Target Start/End: Original strand, 9237183 - 9237435
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatca-atttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaag 121  Q
    |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||   ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9237183 aaggtgggggactatcaaaactcattgccggttatccgaattcatgtaatgaagctttcttttacattagttatttatgctttagccatgagtagctaaa 9237282  T
Q  122 tcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtact-agctcatgtggatgtaacctgaaactctcac--gtttatgaatgtcaatctagtttattcagta 218  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    ||||||||||||||||| ||   |||||||||| ||||||||||||||||||     
T  9237283 tcctttgtgattaggtcaagagatgattatgtattaagctcatacttatgtaacctgaaactcttactgttttatgaatgccaatctagtttattcagtg 9237382  T
Q  219 tatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
     |  |  ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9237383 gaagtcattcttcacgcttttatgattctgacccaatataattgattcaagag 9237435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 24 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 28717276 - 28717034
Alignment:
Q  24 aggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagtc 123  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||   ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||     
T  28717276 aggtggaagaccgtcaaaactcatagccggttatcaaattcatgtaatgaatcctacttttgtattagttatttgtgctttatccatgagtatctaggtt 28717177  T
Q  124 atttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactct-cacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatc 222  Q
     ||| ||||||||||   |||||||||||| |||||| |||    ||||||||  ||||||  |  ||||||||||| | ||||||||||| ||||||      
T  28717176 ctttatgattaggtccctagatgattctgttctagcttatgacagtgtaacctataactctaaatctttatgaatgttattctagtttatttagtataaa 28717077  T
Q  223 ttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatt 265  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28717076 tttctcttaatgcttttatgattctaacccaatataattgatt 28717034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 21 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 3165353 - 3165114
Alignment:
Q  21 aaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaa 120  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||   ||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||    
T  3165353 aaaaggtgggagaccataaaaactcatagtcggttatcaaattcatgtaatgaatccttcttttatattagttatttgtgctttaaccatgaataggtaa 3165254  T
Q  121 gtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtat 219  Q
    ||| ||||||| |||||||  |||||||| ||| ||| ||| |    |||| || ||  |||| | |  |||||||||| || |||||||||||||||||    
T  3165253 gtcttttgtgactaggtcactagatgattttgttctaactctttacaatgttacatgtcactcttaatctttatgaatgccattctagtttattcagtat 3165154  T
Q  220 atcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataa 259  Q
       || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  3165153 taattattcttaatgcatttatgattctaacccaatataa 3165114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 23 - 265
Target Start/End: Original strand, 19193339 - 19193584
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagcta-ag 121  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||| ||||||||| |||| |||||| |     
T  19193339 aaggtgggagaccatcaaaacgcatatctggttaccaatttcatgtaatgaatccttctttcatattagttatttgtgctttagcaatgactagctagaa 19193438  T
Q  122 tcatttgtgattaggtcaagagatgattct-gtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtat 219  Q
     |  |||||||||||||||||||||||| |  |  || ||||     ||||||| || ||||| | |  ||||||||||||| |||| | ||||||||||    
T  19193439 gctattgtgattaggtcaagagatgattttaatcttaactcaatacaatgtaacttgtaactcttaatctttatgaatgtcattctattctattcagtat 19193538  T
Q  220 atcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatt 265  Q
    |  ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  19193539 aaattactcttaatgcttttatgattctgacctaatataactgatt 19193584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 270 - 322
Target Start/End: Original strand, 13645236 - 13645288
Alignment:
Q  270 agtgaggaagaaggtggaaaaaataggttttaaatttcaaatttttatgatta 322  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  13645236 agtgaggaagaaggtggaaagaatatgttttaaatttcaaattttgatgatta 13645288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 264
Target Start/End: Original strand, 23048764 - 23048819
Alignment:
Q  209 ttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgat 264  Q
    ||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23048764 ttattcagtataaattgtgcgtaatgcttttatgattctgacccaatataattgat 23048819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 347 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 3149474 - 3149386
Alignment:
Q  347 tggttttagtccctctactaa--ccagttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgttttgtttacggaa 433  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||| ||||   |  |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  3149474 tggttttagtccctctactaagaccagctgccaactcatcatgtgccatgtatgcatctgttagccagcaatgcgtttttttgacggaa 3149386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 1677283 - 1677231
Alignment:
Q  270 agtgaggaagaaggtggaaaaaataggttttaaatttcaaatttttatgatta 322  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  1677283 agtgaggaagaaggtggaaataatatgttttaaaattcaaattttgatgatta 1677231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 423
Target Start/End: Original strand, 13645329 - 13645405
Alignment:
Q  348 ggttttagtccctctactaaccag-ttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgtttt 423  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||| |   ||||||||||||||| ||||    
T  13645329 ggttttagtccctctactaaccagtttatcaactcatcaagtgccacatattagcccgttagccagcaatgcatttt 13645405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 347 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 55196786 - 55196710
Alignment:
Q  347 tggttttagtccctctactaaccagttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgtttt 423  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||| ||||||| ||  |||||||||| | |||||||    
T  55196786 tggttttagtccctctaataaccaattgccaactcatcatatgcgacgtattagtccgttagccagcgaagcgtttt 55196710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 347 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 1677193 - 1677107
Alignment:
Q  347 tggttttagtccctctactaaccagttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgttttgtttacggaa 433  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||  |||||| |||||||  |||| ||||| | ||||||| || ||||||    
T  1677193 tggttttagtccctctaataaccaattgtcaactcatcatatgccacatattggtccgttaaccagcgaagcgtttttttgacggaa 1677107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 209 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 17545136 - 17545074
Alignment:
Q  209 ttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    ||||||||||||  ||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  17545136 ttattcagtataaattgtgtgtaatgcttttatgattatgacccaatataattgattttagag 17545074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 347 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 13645063 - 13644995
Alignment:
Q  347 tggttttagtccctctactaaccagtt-gccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagca 414  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| | ||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  13645063 tggttttagtccctctactaataagtttgtcaattcatcaagtgtcacgtattggtttgttaaccagca 13644995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 270 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 13645153 - 13645109
Alignment:
Q  270 agtgaggaagaaggtggaaaaaataggttttaaatttcaaatttt 314  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||    
T  13645153 agtgaggaagaaggtggaaagaatacattttacatttcaaatttt 13645109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 45533106 - 45532851
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45533106 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttattattagttatttatgctttagccatgagtag 45533007  T
Q  117 ctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtact-agctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattca 215  Q
    |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45533006 ctagatcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtactaacctcatgtggatgtaacctgaaactcttacgtttatgaatgtcaatctagtttattca 45532907  T
Q  216 gtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45532906 gtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaagag 45532851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 17 - 268
Target Start/End: Original strand, 17761478 - 17761707
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17761478 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccagttatcaatttcatgtaatgaattcttcttcatcattagttatttatgctttagccatgagtag 17761577  T
Q  117 ctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 216  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||                      |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17761578 ctaagtcctttgtgattaggtcaagagatgattctgtaatagctcat----------------------acgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 17761655  T
Q  217 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaa 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17761656 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaa 17761707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 14159812 - 14159562
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||   |    
T  14159812 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaataaattcttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagctcgat 14159713  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  |||||||||| || ||||||||||||||||||     
T  14159712 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattcagtataa 14159613  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  14159612 attgttctcaatgcttttatgattctgacccaatataactgattttagagt 14159562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 28142610 - 28142360
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  28142610 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 28142511  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  28142510 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattcagtataa 28142411  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28142410 attgttcttaaagcttttatgattctgacccaatataattgattttagagt 28142360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 28139359 - 28139109
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  28139359 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 28139260  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  |||||||||| || ||||||||||||||||||     
T  28139259 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattcagtataa 28139160  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28139159 attgttcttaaagcttttatgattctgacccaatataattgattttagagt 28139109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 25663602 - 25663352
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  25663602 aaggtgggacaccatcaaaaatcatatccggttaccaagttcatgtaatgaatttttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 25663503  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||     ||||||| || ||||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  25663502 cctttctgattaggtcaagagatgattttgttctagctcagtataatgtaacatgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattcagtataa 25663403  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||    
T  25663402 attgttcttaatgcttttatgtttctgacccaatataaatgattttagagt 25663352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 56 - 272
Target Start/End: Original strand, 1941373 - 1941589
Alignment:
Q  56 atcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtac 155  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  1941373 atcaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgttttagccatgagtagctagatcttttgtgattaggtcaagagatgattttgttc 1941472  T
Q  156 tagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaa 254  Q
    ||||||||||  ||||||| || ||||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  1941473 tagctcatgtttatgtaacttgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattcagtataaattattcttaatgc-tttatgattcggacccaa 1941571  T
Q  255 tataattgatttaagagt 272  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  1941572 tataattgattcaagagt 1941589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 43882354 - 43882302
Alignment:
Q  270 agtgaggaagaaggtggaaaaaataggttttaaatttcaaatttttatgatta 322  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  43882354 agtgaggaagaaggtggaaataatatgttttaaaattcaaattttgatgatta 43882302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 347 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 13223129 - 13223051
Alignment:
Q  347 tggttttagtccctctactaacc--agttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgtttt 423  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||  ||||||||||  ||  |||||||| |||||||||||    
T  13223129 tggttttagtccctctactaacactagttgccaactcatcatatgccacgtatgcgtctgttagccaacaatgcgtttt 13223051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 129 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 21914325 - 21914206
Alignment:
Q  129 tgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacg-tttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgtt 227  Q
    |||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||   |||||||||| |||||| |   |||||||||| || |||| ||||||| ||| |  | |||    
T  21914325 tgattaggtcat-agatgattttgttctagctcatgactatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgccattctaatttattcggtagaaatcgtt 21914227  T
Q  228 cttaatgcttttatgattctg 248  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  21914226 cttaatgcttttatgattctg 21914206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 26640041 - 26639926
Alignment:
Q  24 aggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagtc 123  Q
    |||||||| ||||| |||| | |||||| || ||||| |||||| |||||| ||| ||||   | ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||     
T  26640041 aggtgggaaaccataaaaaattatagccagtcatcaaattcatgcaatgaactctacttttgtaatagttatttgtgctttatctatgagtagctaagtt 26639942  T
Q  124 atttgtgattaggtca 139  Q
     |||  ||||||||||    
T  26639941 ctttcagattaggtca 26639926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 349 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 40767835 - 40767785
Alignment:
Q  349 gttttagtccctctactaac--cagttgccaactcatcaagtgccacgtat 397  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40767835 gttttagtccctctactaagagcagttgccatctcatcaagtgccacgtat 40767785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 205 - 264
Target Start/End: Original strand, 8434936 - 8434996
Alignment:
Q  205 tagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctga-cccaatataattgat 264  Q
    ||||||||||||||||  |||    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8434936 tagtttattcagtatagattgcgtgtaatgcttttatgattctgaccccaatataattgat 8434996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Original strand, 12194057 - 12194311
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  12194057 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtaa 12194156  T
Q  117 ctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 216  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12194157 ctaaatcctttgtgattaggtcaagagatgattttgtactagctcatgtggatgtaacctgatactcttacgtttatgaatgtcaatatagtttattcag 12194256  T
Q  217 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12194257 tgtatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaagag 12194311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 23 - 271
Target Start/End: Original strand, 14616999 - 14617246
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  14616999 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttgtgctttagccgtgagtagctaaat 14617098  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatc 222  Q
    | |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    ||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  14617099 cctttgtgattaggtcaa-agatgattatgtactagctcatacttatgtaacctgaaaatctattgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtataaa 14617197  T
Q  223 ttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  14617198 ttgatattaatgcttttatgattctaacccaatataattgattcaagag 14617246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 48962219 - 48961969
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |    
T  48962219 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatcagtagctagat 48962120  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  |||||||||| || ||||||||||| ||||||     
T  48962119 cttttgtgattaggtcaatagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattaagtataa 48962020  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  48962019 attgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaagagt 48961969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Original strand, 22755232 - 22755489
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatt-tcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagta 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22755232 gagcagaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaattctcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttgtgctttagccatgagta 22755331  T
Q  116 gctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctca-cg-tttatgaatgtcaatctagtttatt 213  Q
    ||||  ||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |      ||||||||| |||||| | || |||||||| ||||||||||||||||    
T  22755332 gctagatctattgtgattaggtcaagagatgattttgtattagcttaaacttttgtaacctggaactcttatcgttttatgaacgtcaatctagtttatt 22755431  T
Q  214 cagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    ||||||||||  | |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  22755432 cagtatatctcatgcttaatgcctttatgattctgacacaatgtaattgattcaagag 22755489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 26 - 265
Target Start/End: Original strand, 54899406 - 54899646
Alignment:
Q  26 gtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagtcat 125  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||  || |    
T  54899406 gtgggagaccatcaaaactcatatctggttaccaatttcatgtaatgaatccttctttcatattagttatttgtgctttaaccatgattagctagatcct 54899505  T
Q  126 ttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatctt 224  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |     
T  54899506 ttctgattaggtcaagagatgattctgttctagctcatgtatatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattcagtataaatg 54899605  T
Q  225 gttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatt 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54899606 gttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatt 54899646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 26 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 22884820 - 22884573
Alignment:
Q  26 gtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagtcat 125  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||| || ||||||||||||||||||  || |    
T  22884820 gtggaagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttctttcatattagttatttgtgttttagccatgagtagctagatcct 22884721  T
Q  126 ttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctca--cgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatct 223  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||  || |||| || |||||| |  || |||||||||||| | ||||||||| | ||||  |    
T  22884720 ttgtgattagatcaagagatgattatgttctagctcatgtttatataacatgtaactcttaatcg-ttatgaatgtcattatagtttatttaatataaat 22884622  T
Q  224 tgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  22884621 tgttcttaatgcatttatgattatgacccaatataactgattcaagagt 22884573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 26 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 22936484 - 22936237
Alignment:
Q  26 gtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagtcat 125  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||| || ||||||||||||||||||  || |    
T  22936484 gtggaagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttctttcatattagttatttgtgttttagccatgagtagctagatcct 22936385  T
Q  126 ttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctca--cgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatct 223  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||  || |||| || |||||| |  || |||||||||||| | ||||||||| | ||||  |    
T  22936384 ttgtgattagatcaagagatgattatgttctagctcatgtttatataacatgtaactcttaatcg-ttatgaatgtcattatagtttatttaatataaat 22936286  T
Q  224 tgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  22936285 tgttcttaatgcatttatgattatgacccaatataactgattcaagagt 22936237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 23 - 260
Target Start/End: Original strand, 12705584 - 12705822
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||| |  ||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||||  |    
T  12705584 aaggtgggagaacatcaaaactcatattcggtcaccaatttcatgtaatgagtcattcttttacattagttatttgtgttttagccatgagtagctagat 12705683  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | | ||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||  ||||||| || ||||| | |  |||||||||| || ||||||||||||| ||||     
T  12705684 cctctgtgattaggtcaagagatgattttgttctaactcatgtttatgtaacttgtaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattcattataa 12705783  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataat 260  Q
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12705784 actattcttaatgcttttatgattctgacccaatataat 12705822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 347 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 11148562 - 11148474
Alignment:
Q  347 tggttttagtccctctactaac--cagttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgttttgtttacggaa 433  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||| |  ||  |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  11148562 tggttttagtccctctactaagatcagttgccaactcatcatgtgccacgtttgtgtctgttagccagcaatgcgtttttttgacggaa 11148474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 347 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 20946071 - 20945985
Alignment:
Q  347 tggttttagtccctctactaaccagttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgttttgtttacggaa 433  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  |||||| |||| ||  ||||| |||||| ||||||| || ||||||    
T  20946071 tggttttagtccctctaataaccaattgccaactcatcatatgccacatattagtccgttagtcagcaaagcgtttttttgacggaa 20945985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 20946161 - 20946109
Alignment:
Q  270 agtgaggaagaaggtggaaaaaataggttttaaatttcaaatttttatgatta 322  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  20946161 agtgaggaagaaggtggaaataatatgttttaaaattcaaattttgatgatta 20946109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 190 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 21614657 - 21614584
Alignment:
Q  190 ttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattga 263  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||||||||  |||| | | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21614657 ttatgattgttattctagtttattcagtataaattgtgcgtgatgattttatgattctgacccgatataattga 21614584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 349 - 423
Target Start/End: Original strand, 34539647 - 34539723
Alignment:
Q  349 gttttagtccctctactaa--ccagttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgtttt 423  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||||  ||  ||||| || |||||||||||    
T  34539647 gttttagtccctctactaagaccagttgccaactcatcatgtgtcacgtatgcgtctgttagtcaacaatgcgtttt 34539723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 270 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 2671842 - 2671790
Alignment:
Q  270 agtgaggaagaaggtggaaaaaataggttttaaatttcaaatttttatgatta 322  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  2671842 agtgaggaagaaggtgaaaataatatgttttaaaattcaaattttgatgatta 2671790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 349 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 34538340 - 34538290
Alignment:
Q  349 gttttagtccctctactaac--cagttgccaactcatcaagtgccacgtat 397  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34538340 gttttagtccctctactaagagcagttgccatctcatcaagtgccacgtat 34538290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 175; Significance: 5e-94; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 11756301 - 11756048
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11756301 gagcagaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaattacatgtaatgaattcttctttatcattagttatttgtgctttagccatgagtag 11756202  T
Q  117 ctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 216  Q
    |||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11756201 ctaaatccgttgtgattaggtcaa-agatgattctgtactagctcatgcttatgtaacctgaaactctattgtttatgaatgtcaatctagtttatttag 11756103  T
Q  217 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    | ||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11756102 tttaaattgatcttaatgcctttatgattctgacccaatataattgatttaagag 11756048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 5190210 - 5189960
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||  |    
T  5190210 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagttagat 5190111  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  5190110 cttttgtgactaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattcagtataa 5190011  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5190010 attgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaagagt 5189960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 44673542 - 44673292
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  44673542 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 44673443  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  44673442 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattcagtataa 44673343  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44673342 attgttcttaaagcttttatgattctgacccaatataattgattttagagt 44673292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 1634202 - 1633952
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  1634202 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 1634103  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  |||||||||| || ||||||||||||||||||     
T  1634102 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattcagtataa 1634003  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1634002 attgttcttaaagcttttatgattctgacccaatataattgattttagagt 1633952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 1637447 - 1637197
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  1637447 aaggtgtgagaccatcgaaactcatattcggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctagat 1637348  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  |||||||||| || ||||||||||||||||||     
T  1637347 cctttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgcaactcttaatctttatgaatgccattctagtttattcagtataa 1637248  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1637247 attgttcttaaagcttttatgattctgacccaatataattgattttagagt 1637197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 23 - 265
Target Start/End: Original strand, 20436357 - 20436600
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || |||| ||||||||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  20436357 aaggtgggagaccatcaaaactcttatccagttaccaatttcatgtaatgaatctttctttcatattagttatttgtgctttagccatgagtagctaaat 20436456  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    |  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||     |||||||||| ||||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||     
T  20436457 ctattgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcagtacaatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattcaatataa 20436556  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatt 265  Q
     ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20436557 attactcttaatgcatttatgattctgacccaatataactgatt 20436600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 23 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 21659554 - 21659311
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||| ||  |||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |    
T  21659554 aaggtgggaggccatcaaaactcatagccggttgtcaaattcatgtaatgaatatttcctttacattagttattcgtgctttagccacgagtagctaaat 21659455  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |     ||||||| || ||||| | |  |||| || ||||| ||||||||||||||||||     
T  21659454 cctttgtgattaggtcaagagatgattctgttctagcttagtacaatgtaacttgtaactcttaatttttaagattgtcattctagtttattcagtataa 21659355  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatt 265  Q
     || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  21659354 attattcttaatgcttttatgattctgactcaacataactgatt 21659311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 349 - 401
Target Start/End: Original strand, 5975505 - 5975557
Alignment:
Q  349 gttttagtccctctactaaccagttgccaactcatcaagtgccacgtattggt 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  5975505 gttttagtccctctactaaccagttgccaattcatcaagtgccatatattggt 5975557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 190 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 18970935 - 18970861
Alignment:
Q  190 ttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgat 264  Q
    ||||||| || | ||||||||||||| ||||  ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18970935 ttatgaaagttattctagtttattcaatataaattgtgtgtaatgcttttatgattctgacccaatataattgat 18970861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 347 - 433
Target Start/End: Original strand, 38758164 - 38758252
Alignment:
Q  347 tggttttagtccctctactaa--ccagttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgttttgtttacggaa 433  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||  ||  |||||||| |||||| |||| || ||||||    
T  38758164 tggttttagtccctctactaagaccagttgccaattcatcatgtgccacgtatgcgtctgttagccaacaatgcatttttttgacggaa 38758252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 230 - 264
Target Start/End: Original strand, 7570152 - 7570186
Alignment:
Q  230 taatgcttttatgattctgacccaatataattgat 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7570152 taatgcttttatgattctgacccaatataattgat 7570186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 230 - 264
Target Start/End: Original strand, 7576567 - 7576601
Alignment:
Q  230 taatgcttttatgattctgacccaatataattgat 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7576567 taatgcttttatgattctgacccaatataattgat 7576601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 138
Target Start/End: Original strand, 22721866 - 22721925
Alignment:
Q  79 tctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagtcatttgtgattaggtc 138  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    ||||||||||||||    
T  22721866 tctttaacattagttatttatgttttagtcatgagtagctaaactctttgtgattaggtc 22721925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 272 - 322
Target Start/End: Original strand, 5975415 - 5975465
Alignment:
Q  272 tgaggaagaaggtggaaaaaataggttttaaatttcaaatttttatgatta 322  Q
    ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||||    
T  5975415 tgaggaacaaggtggaaagaatatgttttaaattttaaattttgatgatta 5975465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 347 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 30045998 - 30045912
Alignment:
Q  347 tggttttagtccctctacta--accagttgccaactcatcaagtgccacgtattggttagttagccagcaatgcgttttgtttacggaa 433  Q
    ||||||||||||||||||||  |  ||||| |||||||||| |||||||||||  ||  ||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  30045998 tggttttagtccctctactaagattagttggcaactcatcatgtgccacgtatgcgt--gttagtcagcaatgcgtttttttgacggaa 30045912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 76 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 23611572 - 23611528
Alignment:
Q  76 tcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaa 120  Q
    ||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  23611572 tcttcttttacattagttatttgtgctttagtcatgagtagctaa 23611528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 23 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 200378 - 200131
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  200378 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttgtgctttagccgtgagtagctaaat 200279  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatc 222  Q
    | |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    ||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  200278 cctttgtgattaggtcaa-agatgattatgtactagctcatacttatgtaacctgaaaatctattgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtataaa 200180  T
Q  223 ttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  200179 ttgatattaatgcttttatgattctaacccaatataattgattcaagag 200131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 163; Significance: 7e-87; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 15394672 - 15394419
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15394672 gagcagaaggtgggagaccatcaaaactcatagccagttatcaatttcatgtaatgaattctcctttatcattagttatttgtgctttagccatgagtag 15394573  T
Q  117 ctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 216  Q
    |||| || |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    |||||||||||||||||   ||| |||||| |||||||||||||||||     
T  15394572 ctaaatcctttgtgattaggtcaa-agatgattttgtactagctcatacttatgtaacctgaaactctattgttgatgaatatcaatctagtttattcaa 15394474  T
Q  217 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15394473 tataaattgatcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaagag 15394419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Original strand, 964358 - 964608
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  964358 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 964457  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||| ||||| | |  ||||||||||  | ||||||||||||||||||     
T  964458 cttttgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgctattctagtttattcagtataa 964557  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  964558 attgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaagagt 964608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 20110535 - 20110285
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||||||||||||||| | || || ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |    
T  20110535 aaggtgggagaccatcaacagtcctatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatcagtagctagat 20110436  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||| ||||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  20110435 cctttgtgattagctcaagagatgattttgttctatctcatgtttatgtaacctgtaactcttaatctttatgaatgtcattctagtttattcagtataa 20110336  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  20110335 attgttcttaatgcttttatgattctaacccaatataaatgattttagagt 20110285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 12489610 - 12489357
Alignment:
Q  17 gagcaaaaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtag 116  Q
    ||||| |||||| ||||| || ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||  ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12489610 gagcagaaggtgagagactataaaaactcatagctagttatcaattacatgtaatgaatttctctctagcattagttatttgtgctttagccatgagtag 12489511  T
Q  117 ctaagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcag 216  Q
    ||||  |  | ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||     
T  12489510 ctaaacccgtcgtgattaggtcaa-agatgattctgtactatctcatgcttatgtaacctgaaactctattgtttatgaatgtcaatctagtttattcaa 12489412  T
Q  217 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagag 271  Q
    | ||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12489411 tttaaattgatcttaatgcctttatgattctgacccaatctaattgatttaagag 12489357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Original strand, 27315478 - 27315728
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  27315478 aaggtgggagaccatcaaaactcatatctggttaccaatttcatgtaatgaatccttcttttacattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 27315577  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactc-tcacgtttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||||||||||||| |||||||| |||||| ||  |||||||  |||||||| | ||||| | |  |||||||||  || ||||||||||||||||||     
T  27315578 cctttgtgattaggtgaagagatgcttctgttctcactcatgtttatgtaaccagtaactcttaatctttatgaataccattctagtttattcagtataa 27315677  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27315678 atcgtttttaatgcttttatgattctgacccaatataattgattcaagagt 27315728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 23 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 16567324 - 16567266
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttct 81  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  16567324 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaatccttct 16567266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 190 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 11184409 - 11184335
Alignment:
Q  190 ttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgat 264  Q
    ||||||| || | |||||||||||| |||||  ||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11184409 ttatgaaagttattctagtttattcggtataaattgtgtgtaatgcttttatgattctgactcaatataattgat 11184335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146 (Bit Score: 121; Significance: 8e-62; HSPs: 2)
Name: scaffold0146
Description:

Target: scaffold0146; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 23 - 265
Target Start/End: Original strand, 35435 - 35683
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagtt-----atttatgctttagccatgagtagc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||     |||| |||||||||||||||||||    
T  35435 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaattcttcttttatattagtttttatatttgtgctttagccatgagtagc 35534  T
Q  118 taagtcatttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacg-tttatgaatgtcaatctagtttattcag 216  Q
    ||  ||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||| | |||||| |   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35535 tagatccattgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacccgtaactcttaatatttatgaatgtcattctagtttattcag 35634  T
Q  217 tatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatt 265  Q
    ||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35635 tataaatcgctcttaatgcttttatgattctgacccaatataatcgatt 35683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0146; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 83
Target Start/End: Original strand, 29427 - 29487
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttcttt 83  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29427 aaggtgggagaccatcaaaactcatatccggttaccaatttcatgtaatgaattcttcttt 29487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 91; Significance: 6e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 23 - 272
Target Start/End: Original strand, 156698 - 156947
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| | | ||| || |||||||||||  || |||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  156698 aaggtgggagaccatcataacttatatctg-ttaccagtttcatgtaatacatccttctttcatattagttatttgtgctttagccatgagtagctagat 156796  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactctcacgt-ttatgaatgtcaatctagtttattcagtatat 221  Q
    | ||| || ||||||||||||||||||||||  ||||||||||  | |||||  | |||||| |    |||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  156797 cctttctggttaggtcaagagatgattctgttttagctcatgtttacgtaactagtaactcttaatcattatgaatgtcattctagtttattcagtataa 156896  T
Q  222 cttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  156897 attgttgttaatgcttttatgattctgacccaatataactgattcaagagt 156947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1206 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold1206
Description:

Target: scaffold1206; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 23 - 211
Target Start/End: Original strand, 1766 - 1955
Alignment:
Q  23 aaggtgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| ||  |    
T  1766 aaggtgggagaccatcaaaactcatatctggttgccaatttcatgtaatgaatccttcttttatattagttatttgtgctttagccatgagtagttagat 1865  T
Q  123 catttgtgattaggtcaagagatgattctgtactagctcatgtggatgtaacctgaaactct-cacgtttatgaatgtcaatctagttta 211  Q
    |  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  ||||||| || ||||||  |  ||||||||||||| |||||||||    
T  1866 ccattgtgattaggtcaagagatgattttgttctagctcatgtttatgtaacatgtaactctaaatatttatgaatgtcattctagttta 1955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2047 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold2047
Description:

Target: scaffold2047; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 189 - 272
Target Start/End: Original strand, 890 - 973
Alignment:
Q  189 tttatgaatgtcaatctagtttattcagtatatcttgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataattgatttaagagt 272  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  890 tttatgaatgtcattctagtttattcagtataaatcgttcttaatgcttttatgattctgacccaatataactgattcaagagt 973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0050 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0050
Description:

Target: scaffold0050; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 27 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 41632 - 41500
Alignment:
Q  27 tgggagaccatcaaaactcatagccggttatcaatttcatgtaatgaattcttctttatcattagttatttatgctttagccatgagtagctaagtcatt 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||| | || ||| ||||||| || |||| | | ||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||  |    
T  41632 tgggagaccatcaaaactcatagccagtcatccaatttatgaaatgaatcctcctttgttactagttgtttatgctttagtcatgagtaactaaatccat 41533  T
Q  127 tgtgattaggtcaagagatgattctgtactagct 160  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||| ||||||    
T  41532 tgtgattaggtc-atagatgattatgttctagct 41500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University