View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16654_low_4 (Length: 470)

Name: NF16654_low_4
Description: NF16654
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16654_low_4
NF16654_low_4
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (14-453)||(51369632-51370071)
chr4 (16-453)||(29954382-29954819)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (14-453)||(14588805-14589244)
chr6 (14-453)||(14622463-14622902)
chr6 (54-330)||(12846483-12846759)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (16-453)||(20492517-20492954)
chr2 (54-431)||(1361754-1362131)
chr2 (54-431)||(1354868-1355245)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-453)||(11531696-11532131)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 453
Target Start/End: Original strand, 51369632 - 51370071
Alignment:
Q  14 gaacatgcccaagatgaagcatctcgacaactgaacttccaccacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaagattttaatctggggtac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  51369632 gaacatgcccaagatgaagcatctcaacgactgaacttccaccacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaagattttgatctggggtac 51369731  T
Q  114 ccaggttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51369732 ccaggttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaa 51369831  T
Q  214 ggtaacccagaaagttcaattccatgagctaactcagttaaatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgatt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51369832 ggtaacccagaaagttcaattccatgagctaactcagttaaatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgatt 51369931  T
Q  314 cttttgagtccaaccatgccttgatgtcgacccaatcagggttgttttcatcatgttggtcgtctcttatctgcaaggatggtggaagaactccaacagg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  51369932 cttttgagtccaaccatgccttgatgtggacccaatcagggttgttttcatcatgttggtcgtctcttatatgcaaggatggtggaagaactccaacagg 51370031  T
Q  414 aagcacaggaaccttgtatcggtgagaaagataatctaac 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51370032 aagcacaggaaccttgtatcggtgagaaagataatctaac 51370071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 29954819 - 29954382
Alignment:
Q  16 acatgcccaagatgaagcatctcgacaactgaacttccaccacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaagattttaatctggggtaccc 115  Q
    |||||||||| ||||||| |||| |  ||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||  || ||| |||    
T  29954819 acatgcccaaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatacatccaccaattgatccatgagctaagatcttaagttgaggtgccc 29954720  T
Q  116 aggttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaagg 215  Q
    | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |  ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  29954719 atgttttccaaacgattccacattcttttgttctttcctcaaatcctttaggtaattcaagtgtaccctctttaagatttttcaaagcccaaaagaaagg 29954620  T
Q  216 taacccagaaagttcaattccatgagctaactcagttaaatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattct 315  Q
     |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||   ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29954619 caacctagaaagctcaattccatgcgctaactcagttagatcttgttggcttaacttcaactcgctcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattct 29954520  T
Q  316 tttgagtccaaccatgccttgatgtcgacccaatcagggttgttttcatcatgttggtcgtctcttatctgcaaggatggtggaagaactccaacaggaa 415  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  ||||||  ||||||| |||| || | || ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||    
T  29954519 tttgaatccaaccatgccttgattttcacccaactagggttgctttcttcctcttcgtcgtctcttatctgcatggatggtggaagcattccaactggaa 29954420  T
Q  416 gcacaggaaccttgtatcggtgagaaagataatctaac 453  Q
     ||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  29954419 ccacaggaactttgtattggtaagaaatataatctaac 29954382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 14 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 14589244 - 14588805
Alignment:
Q  14 gaacatgcccaagatgaagcatctcgacaactgaacttccaccacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaagattttaatctggggtac 113  Q
    ||||||||||||||| |||||| || |  |||||||||  |||||| ||| ||||||| ||||||||||||  ||||| |||||| |||| |||||||||    
T  14589244 gaacatgcccaagataaagcatttcaaagactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatccatgagttaagatcttaaactggggtac 14589145  T
Q  114 ccaggttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaa 213  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||  |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||     
T  14589144 ccaagttttccaaacaattccgcgttcttttgttctttcctcgaaccctttaggcaattcaagtacaccctctttaagatcttttaaagcccaaaagaac 14589045  T
Q  214 ggtaacccagaaagttcaattccatgagctaactcagttaaatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgatt 313  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14589044 ggtaacctagaaagctcaattccatgagctaactcagttatatcttgttgacttaacttcgactcgctcccaaatccaatgtaaacaatagaagatgatt 14588945  T
Q  314 cttttgagtccaaccatgccttgatgtcgacccaatcagggttgttttcatcatgttggtcgtctcttatctgcaaggatggtggaagaactccaacagg 413  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |  ||||| ||||| || |||||||| | || ||| |||||||||||||  | ||||||||| | ||| || ||    
T  14588944 cttttgaatccaaccatgccttgattttcacccattcaggattcttttcatcttcttcgtcatctcttatctgcataggtggtggaagcaatccgaccgg 14588845  T
Q  414 aagcacaggaaccttgtatcggtgagaaagataatctaac 453  Q
    || |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  14588844 aaccacaggaaccttgtattggtcagaaatataatctaac 14588805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 14 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 14622902 - 14622463
Alignment:
Q  14 gaacatgcccaagatgaagcatctcgacaactgaacttccaccacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaagattttaatctggggtac 113  Q
    |||||||||||||||||||||| || |  ||||||||   |||||| ||| ||||||| |||| |||||||  ||||| |||||| |||| ||||||| |    
T  14622902 gaacatgcccaagatgaagcatttcaatgactgaactgggaccacaatgagtcatacaaccactaattgattcatgagttaagatcttaaactggggtgc 14622803  T
Q  114 ccaggttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaa 213  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||  |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||     
T  14622802 ccaagttttccaaacaattccgcgttcttttgttctttcctcgaaccctttaggcaattcaagtacaccctctttaagatcttttaaagcccaaaagaac 14622703  T
Q  214 ggtaacccagaaagttcaattccatgagctaactcagttaaatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgatt 313  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14622702 ggtaacctagaaagctcaattccatgagctaactcagttatatcttgttgacttaacttcgactcgctcccaaatccaatgtaaacaatagaagatgatt 14622603  T
Q  314 cttttgagtccaaccatgccttgatgtcgacccaatcagggttgttttcatcatgttggtcgtctcttatctgcaaggatggtggaagaactccaacagg 413  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |  ||||| ||||| || |||||||| | || ||| |||||||||||||  | ||||||||| | ||| || ||    
T  14622602 cttttgaatccaaccatgccttgattttcacccagtcaggattcttttcatcttcttcgtcatctcttatctgcataggtggtggaagcaatccgaccgg 14622503  T
Q  414 aagcacaggaaccttgtatcggtgagaaagataatctaac 453  Q
    || |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  14622502 aaccacaggaaccttgtattggtcagaaatataatctaac 14622463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 54 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 12846759 - 12846483
Alignment:
Q  54 accacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaagattttaatctggggtacccaggttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcc 153  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||||| |  ||| | |||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||     
T  12846759 accacaatgactcatacaccccccaattgctccatgggataagatcttaagctggggtgcccatgttttccaaacaattccacgttctttggttcgatct 12846660  T
Q  154 tcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaaggtaacccagaaagttcaattccatgagctaactcagtta 253  Q
    |||||||||| |||||| |||  |  ||| | |||  | | |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||    
T  12846659 tcgaatcctttaggtaactcaagtgtacccttttttaggtttttcaaagcccaaaagaaaggtaacctagaaagctcaattccatgagctaattcggtta 12846560  T
Q  254 aatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattcttttgagtccaaccat 330  Q
     ||||| |||   |||| |  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||    
T  12846559 gatctttttgcgttaacctcaactcgctcccaaatccaatgtaaacaacggaagatgattctcttgaatccagccat 12846483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 20492954 - 20492517
Alignment:
Q  16 acatgcccaagatgaagcatctcgacaactgaacttccaccacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaagattttaatctggggtaccc 115  Q
    |||||||||| ||||||| |||| |  ||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || | ||| ||| |||    
T  20492954 acatgcccaaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatacatccaccaattgatccatgagctaagatctttagctgtggtgccc 20492855  T
Q  116 aggttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaagg 215  Q
    | ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| || |||||||  |||||||||  |  ||| |||||| | | |||||||||||||||||||||    
T  20492854 atgttttccaaacgattccatattcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaattcaagtgtaccttctttaaggtttttcaaagcccaaaagaaagg 20492755  T
Q  216 taacccagaaagttcaattccatgagctaactcagttaaatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattct 315  Q
    ||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20492754 taacctagattgctcaattccatgagctaactcagttagatcttgttgatttaactttaactcgctcccgaatccaatgtaaacaaccgaagatgattct 20492655  T
Q  316 tttgagtccaaccatgccttgatgtcgacccaatcagggttgttttcatcatgttggtcgtctcttatctgcaaggatggtggaagaactccaacaggaa 415  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |  ||||||||||||| |||||| || |  |  | |||||||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||    
T  20492654 tttgaatccaaccaagccttgattttcacccaatcagggtcgttttcttcttcctcattgtctcttatctgcatggatggtggaagtattccaactggaa 20492555  T
Q  416 gcacaggaaccttgtatcggtgagaaagataatctaac 453  Q
     |||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||    
T  20492554 ccacaggaaccttgtatcgatccgaaatataatctaac 20492517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 54 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 1362131 - 1361754
Alignment:
Q  54 accacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaagattttaatctggggtacccaggttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcc 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||| ||| |||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  1362131 accacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcc 1362032  T
Q  154 tcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaaggtaacccagaaagttcaattccatgagctaactcagtta 253  Q
    || ||||||| ||||||||||  |  ||| |||||  |||  |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  1362031 tcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagcccaaaagaaagacaacccagaaagctcaattccatgagccaactcagtta 1361932  T
Q  254 aatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattcttttgagtccaaccatgccttgatgtcgacccaatcagg 353  Q
    |||| |  |||   |||||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  | ||||| |  |||||||||||    
T  1361931 aatcattctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctttgattttcacccaatcagg 1361832  T
Q  354 gttgttttcatcatgttggtcgtctcttatctgcaaggatggtggaagaactccaacaggaagcacaggaaccttgta 431  Q
     ||||| || || | ||  ||||||||||||||||  ||||||||||| |  ||||||||||  ||||||||||||||    
T  1361831 attgttctcttcctcttcatcgtctcttatctgcatagatggtggaagcaacccaacaggaacgacaggaaccttgta 1361754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 54 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 1355245 - 1354868
Alignment:
Q  54 accacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaagattttaatctggggtacccaggttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcc 153  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| |||| ||| ||| |||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  1355245 accacaatgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagatcttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgtcctttcc 1355146  T
Q  154 tcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaaggtaacccagaaagttcaattccatgagctaactcagtta 253  Q
    |||||||||| ||||||||||  |  ||| |||||  |||  ||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  1355145 tcgaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaagacaacccagaaagctcaattccataagccaactcagtta 1355046  T
Q  254 aatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattcttttgagtccaaccatgccttgatgtcgacccaatcagg 353  Q
    ||||||  |||   |||||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  | ||||| |  |||||||||||    
T  1355045 aatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctttgattttcacccaatcagg 1354946  T
Q  354 gttgttttcatcatgttggtcgtctcttatctgcaaggatggtggaagaactccaacaggaagcacaggaaccttgta 431  Q
     ||||| || || | ||  || |||||||||||||  || |||||||  |  ||||||||||  |||||||| |||||    
T  1354945 attgttctcttcctcttcatcatctcttatctgcatagaaggtggaatcaacccaacaggaacaacaggaacattgta 1354868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 17 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 11532131 - 11531696
Alignment:
Q  17 catgcccaagatgaagcatctcgacaactgaacttccaccacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaagattttaatctggggtaccca 116  Q
    ||||||||| ||||||| |||| |  ||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||| ||||  || ||| ||||    
T  11532131 catgcccaaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacagtgactcatacatccaccgattgatccatgtgctaagatcttaagttgtggtgccca 11532032  T
Q  117 ggttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatctttcaaagcccaaaagaaaggt 216  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||  |  ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||     
T  11532031 tgttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcaaattctttaggtaattcaagtgtaccctctttaagatttttcaaagcccaaaagaaaggc 11531932  T
Q  217 aacccagaaagttcaattccatgagctaactcagttaaatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattctt 316  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||  || | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11531931 aacctagaaagctcaattccatgagctaactcaattagatcttgttgacttattttcgtctcgctcccaaatccaatgtaaacaacagaagacgattctt 11531832  T
Q  317 ttgagtccaaccatgccttgatgtcgacccaatcagggttgttttcatcatgttggtcgtctcttatctgcaaggatggtggaagaactccaacaggaag 416  Q
    |||| ||||||||||||||||| |  | ||||||| |||||||||| || | || ||| ||||||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||     
T  11531831 ttgaatccaaccatgccttgattttcatccaatcaaggttgttttcttcct-ttcgtcttctcttatctgcatggatggtggaagcaatccaactggaac 11531733  T
Q  417 cacaggaaccttgtatcggtgagaaagataatctaac 453  Q
    |||| ||||||| ||| ||  ||||| ||||||||||    
T  11531732 cacacgaaccttatattggctagaaatataatctaac 11531696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University