View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16668_low_34 (Length: 302)

Name: NF16668_low_34
Description: NF16668
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16668_low_34
NF16668_low_34
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (19-290)||(3300213-3300484)
chr1 (19-288)||(43083323-43083592)
chr1 (19-288)||(43044479-43044748)
chr1 (19-288)||(43067243-43067512)
chr1 (27-290)||(7891482-7891745)
chr1 (31-290)||(45984226-45984482)
chr1 (19-235)||(43077173-43077389)
chr1 (26-290)||(38138390-38138654)
chr1 (128-286)||(40035227-40035385)
chr1 (158-267)||(50912035-50912144)
chr1 (21-81)||(50911922-50911982)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-288)||(4230944-4231213)
chr4 (46-248)||(19965127-19965329)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (19-288)||(7529791-7530060)
chr6 (19-288)||(7520254-7520523)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (39-262)||(4619188-4619411)
chr8 (31-247)||(4296931-4297144)
chr8 (141-290)||(1846090-1846239)
chr8 (31-201)||(4788079-4788249)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (31-295)||(16348638-16348902)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (31-219)||(33860325-33860513)
chr2 (26-186)||(34690326-34690486)
chr2 (26-186)||(34712738-34712898)
chr2 (131-200)||(16231772-16231841)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 19 - 290
Target Start/End: Original strand, 3300213 - 3300484
Alignment:
Q  19 aatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3300213 aatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcata 3300312  T
Q  119 atgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattct 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  3300313 atgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatccttaacagcaacgttct 3300412  T
Q  219 taacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagacttca 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300413 taacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagacttca 3300484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 19 - 288
Target Start/End: Original strand, 43083323 - 43083592
Alignment:
Q  19 aatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43083323 aatcttagtaacaagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatg 43083422  T
Q  119 atgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattct 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43083423 atgatcacttgagatgtaaagttagcagcttccttggctgggtcatccttggagtttgaggcaacatacccacgcttgagatccttaacagcaacattct 43083522  T
Q  219 taacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagactt 288  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43083523 tgacattaaatcccacattgtcaccaggaagggcctctgtgagagcttcatgatgcatctccacagactt 43083592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 19 - 288
Target Start/End: Original strand, 43044479 - 43044748
Alignment:
Q  19 aatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  43044479 aatcttagtaacaagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatt 43044578  T
Q  119 atgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattct 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43044579 atgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggctgggtcatccttggagtttgaggcaacatacccacgcttgagatccttaacagcaacattct 43044678  T
Q  219 taacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagactt 288  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43044679 tgacattaaatcccacattgtcaccaggaagggcctctgtgagagcttcatgatgcatctccacggactt 43044748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 19 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 43067512 - 43067243
Alignment:
Q  19 aatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  43067512 aatcttagtaacaagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatt 43067413  T
Q  119 atgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattct 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43067412 atgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggctgggtcatccttggagtttgaggcaacatacccacgcttgagatccttaacagcaacattct 43067313  T
Q  219 taacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagactt 288  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43067312 tgacattaaatcccacattgtcaccaggaagggcctctgtgagagcttcatgatgcatctccacggactt 43067243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 27 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 7891745 - 7891482
Alignment:
Q  27 taacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcac 126  Q
    |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||    
T  7891745 taacaagcttggcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcgagaataggtgtatagccatttctaatctggccaggatgattcaagatgataac 7891646  T
Q  127 ttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacatta 226  Q
     ||||||||||| | |||||||||| | || ||| ||  ||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||| |||  |||||| |||| |||    
T  7891645 atgagatgtaaattcagcagcctccatagctgggccacgcttggagtttgaggcaacatagcctcgcctgagatccttagcagacacattcgtaacgtta 7891546  T
Q  227 aatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagacttca 290  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7891545 aatcccacaatgtcaccaggaagagcccgagtgagagcttcatggtgcatctccacagacttca 7891482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 31 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 45984482 - 45984226
Alignment:
Q  31 aagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttga 130  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||  ||    
T  45984482 aagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggtgtgtagccatttcgaatctggccagggtgattcgtaatgataacaaga 45984383  T
Q  131 gatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatc 230  Q
    |||||||||| ||| |||||    || |||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||  || |||||||    |||||||||||||    
T  45984382 gatgtaaagtgagcggcctctaccgctgggtcaccctcggagtttgaggcaacataaccttgcttgagatccctagcagcaac---gttaacattaaatc 45984286  T
Q  231 ccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagacttca 290  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45984285 ccacaatgtcaccaggaagggcctcaccgatagcttcatggtgcatctccacagacttca 45984226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 43077389 - 43077173
Alignment:
Q  19 aatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatg 118  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  43077389 aatcttggtaacaagctcatcaaacttgacaagaatgtggaaggtgtggcagtgaagaacaggtgcatagccattttcaatcttgccagggtgattcatg 43077290  T
Q  119 atgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattct 218  Q
    | ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||| ||||    
T  43077289 acgacgacttgagatgtaaagttagcggcctccttggctgggtcatccatggagttagaggcaacatagccactcttgagatccttaacatcaacgttct 43077190  T
Q  219 taacattaaatcccaca 235  Q
     ||||||||||| ||||    
T  43077189 caacattaaatctcaca 43077173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 26 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 38138654 - 38138390
Alignment:
Q  26 gtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatca 125  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||  |||| ||||||  |||||| ||||||| |    
T  38138654 gtaacaagcttagcaaacttgacaggaacgtgggaggtgtggcagtccagaataggtgtatagccattttgaatccggccagtttgattcgtgatgataa 38138555  T
Q  126 cttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacatt 225  Q
    |  | |||||||| |||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||||||| || |||  |||||| |||||||   ||| || ||||||    
T  38138554 cacgggatgtaaatttagcagcctccgtggctgggtcatgcttggagtctgaggcaacatagcctcgccggagatccttaacagacccatgctgaacatt 38138455  T
Q  226 aaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagacttca 290  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||   |||||| |||||||||| ||| ||||    
T  38138454 aaatcccacaatgtcaccaggaagggcctcattgagcttttcatggtgcatctccatagaattca 38138390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 128 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 40035385 - 40035227
Alignment:
Q  128 tgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaa 227  Q
    ||||| ||||| ||| | || ||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||  |  |||||||||||||    
T  40035385 tgagaagtaaatttaacggcttccatggctggatcatcgttggagtttgaggcaacataaccttgcttgagatccttaacagacatgttcttaacattaa 40035286  T
Q  228 atcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagac 286  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||  ||||| |||| || |||||||||||||||    
T  40035285 atcccacaatgtcaccaggaagggcctcgatgagaccttcgtggtgcatctccacagac 40035227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 158 - 267
Target Start/End: Original strand, 50912035 - 50912144
Alignment:
Q  158 gggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcag 257  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||| || |||  |||||| |||  ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||     
T  50912035 gggtcatcgttggagtttgaggcaatatagcctcgccggagatccttagaagacacattcttaacattaaatcccacaatgtcaccaggaatggcctcaa 50912134  T
Q  258 tgagagcttc 267  Q
    ||||||||||    
T  50912135 tgagagcttc 50912144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 81
Target Start/End: Original strand, 50911922 - 50911982
Alignment:
Q  21 tcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacagg 81  Q
    |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||    
T  50911922 tcttggtaacaagcttagcaaacttgacagcaatgttggacgtgtggcaatgaagaacagg 50911982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 19 - 288
Target Start/End: Original strand, 4230944 - 4231213
Alignment:
Q  19 aatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4230944 aatcttagtaacaagctcagcaaacttgactgcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcataaccatttccaatctggccagggtgattcatg 4231043  T
Q  119 atgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattct 218  Q
    || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||    
T  4231044 ataatcacctgagatgtgaagttagcagcctccttggctgggtcatccttggtgtttgaggcaacataaccacgcttgagatccttgacagaaacattct 4231143  T
Q  219 taacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagactt 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4231144 taacattaaatcccacattgtcaccgggaagtgcctcagtgagagattcatgatgcatctccacagactt 4231213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 46 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 19965329 - 19965127
Alignment:
Q  46 gacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagca 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||  ||||  ||||||||  ||  | ||||| |  | ||||||||||| |||     
T  19965329 gacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggtgtatagccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataagataagatgtaaagtcagcg 19965230  T
Q  146 gcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtcaccag 245  Q
    ||| || |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||| ||  ||||  |||||||||  ||||||||    
T  19965229 gcccccatggctgggtcattgttggagtttgaggcaacataacctggctggagatccttagcagcaacatcctcgacatctaatcccacaaagtcaccag 19965130  T
Q  246 gaa 248  Q
    |||    
T  19965129 gaa 19965127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 7530060 - 7529791
Alignment:
Q  19 aatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatg 118  Q
    |||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  7530060 aatcttggtaacaagttcagcaaacttcacagcaatgtgagaggtgtggcaatcgagcactggtgcatatccatttccaatctgtccagggtggttcatg 7529961  T
Q  119 atgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattct 218  Q
    ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  7529960 atgatgacttgggaagtgaagttggcagcttcctttgcagggtcatccttggagttggatgcaacgaaaccacgcttgagatccttcacagcaacattct 7529861  T
Q  219 taacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagactt 288  Q
    ||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||    
T  7529860 taacattgaatccgacattgtctcctggaagagcttcagtgagagcctcgtggtgcatctcaacagactt 7529791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 7520523 - 7520254
Alignment:
Q  19 aatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatg 118  Q
    |||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  7520523 aatcttggtaacaagttcagcaaacttcacagcaatgtgagaggtgtggcaatcgagcactggtgcatatccatttccaatctgtccagggtggttcatg 7520424  T
Q  119 atgatcacttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattct 218  Q
    ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  7520423 atgatgacttgggaagtgaagttggcagcttcctttgcagggtcatccttggagttggatgcaacgaaaccacgcttgagatccttcacggcaacattct 7520324  T
Q  219 taacattaaatcccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagactt 288  Q
    ||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||    
T  7520323 taacattgaatccaacattgtctcctggaagagcttcagtgagagcctcgtggtgcatctcaacagactt 7520254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 39 - 262
Target Start/End: Original strand, 4619188 - 4619411
Alignment:
Q  39 caaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgat--cacttgagatgta 136  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||      
T  4619188 caaacttgacagcagtgtgggaggtgtggcaatgaagaacaggtgtatagccatttccaatctggccagggtgattcctgatgataacacatgagatg-- 4619285  T
Q  137 aagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacat 236  Q
    |||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||  | | |||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  4619286 aagttatctgcctccttggctgggtcatgcttggagtttgagacaacatagcctcgcttgagatgctcagcagacacattctcaacattaaatcccacat 4619385  T
Q  237 tgtcaccaggaagagcctcagtgaga 262  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||    
T  4619386 tgtcaccaggaagggcctcagtgaga 4619411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 31 - 247
Target Start/End: Original strand, 4296931 - 4297144
Alignment:
Q  31 aagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttga 130  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||| | | ||||||||| |||||||||  ||||||| || |||    
T  4296931 aagctcagcaaatttgacaggaatgtgggaggtgtggcagtgaagaataggtgtatagccttcttcaatctggctagggtgatttgtgatgataacatga 4297030  T
Q  131 gatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatc 230  Q
    |||||||||| ||   |||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||  ||||||||||  || ||| ||||   || ||||||||||    
T  4297031 gatgtaaagtgagtgacctccttggctgggtcatcctcggggtttgaggcaacatagccttgcttgagatccgtagcagaaaca---ttgacattaaatc 4297127  T
Q  231 ccacattgtcaccagga 247  Q
     |||| |||||||||||    
T  4297128 tcacaatgtcaccagga 4297144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 141 - 290
Target Start/End: Original strand, 1846090 - 1846239
Alignment:
Q  141 tagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatcccacattgtc 240  Q
    ||||||||||| | || ||| ||  || ||||| |||||||||||| || ||| ||||||| ||| |||  |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  1846090 tagcagcctccatagctgggccacgctgggagtgtgaggcaacatagcctcgcctgagatccttagcagacacattcgtaacattaaatcccacaatgtc 1846189  T
Q  241 accaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagacttca 290  Q
    |||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1846190 accaggaagagcccgggtgagagcttcatggtgcatctccacagacttca 1846239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 31 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 4788249 - 4788079
Alignment:
Q  31 aagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttga 130  Q
    ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| | |||||| ||| ||||||| |||||||||||  ||||||| || |||    
T  4788249 aagctcatcaaattcgacagcaatttgggaggtgtggcagtgaagaataggcgtatagcctttttcaatctgtccagggtgatttgtgatgataacatga 4788150  T
Q  131 gatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatc 201  Q
    |||||||||| | | |||||||||||    |||||| ||| |||| || ||||||| ||  ||||||||||    
T  4788149 gatgtaaagtaatcggcctccttggccacatcatccatggtgttttagacaacatagccttgcttgagatc 4788079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 31 - 295
Target Start/End: Original strand, 16348638 - 16348902
Alignment:
Q  31 aagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttga 130  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||| || ||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  16348638 aagcttagcaaacttgacagcaatgtaggaggtgtggcagttaagaacaggtgtataacccttttcaatttggccagggtgattcgtgatgataacttga 16348737  T
Q  131 gatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattcttaacattaaatc 230  Q
    ||||||||||||   ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| || ||  |||||| |  | |||  ||||||| ||||  |||||    
T  16348738 gatgtaaagttaatggcctccttggctgggtgatgcttggagtttgaggcaacatagcctcggctgagatgtgcatcagacacattctcaacagcaaatc 16348837  T
Q  231 ccacattgtcaccaggaagagcctcagtgagagcttcatgatgcatctccacagacttcatctca 295  Q
     |||||| ||||||||||| ||||| |  ||| ||||||| | ||||| ||||||| ||| ||||    
T  16348838 tcacattatcaccaggaagggcctcggaaagatcttcatggtccatcttcacagacgtcacctca 16348902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 31 - 219
Target Start/End: Original strand, 33860325 - 33860513
Alignment:
Q  31 aagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttga 130  Q
    ||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | | |||| |||| |||| ||||||||| |||  ||||||| ||||||    
T  33860325 aagctcaacaaacatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtaaagccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttga 33860424  T
Q  131 gatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagatctttaacagcaacattctt 219  Q
    |||||||||| ||| || ||| |||| |||| |||  |||||| |||||||||||| ||  ||||||||||   | |||||||||||||    
T  33860425 gatgtaaagtgagcggcttccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggcaacatagcccggcttgagatcaccagcagcaacattctt 33860513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 186
Target Start/End: Original strand, 34690326 - 34690486
Alignment:
Q  26 gtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatca 125  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| | ||| || ||   |||||    |||||| || | || ||| |    
T  34690326 gtaacaagcttagcaaacttgacagcagtgtgggaggcgtggcagtcaaggacaggagtatatcctttggtaatctttgaagggtggttaaagacgataa 34690425  T
Q  126 cttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacata 186  Q
    |  |||||||||| |||||||||||| |||| || |||| |||||||| ||| ||||||||    
T  34690426 cacgagatgtaaatttagcagcctccatggccggttcatacttggagtctgacgcaacata 34690486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 186
Target Start/End: Original strand, 34712738 - 34712898
Alignment:
Q  26 gtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatca 125  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| | ||| || ||   |||||    |||||| || | || ||| |    
T  34712738 gtaacaagcttagcaaacttgacagcagtgtgggaggcgtggcagtcaaggacaggagtatatcctttggtaatctttgaagggtggttaaagacgataa 34712837  T
Q  126 cttgagatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacata 186  Q
    |  |||||||||| |||||||||||| |||| || |||| |||||||| ||| ||||||||    
T  34712838 cacgagatgtaaatttagcagcctccatggccggttcatacttggagtctgacgcaacata 34712898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 131 - 200
Target Start/End: Original strand, 16231772 - 16231841
Alignment:
Q  131 gatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggcaacataaccacgcttgagat 200  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||| ||||| || ||| ||||||    
T  16231772 gatgtaaatttagcagcctccatggctggttcatcctcggagtttgaggctacatagcctcgcatgagat 16231841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University