View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16689_high_12 (Length: 335)

Name: NF16689_high_12
Description: NF16689
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16689_high_12
NF16689_high_12
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (16-335)||(19279024-19279343)
chr1 (82-329)||(12963797-12964044)
chr1 (16-329)||(13080721-13081034)
chr1 (17-335)||(13271603-13271921)
chr1 (19-335)||(13086124-13086440)
chr1 (88-335)||(13204476-13204723)
chr1 (16-308)||(13244377-13244669)
chr1 (88-335)||(13007217-13007464)
chr1 (88-335)||(13094416-13094663)
chr1 (88-332)||(13070104-13070348)
chr1 (88-335)||(13129845-13130092)
chr1 (86-335)||(13065139-13065388)
chr1 (88-335)||(13101017-13101264)
chr1 (88-335)||(13161538-13161785)
chr1 (88-335)||(30368036-30368283)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (109-146)||(36668331-36668368)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 16 - 335
Target Start/End: Original strand, 19279024 - 19279343
Alignment:
Q  16 attattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggag 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19279024 attattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataatttgatcacaaattttagtgtgaaagagcttgataagctagtttatcttcatggag 19279123  T
Q  116 ctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaa 215  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19279124 ctatatgtgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatatactacctagtggagaccatgttagtctaaa 19279223  T
Q  216 tacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaataga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  19279224 tacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctagaatttcggcctgagagatggatatcggataga 19279323  T
Q  316 ggacaaattatacatgtacc 335  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  19279324 ggacaaattatacatgtacc 19279343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 82 - 329
Target Start/End: Original strand, 12963797 - 12964044
Alignment:
Q  82 aaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccg 181  Q
    |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| || |    
T  12963797 aaagggcttgataagcttgtttatcttcatggagctatttgtgaagctttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcaattaaatcag 12963896  T
Q  182 atacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcct 281  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |    
T  12963897 atatattacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgctt 12963996  T
Q  282 ggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattataca 329  Q
    |||||||  ||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  12963997 ggaatttaagcctgaaagatggatatcaaatagaggagaaattataca 12964044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 329
Target Start/End: Original strand, 13080721 - 13081034
Alignment:
Q  16 attattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggag 115  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||||||| | | || || ||||  ||| | |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13080721 attattcaagagatcaaagataattgtttaaaacacgatgagaattttatcgctaatttaggtgtggaagagcttgataagctagtttaccttcatggag 13080820  T
Q  116 ctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaa 215  Q
    | |||| ||||||||||||||| |||||  ||||| ||||| | |||||||||||  | || || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13080821 ccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtccaaa 13080920  T
Q  216 tacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaataga 315  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||  ||| ||||||||||||||  |||||    
T  13080921 tacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagataga 13081020  T
Q  316 ggacaaattataca 329  Q
    ||||||||||||||    
T  13081021 ggacaaattataca 13081034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 13271921 - 13271603
Alignment:
Q  17 ttattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagc 116  Q
    |||||||||||||||| | | | ||| ||||| ||||||| |||| |||||  ||||| | |||  || |  ||||||||||  |||||||||||| |||    
T  13271921 ttattcaagagatcaaagatcattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagctgatttaccttcatgcagc 13271822  T
Q  117 tatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaat 216  Q
    ||||| |||| |||| || |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||     
T  13271821 tatatgtgaaaccttgagactttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaac 13271722  T
Q  217 acaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagag 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||| |||| |||  ||| ||||||||||||||  ||| ||    
T  13271721 acaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaagaatggaacatgtatggggtggtgattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagataaag 13271622  T
Q  317 gacaaattatacatgtacc 335  Q
    |||||||||||||||||||    
T  13271621 gacaaattatacatgtacc 13271603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 13086440 - 13086124
Alignment:
Q  19 attcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggagcta 118  Q
    ||||||||||| || | ||| ||| || || | |||||||||| | |||| ||||| || ||  || ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13086440 attcaagagataaaagataattgtctatcacatgaggataatttggtcactaatttaagagttgaaaagcttaataaactagtgtaccttcatggagcta 13086341  T
Q  119 tatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaatac 218  Q
    ||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| | ||  | |||| |||||||||||||||  ||||||  ||||||||    
T  13086340 tatgtgaagcattgaggctttatcctcctgtaccatttcagcacaagtgtgcaatcaaagctgatatactacctagtggagattatgttaaaccaaatac 13086241  T
Q  219 aaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatcgaatagagga 318  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| || | ||||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||    
T  13086240 taagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatgaaacaaatatggggtaaggatcgcttcgaatttaagcccgagagatggatatcagataaagga 13086141  T
Q  319 caaattatacatgtacc 335  Q
    || ||| | ||||||||    
T  13086140 catattttgcatgtacc 13086124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 88 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 13204723 - 13204476
Alignment:
Q  88 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 187  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||    
T  13204723 cttgataagctagtgtaccttcatggagctatatgtgaagccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatac 13204624  T
Q  188 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 287  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  13204623 tacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13204524  T
Q  288 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 335  Q
    |  ||| ||||||||| ||||  | | |||||| ||||||||||||||    
T  13204523 taagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgtacc 13204476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 308
Target Start/End: Original strand, 13244377 - 13244669
Alignment:
Q  16 attattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatggag 115  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||| ||||| ||||||| ||||  ||||  ||||| |  ||| || || |||||||||| ||||||||||||||||    
T  13244377 attattcaagagatcaaagataattgtctaacacaagaggagaatttaatcaataatttaaacgtggaaaagattgataagcttgtttaccttcatggag 13244476  T
Q  116 ctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtccaaa 215  Q
    | |||| |||| |||| ||||| ||||| ||| |  ||||| | |||||||| ||  | || || |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  13244477 ccatatgtgaaaccttgaggctatatcctcctctggcatttcagcacaagtgcgctatcaaatctgatatactacctagtggagaacatgttggtccaaa 13244576  T
Q  216 tacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatttcggcccgagagatggatatc 308  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||| || |||||||||||    
T  13244577 tacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatgcaacaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatc 13244669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 88 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 13007464 - 13007217
Alignment:
Q  88 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 187  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | |||||||||| ||    
T  13007464 cttgataagctagtgtacctccatggagctctatgtgaagccatgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaattccgatatac 13007365  T
Q  188 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 287  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  13007364 tacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13007265  T
Q  288 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 335  Q
    |  ||| ||||||||| | ||  | |||||||| ||||||||||||||    
T  13007264 taagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtacc 13007217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 88 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 13094663 - 13094416
Alignment:
Q  88 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 187  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | || || |||| ||    
T  13094663 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatctgatatac 13094564  T
Q  188 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 287  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  13094563 tacctagtggataccatgttactccaaatacaactttaatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13094464  T
Q  288 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 335  Q
    |  ||| ||||||||||||||  | || ||| | ||||||||||||||    
T  13094463 taagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtacc 13094416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 88 - 332
Target Start/End: Original strand, 13070104 - 13070348
Alignment:
Q  88 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 187  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||    
T  13070104 cttgataatctagtgtaccttcatggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatac 13070203  T
Q  188 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 287  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  13070204 tacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13070303  T
Q  288 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgt 332  Q
    |  ||| ||||||||| ||||  | | |||||| |||||||||||    
T  13070304 taagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgt 13070348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 88 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 13130092 - 13129845
Alignment:
Q  88 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 187  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||| || |  ||| || | || || |||| ||    
T  13130092 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgttcaatcaaatctgatatac 13129993  T
Q  188 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 287  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||  || || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  13129992 tacctagtggataccatgttagtccaaatacaactttgatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13129893  T
Q  288 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 335  Q
    |  ||| ||||||||||||||  | || ||| | ||||||||||||||    
T  13129892 taagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtacc 13129845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 86 - 335
Target Start/End: Original strand, 13065139 - 13065388
Alignment:
Q  86 agcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatac 185  Q
    |||||||||| ||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  | || || |||| |||| | ||  | ||||     
T  13065139 agcttgataaactaatttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatat 13065238  T
Q  186 actacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaa 285  Q
    ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| | || |||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| || || ||| |||||    
T  13065239 acttcctagtggagtccatgtaagtccaaatacaaggatattatactatttgtattcaatgggaaggatggagaaaatatggggagaagactgcatggaa 13065338  T
Q  286 tttcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 335  Q
    |||  ||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  13065339 tttaagcctgagagatggatatcaaaaagcggacaaattatacatgtacc 13065388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 88 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 13101264 - 13101017
Alignment:
Q  88 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 187  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |  ||| || | || ||||||| ||    
T  13101264 cttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatatgttcaatcaaatccgatatac 13101165  T
Q  188 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 287  Q
    | ||||||||||| | | ||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  13101164 ttcctagtggagagcgttttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatt 13101065  T
Q  288 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 335  Q
    |  ||| ||||||||| | ||  | |||||||| ||||||||||||||    
T  13101064 taagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtacc 13101017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 88 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 13161785 - 13161538
Alignment:
Q  88 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 187  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||    
T  13161785 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatccacctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatac 13161686  T
Q  188 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 287  Q
    ||||||||||||| | | |||||||||||||||  ||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| || || ||| |||||||    
T  13161685 tacctagtggagaacgtattagtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatt 13161586  T
Q  288 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 335  Q
    |  ||| ||||||||||||||  | || ||| | ||||||||||||||    
T  13161585 taagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtacc 13161538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 88 - 335
Target Start/End: Original strand, 30368036 - 30368283
Alignment:
Q  88 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 187  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| || | ||| | |||||  ||||||| ||||| |  |   ||||| | || || |||| ||    
T  30368036 cttgataagctagtctacctccatggagctatatgtgaatccatgaggttgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatac 30368135  T
Q  188 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctggaatt 287  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||||| |||||||    
T  30368136 tacctagtggagagaatgttagtccaaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaaaaaatatggggagaagattgcatggaatt 30368235  T
Q  288 tcggcccgagagatggatatcgaatagaggacaaattatacatgtacc 335  Q
    |  ||| ||||||||| ||||  | |||||||| ||||||||||||||    
T  30368236 taagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattatacatgtacc 30368283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 36668368 - 36668331
Alignment:
Q  109 catggagctatatttgaagccttaaggctttatccacc 146  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36668368 catggagctttatgtgaagccttaaggctttatccacc 36668331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University