View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16670_low_1 (Length: 768)
Name: NF16670_low_1
Description: NF16670
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16670_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 635; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 635; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 698
Target Start/End: Original strand, 40552559 - 40553242
Alignment:
| Q |
14 |
ttattcttcgtatctgttttatctttctgtaatatgataacaatattgattaatttcatgttttcaagtaaaggttctgtacagttgtgataaattatct |
113 |
Q |
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| T |
40552559 |
ttattcttcgtatctgttttatctttctgtaatatgataacaatattgattaatttcatgttttcaagtaaaggttctgtacagttatgataaattatct |
40552658 |
T |
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| Q |
114 |
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213 |
Q |
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| T |
40552659 |
ggtgatgtataaataacaataatatggcatatggaatttggtgtttatgtttaatgtcttaattccacgtccccattatatttggtgggtcaaaagattt |
40552758 |
T |
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| Q |
214 |
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313 |
Q |
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| T |
40552759 |
atttatttttatgactatggttggtttcattctgaatagcagttgttataagtgattttattttcttagtaatacccttgtacaaaaaa-ttaagcatgt |
40552857 |
T |
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| Q |
314 |
atgaattgtgagttttcttatttgtagtaagagaataatttggggatgtttctttcttgctagggatatgaagtgctcaagctgctaaatgtgcttcttc |
413 |
Q |
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| T |
40552858 |
atgaattgtgagttttcttatttgtagtaagagaataatttggggatgtttctttcttgctagggatatgaagtgctcaagctgctaaatgtgcttcttc |
40552957 |
T |
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| Q |
414 |
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513 |
Q |
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| T |
40552958 |
ctgaggtgactgaaaatcagaatgatcctctagtgctagacaaagaatcatttttagctgatcgcccgtatctcatagaaaagcttgcgatggatgcact |
40553057 |
T |
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| Q |
514 |
tcctcggttgatccaggttggttgaatttcttgttattatcaaggttttaaattgtggttgtgccatatattgagaagaagaataatgatcaaatgtggt |
613 |
Q |
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| T |
40553058 |
tcctcggttgatccaggttggttgactttcttgttattatcaaggttttaaattgtggttgtgccatatattgagaagaagaataatgatcaaatgtggt |
40553157 |
T |
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| Q |
614 |
tgatgcggactcaatagcaattagagtcgctgagacatcaaaaaccttgatattgcaatatgaattgttgtcgcagaccttttct |
698 |
Q |
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| T |
40553158 |
tgatgcggactcaatagcaattaaagtcgctgagacatcaaaaaccttgatattgcaatatgaattgttgtcgcagaccttttct |
40553242 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 235
Target Start/End: Original strand, 22137532 - 22137753
Alignment:
| Q |
14 |
ttattcttcgtatctgttttatctttctgtaatatgataacaatattgattaatttcatgttttcaagtaaaggttctgtacagttgtgataaattatct |
113 |
Q |
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| T |
22137532 |
ttattcttcgtatctgttttatctttctgtaatatgataacaatattgattaatttcatgttttcaagtaaaggttctgtacagttatgataaattatct |
22137631 |
T |
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| Q |
114 |
ggtgatgtatatataacaataatatggcatatggaatttggtgtttatgtttaatgtcttaattccacgtccccattatatttggtgggtcaaaagattt |
213 |
Q |
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| T |
22137632 |
ggtgatgtataaataacaataatatggcatatggaatttggtgtttatgtttaatgtcttaattccacgtccccattatatttggtgggtcaaaagattt |
22137731 |
T |
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| Q |
214 |
atttatttttatgactatggtt |
235 |
Q |
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| T |
22137732 |
atttatttttatgactatggtt |
22137753 |
T |
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