View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16688_low_9 (Length: 593)

Name: NF16688_low_9
Description: NF16688
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16688_low_9
NF16688_low_9
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-589)||(5390791-5391382)
chr1 (1-508)||(5399510-5400017)
chr1 (1-541)||(5394329-5394869)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (31-450)||(3818681-3819103)
chr3 (31-450)||(47338774-47339196)
chr3 (82-461)||(47347233-47347615)
chr3 (197-291)||(47349942-47350036)
chr3 (374-450)||(47349783-47349859)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 558; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Original strand, 5390791 - 5391382
Alignment:
Q  1 atccaacacaccctccactctcaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaatctct 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5390791 atccaacacaccctccactctaaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcacaatctct 5390890  T
Q  101 tcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacacct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5390891 tcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacacct 5390990  T
Q  201 tccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5390991 tccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatat 5391090  T
Q  301 taaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaaca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5391091 taaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaaca 5391190  T
Q  401 caaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttacccacct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5391191 caaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttacccacct 5391290  T
Q  501 gaataaaaatatagttcatctaattatataa---tagtgtatgttgtgacgtattttattgacaataatttgtttgtttagtataatctacc 589  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  5391291 gaataaaaatatagttcatctaattatataatagtagtgtatgttgtgacgtattttattgacaataatttgtttgtttagtttaatttacc 5391382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 508
Target Start/End: Original strand, 5399510 - 5400017
Alignment:
Q  1 atccaacacaccctccactctcaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaatctct 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399510 atccaacacaccctccactctaaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcacaatctct 5399609  T
Q  101 tcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacacct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399610 tcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacacct 5399709  T
Q  201 tccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399710 tccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatat 5399809  T
Q  301 taaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaaca 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399810 taaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaaca 5399909  T
Q  401 caaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttacccacct 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5399910 caaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcgttccttttttcttacccacct 5400009  T
Q  501 gaataaaa 508  Q
    ||||||||    
T  5400010 gaataaaa 5400017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 541
Target Start/End: Original strand, 5394329 - 5394869
Alignment:
Q  1 atccaacacaccctccactctcaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaatctct 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5394329 atccaacacaccctccagtctcaaactaaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcacaatctct 5394428  T
Q  101 tcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacacct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5394429 tcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacacct 5394528  T
Q  201 tccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatat 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  5394529 tccacaaatgtttccacttgaaaacatcaccattactgcaattgaatgcttcattctttgcgttaggatccgctgcaccccaaatatgttgttcggctat 5394628  T
Q  301 taaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaaca 400  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5394629 taaattagcatctgaagcagtagaataacactcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaaaggaagaccctcatgcttgcaaattgcggcgtaaaca 5394728  T
Q  401 caaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttacccacct 500  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5394729 caaagcgtgccaatgacgttcatcatgctataaggtgaaaatccaaagatggggtgtggtcgattaatgaaccatgtcgttccttttttcttacccacct 5394828  T
Q  501 gaataaaaatatagttcatctaattatataatagtgtatgt 541  Q
    ||| ||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  5394829 gaacaaatatattgttcatttaattatataataatgtatgt 5394869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 31 - 450
Target Start/End: Original strand, 3818681 - 3819103
Alignment:
Q  31 atctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaa 130  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||   |  |||  |||||||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||     
T  3818681 atctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgttacctgcaacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaac 3818780  T
Q  131 tccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacat 227  Q
    |||| |||| |||| |   ||||  |||| || || ||||| || || ||| ||||  |||| || |  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  3818781 tccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcctcaatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacat 3818880  T
Q  228 cgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaata 327  Q
    | ||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |  || ||||  ||||| |||||  |  | ||    
T  3818881 caccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccactgcagcccaaatatgttgttcagcaatcaaatctgcatcagaagccatgtagta 3818980  T
Q  328 acattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatg 427  Q
    |   ||||| ||    || |  || ||||| || || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||  ||||||||     
T  3818981 attctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccctcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcata 3819080  T
Q  428 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 450  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  3819081 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 3819103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 31 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 47339196 - 47338774
Alignment:
Q  31 atctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaa 130  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||   |  |||  |||||||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||     
T  47339196 atctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgtcacctgcaacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaac 47339097  T
Q  131 tccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacat 227  Q
    |||| |||| |||| |   ||||  |||| || || ||||| || || ||| ||||  |||| || |  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  47339096 tccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcctcaatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacat 47338997  T
Q  228 cgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaata 327  Q
    | ||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |  || |||| |||||| |||||  |  | ||    
T  47338996 caccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccactgcagcccaaatatgttgctcagcaatcaaatcagcatcagaagccatgtagta 47338897  T
Q  328 acattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatg 427  Q
    |   ||||| ||    || |  || ||||| || || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||  ||||||||     
T  47338896 attctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccctcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcata 47338797  T
Q  428 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 450  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  47338796 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 47338774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 82 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 47347615 - 47347233
Alignment:
Q  82 attctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatc 178  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |   ||||  |||| ||||| ||||| || || |||    
T  47347615 attctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaactccgacaacttcaaacgaggaccttcctcgtcaaacccatactcctcaatc 47347516  T
Q  179 tcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcac 278  Q
     ||||| |||| || || |||||||| |  |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||| ||||||||||||      
T  47347515 ccaaactgttccgccaaaaccttccatagttgtttccatctaaaaacatcaccattgctacagttaaaagcttcgttcttagcataaggatccactgcgg 47347416  T
Q  279 cccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatg 378  Q
    ||||||||||||| || |  || ||||  ||||| |||||    |||||| | ||||| ||  | ||||  || |||||  | || |||| ||| || ||    
T  47347415 cccaaatatgttgctctgcaatcaaatccgcatcagaagccacagaataagactcccaagctccctttgtaccgggaaatttcaacggaacaccttcgtg 47347316  T
Q  379 cttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtc 461  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||  || ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  47347315 cttgcaaattgcagcataaacacaaagtgtaccaacgagattcatcaaactataaggtgaaaatccaaatataacttgaggtc 47347233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 197 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 47350036 - 47349942
Alignment:
Q  197 accttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttg 291  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| |||| || |||||||||| ||||||| |||||    
T  47350036 accttccacaattgtttccacctaaaaacatcaccattgctacaattgaacgcttcattcttagcataagtatccactgcagcccaaatgtgttg 47349942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 374 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 47349859 - 47349783
Alignment:
Q  374 tcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagat 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |  |||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  47349859 tcatgcttgcaaattgcagcgtaaaggcaaagcgtgccaacaacattcatcaaactgtaaggtgagaatccaaagat 47349783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University