View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16690_high_5 (Length: 376)

Name: NF16690_high_5
Description: NF16690
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16690_high_5
NF16690_high_5
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (18-376)||(7323966-7324320)
chr3 (18-372)||(2635883-2636234)
chr3 (18-269)||(2492262-2492513)
chr3 (18-321)||(2476796-2477095)
chr3 (18-335)||(754186-754498)
chr3 (18-230)||(2644031-2644245)
chr3 (18-340)||(2631519-2631839)
chr3 (19-238)||(7333927-7334145)
chr3 (92-376)||(7318448-7318728)
chr3 (16-251)||(7442635-7442868)
chr3 (18-175)||(9561716-9561874)
chr3 (18-335)||(9565406-9565718)
chr3 (18-251)||(2658802-2659035)
chr3 (18-179)||(2502364-2502525)
chr3 (18-372)||(9594146-9594495)
chr3 (148-372)||(767810-768029)
chr3 (18-237)||(666829-667047)
chr3 (18-113)||(768120-768215)
chr3 (271-339)||(2643936-2644004)
chr3 (229-346)||(7442515-7442627)
chr3 (28-126)||(43992135-43992233)
chr3 (98-178)||(9608057-9608138)
chr3 (271-314)||(7423856-7423899)
chr3 (294-339)||(7333849-7333894)
chr3 (18-75)||(7942650-7942707)
chr3 (99-127)||(9586959-9586987)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-179)||(41456254-41456416)
[»] scaffold0097 (3 HSPs)
scaffold0097 (133-227)||(34243-34336)
scaffold0097 (288-372)||(34332-34416)
scaffold0097 (21-84)||(34168-34231)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (92-179)||(20301673-20301761)
chr5 (92-179)||(20306086-20306174)
chr5 (92-179)||(20310490-20310578)
chr5 (92-179)||(20293226-20293314)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (99-188)||(39299222-39299312)
[»] scaffold0044 (1 HSPs)
scaffold0044 (21-126)||(89311-89416)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (18-75)||(33020478-33020535)
chr2 (326-372)||(33038687-33038733)
chr2 (131-179)||(33020630-33020678)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 7324320 - 7323966
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7324320 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttga 7324221  T
Q  118 tatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttatttgatttacgcctgctctgatttttgttgacttgttagat 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7324220 tatcaccttaagctgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttgtttgttttacgcctgctctgatttttgttgacttgttggat 7324121  T
Q  218 cattgttaatctaatggttgatggaatctatagggttgaaaatgacttttatatattttcatcagtttgattaatttgagttgttgattctctcacatat 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7324120 cattgttaatctaatggttgatggaatctatagggttgaaaatgacttt----tattttcatcagtttgattaatttgagttgttgattctctcacatat 7324025  T
Q  318 tgcatgatattttaaatagttcaaaatcaaatattgtattaaatgctttgtcattcgat 376  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7324024 tgcattatattttaaatagttcaaaatcaaatattgtattaaatgctttgtcattcgat 7323966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 372
Target Start/End: Original strand, 2635883 - 2636234
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttga 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  2635883 aagttggttgtttacgattccaaaaatggtactttaaatattcccgagtttcaaaacaactatgaacagatatacccaaatgtctacattgcgagtttga 2635982  T
Q  118 tatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttattt--gatttacgcctgctctgatttttgttgacttgttag 215  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |  ||| ||||  ||||||| ||| |||||||||||    
T  2635983 tatcaccttaagttgggattcatctgcaacatatatatggttagtttttgtctgtgttatttatgtattatgcctaatctgattcttggtgacttgttag 2636082  T
Q  216 atcattgttaatctaatggttgatggaatctatagggttgaaaatgacttttatatattttcatcagtttgattaatttgagttgttgattctctcacat 315  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||   ||||||||  |||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  2636083 atcattgttaatc-aatggttgatggaatctatagg-ttgaacattgctttt---tattttcagtagtttggttaatttgtgttgttgattctctcacat 2636177  T
Q  316 attgcatgatattttaaatagttcaaaatcaaatattgtattaaatgctttgtcatt 372  Q
     |||||  ||||||||||||||||  |||||   |||| |||||| | |||||||||    
T  2636178 cttgcactatattttaaatagttcgcaatcatcaattgcattaaaaggtttgtcatt 2636234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 269
Target Start/End: Original strand, 2492262 - 2492513
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttga 117  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  || | ||||||||||||||||||||||||    
T  2492262 aagttggttgtttatgattccaagactgatactttgaatattccagagtttcaaaacaactatgaaccggaatactcaaatgtctacattgagagtttga 2492361  T
Q  118 tatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttatttgatttacgcctgctctgatttttgttgacttgttagat 217  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||    
T  2492362 tatcaccttaagctgggattcaactgcggcatatatatggttagtttttgtgtgtgttatttattttacgcatgctctgatttttcttgacttgttggat 2492461  T
Q  218 cattgttaatctaatggttgatggaatctatagggttgaaaatgacttttat 269  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  2492462 cattgttaatctaatggttaatggaatctaaatggttgaaaatgacttttat 2492513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 321
Target Start/End: Original strand, 2476796 - 2477095
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttga 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  2476796 aagttggttgtttacgattccaaaactggtacttcgaatattcctgagtttcaaaacaaatatgacctgatatactcaaatgtctacattgagagtttga 2476895  T
Q  118 tatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagttt--ttgtttgtgttatttgatttacgcctgctctgatttttgttgacttgttag 215  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||  |||| ||||||| ||| | ||| | | ||||| |    
T  2476896 tatcaccttaagctgggattcaactccaacatatatatggttagttttctttgttgtgttatttattttatgcctgctttgagtcttggttatttgttgg 2476995  T
Q  216 atcattgttaatctaatggttgatggaatctatagggttgaaaatgacttttatatattttcatcagtttgattaatttgagttgttgattctctcacat 315  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||    ||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2476996 atcattgttaatc-aatggttgatggaatctata-ggttgaacattgcttt----tattttcaatagtttggttagtttgagttgttgattctctcacat 2477089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 754498 - 754186
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttga 117  Q
    ||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || || |||||||||||||||||||||    
T  754498 aagttggttgtttatgattccaagactggtactctgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacaaataggctcagatgtctacattgagagtttga 754399  T
Q  118 tatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgt-ttgtgttatttgatttacgcctgctctgatttttgttgacttgttaga 216  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||| | ||| | ||||| ||| ||| ||||| ||    
T  754398 tatcaccttaagcaaggattcaactgcaacatatacatggttagtttttgtattgtgttatttattttatgtctgatttgattcttggtgatttgttgga 754299  T
Q  217 tcattgttaatctaatggttgatggaatctatagggttgaaaatgacttttatatattttcatcagtttgattaatttgagttgttgattctctcacata 316  Q
    |||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||| | || |||||    ||||||||  ||| || |||||||||||||||||||||||   ||     
T  754298 tcattgctaatc-aatggttgagggaatctata-ggttggacattacttt----tattttcaatagtatggttaatttgagttgttgattctctttaatc 754205  T
Q  317 ttgcatgatattttaaata 335  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  754204 ttgcattatattttaaata 754186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 2644245 - 2644031
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttga 117  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  2644245 aagttggttgtttatgattccaaaactggcacattgaatattcctgagtttcaaaacaaatatgacctgatatactcaaatgtctacattgagagtttga 2644146  T
Q  118 tatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttattt-gat-ttacgcctgctctgatttttgttgacttgttag 215  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||| ||||||||| ||| ||| | |||||||||    
T  2644145 tatcaccttaagctgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtctgtgttatttatatgttatgcctgctctaattcttgattacttgttag 2644046  T
Q  216 atcattgttaatcta 230  Q
    |||||| ||||||||    
T  2644045 atcattattaatcta 2644031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 340
Target Start/End: Original strand, 2631519 - 2631839
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttga 117  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| || ||| ||||||||||||||||| |    
T  2631519 aagttggttgtctacgattccaaaactggtatttttaatattcttgagtttcaaaacaactatgaacatatatcccaaaaagtctacattgagagtttaa 2631618  T
Q  118 tatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagtttt-tgtttgtgtta-----tttgatttacgcctgctctgatttttgttgacttg 211  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||     |||  |||| | ||||| ||||| ||  |||||||    
T  2631619 tatcaccttaagctgggattcaactgcaacatatacatggttagttttatgtttatgttatttattttattttatgtctgctttgattcttagtgacttg 2631718  T
Q  212 ttagatcattgttaatctaatggttgatggaatctatagggttgaaaatgacttttatatattttcatcagtttgattaatttgagttgttgattctctc 311  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||   ||||||||  |||||| ||||||||||||||   | |||||    
T  2631719 ttggatcattgttaatc-aatggttgatggaatctgta-ggttgaaaattgctttt---tattttcaatagtttggttaatttgagttgt---tactctc 2631810  T
Q  312 acatattgcatgatattttaaatagttca 340  Q
    |||| |||||  |||||||||||||||||    
T  2631811 acatcttgcactatattttaaatagttca 2631839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 7334145 - 7333927
Alignment:
Q  19 agttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttgat 118  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||    
T  7334145 agttggttgtttatgatcccaaaactggtactttaaatatccctgagtttcaaaacaactataaactgatagactcaaatgtctacattgagagtttgat 7334046  T
Q  119 atcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttatttgatttacgcctgctctgatttttgttgacttgttagatc 218  Q
    ||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||  |||||| ||||| ||  ||||||||||||||    
T  7334045 atcgccctaagctgggattcaacggcaacatatatatggttagtttttatttgtgttatttattttatccctgctttgattattcatgacttgttagatc 7333946  T
Q  219 attgttaatctaatggttga 238  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  7333945 attgttaatc-aatggttga 7333927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 92 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 7318728 - 7318448
Alignment:
Q  92 cccaaatgtctacattgagagtttgatatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagt-ttttgtttgtgttattt-gat-ttacgc 188  Q
    |||||| || || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || ||| ||    
T  7318728 cccaaaagtttatattgagagtttaatatcaccttaagctgggattcaactgcaacatatatatggttagttttttgtttgtgttatttatatgttatgc 7318629  T
Q  189 ctgctctgatttttgttgacttgttagatcattgttaatctaatggttgatggaatctatagggttgaaaatgacttttatatattttcatcagtttgat 288  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| | ||||| | ||||| ||  |||||   ||||||||  |||||| |    
T  7318628 ctgctctgattcttgatgacttgttagatcattattaatc-aatggttaatgg-agctata-gcttgaacattgctttt---tattttcaatagtttggt 7318535  T
Q  289 taatttgagttgttgattctctcacatattgcatgatattttaaatagttcaaaatcaaatattgtattaaatgctttgtcattcgat 376  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  7318534 taa-ttgagttgttgattctctcacatattccattatattttaaatagttcacaatcaaatattgaattatatggtttgtcattcgat 7318448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 16 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 7442868 - 7442635
Alignment:
Q  16 caaagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagttt 115  Q
    ||||||||| | |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  7442868 caaagttggctgtttatgattccaagacgggtactttgaatattcctgagtttgaaaaaacctatgaaccgatatactcaaatgtctacattgagagttt 7442769  T
Q  116 gatatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagt--ttttgtttgtgttatttgatttacgcctgctctgatttttgttgacttgtt 213  Q
    |||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||  ||||| |    ||||||||||  |||||||||    
T  7442768 gatatcgccctaagctgggattcaacggcaacatatatatggttagtttttttatttgtgttatttattttacac---atctgattttttgtgacttgtt 7442672  T
Q  214 agatcattgttaatctaatggttgatggaatctatagg 251  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7442671 ggatcattgttaatc-aatggttgatggaatctatagg 7442635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 9561874 - 9561716
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttga 117  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  9561874 aagttggttgtttacgattctaagactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgatcagatatgccaaaatttctacattgagagtttga 9561775  T
Q  118 tatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttag-tttttgtttgtgtt 175  Q
    ||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9561774 tatcaccttaagcattgattcaactgcaacatatatatggttagttttttgtttgtgtt 9561716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 9565718 - 9565406
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttga 117  Q
    ||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  9565718 aagttggttgtttatgattccaagaccggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactataaacaggtagcctcaaatgtctacattgagagtttga 9565619  T
Q  118 tatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgt-ttgtgttatttgatttacgcctgctctgatttttgttgacttgttaga 216  Q
    |||||||||| |   |||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |  ||||||||||  |||| | ||| | ||||| ||| ||| ||||| ||    
T  9565618 tatcaccttaggcacggattcaaatgcaacattgatatggttagtttttttactgtgttatttattttatgtctgatttgattcttggtgatttgttgga 9565519  T
Q  217 tcattgttaatctaatggttgatggaatctatagggttgaaaatgacttttatatattttcatcagtttgattaatttgagttgttgattctctcacata 316  Q
    |||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||| | ||  ||||    ||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||  ||     
T  9565518 tcattgctaatc-aatggttgagggaatctata-ggttggacattgcttt----tattttcaatagtatggttaatttgagttgttgattctctctaatc 9565425  T
Q  317 ttgcatgatattttaaata 335  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  9565424 ttgcattatattttaaata 9565406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 2659035 - 2658802
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggata--tgcccaaatgtctacattgagagttt 115  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||| |||| || |||||| |||||| ||||| |||||||||| |||  | |  |||| ||  ||||||||||||||| |    
T  2659035 aagttggttgtttatgattctaaagctggcacattgaattttcctgtgtttcgaaacaactataaacatacacatgccgaa--gtctacattgagagtct 2658938  T
Q  116 gatatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttattt-gat-ttacgcctgctctgatttttgttgacttgtt 213  Q
     |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  2658937 catatcaccttaagcattgattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttatttatatgttatgcctgctctga-ttttggtgacttgtt 2658839  T
Q  214 agatcattgttaatctaatggttgatggaatctatagg 251  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2658838 agatcattgttaat-taatggttgatggaatctatagg 2658802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 179
Target Start/End: Original strand, 2502364 - 2502525
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttga 117  Q
    ||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |    ||| | ||||||||||||||||||    
T  2502364 aagtttgttgtttatgattccaaaactggcactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgagcatagagatgcaattttctacattgagagtttga 2502463  T
Q  118 tatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttattt 179  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  2502464 tatcaccttaagcatggattcaactgcaacatatatatggttagttttaatttctgttattt 2502525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 9594495 - 9594146
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttga 117  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||  | ||    |||||  ||||||||||||||| | |    
T  9594495 aagttggctgtttacgattccaaaactgttacttttaatattcttgagtttcaaaacaactgtgctcagaagcacccaatagtctacattgagagtctca 9594396  T
Q  118 tatcaccttaagttg------ggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttatttgatttacgcctgctctgatttttgttgacttg 211  Q
    ||||||||||| ||       | |||| ||| ||| ||| |||||||||||| ||     |||| ||| ||||| | ||||| ||||| ||| ||| ||     
T  9594395 tatcaccttaacttaaagcatgcattcgacttcaatatacatatggttagttgtt-----tgttgtttaatttatgtctgctttgattcttggtgaatt- 9594302  T
Q  212 ttagatcattgttaatctaatggttgatggaatctatagggttgaaaatgacttttatatattttcatcagtttgattaatttgagttgttgattctctc 311  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || || ||  ||| |   ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  9594301 ttggatcattgttaatc-aatggttgatggaatctatagg-ttcaacattgcttct---tattttcaatagtttggttaatttgagttgttgattctcac 9594207  T
Q  312 acatattgcatgatattttaaatagttcaaaatcaaatattgtattaaatgctttgtcatt 372  Q
    | || |||||  ||||||||||||||||| |||||   |||| |||||||  |||||||||    
T  9594206 atatcttgcactatattttaaatagttcacaatcatgaattgcattaaatagtttgtcatt 9594146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 148 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 768029 - 767810
Alignment:
Q  148 atatatatggttagttttt-gtttgtgttatttgatttacgcctgctctgatttttgttgacttgttagatcattgttaatctaatggttgatggaatct 246  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||   ||||| ||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  768029 atatatatggttagttttttgtctgtgttatttattttatatctgctttgattcttggtgatttgttggatcattgttaatc-aatggttgatggaatat 767931  T
Q  247 atagggttgaaaatgacttttatatattttcatcagtttgattaatttgagttgttgattctctcacatattgcatgatattttaaatagttcaaaatca 346  Q
    ||||| |  | | ||  |||||   |||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||| ||||| |||||    
T  767930 ataggttcaacattg--tttta---attttcaatagtttggttaatttgagttgttaattctctcacatcttgcactatattttaaattgttcacaatca 767836  T
Q  347 aatattgtattaaatgctttgtcatt 372  Q
       |||| ||||||||  ||||||||    
T  767835 tgaattgcattaaatggattgtcatt 767810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 667047 - 666829
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaat----gtctacattgagagt 113  Q
    ||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||  ||||||| ||||    |||||||||||        
T  667047 aagttggttgtttatgattccaagactagtactttgaatattcctgagtttcaaaataattatagacaaatatgccgaaattaacgtctacattga---- 666952  T
Q  114 ttgatatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatat----ggttagtttttgtttgtgttatttgatttacgcctgctctgatttttgttgact 209  Q
        ||||| ||||||| || |||||||| ||||||||| ||    ||||||||||||||||||| ||||  |||| || | || ||||| ||| |||||    
T  666951 ----tatcaacttaagtaggtattcaactacaacatataaataaatggttagtttttgtttgtgtaatttattttatgcttcctttgattcttggtgact 666856  T
Q  210 tgttagatcattgttaatctaatggttg 237  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  666855 tgttggatcattgttaatc-aatggttg 666829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 18 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 768215 - 768120
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagt 113  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  | |||   |||||| |||||||||||||||    
T  768215 aagttggttgtttacgattccaaaactgctacttttaatattcttgagtttcaaaacaactatgctcagatgaacccaaaagtctacattgagagt 768120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 271 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 2644004 - 2643936
Alignment:
Q  271 tattttcatcagtttgattaatttgagttgttgattctctcacatattgcatgatattttaaatagttc 339  Q
    ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  2644004 tattttcaatagtttggttaatttgagttgttgattctctcacatcttgcactatattttaaatagttc 2643936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 229 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 7442627 - 7442515
Alignment:
Q  229 taatggttgatggaatctatagggttgaaaatgacttttatatattttcatcagtttgattaatttgagttgttgattctctcacatattgcatgatatt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||   ||||||||  |||||| |||||||||||||| |||| |||| ||| |||||| |||||    
T  7442627 taatggttgatggaatctatagg-ttgaacat-agtttt---tattttcaatagtttggttaatttgagttgtagattttctcgcatcttgcattatatt 7442533  T
Q  329 ttaaatagttcaaaatca 346  Q
    ||||||||| || |||||    
T  7442532 ttaaatagtccacaatca 7442515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 126
Target Start/End: Original strand, 43992135 - 43992233
Alignment:
Q  28 tttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttgatatcacctt 126  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||||| | |||   |||||  |||  | || ||| |||||||||||||||||||||    
T  43992135 tttacgattccaaaaatggtactctgaagattcctgagattcaaaacaccaatggttggatagaccctgaagtttacgttgagagtttgatatcacctt 43992233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 98 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 9608138 - 9608057
Alignment:
Q  98 tgtctacattgagagtttgatatcaccttaag-ttgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttatt 178  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||| |||||||||| |||||||| | ||||| |||||    
T  9608138 tgtctacaacgagagtttgatatcaccttaagcatgagattcaagtgctacatatatattgttagtttctatttgtattatt 9608057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 271 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 7423899 - 7423856
Alignment:
Q  271 tattttcatcagtttgattaatttgagttgttgattctctcaca 314  Q
    ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7423899 tattttcaatagtttggttaatttgagttgttgattctctcaca 7423856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 294 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 7333894 - 7333849
Alignment:
Q  294 tgagttgttgattctctcacatattgcatgatattttaaatagttc 339  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  7333894 tgagttgttgattcgctcacatcttgcactatattttaaatagttc 7333849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 75
Target Start/End: Original strand, 7942650 - 7942707
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaaca 75  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||| |||| |||| |||||||||    
T  7942650 aagttggttgtttacgattccaaaaacgatactttgaagattcatgagattcaaaaca 7942707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 99 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 9586987 - 9586959
Alignment:
Q  99 gtctacattgagagtttgatatcacctta 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9586987 gtctacattgagagtttgatatcacctta 9586959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 179
Target Start/End: Original strand, 41456254 - 41456416
Alignment:
Q  17 aaagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttg 116  Q
    |||||||||| |||| |||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||| ||||||||||||||||     
T  41456254 aaagttggttgtttatgatttcaagattggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggacagaccctaatatctacattgagagttta 41456353  T
Q  117 atatcaccttaagttgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttattt 179  Q
    |||||||||||||   | |||||| |||||| |  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41456354 atatcaccttaagcacgaattcaaatgcaacgttgatatggttaatttttgtttgtgttattt 41456416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 3)
Name: scaffold0097
Description:

Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 133 - 227
Target Start/End: Original strand, 34243 - 34336
Alignment:
Q  133 ggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttatttgatttacgcctgctctgatttttgttgacttgttagatcattgttaat 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  34243 ggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttatttatgttatgcctgctctga-ttttggtgacttgtttgatcattgttaat 34336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 288 - 372
Target Start/End: Original strand, 34332 - 34416
Alignment:
Q  288 ttaatttgagttgttgattctctcacatattgcatgatattttaaatagttcaaaatcaaatattgtattaaatgctttgtcatt 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||   |||| |||||||| |||||||||    
T  34332 ttaatttgagttgttgattctctcacatcttgcactatattttaaatagttcacaatcatgaattgcattaaatggtttgtcatt 34416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 84
Target Start/End: Original strand, 34168 - 34231
Alignment:
Q  21 ttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaac 84  Q
    |||||| |||| ||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  34168 ttggttgtttatgataccaaaactggcacttcgaatattcctcagtttcaaaacgactatgaac 34231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 92 - 179
Target Start/End: Original strand, 20301673 - 20301761
Alignment:
Q  92 cccaaatgtctacattgagagtttgatatcaccttaagt-tgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttattt 179  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  || || ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20301673 cccaaaagtctacattgagagtttaatatcaccttaagcatgagactcagctgcaacatagatatggttagtttctgtttgtgttattt 20301761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 92 - 179
Target Start/End: Original strand, 20306086 - 20306174
Alignment:
Q  92 cccaaatgtctacattgagagtttgatatcaccttaagt-tgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttattt 179  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  || || ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20306086 cccaaaagtctacattgagagtttaatatcaccttaagcatgagactcagctgcaacatagatatggttagtttctgtttgtgttattt 20306174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 92 - 179
Target Start/End: Original strand, 20310490 - 20310578
Alignment:
Q  92 cccaaatgtctacattgagagtttgatatcaccttaagt-tgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttattt 179  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  || || ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20310490 cccaaaagtctacattgagagtttaatatcaccttaagcatgagactcagctgcaacatagatatggttagtttctgtttgtgttattt 20310578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 92 - 179
Target Start/End: Original strand, 20293226 - 20293314
Alignment:
Q  92 cccaaatgtctacattgagagtttgatatcaccttaag-ttgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttattt 179  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||   | ||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  20293226 cccaaaagtctacattgagagtttaatatcaccttaagcaagagacacaactgcaacatagatatggttagtttctgtttgttttattt 20293314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 188
Target Start/End: Original strand, 39299222 - 39299312
Alignment:
Q  99 gtctacattgagagtttgatatcaccttaagt-tgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttatttgatttacgc 188  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||  || ||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  39299222 gtctacattgagagcttgatattaccttaagcatgagattcaactacaagatctacatggttagtttttgtttgtgttatttattttacgc 39299312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 21 - 126
Target Start/End: Original strand, 89311 - 89416
Alignment:
Q  21 ttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaacaactatgaacggatatgcccaaatgtctacattgagagtttgatat 120  Q
    |||||| |||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||| | ||||||||| | ||   |||||   |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  89311 ttggttgtttatgattcaaaaaatggtactttgaagattcctgtgattcaaaacatcaatcgtcggatggacccaaaagtctacattgagagtttgatat 89410  T
Q  121 cacctt 126  Q
    ||||||    
T  89411 cacctt 89416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 75
Target Start/End: Original strand, 33020478 - 33020535
Alignment:
Q  18 aagttggttctttacgattccaaaactggtactttgaatattcctgagtttcaaaaca 75  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  33020478 aagttggttgtttacgattccaaagatggtactttgaagattcctgagattcaaaaca 33020535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 326 - 372
Target Start/End: Original strand, 33038687 - 33038733
Alignment:
Q  326 attttaaatagttcaaaatcaaatattgtattaaatgctttgtcatt 372  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||    
T  33038687 attttaaatagttcacaatcatatattgtattagatggtttgtcatt 33038733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 131 - 179
Target Start/End: Original strand, 33020630 - 33020678
Alignment:
Q  131 tgggattcaactgcaacatatatatggttagtttttgtttgtgttattt 179  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||| ||||||||    
T  33020630 tgggattcaactgcaacaaatatatgttttatttttgtttatgttattt 33020678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University