View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16678_high_2 (Length: 819)

Name: NF16678_high_2
Description: NF16678
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16678_high_2
NF16678_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-805)||(3932463-3933253)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 767; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 767; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 805
Target Start/End: Original strand, 3932463 - 3933253
Alignment:
Q  15 agcagagatggaacgggttgaggagttcaaggttggagattgggttcgtgttcgtccaacccttacaacttcaaagcatggattaggaaatgtggtaccg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3932463 agcagagatggaacgggttgaggagttcaaggttggagattgggttcgtgttcgtccaacccttacaacttcaaagcatggattaggaaatgtggtacca 3932562  T
Q  115 ggaaccattggcattgtatattgtatccgacctgacagtagtttgttagtcgagttgagctatgttcaaaatccatggcattgtgaaccagaggagattg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3932563 ggaaccattggcattgtatattgtatccgacctgacagtagtttgttagtcgagttgagctatgttcaaaatccatggcattgtgaaccagaggagattg 3932662  T
Q  215 agcatgttcctccttttagggtaagaggaatgtagattattttaattctctgacttaatatttttgtcctatttttgttacatgatttgtatttgtctta 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3932663 agcatgttcctccttttagggtaagaggaatgtagattattttaattctctgacttaatatttttgtcctatttttgttacatgatttgtatttgtctta 3932762  T
Q  315 cagattggtgatagggcatgtgtgaagcgatctgttgcagaacctagatatgcttggggtggtgagacacatcacagtgttggaagaataagtgagattg 414  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3932763 cagattggtgatagggtatgtgtgaagcgatctgtcgcagaacctagatatgcttggggtggtgagacacatcacagtgttggaagaataagtgagattg 3932862  T
Q  415 agaatgatggtctcttaataatagaaataccaaatcgacccataccatggcaagctgatccatctgatatggagaaggtggaagattttaaggtgacaat 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3932863 agaatgatggtctcttaataatagaaataccaaatcgacccataccatggcaagctgatccatctgatatggagaaggtggaagattttaaggtgacaat 3932962  T
Q  515 tcttttggttgatgttgatcatttgcttccattttaagtttgttaccttgtacttactgggtaatgccttattattgttttcctgtatttaaattgttaa 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3932963 tcttttggttgatgttgatcatttgcttccattttaagtttgttaccttgtacttactgcgtaatgccttattattgttttcctgtatttaaattgttaa 3933062  T
Q  615 tatatctgaaatcaggttggagattgggtcagagtgaaagcttcagtatcttctccaaaatatggatgggaggatattacaaggaacagtattggtgtaa 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3933063 tatatctgaaatcaggttggagattgggtcagagtgaaagcttcagtatcttctccaaaatatggatgggaggatattacaaggaacagtattggtgtaa 3933162  T
Q  715 ttcatagcttggaagaggatggcgatatgggtgttgccttttgcttcagaagcaagcctttttcgtgctcagtcactgatgtggagaaagt 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3933163 ttcatagcttggaagaggatggcgatatgggtgttgccttttgcttcagaagtaagcctttttcgtgctcggtcactgatgtggagaaagt 3933253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University