View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16651_low_9 (Length: 294)

Name: NF16651_low_9
Description: NF16651
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16651_low_9
NF16651_low_9
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (16-291)||(2630975-2631250)
chr4 (13-288)||(23873767-23874042)
chr4 (13-288)||(8487272-8487547)
chr4 (13-288)||(55298197-55298469)
chr4 (15-288)||(20673285-20673560)
chr4 (13-188)||(12776599-12776773)
chr4 (13-164)||(33312973-33313124)
chr4 (19-285)||(7663532-7663798)
chr4 (18-282)||(23279186-23279450)
chr4 (19-282)||(47540505-47540768)
chr4 (53-237)||(8655415-8655599)
chr4 (18-140)||(25875129-25875250)
chr4 (19-242)||(3130316-3130539)
chr4 (27-210)||(1121013-1121196)
chr4 (19-106)||(5817654-5817741)
chr4 (182-219)||(13159132-13159169)
[»] chr1 (19 HSPs)
chr1 (16-291)||(3692204-3692479)
chr1 (13-288)||(32353588-32353863)
chr1 (16-284)||(38231264-38231532)
chr1 (13-280)||(48073731-48073998)
chr1 (13-285)||(37530138-37530412)
chr1 (13-285)||(14119338-14119611)
chr1 (22-288)||(36928750-36929016)
chr1 (19-288)||(36305364-36305633)
chr1 (19-291)||(21527741-21528013)
chr1 (19-282)||(4644593-4644856)
chr1 (19-242)||(14365962-14366184)
chr1 (19-263)||(47115868-47116112)
chr1 (19-134)||(25639908-25640023)
chr1 (16-283)||(30970904-30971171)
chr1 (29-291)||(48266006-48266268)
chr1 (19-106)||(52336242-52336329)
chr1 (19-106)||(9528226-9528313)
chr1 (175-225)||(26510710-26510760)
chr1 (170-260)||(34853959-34854049)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (16-291)||(16421298-16421572)
chr8 (13-288)||(2871765-2872039)
chr8 (35-285)||(412660-412909)
chr8 (22-288)||(7451935-7452201)
chr8 (13-159)||(35405318-35405464)
chr8 (194-285)||(35405460-35405551)
chr8 (19-282)||(19385007-19385270)
chr8 (18-116)||(28542582-28542680)
chr8 (22-110)||(12218486-12218574)
chr8 (157-227)||(30501686-30501756)
chr8 (197-285)||(39482996-39483084)
chr8 (163-201)||(43613442-43613480)
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (16-291)||(13755042-13755317)
chr6 (13-288)||(15673399-15673674)
chr6 (13-288)||(23347757-23348032)
chr6 (14-285)||(8873120-8873391)
chr6 (19-285)||(25317434-25317700)
chr6 (19-285)||(26204928-26205194)
chr6 (19-267)||(19348854-19349093)
chr6 (163-272)||(4406736-4406845)
chr6 (158-249)||(1682765-1682856)
chr6 (35-242)||(33629694-33629900)
chr6 (163-243)||(33745819-33745899)
chr6 (18-78)||(4596465-4596525)
chr6 (22-288)||(19256628-19256894)
chr6 (179-219)||(14528113-14528153)
chr6 (179-219)||(14532839-14532879)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (15-288)||(23601349-23601622)
chr3 (16-291)||(29308984-29309260)
chr3 (13-288)||(6176769-6177044)
chr3 (13-288)||(7146615-7146890)
chr3 (13-284)||(2813795-2814066)
chr3 (15-280)||(25873411-25873676)
chr3 (19-285)||(30167639-30167905)
chr3 (19-291)||(49732221-49732493)
chr3 (13-282)||(9378670-9378940)
chr3 (35-243)||(28675265-28675473)
chr3 (158-242)||(13448197-13448281)
chr3 (19-106)||(32004560-32004647)
chr3 (16-60)||(6517892-6517936)
chr3 (35-110)||(24227411-24227486)
chr3 (21-106)||(14868258-14868343)
chr3 (149-201)||(9319513-9319565)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (13-288)||(33547446-33547721)
chr2 (13-284)||(43627072-43627344)
chr2 (13-285)||(13549698-13549970)
chr2 (19-285)||(9949558-9949824)
chr2 (13-285)||(22052201-22052473)
chr2 (14-228)||(26681456-26681670)
chr2 (13-221)||(31594128-31594336)
chr2 (19-285)||(31085931-31086197)
chr2 (13-217)||(35694207-35694411)
chr2 (19-285)||(45421098-45421364)
chr2 (17-283)||(31774262-31774528)
chr2 (95-262)||(26180242-26180409)
chr2 (13-87)||(32145477-32145550)
chr2 (21-60)||(558655-558694)
chr2 (21-101)||(26490731-26490811)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (13-288)||(13439627-13439902)
chr7 (13-272)||(28326930-28327189)
chr7 (13-288)||(30385774-30386048)
chr7 (13-273)||(45235524-45235784)
chr7 (122-285)||(45942534-45942697)
chr7 (13-282)||(12379022-12379291)
chr7 (13-199)||(3632377-3632561)
chr7 (19-282)||(46623284-46623547)
chr7 (19-282)||(15654002-15654265)
chr7 (13-280)||(3104477-3104744)
chr7 (18-291)||(43104890-43105163)
chr7 (22-110)||(21277520-21277608)
chr7 (19-106)||(9546317-9546404)
chr7 (21-138)||(19728069-19728186)
chr7 (15-110)||(38730079-38730175)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (14-285)||(6264492-6264763)
chr5 (13-285)||(32917891-32918163)
chr5 (21-284)||(34480538-34480801)
chr5 (13-214)||(34858058-34858259)
chr5 (13-285)||(15499940-15500212)
chr5 (19-263)||(10487222-10487466)
chr5 (185-285)||(31862339-31862439)
chr5 (163-273)||(6020462-6020572)
chr5 (21-192)||(4399459-4399630)
chr5 (163-201)||(5596774-5596812)
chr5 (21-101)||(3199605-3199685)
[»] scaffold0287 (1 HSPs)
scaffold0287 (13-199)||(13524-13708)
[»] scaffold0418 (1 HSPs)
scaffold0418 (19-285)||(7255-7521)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (19-240)||(134975-135196)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (19-240)||(312802-313023)
scaffold0002 (19-240)||(328256-328477)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (43-116)||(22676-22749)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 16 - 291
Target Start/End: Original strand, 2630975 - 2631250
Alignment:
Q  16 aaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2630975 aaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcctaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 2631074  T
Q  116 agcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagcc 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  2631075 agcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccatgcacatagaagcc 2631174  T
Q  216 atattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctgatat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2631175 atattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctgatat 2631250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 23874042 - 23873767
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23874042 agaaaaaccttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 23873943  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  23873942 gacaacagcttaatcttatcaagtaaacaggggatgggggtcacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaa 23873843  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23873842 gccagattagttgcataaaagaacgtctagcagcacctccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctga 23873767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 8487547 - 8487272
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8487547 agaaaaacattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 8487448  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| | ||    
T  8487447 gacaacagcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcagtccaaacaacccaggcacataaaa 8487348  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||    
T  8487347 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaataagtgaactgtaagaaatgatctga 8487272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Original strand, 55298197 - 55298469
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55298197 agaaaaaccttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 55298296  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| || |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  55298297 gacaacaacttaatcttatcaagtaaacaggggataggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaa 55298396  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    |||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  55298397 gccagattagttgcataaaagaacgt---gcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctga 55298469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Original strand, 20673285 - 20673560
Alignment:
Q  15 aaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagaga 114  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  20673285 aaaaacattagcaaatacccaaacaaacaagagagcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggaagcttttttagctttataccaacctagaga 20673384  T
Q  115 cagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagc 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  20673385 cagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattatgttcattccaaacaacctaggcacatagaagc 20673484  T
Q  215 catattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtc-aaatgagtgaactg-gaaaaaatgatctga 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  20673485 catattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccaactgtcaaaatgagtgaactgtaaaaaaatgatctga 20673560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 12776773 - 12776599
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12776773 agaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagctcttttagctttcaaccaacctaga 12776674  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcat 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  12776673 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggat-ggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcat 12776599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 164
Target Start/End: Original strand, 33312973 - 33313124
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||| |    
T  33312973 agaaaatcattagccaatgcccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaagtaacttttttaactttcaaccaacctaaa 33313072  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgat 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33313073 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggagtaacaacatgat 33313124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 7663798 - 7663532
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||| || || |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  7663798 acattagccaatacccaaacaaacaagagagcatgaccaccactgatgggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 7663699  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||||| ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| |||||||| ||| || || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7663698 atcttaaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccata 7663599  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    | |||||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||| ||| || || | |||||||||    
T  7663598 taagttgcataaaagaacgtctagaaacaaaaccacctgtcaaataagtaaaatgaataaaatgatc 7663532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 282
Target Start/End: Original strand, 23279186 - 23279450
Alignment:
Q  18 aacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacag 117  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| || || || ||||| || |||||||||||| |||| | ||| |||| ||  |     
T  23279186 aacattaacctatacccaaacaaacaagagggcaagaccaccactgttgggtaccgaaaacaaaagtagcttttttaccttttagccaccctaaaggaaa 23279285  T
Q  118 cagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccat 217  Q
    || ||||| ||| |||| |||||  |||||||| |||||||||| |||||||| ||| || || || || ||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  23279286 catcttaaccttgtctaataaacgggggatgggagtaacaacattattaaacagacgattatttcgttcgttccacacaacccacacacaaagaagccat 23279385  T
Q  218 attagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatg 282  Q
    || |||||||||||||| | |||||    | ||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  23279386 ataagttgcataaaagagcatctagagtgagcactacctgtcaaataagtaaactgtaaaaaatg 23279450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 282
Target Start/End: Original strand, 47540505 - 47540768
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    |||| |||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||  ||  |||| |    
T  47540505 acatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagttaaggacaac 47540604  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||| | ||| ||||  ||||  |  ||| | || |  |||| |||||||| ||| || || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  47540605 atcttgaccttgtctaacaaacgggaaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaa 47540704  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatg 282  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||    
T  47540705 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatg 47540768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 53 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 8655599 - 8655415
Alignment:
Q  53 gaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatggggg 152  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||||| |||  |||| || ||| | ||||||||  ||||  || ||||| |    
T  8655599 gaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaacatcttgaccttatctaacaaacggggaatgggag 8655500  T
Q  153 taacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaagaacg 237  Q
    | |  |||| ||||||||  || || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  8655499 ttattacattattaaacaggcgattatttcgctcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacg 8655415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 25875250 - 25875129
Alignment:
Q  18 aacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacag 117  Q
    ||||||||||||| || |||||||||| |||| ||||||||||||| || || |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  25875250 aacattagccaattcc-aaacaaacaaaagggtttgaccaccactgatgcgtgccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcaaccaacctaaagacaa 25875152  T
Q  118 cagcttaatcttatctagtaaac 140  Q
    || ||||| ||| |||| |||||    
T  25875151 catcttaaccttgtctaataaac 25875129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 3130539 - 3130316
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    |||| |||| ||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||  |||| || || |||| ||||||||||||||||||| |||  |||| |    
T  3130539 acatcagcctatacccaaacacacaagagggcaagaccaccactgttgagtatcaaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaagctaaggacaac 3130440  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    |  || | ||| ||||  || |  || ||| | || |  |||| |||||||| ||| || ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3130439 aatttgaccttgtctaacaagcggggaatgagagttattacattattaaacagacgattattttgttcattccacacaacccaggcacaaagaagccaaa 3130340  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctag 242  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  3130339 taagttgcataaaagaacgtctag 3130316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 27 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 1121196 - 1121013
Alignment:
Q  27 caatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaat 126  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||| |||||||||||  |||||| |||||||  |||| || ||| |     
T  1121196 caatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgttgggtaccaaaaacaaagatagcttttttaattttcaatcaacctaaggacaacatctttac 1121097  T
Q  127 cttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaag 210  Q
    ||| ||||  ||||  |||||| | || |  |||| |||||||| ||| || || || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  1121096 cttgtctaacaaacgggggatgtgagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaatccaggcacaaag 1121013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 5817741 - 5817654
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaa 106  Q
    |||| |||| ||||| ||||| | ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| || || |||| |||||||||||||||||||    
T  5817741 acatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaa 5817654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 13159169 - 13159132
Alignment:
Q  182 cgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatat 219  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  13159169 cgctcattctacacaacccaggcaaaaagaagccatat 13159132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 19)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 16 - 291
Target Start/End: Original strand, 3692204 - 3692479
Alignment:
Q  16 aaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 115  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3692204 aaaacattagccaatactcaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 3692303  T
Q  116 agcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagcc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3692304 agcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgctacgctcattccacacaacccaggcacatagaagcc 3692403  T
Q  216 atattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctgatat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3692404 atattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatatgatat 3692479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 32353863 - 32353588
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32353863 agaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 32353764  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  32353763 gacaacagcttaatcttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacataattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaa 32353664  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  32353663 gccagattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactataaaaaatgatctga 32353588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 16 - 284
Target Start/End: Original strand, 38231264 - 38231532
Alignment:
Q  16 aaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 115  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38231264 aaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgatgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 38231363  T
Q  116 agcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagcc 215  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| |    
T  38231364 aacagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaactcaggcacatagaagtc 38231463  T
Q  216 atattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgat 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| || ||||||||||    
T  38231464 atattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaaaaagtgaaatgtaaaaaatgat 38231532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 13 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 48073998 - 48073731
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48073998 agaaaaaccttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 48073899  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  48073898 gacaacagcttaaccttatcaagtaaacaggggatgggggtaacaacgtgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaa 48073799  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaa 280  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  48073798 gccagattagttgcataaaagaacgtctaacagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaa 48073731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Original strand, 37530138 - 37530412
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  37530138 agaaaaacattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaa 37530237  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  37530238 gacatcaacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacgattattaagttcattccaaacaacccagacacatagaa 37530337  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcag--caccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37530338 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatc 37530412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Original strand, 14119338 - 14119611
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    |||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| |    
T  14119338 agaaaaacattacccaatattcaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtttcgaaaacaaaggtaacttttttagctttcagccaacctaaa 14119437  T
Q  113 -gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaaga 211  Q
     |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || || || |||||||| ||||||||| |||| | |    
T  14119438 agacaacatcttaatcttatctagtaaacaagggacgggggtaacaacatgattaaacagacgattatttcgttcattccaaacaacccagacacataaa 14119537  T
Q  212 agccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  14119538 agccatattagttgcataaaagaccgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatc 14119611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 288
Target Start/End: Original strand, 36928750 - 36929016
Alignment:
Q  22 ttagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagc 121  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| || |    
T  36928750 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcttaaccaccactgttgggtaccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatc 36928849  T
Q  122 ttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatatta 221  Q
    || | ||| ||||  |||| ||||||||| || | ||||| |||||||| ||| || || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |    
T  36928850 tttaccttgtctaacaaacgagggatgggagttataacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccaagcacaaagtagccaaataa 36928949  T
Q  222 gttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||| || || | ||||||||||||    
T  36928950 gttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaattgaagaaaatgatctga 36929016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 288
Target Start/End: Original strand, 36305364 - 36305633
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||| || || |  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |    
T  36305364 acattagccaatagccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgttgggtactgaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaac 36305463  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||| | ||| ||||  ||||   | ||||| || |  |||| |||||||| ||| || || || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  36305464 atctttaccttgtctaacaaacggagaatgggagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccagacacaaagtagccata 36305563  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    | |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||| || || | ||||||||||||    
T  36305564 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaattgaagaaaatgatctga 36305633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 19 - 291
Target Start/End: Original strand, 21527741 - 21528013
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    |||| |||| ||||| ||||| | ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||||| |||  || | |    
T  21527741 acatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggataac 21527840  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||| | ||||||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  || || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  21527841 atcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagtcgattatttcgctcattccacacaacccaggcacagagaagccaaa 21527940  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctgatat 291  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||||| | ||||| | |||||| || |||||    
T  21527941 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaatgaataaactgaagaaaatggtcagatat 21528013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 282
Target Start/End: Original strand, 4644593 - 4644856
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    |||| |||| ||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |    
T  4644593 acatcagcctatacccaaacacacaagagggcacgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagctttttttgctttcaaccaacctaaggacaac 4644692  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||| | ||| ||||  ||||  || ||||  || |  |||| |||||||| | | || || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  4644693 atcttgaccttgtctaacaaactgggaatggaagttattacattattaaacagatgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaa 4644792  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatg 282  Q
      |||||||||||||||||||||| |  | ||||| ||||||||| ||| ||||| | ||||||    
T  4644793 caagttgcataaaagaacgtctagaattagcaccatctgtcaaataagtaaactgtagaaaatg 4644856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 14366184 - 14365962
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    |||| |||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||  ||||||||||||||||||||||| |||  |||| |    
T  14366184 acatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa-tagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaac 14366086  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||| | ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| |||||||| ||| || || |||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |    
T  14366085 atcttgaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgctcattccacacaacccaagcacagagaagctaaa 14365986  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctag 242  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  14365985 taagttgcataaaagaacgtctag 14365962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 263
Target Start/End: Original strand, 47115868 - 47116112
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||||| | ||  ||||||||||||||||||||||  |||  |||| |    
T  47115868 acattagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgggtaccaaaagcaaaaatagcttttttagctttcaaccattctaaggacaac 47115967  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||| | ||| |||   ||||| || ||| | || |  |||| |||||||| ||| || ||  | |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||    
T  47115968 atctttaccttgtctgacaaacagggaatgagagttattacattattaaacagacgattattttgttcattccacacaactcaggcacaaaaaagtcata 47116067  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaat 263  Q
    | | |||||||||||||||||||| |  | |||||||||||||||    
T  47116068 taaattgcataaaagaacgtctagaattaacaccacctgtcaaat 47116112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 25640023 - 25639908
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||| ||  |||| |    
T  25640023 acattagtcaatacccaaacaaacaagagggtatgaccaccactgctgggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaactaacttaaggacaac 25639924  T
Q  119 agcttaatcttatcta 134  Q
    | ||||| ||||||||    
T  25639923 atcttaaccttatcta 25639908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 30971171 - 30970904
Alignment:
Q  16 aaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 115  Q
    |||||||||||| ||||| || |||   | |||||| ||||||||||||||||| ||||||   ||  |  | |||||||||| || |||||||| ||||    
T  30971171 aaaacattagcctatacccaagcaagttaaagggctagaccaccactgctgagttccaaaagtaaaaatgacatttttagcttgcagccaacctaaagac 30971072  T
Q  116 agcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagcc 215  Q
    |  | |||||||||||  || | ||| || ||||| |||| |||||  |||||||| ||  | || ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  30971071 aataacttaatcttataaagcagacagggaatgggagtaaaaacattgttaaacaatcgactattgcgctcatgccacacaacccaagcacaaaggagcc 30970972  T
Q  216 atattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatga 283  Q
    | || |||||||| ||||||| | ||||   ||| ||||||| || |||||||||||| || ||||||    
T  30970971 agatgagttgcatgaaagaacatttagctttaccgccacctgccatatgagtgaactgaaacaaatga 30970904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 29 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 48266268 - 48266006
Alignment:
Q  29 atacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatct 128  Q
    ||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||| |||  |||| || || |||| ||||||||||||||||||| |||  |||| || ||| | ||    
T  48266268 atacccaaacacacaagagggtatgaccaccactgctaagtatcaaacacaaaagtagtttttttagctttcaaccaagctaaggacaacatcttgacct 48266169  T
Q  129 tatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttgcat 228  Q
    |  |||  ||||  || ||| | || |  |||| |||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||    
T  48266168 tgcctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgctcattccacacaacccagacacagagaagccaaataagttgcat 48266069  T
Q  229 aaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctgatat 291  Q
    |||| ||| |||||    | || |||||||||||| ||| ||||| | |||||| || |||||    
T  48266068 aaaataacatctagacttagcatcacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcagatat 48266006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 106
Target Start/End: Original strand, 52336242 - 52336329
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaa 106  Q
    |||| |||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || ||  ||||||||||| |||||||||||    
T  52336242 acatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaaatagcttttttatctttcaaccaa 52336329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 9528313 - 9528226
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaa 106  Q
    |||| |||| ||||| ||||| | |||||| |  ||||||||||||||||| ||||| || || |||| ||||||| |||||||||||    
T  9528313 acatcagcctatacccaaacacataagaggacaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagattttttaactttcaaccaa 9528226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 175 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 26510760 - 26510710
Alignment:
Q  175 gttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttg 225  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | |||||| |||||    
T  26510760 gttgttacgttcattccacacaaaccaggcacaaagtaaccatataagttg 26510710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 170 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 34854049 - 34853959
Alignment:
Q  170 aaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtca 260  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||  || || ||||| ||||| || |||||| ||||   |||| |||||||||    
T  34854049 aaacggttgttacgttcattccacacaacccaagaacaaaatagtcaaattagctgcatgaacgaacgtttagctttaccaacacctgtca 34853959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 16 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 16421572 - 16421298
Alignment:
Q  16 aaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 115  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16421572 aaaatattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagat 16421473  T
Q  116 agcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagcc 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  16421472 agcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaatatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaaacacatagaagcc 16421373  T
Q  216 atattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctgatat 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16421372 atattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgga-aaaatgatctgatat 16421298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Original strand, 2871765 - 2872039
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2871765 agaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 2871864  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||   | || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  2871865 gatagcagcttaatcttatctagtaaacaaggtat-ggggtaacaacatgattaaacatctgattattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaa 2871963  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2871964 gccatataagttgcataaaagaacgtccagcaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctga 2872039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 35 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 412909 - 412660
Alignment:
Q  35 aaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatcta 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  412909 aaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgaattccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcagccaacctaaagacagcaacttaatcttatcta 412810  T
Q  135 gtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaaga 234  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  412809 gtaaacaagggat-ggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacaaagaagcaatattagttgcataaaaga 412711  T
Q  235 acgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
     ||| |  || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  412710 ccgtttgacaacaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatc 412660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 288
Target Start/End: Original strand, 7451935 - 7452201
Alignment:
Q  22 ttagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagc 121  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| || |    
T  7451935 ttagccaatacccaaataaacaagagggcttgaccaccactgttgggtaccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctaaggacaacatc 7452034  T
Q  122 ttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatatta 221  Q
    || | ||| ||||  ||||  |||||||| || | ||||| |||||||| ||| || ||  | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |    
T  7452035 tttaccttgtctaacaaacgggggatgggagttataacattattaaacagacgattattttgttcattccacacaacccagtcacaaagtagccatataa 7452134  T
Q  222 gttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||    
T  7452135 gttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatctga 7452201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 13 - 159
Target Start/End: Original strand, 35405318 - 35405464
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||| || |||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |    
T  35405318 agaaaaatatcagccaatactcaaacaaacaagagggtttgatcaccactgctgaattccaaaaacaaaggtagcttttttagcttttagccaacctaaa 35405417  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaac 159  Q
    ||||    ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  35405418 gacaatgtcttaatcttttctaataaacaagggatgggggcaacaac 35405464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 194 - 285
Target Start/End: Original strand, 35405460 - 35405551
Alignment:
Q  194 acaacccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  35405460 acaacccagacacatagaaaccatataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgaaaaaaatgatc 35405551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 19385270 - 19385007
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    |||| |||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||| ||||||  ||  |||| |    
T  19385270 acatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccgaacacaaaagtagcttttttagcttttaaccaagataaggacaac 19385171  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||| | ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| |||||||| ||| || || || |||||||||||||| |||||||| | |||| | |    
T  19385170 atcttgaccttgtctaagaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacacaggcacagataagctaaa 19385071  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatg 282  Q
    | |||||||||||||||||||| |    | ||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||    
T  19385070 taagttgcataaaagaacgtctggacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatg 19385007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 116
Target Start/End: Original strand, 28542582 - 28542680
Alignment:
Q  18 aacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagaca 116  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||||| ||   ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  28542582 aacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgaaagccaaaaacaaaacaagcttttttagctttcaaccatcctaaagaca 28542680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 12218574 - 12218486
Alignment:
Q  22 ttagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaaccta 110  Q
    |||||||||||| | ||||| || ||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12218574 ttagccaatacccagacaaagaaaagggcatgaccaccactgctgagtaccaaaaataaagatagcttttctagctttcaaccaaccta 12218486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 157 - 227
Target Start/End: Original strand, 30501686 - 30501756
Alignment:
Q  157 aacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttgca 227  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| |||||    
T  30501686 aacattattaaacagacggttattacgttcattccacaaaacccaagcacaaagaagccagattaattgca 30501756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 197 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 39483084 - 39482996
Alignment:
Q  197 acccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||    ||||||| ||||| |||||| ||||| || ||||||||    
T  39483084 acccatgcacaaagaagccatattagttgcatgaaagaccctctagctttgccaccacttgtcatatgagtaaactgcaataaatgatc 39482996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 43613480 - 43613442
Alignment:
Q  163 attaaacaaacggttgttacgctcattccacacaaccca 201  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43613480 attaaacagacggttgttacgttcattccacacaaccca 43613442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 16 - 291
Target Start/End: Original strand, 13755042 - 13755317
Alignment:
Q  16 aaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13755042 aaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 13755141  T
Q  116 agcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagcc 215  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |    
T  13755142 agcagtttaatcttatctagtaaacaatggatgggggtaacaacctgattaaacatacggttgttacgctcattccacacaacccagacacatagaagtc 13755241  T
Q  216 atattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctgatat 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13755242 atattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgatat 13755317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Original strand, 15673399 - 15673674
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15673399 agaacaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 15673498  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  15673499 gacagcagcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaaaatgattaaacaaacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacatagaa 15673598  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15673599 gccaaattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctga 15673674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 23348032 - 23347757
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23348032 agaaaaacattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 23347933  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| | ||    
T  23347932 gacaacaacttaatcttatctggtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacataaaa 23347833  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23347832 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccgcctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctga 23347757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 14 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 8873391 - 8873120
Alignment:
Q  14 gaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagag 113  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  8873391 gaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaag 8873292  T
Q  114 acagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaag 213  Q
    ||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  8873291 acatcaacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaag 8873192  T
Q  214 ccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8873191 ccatattagttgcataaaagaacgtctaacagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatc 8873120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 285
Target Start/End: Original strand, 25317434 - 25317700
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| | |||||||| ||||| |    
T  25317434 acattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgacgaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttaactttaagccaacctaaagacaac 25317533  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || |  |||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  25317534 atcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacctgattaaagagacggttatttctttcattccacacaactcatgcacaaagaagccaaa 25317633  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  25317634 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatc 25317700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 285
Target Start/End: Original strand, 26204928 - 26205194
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| | |||||||| ||||| |    
T  26204928 acattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgacgaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttaactttaagccaacctaaagacaac 26205027  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| || |  |||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  26205028 atcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacctgattaaagagacggttatttctttcattccacacaactcatgcacaaagaagccaaa 26205127  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  26205128 ttagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatc 26205194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 267
Target Start/End: Original strand, 19348854 - 19349093
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||          | |||||||| ||||| |    
T  19348854 acattagccaatacccatacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttta---------agccaacctaaagacaac 19348944  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| || || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  19348945 atcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaccatgattaaacatacggttatttcgttcattccaaacaacccaggcacagagaagccata 19349044  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagt 267  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19349045 ttagttgcataaaagaccgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagt 19349093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 163 - 272
Target Start/End: Original strand, 4406736 - 4406845
Alignment:
Q  163 attaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaa 262  Q
    |||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||   |||||||||| ||| |    
T  4406736 attaaacagacgattgtttcgttcattccacacaacccaggcacaaagaagtcatattagctgcagaaacgaacgtctagctttaccaccacctatcata 4406835  T
Q  263 tgagtgaact 272  Q
    ||||| ||||    
T  4406836 tgagtaaact 4406845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 158 - 249
Target Start/End: Original strand, 1682765 - 1682856
Alignment:
Q  158 acatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcacc 249  Q
    |||| |||||||| ||| || || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1682765 acattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctagcaccacc 1682856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 35 - 242
Target Start/End: Original strand, 33629694 - 33629900
Alignment:
Q  35 aaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatcta 134  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| || || |||| ||||||||||||||||||| |||  |||| ||  || | ||| ||||    
T  33629694 aaacacacaagagggcatgaccaccactgttgagtaccaaacacaaaagtag-ttttttagctttcaaccaagctaaggacaacaatttgaccttgtcta 33629792  T
Q  135 gtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaaga 234  Q
      ||||  || ||||| || |  | || ||||||||  || || || || | ||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  33629793 acaaacggggaatgggagttattatattattaaacaggcgattatttcgttaattccacacaacccaggcacagagaagccaaataagttgcataaaaga 33629892  T
Q  235 acgtctag 242  Q
    ||||||||    
T  33629893 acgtctag 33629900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 243
Target Start/End: Original strand, 33745819 - 33745899
Alignment:
Q  163 attaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaagaacgtctagc 243  Q
    |||||||| ||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || | ||| |||||||||||    
T  33745819 attaaacagacgattatttcgctcattccacacaacccaagcacaaagaagccatatgagctgaagaaatgaacgtctagc 33745899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 78
Target Start/End: Original strand, 4596465 - 4596525
Alignment:
Q  18 aacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaac 78  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  ||||||||    
T  4596465 aacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccgctgttgagagccaaaaac 4596525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 288
Target Start/End: Original strand, 19256628 - 19256894
Alignment:
Q  22 ttagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagc 121  Q
    |||||| ||| | |||||||||| | || | ||||||||| | ||||| ||| | || ||  ||| |||| ||||||||||||| |||| ||||| ||      
T  19256628 ttagccgatatcgaaacaaacaatatggttcgaccaccacggttgagtaccatacacaaaaataggttttatagctttcaaccatcctaaagacaacata 19256727  T
Q  122 ttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatatta 221  Q
    |||| ||| |||| |||||  || || |  |||||||||| |||||| |  |  || || || |||||||| |||||| || |||| |||||||| || |    
T  19256728 ttaaccttgtctaataaacggggaatagacgtaacaacattattaaagaggcaattatttcgttcattccaaacaacctagacacacagaagccaaatga 19256827  T
Q  222 gttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    ||||||||||||| ||||||||   |||| | ||||||| | ||||  | || ||||||||||||||    
T  19256828 gttgcataaaagagcgtctagctttaccagcccctgtcagaagagtacattgcaaaaaatgatctga 19256894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 219
Target Start/End: Original strand, 14528113 - 14528153
Alignment:
Q  179 ttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatat 219  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14528113 ttacgttcattccacacaaccaaggcacaaagaagccatat 14528153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 179 - 219
Target Start/End: Original strand, 14532839 - 14532879
Alignment:
Q  179 ttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatat 219  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  14532839 ttacgttcattccacacaaccaaggcacaaagaagtcatat 14532879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Original strand, 23601349 - 23601622
Alignment:
Q  15 aaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagaga 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23601349 aaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgagtcccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaacctagaga 23601448  T
Q  115 cagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagc 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23601449 cagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaagc 23601548  T
Q  215 catattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23601549 cagattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctga 23601622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 16 - 291
Target Start/End: Original strand, 29308984 - 29309260
Alignment:
Q  16 aaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 115  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29308984 aaaacattacccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagac 29309083  T
Q  116 agcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggg-gtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagc 214  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||     
T  29309084 agcagcttaatcttagctagtaaacaagagatggggggtaacaacatgattaaacatacggttgttacgctcattccacacaacccagacacatagaagt 29309183  T
Q  215 catattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctgatat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29309184 catattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctgatat 29309260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 6177044 - 6176769
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6177044 agaaaaacattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 6176945  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| | ||    
T  6176944 gacaacagcttaatcttatctagtaaacaagagatgagggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacataaaa 6176845  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6176844 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctga 6176769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Original strand, 7146615 - 7146890
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7146615 agaaaaacattagcaaatacccaaacaaacaagggggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 7146714  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7146715 gacatcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatccggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaa 7146814  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7146815 gccatataagttgcaaaaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatctga 7146890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 13 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 2814066 - 2813795
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2814066 agaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccattgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 2813967  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||    
T  2813966 gacaacaacttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccagactacccaggcacatagaa 2813867  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgat 284  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2813866 gtcatattagttgcataaacgaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgat 2813795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 15 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 25873676 - 25873411
Alignment:
Q  15 aaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagaga 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  25873676 aaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaagatagcttttttagctttcagccaacctaaaga 25873577  T
Q  115 cagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagc 214  Q
    || || ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  25873576 catcaacttaaccttatcaagtaaacacgggatgggggtaacaacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagc 25873477  T
Q  215 catattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaa 280  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  25873476 catatgagttgcataaaagaacgcctagcagcaccaccacctgccaaatgagtgaactgtaaaaaa 25873411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 30167905 - 30167639
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | || ||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  30167905 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgccgggtaccataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 30167806  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||| | || |  |||| |||||||| ||| || || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30167805 atcttaactttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccata 30167706  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    | |||||||||||||||||||||| | || ||||||| ||||||| ||| ||||| | |||||||||    
T  30167705 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacccgtcaaataagtaaactgaagaaaatgatc 30167639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 49732493 - 49732221
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    |||| |||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||  |||| |    
T  49732493 acatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaac 49732394  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||| | ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| |||||||| ||| || || ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| |    
T  49732393 atcttgaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgctcgttccacacaacccgggcacagagaagccaaa 49732294  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctgatat 291  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| || |||||    
T  49732293 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatggtcggatat 49732221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 282
Target Start/End: Original strand, 9378670 - 9378940
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggct-tgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctag 111  Q
    |||| ||| |||||| || || |||||||  |||||||| | ||||||| || || || |||| ||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||     
T  9378670 agaacaacgttagcctattcccaaacaaaagagagggctataaccaccattgttgtgtaccaataacaaaggtagcttttttaacttttagccaacctaa 9378769  T
Q  112 agacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaaga 211  Q
    ||||| || ||||| ||| |||| |||||  |||||||| |||||||||| |||||||| ||| | ||| |  |||||||| |||||||||||||| |||    
T  9378770 agacaacatcttaaccttgtctaataaacgggggatgggagtaacaacattattaaacagacgatagtttcattcattccaaacaacccaggcacacaga 9378869  T
Q  212 agccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatg 282  Q
    || ||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||||| ||||| |||||| ||||| || |||||    
T  9378870 agtcatatgagttgcataaaagaacgactatcattaccaccacttgtcatatgagtaaactgtaacaaatg 9378940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 35 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 28675473 - 28675265
Alignment:
Q  35 aaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatcta 134  Q
    |||||||| | ||| || |||||||||| ||| || || ||||| || |||||||||||| |||||||||| |||| ||||| || ||||| ||| ||||    
T  28675473 aaacaaactaaaggactcgaccaccactactgcgtaccgaaaacaaaagtagcttttttaactttcaaccagcctaaagacaacatcttaaccttgtcta 28675374  T
Q  135 gtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaaga 234  Q
      || | ||| ||||| |||||||||| |||||| |  || || || || | |||||||||||| ||| |||| ||||| || || ||||||||||||||    
T  28675373 acaatcgaggaatgggagtaacaacattattaaataggcgattatttcgttaattccacacaacacagacacacagaagtcaaatgagttgcataaaaga 28675274  T
Q  235 acgtctagc 243  Q
    |||||||||    
T  28675273 acgtctagc 28675265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 158 - 242
Target Start/End: Original strand, 13448197 - 13448281
Alignment:
Q  158 acatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaagaacgtctag 242  Q
    |||| |||||||| ||| || || || |||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  13448197 acattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaactcaggcacagagaagccaaataagttgcataaaagaacgtctag 13448281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 106
Target Start/End: Original strand, 32004560 - 32004647
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaa 106  Q
    |||| |||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || || |||| | |||||||||||||||||    
T  32004560 acatcagcctatacccaaacatacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagttcttttagctttcaaccaa 32004647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 16 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 6517936 - 6517892
Alignment:
Q  16 aaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccacca 60  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  6517936 aaaacattagccaatatccaaacaaacaagagggcttgaccacca 6517892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 35 - 110
Target Start/End: Original strand, 24227411 - 24227486
Alignment:
Q  35 aaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaaccta 110  Q
    ||||| |||| |||||  |||||||| |||||||| | |||||| || |||  |||||||||||||||||||||||    
T  24227411 aaacagacaaaagggcacgaccaccattgctgagtactaaaaacaaaagtaatttttttagctttcaaccaaccta 24227486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 14868343 - 14868258
Alignment:
Q  21 attagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaa 106  Q
    |||||||||  || |||||||| | ||| ||||||||||||  |||||| |||||||| || || || ||||||||||||| ||||    
T  14868343 attagccaaagcccaaacaaaccataggacttgaccaccacatctgagttccaaaaacaaaagtggcatttttagctttcagccaa 14868258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 149 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 9319565 - 9319513
Alignment:
Q  149 ggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaaccca 201  Q
    ||||| |||| || ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  9319565 ggggttacaatattattgaacaaacggttgttacgttcactccacacaaccca 9319513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Original strand, 33547446 - 33547721
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33547446 agaaaaaccttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 33547545  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  33547546 gacaacagcttaaccttatcaagtaaacaggggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaa 33547645  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  33547646 gccagattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctga 33547721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 13 - 284
Target Start/End: Original strand, 43627072 - 43627344
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagctttt-ttagctttcaaccaacctag 111  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43627072 agaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaatgtagctttttttagctttcaaccaacctag 43627171  T
Q  112 agacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaaga 211  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  43627172 agacaacagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatccggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaaga 43627271  T
Q  212 agccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgat 284  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  43627272 agccatataagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgat 43627344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Original strand, 13549698 - 13549970
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |  ||||||| |    
T  13549698 agaaagacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttaactttaagtcaacctaaa 13549797  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13549798 gacaacatcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccacacaacccaggcacaaagaa 13549897  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  13549898 gccaaataagttgcataaaagaacgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatc 13549970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 19 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 9949824 - 9949558
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |    
T  9949824 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtgtcaaaaacaaaggtagcttttttagcttttagccaacctaaagacatc 9949725  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||    
T  9949724 aacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaaccacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccata 9949625  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||||||||||    
T  9949624 taagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccaccagccaaaagagtgaactgtaaaaaatgatc 9949558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Original strand, 22052201 - 22052473
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||| |    
T  22052201 agaaagacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttaagccaacctaaa 22052300  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| || || |||||||| | ||||||| |||| ||||    
T  22052301 gacaacaacttaatcttatctaataaacaatggatgggggtaacaacatgattaaactgacggttatttcgttcattccagataacccagacacatagaa 22052400  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    |||| || ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||    
T  22052401 gccaaatgagttgcaaaaaagaccgtctagcaacaccaccacctgacaaatgagtaaactgaagaaaatgatc 22052473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 228
Target Start/End: Original strand, 26681456 - 26681670
Alignment:
Q  14 gaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagag 113  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  26681456 gaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgttgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaag 26681555  T
Q  114 acagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaag 213  Q
    ||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  26681556 acaacaacttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaag 26681655  T
Q  214 ccatattagttgcat 228  Q
    |||||||||||||||    
T  26681656 ccatattagttgcat 26681670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 221
Target Start/End: Original strand, 31594128 - 31594336
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  31594128 agaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaa 31594227  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| ||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  31594228 gacatcaatttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaa 31594327  T
Q  213 gccatatta 221  Q
    |||||||||    
T  31594328 gccatatta 31594336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 31086197 - 31085931
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |    
T  31086197 acattagcctatatccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgttgtataccaaaaacaaatgtagcttttttagctttcaactaacctaaagacaac 31086098  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
      ||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||||||  ||||| || || | |||||| |||||||||||||| | ||| ||||    
T  31086097 gtcttaatcttgtctaataaacacgggatgggagtaacaacattattaaacatgcggttatttcgttaattccaaacaacccaggcacacaaaaggcata 31085998  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    | ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||    
T  31085997 tgagttgcataaaagaacgtctagcattaccaccacctgacaaatgagtaaactgtaaaaaatgatc 31085931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 217
Target Start/End: Original strand, 35694207 - 35694411
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| | |||||| |    
T  35694207 agaaaaacattagccaatatccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagtttttttagctttcagctaacctaaa 35694306  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || || |||||||| ||||| || ||||  ||||    
T  35694307 gacagcgtcttaatcttatctagtaaacaagggatggggataacaacatgattaaacacacggttatttcgttcattccaaacaactcaagcacgtagaa 35694406  T
Q  213 gccat 217  Q
    |||||    
T  35694407 gccat 35694411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 285
Target Start/End: Original strand, 45421098 - 45421364
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  45421098 acattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtaccataaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 45421197  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | |||||  || ||||  ||||  || ||| | || |  |||| |||||||| ||| || || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45421198 atcttaactttgtctaacaaacgtggaatgtgagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccata 45421297  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    | |||||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||| ||| || || | |||||||||    
T  45421298 taagttgcataaaagaacgtctagaaacattaccacctgtcaaataagtaaattgaataaaatgatc 45421364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 283
Target Start/End: Original strand, 31774262 - 31774528
Alignment:
Q  17 aaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagaca 116  Q
    ||||||||||| ||||| || |||   | |||||| ||||||||||||||||| ||| ||   ||  | || ||||||||||||| | | |||| |||||    
T  31774262 aaacattagcctatacccaagcaagttaaagggctagaccaccactgctgagttccataagtaaaaatggcatttttagctttcagcaatcctaaagaca 31774361  T
Q  117 gcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagcca 216  Q
     || ||||| |||||| || ||||| || ||||| |||| |||||  |||||||| ||  | || | ||||||||||||||| || ||||||||||| ||    
T  31774362 acatcttaaccttatcaagcaaacagggaatgggagtaataacatttttaaacaagcgactattgccctcattccacacaactcaagcacaaagaagtca 31774461  T
Q  217 tattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatga 283  Q
     || |||||||| ||||||| | ||||   ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  31774462 gatgagttgcatgaaagaacatttagctttaccgccacctgtcatatgagtgaactgcaaaaaatga 31774528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 95 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 26180409 - 26180242
Alignment:
Q  95 gctttcaaccaacctagagacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccaca 194  Q
    ||||||| | |||||| ||||| || ||||| ||| |||| |||||  |||||||| |||||||||| |||| | |  || || || || | ||| || |    
T  26180409 gctttcagctaacctaaagacatcatcttaaccttgtctaataaacgggggatgggagtaacaacattattataaaggcgattatttcgtttatttcata 26180310  T
Q  195 caacccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaa 262  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||    
T  26180309 caactcaggcacacagaagccatatgagttgcagaaaagaacgcctagcattaccaccacctgccaaa 26180242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 13 - 87
Target Start/End: Original strand, 32145477 - 32145550
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagc 87  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||    
T  32145477 agaacaacattagcctatacccaaacaaacaagagggctagacca-cactgctgtgtaccaaaaacaaaggtagc 32145550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 21 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 558694 - 558655
Alignment:
Q  21 attagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccacca 60  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  558694 attaaccaatacctaaacaaacaagagggcatgaccacca 558655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 26490811 - 26490731
Alignment:
Q  21 attagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttca 101  Q
    ||||||||||||| |||||| | | |||||||||| |||||| |||||| ||||| || ||  |  |||||||||||||||    
T  26490811 attagccaatacccaaacaagccaaagggcttgactaccacttctgagtaccaaatacaaacatgacttttttagctttca 26490731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Original strand, 13439627 - 13439902
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13439627 agaaaaaccttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaacactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 13439726  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  13439727 gacaacagcttaaccttatcaagtaaacaggggatgggggtaacaacgtgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaa 13439826  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  13439827 gccagattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaactgtaaaaaatgagctga 13439902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 13 - 272
Target Start/End: Original strand, 28326930 - 28327189
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28326930 agaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccgccactgctgagtcccaaaaacaaatatagcttttttagctttcaaccaacctaga 28327029  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  28327030 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacattcggttattacgttcattccaaacaacccaagcacaaagaa 28327129  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaact 272  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28327130 gccaaataagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctatcaaatgagtgaact 28327189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Original strand, 30385774 - 30386048
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30385774 agaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccgcccctgctgaatcccaaaaacaaatgtagcatttttagctttcaaccaacctaga 30385873  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  30385874 gacaacaacttaatcttgtctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccagacacatagaa 30385973  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctga 288  Q
    ||||||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  30385974 gccatataagttgcat-aaagaatgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaacatgatctga 30386048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 273
Target Start/End: Original strand, 45235524 - 45235784
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |    
T  45235524 agaaaaacaatagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccacgactgagttccaaaaacaaaggtagcttttttagcattcagccaacctaaa 45235623  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| |  ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||| ||||||||| ||||  |||    
T  45235624 gacatcgtcttaatcttttctaataaacaagggatggggataacaacatgattaaacaaacggttatttcattcattccaaacaacccagacacatggaa 45235723  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactg 273  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||    
T  45235724 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcaattccaccacctgtcaaatgagtaaactg 45235784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 122 - 285
Target Start/End: Original strand, 45942534 - 45942697
Alignment:
Q  122 ttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatatta 221  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  45942534 ttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaatggttatttcgttcattccacacaacccagacacaaagaagccaaatta 45942633  T
Q  222 gttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  45942634 gttgcataaaagaatgtgtagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatc 45942697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 12379291 - 12379022
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    |||| |||||||||| || || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| |    
T  12379291 agaacaacattagcctatgcccaaacaaacaagcgggtttgaccaccattgctgtgttccaaaaacaaagttagcttttttagctttcagccaacctaaa 12379192  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| || |||||  || |||| |||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||  |  || || || |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  12379191 gacaacaacttaacattgtctaataaacaggggatgggagtaactacattattaaacaggcatttatttcgttcattccacacaacgcaggcacacagaa 12379092  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatg 282  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||    
T  12379091 gccatacgagttgcataaaagaacgtctagctttaccaccacctgtaaaataagtaaactgtaaaaaatg 12379022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 13 - 199
Target Start/End: Original strand, 3632377 - 3632561
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| |||||| |    
T  3632377 agaaaaatattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaagataacttttttagctttcaactaacctaaa 3632476  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacc 199  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||||| | || |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  3632477 gacaacagcttaatcttatctaat-aacaaagaat-ggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacc 3632561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 282
Target Start/End: Original strand, 46623284 - 46623547
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |    
T  46623284 acattaaccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactactgggtaccaaaaacaaaagtagcttttttagctttcaaccatcctaaggacaac 46623383  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||||| ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| |||||||| ||| || || || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  46623384 atcttaaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattatttcgttcatttcacacgacccatgcacaaagaagccata 46623483  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatg 282  Q
    | |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||    
T  46623484 taagttgcataaaagaacgtctagaaacaacaccacctgtcaaataagtaaactgaagaaaatg 46623547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 19 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 15654265 - 15654002
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||||| || |||| ||| |||||||||||||| |||| ||||| |    
T  15654265 acattagccaatacccaagcaaacaagagggcatgaccatcactgctgggtaccaaaaacaaaagtagttttattagctttcaaccatcctaaagacaac 15654166  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||| | ||| ||||  ||||  || ||||| || |  |||| |||||||| ||| || || || |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  15654165 atctttaccttgtctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacagacgattatttcgttcattccacacaactcatgcacaaagaagccata 15654066  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatg 282  Q
    | |||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||    
T  15654065 taagttgcataaaagaacgtctagaaacagcaccacctatcaaataagtaaactgaagaaaatg 15654002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 280
Target Start/End: Original strand, 3104477 - 3104744
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||| | |||||||| || || || |||  ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  3104477 agaaaaacagtagcctatatccaaacaaacaagagggttagaccaccattgttgtgtaccatgaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaa 3104576  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| || ||||| ||| ||||| ||||| || ||||| || | ||||| |||||| |  || ||||| || |||||||| ||||| |||||||| | ||    
T  3104577 gacaacatcttaaccttgtctagcaaacatggaatgggagttataacatcattaaataggcgattgtttcgttcattccaaacaacacaggcacacataa 3104676  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaa 280  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||| | ||||| ||||||    
T  3104677 gacataatagttgcataaaagaacgtctagcattagcaccacttgtcaaatgaataaactgtaaaaaa 3104744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 291
Target Start/End: Original strand, 43104890 - 43105163
Alignment:
Q  18 aacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacag 117  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||  |||||||| ||   ||||||||||||||||||||| |||| ||| |     
T  43104890 aacattaaccaatacccaaacaaacaagagggtttgactaccactgctcagagccaaaaacaaaacaagcttttttagctttcaaccatcctaaagaaaa 43104989  T
Q  118 cagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccat 217  Q
    || ||||| ||| |||| |||||  || ||||| ||||| |||| ||||||||  || |||||  | |||||||| |||| ||| || || | ||||||     
T  43104990 catcttaaccttgtctaataaacggggaatgggagtaaccacattattaaacaggcgattgttttgttcattccaaacaagccaagcgcacaaaagccaa 43105089  T
Q  218 attagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatctgatat 291  Q
    || |||| ||||||||  |||| |||   ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| || |||||    
T  43105090 atgagttacataaaagcccgtcgagctctaccaccacctgtcaaatgagtaaactgcagaaaatggtcagatat 43105163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 22 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 21277608 - 21277520
Alignment:
Q  22 ttagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaaccta 110  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21277608 ttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtaccaaaaacaaagatagcttttttagctttcaaccaaccta 21277520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 106
Target Start/End: Original strand, 9546317 - 9546404
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaa 106  Q
    |||| |||| ||||| ||||| | ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  9546317 acatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaa 9546404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 138
Target Start/End: Original strand, 19728069 - 19728186
Alignment:
Q  21 attagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcag 120  Q
    |||||||||  || |||||||| | ||| ||||||||||||  |||||| |||||||| || || || ||||||||||||| |||  ||| ||| | ||     
T  19728069 attagccaaagcccaaacaaaccataggacttgaccaccacatctgagttccaaaaacaaaagtggcatttttagctttcagccacgctaaagataacaa 19728168  T
Q  121 cttaatcttatctagtaa 138  Q
    |||||| ||||| |||||    
T  19728169 cttaattttatcaagtaa 19728186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 110
Target Start/End: Original strand, 38730079 - 38730175
Alignment:
Q  15 aaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagctttttt-agctttcaaccaaccta 110  Q
    ||||||||||||| ||| | || |||||||||||| |  |||||||||  || || |||||||  || |||| |||||| |||||||||||||||||    
T  38730079 aaaaacattagccgataaccaagcaaacaagagggttaaaccaccactattgtgtaccaaaaataaaagtagtttttttcagctttcaaccaaccta 38730175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 14 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 6264763 - 6264492
Alignment:
Q  14 gaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagag 113  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6264763 gaaaaacattagccaatacccaaacaaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttcaaccaacctaaag 6264664  T
Q  114 acagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaag 213  Q
    ||| || ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  6264663 acaacaacttaaccttataaagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccagacacatagaag 6264564  T
Q  214 ccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6264563 ccatattagttgcataaaagaacgtttagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactgtaaaaaatgatc 6264492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Original strand, 32917891 - 32918163
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| | |||||||| |    
T  32917891 agaaagacattagccaatacccaaacaaacaagaggacttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaggtagcttttttaactttaagccaacctaaa 32917990  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  32917991 gacaacatcttaatcttatctaataaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacagacggttatttcgttcattccaaacaacccaggcacatagaa 32918090  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  32918091 gccaaattagttgcataaaagaccgtctagcaacaccaccacctgtcaaatgagtaaactgtaaaaaatgatc 32918163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 21 - 284
Target Start/End: Original strand, 34480538 - 34480801
Alignment:
Q  21 attagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcag 120  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||     
T  34480538 attagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtgccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcagccaacctaaagacatcaa 34480637  T
Q  121 cttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatatt 220  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||     
T  34480638 cttaaccttatcaagtaaacaagggatgggggtaaccacatgattaaacagacgattattacgttcattccaaacaacccagacacatagaagccatata 34480737  T
Q  221 agttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgat 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||    
T  34480738 agttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgccaaaagagtgaactgtaaaaaatgat 34480801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 34858259 - 34858058
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34858259 agaaaaaccttagccaatacccaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 34858160  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  34858159 gacaacagcttaatcttatcaagtaaacaggggataggggtaacaacatggttaaacatacggttattacgttcattccaaacaacccaggcacaaagaa 34858060  T
Q  213 gc 214  Q
    ||    
T  34858059 gc 34858058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 15500212 - 15499940
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||| |    
T  15500212 agaaagacattagccaatactcaaataaacaagagggtttgaccaccactgctgagttccaaaaacaaaagtagcttttttagctttaagccaacctaaa 15500113  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaa 212  Q
    ||||  | |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| | |||| || || |||||||| | ||||||| |||| ||||    
T  15500112 gacaataacttaatcttatctaataaacaattgatgggggtaacaacatgattaaacagatggttatttcgttcattccagataacccagacacatagaa 15500013  T
Q  213 gccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    |||| || ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||    
T  15500012 gccaaatgagttgcaaaaaagaccgtctagcaacaccaccacctgacaaatgagtaaactgaagaaaatgatc 15499940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 19 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 10487466 - 10487222
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    |||| |||| ||||| ||||| | ||||||||  ||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||  |||| |    
T  10487466 acatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgttgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagctttcaaccaagctaaggacaac 10487367  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||| | ||||||||  ||||   | ||||  || |  |||| |||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10487366 atcttgaccttatctaacaaacggagaatggaagttattacattattaaacagacgattatttcgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccaaa 10487267  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaat 263  Q
    | ||||||||||||||||||||||    | |||||||||||||||    
T  10487266 taagttgcataaaagaacgtctagacttagcaccacctgtcaaat 10487222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 185 - 285
Target Start/End: Original strand, 31862339 - 31862439
Alignment:
Q  185 tcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgat 284  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    ||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||    
T  31862339 tcattccacaaaacccagacacaaagaagccatattagttgcatgaaagaccgtctagctttgccaccacctgtcatatgagtaaactgcaataaatgat 31862438  T
Q  285 c 285  Q
    |    
T  31862439 c 31862439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 163 - 273
Target Start/End: Original strand, 6020462 - 6020572
Alignment:
Q  163 attaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccatattagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaa 262  Q
    ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| ||||||  |||||||| ||||||   ||| |||||||||| |    
T  6020462 attaaacaagcgattattacgctcattccacacaacccagacataaaggagccatataagttgctgaaaagaacatctagctttacctccacctgtcata 6020561  T
Q  263 tgagtgaactg 273  Q
    |||||||||||    
T  6020562 tgagtgaactg 6020572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 192
Target Start/End: Original strand, 4399459 - 4399630
Alignment:
Q  21 attagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagcag 120  Q
    |||||| ||| || |||||||| | ||| ||||||||||||  |||||| |||||||| || || |||||||||||||||| ||   ||| ||| | ||     
T  4399459 attagctaatgcccaaacaaaccataggacttgaccaccacatctgagttccaaaaacaaaagtggcttttttagctttcagccgcgctaaagataacaa 4399558  T
Q  121 cttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattcca 192  Q
    |||||| ||||| ||||| | ||| |    |||||  ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4399559 cttaattttatcaagtaatctaggaacctcggtaatcacatttttaaacaaacgattgttacgctcattcca 4399630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 163 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 5596812 - 5596774
Alignment:
Q  163 attaaacaaacggttgttacgctcattccacacaaccca 201  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5596812 attaaacaaacggttgttacgttcatttcacacaaccca 5596774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 3199685 - 3199605
Alignment:
Q  21 attagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttca 101  Q
    ||||| |||| || |||||||| | ||| ||||||||||||  |||||| |||||||| || || || |||||||||||||    
T  3199685 attaggcaatgcccaaacaaaccataggacttgaccaccacatctgagttccaaaaacaaaagtggcatttttagctttca 3199605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0287 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0287
Description:

Target: scaffold0287; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 13 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 13708 - 13524
Alignment:
Q  13 agaaaaacattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctaga 112  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| |||||| |    
T  13708 agaaaaatattagtcaatacccaaacaaacaagagggcgtgaccaccactgctgagtcccaaaaacaaagataacttttttagctttcaactaacctaaa 13609  T
Q  113 gacagcagcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacc 199  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||||| | || |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  13608 gacaacagcttaatcttatctaat-aacaaagaat-ggggtaacaacatgattaaacatacggttattacgttcattccaaacaacc 13524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0418 (Bit Score: 99; Significance: 7e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0418
Description:

Target: scaffold0418; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 285
Target Start/End: Original strand, 7255 - 7521
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||| || || |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |    
T  7255 acattagccaatacccaaacaaacaagagagcatgaccaccactgatgggtaccaaaaacaaaagtagcttttctagctttcaaccaacctaaggacaac 7354  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||||| ||| ||||  ||||  || ||| | || |  |||| |||||||| ||| || || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7355 atcttaaccttgtctaacaaacggggaatgagagttattacattattaaacagacgattattgcgttcattccacacaacccatgcacaaagaagccata 7454  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtctagcagcaccaccacctgtcaaatgagtgaactggaaaaaatgatc 285  Q
    | |||||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||| ||| || || | |||||||||    
T  7455 taagttgcataaaagaacgtctagaaacaaaaccacctgtcaaataagtaaaatgaataaaatgatc 7521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 135196 - 134975
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    |||| |||| ||||| ||||| |  |||||||  ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||||| |||  |||| |    
T  135196 acatcagcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaac 135097  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||| | ||||||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  || || || ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |    
T  135096 atcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaggcgattatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaa 134997  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtct 240  Q
    | ||||||||||||||||||||    
T  134996 taagttgcataaaagaacgtct 134975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 313023 - 312802
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    |||| |||| ||||| ||||| |  |||||||  ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||||| |||  |||| |    
T  313023 acatcagcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaac 312924  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||| | ||||||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  || || || ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |    
T  312923 atcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaggcgattatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaa 312824  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtct 240  Q
    | ||||||||||||||||||||    
T  312823 taagttgcataaaagaacgtct 312802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 328477 - 328256
Alignment:
Q  19 acattagccaatacctaaacaaacaagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagacagc 118  Q
    |||| |||| ||||| ||||| |  |||||||  ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||||| |||  |||| |    
T  328477 acatcagcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtagcttttttagccttcaaccaagctaaggacaac 328378  T
Q  119 agcttaatcttatctagtaaacaagggatgggggtaacaacatgattaaacaaacggttgttacgctcattccacacaacccaggcacaaagaagccata 218  Q
    | ||| | ||||||||  ||||  || ||||| || |  |||| ||||||||  || || || ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |    
T  328377 atcttgaccttatctaacaaacggggaatgggagttattacattattaaacaggcgattatttcgctcattcgacacaacccaagcacagagaagccaaa 328278  T
Q  219 ttagttgcataaaagaacgtct 240  Q
    | ||||||||||||||||||||    
T  328277 taagttgcataaaagaacgtct 328256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 22749 - 22676
Alignment:
Q  43 aagagggcttgaccaccactgctgagtcccaaaaacgaaggtagcttttttagctttcaaccaacctagagaca 116  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| || || || | ||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  22749 aagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaagtggtttttttagctttcaatcaagctaaagaca 22676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University