View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16666_high_1 (Length: 681)
Name: NF16666_high_1
Description: NF16666
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16666_high_1 |
 | |
|
| [»] scaffold0294 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 573; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 573; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 659
Target Start/End: Original strand, 11788961 - 11789613
Alignment:
| Q |
7 |
agaagcaaaggcagtcctaagtttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattttctttgctcaaatatttacattcttcaccaagcaaggg |
106 |
Q |
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| T |
11788961 |
agaagcaaaggcagtactaagtttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcaccaaacaaggg |
11789060 |
T |
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| Q |
107 |
agttctttggagagaacaatatttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggatcgataggtggtgttgctattgttctcttcactcctatctacg |
206 |
Q |
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| T |
11789061 |
agttctttggagagaacaatatttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggatcaataggtggtgttgctattgttctcttcactcctatctacg |
11789160 |
T |
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| Q |
207 |
accgtttattcgtaccactagcaagagttataactggaaagccctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttac |
306 |
Q |
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| T |
11789161 |
accgtttattcgtgccactagcaagagttataactggaaagtcctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcac |
11789260 |
T |
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| Q |
307 |
agtggtatttgcagcctttgttgagattaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagcaactgtaccaatgagtatatgg |
406 |
Q |
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| T |
11789261 |
agtagtacttgcagcctttgttgagatgaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaacgcaattgttccaatgagtatatgg |
11789360 |
T |
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| Q |
407 |
tggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
506 |
Q |
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| T |
11789361 |
tggttggttcctcaatactttttgtttggagtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
11789460 |
T |
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| Q |
507 |
gcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttctttgatagaacattttagtggcaaagatggaca |
606 |
Q |
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| T |
11789461 |
gcatgggacttgcactctatttgagtattattggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttctttgatagaacattttagtggcaaagatggaca |
11789560 |
T |
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| Q |
607 |
tgatagttggttttgtgacaatatcaataaggcacatcttgattacttttatt |
659 |
Q |
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| T |
11789561 |
tgatagttggttttgtgacaatatcaataagacacatcttgattacttttatt |
11789613 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 567
Target Start/End: Original strand, 11801128 - 11801688
Alignment:
| Q |
7 |
agaagcaaaggcagtcctaagtttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattttctttgctcaaatatttacattcttcaccaagcaaggg |
106 |
Q |
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| T |
11801128 |
agaagcaaaggcagtactaagtttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcaccaaacaaggg |
11801227 |
T |
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| Q |
107 |
agttctttggagagaacaatatttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggatcgataggtggtgttgctattgttctcttcactcctatctacg |
206 |
Q |
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| T |
11801228 |
agttctttggagagaacaatatttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggatcaataggtggtgttgctattgttctcttcactcctatctacg |
11801327 |
T |
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| Q |
207 |
accgtttattcgtaccactagcaagagttataactggaaagccctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttac |
306 |
Q |
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| T |
11801328 |
accgtttattcgtgccactagcaagagttataactggaaagtcctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcac |
11801427 |
T |
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| Q |
307 |
agtggtatttgcagcctttgttgagattaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagcaactgtaccaatgagtatatgg |
406 |
Q |
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| T |
11801428 |
agtagtacttgcagcctttgttgagatgaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaacgcaattgttccaatgagtatatgg |
11801527 |
T |
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| Q |
407 |
tggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
506 |
Q |
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| T |
11801528 |
tggttggttcctcaatactttttgtttggagtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
11801627 |
T |
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| Q |
507 |
gcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctttct |
567 |
Q |
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| T |
11801628 |
gcatgggacttgcactctatttgagtattattggtgttggaagctttctaagtggctttct |
11801688 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 666
Target Start/End: Original strand, 11699133 - 11699792
Alignment:
| Q |
7 |
agaagcaaaggcagtcctaagtttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattttctttgctcaaatatttacattcttcaccaagcaaggg |
106 |
Q |
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| T |
11699133 |
agaagcaaaggcagtactaaggttaattccaatttgggcgacaactttagtttatggcattgtctttgctcaagtttttactttcttcaccaagcaaggg |
11699232 |
T |
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| Q |
107 |
agttctttggagagaacaatatttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggatcgataggtggtgttgctattgttctcttcactcctatctacg |
206 |
Q |
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| T |
11699233 |
agttcaatggagagaacaatatttcctggcttcgacatacctcctgcttctcttcaaacgataaacggtgttgcaattgttgtcttcagcgcaatctacg |
11699332 |
T |
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| Q |
207 |
accgtttattcgtaccactagcaagagttataactggaaagccctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttac |
306 |
Q |
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| T |
11699333 |
accgcatatttgtgccactagcaagagctataaccggtaaaacctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcac |
11699432 |
T |
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| Q |
307 |
agtggtatttgcagcctttgttgagattaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagcaactgtaccaatgagtatatgg |
406 |
Q |
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| T |
11699433 |
agtagtacttgcagcctttgttgagaataaaagactaaaagtagcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtataggg |
11699532 |
T |
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| Q |
407 |
tggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
506 |
Q |
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| T |
11699533 |
tggttgattcctcagtatgttttgtttggtgtttctgaggtttttaccatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
11699632 |
T |
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| Q |
507 |
gcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttctttgatagaacattttagtggcaaagatggaca |
606 |
Q |
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| T |
11699633 |
gcatgggacttgcactctatttgagtattattggtgttggaagctttctaagtggctttctcatttcattgatagaacattttactggcaaagatggtca |
11699732 |
T |
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| Q |
607 |
tgatagttggttttgtgacaatatcaataaggcacatcttgattacttttatttgttact |
666 |
Q |
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| T |
11699733 |
tgaaagttggttttgtgacaatatcaataaggcacatcttgattacttttattggttact |
11699792 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 559
Target Start/End: Original strand, 11785374 - 11785926
Alignment:
| Q |
7 |
agaagcaaaggcagtcctaagtttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattttctttgctcaaatatttacattcttcaccaagcaaggg |
106 |
Q |
| |
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| T |
11785374 |
agaagcaaaggcagtactaaggttgattccaatttgggcttcgactttagtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcaccaagcaaggg |
11785473 |
T |
|
| Q |
107 |
agttctttggagagaacaatatttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggatcgataggtggtgttgctattgttctcttcactcctatctacg |
206 |
Q |
| |
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|
| T |
11785474 |
agttctatggagagaacaatatttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacg |
11785573 |
T |
|
| Q |
207 |
accgtttattcgtaccactagcaagagttataactggaaagccctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttac |
306 |
Q |
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| T |
11785574 |
accgtttattcgtgccactagcaaggaatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcac |
11785673 |
T |
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| Q |
307 |
agtggtatttgcagcctttgttgagattaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagcaactgtaccaatgagtatatgg |
406 |
Q |
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| T |
11785674 |
agtagtggttgcagcctttgttgagatgaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaatgcaactgttccaatgagtatatgg |
11785773 |
T |
|
| Q |
407 |
tggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
506 |
Q |
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| T |
11785774 |
tggttggttcctcaatactttttgtttggagtatctgaggtttttactattgttggtgttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
11785873 |
T |
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| Q |
507 |
gcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagt |
559 |
Q |
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| T |
11785874 |
gcatgggacttgcactctatttgagtattattggtgttggaagctttctaagt |
11785926 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 659
Target Start/End: Original strand, 11677948 - 11678600
Alignment:
| Q |
7 |
agaagcaaaggcagtcctaagtttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattttctttgctcaaatatttacattcttcaccaagcaaggg |
106 |
Q |
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| T |
11677948 |
agaagcaaaggctgtactaaggttggttccaatttgggctacaactttggtttatggtattatctttgctcaagtttttacattctttaccaagcaaggg |
11678047 |
T |
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| Q |
107 |
agttctttggagagaacaatatttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggatcgataggtggtgttgctattgttctcttcactcctatctacg |
206 |
Q |
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| T |
11678048 |
agttctatgcagagaacaatatttcctggatttgacatacctcccgcttcgcttcaatcgattaacgggcttgcaattcttctcttcagccctatctatg |
11678147 |
T |
|
| Q |
207 |
accgtttattcgtaccactagcaagagttataactggaaagccctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttac |
306 |
Q |
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| T |
11678148 |
accgcatattcgtgccgctagcaagagctatcaccggaaaaccctctggcatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttatatcgataatcac |
11678247 |
T |
|
| Q |
307 |
agtggtatttgcagcctttgttgagattaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagcaactgtaccaatgagtatatgg |
406 |
Q |
| |
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|
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| T |
11678248 |
ggtaacatttgcagcctttgttgagatgaaaagactaaaaatagcacaagaatatggtattgttgatgatcctaatgcaactgtaccaatgagtatatgg |
11678347 |
T |
|
| Q |
407 |
tggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
506 |
Q |
| |
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| T |
11678348 |
tggttggttcctcaatactttttgtttggagtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
11678447 |
T |
|
| Q |
507 |
gcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttctttgatagaacattttagtggcaaagatggaca |
606 |
Q |
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|
|
| T |
11678448 |
gcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttcttagtggctttctcatttcattgatagaacattttagtggcaaagatggaca |
11678547 |
T |
|
| Q |
607 |
tgatagttggttttgtgacaatatcaataaggcacatcttgattacttttatt |
659 |
Q |
| |
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|
| T |
11678548 |
tgaaacttggttttgtgacaatatcaataaggcacattttgattacttttatt |
11678600 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 659
Target Start/End: Original strand, 11686227 - 11686879
Alignment:
| Q |
7 |
agaagcaaaggcagtcctaagtttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattttctttgctcaaatatttacattcttcaccaagcaaggg |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
11686227 |
agaagcaaaggctgtactaaggttggttccaatttgggctacaactttggtttatggtattatctttgctcaagtttttacattctttaccaagcaaggg |
11686326 |
T |
|
| Q |
107 |
agttctttggagagaacaatatttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggatcgataggtggtgttgctattgttctcttcactcctatctacg |
206 |
Q |
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| T |
11686327 |
agttctatgcagagaacaatatttcctggatttgacatacctcccgcttcgcttcaatcgattaacgggcttgcaattcttctcttcagccctatctatg |
11686426 |
T |
|
| Q |
207 |
accgtttattcgtaccactagcaagagttataactggaaagccctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttac |
306 |
Q |
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| T |
11686427 |
accgcatattcgtgccgctagcaagagctatcaccggaaaaccctctggcatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttatatcgataatcac |
11686526 |
T |
|
| Q |
307 |
agtggtatttgcagcctttgttgagattaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagcaactgtaccaatgagtatatgg |
406 |
Q |
| |
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| T |
11686527 |
ggtaacatttgcagcctttgttgagatgaaaagactaaaaatagcacaagaatatggtattgttgatgatcctaatgcaactgtaccaatgagtatatgg |
11686626 |
T |
|
| Q |
407 |
tggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
506 |
Q |
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| T |
11686627 |
tggttggttcctcaatactttttgtttggagtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
11686726 |
T |
|
| Q |
507 |
gcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttctttgatagaacattttagtggcaaagatggaca |
606 |
Q |
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|
| T |
11686727 |
gcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttcttagtggctttctcatttcattgatagaacattttagtggcaaagatggaca |
11686826 |
T |
|
| Q |
607 |
tgatagttggttttgtgacaatatcaataaggcacatcttgattacttttatt |
659 |
Q |
| |
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| T |
11686827 |
tgaaacttggttttgtgacaatatcaataaggcacattttgattacttttatt |
11686879 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 659
Target Start/End: Original strand, 11708586 - 11709238
Alignment:
| Q |
7 |
agaagcaaaggcagtcctaagtttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattttctttgctcaaatatttacattcttcaccaagcaaggg |
106 |
Q |
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| T |
11708586 |
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11708685 |
T |
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107 |
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206 |
Q |
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11708686 |
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11708785 |
T |
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207 |
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306 |
Q |
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11708786 |
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Q |
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Q |
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| T |
11708986 |
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11709085 |
T |
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| Q |
507 |
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606 |
Q |
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| T |
11709086 |
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11709185 |
T |
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| Q |
607 |
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659 |
Q |
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| T |
11709186 |
tgaaacttggttttgtgacaatatcaataaggcacattttgattacttttatt |
11709238 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 465 - 659
Target Start/End: Original strand, 11792726 - 11792920
Alignment:
| Q |
465 |
ttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctt |
564 |
Q |
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| T |
11792726 |
ttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattattggtgttggaagctttctaagtggctt |
11792825 |
T |
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| Q |
565 |
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659 |
Q |
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| T |
11792826 |
tctcatttcattgatagaacattttactggcaaagatggtcatgaaacttggttttgtgacaatatcaataaggcacatcttgattacttttatt |
11792920 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0294 (Bit Score: 469; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:
Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 659
Target Start/End: Original strand, 20376 - 21028
Alignment:
| Q |
7 |
agaagcaaaggcagtcctaagtttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattttctttgctcaaatatttacattcttcaccaagcaaggg |
106 |
Q |
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| T |
20376 |
agaagcaaaggcagtactaaggttggttccaatttgggctacaactttggtttatggtattatctttgctcaagtttttacattcttcaccaagcaaggg |
20475 |
T |
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| Q |
107 |
agttctttggagagaacaatatttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggatcgataggtggtgttgctattgttctcttcactcctatctacg |
206 |
Q |
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20476 |
agttctatgcagagaacaatatttcctggtttcgacatacctccggcttctcttcaaacgataaccaatgtctccatagttctcttcagccctatctacg |
20575 |
T |
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| Q |
207 |
accgtttattcgtaccactagcaagagttataactggaaagccctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttac |
306 |
Q |
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20576 |
accgtatatttgtgccactagcaagaagtatcactggaaaaccctcaggcatcacattgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttac |
20675 |
T |
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| Q |
307 |
agtggtatttgcagcctttgttgagattaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagcaactgtaccaatgagtatatgg |
406 |
Q |
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20676 |
agtggtatttgcagcctttgttgagattaaaagactaaagatagcacaagagcatagtcttgatgatgatccaaatgcaactgtaccaatgagtatatgg |
20775 |
T |
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| Q |
407 |
tggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
506 |
Q |
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20776 |
tggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttaccatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaa |
20875 |
T |
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| Q |
507 |
gcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttctttgatagaacattttagtggcaaagatggaca |
606 |
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gcatgggacttgcactctatttgagtattattggtgttggaagctttcttagtggatttctaatttctttaatagaacattttagtgccaaagatggtca |
20975 |
T |
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Q |
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20976 |
tgatagttggttttgtgacaatatcaataaggcacatcttgattacttttatt |
21028 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 61; Significance: 8e-26; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 390 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 4982 - 4798
Alignment:
| Q |
390 |
taccaatgagtatatggtggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagt |
489 |
Q |
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| T |
4982 |
tacctatgagcatctggtggttgattcctcaatatgtcttgtttggagtatctgatgtctttacaatggtaggtctgcaagaatttttctatgatcaggt |
4883 |
T |
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| Q |
490 |
cccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttct |
574 |
Q |
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4882 |
cccggatgaattaagaagtgtgggtctttccctctatttaagtatttttggggttgggagctttctgagtagctttctcatttct |
4798 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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