View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16689_high_6 (Length: 391)

Name: NF16689_high_6
Description: NF16689
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16689_high_6
NF16689_high_6
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (13-364)||(11780115-11780467)
chr1 (34-206)||(10424593-10424765)
chr1 (34-204)||(1624838-1625008)
chr1 (58-117)||(30731478-30731537)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (22-364)||(17158540-17158886)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (16-357)||(14977470-14977814)
chr6 (149-320)||(11776308-11776482)
chr6 (149-205)||(9352421-9352477)
chr6 (149-197)||(24353638-24353686)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-337)||(12101751-12102070)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (34-320)||(5781902-5782191)
chr5 (34-320)||(19069420-19069709)
chr5 (46-143)||(17763963-17764060)
chr5 (149-206)||(11724701-11724758)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (39-206)||(16311632-16311799)
chr3 (39-206)||(18488416-18488583)
chr3 (39-206)||(18492626-18492793)
chr3 (54-217)||(19829018-19829181)
chr3 (68-206)||(16314023-16314161)
chr3 (68-206)||(18495017-18495155)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (50-206)||(17459431-17459587)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 13 - 364
Target Start/End: Original strand, 11780115 - 11780467
Alignment:
Q  13 acatcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacat 112  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780115 acatcatcgtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagctcctgtgggcgcgaatgattatgttccacat 11780214  T
Q  113 catccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  11780215 catccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgcttcactctctcagaatgcatttcatc 11780314  T
Q  213 atgcaa-ccgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgt 311  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11780315 atgcaatcggggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaacgctgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaagatgt 11780414  T
Q  312 tgacgacaatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactg 364  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11780415 tgacgacaatgatgtcctgggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactg 11780467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 34 - 206
Target Start/End: Original strand, 10424593 - 10424765
Alignment:
Q  34 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 133  Q
    ||||||||||||||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |    
T  10424593 gatgaatgtggtacacgctcgtaggaacccttaggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagaga 10424692  T
Q  134 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 206  Q
    |||| || || ||  ||||||||||  |||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||    
T  10424693 catcatccaccacggggttctccaatacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactctctcagaatgcac 10424765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 34 - 204
Target Start/End: Original strand, 1624838 - 1625008
Alignment:
Q  34 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 133  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||| | |||| ||||  ||| ||||||||||||||  | |||||   ||| |    
T  1624838 gatgaatgtggtacacgctcgtgggaacccttgggactctcgaccagctcccgcgggctcgaactattgtgttccacatcatcataaagcgtaacagtga 1624937  T
Q  134 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgc 204  Q
    |||| || ||     ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||| |||||    
T  1624938 catcatccaccgtggggttccccaacacctcccgcgatgtcagatgcaactgttctactctctcaaaatgc 1625008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 58 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 30731537 - 30731478
Alignment:
Q  58 gcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatcc 117  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||||||| |||||    
T  30731537 gcacccttgggactctccaccagctcctgtgggctcacatgatcatgttccacaccatcc 30731478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 22 - 364
Target Start/End: Original strand, 17158540 - 17158886
Alignment:
Q  22 tgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgaga 121  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  | ||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17158540 tgcttaacaattgatgaatgtagtacatgctcatggtcccccttgggactctccaccaactactaggggtgcgaatgattatgctccacatcatccgaga 17158639  T
Q  122 gcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctcc-actctctcagaatgcacttcatcatgc---a 217  Q
    | || | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||   |    
T  17158640 gtgtcgcagtaacatcgtcaaccacagggttctccaactcctcccgcgatatcggatgcgactgatcccactctctcagaatgcacttcatcgtgcgcaa 17158739  T
Q  218 accgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacga 317  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  17158740 actaggaaacaatttcaaacactggcgtagcgagtggcagcttttcactagaaatgttgtcaaacacgttatgtagtggaaagctgaaaggtgttgacga 17158839  T
Q  318 caatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagtaacaactg 364  Q
    |||||| ||| | ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  17158840 caatgacgtcttgggcatagggactgtcaactgagaagtaacaactg 17158886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 14977814 - 14977470
Alignment:
Q  16 tcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcat 115  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  |||||||||||||||||||||||    
T  14977814 tcatcatgctaaacaatggatgaatgtggaacatgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcggggtcgaatgattatgttccacatcat 14977715  T
Q  116 ccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat- 214  Q
      || ||||| | |||||||||||||||     || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |     
T  14977714 aagatagcgtagcagtaacatcgtcaaccgttgggatctgcacctcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcggaatgcacgtcatcgtg 14977615  T
Q  215 -gcaac-cgggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgtt 312  Q
     |||||  |||| ||||  |||| |||||| ||||||  | ||| || ||||||||||||  | ||||||| ||| || | ||| ||||| |||||||||    
T  14977614 cgcaactggggacacaaactcaatcactggtgtagcttctggcaacttctcactagaaatactatcaaacatgttgtgtaatgggaagctaaaagatgtt 14977515  T
Q  313 gacgacaatgatgtcctaggcatagggaccgtcatatgagaagta 357  Q
    || ||||| || ||||| |||| ||||||| |||| |||||||||    
T  14977514 gatgacaaagacgtcctgggcacagggaccatcatctgagaagta 14977470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 149 - 320
Target Start/End: Original strand, 11776308 - 11776482
Alignment:
Q  149 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatg--caac-cgggaaacaatttcaaacactggcgt 245  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||  |||||||||  || |||||||| ||    
T  11776308 ggttctccaactcctcccgcgatgactgatgcaactgctccactctctcagaatgcacatcatcgtgcacaacaggggaaacaacctctaacactggtgt 11776407  T
Q  246 agctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 320  Q
    | |  || ||| |||||||  |||||| ||||||||| | ||||| | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  11776408 aacatgtggcaactcctcatgagaaattttgtcaaacgcattatgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 11776482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 205
Target Start/End: Original strand, 9352421 - 9352477
Alignment:
Q  149 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgca 205  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||    
T  9352421 ggttctccaacacctctcgcgatgtcagacgcaactgttccactctctcagaatgca 9352477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 197
Target Start/End: Original strand, 24353638 - 24353686
Alignment:
Q  149 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctc 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  24353638 ggttctccaactcctcccgcgatgtctgatgcaactgcttcgctctctc 24353686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 12102070 - 12101751
Alignment:
Q  16 tcatcttgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattat----gttccaca 111  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    ||||||||    
T  12102070 tcatcgtgctcaacaattgatgaatgtggtacatgctcataggcacccttgggactctccaccagctcccgggggcgcgaatgattatatatgttccaca 12101971  T
Q  112 tcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcat 211  Q
    |         |  | | ||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  12101970 t---------gtatcgtagtaacatcgtcagccatggggttctccaactcctcccgcgatgtcgaatgtgtttgctccgctctctcaggatgcacgtcat 12101880  T
Q  212 catgcaacc---gggaaacaatttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaaga 308  Q
    | ||||      |||||| ||||||||||||| | || ||| || | |||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12101879 cgtgcacaattggggaaataatttcaaacactcgtgttgcttgtggtagctcctcgctagaaatattgttaaacacgttatgtagtggaaagctgaaaga 12101780  T
Q  309 tgttgacgacaatgatgtcctaggcatag 337  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  12101779 tgttgacgacaatgacgtcataggcatag 12101751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 34 - 320
Target Start/End: Original strand, 5781902 - 5782191
Alignment:
Q  34 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 133  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||    
T  5781902 gatgaacgtgatacacgctcatgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggatcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaa 5782001  T
Q  134 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 230  Q
    |||| || ||    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||||||     
T  5782002 catcatccaccgtgtggttctccaactccttccgcgatgtctgatgcaactgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaagggaaacaac 5782101  T
Q  231 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 320  Q
     || ||||||||||||||   | |||||||||||  ||||||  | |  ||||| || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  5782102 ctctaacactggcgtagcacatggcagctcctcaggagaaattctattgaacacattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 5782191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 320
Target Start/End: Original strand, 19069420 - 19069709
Alignment:
Q  34 gatgaatgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaa 133  Q
    |||||||||| || | ||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||||||||| |||||||||||||  || || ||   |||||    
T  19069420 gatgaatgtgatatacgctcatggaaacccttgggactctccaccagctcctgcgggatcgaatgattgtgttccacatcattagaaagggtaacagtaa 19069519  T
Q  134 catcgtcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcat--gcaac-cgggaaacaat 230  Q
    |||| || ||     |||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| |  |||||  |||||| ||     
T  19069520 catcttccaccgtggggttctccaactcctctcgcgatgtctgatgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgcgcaacaggggaaataac 19069619  T
Q  231 ttcaaacactggcgtagctagtagcagctcctcactagaaatgttgtcaaacacgttatgcagtggaaagctgaaagatgttgacgacaa 320  Q
     || ||||||||||||||  || ||||||||| |  |||||| ||||||||| | || || | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  19069620 ctctaacactggcgtagcacgtggcagctccttaggagaaattttgtcaaacgcattgtgtaatggaaagctgaaagagtttgacgacaa 19069709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 46 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 17764060 - 17763963
Alignment:
Q  46 acatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaac 143  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||| |   ||   |||||||||||||||||||||| || ||||| | ||||||||| |||||    
T  17764060 acatgctcatgggaacccttgagactctccaccagctcccgccagcttaaatgattatgttccacatcatcagaaagcgtagcagtaacatcatcaac 17763963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 149 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 11724758 - 11724701
Alignment:
Q  149 ggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 206  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||  |||||| |||||||||    
T  11724758 ggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgctctgctctcttagaatgcac 11724701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 39 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 16311799 - 16311632
Alignment:
Q  39 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 138  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  16311799 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 16311700  T
Q  139 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 206  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16311699 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16311632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 39 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 18488583 - 18488416
Alignment:
Q  39 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 138  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18488583 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18488484  T
Q  139 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 206  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18488483 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18488416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 39 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 18492793 - 18492626
Alignment:
Q  39 atgtggtacatgctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcg 138  Q
    ||||| |||| |||| | || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  |||||     
T  18492793 atgtgatacacgctcgtaggaacccttgggactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatca 18492694  T
Q  139 tcaactacatggttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 206  Q
    || || ||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18492693 tccaccacggggttctccaacacctcccgcgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18492626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 54 - 217
Target Start/End: Original strand, 19829018 - 19829181
Alignment:
Q  54 atgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttc 153  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||   |||||||||||  |||    |||||    
T  19829018 atgggaacccttgggactctccaccagctcccgcgggttcgaatgattgtgttccacatcatcagaaagtgtaacagtaacatcgttcactgtggggttc 19829117  T
Q  154 tccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcacttcatcatgca 217  Q
    ||||||||| || | |||||| | ||| || ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  19829118 tccaactccccctgtgatgtctggtgcaaccgctcctctctctcagaatgcacgtcatcgtgca 19829181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 68 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 16314161 - 16314023
Alignment:
Q  68 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 167  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  16314161 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 16314062  T
Q  168 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 206  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  16314061 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 16314023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 68 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 18495155 - 18495017
Alignment:
Q  68 gactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatggttctccaactcctcccg 167  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||   ||  ||||| || || ||  ||||||||||| |||||||    
T  18495155 gactctccaccagctcccgtgggcgcgaacgattatattccacatcatcagaaagcgtaacagagacatcatccaccacggggttctccaacacctcccg 18495056  T
Q  168 cgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 206  Q
     |||||| ||||| | || |||||| ||||| |||||||    
T  18495055 tgatgtcagatgcaattgttccactttctcaaaatgcac 18495017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 50 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 17459587 - 17459431
Alignment:
Q  50 gctcatgggcacccttcggactctccaccagatcctgtgggcgcgaatgattatgttccacatcatccgagagcgttggagtaacatcgtcaactacatg 149  Q
    ||||||||| ||| ||  ||||||||||||  ||| | |||| ||||||||| |||||||||||||  || |||||   ||| |||||||| ||||   |    
T  17459587 gctcatggggaccgttgagactctccaccatctcccgcgggctcgaatgattgtgttccacatcattagaaagcgtaacagtgacatcgtccactatggg 17459488  T
Q  150 gttctccaactcctcccgcgatgtcggatgcgactgctccactctctcagaatgcac 206  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||  ||||||| ||||||||    
T  17459487 gttctccaacttttcccgcgatgtcggatgcaattgctctgctctctcggaatgcac 17459431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University