View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16688_high_32 (Length: 390)

Name: NF16688_high_32
Description: NF16688
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16688_high_32
NF16688_high_32
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (6-291)||(35754973-35755258)
chr5 (18-273)||(35376583-35376838)
chr5 (18-273)||(35423842-35424097)
chr5 (1-268)||(35386166-35386433)
chr5 (1-268)||(35410827-35411094)
chr5 (29-285)||(35367042-35367298)
chr5 (33-168)||(35437199-35437334)
chr5 (93-138)||(10716902-10716947)
chr5 (93-138)||(10746977-10747022)
chr5 (334-374)||(35755407-35755446)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (6-274)||(29622892-29623159)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (18-296)||(10409731-10410009)
chr1 (1-285)||(10420326-10420610)
chr1 (1-268)||(10415456-10415723)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-270)||(30663176-30663444)
chr2 (1-270)||(30671856-30672124)
chr2 (1-270)||(30626225-30626493)
chr2 (93-138)||(17923365-17923410)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (33-157)||(1153932-1154056)
chr3 (223-268)||(1154060-1154105)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (144-269)||(15294046-15294171)
chr8 (144-269)||(15474415-15474540)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (93-138)||(12932481-12932526)
chr6 (93-138)||(12948846-12948891)
chr6 (98-138)||(12907397-12907437)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 6 - 291
Target Start/End: Original strand, 35754973 - 35755258
Alignment:
Q  6 atctcagcctcgcacaaaggatagacattgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgtgatgt 105  Q
    |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |    
T  35754973 atctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagaacaagtcgtagttcactgtgatat 35755072  T
Q  106 taaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaattaac 205  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||| |||||| |||     
T  35755073 taagccaagcaatgttcttcttgatgatgaaattgtagcccacttgggagactttggcctagctaggctcattcatggagctacagaacattcaagtaaa 35755172  T
Q  206 aataaggttaattcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctttctatcactaatttgtttctatc 291  Q
     || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||||| |||||    
T  35755173 gatcaagttaattcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcctggtaaagttcttttcatcacttatttgttactatc 35755258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 18 - 273
Target Start/End: Original strand, 35376583 - 35376838
Alignment:
Q  18 cacaaaggatagacattgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgtgatgttaaaccaagcaa 117  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  35376583 cacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaagccaagcaa 35376682  T
Q  118 tgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaattaacaataaggttaat 217  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || |  ||||| | ||||||||||||| ||| ||| | |||| |    
T  35376683 tgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcttagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaaatcaagttatt 35376782  T
Q  218 tcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctttctat 273  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  35376783 tcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctttctat 35376838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 273
Target Start/End: Original strand, 35423842 - 35424097
Alignment:
Q  18 cacaaaggatagacattgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgtgatgttaaaccaagcaa 117  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35423842 cacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaagcaa 35423941  T
Q  118 tgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaattaacaataaggttaat 217  Q
    |||||||||||||||||||  |||  ||||||| |||||||||||| |||||||| || |  ||||| | ||||||||||||| ||| ||| | |||| |    
T  35423942 tgttcttcttgatgatgacggtgtgacccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaaatcaagttatt 35424041  T
Q  218 tcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctttctat 273  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  35424042 tcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctttctat 35424097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Original strand, 35386166 - 35386433
Alignment:
Q  1 tcattatctcagcctcgcacaaaggatagacattgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgt 100  Q
    |||| |||||| |||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  35386166 tcataatctcaacctcacataaaggttagacattgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgt 35386265  T
Q  101 gatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaa 200  Q
    ||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||| |||||  ||||||    
T  35386266 gatcttaagccaagcaacgttcttcttgacgatgactttgtagcccacttgggagactttggcttggctaggatcattcttggaaccacagagcattcaa 35386365  T
Q  201 ttaacaataaggttaattcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctt 268  Q
     |||  || | |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  35386366 gtaaagatcaagttatttcctctactattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctt 35386433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Original strand, 35410827 - 35411094
Alignment:
Q  1 tcattatctcagcctcgcacaaaggatagacattgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgt 100  Q
    |||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  35410827 tcataatctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgagacagagcaagctgtagttcactgt 35410926  T
Q  101 gatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaa 200  Q
    ||| |||| || ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||  ||||||    
T  35410927 gatcttaagccgagcaacgttcttcttgacgatgactttgtagcccacttgggagactttggcttggctaggctcattcttggaaccacagagcattcaa 35411026  T
Q  201 ttaacaataaggttaattcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctt 268  Q
     |||  || | |||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  35411027 gtaaagatcaagttattttttctacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagctctt 35411094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 29 - 285
Target Start/End: Original strand, 35367042 - 35367298
Alignment:
Q  29 gacattgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttg 128  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||  ||    |||||||||||||| |||| || ||||| |||||||| |    
T  35367042 gacattgctcttgatgtagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctgg 35367141  T
Q  129 atgatgacattgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaattaacaataaggttaattcctctacaat 228  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||  |||||| |||  || | |||||||| || |||||    
T  35367142 acgatgacactgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcattcttggaaccagagaccattcaagtaaagatcaagttaattcttccacaat 35367241  T
Q  229 taagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctttctatcactaatttgtt 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35367242 taagggaactataggatatgttcctcctggtaaagttctttctatcacttatttgtt 35367298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 33 - 168
Target Start/End: Original strand, 35437199 - 35437334
Alignment:
Q  33 ttgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatga 132  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| || |  || ||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| || ||    
T  35437199 ttgctctcgatgtagcccatgcattggattatcttcaccataattcccatgaagctgtagttcactgtgatattaagccaagtaatgttcttctcgacga 35437298  T
Q  133 tgacattgtagcccacttgggagactttggcttagc 168  Q
    ||||||| | ||  |||| ||||| ||||| |||||    
T  35437299 tgacattattgcttacttaggagattttgggttagc 35437334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 10716947 - 10716902
Alignment:
Q  93 ttcactgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacat 138  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10716947 ttcattgtgatcttaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacat 10716902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 10747022 - 10746977
Alignment:
Q  93 ttcactgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacat 138  Q
    ||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10747022 ttcactgtgatctcaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacat 10746977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 334 - 374
Target Start/End: Original strand, 35755407 - 35755446
Alignment:
Q  334 taaaaaattgttgttgttttgaaaagagtatggagcaggtg 374  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35755407 taaagaattgttgttgttt-gaaaagagtatggagcaggtg 35755446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 157; Significance: 2e-83; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 6 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 29623159 - 29622892
Alignment:
Q  6 atctcagcctcgcacaaaggatagacattgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgtgatgt 105  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  29623159 atctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgt 29623060  T
Q  106 taaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaattaac 205  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |  || |  |||||| |||     
T  29623059 taagccaagcaatgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggattagctaggctcattaatggatcctcaaaccattcaagtaat 29622960  T
Q  206 aataaggttaattcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctttctatc 274  Q
     || |  ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  29622959 gatcaaattacttcttccacaattaagggaactataggatatgttcctcctggt-aagttctttctatc 29622892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 143; Significance: 5e-75; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 10410009 - 10409731
Alignment:
Q  18 cacaaaggatagacattgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgtgatgttaaaccaagcaa 117  Q
    |||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||| || |||||  |||  ||||||||||||||    
T  10410009 cacaaaggttagacattgttctcaacgtagctcatgcattggattatcttcacattgatgcagagcaagtggtggttcatagtggcgttaaaccaagcaa 10409910  T
Q  118 tgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaattaacaataaggttaat 217  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||| | |||||| |||||| |||  || | |||| |    
T  10409909 tgttcttctcgatgatgacaatgtagctcacttaggagactttggcttagctaggctaattcgtggagctacagaacattcaagtaaagatcaagttatt 10409810  T
Q  218 tcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctttctatcactaatttgtttctatccttca 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||    
T  10409809 tcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctttttatcacttatttatttctgtccttca 10409731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 10420610 - 10420326
Alignment:
Q  1 tcattatctcagcctcgcacaaaggatagacattgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgt 100  Q
    |||| |||||||||||  ||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||||| ||||   |||||||||||    
T  10420610 tcataatctcagcctcagacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcacttaattatcttcacaatggtacagagcaagccatagttcactgt 10420511  T
Q  101 gatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaa 200  Q
    ||| |||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||  ||||||    
T  10420510 gatattaagccgagcaacgttcttctggacgatgacattgtagctcacttgggagactttggcttagctaggctcattcttggaaccagagaccattcaa 10420411  T
Q  201 ttaacaataaggttaattcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctttctatcactaatttgtt 285  Q
     |||  || | |||||||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10420410 gtaaagatcaagttaattcttccacaatcaagggaagtataggatatgttcctcctggtaaagttctttctatcacttatttgtt 10420326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 10415723 - 10415456
Alignment:
Q  1 tcattatctcagcctcgcacaaaggatagacattgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgt 100  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  10415723 tcataatctcagcctggcacaaaggttagacatcgctcttgatctagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgt 10415624  T
Q  101 gatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaa 200  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | |||||  ||||||    
T  10415623 gatgttaagtcaagcaacgttcttcttgacgatgacgttgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcattcttggagccacagagcattcaa 10415524  T
Q  201 ttaacaataaggttaattcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctt 268  Q
     |||  || | || | ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||    
T  10415523 gtaaagatcaagtcatttcctctactattaaaggaactataggatatattcctactggtaaagctctt 10415456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 30663176 - 30663444
Alignment:
Q  1 tcattatctcagcctcgcacaaaggatagacattgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgt 100  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||  | |||||||||||||||    
T  30663176 tcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgt 30663275  T
Q  101 gatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaa 200  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||| | ||| ||||| | |||| ||||||||    
T  30663276 gatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagactttggattggcaaggttaattcatggagccacagcatattcaa 30663375  T
Q  201 ttaacaataaggttaattcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctttc 270  Q
     |    || | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  30663376 gtgtagatcaagttaattcgtccacaattaagggaactataggatatgttcctcctggt-aagttctttc 30663444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 30671856 - 30672124
Alignment:
Q  1 tcattatctcagcctcgcacaaaggatagacattgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgt 100  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||  | |||||||||||||||    
T  30671856 tcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgt 30671955  T
Q  101 gatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaa 200  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||| | ||| ||||| | |||| ||||||||    
T  30671956 gatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagactttggattggcaaggttaattcatggagccacagcatattcaa 30672055  T
Q  201 ttaacaataaggttaattcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctttc 270  Q
     |    || | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  30672056 gtgtagatcaagttaattcgtccacaattaagggaactataggatatgttcctcctggt-aagttctttc 30672124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 30626225 - 30626493
Alignment:
Q  1 tcattatctcagcctcgcacaaaggatagacattgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgt 100  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||  | ||||||||||| |||    
T  30626225 tcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcaatgt 30626324  T
Q  101 gatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaa 200  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||| | ||| ||||| | |||| ||||||||    
T  30626325 gatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagactttggattggcaaggttaattcatggagccacagcatattcaa 30626424  T
Q  201 ttaacaataaggttaattcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctttc 270  Q
     |    || | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  30626425 gtgtagatcaagttaattcgtccacaattaagggaactataggatatgttcctcctggt-aagttctttc 30626493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 17923410 - 17923365
Alignment:
Q  93 ttcactgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacat 138  Q
    |||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17923410 ttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacat 17923365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 33 - 157
Target Start/End: Original strand, 1153932 - 1154056
Alignment:
Q  33 ttgctcttgacgtagctcatgcattggattatcttcaccatgatacagatcaagttgtagttcactgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatga 132  Q
    ||||||||||  ||||||||||| | |||| ||||||| |||||||| | ||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  1153932 ttgctcttgatatagctcatgcacttgattttcttcacaatgatacaaagcaagttacagttcactgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatga 1154031  T
Q  133 tgacattgtagcccacttgggagac 157  Q
    ||||| |||||||||||||||||||    
T  1154032 tgacaatgtagcccacttgggagac 1154056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 268
Target Start/End: Original strand, 1154060 - 1154105
Alignment:
Q  223 tacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttctt 268  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1154060 tacaattaaaggaacaataggatatattcctcctggtaaagttctt 1154105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 144 - 269
Target Start/End: Original strand, 15294046 - 15294171
Alignment:
Q  144 cccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaattaacaataaggttaattcctctacaattaagggaactatagg 243  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | |||  |||||| |||  |||| |||| | ||||||  ||||| |||||||||||    
T  15294046 cccacttgggagactttggcttggctaggctcattcatggaaccatagagcattcaagtaaagataaagttattgcctctaagattaaaggaactatagg 15294145  T
Q  244 atatgttcctcccggtaaagttcttt 269  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||    
T  15294146 atatattcctcctggtaaagttcttt 15294171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 144 - 269
Target Start/End: Original strand, 15474415 - 15474540
Alignment:
Q  144 cccacttgggagactttggcttagctaggctcatttatggaacaacagaatattcaattaacaataaggttaattcctctacaattaagggaactatagg 243  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | |||  |||||| |||  |||| |||| | ||||||  ||||| |||||||||||    
T  15474415 cccacttgggagactttggcttggctaggctcattcatggaaccatagagcattcaagtaaagataaagttattgcctctaagattaaaggaactatagg 15474514  T
Q  244 atatgttcctcccggtaaagttcttt 269  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||    
T  15474515 atatattcctcctggtaaagttcttt 15474540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 138
Target Start/End: Original strand, 12932481 - 12932526
Alignment:
Q  93 ttcactgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacat 138  Q
    |||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12932481 ttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacat 12932526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 138
Target Start/End: Original strand, 12948846 - 12948891
Alignment:
Q  93 ttcactgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacat 138  Q
    |||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12948846 ttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacat 12948891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 98 - 138
Target Start/End: Original strand, 12907397 - 12907437
Alignment:
Q  98 tgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacat 138  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12907397 tgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacat 12907437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University