View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16666_low_2 (Length: 560)

Name: NF16666_low_2
Description: NF16666
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16666_low_2
NF16666_low_2
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (18-538)||(20508-21028)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (64-538)||(11789139-11789613)
chr4 (18-545)||(11699265-11699792)
chr4 (65-538)||(11678127-11678600)
chr4 (65-538)||(11686406-11686879)
chr4 (19-538)||(11708719-11709238)
chr4 (64-446)||(11801306-11801688)
chr4 (64-438)||(11785552-11785926)
chr4 (344-538)||(11792726-11792920)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (269-453)||(4798-4982)


Alignment Details
Target: scaffold0294 (Bit Score: 477; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 538
Target Start/End: Original strand, 20508 - 21028
Alignment:
18 cgacatacctcccgcttctcttcaaacgataaccaatgtctccatagttctcttcagccctatctacgaccgtatatttgtgccactagcaagaagtatc 117  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20508 cgacatacctccggcttctcttcaaacgataaccaatgtctccatagttctcttcagccctatctacgaccgtatatttgtgccactagcaagaagtatc 20607  T
118 actggaaaaccctcaggcatcacattgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttacagtggtatttgcagcctttgttgagattaaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20608 actggaaaaccctcaggcatcacattgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttacagtggtatttgcagcctttgttgagattaaaa 20707  T
218 gactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagcaactgtaccaatgagtatatggtggttgattcctcaatactttttgtttggtgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20708 gactaaagatagcacaagagcatagtcttgatgatgatccaaatgcaactgtaccaatgagtatatggtggttgattcctcaatactttttgtttggtgt 20807  T
318 ttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgtt 417  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
20808 ttcagaggtttttaccatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattatt 20907  T
418 ggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttctttgatagaacattttagtggcaaagatggacatgatagttggttttgtgacaatatcaataagg 517  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20908 ggtgttggaagctttcttagtggatttctaatttctttaatagaacattttagtgccaaagatggtcatgatagttggttttgtgacaatatcaataagg 21007  T
518 cacatcttgattacttttatt 538  Q
    |||||||||||||||||||||    
21008 cacatcttgattacttttatt 21028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 64 - 538
Target Start/End: Original strand, 11789139 - 11789613
Alignment:
64 gttctcttcagccctatctacgaccgtatatttgtgccactagcaagaagtatcactggaaaaccctcaggcatcacattgcttcaaagaattggcactg 163  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||| ||||||||  ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||    
11789139 gttctcttcactcctatctacgaccgtttattcgtgccactagcaagagttataactggaaagtcctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactg 11789238  T
164 gaattttcatatcaatatttacagtggtatttgcagcctttgttgagattaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagc 263  Q
    |||||||  |||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
11789239 gaatttttctatctatattcacagtagtacttgcagcctttgttgagatgaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaacgc 11789338  T
264 aactgtaccaatgagtatatggtggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgat 363  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11789339 aattgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtttggagtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgat 11789438  T
364 caagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttctttgatagaac 463  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11789439 caagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattattggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttctttgatagaac 11789538  T
464 attttagtggcaaagatggacatgatagttggttttgtgacaatatcaataaggcacatcttgattacttttatt 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
11789539 attttagtggcaaagatggacatgatagttggttttgtgacaatatcaataagacacatcttgattacttttatt 11789613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 545
Target Start/End: Original strand, 11699265 - 11699792
Alignment:
18 cgacatacctcccgcttctcttcaaacgataaccaatgtctccatagttctcttcagccctatctacgaccgtatatttgtgccactagcaagaagtatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |  |||  | || ||| |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||     
11699265 cgacatacctcctgcttctcttcaaacgataaacggtgttgcaattgttgtcttcagcgcaatctacgaccgcatatttgtgccactagcaagagctata 11699364  T
118 actggaaaaccctcaggcatcacattgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttacagtggtatttgcagcctttgttgagattaaaa 217  Q
    || || ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||    
11699365 accggtaaaacctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtacttgcagcctttgttgagaataaaa 11699464  T
218 gactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagcaactgtaccaatgagtatatggtggttgattcctcaatactttttgtttggtgt 317  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
11699465 gactaaaagtagcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatagggtggttgattcctcagtatgttttgtttggtgt 11699564  T
318 ttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgtt 417  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
11699565 ttctgaggtttttaccatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattatt 11699664  T
418 ggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttctttgatagaacattttagtggcaaagatggacatgatagttggttttgtgacaatatcaataagg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
11699665 ggtgttggaagctttctaagtggctttctcatttcattgatagaacattttactggcaaagatggtcatgaaagttggttttgtgacaatatcaataagg 11699764  T
518 cacatcttgattacttttatttgttact 545  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||    
11699765 cacatcttgattacttttattggttact 11699792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 65 - 538
Target Start/End: Original strand, 11678127 - 11678600
Alignment:
65 ttctcttcagccctatctacgaccgtatatttgtgccactagcaagaagtatcactggaaaaccctcaggcatcacattgcttcaaagaattggcactgg 164  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
11678127 ttctcttcagccctatctatgaccgcatattcgtgccgctagcaagagctatcaccggaaaaccctctggcatcacaatgcttcaaagaattggcactgg 11678226  T
165 aattttcatatcaatatttacagtggtatttgcagcctttgttgagattaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagca 264  Q
    |||||| ||||| ||| | || ||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||| || |||    
11678227 aatttttatatcgataatcacggtaacatttgcagcctttgttgagatgaaaagactaaaaatagcacaagaatatggtattgttgatgatcctaatgca 11678326  T
265 actgtaccaatgagtatatggtggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatc 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11678327 actgtaccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtttggagtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatc 11678426  T
365 aagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttctttgatagaaca 464  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||    
11678427 aagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttcttagtggctttctcatttcattgatagaaca 11678526  T
465 ttttagtggcaaagatggacatgatagttggttttgtgacaatatcaataaggcacatcttgattacttttatt 538  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
11678527 ttttagtggcaaagatggacatgaaacttggttttgtgacaatatcaataaggcacattttgattacttttatt 11678600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 65 - 538
Target Start/End: Original strand, 11686406 - 11686879
Alignment:
65 ttctcttcagccctatctacgaccgtatatttgtgccactagcaagaagtatcactggaaaaccctcaggcatcacattgcttcaaagaattggcactgg 164  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
11686406 ttctcttcagccctatctatgaccgcatattcgtgccgctagcaagagctatcaccggaaaaccctctggcatcacaatgcttcaaagaattggcactgg 11686505  T
165 aattttcatatcaatatttacagtggtatttgcagcctttgttgagattaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagca 264  Q
    |||||| ||||| ||| | || ||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||| || |||    
11686506 aatttttatatcgataatcacggtaacatttgcagcctttgttgagatgaaaagactaaaaatagcacaagaatatggtattgttgatgatcctaatgca 11686605  T
265 actgtaccaatgagtatatggtggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatc 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11686606 actgtaccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtttggagtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatc 11686705  T
365 aagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttctttgatagaaca 464  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||    
11686706 aagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttcttagtggctttctcatttcattgatagaaca 11686805  T
465 ttttagtggcaaagatggacatgatagttggttttgtgacaatatcaataaggcacatcttgattacttttatt 538  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
11686806 ttttagtggcaaagatggacatgaaacttggttttgtgacaatatcaataaggcacattttgattacttttatt 11686879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 538
Target Start/End: Original strand, 11708719 - 11709238
Alignment:
19 gacatacctcccgcttctcttcaaacgataaccaatgtct--ccatagttctcttcagccctatctacgaccgtatatttgtgccactagcaagaagtat 116  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| ||||  |||| ||  | || ||||||||| |||||||||| || |  ||||| |||||||||||||||  |||    
11708719 gacatacctccctcttcgcttcaaacaataa--aatggcttgcaattgttctcttctgccctatctatgagcacatattcgtgccactagcaagagttat 11708816  T
117 cactggaaaaccctcaggcatcacattgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttacagtggtatttgcagcctttgttgagattaaa 216  Q
     |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||| ||||    
11708817 aactggaaagccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttatatcaatattcatggtagtatttgcagcctttgttgagactaaa 11708916  T
217 agactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagcaactgtaccaatgagtatatggtggttgattcctcaatactttttgtttggtg 316  Q
    ||| |||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
11708917 agattaaaaatagcacaaaaatatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgtaccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtttggag 11709016  T
317 tttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgt 416  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
11709017 tttctgaggtttttacaatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaagcatgggactggcactctatttgagtattgt 11709116  T
417 tggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttctttgatagaacattttagtggcaaagatggacatgatagttggttttgtgacaatatcaataag 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
11709117 tggtgttggaagctttctaagtggctttctcatttcattgatagaacattttagtggcaaagatggacatgaaacttggttttgtgacaatatcaataag 11709216  T
517 gcacatcttgattacttttatt 538  Q
    |||||| |||||||||||||||    
11709217 gcacattttgattacttttatt 11709238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 64 - 446
Target Start/End: Original strand, 11801306 - 11801688
Alignment:
64 gttctcttcagccctatctacgaccgtatatttgtgccactagcaagaagtatcactggaaaaccctcaggcatcacattgcttcaaagaattggcactg 163  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||| ||||||||  ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||    
11801306 gttctcttcactcctatctacgaccgtttattcgtgccactagcaagagttataactggaaagtcctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactg 11801405  T
164 gaattttcatatcaatatttacagtggtatttgcagcctttgttgagattaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagc 263  Q
    |||||||  |||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
11801406 gaatttttctatctatattcacagtagtacttgcagcctttgttgagatgaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaacgc 11801505  T
264 aactgtaccaatgagtatatggtggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgat 363  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11801506 aattgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtttggagtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgat 11801605  T
364 caagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctttct 446  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
11801606 caagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattattggtgttggaagctttctaagtggctttct 11801688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 64 - 438
Target Start/End: Original strand, 11785552 - 11785926
Alignment:
64 gttctcttcagccctatctacgaccgtatatttgtgccactagcaagaagtatcactggaaaaccctcaggcatcacattgcttcaaagaattggcactg 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
11785552 gttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagcaaggaatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactg 11785651  T
164 gaattttcatatcaatatttacagtggtatttgcagcctttgttgagattaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaaagc 263  Q
    |||||||  |||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
11785652 gaatttttctatctatattcacagtagtggttgcagcctttgttgagatgaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaatgc 11785751  T
264 aactgtaccaatgagtatatggtggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgat 363  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
11785752 aactgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtttggagtatctgaggtttttactattgttggtgttcaggaatttttctatgat 11785851  T
364 caagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagt 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
11785852 caagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattattggtgttggaagctttctaagt 11785926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 344 - 538
Target Start/End: Original strand, 11792726 - 11792920
Alignment:
344 ttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctt 443  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
11792726 ttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattattggtgttggaagctttctaagtggctt 11792825  T
444 tctaatttctttgatagaacattttagtggcaaagatggacatgatagttggttttgtgacaatatcaataaggcacatcttgattacttttatt 538  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11792826 tctcatttcattgatagaacattttactggcaaagatggtcatgaaacttggttttgtgacaatatcaataaggcacatcttgattacttttatt 11792920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 61; Significance: 6e-26; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 269 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 4982 - 4798
Alignment:
269 taccaatgagtatatggtggttgattcctcaatactttttgtttggtgtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagt 368  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||||| || || || || ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||    
4982 tacctatgagcatctggtggttgattcctcaatatgtcttgtttggagtatctgatgtctttacaatggtaggtctgcaagaatttttctatgatcaggt 4883  T
369 cccaaatgaactaagaagcatgggacttgcactctatttgagtattgttggtgttggaagctttctaagtggctttctaatttct 453  Q
    |||  ||||| |||||||  |||| ||| | |||||||| |||||| |||| ||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||    
4882 cccggatgaattaagaagtgtgggtctttccctctatttaagtatttttggggttgggagctttctgagtagctttctcatttct 4798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University