View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF16688_high_1 (Length: 1114)
Name: NF16688_high_1
Description: NF16688
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16688_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1023; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1023; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1103
Target Start/End: Complemental strand, 50122181 - 50121100
Alignment:
| Q |
18 |
agcaaccaccacctcttaagttgaacattattaagaggttgaagaagaattcattatcagtgtcagagtactcaagctctgagcttgttttcagttacac |
117 |
Q |
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| T |
50122181 |
agcaaccaccacctcttaagttgaacatta---agaggttgaagaagaattcattatcagtgtcagagtactcaagctctgagcttgttttcagttacac |
50122085 |
T |
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| Q |
118 |
ttctgatccatttagctttgcagtgaaaaggaagtccaatggtgatactctttttgactccaattattctaatgagtcagactcatttcgtcctttagtc |
217 |
Q |
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| T |
50122084 |
ttctgatccatttagctttgcagtgaaaaggaagtccaatggtgatactctttttgactccaattattctaatgagtcagactcatttcgtcctttagtc |
50121985 |
T |
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| Q |
218 |
ttcaaagaccaatacttagaaatttctaccaaattgcccaaaaatgcttctttgtatggtttaggagagaacacacaaccaaatggaatgaagttacatc |
317 |
Q |
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| T |
50121984 |
ttcaaagaccaatacttagaaatttctaccaaattgcccaaaaatgcttctttgtatggtttaggagagaacacacaaccaaatggaatgaagttacatc |
50121885 |
T |
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| Q |
318 |
caaatgatccttacactttgtatacaactgatatatcagctattaacctcaattctgatttatatggatcacatcctgtatacatggatctcagaaatta |
417 |
Q |
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| T |
50121884 |
caaatgatccttacactttgtatacaactgatatatcagctattaacctcaattctgatttatatggatcacatcctgtatacatggatctcagaaatta |
50121785 |
T |
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| Q |
418 |
tggtggaaaaccttatgcacatggtgttcttttattgaatagcaatggaatggatgtgttttacaaagggaactctttgacatacaagattattggagga |
517 |
Q |
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| T |
50121784 |
tggtggaaaaccttatgcacatggtgttcttttgttgaatagcaatggaatggatgtgttttacaaagggaactctttgacatacaagattattggagga |
50121685 |
T |
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| Q |
518 |
atacttgatttttacttctttgcaggacctacgcctctgaatgttgttgatcagtacacatccttcattggaagaccagctccaatgccttattgggctt |
617 |
Q |
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| T |
50121684 |
atacttgatttttacttctttgcaggacctacgcctctgaatgttgttgatcagtacacatccttcattggaagaccagctccaatgccttattgggctt |
50121585 |
T |
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| Q |
618 |
ttggtatgattcacttttcactctttcttaaatcttagtcccatcattgtaatgcatattttcttatcacttaaatgaaaatgaaaagannnnnnnncca |
717 |
Q |
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| T |
50121584 |
ttggtatgattcacttttcactctttcttaaatcttagtcccatcattgtaatgcatattttcttatcacttaaatgaaaatgaaatga-tttttttcca |
50121486 |
T |
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| Q |
718 |
aatggcagaataaattgtgtagtctagcaacataataatatacattacactagaaggatttagcagaaaaagataagatcaagaaaatattagaagtttt |
817 |
Q |
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| T |
50121485 |
aatggcagaataaattgtgtagtctagcaacataataatatacattacactagaaggatttagcagaaaaagataagatcaagaaaatattagaagtttt |
50121386 |
T |
|
| Q |
818 |
agcaaatttaacaacaaactatgagtccataatttccagatgccaagactatatatagattagactgttctcctgtacaaattctattaatttactctta |
917 |
Q |
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| T |
50121385 |
agcaaatttaacaacaaactatgagtccataatttccagatgccaagactatatatagattagactgttctcctatacaaattctattaagttactctta |
50121286 |
T |
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| Q |
918 |
actaacaactttgttgaaacctgttgcatcatgaccaatatgctcacttatttaatttttggtttggtgtatttataggattccaccaatgcagatgggg |
1017 |
Q |
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| T |
50121285 |
actaacaactttgctgaaacctgttgcatcatgaccaatatgctcacttatttaatttttggtttggtgtatttataggattccaccaatgcagatgggg |
50121186 |
T |
|
| Q |
1018 |
ttatcacaacctatctgttattgaagatgttgttgagaattacaagaaagctaaaattccacttgatgtgatatggaatgatgatg |
1103 |
Q |
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| T |
50121185 |
ttatcacaacctatctgttattgaagatgttgttgagaattacaagaaagctaaaattccacttgatgtgatatggaatgatgatg |
50121100 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 50112574 - 50111983
Alignment:
| Q |
47 |
attaagaggttgaagaagaattcattatcagtgtcagagtactcaagctctgagcttgttttcagttacacttctgatccatttagctttgcagtgaaaa |
146 |
Q |
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| T |
50112574 |
attaagaggttgaagaagaattcattatcagtgtcagagcactcaagctctgagcttgttttcagttacacttctgatccatttagctttgcagtgaaaa |
50112475 |
T |
|
| Q |
147 |
ggaagtccaatggtgatactctttttgactccaattattctaatgagtcagactcatttcgtcctttagtcttcaaagaccaatacttagaaatttctac |
246 |
Q |
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| T |
50112474 |
ggaagtccaatggtgatactctttttgactccaatt---ctaatgagtcagacccatttggtccattggtcttcaaagaccaatacttggaaatttctac |
50112378 |
T |
|
| Q |
247 |
caaattgcccaaaaatgcttctttgtatggtttaggagagaacacacaaccaaatggaatgaagttacatccaaatgatccttacactttgtatacaact |
346 |
Q |
| |
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| T |
50112377 |
taaacttcccaaagatgcttctctgtatggtttgggagagaactcacagccacatgggataaagttgtatcctaatgatccttatactttgtataccact |
50112278 |
T |
|
| Q |
347 |
gatatatcagctattaacctcaattctgatttatatggatcacatcctgtatacatggatctcagaaattatg---gtggaaaaccttatgcacatggtg |
443 |
Q |
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| T |
50112277 |
gatgtagcagccattaatctcaacactgatctatatgggtctcatcctgtatacatggatcttagaaatcatgaaggtggcaagcctaatgcacatggtg |
50112178 |
T |
|
| Q |
444 |
ttcttttattgaatagcaatggaatggatgtgttttacaaagggaactctttgacatacaagattattggaggaatacttgatttttacttctttgcagg |
543 |
Q |
| |
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|
| T |
50112177 |
ttttgttgttgaatagcaatggaatggatgtgttttacaaagggacctctttgacgtacaagattattggaggggtacttgatttttacttctttgcagg |
50112078 |
T |
|
| Q |
544 |
acctacgcctctgaatgttgttgatcagtacacatccttcattggaagaccagctccaatgccttattgggcttttggtatgattcacttttcac |
638 |
Q |
| |
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| T |
50112077 |
acccacgcctcttagtgttgttgatcagtacacatccttcattggaagaccagctccaatgccttactgggcttttggtatgattcacttttcac |
50111983 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 992 - 1103
Target Start/End: Complemental strand, 50111188 - 50111077
Alignment:
| Q |
992 |
ataggattccaccaatgcagatggggttatcacaacctatctgttattgaagatgttgttgagaattacaagaaagctaaaattccacttgatgtgatat |
1091 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||| |
|
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| T |
50111188 |
ataggattccaccaatgcagatggggttatcacaacctatctgttgtagaagatgttgttgaaaattacaataaagccaaaattccactcgatgttatat |
50111089 |
T |
|
| Q |
1092 |
ggaatgatgatg |
1103 |
Q |
| |
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|||||||||||| |
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| T |
50111088 |
ggaatgatgatg |
50111077 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 143; Significance: 1e-74; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 218 - 628
Target Start/End: Original strand, 23930800 - 23931210
Alignment:
| Q |
218 |
ttcaaagaccaatacttagaaatttctaccaaattgcccaaaaatgcttctttgtatggtttaggagagaacacacaaccaaatggaatgaagttacatc |
317 |
Q |
| |
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| T |
23930800 |
ttcaaagaccaatatcttgagatttcaacaaaattacctaaagatgcatctttatatggtttgggagagaatacacaaccacatgggattaaattatatc |
23930899 |
T |
|
| Q |
318 |
caaatgatccttacactttgtatacaactgatatatcagctattaacctcaattctgatttatatggatcacatcctgtatacatggatctcagaaatta |
417 |
Q |
| |
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||| ||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||| | || |||||||| |||||| | |
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| T |
23930900 |
caagtgacccttatactttatatacaacagatatttcagctattaatcttaatgctgatttatatggatctcatcctatgtatatggatctgagaaataa |
23930999 |
T |
|
| Q |
418 |
tggtggaaaaccttatgcacatggtgttcttttattgaatagcaatggaatggatgtgttttacaaagggaactctttgacatacaagattattggagga |
517 |
Q |
| |
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|||||||||| ||| |||||||| |||| | || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| || ||| ||||||| || |
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| T |
23931000 |
tggtggaaaagcttctgcacatgctgttttgttgttgaatagtaatggaatggatgtgttttataaaggaacttctttgacttataaggttattggtggt |
23931099 |
T |
|
| Q |
518 |
atacttgatttttacttctttgcaggacctacgcctctgaatgttgttgatcagtacacatccttcattggaagaccagctccaatgccttattgggctt |
617 |
Q |
| |
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| |||||||||||||||| | ||||| || ||| ||||||| ||||||||||| || | || ||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |
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|
| T |
23931100 |
gtttttgatttttacttcttctctggaccaactcctttgaatgtggttgatcagtatactactttgattggaagaccagctgctatgccttactgggctt |
23931199 |
T |
|
| Q |
618 |
ttggtatgatt |
628 |
Q |
| |
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||||||||||| |
|
|
| T |
23931200 |
ttggtatgatt |
23931210 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 994 - 1095
Target Start/End: Original strand, 23933616 - 23933717
Alignment:
| Q |
994 |
aggattccaccaatgcagatggggttatcacaacctatctgttattgaagatgttgttgagaattacaagaaagctaaaattccacttgatgtgatatgg |
1093 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||| || | ||||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||| |
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|
| T |
23933616 |
aggattccaccaatgcagatggggatatcacaatctatcagttgttgaagatgttgtggatagttacaagaaggctcaaatcccacttgatgtgatctgg |
23933715 |
T |
|
| Q |
1094 |
aa |
1095 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
23933716 |
aa |
23933717 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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