View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16658_low_2 (Length: 698)

Name: NF16658_low_2
Description: NF16658
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16658_low_2
NF16658_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-698)||(32667331-32668020)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 612; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 612; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 32668020 - 32667331
Alignment:
Q  13 ataatactatcataataatgtaatataatgggtttaaaatgtacaatgagatgaaattgattcgcatctttagtggaataacgcgtacactcataagttt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32668020 ataatactatcataataatgtaatataatgggtttaaaatgtacaatgagatgaaattgattcgcatctttagtggaataacgcgtacactcataagttt 32667921  T
Q  113 gactaaaacccaattggttctccccaaaattattacacaacaacattttgtaccaaccttatagctaagtcgtttgtcactaacaacaaaattttccacc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32667920 gactaaaacccaattggttctccccaaaattattacacaacaacattttgtaccaaccttatagctaagtcgtttgtcactaacaacaaaattttccacc 32667821  T
Q  213 ccaattctcacgtttccttcaataaatacaatccacaagcacacaaatttgaaacttccatgttataatgcaaattagcctcttgtacatattctactca 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  32667820 ccaattctcacgtttccttcaataaatacaatccacaagcacacaaatttgaaacttccatgctacaatgcaaattagcctcttgtacattatctactca 32667721  T
Q  313 tatatttaacaatatattcctatttccttcattagcaattagccatagcacaaaattataagccagtccatgggctgcacatttagtgtataaatnnnnn 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  32667720 tatatttaacaatatattcctatttccttcattagcaattagccatagcacaaaattataagccagtccatgggctgcacatttagtgtataaataaaaa 32667621  T
Q  413 nnttatttacgatcgtgatcagagcgctaccacttgacatgtaactacaattg----aggttgtatcaatcatatttgaccgtgattttcttttgtgcga 508  Q
      ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32667620 aattatttatgatcgtgatcagagcgctgccacttgacatgtaaccacaattgaggtaggttgtatcaaccatatttgaccgtgattttcttttgtgcga 32667521  T
Q  509 agaatcatgacacgaaaattatcatcaccgcgaccacaatttagcacataacttattgaaagtgtgcagctagcaatatcaagtttcaaaatcagaaaat 608  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32667520 agaatcatgacacgaaaactatcataaccgcgaccacaatttagcacataacttattgaaagtgtgcagctagcaatatcaagtttcaaaatcagaaaat 32667421  T
Q  609 ggcaagaggattgaaggttctatcagcccttgactcagcaaaaacacaatactaccatttcaaggccatcatcatagcaggaatgggact 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32667420 ggcaagaggattgaaggttctatcagcccttgactcagcaaaaacacaatactaccatttcaaggccatcatcatagcaggaatgggact 32667331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University