View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16688_low_63 (Length: 261)
Name: NF16688_low_63
Description: NF16688
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16688_low_63 |
 | |
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| [»] scaffold0097 (1 HSPs) |
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| [»] chr8 (3 HSPs) |
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| [»] chr6 (1 HSPs) |
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| [»] chr3 (2 HSPs) |
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| [»] chr2 (1 HSPs) |
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| [»] chr5 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0097 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: scaffold0097
Description:
Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Original strand, 21022 - 21270
Alignment:
| Q |
13 |
cataggatatccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
112 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
21022 |
cataggatacccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
21121 |
T |
|
| Q |
113 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
212 |
Q |
| |
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|
|
| T |
21122 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
21221 |
T |
|
| Q |
213 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
261 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
21222 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
21270 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Original strand, 22535570 - 22535818
Alignment:
| Q |
13 |
cataggatatccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
112 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
22535570 |
cataggatacccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
22535669 |
T |
|
| Q |
113 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
212 |
Q |
| |
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|
| T |
22535670 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
22535769 |
T |
|
| Q |
213 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
261 |
Q |
| |
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|
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| T |
22535770 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
22535818 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Original strand, 22530885 - 22531133
Alignment:
| Q |
13 |
cataggatatccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22530885 |
cataggatacccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataattgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
22530984 |
T |
|
| Q |
113 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22530985 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgataaacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
22531084 |
T |
|
| Q |
213 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
261 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22531085 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
22531133 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Original strand, 25993494 - 25993742
Alignment:
| Q |
13 |
cataggatatccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25993494 |
cataggatacccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctggttcacaaaataaatggctcacaaagg |
25993593 |
T |
|
| Q |
113 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25993594 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcgcgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
25993693 |
T |
|
| Q |
213 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
261 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25993694 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
25993742 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 33091679 - 33091431
Alignment:
| Q |
13 |
cataggatatccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33091679 |
cataggatacccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
33091580 |
T |
|
| Q |
113 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33091579 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
33091480 |
T |
|
| Q |
213 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
261 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33091479 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
33091431 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 20983771 - 20983523
Alignment:
| Q |
13 |
cataggatatccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20983771 |
cataggatacccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
20983672 |
T |
|
| Q |
113 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20983671 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
20983572 |
T |
|
| Q |
213 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
261 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20983571 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
20983523 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Original strand, 49367964 - 49368212
Alignment:
| Q |
13 |
cataggatatccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49367964 |
cataggatacccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgatgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
49368063 |
T |
|
| Q |
113 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
212 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
49368064 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacaatgaaaaaat |
49368163 |
T |
|
| Q |
213 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
261 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49368164 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
49368212 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Original strand, 20717185 - 20717433
Alignment:
| Q |
13 |
cataggatatccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20717185 |
cataggatacccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
20717284 |
T |
|
| Q |
113 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
212 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
20717285 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
20717384 |
T |
|
| Q |
213 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
261 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20717385 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
20717433 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 13 - 261
Target Start/End: Original strand, 13191316 - 13191564
Alignment:
| Q |
13 |
cataggatatccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
112 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13191316 |
cataggatgcccaaacagagcaagtgtataaatttatcacgatcacctaaaataaatgaaaattttgacgctagttcacaaaataaatggctcacaaagg |
13191415 |
T |
|
| Q |
113 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgatacacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13191416 |
attgatgttatgatacacataataaaaatgaaaagatcacgtgacaaataaaatttgataaacataactaaacatgcatagaagcatacggtgaaaaaat |
13191515 |
T |
|
| Q |
213 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
261 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13191516 |
aaatggggtagaaatgaggtaccttgtgaagcaaaatcgtagaaatgag |
13191564 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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